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ATP7B基因同义变异通过影响外显子剪接增强子导致mRNA剪接异常
编辑人员丨1周前
目的:探讨 ATP7B基因罕见同义变异对其前体mRNA剪接的影响。 方法:从ExAc数据库中筛选出人群等位基因频率<0.005的248种罕见同义变异,用Human Splicing Finder(HSF)软件分析其对于前体mRNA剪接的影响,进一步用ESE Finder 3.0软件预测其对于反式作用因子SR蛋白家族结合能力的影响。筛选出同时影响两种或以上SR蛋白结合的罕见同义变异,用体外迷你基因剪接报告系统进行验证。结果:HSF分析提示有136种罕见同义变异可能破坏外显子剪接增强子(exonic splicing enhancer,ESE)的基序;ESE Finder 3.0分析提示其中19种会同时影响两种或以上SR蛋白的结合。体外迷你基因实验证实其中c.1620C>T(p.L540L)和c.3888C>T(p.A1296A)变异可导致相应外显子的剪接异常,分别造成第4外显子的完全跳跃以及使第18外显子的跳跃增加25%。结论:同义变异可能通过各种途径影响前体mRNA的剪接,其中以破坏ESEs基序最为常见。本研究结果证实c.1620C>T(p.L540L)和c.3888C>T(p.A1296A)变异会对 ATP7B基因的mRNA剪接产生影响,使相应的外显子发生跳跃,从而为携带者的基因诊断和遗传咨询提供了依据。
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编辑人员丨1周前
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SR蛋白家族在细胞凋亡过程中的作用及机制
编辑人员丨1周前
细胞凋亡是多基因严格控制的程序性细胞死亡方式,与多种疾病的发生发展密切相关,目前,凋亡调控的确切机制尚不完全清楚。参与细胞凋亡外源性或内源性调控的相关基因在转录水平可被选择性剪接产生不同的亚型,从而增加了细胞凋亡调控的复杂性。丝氨酸/精氨酸(SR)蛋白是前体信使RNA(pre-mRNA)剪接所需的基本剪接因子,作为选择性剪接的关键调节器,在细胞凋亡调控过程中具有重要的作用。人类SR蛋白家族根据被发现的时间顺序分别命名为富丝氨酸/精氨酸剪接因子1-12(SRSF1-12),由于其自身的特殊结构域,它们在细胞凋亡中的调控作用及机制不尽相同。本文主要综述SR蛋白家族成员在细胞凋亡中的作用和调控机制。
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编辑人员丨1周前
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VPS13B基因复合杂合变异致Cohen综合征一个家系的遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:分析1个Cohen综合征家系的临床表型与遗传学特征,并为产前诊断提供实验依据。方法:选取2021年6月2日因"智力障碍及发育迟缓"就诊于郑州人民医院的Cohen综合征女性先证者、先证者妹妹及其家系成员(3代共11人)作为研究对象,收集先证者及先证者妹妹的临床资料。提取该家系成员外周血样品及胎儿胎盘绒毛样品基因组DNA,利用染色体微阵列技术(CMA)检测先证者染色体异常情况。利用全外显子组测序(WES)及Sanger测序,寻找先证者候选变异位点,并进行家系验证。提取家系成员外周血RNA,进行体内剪接变异体检测,应用RT-PCR分析 VPS13B基因的mRNA表达水平,并对胎龄12周的胎儿的进行产前诊断。 结果:先证者为10岁女性,临床表现为发育迟缓、躯体肥胖、高度近视、特殊面容。先证者妹妹为3岁女性,具有与先证者相同表型。CMA结果提示先证者染色体未见异常。WES结果发现先证者及其妹妹 VPS13B基因存在2个杂合变异,分别为c.10076_10077delCA(p.T3359fs *29)缺失移码变异及c.6940+1G>T剪接位点变异,均已有报道。母亲为c.10076_10077delCA(p.T3359fs *29)变异携带者,遗传自先证者外祖父。父亲为c.6940+1G>T变异携带者,遗传自先证者祖母。根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,c.10076_10077delCA评级为致病性变异(PVS1+PS4+PM4+PP1),c.6940+1G>T评级为致病性变异(PVS1+PM2_Supporting+PM3+PP1)。c.6940+1G>T剪接位点变异导致 VPS13B基因第38外显子发生跳跃,产生1个缺失69个氨基酸的转录本。与对照组相比,先证者父母在外周血中mRNA表达水平降低至65%~70%( P<0.01)、先证者及其妹妹降低至40%( P<0.001)。对胎龄12周的胎儿的产前诊断发现胎儿存在c.10076_10077delCA杂合变异。 结论:VPS13B基因的c.10076_10077delCA(p.T3359fs *29)缺失移码变异及c.6940+1G>T剪接位点变异考虑为该家系先证者及其妹妹患Cohen综合征的致病原因。基因检测技术可以辅助临床医师诊断Cohen综合征。
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编辑人员丨1周前
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雄激素受体变异体7在去势抵抗性前列腺癌中的功能和调节机制
编辑人员丨1周前
雄激素受体(AR)在去势抵抗性前列腺癌(CRPC)的发生过程中具有关键的调控作用,其中以雄激素受体变异体7(AR-V7)为代表的组成型活性变异体水平在CRPC进展过程中不断升高,可以作为判断CRPC患者疾病进展和预后的分子标志物,是克服去势抵抗、提高患者生存质量和生存期的重要靶标。研究结果表明,AR-V7的生成与AR基因结构重排、基因扩增和AR基因转录本选择性剪接有关,且受转化生长因子-β(TGF-β)等多个信号通路分子的协同调节;AR-V7改变了AR蛋白的转运与核定位机制,并进一步影响下游靶基因的转录表达。AR-V7拮抗AR活性而阻断AR和雄激素驱动的分化过程,阻遏抑癌基因的表达,刺激肿瘤细胞增殖,从而促进前列腺癌进展。相关靶向研究目前主要集中在AR-V7蛋白降解、mRNA表达抑制和N端结构域靶向干预等3个方面。随着研究的深入开展,AR-V7在前列腺癌进展中的分子机制将逐步阐明,将对CRPC的预防和治疗起到更大的推动作用。
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编辑人员丨1周前
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环状RNA在病毒与宿主相互作用中功能的研究进展
编辑人员丨1周前
环状RNA(circular RNA,circRNA)是近些年才发现的一类具有独特闭合环状结构的非编码RNA,由前体mRNA反向剪接产生。近年来的研究表明circRNA具备多样化的生物学功能,例如吸附微小RNA、影响RNA线性剪接和作为翻译的模板等,其表达及功能异常与多种疾病的发生发展密切相关。本文在介绍circRNA的生物学属性和功能的基础之上,综述了病毒和宿主编码circRNA的表达与功能的研究进展,以期为理解病毒与宿主间复杂的相互作用提供新的视角。
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编辑人员丨1周前
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Leber先天性黑矇10型一家系 CEP290基因变异及临床表型分析
编辑人员丨1周前
目的:确定并观察1个汉族Leber先天性黑矇(LCA)家系的致病基因变异和临床表型。方法:回顾性研究。2022年5月在河南省立眼科医院就诊的LCA10型一家系(1例患者和2名家系成员)纳入研究。详细询问患者病史、家族史并行眼底彩色照相、闪光视网膜电图(F-ERG)检查。采集先证者及其父母的外周静脉血3 ml,提取全基因组DNA。全外显子组测序(WES)、线粒体环基因组(mtDNA)测序以获得致病基因及变异。通过生物信息学分析方法对所有变异位点进行注释,并参考美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)对所有变异位点进行致病等级评估。对候选位点进行Sanger验证,并对致病性证据不足的错义变异行Minigene体外功能验证。结果:先证者,男,7个月。视物追随反应差,指压眼征、畏光、眼球震颤,黄斑中心凹周围区视网膜色素上皮部分脱失。2岁时,F-ERG检查发现,双眼a、b波振幅重度降低,峰时延长,甚至无波形。先证者父母临床表型未见明显异常。WES结果显示,先证者 CEP290基因第40、2号外显子分别存在c.5515_5518del (p.Glu1839Lysfs*11)(V1)移码变异和c.74C>T (p.Ala25Val)(V2)错义变异。mtDNA测序结果为阴性。Sanger验证结果表明,先证者父亲、母亲分别携带杂合移码变异V1、新发错义变异V2,构成复合杂合变异。Minigene体外功能验证结果表明,V2变异使2号外显子产生一个新的剪接供体位点,从而导致2号外显子右侧缺失30个碱基对,蛋白质框内缺失10个氨基酸残基。ACMG评级分别为致病(V1)、可能致病变异(V2)。 结论:CEP290基因c.5515_5518del和新发变异c.74C>T构成复合杂合变异可能是本家系的致病原因,分别导致截短蛋白的产生和前体信使RNA的异常剪接。LCA具有发病年龄小、视功能严重损害和致病变异多样性等特点。
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编辑人员丨1周前
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NIPBL基因剪接变异致德朗热综合征1型胎儿的产前诊断及遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:分析一例德朗热综合征1型胎儿的遗传学病因。方法:收集胎儿及其父母的临床资料,采集羊水及父母的外周血样,提取基因组DNA,通过全基因组低深度重测序、全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)及Sanger测序筛查 NIPBL基因的变异位点,参考美国医学遗传学与基因组学学会指南判断变异的致病性,利用minigene技术分析变异对mRNA的影响。 结果:测序结果提示胎儿 NIPBL基因的内含子上存在c.5808+5G>A杂合变异,预测可能影响mRNA剪接,胎儿父母未检测到相同的变异。上述变异在ExAC、1000G、dbSNP等数据库中均未见收录,综合分析判断其为有害变异。minigene实验结果证实该变异会影响mRNA剪接,导致第31外显子的跳跃。 结论:确诊了一例德朗热综合征1型胎儿。minigene实验可以在体外验证WES检测所发现的剪接变异,可为判断这类变异的致病性提供更多的证据。
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编辑人员丨1周前
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环状RNA在眼科疾病中的作用
编辑人员丨1周前
环状RNA(circRNA)是由前体mRNA反向剪接形成的具有封闭结构的环状分子,可充当微小RNA(miRNA)"海绵",与蛋白质、RNA结合形成复合物,发挥调控宿主基因表达、蛋白翻译的功能,在生理学和病理生理学中具有重要意义。多种眼科疾病中均存在特异性circRNA的异常表达,其通过"海绵"作用调控靶基因表达可引起多种眼部细胞功能异常,导致新生血管形成、血管渗漏、炎症反应、视网膜神经退行性变、晶状体混浊、肿瘤生长等病理改变,在眼病的发生和发展中可能起重要作用。本文就近年来circRNA在眼科疾病中的表达特点及其在眼病病理过程中介导的基因调控网络进行综述,探讨circRNA作为眼科疾病生物标志物及新型治疗靶点的意义。
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编辑人员丨1周前
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成骨不全胎儿2例的 COL1A1与 COL1A2基因变异分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨2例成骨不全症(OI)胎儿的临床表型及遗传学特征,明确致病原因。方法:收集分别在2021年6月11日和2021年10月16日就诊于潍坊医学院附属医院的2例中孕期超声诊断疑似OI胎儿的临床资料信息。采集孕妇羊水及胎儿父母、亲属外周血样品提取基因组DNA,对2例胎儿进行全外显子组测序(WES),对候选变异进行Sanger家系验证。针对可能影响pre-mRNA剪接的变异,利用minigene体外分析变异位点附近外显子的剪接方式,对变异的致病性进行判定。结果:胎儿1在胎龄17 +6周超声显示双侧肱骨和股骨发育落后2周余,四肢长骨多发骨折、成角畸形。胎儿2在胎龄23周超声显示双侧肱骨和股骨发育分别落后1 +周和4周,双侧股骨和胫腓骨弯曲。WES结果显示胎儿1的 COL1A1基因第49外显子存在c.3949_3950insGGCATGT(p.N1317Rfs*114)杂合变异,该变异导致翻译提前终止,胎儿父母外周血中未检出该变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)变异评级指南,c.3949_3950insGGCATGT变异评级为致病性变异(PVS1+PS2+PM2_Supporting)。胎儿2的 COL1A2基因第26内含子中存在父源的c.1557+3A>G杂合变异,剪接报告基因分析提示该变异使 COL1A2基因pre-mRNA第26外显子发生跳跃,导致mRNA转录本第1 504~1 557位编码序列整码缺失及其编码蛋白第502~519位氨基酸缺失,根据ACMG变异评级指南,c.1557+3A>G杂合变异评级为致病性变异(PS3+PM1+PM2_Supporting+PP3+PP5)。 结论:COL1A1基因c.3949_3950insGGCATGT变异、 COL1A2基因c.1557+3A>G变异分别可能为2例OI胎儿的遗传学原因。 COL1A1基因c.3949_3950insGGCATGT的发现丰富了成骨不全致病基因变异谱。
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编辑人员丨1周前
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环状RNA在肝脏疾病中的研究进展
编辑人员丨1周前
环状RNA(circRNA)是一类以共价闭合连续环为特征的功能性非编码RNA,通过前体信使RNA反向剪接形成,在转录和转录后基因表达调控方面发挥着重要作用。近年来,越来越多的研究发现circRNA参与调控肝脏疾病的发生发展,具有成为肝脏疾病诊治生物学标志物的潜力。本文就circRNA的分类、形成、生物学功能及其在不同肝脏疾病中的作用进行综述。
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编辑人员丨1周前
