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X连锁Alport综合征 COL4A5剪接突变的致病性分析及剪接纠正
编辑人员丨1周前
目的:分析一个X连锁显性遗传Alport综合征家系 COL4A5基因的剪接突变位点,探索外显子特异性U1核小RNA(small nuclear RNA,snRNA)基因治疗的可能性。 方法:收集Alport综合征先证者及其家族成员临床资料,高通量测序技术检测先证者肾病系列基因全外显子组基因突变。用在线软件分析 COL4A5 c.546+5G>A变异引起的剪接位点改变及其致病性。用minigene实验验证和分析Alport综合征家系先证者 COL4A5基因突变位点c.546+5G>A及瞬时转染导入修饰过的U1 snRNA纠正剪接突变的效果。 结果:基因测序结果显示,先证者和其同母异父的兄长均存在 COL4A5基因半合子变异,变异位点为c.546+5G>A。在线软件分析剪接变异致病性的结果显示,突变后原有的Donor剪切位点检测不到,提示影响剪切可能性很大。杂交小基因检测结果验证了 COL4A5基因c.546+5G>A突变的异常剪接模式——外显子9缺失。经过修饰的U1 snRNA可部分纠正该异常的剪接突变,ExSpeU1(MT)、ExSpeU1(E9+1)、ExSpeU1(E9+9)、ExSpeU1(E9+11)对c.546+5G>A引发的外显子9缺失的纠正比例分别为0、43.81%、52.09%、48.12%。 结论:COL4A5新发剪接突变具有致病性,修饰过的U1 snRNA可部分纠正异常剪接。
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编辑人员丨1周前
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一个新的 TBR1基因剪接变异导致的智力障碍伴自闭症和语言障碍家系分析及产前诊断
编辑人员丨1周前
目的:探讨1个由 TBR1基因剪接变异导致的智力障碍伴自闭症和语言发育迟缓家系的临床特征及基因特点。 方法:对1例有家族史的智力障碍孕妇进行全外显子组检测,对先证者及其他家系成员(共11人)进行分子遗传学检测,发现该家系的致病位点,对胎儿羊水进行基因检测,并通过minigene技术对该位点进行体外功能验证。结果:通过全外显子组测序发现,先证者携带1个 TBR1基因新的剪接变异(c.1129-1G>C),并呈现出家系共分离现象。胎儿羊水中未发现该变异,胎儿出生后随访至1岁,智力运动发育正常。Minigene结果显示第5外显子出现异常剪接。 结论:TBR1基因c.1129-1G>C变异可能是该家系的致病原因,及时的产前遗传诊断和咨询有助于阻断致病基因在家系中的传递。
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编辑人员丨1周前
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典型结节性硬化症1例临床表型及基因变异分析
编辑人员丨1周前
目的:收集1例典型结节性硬化症患者的临床资料并检测其致病基因变异。方法:收集患者临床资料,应用二代测序法对患者进行致病基因筛查,采用Sanger测序法验证,构建迷你基因质粒转染至人肾上皮细胞系293T细胞,提取RNA进行转录分析。结果:患者临床表型包括反复癫痫发作,伴面部血管纤维瘤、甲周纤维瘤、肺淋巴管肌瘤病、肾血管平滑肌脂肪瘤及多发性骨质硬化。二代测序提示患者TSC2基因存在可疑致病变异,经Sanger测序验证,患者TSC2基因第4号外显子存在c.336_336+15delGGTAAGGCCCAGGGCG杂合突变,其父母及100名无关健康对照未检测出该位点变异。该突变位点既往未见报道。迷你基因实验显示,患者TSC2基因mRNA序列发生改变,原4号外显子剪切位点丢失,插入74 bp内含子序列,使剪切位置后移90 bp(r.336delins336+16_336+90)。结论:TSC2基因第4号外显子c.336_336+15delGGTAAGGCCCAGGGCG杂合变异可导致异常剪切,可能是该结节性硬化症患者病因。
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编辑人员丨1周前
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Leber先天性黑矇10型一家系 CEP290基因变异及临床表型分析
编辑人员丨1周前
目的:确定并观察1个汉族Leber先天性黑矇(LCA)家系的致病基因变异和临床表型。方法:回顾性研究。2022年5月在河南省立眼科医院就诊的LCA10型一家系(1例患者和2名家系成员)纳入研究。详细询问患者病史、家族史并行眼底彩色照相、闪光视网膜电图(F-ERG)检查。采集先证者及其父母的外周静脉血3 ml,提取全基因组DNA。全外显子组测序(WES)、线粒体环基因组(mtDNA)测序以获得致病基因及变异。通过生物信息学分析方法对所有变异位点进行注释,并参考美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)对所有变异位点进行致病等级评估。对候选位点进行Sanger验证,并对致病性证据不足的错义变异行Minigene体外功能验证。结果:先证者,男,7个月。视物追随反应差,指压眼征、畏光、眼球震颤,黄斑中心凹周围区视网膜色素上皮部分脱失。2岁时,F-ERG检查发现,双眼a、b波振幅重度降低,峰时延长,甚至无波形。先证者父母临床表型未见明显异常。WES结果显示,先证者 CEP290基因第40、2号外显子分别存在c.5515_5518del (p.Glu1839Lysfs*11)(V1)移码变异和c.74C>T (p.Ala25Val)(V2)错义变异。mtDNA测序结果为阴性。Sanger验证结果表明,先证者父亲、母亲分别携带杂合移码变异V1、新发错义变异V2,构成复合杂合变异。Minigene体外功能验证结果表明,V2变异使2号外显子产生一个新的剪接供体位点,从而导致2号外显子右侧缺失30个碱基对,蛋白质框内缺失10个氨基酸残基。ACMG评级分别为致病(V1)、可能致病变异(V2)。 结论:CEP290基因c.5515_5518del和新发变异c.74C>T构成复合杂合变异可能是本家系的致病原因,分别导致截短蛋白的产生和前体信使RNA的异常剪接。LCA具有发病年龄小、视功能严重损害和致病变异多样性等特点。
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编辑人员丨1周前
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NIPBL基因剪接变异致德朗热综合征1型胎儿的产前诊断及遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:分析一例德朗热综合征1型胎儿的遗传学病因。方法:收集胎儿及其父母的临床资料,采集羊水及父母的外周血样,提取基因组DNA,通过全基因组低深度重测序、全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)及Sanger测序筛查 NIPBL基因的变异位点,参考美国医学遗传学与基因组学学会指南判断变异的致病性,利用minigene技术分析变异对mRNA的影响。 结果:测序结果提示胎儿 NIPBL基因的内含子上存在c.5808+5G>A杂合变异,预测可能影响mRNA剪接,胎儿父母未检测到相同的变异。上述变异在ExAC、1000G、dbSNP等数据库中均未见收录,综合分析判断其为有害变异。minigene实验结果证实该变异会影响mRNA剪接,导致第31外显子的跳跃。 结论:确诊了一例德朗热综合征1型胎儿。minigene实验可以在体外验证WES检测所发现的剪接变异,可为判断这类变异的致病性提供更多的证据。
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编辑人员丨1周前
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新的 CDH23基因复合杂合模式导致的综合征型耳聋家系研究
编辑人员丨1周前
目的:采用高通量测序技术,对一个综合征型耳聋家系的致病基因及突变进行探究。方法:2018年6月至2020年7月,郑州大学第一附属医院耳科联合郑州大学相关机构对该家系进行了研究。该家系来自河南省濮阳市,2代4人,详细询问病史及家族史,绘制家系图。先证者及其妹患有先天性耳聋,其父母表型正常。对该家系进行临床表型分析,包括影像学、听力检查(包括纯音测听、声导抗、脑干诱发电位、耳声发射)、前庭功能检查及眼科检查(包括视力、视野、眼底检查、视觉诱发电位及视网膜电图)。靶向捕获129个耳聋相关基因的编码区域,采用高通量测序方法检测,并进行生物信息学分析,筛选疑似致病突变,使用Sanger测序和minigene试验进行验证。结果:该家系共2代4人,其中第二代2人(即2例患儿)均患有双耳重度感音神经性聋,伴有双眼视力下降、夜盲症、周边视野敏感度下降及部分视野缺损,前庭功能正常。2例患儿均携带 CDH23(NM_022124.5)、c.6049G>A (p.Gly2017Ser)、c.9856C>G(p.His3286Asp)及c.8699A>G (p.Asp2900Gly),其中c.6049G>A及c.9856C>G遗传自表型正常的父亲,c.8699A>G遗传自表型正常的母亲。错义突变c.9856C>G及c.8699A>G在gnomAD数据库中未收录。错义突变c.6049G>A位于第46号外显子的最后一个碱基位置,生物信息学软件预测其可能影响剪切,minigene试验表明,该突变位点会造成第46号外显子的跳跃,导致其所表达的蛋白功能异常。通过文献检索,并根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传突变分类标准与指南,将c.6049G>A及c.8699A>G归类为致病/可能致病突变,c.9856C>G归类为临床意义未明突变。 结论:该病例是由 CDH23剪切变异与错义变异复合杂合导致的Usher综合征1D型(USH1D), CDH23的这种复合杂合形式会导致USH1D。
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编辑人员丨1周前
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新型ABCB4基因突变所致的进行性家族性肝内胆汁淤积症3型的临床表型及基因型分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨ATP结合盒转运蛋白B4(ABCB4)新型剪接变异的分子致病机制及临床特点。方法:回顾性总结首都医科大学附属北京儿童医院收治的1例胆汁淤积性肝病患儿的临床资料,采用全外显子组测序检测致病突变并进行Sanger测序验证,通过生物信息学预测突变位点的致病性,通过mRNA异常剪接的Minigene体外验证实验对可能致病突变进行体外功能验证,并随访患儿出院后的临床转归。结果:患儿 男,5岁,11月龄出现胆汁淤积,体格检查显示肝脾明显肿大,肝功能、腹部超声及肝脏病理等检查提示胆汁淤积性肝硬化。基因分析结果显示患儿为ABCB4基因致病性突变c.2860G>A和新发突变c.2065-8T>G的复合杂合子,突变分别来源于其父母,对c.2065-8T>G位点进行保守性预测,显示该区域高度保守并可能影响剪接。Minigene实验结果证实c.2065-8T>G突变导致内含子16滞留7 bp序列在成熟的mRNA中,在未发生无义介导的mRNA降解的情况下,氨基酸移码形成截短蛋白(p.Glu689ValfsTer19),最终确诊为进行性家族性肝内胆汁淤积症3型(PFIC3),予熊去氧胆酸(UDCA)等药物治疗,在18个月的随访期内,患儿的临床症状有所改善。结论:ABCB4基因c.2065-8T>G位点被证实影响剪接过程,与c.2860G>A构成复合杂合子,确定为PFIC3的致病原因,携带此突变的PFIC3患儿以胆汁淤积性肝病为主要表现,疾病进展相对缓慢,对UDCA治疗敏感。
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编辑人员丨1周前
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母源 PAK3新发剪接变异导致X连锁智力障碍1例患儿的分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨1例具有严重智力障碍和明显行为异常的患儿的遗传学病因。方法:采集2020年12月2日就诊于武汉大学中南医院的1例具有智力障碍和行为异常患儿及其父母的外周血样,进行全外显子组测序,并通过Sanger测序对其家系成员进行共分离验证。采用短串联重复序列分析对患儿母亲携带的变异进行溯源,并通过minigene实验对剪接变异进行体外功能验证。结果:全外显子组测序发现患儿携带母源性 PAK3基因c.176-2A>G剪接变异。Sanger测序及短串联重复序列分析证实其母亲携带的变异为新发变异。Minigene实验结果证实其第2外显子存在异常剪接。根据美国医学遗传学与基因组学学会变异相关指南,该变异评级为致病性变异(PVS1+PS3+PM2_Supporting+PP3) 结论:PAK3基因c.176-2A>G变异可能是患儿的遗传学病因。上述发现丰富了 PAK3基因的变异谱,为患儿家庭的遗传咨询和产前诊断提供了依据。
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编辑人员丨1周前
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成骨不全胎儿2例的 COL1A1与 COL1A2基因变异分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨2例成骨不全症(OI)胎儿的临床表型及遗传学特征,明确致病原因。方法:收集分别在2021年6月11日和2021年10月16日就诊于潍坊医学院附属医院的2例中孕期超声诊断疑似OI胎儿的临床资料信息。采集孕妇羊水及胎儿父母、亲属外周血样品提取基因组DNA,对2例胎儿进行全外显子组测序(WES),对候选变异进行Sanger家系验证。针对可能影响pre-mRNA剪接的变异,利用minigene体外分析变异位点附近外显子的剪接方式,对变异的致病性进行判定。结果:胎儿1在胎龄17 +6周超声显示双侧肱骨和股骨发育落后2周余,四肢长骨多发骨折、成角畸形。胎儿2在胎龄23周超声显示双侧肱骨和股骨发育分别落后1 +周和4周,双侧股骨和胫腓骨弯曲。WES结果显示胎儿1的 COL1A1基因第49外显子存在c.3949_3950insGGCATGT(p.N1317Rfs*114)杂合变异,该变异导致翻译提前终止,胎儿父母外周血中未检出该变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)变异评级指南,c.3949_3950insGGCATGT变异评级为致病性变异(PVS1+PS2+PM2_Supporting)。胎儿2的 COL1A2基因第26内含子中存在父源的c.1557+3A>G杂合变异,剪接报告基因分析提示该变异使 COL1A2基因pre-mRNA第26外显子发生跳跃,导致mRNA转录本第1 504~1 557位编码序列整码缺失及其编码蛋白第502~519位氨基酸缺失,根据ACMG变异评级指南,c.1557+3A>G杂合变异评级为致病性变异(PS3+PM1+PM2_Supporting+PP3+PP5)。 结论:COL1A1基因c.3949_3950insGGCATGT变异、 COL1A2基因c.1557+3A>G变异分别可能为2例OI胎儿的遗传学原因。 COL1A1基因c.3949_3950insGGCATGT的发现丰富了成骨不全致病基因变异谱。
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编辑人员丨1周前
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全外显子测序技术在遗传性眼病诊断中的应用研究
编辑人员丨1周前
目的:评估全外显子组测序(WES)在遗传性眼病诊断中的应用。方法:本研究收集2020年12月至2023年12月以先天性眼部疾病为主诉在复旦大学附属妇产科医院进行生殖遗传咨询的患者为研究对象,共24例。所有病例均已排除了已知感染或暴露于已知的致畸药物、核型和染色体微阵列分析(CMA)异常。采集先证者及其家系成员外周血样本,提取基因组DNA并进行WES检测,其中单人WES 3例,家系WES 21例,分析筛选出潜在致病位点并进行致病性分类及Sanger测序验证。针对 RPGRIP1:c.1611+26G>A 内含子变异构建 minigene载体行逆转录实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测 mRNA 剪接影响。结果:24个家系中20(83.3%)个获得了明确病因的阳性结果,共涉及21个基因,鉴定出30个不同变异,其中19个为新变异。家系3产前诊断分析结果显示胎儿PRPF8基因携带c.6970G>T杂合无义突变;家系24中非经典剪接位点minigene载体RT-PCR 结果提示突变型质粒转录产物 12号内含子部分保留 104 bp,即p.Glu538Valfs*12。结论:WES在遗传性眼病诊断中的高检出率进一步支持了其应用优势,可作为明确遗传性眼病病因的重要分子检测工具。
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编辑人员丨1周前
