目的:探讨T2DM、Obesity、NASH、PCOS共同致病基因和潜在分子机制。方法:从GEO数据库下载了GSE20966、GSE17470、GSE88837、GSE34526基因表达谱（DEGs），使用limma包分别进行差异分析，再对4组差异基因取交集，确定并进行功能富集分析，构建蛋白-蛋白相互作用网络（PPI）。采用CIBERSORT算法对不同患者RNA-seq数据进行分析，用来推断22种免疫浸润细胞的相对比例。采用GSVA算法对每个基因集合进行综合打分，评估不同样本潜在的生物学功能变化。结果:5个交集基因被确定，分别为PTPN3、GBP2、ARL1、NEDD4L、PTPN11。其中PTPN11、NEDD4L、GBP2与胰岛素相关通路相关。进一步通过GSVA验证3个核心基因涉及的具体信号通路，为高表达GBP2与P53 PATHWAY、KRAS SIGNALING、APOPTOSIS等信号通路相关；高表达NEDD4L与G2M CHECKPOINT、TGF BETA SIGNALING、ADIPOGENESIS等信号通路相关；高表达PTPN11与PROTEIN SECRETION、ADIPOGENESIS、FATTY ACID METABOLISM等信号通路相关。结论:新发现2型糖尿病、肥胖、非酒精性脂肪肝/非酒精性脂肪性肝炎、多囊卵巢综合征的共病基因及其代谢相关信号通路，为其治疗及诊断提供了新靶点及生物标志物。

目的:基于转录组测序技术探讨电针干预对膝骨关节炎软骨表达谱的影响.方法:12只新西兰兔按体质量随机分为空白组(4只)及KOA造模组(8只),KOA造模组应用改良Videman法制动6周复制KOA兔模型,拆除固定装置后根据Lequesne评分再随机分为模型组和电针组(每组4只),干预4周.干预后进行行为学评价,对兔膝关节软骨进行转录组学测序并进行GO和KEGG富集等生物信息学分析.结果:干预后,与模型组比较,电针组Lequesne评分显著降低(P＜0.01);与空白组比较,模型组共筛选出1 055条差异基因,GO分析生物过程主要涉及炎症反应、免疫反应、血管生成和细胞外基质组织等功能,KEGG分析主要富集细胞因子受体相互作用、吞噬体、EB病毒感染和细胞粘附等通路;与模型组比较,电针组初步筛选出396条差异表达基因,进一步GO分析(生物过程)主要涉及炎症反应、免疫反应以及细胞外基质组织等功能,KEGG分析主要富集细胞因子受体相互作用、吞噬体、补体和凝血级联反应等通路;通过交集分析得到电针干预KOA的主要分子机制为白细胞激活、对细菌反应和炎症反应等白细胞-炎症反应,防御反应、免疫反应和对外部刺激反应等免疫功能.结论:在关节软骨层面,电针干预KOA主要通过影响白细胞-炎症反应、免疫功能等表达谱变化而发挥治疗作用.

目的 探寻芪银三两三验方核心用药组成的分子作用机制,通过网络药理学分析,构建"芪银三两三-药物有效成分-关键性作用靶点-靶向药相关性皮疹对应靶点"的可视化网络关系.方法 基于中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、中药作用机制在线分析系统(BATMAN-TCM),对芪银三两三验方核心用药的作用成分和有效靶点进行筛选,通过核心复方靶点垂钓,提取复方中的生物学活性成分及有效靶点.通过药物不良反应靶点分类系统(ADReCS-Target)得到靶向药相关性皮疹对应靶点.通过STRING数据库构建蛋白质相互作用可视化网络图(PPI),并应用Cytoscape3.8.2软件进行网络拓扑分析,筛选关键性作用靶点.采用DAVID v6.8数据库对关键性靶点进行通路富集,预测芪银三两三验方中核心用药组成可能的分子生物学机制.结果 经检索得到核心处方中有效生物学活性成分118种,潜在预测靶点328个,靶向药相关性皮疹对应靶点214个,将二者相互匹配得到核心处方有效成分-靶向药相关性皮疹共同作用靶点86个,其中包括8个关键性靶点;复方对210个生物学过程及81条信号通路能产生重要影响.结论 芪银三两三验方治疗靶向药相关性皮疹的潜在作用机制,可能是通过PI3K-Akt信号通路及细胞因子-细胞因子受体相互作用等信号转导,调节角质层细胞增殖与分化,修复EGFR-TKI引起的皮肤损伤,这为今后的药物研发及相关临床研究提供了参考方向.

目的 运用分子对接技术预测加味补中益气汤治疗哮喘的作用机制.方法 依托中药系统药理学数据库平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP),筛选出加味补中益气汤的主要化学成分和相应靶点,利用Cytoscape软件构建"药物-疾病-靶点"的网络关系,将药物主要成分及疾病的交集靶点导入STRING平台构建蛋白相互作用(Protein-protein interaction networks,PPI)网络,并利用AutoDock软件将加味补中益气汤的主要成分与哮喘的关键靶点进行分子对接.结果 共筛选出加味补中益气汤有效成分338种,支气管哮喘相关靶点1744个,其中交集靶点120个.PPI网络分析加味补中益气汤主要作用于蛋白激酶Cα(Protein kinase C alpha,PRK-CA)、丝裂原活化蛋白激酶14(Mitogen-activated protein kinase 14,MAPK14)、V-Rel网状内皮增生病毒癌基因同源物A(V-Rel reticuloendotheliosis viral oncogene homolog A,RELA)、V-Jun 肉瘤病毒 17 癌基因同源物(V-Jun sarcoma virus 17 oncogene homolog,JUN)和B 细胞中 κ 轻型多肽基因增强子的核因子 15(Nuclear factor-k-gene binding15,NFKB15)个核心靶点.分子对接结果表明筛选得到的主要活性成分与靶点有较强的结合.结论 加味补中益气汤治疗支气管哮喘或许具有积极作用,其作用机制可能与调节PRKCA、MAPK14、RELA、JUN和NFKB1等信号通路有关.

炎症性肠病（IBD）患者代谢相关脂肪性肝病（MASLD）患病率显著升高，二者是共病或IBD肠外表现目前尚无定论。很大程度上，IBD和MASLD有共同的分子调控机制和潜在治疗靶点，然而二者之间的因果关系和潜在相互作用尚未阐明。本文阐述了IBD相关MASLD患病率、临床病程、发病机制上的现有认知，尤其呼吁重视二者串话机制研究。

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)肺癌相关转录本1(LUCAT1)喉癌细胞增殖和转移的影响及其分子机制.方法 选取2022年6月至2023年12月商丘市第一人民医院收治的39例喉癌组织和对应癌旁组织作为研究对象,采用实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术分析喉癌组织和癌旁组织中lncRNA LUCAT1表达水平.喉癌细胞系AMC-HN-8随机分为lncRNA对照组、lncRNA LUCAT1 KD 和 lncRNA LUCAT1 组,分别采用脂质体转染 lncRNA 对照、lncRNA LUCAT1 短发卡RNA(shRNA)和lncRNA LUCAT过表达质粒,转染72 h后,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)和克隆形成实验分析3组细胞增殖能力;采用划痕实验和Traswell实验分析细胞的迁移和侵袭能力;RNA沉淀分析lncRNA LUCAT结合蛋白.蛋白质免疫应激分析lncRNA LUCAT结合蛋白缺氧诱导因子-1α(HIF-1α)水平,荧光定量PCR分析HIF-1α靶基因表达水平.组间比较采用t检验.结果 喉癌组织lncRNA LUCAT1表达水平(1.65±0.23)明显高于癌旁组织(1.01±0.20),差异有统计学意义(t=12.920,P＜0.05).lncRNA对照组细胞吸光度值和EDU阳性率[1.71±0.12、(74.17±8.13)％]明显高于 lncRNA LUCAT1 KD 组[0.71±0.09、(45.50±9.35)％],差异有统计学意义(t=16.490、5.665,P＜0.05).lncRNA 对照组细胞吸光度值和 EDU 阳性率[1.71±0.12、(74.17±8.13)％]明显低于 lncRNA LUCAT1 组[1.87±0.08、(87.83±2.14)％],差异有统计学意义(t=2.806、3.980,P＜0.05).lncRNA 对照组细胞迁移数量和侵袭数量[(116.83±8.61)、(93.17±4.62)个]明显高于 lncRNA LUCAT1 KD 组[(68.33±10.15)、(49.33±7.11)个],差异有统计学意义(t=8.924、12.650,P＜0.05).lncRNA 对照组细胞吸光度值和 EDU 阳性率[(116.83±8.61)、(93.17±4.62)个]明显低于 lncRNA LUCAT1 组[(143.83±7.28)、(132.83±7.25)个],差异有统计学意义(t=5.886、11.300,P＜0.05).HIF-1α 蛋白与 lncRNA LUCAT1 存在相互作用.lncRNA 对照组细胞血管内皮生长因子(VEGF)、3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1(PDK1)和葡萄糖转运蛋白1(GLUT1)表达水平(0.97±0.10、0.93±0.06、1.67±0.11)明显高于 lncRNA LUCAT1 KD 组(0.38±0.10、0.36±0.51、0.51±0.5),差异有统计学意义(t=10.400、16.170、8.560,P＜0.05).VEGF、PDK1 和 GLUT1 表达水平(0.97±0.10、0.93±0.06、1.67±0.11)明显低于 lncRNA LUCAT1 组(1.55±0.14、1.51±0.11、1.44±0.09),差异有统计学意义(t=8.220、11.140、4.584,P＜0.05).结论 lncRNA LUCAT1在喉癌组织呈高表达,通过与HIF-1α结合,调节下游基因表达,进而影响喉癌细胞增殖和转移过程.

目的 应用生物信息学对变应性鼻炎患者与健康对照者的鼻黏膜细胞间差异表达基因进行分析,探索变应性鼻炎的发病机制及关键基因.方法 从GEO数据库中下载5名健康对照者鼻上皮细胞样品和7例变应性鼻炎患者鼻上皮细胞样品的芯片数据(GSE43523).应用R语言中"limma"包筛选差异表达基因;并运用STRING数据库来构建所筛选差异基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用Cytoscape中的"Cytohubba"筛选关键基因;并采用DAVID数据库对选定的差异性基因进行基因本体(GO)功能分析和京都基因和基因组数据库(KEGG)途径探讨;通过ImmuCellAI数据库分析GSE43523芯片数据的24类免疫细胞的含量及比例.选取2023年9月至12月青岛市中医医院耳鼻咽喉头颈外科在手术中收集的15例变应性鼻炎患者和15名健康对照者的下鼻甲黏膜组织用于进一步的关键基因表达水平的检测分析.结果 共筛选出274个差异表达基因,包含上调差异表达基因144个,下调差异表达基因130个.基于蛋白质-蛋白质相互作用网络中获取5个关键基因,即CD80、CD69、EPAS1、MYOM2和ATP12A.GO功能富集显示,在生物过程中,差异表达基因主要富集在生物合成过程、NF-κB信号通路等;在细胞组成中,差异表达基因主要涉及细胞外间隙、质膜的组成部分等;在分子功能中,差异表达基因参与NAD活性、ATP酶结合活性等.KEGG信号通路富集分析显示,差异表达基因主要集中在铁死亡信号通路、凋亡信号通路等.免疫浸润分析结果显示,变应性鼻炎患者与健康对照者在活化的CD4天然细胞、CD8天然细胞、单核细胞和嗜中性粒细胞中存在显著性差异.变应性鼻炎患者下鼻黏膜组织中CD80和EPAS1的mRNA表达水平低于健康对照者,而CD69、MYOM2和ATP12A的mRNA表达水平高于健康对照者(P＜0.01).结论 本研究发现了274个与变应性鼻炎密切相关的差异表达基因,得到了5个重要基因,为变应性鼻炎的早期诊断、干预治疗以及新药研发提供了新的研究方向.

乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染是严重威胁人类健康的全球性健康问题,它与肝硬化和肝细胞癌的发展有关,并能引发不同类型的肝损伤.令人遗憾的是,目前尚未实现慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)的功能性治愈.在深入研究HBV不同蛋白与其配体间的相互作用后发现:特定配体与关键氨基酸的相互作用,实则扮演着化合物抗HBV效力的"开关".基于这一发现,运用分子对接技术,对蛋白与配体之间的结合模式进行分析.通过对比分析不同配体小分子间的相似之处,成功锁定了具有潜力的药效团,并进一步探讨了氨基酸与这些化合物间可能存在的相互作用.这些研究不仅深化了对HBV衣壳蛋白装配调节剂(capsid assembly modulator,CAM)结构多样性的理解,更在药效团类似性方面取得了新的认识,为抗病毒药物的合理设计提供思路.

目的 通过网络药理学探析甘麦大枣汤联合百合知母汤的活性成分及治疗抑郁症的潜在靶点,并通过分子对接、表面等离子共振(SPR)实验、热迁移实验对主要活性成分-关键靶点相互作用进行验证.方法 运用中药系统药理学技术平台(TCMSP)、草本成分靶点平台(HIT)、中药分子机制生物信息学分析工具数据库(BATMAN-TCM)、中医百科全书数据库(ETCM)筛选甘麦大枣汤联合百合知母汤的有效成分.运用TCMSP数据库、比较毒理基因组学数据库(CTD)、PHARMAPPER药物靶点数据库获得甘麦大枣汤联合百合知母汤的潜在作用靶点,运用人类基因数据库(GeneCards)和基因表达数据库(GEO)获得抑郁症相关靶点,与上述药物作用靶点取交集后得到潜在治疗抑郁症靶点.运用String数据库构建靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,运用DAVID数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库进行基因本体(GO)和KEGG富集分析,运用Cytoscape软件构建相应网络,筛选甘麦大枣汤联合百合知母汤抗抑郁的关键靶点和相应的活性成分.运用Discovery studio软件进行分子对接,运用SPR技术检测活性成分与靶点结合活性,运用热迁移实验检测主要活性成分与靶点的结合作用.结果 经药物吸收-分配-代谢-排泄-毒性数据库(ADMET)筛选后获得甘麦大枣汤联合百合知母汤的有效成分160个,与抑郁症相关靶点、抑郁患者差异表达基因取交集后获得潜在抗抑郁靶点763个.经PPI网络分析、GO及KEGG富集分析发现,丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等10条信号转导通路可能发挥重要作用,其中MAPK14处于关键位置.分子对接和SPR实验结果显示,刺芒柄花素(formononetin)、甘草查尔酮A(licochalcone A)和维斯体素(vestitol)为甘麦大枣汤联合百合知母汤的主要活性成分,可与MAPK14蛋白结合,亲和力分别为2.36 μmol/L、26.01 μmol/L、11.30 μmol/L.热迁移实验显示这3个成分与MAPK14结合后可显著提高MAPK14的热稳定性,表明这3个成分与MAPK14能发生相互作用.结论 MAPK14是治疗抑郁症的潜在靶点,甘麦大枣汤联合百合知母汤通过其中3种活性成分与MAPK14结合,首次从活性分子直接作用靶点角度解释了甘麦大枣汤联合百合知母汤治疗抑郁的分子机制.

根尖牙乳头干细胞(stem cells from apical papilla,SCAP)具有很强的多系分化潜能,其中成骨分化可以应用于骨组织再生,为口腔颌骨缺损治疗提供新思路.成骨分化是个复杂的网络调控过程,诸如各种细胞因子、表观遗传物质、各种信号分子和信号通路等内源性物质均可产生不同程度的影响.这些因素相互作用可以促进SCAP的增殖、迁移和成骨分化,但其在SCAP成骨分化的不同进程中的具体机制和内在联系各不相同.对近年来有关促进SCAP成骨分化的各种因素及其可能的调控机制研究文献进行综述,以期为其进一步的应用研究提供新信息.