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2015—2019年北京市麻疹病毒分子流行病学分析
编辑人员丨5天前
目的:分析2015—2019年北京市麻疹病毒(measles virus, MV)分子流行病学特征,为消除麻疹提供实验室依据。方法:通过北京市麻疹实验室网络收集2015—2019年麻疹病毒阳性咽拭子标本,提取病毒核酸后采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增麻疹病毒N基因C末端450个核苷酸片段,对扩增产物进行核苷酸序列测定,获得基因序列同WHO麻疹病毒基因型代表株、中国和其他国家D8基因型参考株构建系统进化树,分析核苷酸和氨基酸同源性;对D8和B3基因型麻疹病例进行描述性分析。结果:2015—2019年全市麻疹病毒基因型鉴定株546株,其中H1a基因型531株,疫苗株5株,B3基因型1株,D8基因型9株,其中8株为2019年流行株。本土株H1a基因型MV核苷酸和氨基酸同源性为91.5%~100.0%和73.6%~100.0%。2019年8例D8基因型麻疹病例均为成人,其中2例为一起暴发疫情,其余6例为散发病例。结论:输入性D8基因型成为2019年北京市MV主要流行基因型;2015—2019年随着麻疹发病下降,本土基因型H1a已经不占优势,而其他不同基因型输入,形成混合流行的趋势,建议在消除麻疹工作中,不仅要努力阻断本土麻疹病毒传播,更要防控非本土基因型病毒输入和持续传播,避免其逐渐演化为优势毒株而建立本土传播的风险。
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编辑人员丨5天前
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干扰素诱导跨膜蛋白3基因rs12252多态性与新型冠状病毒肺炎关联性研究
编辑人员丨5天前
目的:了解干扰素诱导跨膜蛋白3(IFITM3)基因rs12252多态性与新型冠状病毒感染之间的关联。方法:选择2020年1月至2021年1月北京市监测发现的新型冠状病毒肺炎病例及无症状感染者446例和健康对照人群65例。提取呼吸道样本基因组DNA,使用Sanger测序法检测IFITM3基因rs12252多态性。结果:无症状感染者、轻型病例、普通型病例中rs12252基因型分布频率与对照组无显著性差异( P值均>0.05),但重型病例中基因型分布具有显著差异( P<0.05)。60%的重型病例为CC基因型,明显高于其他类型病例、无症状感染者或健康人群。隐性遗传模型显示CC基因型个体比TT基因型和CT基因型个体有更高的风险发展为新冠肺炎重型或危重型( OR=3.546,95% CI:1.084~11.595)。 结论:IFITM3 rs12252CC基因型会导致较高的新冠肺炎重症感染风险。
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编辑人员丨5天前
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北京市市售结球生菜诺如病毒和轮状病毒污染状况调查
编辑人员丨5天前
目的:调查北京市市售结球生菜诺如病毒(norovirus,NoV)和轮状病毒(rotavirus,RV)污染情况。方法:2015年11月至2016年10月,在北京市某菜市场摊位采集结球生菜54件。用离心法和直接法,分别对应3种洗脱液洗脱菜叶中病毒并浓缩,用荧光PCR法检测NoV和RV核酸。用半巢式RT-PCR方法扩增NoV阳性样本的衣壳蛋白区基因,PCR产物直接测序,用BioEdit7.0. 9.0软件进行序列比对,用MEGA6.06软件构建进化树。结果:54件结球生菜,未检出RV。NoV总检出率为11.1%(6/54),其中GI组1件、GⅡ组3件、GI/GⅡ组混合2件。春夏秋冬季检出率依次为8.3%(1/12)、0.0%(0/8)、28.6%(4/14)和5.0%(1/20)。1件GⅡ阳性样本测序成功,为GⅡ.3基因型,该毒株与2014年广东省人源毒株KY348698相似性最高100.0%。结论:北京市市售部分结球生菜存在人源NoV污染,生食未洗净结球生菜有引起病毒性急性胃肠炎的风险。
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编辑人员丨5天前
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儿童中央核肌病临床基因型分析及随访研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨儿童中央核肌病的临床表型、转归及基因型,以提高对该病的认识。方法:回顾性分析2008年10月至2018年12月北京大学第一医院儿科经临床和病理检查确诊的中央核肌病9例患儿的临床、病理和基因检测资料,随访8个月~8.6年[(4.4±3.1)年]。结果:1.临床表型:9例患儿中,男6例,女3例;起病年龄为出生1 d~10岁。8例以肢体无力或运动发育落后为主诉,1例因体检发现血清肌酸肌酶升高就诊。体格检查示患儿均存在骨骼肌无力,其中4例伴颜面肌受累。6例患儿接受随诊,其中4例运动功能无显著下降,2例改善;随诊患儿均无显著心脏受累;4例出现脊柱侧弯。5例接受肺功能检测,其中2例出现限制性通气障碍。2.基因型:接受检查的8例中4例诊断明确,其中2例 DNM2基因新生变异c.1893+1G>A、c.1856C>T(已报道致病变异),1例 RYR1基因复合杂合变异c.2044C>G和c.6823G>A, 1例 TTN基因复合杂合变异c.2106_2107insAAGCTGTA、c.107377+1G>A(已报道致病变异)。 结论:中央核肌病病程相对静止,易累及颜面肌,较少累及心肌。新发现中央核肌病相关基因变异位点4个。
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编辑人员丨5天前
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中老年轻度认知障碍人群血脂及胰岛素抵抗相关指标与认知评分的相关性
编辑人员丨5天前
目的:分析中老年轻度认知障碍(MCI)人群血脂及胰岛素抵抗相关指标与认知评分的相关性。方法:本研究为横断面研究,连续选取2021年1月1日—7月31日在首都医科大学附属北京天坛医院健康管理中心进行体检且蒙特利尔认知功能量表(MoCA)评分≥18分的262例中老年人群为研究对象,根据认知功能和MoCA评分分为MCI组(143例)和认知正常组(119例)。收集两组基本资料、空腹血糖、甘油三酯(TG)、总胆固醇、载脂蛋白E(ApoE)基因型等临床指标,采用假设检验比较两组基本资料、血脂及胰岛素抵抗相关指标差异,采用Spearman相关性分析评估两组血脂及胰岛素抵抗相关指标与MoCA评分的相关性。结果:MCI组年龄及高血压、冠心病、糖尿病患者比例均显著高于认知正常组[(54.83±8.29)比(50.76±6.34)岁、37.76%比31.93%、4.20%比0.84%、16.08%比8.40%](均 P<0.05)。MCI组血清TG升高( r=-0.50,95% CI:-0.88~-0.12)、TG葡萄糖乘积指数(TyG)升高( r=-0.75,95% CI:-1.29~-0.20)、TG高密度脂蛋白胆固醇比值(TG/HDL-C)升高( r=-0.52,95% CI:-0.91~-0.13)均与MoCA评分呈负相关(均 P<0.05);校正年龄、性别后,TG升高( r=-0.39,95% CI:-0.75~-0.31)、TG/HDL-C升高( r=-0.43,95% CI:-0.80~-0.05)仍与MoCA评分呈负相关(均 P<0.05)。认知正常组各指标与MoCA评分的相关性差异均无统计学意义(均 P>0.05)。MCI组携带ApoE ε4基因型人群TG升高与MoCA评分呈负相关( r=-0.70,95% CI:-1.23~0.16, P=0.017);携带ApoE ε2、ApoE ε3基因型人群TG与MoCA评分的相关性差异均无统计学意义(均 P>0.05)。 结论:中老年MCI人群血脂及胰岛素抵抗相关指标升高与认知评分呈负相关,这在携带ApoE ε4基因型人群中更为明显。
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编辑人员丨5天前
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分化型甲状腺癌HRAS突变与颈部淋巴结转移的相关性及超声特征的研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨分化型甲状腺癌(DTC)HRAS(IVS1-82del gctgggcctggg)基因突变(简称HRAS突变)与颈部淋巴结转移的相关性及肿瘤组织的超声特征。方法:回顾分析2014年1月至2019年2月北京友谊医院行DTC根治治疗、经术后病理检查证实的162例患者(DTC组)的临床资料,其中甲状腺乳头状癌(PTC)患者139例(PTC组),甲状腺滤泡癌(FTC)患者23例(FTC组)。PTC组中,经典亚型34例,滤泡亚型36例,高细胞亚型69例。以同期在北京友谊医院体检中心195例健康体检正常者(健康对照组)的血液基因型为DTC组的对照;行甲状腺腺瘤切除术的19例滤泡腺瘤患者(FA组)作为FTC组的对照。采用χ2检验分析DTC组患者肿瘤组织HRAS突变频率与颈部淋巴结转移的相关性,HRAS突变肿瘤组织的超声声像图特征。结果:①HRAS突变:DTC组60例(37.0%),健康对照组51例(26.2%),差异有统计学意义(χ2 =4.538, P=0.03);FTC组与FA组分别为9例(39.1%)和5例(5/19),差异无统计学意义(χ2 =0.769, P=0.38)。②DTC组淋巴结转移者75例,其中HRAS突变者颈部淋巴结转移率53.3%(32/60),无突变(野生型)者颈部淋巴结转移率42.2%(43/102),差异无统计学意义(χ2=1.898, P=0.16);PTC组HRAS突变者51例,其中经典亚型、滤泡亚型、高细胞亚型HRAS突变者颈部淋巴结转移比例分别为7/12、8/14、48.0%(12/25),野生型转移率分别为50.0%(11/22)、40.9%(9/22)、43.1%(19/44),不同亚型HRAS突变者间颈部淋巴结转移率差异无统计学意义(χ2=1.009, P=0.98);FTC组HRAS突变者9例,突变与野生型者的颈部淋巴结转移分别为5/9、4/14,差异无统计学意义( P=0.38)。③PTC组HRAS突变者超声声像为结节边界清晰者66.7%(34/51)、野生型为42.0%(37/88),结节远离被膜分别为84.3%(43/51)、65.9%(58/88),两者差异均有统计学意义(χ2=7.833, P<0.01;χ2=5.506, P=0.02)。 结论:DTC患者更易发生HRAS突变,基因突变型结节具有边界清晰、不靠近被膜生长的超声特征。
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编辑人员丨5天前
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2014—2015年北京市批发市场肉类食品中沙门菌表型和基因组特征分析
编辑人员丨5天前
目的:分析北京批发市场肉类食品中沙门菌的表型和基因组特征。方法:对分离自北京市批发市场的336株肉类食品来源沙门菌,采用微量肉汤稀释法对25种抗菌药物进行耐药性测试,开展全基因组测序并使用SeqSero2、SISTR软件分析血清型和ST型,使用Abricate软件的CARD、VFDB模块预测菌株的耐药基因和毒力因子,使用沙门菌分子血清分型试剂盒和血清凝集法验证部分疑难菌株血清型。结果:336株沙门菌菌株对萘啶酸、氨苄西林的耐药率分别为62.5%(210/336)和55.1%(185/336),对替加环素、头孢西丁和碳青霉烯类抗菌药物均敏感;207株(61.6%,207/336)为多重耐药株,最高可同时耐受10类药物,最常见耐药谱为NAL-AMP-SAM。共检出24种血清型,主要型别为肠炎(34.5%,116/336)、德尔卑(17.3%,58/336)和印第安纳(10.4%,35/336);共检出27种ST型,主要型别为ST11,ST型与血清型较为相符。氨基糖苷类、氟喹诺酮类、β-内酰胺类、磺胺类、四环素类耐药基因的携带率均超过48%,耐药基因预测与耐药表型结果一致性较高;共预测出122种毒力基因,其中74种携带率达100%。结论:北京市批发市场肉类食品中沙门菌中多重耐药比例较高、耐药谱复杂,血清型和ST型种类多样,耐药基因和毒力基因携带率较高,耐药表型和基因型较为一致。
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编辑人员丨5天前
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FTO基因单核苷酸多态性对肥胖运动减重效果的影响存在性别差异
编辑人员丨5天前
携带肥胖易感基因的个体在发生肥胖后,运动减重的效果是否仍然受基因多态性影响,在国内外为数不多的研究中存在较大争议,在客观上也需要针对不同人种和不同民族开展研究。解放军总医院第二医学中心健康管理研究院联合北京博奥晶典生物技术有限公司等机构的科研团队,首次发现在中国汉族成年肥胖人群中,不同FTO基因型的运动减重效果存在差异,尤其在男性肥胖者中这种差异性更为显著。该研究自2018年至2019年,在解放军总医院第二医学中心健康管理研究院医学减重门诊招募成年肥胖者240例(男女各120例,28≤BMI≤40),利用其与中国科学院合肥物质科学研究院联合开发的慢性病运动康复系统,对受试者开展12周精准化中等强度的有氧运动干预,精准控制运动强度和运动量,对完成者进行FTO基因(rs8050136)分型检测,分析运动干预前后肥胖相关指标的变化程度与FTO基因单核苷酸多态性的相关性。研究发现,携带FTO基因的中国汉族成年肥胖者可以通过运动实现减重,且在男性肥胖者中,携带FTO基因者比未携带者的体重和体质指数下降程度更为显著。该发现提示,想要获得更佳的运动减重效果,可根据基因检测结果制定个体化运动减肥方案,对于经基因检测判断为运动减重速度偏慢的肥胖者,可考虑突破中等强度有氧运动的局限性,通过运动要素的新组合来提高减重速度。
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编辑人员丨5天前
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2019—2020年我国6省市人副流感病毒3型全基因组序列特征分析
编辑人员丨5天前
目的:本研究旨在分析2019—2020年期间我国6个省市(北京、河南、吉林、安徽、甘肃和山东)流行的人副流感病毒3型(human parainfluenza virus 3, HPIV3)的全基因组序列特征,以揭示其基因组的遗传变异特点和分子进化规律。方法:根据基因型别、遗传差异和时空分布等原则,从6个省市筛选出12株HPIV3流行代表株(其中7株为C3a型、2株为C3b型、3株为C3f型)。采用巢式RT-PCR方法进行分段重叠扩增并获取其全基因组序列。随后,构建全球HPIV3代表株的全基因组序列数据库,使用生物信息学软件开展分析。结果:研究发现,这12株HPIV3代表株的全基因组序列长度在15 227 bp~15 370 bp之间,G+C含量为35.1%~35.3%,核苷酸一致性为97.6%~99.6%,与原型株(GenBank登录号:NC_001796.2)的核苷酸一致性为94.2%~94.5%。分析我国和全球可获取的HPIV3全基因组序列显示,基因组变异方式主要为点突变,未发现碱基缺失和基因重组现象。仅在本研究的一株吉林省代表株(CHN/Jilin036/2019/C3b)的F基因3′UTR区域发现ATTAAA碱基插入,其病原学意义有待进一步研究。对基因组编码蛋白的氨基酸比对结果显示,我国和全球广泛流行的C3a分支HPIV3在N蛋白、P蛋白和L蛋白上存在分支特异性变异位点,而我国流行的部分C3a毒株在L蛋白上还存在一个独特的变异位点(N216S),尚未发现我国C3b和C3f分支毒株存在特异性变异位点。基于全基因组的进化分析显示,全球HPIV3流行株的最近共同祖先株形成时间(the time to the most recent common ancestor,tMRCA)可追溯至1927年(95%HPD:1901—1945),平均分子进化速率为5.29×10 -4替换/位点/年,而我国HPIV3流行株的平均分子进化速率为5.24×10 -4替换/位点/年。此外,HPIV3编码的各个基因均受到负向选择压力,其中P基因、HN基因和F基因的核苷酸变异最为显著,且其分子进化速率高于其他基因。 结论:本研究期间6个省市流行的HPIV3病毒株全基因组进化相对保守,点突变是驱动HPIV3基因组进化的主要方式。
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编辑人员丨5天前
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一例Duchenne肌营养不良家系伴Klinefelter综合征胎儿的细胞与分子遗传学研究
编辑人员丨5天前
本文报道2019年于北京协和医院产前诊断中心就诊的1例既往有Duchenne肌营养不良(Duchenne muscular dystrophy, DMD)患儿生育史的孕妇(即先证者母亲)进行产前诊断的情况。(1)先证者母亲此次妊娠胎儿染色体核型为47,XXY,荧光原位杂交检测结果显示nucish(CSPX×2,CSPY×1)[100],多重连接探针扩增结果提示性染色体异常,故胎儿诊断为Klinefelter综合征;胎儿短串联重复序列连锁分析和Sanger测序显示胎儿基因型为c.9543delG(p.Trp3181CysfsTer2)杂合变异。(2)先证者Sanger测序结果显示在 DMD基因65号外显子内存在c.9543delG(p.Trp3181CysfsTer2)移码变异。该变异未见文献报道。(3)2008年行产前诊断的男性胎儿存在与先证者相同的母源基因标记,且基因型同样为 DMD基因65号外显子c.9543delG(p.Trp3181CysfsTer2)移码变异;2009年产前诊断的男性胎儿基因型显示存在与先证者不同的母源基因标记,未检测到 DMD基因65号外显子内存在c.9543delG(p.Trp3181CysfsTer2)移码变异,胎儿足月分娩,目前健康。(4)家系内先证者的哥哥和表哥 DMD基因65号外显子存在与先证者相同的移码变异,先证者母亲为该变异的杂合携带者。
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编辑人员丨5天前
