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前列腺癌相关转录物6在肝癌患者血清中的表达及干扰其表达对肝癌细胞生物学功能的影响
编辑人员丨4天前
目的:观察前列腺癌相关转录物6(PCAT6)在肝癌患者血清中的表达及其表达对肝癌细胞Hep3B增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。方法:定量聚合酶链反应(qPCR)法检测2017年6月至2019年6月新乡医学院第一附属医院收治的64例肝癌患者血清和正常肝细胞THLE-3、肝癌Hep3B、HepG2细胞株中长链非编码RNA(lncRNA) PCAT6水平;将肝癌Hep3B细胞随机分为空白对照组(NC组)、阴性空载体转染组照(si-con组)和lncRNA PCAT6沉默组(si-PCAT6组),通过蛋白质印迹法(Western blot)检测基质金属蛋白酶(MMP)-2、MMP-9、剪切的含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3(cleaved Caspase-3)、cleaved Caspase-9、磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)、磷酸化PI3K(p-PI3K)、丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶(Akt)、磷酸化Akt(p-Akt)蛋白表达;通过噻唑蓝(MTT)检测NC组、si-con组和si-PCAT6组细胞增殖;流式细胞术检测3组细胞凋亡率;Transwell小室法检测3组细胞迁移和侵袭。应用SPSS 22.0统计软件分析。结果:中或高分化患者血清lncRNA PCAT6高表达(60.94%)多于低分化程度患者(6.25%, χ2=22.968, P<0.01),差异有统计学意义,T分期Ⅱ~Ⅳ患者血清lncRNA PCAT6高表达占比(57.81)多于Ⅰ期患者(9.38%, χ2=8.529, P<0.01),差异有统计学意义;Hep3B细胞(3.72±0.67)和HepG2细胞(3.38±0.53)中lncRNA PCAT6表达高于THLE-3(1.03±0.14, t=9.322、8.144, P<0.05),差异有统计学意义。si-PCAT6组lncRNA PCAT6表达(0.21±0.11)显著低于si-con组(0.96±0.15, t=9.915, P<0.05),24、48、72 h细胞活力显著降低( t=3.280、6.144、6.373, P<0.05),差异有统计学意义。Western blot检测si-PCAT6组cleaved Caspase-3、cleaved Caspase-9蛋白、p-PI3K和p-Akt表达表达显著增加( t=11.408、14.628、8.683、9.585, P<0.01),差异有统计学意义,MMP-2和MMP-9蛋白表达减少( t=10.568、10.814, P<0.01),差异有统计学意义;流式细胞术检测Hep3B细胞凋亡率显著增高( t=21.075, P<0.01),差异有统计学意义;Transwell细胞迁移和侵袭显著降低( t=12.816、12.707, P<0.01),差异有统计学意义。 结论:HCC患者血清中lncRNA PCAT6处于高表达状态,与HCC分化程度、T分期有关,沉默lncRNA PCAT6可抑制其生物学行为,抑制Akt信号通路活化是其作用机制。
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编辑人员丨4天前
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长链非编码RNA TUC338在前列腺癌组织表达及其临床意义
编辑人员丨4天前
目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA) TUC338在前列腺癌中表达及其与临床病理特征和预后的关系。方法:选取河南大学淮河医院2017年6月到2019年6月收集的65例前列腺癌和癌旁组织作为研究对象,采用转录组学分析差异表达lncRNA,采用荧光定量聚合酶链式反应分析差异表达lncRNA表达水平;并分析肿瘤组织和分析差异表达lncRNA与高危前列腺癌患者临床病理参数、预后、增殖和迁移之间的关系。计量数据比较采用 t检验,采用Kaplan-Meier法进行患者生存率分析。 结果:前列腺癌组织中lncRNA TUC338表达水平(5.19±0.72)明显高于癌旁组织(1.49±0.61),差异有统计学意义( t=6.091, P<0.05)。癌旁组织lncRNA TUC338表达水平(1.10±0.43)明显低于前列腺癌组织(3.78±0.99),差异有统计学意义( t=4.117, P<0.05)。3 ng/ml≤前列腺特异性抗原(PSA)≤20 ng/ml患者前列腺癌lncRNA TUC338表达水平(1.99±0.45)明显低于PSA>20 ng/ml患者前列腺癌组织lncRNA TUC338表达水平(4.21±0.85),差异有统计学意义( t=6.185, P<0.05)。Gleason评分≥8分患者前列腺癌lncRNA TUC338表达水平(4.10±0.68)明显高于Gleason评分<8分患者(2.51±0.40),差异有统计学意义( t=5.194, P<0.05)。PT1~T2期患者前列腺癌lncRNA TUC338表达水平(2.58±0.64)明显低于PT3~T4期患者(4.11±0.78),差异有统计学意义( t=4.901, P<0.05)。无淋巴结转移患者前列腺癌lncRNA TUC338表达水平(2.28±0.48)明显低于有淋巴结转移患者(4.59±0.95),差异有统计学意义( t=3.917, P<0.05)。lncRNA TUC338高表达患者术后3年无复发生存率[21.74%(5/23)]低于低表达组[59.23%(25/42)],差异有统计学意义(Log-Rank=3.189, P<0.05)。前列腺癌组织lncRNA TUC338表达水平与肿瘤增殖标志物细胞核增殖抗原(Ki-67)和迁移相关蛋白黏着斑激酶(FAK)表达水平呈正相关( r=0.781、0.901, P<0.05)。 结论:lncRNA TUC338在前列腺癌组织中高表达,与患者临床病理特征和预后密切相关。
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编辑人员丨4天前
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泛素特异性蛋白酶7基因的泛癌分析及其在瘢痕溃疡癌变中的表达
编辑人员丨4天前
目的:探讨泛素特异性蛋白酶7(USP7)在瘢痕溃疡癌变过程中的生物学作用及其临床意义。方法:采用回顾性观察性研究结合生物信息学分析方法。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因表达综合数据库中获取USP7在肿瘤和/或其对应癌旁正常组织中的RNA表达谱数据,并将RNA测序数据进行log 2转化。通过多维度癌症基因集cBioPortal数据库分析 USP7基因变异情况,并分析其突变位点。通过TIMER 2.0数据库中“差异表达”模块获得TCGA数据库中肿瘤、癌旁正常组织USP7 mRNA表达情况。使用基因表达谱交互分析2(GEPIA2)数据库分析皮肤黑色素瘤(SKCM)、宫颈鳞状细胞癌(CESC)、肺鳞状细胞癌(LUSC)和头颈鳞状细胞癌(HNSC)中高表达USP7患者与低表达USP7患者的生存率并绘制Kaplan-Meier生存曲线。利用Sangerbox数据库分析USP7在泛癌中的表达与微卫星不稳定性(MSI)或肿瘤突变负担(TMB)的相关性。通过GEPIA2数据库中“相关性分析”模块,评估USP7在泛癌中的表达与5种DNA错配修复基因( MLH1、 MSH2、 MSH6、 PMS2和 EPCAM)表达水平和3种必需DNA甲基转移酶(DNMT)——DNMT1、DNMT3A、DNMT3B表达水平的相关性。通过TIMER 2.0数据库中“免疫-基因”模块分析USP7在CESC、HNSC、LUSC和SKCM中表达及其与免疫细胞(B细胞、CD4 +T细胞、CD8 +T细胞、中性粒细胞、巨噬细胞和树突状细胞)浸润的相关性。利用GEPIA2数据库的“相似基因检测”模块获得与USP7表达模式相似且排名前100的蛋白集。将前述蛋白集与利用STRING数据库获得的与USP7有直接物理结合作用且排名前50的蛋白集进行交集分析。通过DAVID数据库对上述2个蛋白集进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)富集分析。收集2018年10月—2022年10月武汉大学附属同仁医院暨武汉市第三医院病理科有相应临床病理特征的正常皮肤、增生性瘢痕、瘢痕溃疡、瘢痕癌的术后标本,采用免疫组织化学法检测组织中USP7表达情况,样本数为6。对数据行Log-rank检验、单因素方差分析及Bonferroni检验。 结果:在泛癌中, USP7的主要基因变异类型为突变和扩增,变异频率(>6%)居前3位的肿瘤依次为膀胱尿路上皮癌、SKCM和子宫内膜癌。 USP7基因在泛癌中的主要突变为错义突变。在突变频率最高的SKCM中,主要突变类型是USP7_ICP0_bdg结构域的错义突变。USP7 mRNA在乳腺浸润癌、胆管癌、结肠癌、食管癌、HNSC、肾嫌色细胞癌、肝细胞肝癌、肺腺癌、LUSC、前列腺癌和胃癌肿瘤组织中的表达均明显高于其对应的癌旁正常组织( P<0.05),在多形成性胶质细胞瘤、肾透明细胞癌、肾乳头状细胞癌和甲状腺癌中的表达均明显低于其对应的癌旁正常组织( P<0.05);此外,USP7 mRNA在SKCM转移组织中的表达远高于其原发肿瘤组织( P<0.05)。生存曲线显示,在CESC、HNSC、LUSC和SKCM中,高表达USP7患者与低表达USP7患者的存活率比较,差异均无统计学意义(Log-rank P>0.05,风险比分别为1.00、0.99、1.00、1.30)。USP7在结肠癌、结直肠癌、胸腺癌、甲状腺癌中的表达均与TMB呈显著负相关(Pearson相关系数分别为-0.26、-0.19、-0.19和-0.11, P<0.05);USP7在神经胶质瘤、CESC、肺腺癌、混合肾癌、LUSC中的表达均与MSI呈显著正相关(Pearson相关系数分别为0.22、0.14、0.15、0.08和0.14, P<0.05),在结肠癌、结直肠癌、乳腺浸润癌、前列腺癌、HNSC、甲状腺癌和弥漫性大B细胞淋巴瘤中的表达均与MSI呈显著负相关(Pearson相关系数分别为-0.31、-0.27、-0.13、-0.19、-0.16、-0.18和-0.53, P<0.05)。USP7在CESC中的表达与MSH2和MSH6的表达均呈明显正相关(Spearman相关系数分别为0.51和0.44, P<0.05),在HNSC中的表达与EPCAM、MLH1、MSH2、MSH6、PMS2的表达均呈明显正相关(Spearman相关系数分别为0.39、0.14、0.49、0.54和0.41, P<0.05),在LUSC中的表达与EPCAM、MSH2、MSH6和PMS2的表达均呈明显正相关(Spearman相关系数分别为0.20、0.36、0.40和0.34, P<0.05),在SKCM中的表达与EPCAM、MLH1、MSH2、MSH6和PMS2的表达均呈明显正相关(Spearman相关系数分别为0.11、0.33、0.42、0.55和0.34, P<0.05);USP7在CESC、HNSC、LUSC和SKCM中的表达与DNMT1、DNMT3A和DNMT3B的表达均呈显著正相关(Spearman相关系数分别为0.42、0.34和0.22,0.45、0.52和0.22,0.36、0.36和0.22,0.38、0.46和0.21, P<0.05)。USP7在CESC、HNSC、LUSC和SKCM中的表达仅与CD4 +T细胞浸润呈显著正相关(Partial相关系数分别为0.14、0.22、0.13、0.16, P<0.05)。与USP7表达模式相似且排名前100的蛋白集中,排名前5的蛋白依次是C16orf72、BCLAF1、UBN、GSPT1、ERI2(Spearman相关系数分别为0.83、0.74、0.73、0.73和0.72, P值均<0.05)。与USP7有直接物理结合作用且排名前50的蛋白集与前述蛋白集的交集仅有1个蛋白,即为甲状腺激素受体相互作用因子12。KEGG富集分析显示,USP7相关基因涉及细胞周期、剪接体、细胞衰老和p53信号通路等。GO富集分析显示,USP7相关基因涉及转录调控、蛋白质泛素化、DNA修复和细胞质模式识别受体信号通路等。临床样本分析显示,USP7在增生性瘢痕(0.35±0.05)、瘢痕溃疡(0.43±0.04)和瘢痕癌(0.61±0.03)中的表达均明显高于正常皮肤(0.18±0.04), P<0.05。 结论:USP7可能为临床瘢痕溃疡癌变恶化的生物标志物。
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编辑人员丨4天前
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前列腺癌组织蛋白质组学及其差异表达蛋白分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨前列腺癌组织蛋白质组学及其差异表达蛋白分析。方法:选取2022年1月至2023年12月郑州大学附属肿瘤医院收治的12例前列腺癌组织和癌旁组织作为研究对象。12个癌旁组织和前列腺癌组织采用组织裂解液提取总蛋白,采用梯度重叠的固定化PH梯度胶对肿瘤样本和正常组织样本进行双向电泳,获得总蛋白质图谱,对两组图谱进行差异分析,选取差异表达的印迹点,切割后进行质谱鉴定和数据库检索,分析差异蛋白的生物学功能。采用蛋白质免疫印迹验证质谱筛选差异表达蛋白水平。计量数据比较采用独立样本 t检验。 结果:采用双向电泳共得到125个差异表达的蛋白质点,串联质谱分析,获得肽段指纹图谱,共获得54个显著表达的的蛋白,其中上调31个,下调23个。其中表达增加排名前5的蛋白分别为L-乳酸脱氢酶B、α-烯醇酶、内质网蛋白ERp29、转录激活因子6、高迁移率蛋白A2。表达下调排名前5的蛋白分别为蛋白质二硫化物异构酶、血小板反应素-1、WW结构域的氧化还原酶、内质网蛋白ERp29、乙醛脱氢酶。上述蛋白主要参与细胞中心碳代谢、蛋白质翻译、基因转录调控、内质网应激反应、细胞外基质重塑等生物过程。癌旁组织中L-乳酸脱氢酶B、α-烯醇酶、波形蛋白、转录激活因子6和高迁移率蛋白A2蛋白表达水平(0.87±0.09、1.05±0.15、0.75±0.06、0.76±0.09、0.62±0.09)明显低于前列腺癌组织(1.85±0.13、1.71±0.14、1.47±0.12、1.24±0.12、1.40±0.22),差异有统计学意义( t=21.530、11.090、18.930、11.450、11.460, P<0.05)。癌旁组织中蛋白质二硫化物异构酶、血小板反应素-1、WW结构域的氧化还原酶、内质网蛋白ERp29和乙醛脱氢酶蛋白表达水平(1.43±0.19、1.14±0.14、1.37±0.14、1.03±0.09、0.91±0.06)明显高于前列腺癌组织(0.42±0.12、0.74±0.11、0.79±0.07、0.69±0.07、0.60±0.13),差异有统计学意义( t=15.430、7.620、12.750、10.280、7.418, P<0.05)。 结论:前列腺癌组织细胞中心碳代谢、蛋白质翻译和基因转录调控等相关的蛋白表达异常,可能与前列腺癌的形成和进展密切相关。
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编辑人员丨4天前
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LLGL2蛋白在前列腺导管腺癌及腺泡腺癌中的表达差异及其意义
编辑人员丨4天前
目的:探讨前列腺导管腺癌(PDA)及腺泡腺癌中的差异表达蛋白及其潜在临床意义。方法:回顾北京医院2015年1月至2019年12月诊断前列腺癌且病理诊断为PDA或有PDA成分的18例患者的临床和病理信息。对PDA和腺泡腺癌组织进行转录组分析,并对比二者表达谱差异。对表达具有显著差异的蛋白进行免疫组织化学验证,并分析其表达模式差异。结果:18例PDA患者中8例进行转录组分析,表达量与公共数据库进行比较,通过差异基因分析,一共确定了129个表达差异基因,其中45个表达上调,84个表达下调。富集分析结果显示差异基因主要富集在与心血管相关(肥厚型心肌病)和白介素17相关的两条通路。表达谱的差异分析发现GPAT2、LLGL2、MAMDC4、PCSK9及SMIM6具有表达差异。进一步免疫组织化学分析显示,与腺泡腺癌相比,PDA的LLGL2细胞质染色强阳性表达较多( P=0.04),细胞核染色呈阴性( P<0.01)。 结论:基因表达谱的结果表明PDA与腺泡腺癌非常相似。在筛选并验证的差异蛋白中,GPAT2、LLGL2、MAMDC4、PCSK9在PDA中表达增高,SMIM6在PDA中表达降低,其中LLGL2的表达在PDA与腺泡腺癌间存在表达部位的显著差异,可能成为一种潜在的标志物,在PDA与腺泡腺癌的鉴别诊断中得以应用。
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编辑人员丨4天前
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鬼点灯正丁醇提取物成分检测及止咳作用机制挖掘
编辑人员丨3周前
目的 鉴定鬼点灯正丁醇提取物的成分,探讨其止咳作用机制.方法 采用液相色谱-质谱(LC-MS)法对其成分进行检测,并结合自建数据库进行结构鉴定.通过中草药系统药理学平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)、Batman-TCM数据库收集成分靶点,通过GeneCard,OMIM,DisGeNET,TTD数据库筛选疾病相关靶点基因,通过Venny 2.1.0 软件获取成分-疾病共有靶点,通过Cytoscape 3.8.0 软件进行可视化处理,构建成分-疾病-靶点网络,通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,通过R 4.4.1 软件进行基因功能(GO)分析、京都基因和基因组数据库(KEGG)通路富集分析.结果 鉴定出 55 个成分,主要包括有机酸类17 个、黄酮类 16 个、苯酚类 12 个、香豆素类 5 个、苯丙素类 2 个、氨基酸类 1 个、醌类 1 个、醇类 1 个.网络药理学分析结果显示,共筛选出 319 个共有靶点,活性较强的成分为白藜芦醇、木犀草素、表儿茶素、刺芒柄花素、刺槐素等,止咳作用的关键靶点蛋白为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 1(AKT1)、白细胞介素 6(IL-6)、ALB、Jun、胱天蛋白酶 3(CASP3)、表皮生长因子受体(EGFR)等;共筛选出 218 个分子功能条目,包括磷酸酶结合、转录共调节因子结合、AKT活性等;共筛选出 189 条信号通路,包括癌症、脂质与动脉粥样硬化、前列腺癌、乙型肝炎、麻疹、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终产物受体(AGE-RAGE)、磷脂酰肌醇-3-激酶-AKT(PI3K-AKT)信号通路等.结论 鬼点灯正丁醇提取物主要含有有机酸类、黄酮类、苯酚类、香豆素类、苯丙素类等化合物,其止咳作用可能主要与癌症、脂质与动脉粥样硬化、乙型肝炎、糖尿病并发症中的AGE-RAGE、PI3K-AKT信号通路等有关.
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编辑人员丨3周前
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基于网络药理学和分子对接技术探究白藜芦醇治疗前列腺癌的作用机制
编辑人员丨1个月前
目的 基于网络药理学和分子对接技术探究白藜芦醇治疗前列腺癌的潜在作用机制.方法 通过TCMSP、HERB、Drugbank等 9 个药物靶点数据库检索并收集白藜芦醇的作用靶点;利用DisGeNET、GeneCards、OMIM等 6 个疾病靶点数据库获得前列腺癌的相应靶点;利用Venny 2.1.0 平台获得药物和疾病的交集靶点,然后利用String数据库和Cytoscape 3.9.1软件的Centiscape 2.2插件进行拓扑分析,进一步筛选得到白藜芦醇抗前列腺的作用靶点;再次利用String数据库和Cytoscape 3.9.1 软件进行网络的拓扑分析,筛选出核心靶点并绘制蛋白相互作用(PPI)图;利用David数据库进行基因本体论(GO)与京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,并使用Rstudio软件对其结果进行可视化;使用AutoDoc 1.5.7 软件对白藜芦醇与核心靶点进行分子对接;利用UALCAN数据库验证核心靶基因在前列腺癌组织中的表达情况.结果 共收集到 585个白藜芦醇作用靶点和 5 331 个前列腺癌相关靶点,其中交集靶点 441 个,进一步筛选后得到白藜芦醇抗前列腺的作用靶点67 个,其中核心靶点有肿瘤抑制因子p53(TP53)、蛋白激酶B1(Akt1)、信号转导和转录激活因子 3(STAT3)、雌激素受体 1(ESR1)、转录因子Jun(JUN)、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src(SRC)、连环蛋白β1(CTNNB1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1);KEGG富集分析主要得到糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路、磷脂酰肌醇 3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、催乳素信号通路等;分子对接结果显示,白藜芦醇和核心靶点之间均具有良好的结合性;核心基因表达量验证结果表明,TP53和Akt1在前列腺癌组织中表达量较高,STAT3、ESR1、CTNNB1、MAPK1则表达量较低.结论 白藜芦醇可能通过TP53、Akt1、STAT3、ESR1、JUN等靶点调节AGE-RAGE、PI3K/Akt等信号通路发挥抗前列腺癌的作用.
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编辑人员丨1个月前
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尿液microRNA-326与腹腔镜根治性膀胱切除术治疗膀胱癌患者预后的相关性研究
编辑人员丨1个月前
目的:探究尿液中微小核糖核酸-326(miR-326)与腹腔镜根治性膀胱切除术治疗膀胱癌患者预后的相关性。方法:选择2017年1月至2019年2月在绵竹市人民医院、德阳市中西医结合医院、绵竹市中医医院、绵阳市第三人民医院、内江市市中区人民医院、德阳市第六人民医院行根治性膀胱切除术治疗的138例膀胱癌患者作为研究对象,随访6~60个月,根据其生存状态将其分为生存组(n=95)和死亡组(n=43)。用实时荧光定量PCR法检测尿液中miR-326水平。用受试者工作特征(ROC)曲线评价miR-326判断膀胱癌患者预后的价值,用Kaplan-Meier和Log-rank比较不同miR-326水平患者的生存情况,用Cox回归分析膀胱癌患者预后的风险因素。结果:生存组的年龄、T4期占比和淋巴结转移占比均低于死亡组(P值均<0.05)。两组的术后miR-326水平均高于术前(P值均<0.05)。生存组的术前miR-326水平高于死亡组,miR-326变化值低于死亡组(P值均<0.05)。术前miR-326判断膀胱癌患者预后的ROC曲线下面积高于miR-326变化值(P<0.05)。术前miR-326≤0.40患者的生存率低于术前miR-326>0.40患者(P<0.05)。Cox回归分析结果显示高龄和高T分期是膀胱癌预后的独立危险因素,高术前miR-326是膀胱癌预后的独立保护因素(P值均<0.05)。结论:根治性膀胱切除术前miR-326水平高提示膀胱癌患者预后不良风险低。
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编辑人员丨1个月前
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天香丹改善心肌缺血再灌注损伤作用机制的网络药理学和分子对接技术研究
编辑人员丨2024/6/15
目的 通过网络药理学和分子对接技术研究天香丹改善心肌缺血再灌注损伤的药效物质基础和分子作用机制.方法 借助中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)并查阅文献获得天香丹中4味中药的主要活性成分,并将与活性成分相联系的靶基因借助UniProt数据库翻译成相应基因.于PubChem数据库得到红景天、新塔花活性成分的详细信息,可以在TCMSP平台上找到该活性物质的靶基因,就使用TCMSP的结果,否则使用SwissTargetPrediction平台得到预测靶基因;利用GeneCards、OMIM、DISGENET和TTD数据库得到疾病相关靶点,对活性成分靶点与疾病靶点取交集后采用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;选择与本课题相关的通路cAMP、mTOR、核转录因子-κB(NF-κB)使用mapper工具构建KEGG通路图.最后通过AutoDock Vina软件对关键靶点和化合物进行分子对接.结果 筛选出新塔花、红景天、丹参、降香针对心肌缺血再灌注损伤的128个活性成分和386个潜在作用靶点.蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络拓扑分析发现白细胞介素-6(IL-6)、蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)的含量、白细胞介素-1 β(IL-1 β)等是天香丹治疗心肌缺血再灌注损伤的关键靶点.GO功能分析发现天香丹生物过程主要集中在RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控、基因表达的正向调控、凋亡过程的负调控、对外源刺激的反应等多个方面;KEGG信号富集分析结果显示主要涉及血脂与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、细胞凋亡、IL-17信号通路、前列腺癌、HIF-1信号通路、cAMP信号通路、NF-κB信号通路、mTOR信号通路等.分子对接结果显示活性物质与靶点蛋白之间存在较强的结合力,其中槲皮素与TNF的结合力最强.结论 天香丹治疗心肌缺血再灌注损伤具有多成分、多靶点、多通路相互协同的特点,为今后天香丹的临床应用提供了理论基础和参考.
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编辑人员丨2024/6/15
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生物信息学方法分析前列腺癌组织及细胞系中LMNA基因第七外显子点突变
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨前列腺癌中核纤层蛋白A/C(lamin A/C,LMNA)基因第七外显子点突变与LMNA表达差异的相关性.方法 采用高通测序分析了永生化正常前列腺上皮细胞(RWPE-1)、低侵袭力前列腺癌上皮细胞(PC-3M-2B4)及高侵袭力前列腺癌上皮细胞(PC-3M-1E8)LMNA基因的12个外显子,识别出在RWPE-1与PC-3M-1E8细胞系中C.1159C> CA(p.L387LI)点突变,定位在1号染色体156106006.为了验证点突变在前列腺癌患者中的分布情况,PubMed GEO数据库下载了3组数据,分别是100例前列腺癌患者石蜡包埋标本的总RNA测序数据、20例前列腺癌和10例配对正常组织的转录组数据及21种前列腺正常及癌细胞株的测序数据.在1号染色体上选取156105950到156106055范围,设置比对序列CTACGCCTG或者NTACGCCTGTCCCCCAGCCC,每次分析比对长度为50 nt.同时,利用GEO数据库分析了突变点周围序列的特点与功能.最后,转染突变质粒,蛋白质电泳分析LMNA点突变对LMNA蛋白质表达的影响.结果 在所有分析的样品中,1号染色体LMNA外显子7从156106006到156106011的区域内,存在2种错义突变形式:C/CA(p.L387LI)、C/CG (p.L387LV)和4种同义突变形式:C/CT (p.L387L)、C/CA(p.R388R)、C/CT(p.R388R)、C/CG(p.R388R).前列腺癌按格里森(Gleason score,GS)评分系统分组,错义突变的总发生率分别占40%(正常)、11%(GS5-6)、2% (GS 7)和6% (GS 8-10).在16种前列腺癌细胞系和5种前列腺良性细胞系中,错义突变的总发生率分别占31%和60%.此外,还发现1号染色体上从156106008到156106066是转录因子结合位点,常见转录因子为PAX5、HEN1(NHLH1)、HTF、P53、MIF1、COMP1和NGFIC (NGF4).通过功能聚类分析,这些转录因子的功能主要集中在染色质重组及调控、RNA代谢过程的正向调节、组蛋白修饰的调控以及程序性细胞死亡的负调节等方面.高表达突变LMNA的细胞系LMNA及磷酸化LMNA蛋白质表达下调.结论 156106006位点突变多发生在前列腺正常组织和前列腺良性细胞株,与LMNA蛋白质表达密切相关,可能是lamin蛋白质异源性表达的机制之一.
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编辑人员丨2023/8/6
