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单精子测序技术在植入前胚胎染色体结构异常遗传学检测中区分罗氏易位携带者的应用
编辑人员丨5天前
目的:探讨单精子测序技术在植入前胚胎结构异常遗传学检测中区分携带者的应用价值.方法:针对1 例罗氏易位携带者45,XY,der(13;14)(q10;q10)应用单精子分离结合单精子测序技术完成单倍型的构建,用机械制动法分离20 份单精子样本并进行全基因组扩增(WGA),再利用ASA基因芯片对WGA产物进行全基因组183 708个单核苷酸多态性(SNP)位点检测,通过CNV测序检测出与易位相关且可作为单体型推断的单精子,推断亲本正常及携带罗氏易位的染色体单倍型.将 3 份胚胎滋养层细胞活检样本作为对象,在完成全基因组扩增后,通过高通量测序进行检测,判断胚胎携带易位染色体的情况,选取可用囊胚进行移植,于孕 18 周抽取羊水样本,确认胎儿是否携带致病变异.结果:通过单精子测序共筛选出6 037个SNP位点,挑选出30 个可区分正常与易位单体型位点成功构建单体型,植入前单体型分析提示 3 枚胚胎均为不携带罗氏易位染色体的整倍体胚胎,妊娠中期羊水基因检测证实胎儿核型为46,XN,未携带罗氏易位染色体.结论:对于男性罗氏易位携带者,可通过单精子测序筛选SNP位点构建单体型,用于区分正常和罗氏易位携带者胚胎,为胚胎植入前染色体结构遗传学检测胚胎选择提供依据.
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编辑人员丨5天前
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两样本孟德尔随机化分析炎性因子与前列腺癌因果关系
编辑人员丨5天前
目的:采用两样本孟德尔随机化方法来评估 91 种炎性因子与前列腺癌的潜在因果关系.方法:选取91 种炎性因子的全基因组关联分析(GWAS)汇总统计数据(n=14 824)结合FinnGen最新第9 版数据库中选取前列腺癌作为结局进行孟德尔随机化分析.通过逆方差加权法(IVW)、MR-Egger回归、简单中位数法(SM)、加权中位数法(WM)、加权中值法(WME)等回归模型的OR值和95%CI评估炎性因子与前列腺癌的因果关系,其中IVW法得出的因果关系相对稳定,作为本研究的主要统计方法.进一步采用贝叶斯分析法对孟德尔分析结果进行验证.使用Cochran's Q检验评估遗传工具变量的异质性,使用MR-Egger截距检验评估多效性,使用留一法评估作为工具变量的单核苷酸多态性(SNPs)对暴露和结局因果关系影响的敏感性.结果:IVW法结果显示,91 种炎性因子中白介素-22 受体 A1(IL-22RA1)、磺基转移酶 1A1(ST1A1)与前列腺癌发病风险呈正向因果关联:IL-22RA1:IVW[OR(95%CI):1.12(1.00~1.25),P=0.04];ST1A1:IVW[OR(95%CI):1.08(1.00~1.16),P=0.03].趋化因子配体 11(CXCL11)、白介素 17A(IL-17A)与前列腺癌发病风险呈反向因果关联;CXCL11:IVW[OR(95%CI):0.88(0.81~0.95),P=0.00];IL-17A:IVW[OR(95%CI):0.91(0.84~0.98),P=0.02].MR-Egger截距分析未检测到潜在的水平多效性(P 均>0.05,IL-22RA1=0.885,ST1A1=0.949,CXCL11=0.391,IL-17A=0.884).MR-PRESSO 未检测到偏倚 SNPs(P 均>0.05,IL-22RA1=0.479,ST1A1=0.629,CXCL11=0.326,IL-17A=0.444),未发现异质性(P均>0.05,IL-22RA1=0.543,ST1A1=0.677,CXCL11=0.336,IL-17A=0.494),留一法敏感性分析结果图提示无个别单核苷酸多态性位点对整体因果关系预测产生明显影响,故分析结果可靠.结论:91 种炎性因子中IL-22RA1、ST1A1 与前列腺癌有正向因果关系,随着这些因子的水平增加,前列腺癌发病的风险升高;CXCL11、IL-17A与前列腺癌有反向因果关系,即随着这些因子的水平增加,前列腺癌发病风险降低.
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编辑人员丨5天前
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PLCL2基因多态性与大动脉粥样硬化型缺血性卒中的关系研究
编辑人员丨5天前
目的 探讨磷脂酶C样蛋白2(PLCL2)基因rs4535211、rs75885714、rs7653834位点单核苷酸多态性与大动脉粥样硬化(LAA)型缺血性卒中的相关性.方法 选取2021年7月至2022年7月新疆医科大学第二附属医院就诊的105例新发LAA型缺血性卒中患者作为观察组,选取同期该院性别、年龄相匹配的103例体检者作为对照组.收集并比较两组临床资料及血清炎症指标,同时检测两组PLCL2基因rs4535211、rs75885714、rs7653834位点的基因型,并计算基因型和等位基因频率.结果 观察组C反应蛋白(CRP)、白细胞介素-6(IL-6)、中性粒细胞与淋巴细胞比值(NLR)、单核细胞与高密度脂蛋白-胆固醇比值(MHR)、血小板与淋巴细胞比值(PLR)、D-二聚体水平高于对照组,高密度脂蛋白-胆固醇(HDL-C)水平低于对照组(P<0.05).rs7653834位点为C/C、C/T、T/T基因型,两组比较差异有统计学意义(P<0.05).两组rs7653834位点C/C、T/C、T/T基因型NLR、PLR水平比较,差异有统计学意义(P<0.05).共显性模型、显性模型、超显性模型分析结果显示,两组rs7653834位点基因型比较,差异有统计学意义(P<0.05).结论 PLCL2基因rs7653834位点多态性与LAA型缺血性卒中可能存在潜在关联.
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编辑人员丨5天前
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基于肾主骨理论探讨肾病与骨质疏松症因果关系的孟德尔随机化分析
编辑人员丨5天前
目的 探索中医肾主骨理论下,肾病与骨质疏松症(osteoporosis,OP)的因果关系.方法 使用孟德尔随机化方法,从全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)数据库筛选肾病相关单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)作为工具变量,应用固定效应逆方差加权及多种敏感性分析以评估肾病与OP之间的因果关系.结果 5种孟德尔随机化分析结果显示,膜性肾病(OR=1.000 6,95%CI:1.000 2~1.000 9,P=0.001 0)、慢性肾小球肾炎(OR=1.000 8,95%CI:1.000 1~1.001 5,P=0.038 0)、糖尿病肾病(OR=1.001 0,95%CI:1.000 1~1.002 0,P=0.031 6)、血清肌酐升高(OR=1.013 0,95%CI:1.000 0~1.026 0,P=0.050 8)可显著增加OP风险,估计的肾小球滤过率升高则与OP风险降低相关(OR=0.997 0,95%CI:0.995 3~0.998 6,P=0.000 3).多重敏感性分析证实了结果的稳健性,未发现明显的多效性(MR-Egger截距P>0.05)和异质性(Cohran's Q检验P>0.05).结论 肾病与OP间存在正向因果关系,佐证肾主骨理论,为肾病相关OP预防和治疗提供新证据.
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编辑人员丨5天前
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人类白细胞抗原Ⅰ、Ⅱ类等位基因及单倍体多态性与中国南方汉族白血病的相关性
编辑人员丨5天前
目的:探讨人类白细胞抗原(HLA)Ⅰ类(A、B、C)、Ⅱ类(DRB1、DQB1、DPB1)等位基因和单倍体多态性与中国南方汉族急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓系白血病(AML)以及慢性粒细胞白血病(CML)的相关性。方法:收集深圳市血液中心845例中国南方汉族白血病患者(323例ALL、350例AML及172例CML)和745名中国南方汉族健康献血者的外周血样本。应用聚合酶链反应反向序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-rSSO)及测序分型(PCR-SBT)方法对HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1和-DPB1进行基因分型,鉴定HLA等位基因前4位数。采用Arlequin 3.5软件分析HLA单倍体;从HLA低分辨水平(等位基因前2位数)及高分辨水平(等位基因前4位数)分别统计分析HLA等位基因和单倍体多态性与3种白血病的相关性。结果:经Bonferroni校正,ALL组A*02(36.22%比28.26%, χ2=13.41, PC<0.01)及其单倍体A*02-B*46-C*01(15.35%比10.23%, χ2=10.90, PC=0.02)、DRB1*12(15.79%比11.10%, χ2=9.02, PC=0.03)、A*02:03(9.75%比5.32%, χ2=14.25, PC=0.002)及其单倍体A*02:03-B*38:02-C*07:02(3.80%比1.51%, χ2=10.41, PC=0.02)的频率均高于对照组,是ALL易感因素;AML组A*11-B*15-C*08-DRB1*15-DQB1*06-DPB1*02的频率高于对照组(1.34%比0.07%, χ2=12.54, PC=0.003),是AML易感单倍体;CML组A*02(36.63%比28.26%, χ2=9.33, PC=0.02)及其单倍体A*02-B*15-C*04(2.17%比0.29%, χ2=11.74, PC=0.02)、DRB1*03:01-DQB1*02:01-DPB1*02:01(1.86%比0.14%, χ2=13.10, PC=0.01)的频率均高于对照组,是CML易感因素;CML组DRB1*13的频率低于对照组(1.45%比5.25%, χ2=9.29, PC=0.03),是CML拮抗基因。 结论:在HLA低分辨及高分辨水平发现了白血病易感或拮抗HLA等位基因和单倍体,可为探究中国南方汉族白血病发病机制并制订有效治疗策略提供参考。
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编辑人员丨5天前
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一例嵌合型13q倒位重复胎儿的遗传学分析
编辑人员丨5天前
目的:分析1例产前诊断的嵌合型13q倒位重复的形成机制,探讨其基因型与表型的对应关系。方法:分别于孕23周和孕32周抽取胎儿羊水和脐带血样,联合应用G显带染色体核型分析、单核苷酸多态性微阵列和荧光原位杂交技术对其进行检测,并复习相关文献。结果:胎儿的核型最终被确定为47,XY,+inv dup(13)(q14.3q34)/46,XY。孕妇于40周生育一男婴,除鼻梁处有一红斑(血管瘤)外,暂未发现其他异常。结论:嵌合型13q倒位重复病例应充分考虑其新着丝粒的位置和嵌合比例,为遗传咨询和风险评估提供参考。
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编辑人员丨5天前
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应用下一代测序技术检测BRCA1/2及同源重组修复通路多基因胚系突变及相关性分析
编辑人员丨5天前
目的:应用下一代测序(next-generation sequencing,NGS)技术检测乳腺癌患者及高风险个体胚系基因突变,分析同源重组修复(homologous recombination repair,HR)通路基因突变状态与乳腺癌临床病理特征的相关性,以补充中国乳腺癌相关基因突变数据库。方法:本研究为横断面研究,收集2020年10月至2021年9月就诊于北京大学人民医院并自愿接受基因检测的350例乳腺癌患者和49例乳腺癌高风险个体的全血样本。应用NGS检测32个乳腺癌相关基因的胚系突变情况,统计乳腺癌患者发病年龄、肿瘤家族史、单/双侧肿瘤、Luminal分型(Luminal A型、Luminal B型、HER2过表达型和三阴性乳腺癌)、肿瘤大小、肿瘤转移情况等临床病理特征,采用χ2检验和Fisher精确概率检验分析HR通路基因突变与临床病理特征的相关性。结果:在350例乳腺癌患者中,64例(18.3%)携带基因致病突变(包括致病和疑似致病两类突变),包括47例(13.4%)BRCA1/2突变,16例(4.6%)非BRCA1/2基因突变,1例(0.3%)BRCA2和FANCL突变。在49例乳腺癌高风险个体中,7例(14.3%)携带基因致病突变,包括6例(12.3%)BRCA1/2突变,1例(2%)ATM突变。BRCA1/2致病突变与乳腺癌发病年龄相关(18%,8.7%,χ2=6.346, P=0.012),发病年龄≤45岁的乳腺癌患者突变频率较高。HR通路基因突变(包括致病、疑似致病和临床意义不明确的三类突变)与单/双侧肿瘤(49.5%,68.4%,χ2=4.841, P=0.028)和Luminal分型(45.7%,62.2%,32%,60%,χ2=12.004, P=0.007)具有相关性,双侧乳腺癌、Luminal B型和三阴性乳腺癌患者突变频率较高。 结论:乳腺癌高风险个体BRCA1/2致病突变频率与乳腺癌患者相近,对高风险个体进行BRCA1/2检测有利于指导乳腺癌的筛查和预防。早发性乳腺癌、双侧乳腺癌、Luminal B型和三阴性乳腺癌患者HR通路基因突变频率较高,应及早进行HR通路基因检测,为乳腺癌的诊疗预后和风险评估提供实验室依据。
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编辑人员丨5天前
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七例16p12.2微缺失或微重复胎儿的产前诊断和遗传学分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨16p12.2拷贝数变异的产前超声和遗传学诊断。方法:回顾性分析2017年1月至2021年12月在福建医科大学附属福州市第一医院行产前诊断的7例16p12.2微缺失/重复胎儿的产前诊断指征、产前超声表现、染色体核型、遗传学分析、变异溯源、妊娠结局及出生后随访情况等。对数据进行描述性统计分析。结果:3例为产前超声结构异常,包括多发畸形、室间隔缺损及唇腭裂各1例;其余4例为涉及心脏和肾脏的软指标异常。7例胎儿染色体核型分析均未见异常。单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array,SNP array)检测结果显示,4例16p12.2(远端)微缺失病例缺失的片段大小为381.7~542.4 kb,均包含 OTOA、 METTL9和 IGSF6等3个在线人类孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)基因;另3例16p12.2(近端)微缺失/重复的片段大小为484.0~701.7 kb,均包含 UQCRC2、 CDR2、 EEF2K和 POLR3E等4个OMIM基因。7例16p12.2微缺失/重复病例中,5例(例1、2、4、5、6)变异遗传自表型正常的母亲/父亲,其中3例(例2、4、5)足月分娩,出生情况正常;2例(例3、7)拒绝行家系验证。例3足月分娩,3个月行室间隔缺损修补术,随访至18个月未见明显异常。 结论:16p12.2区域微缺失/重复胎儿产前缺乏特异性表型。 OTOA基因是16p12.2远端区域异常关键基因。家系比对有助于减少不必要的主动终止妊娠。
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编辑人员丨5天前
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干扰素治疗慢性乙型肝炎预后与降钙素基因相关肽及受体活性蛋白1基因多态性的关联研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨降钙素基因相关肽(CGRP) rs155209和受体活性蛋白1(RAMP1)rs3754701两个基因位点突变是否与干扰素治疗慢性乙型肝炎(乙肝)预后有关。方法:采用调查问卷的方法收集317例研究对象的一般资料,收集其抗凝血,提取DNA,用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱实验平台进行SNPs分型,使用单因素及多因素logistic回归方法分析CGRP及RAMP1基因多态性与干扰素治疗慢性乙肝预后的关系。结果:携带RAMP1基因rs3754701T者更容易出现DNA应答和ALT应答( OR=2.277,95 %CI:1.386~3.741, P=0.001; OR=1.694,95 %CI:1.073~2.675, P=0.024),而携带CGRP基因rs155209C者更不易出现DNA应答和ALT应答( OR=0.150,95 %CI:0.083~0.271, P<0.001; OR=0.583,95 %CI:0.367~0.925, P=0.022)。 结论:在中国北方汉族人群中,CGRP基因的rs155209和RAMP1基因的rs3754701位点与干扰素治疗慢性乙肝预后有关,rs3754701T在干扰素治疗后的DNA应答和ALT应答中起保护作用,而rs155209C携带者不易出现DNA应答和ALT应答。
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编辑人员丨5天前
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多基因遗传风险评分与胃癌发病年龄的关联分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨多基因遗传风险评分(PRS)与胃癌发病年龄及早发风险之间的关系。方法:基于胃癌全基因组关联研究,以胃癌病例为研究对象,利用112个与胃癌发生风险有关的单核苷酸多态性位点构建PRS,采用方差分析和Pearson相关性检验分析PRS水平与胃癌发病年龄的关系。将发病年龄<50岁的病例定义为早发胃癌病例,以低遗传风险(PRS≤20%)为参照组,采用Cox比例风险模型以早发诊断年龄为时间变量分析中遗传风险(PRS:20%~80%)和高遗传风险(PRS>80%)与胃癌早发风险的关联。结果:共纳入8 629例胃癌病例,其中,男性6 284例(72.82%),女性2 345例(27.18%),发病年龄为(60.61±10.80)岁。PRS水平与胃癌发病年龄呈显著负相关( r=-0.05, P<0.001),PRS越高胃癌发病年龄越小,低、中、高遗传风险组胃癌发病年龄分别为(61.68±10.33)岁、(60.53±10.79)岁、(59.80±11.20)岁。PRS与胃癌早发风险呈剂量反应关系(中遗传风险: HR=1.19,95% CI:1.03~1.39, P=0.022;高遗传风险: HR=1.44,95% CI:1.20~1.71, P<0.001)。 结论:高PRS不仅增加胃癌发病风险,同时也是胃癌早发的危险因素,PRS可作为遗传检测指标评估胃癌发病和早发风险。
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编辑人员丨5天前
