-
赖草基因组重复序列组成及染色体分布特性
编辑人员丨2天前
[目的]赖草属植物是麦类作物遗传改良和育种的重要基因资源,但作为异源多倍体植物,其基因组来源仍存在较大争议.通过比较赖草、大赖草及新麦草基因组中重复序列分布,探索赖草属物种基因组来源以及种间基因组多样性的形成特性.[方法]通过构建赖草属物种赖草的Cot-1 DNA文库获得大量重复序列,利用荧光原位杂交技术和重复序列对赖草以及近缘物种大赖草和祖先供体物种新麦草进行染色体荧光原位杂交涂染.[结果](1)根据序列及基因组分布特性,赖草Cot-1 DNA可归为串联重复序列、散布重复序列、散布加串联混合重复序列以及未能鉴定类型,4种类型占比分别为32.4%、45.7%、12.4%和9.5%.(2)串联重复序列TaiI-family、Lt1-6、pTa-535和pSc250在不同物种及同一物种不同材料间信号数量存在较大变异,分别为7~20,1~14,17~26,0~24个.(3)10个反转座子序列在所有物种染色体的分布呈现3种方式:在所有染色体上杂交信号集中分布在着丝粒、近着丝粒及间质区;在所有染色体的所有区域都有分布;在大部分染色体上的分布方式与第1种相同,但是部分染色体端部也有分布.2个LTR/Copia序列仅在赖草染色体上有分布,其他序列在不同物种以及不同材料间均有分布,但在信号强度以及部分染色体上的分布方式存在多态性.[结论]赖草属物种中的一些重复序列具有快速进化的特性,支持赖草属物种多倍化过程,并存在散在重复序列向整个核基因组的快速同质化扩散.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
一例嵌合型13q倒位重复胎儿的遗传学分析
编辑人员丨2天前
目的:分析1例产前诊断的嵌合型13q倒位重复的形成机制,探讨其基因型与表型的对应关系。方法:分别于孕23周和孕32周抽取胎儿羊水和脐带血样,联合应用G显带染色体核型分析、单核苷酸多态性微阵列和荧光原位杂交技术对其进行检测,并复习相关文献。结果:胎儿的核型最终被确定为47,XY,+inv dup(13)(q14.3q34)/46,XY。孕妇于40周生育一男婴,除鼻梁处有一红斑(血管瘤)外,暂未发现其他异常。结论:嵌合型13q倒位重复病例应充分考虑其新着丝粒的位置和嵌合比例,为遗传咨询和风险评估提供参考。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
环状X染色体嵌合型Turner综合征1例胎儿
编辑人员丨2天前
27岁,G 1P 0,平素月经规律。现孕17周,孕期体健,无化学物质、农药、放射性物质、毒物等接触史,超声显示胎儿透明隔腔显示不清,左侧侧脑室呈"泪滴状",前角宽约5 mm,后角宽约10 mm,右侧侧脑室后角宽约9 mm,肝内见数枚强回声。因唐氏筛查提示胎儿18三体高风险(1/114)于2023年4月11日至衢州市妇幼保健院产前诊断中心咨询。孕妇夫妇系非近亲结婚,双方智力均未见异常,均无遗传病家族史。孕妇符合产前诊断指征,在超声引导下经腹羊膜腔穿刺术无菌抽取羊水样品30 mL,其中25 mL用于常规染色体核型分析,5 mL用于染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)。胎儿羊水染色体核型分析结果为45,X[46]/46,X+mar[59](图1),孕妇夫妇外周血染色体核型均正常,该异常染色体源于新发变异,但由于分辨率较低,无法分辨mar染色体类型。胎儿羊水CMA检测结果详见图2和表1,推测mar染色体为环状X染色体。进一步应用荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)进行验证[X染色体探针应用FITC直接标记的着丝粒特异探针(DXZ1)(Xp11.1-q11.1),X染色体显示绿色荧光信号](图3),综合核型、CMA、FISH结果,提示胎儿异常微小环状染色体源于X染色体,产前诊断该胎儿为环状X染色体嵌合型Turner综合征(Turner syndrome,TS)。孕妇经遗传咨询后,于孕25周选择终止妊娠,并拒绝对胎儿进一步行遗传学检测。本研究通过了衢州市妇幼保健院医学伦理委员会的审查(伦理号:KY-2023第11号),孕妇夫妇均已签署临床研究知情同意书。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
Y染色体拷贝数变异致性发育异常的临床和遗传学特点
编辑人员丨2天前
目的:探讨Y染色体拷贝数变异致性发育异常(DSD)患儿的临床表型和遗传学特点。方法:回顾性分析郑州大学第一附属医院2018年1月至2022年9月收治的3例Y染色体拷贝数变异致DSD患儿的临床资料,应用染色体核型分析、全外显子测序(WES)、低深度全基因组拷贝数变异测序(CNV-seq),荧光原位杂交(FISH)和性腺组织病理活检技术对患儿进行临床分析和遗传学检测。结果:3例患儿就诊年龄分别为12、9、9岁,均表现为身材矮小和性腺发育不良,社会性别均为女。均为正常女童外阴,例1伴脊柱侧弯,余未见明显异常。3例患儿均报告为46,XY核型,WES未发现相关基因变异。CNV-seq确定例1为47,XYY,+Y(2.12),例2为46,XY,+Y(1.6),即Y染色体拷贝数增加。FISH最终确定2例患儿Yq11.2附近断裂后发生重组,为携带拟双着丝粒Y染色体idic(Y)的嵌合体DSD。例1核型重新诠释为mos 47,X,idic(Y)(q11.23)×2[10]/46,X,idic(Y)(q11.23)[50],例2为45,XO[6]/46,X,idic(Y)(q11.22)[23]/46,X,del(Y)(q11.22)[1]。例3为46,XY,-Y(mos),即Y染色体拷贝数减少,可能为45,XO/46,XY嵌合体。结论:Y染色体拷贝数变异致DSD的女童表现为身材矮小和性腺发育不良,CNV-seq检测到Y染色体拷贝数增加,可采用FISH明确Y染色体结构变异。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
线粒体辅酶Q通过PI3K/Akt途径减轻脂多糖诱导的Ⅱ型肺泡上皮细胞线粒体依赖性凋亡
编辑人员丨2天前
目的:观察线粒体辅酶Q(MitoQ)在脂多糖(LPS)诱导的Ⅱ型肺泡上皮细胞线粒体依赖性凋亡中的保护作用及分子机制。方法:体外培养Ⅱ型肺泡上皮细胞株A549,采用不同浓度LPS处理细胞,构建急性肺损伤(ALI)模型,根据半数抑制浓度(IC 50)得出LPS最佳刺激浓度;采用不同浓度MitoQ对细胞进行预处理,确定MitoQ最佳干预浓度。将细胞分为4组:空白对照组使用正常培养基;LPS组在正常培养基中加入10 mg/L的LPS刺激细胞24 h;MitoQ+LPS组用1 μmol/L的MitoQ预处理细胞60 min,然后用含10 mg/L LPS的培养基处理细胞24 h;MitoQ+磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)选择性抑制剂LY294002+LPS组用1 μmol/L的MitoQ和20 μmol/L的LY294002预处理细胞60 min,然后用含10 mg/L LPS的培养基处理细胞24 h。采用细胞增殖与毒性检测试剂盒(CCK-8)检测细胞活性;采用流式细胞仪和原位末端缺刻标记法(TUNEL)检测细胞凋亡率;采用蛋白质免疫印迹试验(Western blotting)检测凋亡蛋白Bax、抗凋亡蛋白Bcl-2及PI3K/丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶(Akt)通路蛋白PI3K的表达和Akt磷酸化水平。 结果:根据抑制率曲线计算得岀LPS对A549细胞的IC 50为11.06 mg/L,故选择10 mg/L作为LPS的刺激浓度。随着MitoQ预处理浓度增加,经10 mg/L的LPS刺激后,细胞活性呈先上升后下降趋势。根据细胞活性曲线计算得岀MitoQ对细胞的最适浓度为1 μmol/L。MitoQ预处理可减弱LPS诱导的线粒体依赖性凋亡,表现为细胞凋亡率较LPS组明显降低〔流式细胞仪:(8.73±0.25)%比(18.10±0.70)%,TUNEL:(12.30±0.82)%比(21.43±0.86)%,均 P<0.05〕,Bax表达显著下降(Bax/β-actin:0.58±0.03比1.06±0.10, P<0.05),Bcl-2表达显著上升(Bcl-2/β-actin:1.03±0.06比0.53±0.07, P<0.05),且PI3K表达及Akt磷酸化水平显著升高〔PI3K蛋白(PI3K/β-actin):1.20±0.02比0.96±0.04,磷酸化Akt(p-Akt)蛋白(p-Akt/t-Akt):1.22±0.08比0.92±0.04,均 P<0.05〕。LY294002预处理可抑制MitoQ对细胞的抗凋亡作用,表现为凋亡率较MitoQ+LPS组显著增加〔流式细胞仪:(14.50±0.57)%比(8.73±0.25)%,TUNEL:(16.50±0.53)%比(12.30±0.82)%,均 P<0.05〕,Bax表达显著上升(Bax/β-actin:0.95±0.03比0.58±0.03, P<0.05),Bcl-2显著下降(Bcl-2/β-actin:0.62±0.03比1.03±0.06, P<0.05),同时PI3K表达及Akt磷酸化水平均显著降低〔PI3K蛋白(PI3K/β-actin):0.90±0.05比1.20±0.02,p-Akt蛋白(p-Akt/t-Akt):0.89±0.02比1.22±0.08,均 P<0.05〕。 结论:MitoQ可通过激活PI3K/Akt通路改善LPS诱导的A549细胞线粒体依赖性凋亡,为治疗LPS诱导的ALI提供了新的思路。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
液基薄层细胞制片在尿路上皮癌荧光原位杂交检测中的临床应用
编辑人员丨2天前
目的:评价液基薄层细胞制片在荧光原位杂交(FISH)技术检测尿路上皮癌中的应用价值。方法:收集解放军第八一医院2016年8月至2018年12月就诊的42例尿路上皮癌患者的新鲜晨尿。应用荧光标记的第3、7、17号染色体着丝粒探针及p16位点探针,用液基薄层细胞制片及传统离心滴片两种预处理方式对尿液进行富集。比较两种处理方式的FISH结果。结果:液基薄层细胞富集方法收集细胞数多于传统离心滴片方法,差异有统计学意义[(312.0±28.6)个比(283.0±36.8)个, t=1.86, P=0.035];传统离心滴片方法预处理FISH制片合格率为90.5%(38/42),液基细胞学预处理制片合格率为95.2%(40/42),两组比较差异无统计学意义( χ2=0.02, P=0.90)。 结论:液基薄层细胞制片的细胞富集效果好,操作判读简单,耗时短,成本低,结果可靠,可用于尿路上皮癌临床FISH检测。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
三例额外小标记染色体的细胞及分子遗传学分析
编辑人员丨2天前
目的:对3例微小额外标记染色体(small supernumerary marker chromosomes,sSMC)的来源与结构进行鉴定,探讨其发生机理,为临床遗传咨询提供参考。方法:应用染色体显带技术(G带、C带、N带)进行染色体核型分析,基因芯片技术明确sSMC片段的来源和区域,并用荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)技术进行验证。 结果:例1 外周血染色体核型为47,XY,+mar,为新发变异,sSMC为双着丝粒双随体结构,芯片结果示未包含已知人类疾病相关致病基因,推测不增加子代表型异常的风险。例2胎儿染色体核型结果为47,XY,+mar[17]/46,XY[33],为新发变异,常规显带技术提示mar上有常染色质,芯片检测结果为arr[hg19]5p12q11.1(45 694 574-49 475 697)×3,经FISH验证,明确胎儿sSMC片段含有 HCN1基因部分区段的5p12片段。例3胎儿染色体核型为45,XY,-13[25]/46,XY,r(13)[18]/46,XY,-13,+mar[7],夫妻双方拒绝进一步检查。 结论:传统的显带技术联合分子检测技术能对sSMC的结构及来源进行分析,可明确sSMC的致病性,为临床遗传咨询提供参考。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
光学基因组图谱技术在染色体结构变异检出的效能及初步应用评估
编辑人员丨2天前
探讨光学基因组图谱技术(OGM)在检测染色体结构变异方面的效能和应用价值。在复杂性遗传性疾病的高精度染色体结构变异分析的临床研究中,回顾性分析2021年1至12月于北京协和医院妇产科及内分泌科就诊进行染色体核型分析检测的病例。对10例染色体核型技术检出异常的样本,进行OGM技术检测,部分样本行FISH、SNP array芯片或CNV-seq验证。结果显示,利用OGM技术,在9例样本中检出结构变异,其中3例为非平衡性结构变异,6例为平衡性结构变异,包括5例易位和1例臂内倒位,检测结果与核型、芯片等技术一致,并能精细化断裂点位置、确定重复或插入的片段方向。另有1例断裂和重接位点位于着丝粒的易位样本未被检出。综上所述,光学基因组图谱技术作为一种新型分子检测技术,不仅能够发现拷贝数变异等非平衡性结构变异以及易位、倒位等平衡性结构变异,更重要的是能够精细化断裂点位置以及确定重复或插入片段的方向,有助于遗传病的诊断,预防出生缺陷的发生。但目前该技术还无法检测断裂点位于着丝粒等空白区域的平衡性结构变异。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
桥粒在肺部疾病中的研究进展
编辑人员丨2天前
桥粒是一种牢固的细胞间连接,通过中间丝锚定于相邻的细胞膜,对维持组织结构完整性具有重要作用。近年来研究表明,桥粒功能异常与肺癌、肺纤维化、硅沉着病以及支气管哮喘等肺部疾病密切相关。本文就上述研究进行综述,探讨桥粒在肺部疾病中的可能作用,有助于进一步了解相关肺部疾病的机制,并为其诊治和预后评估提供新思路。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
-
深度学习在抗核抗体荧光核型识别中的应用初探
编辑人员丨2天前
目的:开发抗核抗体荧光核型的人工智能识别系统雏形,以期满足临床实验室工作中对抗核抗体(ANA)图像免疫荧光模式自动判读的日常需求。方法:回顾性分析上海交通大学医学院附属新华医院2020年4月1日至2021年12月31日进行ANA项目检测结果为阳性的荧光图像,3位资深的技术人员独立、平行对荧光图像进行结果判读确定ANA核型结果,并按照ANA荧光模式国际共识荧光核型分类标准进行标注。对常见核型分7个标签组:粗颗粒型、细颗粒型、均质型、核仁型、着丝点型、核点型及核膜型;每个标签组数据按9︰1的比例采用随机数的方法随机分为训练集、验证集,在深度学习框架pytorch1.7上,以ResNet-34图像分类网络为基础构建卷积神经网络训练平台,建立ANA核型自动判读系统。模型建立后单独设立测试集,以模型预测概率高低排序输出判断结果,并对测试集数据进行判读,以人工判读结果作为金标准。应用准确率、精确度、查全率、F1指数等参数评估模型的性能。结果:经分割标注后共获取23 138张建模图像。共训练了7个模型,比较了不同的算法、图像处理方式和增强方法对模型的影响,选出准确率最高的ResNet-34模型作为最佳模型,其在测试集分类准确率达到93.31%,精确率为91.00%,查全率为90.50%,F1指数为91.50%。测试集的判读结果显示模型对7种核型的ANA图像的识别与人工判读的总体符合率达90.05%,其中对核仁型的判读精确度最高,符合率均达到了100.00%。结论:本研究构建的ANA自动判读系统雏形已基本具备判读ANA荧光核型的能力,对常见的、典型的、单一荧光核型的具有一定的准确性。
...不再出现此类内容
编辑人员丨2天前
