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100例骨髓增生异常性肿瘤患者基因突变及其与临床特征间的关系
编辑人员丨4天前
目的:探讨骨髓增生异常性肿瘤(myelodysplastic syndrome,MDS)患者基因突变与临床特征、预后及急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)转化风险间的相关性.方法:回顾性分析100例连续的初治MDS患者的临床资料,采用第二代测序技术检测患者中34种MDS疾病相关突变基因,分析该队列中不同基因的突变发生率及分布情况,探讨高频基因突变(突变率≥10%)与患者临床特征、预后及转化为AML风险之间的关系.结果:100例MDS患者共检出32种基因突变,有84%患者出现至少1种基因突变,基因突变最多见于MDS伴多系病态造血(MDS with multilineage dysplasia,MDS-MLD)患者(39.3%);≥60岁老年患者中有82.8%(53/64)出现基因突变.基因突变中,ASXL1突变发生率最高(26.0%),其他突变率大于10%的基因(高频基因)还包括TET2、U2AF1、DNMT3A、RUNX1、TP53和SF3B1.ASXL1易与RUNX1共突变,与TP53突变共排斥.在基因突变与临床特征相关性分析中,ASXL1突变组骨髓原始细胞比例高于ASXL1未突变组;U2AF1突变组血小板计数少于U2AF1未突变组,老年患者中DNMT3A突变(85.7%)高于年轻患者(14.3%);RUNX1突变组白细胞计数高于RUNX1未突变组;TP53突变组中位国际预后评分系统-修订版(International Prognostic Scoring System-Revised,IPSS-R)评分(6.0分)高于TP53未突变组(4.5分),P=0.016;TP53突变组中位乳酸脱氢酶(lactate dehydrogenase,LDH)数值(420 U/L)高于TP53未突变组(222 U/L)(P=0.002).本研究中位随访时间为18.6个月,中位生存时间27.1个月,多因素分析表明,TP53突变是总体生存期(overall survival,OS)短的独立危险因素.随访期间,15例(15%)患者发生AML转化,而DNMT3A基因突变是MDS患者发生AML转化的独立危险因素(HR=3.73).结论:本研究中MDS患者的MDS相关基因突变率为84%,TP53突变与患者不良预后有关,DNMT3A突变与患者易于发生AML转化有关.
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编辑人员丨4天前
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构建铜代谢相关基因的肾透明细胞癌预后模型
编辑人员丨4天前
目的 构建基于铜代谢相关基因和临床病理学特征的新型肾透明细胞癌(ccRCC)预后模型.方法 2022年6月至2023年1月从基因集数据库(MSigDB)5.1版整理出铜代谢相关基因,应用癌症基因组图谱(TCGA)中ccRCC数据对获取的铜代谢相关基因进行生物信息学分析,得到32个铜代谢相关差异基因;用单因素比例风险回归(Cox)分析铜代谢基因,筛选出具有预后价值的60个铜代谢相关基因,两者取交集,得到14个关键基因,对其进行基因本体论(GO)分析、京都基因和基因组数据库(KEGG)通路分析及关联性分析.之后对关键基因进行套索回归分析(LASSO),结果显示有3个基因被纳入模型,计算公式为:风险分数=HAMP×0.205+TMPRSS6×0.097-CCND1×0.033.分别应用TCGA数据和基因表达综合数据库(GEO)中的ccRCC数据集GSE22541进行内部模型验证和外部模型验证;利用乘积极限法(Kaplan-Meier)生存曲线验证模型预后价值;利用受试者操作特征曲线(ROC曲线)下面积验证模型预测的准确性.结果 生存状态图表明,高风险组死亡病例数多于低风险组;ROC曲线表明风险评分模型具备较好的预测能力,曲线下面积(AUC)均大于0.6;Kaplan-Meier生存分析显示,高风险组总体生存率低于低风险组(P<0.05).结合临床病理学特征(年龄、肿瘤分级、肿瘤分期),构建诺莫(Nomogram)列线图,对病人预后具有较好的预测效果.结论 基于铜代谢相关基因的预后风险评分模型可用于ccRCC的预后预测,针对铜代谢相关基因设计靶点可能是治疗ccRCC的一种新选择.
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编辑人员丨4天前
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多基因遗传风险评分与胃癌发病年龄的关联分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨多基因遗传风险评分(PRS)与胃癌发病年龄及早发风险之间的关系。方法:基于胃癌全基因组关联研究,以胃癌病例为研究对象,利用112个与胃癌发生风险有关的单核苷酸多态性位点构建PRS,采用方差分析和Pearson相关性检验分析PRS水平与胃癌发病年龄的关系。将发病年龄<50岁的病例定义为早发胃癌病例,以低遗传风险(PRS≤20%)为参照组,采用Cox比例风险模型以早发诊断年龄为时间变量分析中遗传风险(PRS:20%~80%)和高遗传风险(PRS>80%)与胃癌早发风险的关联。结果:共纳入8 629例胃癌病例,其中,男性6 284例(72.82%),女性2 345例(27.18%),发病年龄为(60.61±10.80)岁。PRS水平与胃癌发病年龄呈显著负相关( r=-0.05, P<0.001),PRS越高胃癌发病年龄越小,低、中、高遗传风险组胃癌发病年龄分别为(61.68±10.33)岁、(60.53±10.79)岁、(59.80±11.20)岁。PRS与胃癌早发风险呈剂量反应关系(中遗传风险: HR=1.19,95% CI:1.03~1.39, P=0.022;高遗传风险: HR=1.44,95% CI:1.20~1.71, P<0.001)。 结论:高PRS不仅增加胃癌发病风险,同时也是胃癌早发的危险因素,PRS可作为遗传检测指标评估胃癌发病和早发风险。
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编辑人员丨4天前
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血栓弹力图指导双联抗血小板治疗方案的有效性及安全性分析
编辑人员丨4天前
目的:前瞻性分析根据血栓弹力图(TEG)指导双联抗血小板治疗方案的有效性及安全性。方法:选择浙江省人民医院神经内科自2020年8月至2021年4月采用双联抗血小板治疗的缺血性脑血管疾病患者109例,治疗3~5 d后完善TEG检测,住院期间完成氯吡格雷基因学检测,根据TEG检测的二磷酸腺苷(ADP)抑制率将患者分为高效组( n=45)、中效组( n=37)和低效组( n=27)。高效组患者不建议改变用药,中效组、低效组患者均建议改变用药,观察3组患者药物调整后3个月美国国立卫生研究院卒中量表(NIHSS)评分以及疗效和安全性的差异。 结果:中效组患者的冠心病者所占比例高于高效组和低效组,差异有统计学意义( P<0.05)。高效组中6例患者改用阿斯匹林+西洛他唑。中效组、低效组中分别有28、14例患者不愿换药而继续使用阿斯匹林+氯吡格雷。高效组中,不换药患者新发脑卒中、支架内再狭窄的总发生率(1/39)低于换药患者(1/6)。中效组中,不换药患者新发脑卒中、支架内再狭窄的总发生率(6/28)高于换药患者(1/9)。低效组中,不换药患者新发脑卒中、支架内再狭窄的总发生率(3/14)高于换药患者(0/13)。高效组慢代谢型患者中,不换药患者新发脑卒中、支架内再狭窄的总发生率(2/3)高于换药患者(1/2)。 结论:根据TEG指导双联抗血小板治疗方案可提高疗效而不增加出血风险,其中对于ADP抑制率>70%、氯吡格雷基因型为慢代谢型的患者,更换氯吡格雷可进一步提高疗效。
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编辑人员丨4天前
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溶质载体家族6成员9在前列腺癌组织的表达及其临床意义
编辑人员丨4天前
目的:探讨溶质载体家族6成员9(SLC6A9)表达与前列腺癌临床病理特征和预后生存的相关性。方法:免疫组织化学检测基因芯片组织(TMA)80例标本的SLC6A9表达,分析其与前列腺癌临床病理特征的关系;分析肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中498例原发性前列腺癌患者SLC6A9表达与其临床病理特征的相关性。运用生存曲线研究TCGA和Taylor数据库中SLC6A9表达与前列腺癌无转移生化复发的关系,利用COX回归模型探讨SLC6A9能否作为影响前列腺癌预后的独立风险因子。结果:TMA中SLC6A9的表达水平与前列腺癌患者的年龄、Gleason评分、临床T分期无相关( χ2=0.231、0.000、0.739, P>0.05);SLC6A9在前列腺癌组织和非癌性组织的高表达率分别为90.00%(45/50)、66.67%(20/30),两者表达量差异有统计学意义( χ2=6.701, P<0.05)。TCGA数据库中,SLC6A9的表达水平与前列腺癌患者年龄无相关( χ2=1.658, P>0.05),与Gleason评分、临床T分期、远处转移及生化复发明显相关( χ2=10.730、6.620、5.840、6.941, P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析结果显示SLC6A9低表达组的前列腺癌无转移生化复发时间明显高于高表达组,两者差异有统计学意义( P<0.01)。COX回归单因素和多因素分析结果显示,SLC6A9可作为影响前列腺癌生存预后的独立危险因素[风险比( HR)=2.089、1.735, P均<0.05)。 结论:SLC6A9在前列腺癌组织中高表达且提示预后差,并与患者不良临床病理特征明显相关,可作为影响生存预后的独立危险因素。
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编辑人员丨4天前
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脑膜旁与非脑膜旁头颈部横纹肌肉瘤:一项基于倾向评分匹配与生存分析的研究
编辑人员丨4天前
目的:基于倾向评分匹配(PSM)比较脑膜旁横纹肌肉瘤(rhabdomyosarcoma,RMS)与非脑膜旁RMS的生存差异,同时探讨影响头颈部横纹肌肉瘤(head and neck rhabdomyosarcoma,HNRMS)患者总生存率的影响因素。方法:回顾分析北京协和医院2016年1月至2020年5月共64例经病理确诊为HNRMS的患者,其中男性31例,女性33例,年龄(8.0±8.9)岁。根据基线特征差异分为不同亚组并用Kaplan-Meier法绘制并比较生存曲线,按照原发部位是否靠近脑膜旁,分为非脑膜旁组(27例)与脑膜旁组(37例),通过1∶1 PSM,筛选出2组患者进一步分析,比较匹配前后临床基本资料以及2组总生存期(overall survival,OS)差异,并使用单因素与多因素Cox等比例风险回归模型探讨影响患者预后的因素。结果:在64例HNRMS患者中,M0分期、危险分层较低、TNM分期较低均提示了较好的总生存率( P值均<0.05),匹配前脑膜旁RMS患者具有更高的T分期及术后美国横纹肌肉瘤研究组(Intergroup Rhabdomyosarcoma Study,IRS)分期( P值均<0.05),匹配后2组间基线数据无显著差异,匹配后脑膜旁组与非脑膜旁组患者的1、2、3年总生存率差异无统计学意义( P值均>0.05);肿瘤大小<5 cm、病理分型为胚胎型、 FOXO1融合基因阴性、危险分层较低、TNM分期较低是总生存率的影响因素( P值均<0.05),其中肿瘤大小与病理分型是预后的独立影响因素( HR=2.36,95% CI:1.07~5.20, P=0.033; HR=5.54,95% CI:1.18~25.95, P=0.030)。 结论:与主流观点不同,本研究未发现头颈部脑膜旁与非脑膜旁RMS的预后差异;肿瘤大小<5 cm、病理分型为胚胎型提示患者有较好的总生存率。
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编辑人员丨4天前
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基于加权基因共表达网络分析对前列腺癌淋巴结转移相关基因的鉴定及临床验证
编辑人员丨4天前
目的:基于生物信息学技术研究,挖掘前列腺癌(PCa)淋巴结转移相关的分子标志物并进行临床验证。方法:从基因表达综合数据库(GEO)数据筛选出淋巴结转移PCa的差异表达基因,构建基因共表达网络枢纽基因,将枢纽基因纳入支持向量机模型评估PCa淋巴结转移预测效能。在癌症基因组图谱(TCGA)数据集中对枢纽基因进行验证并进行免疫浸润分析。收集2019年1月至2022年12月就诊于河北医科大学第四医院的80例PCa患者的临床资料,采用logistic风险模型评估枢纽基因对PCa淋巴转移预测效能。结果:共鉴别出5个枢纽基因(GSK3B、TP53、PSMC6、SUMO1、PIK3CA),其构建的支持向量机模型有着良好的预测价值(准确率83.87%)。TCGA验证结果显示仅PSMC6在存在淋巴结转移PCa组织中表达差异有统计学意义( P<0.001)。免疫浸润分析结果显示PSMC6的表达量与9种免疫细胞(B细胞、树突状细胞、成熟树突状细胞等)有关联。临床信息分析示PSMC6的表达量与淋巴结转移、前列腺特异性抗原(PSA)、T分期、Gleason评分有相关性( P<0.01)。单因素logistic回归分析结果显示T分期( OR=3.230,95% CI:1.192~8.757, P=0.021)、Gleason评分( OR=4.627,95% CI:2.212~9.677, P<0.001)、PSMC6( OR=25.235,95% CI:5.326~119.560,, P<0.001)可作为淋巴结转移的预测因素。多因素logistic回归分析结果显示,PSMC6( OR=16.537,95% CI:2.928~93.393, P=0.001)可作为预测PCa淋巴结转移的危险因素。 结论:PSMC6可能可以作为判断PCa患者淋巴结转移情况潜在分子标志物。
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编辑人员丨4天前
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线粒体核糖体蛋白五肽重复结构域3在前列腺癌中的表达及其临床意义
编辑人员丨4天前
目的:探讨五肽重复结构域3(PTCD3)在前列腺癌(PCa)中的表达及其临床意义。方法:下载癌症基因组图谱数据库PCa数据集,利用R语言包"ggsignif"、"survival"、"clusterProfiler"和"GSVA"分析PTCD3在PCa组织中的表达量及其与PCa患者临床特征和生存预后以及其发挥作用的相关机制;构建干扰PTCD3表达的PCa细胞株DU145,分别为空白组(DU145 si-NC)和干扰组(DU145 si-PTCD3),利用细胞增殖-毒性检测试剂盒、细胞体外侵袭实验和海马实验检测细胞的增殖、侵袭能力和线粒体功能。组间分析采用独立样本 t检验。 结果:PTCD3在PCa组织表达增多(PCa比良性前列腺为2.546±0.306比2.443±0.236, P<0.01)。PTCD3在PCa组织中的高表达与高Gleason评分(Gleason评分≥8分比Gleason评分<8分为2.631±0.324比2.485±0.277, P<0.01),肿瘤转移(转移比非转移为2.637±0.356比2.526±0.291, P<0.01)和高临床分期(≥T3A比
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编辑人员丨4天前
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较低危组与较高危组骨髓增生异常综合征患者常见基因突变分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨较低危组和较高危组骨髓增生异常综合征(MDS)患者基因突变及基因突变功能组的差异。方法:回顾性病例系列研究。回顾性分析2018年1月至2023年8月就诊于东南大学附属中大医院227例MDS患者的临床资料。根据修订版国际预后积分系统(IPSS-R),将MDS患者分为较低危组(IPSS-R评分≤3.5分)96例与较高危组(IPSS-R评分>3.5分)131例。采用二代测序检测骨髓标本中58个MDS常见基因突变,取基因突变结果中突变率较高的24个基因纳入研究,并根据基因功能将24个突变基因分为8类。比较较低危组与较高危组临床资料、基因突变及基因突变功能组的差异。结果:227例MDS患者中至少检测出1种基因突变的患者为177例(78.0%),其中突变率较高的5种基因依次为ASXL1[21.6%(49/227)]、TET2[18.5%(42/227)]、TP53[15.4%(35/227)]、DNMT3A[13.2%(30/227)]、U2AF1[10.1%(23/227)]。按基因功能分类,最常见突变组为甲基化相关基因[31.3%(71/227)],其次为剪接体相关基因[24.7%(56/227)]。较低危组血小板计数、中性粒细胞计数均高于较高危组,骨髓原始细胞比例、基因突变率及存在≥3种基因突变率均低于较高危组(均 P<0.05)。较低危组中突变率较高的5种基因依次为TET2[21.9%(21/96)]、DNMT3A[14.6%(14/96)]、ASXL1[13.5%(13/96)]、SF3B1[12.5%(12/96)]、U2AF1[8.3%(8/96)],较高危组中突变率较高的5种基因依次为ASXL1[27.5%(36/131)]、TP53[23.7%(31/131)]、TET2[16.0%(21/131)]、DNMT3A[12.2%(16/131)]、U2AF1[11.5%(15/131)],较低危组ASXL1、TP53、ETV6、NRAS基因突变率均低于较高危组(均 P<0.05)。较低危组及较高危组中甲基化相关基因突变比例均最高,但两组比较差异无统计学意义[32.3%(31/96)比30.5%(40/131), χ2=0.08, P>0.05];两组肿瘤因子抑制物相关基因突变、转录因子相关基因突变、染色质修饰相关基因与RAS途径相关基因突变比例比较,差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:较高危组较较低危组MDS患者常见基因突变率高,且基因突变数量多。
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编辑人员丨4天前
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伊布替尼治疗伴 MyD88突变难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者预后的临床分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨伊布替尼对伴髓样分化因子( MyD) 88突变难治性弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者的疗效及预后。 方法:选择2018年8月至2020年8月南方医科大学珠江医院肿瘤科收治的134例难治性DLBCL患者为研究对象,按照随机数表法将患者按2∶1分为训练集( n=94)和测试集( n=40)。其中,训练集患者年龄为60~78岁,男、女性患者分别为41、53例,根据 MyD88基因型将训练集患者分为 MyD88突变型组( n=33)和 MyD88野生型组( n=61)。测试集患者年龄为62~80岁,男、女性患者分别为18、22例。收集患者的临床病例资料,如性别、年龄、病变部位、DLBCL结外累及部位、Hans分型、Ann-Arbor分期、东部肿瘤协作组(ECOG)评分、血清乳酸脱氢酶(LDH)水平、β2-微球蛋白(MG)水平、CD5表达情况、Ki-67指数、治疗方案、既往治疗方案种类、 MyD88突变等。采用 χ2检验比较2组患者的临床资料、伊布替尼疗效等定性资料;采用Kaplan-Meier法绘制不同患者生存曲线,采用log-rank检验进行不同患者生存曲线比较。采用Cox比例风险回归模型进行难治性DLBCL患者预后影响因素的单因素及多因素分析,建立列线图模型,并采用受试者工作特征(ROC)曲线,校准曲线,临床决策曲线分别对模型的区分度、准确性和有效性进行评价,同时建立预测患者预后的危险分层系统。2组患者性别构成比、年龄等一般资料分别比较,差异均无统计学意义(均 P>0.05)。本研究经南方医科大学珠江医院伦理委员会审核批准(批准文号:32846),所有患者均签署临床研究知情同意书。 结果:① MyD88突变型组难治性DLBCL患者采取伊布替尼治疗后的客观缓解率(ORR)和疾病控制率(DCR)分别为60.6%(20/33)和97.0%(32/33),均高于 MyD88野生型组的34.4%(21/61)和82.0%(50/61),并且差异有统计学意义( χ2=5.97, P=0.015; χ2=4.33, P=0.037)。训练集94例难治性DLBCL中 MyD88野生型组患者的2年无进展生存(PFS)率和总体生存(OS)率分别为64.8%和63.7%, MyD88突变型组分别为63.6%和62.3%,2组患者中位PFS期分别为16.0和11.7个月,中位OS期分别为18.1和13.2个月,2组分别比较,差异均无统计学意义(均 P>0.05)。②采用伊布替尼联合其他药物治疗的患者中, MyD88野生型者( n=25)的2年PFS和OS率分别为57.5%和54.7%,均高于 MyD88突变型者( n=21)的50.3%和48.2%,并且差异均有统计学意义( χ2=9.37、 P=0.002, χ2=7.79、 P=0.005)。③对难治性DLBCL患者PFS、OS率进行多因素Cox比例风险回归模型分析结果显示,ECOG评分≥2分( HR=1.846,95% CI:1.476~2.283, P=0.036),LDH水平≥250 IU/L( HR=2.983,95% CI:2.525~3.358, P=0.008),β2-MG表达呈阳性( HR=3.241,95% CI:2.508~3.956, P=0.005),既往治疗方案种类>2种( HR=3.062,95% CI:2.547~3.618, P=0.011),伴 MyD88突变( HR=3.742,95% CI:3.028~4.439, P=0.041)是难治性DLBCL患者PFS率的独立危险因素。ECOG评分≥2分( HR=3.726,95% CI:1.842~3.677, P=0.014),β2-MG表达呈阳性( HR=2.529,95% CI:1.927~3.124, P=0.027),既往治疗方案种类>2种( HR=2.796,95% CI:2.145~3.425, P=0.018),伴 MyD88突变( HR=2.483,95% CI:2.139~2.917, P=0.024)是难治性DLBCL患者OS率的独立危险因素。④构建预测患者PFS和OS率的列线图模型,训练集和测试集的ROC曲线下面积分别为0.856(95% CI:0.801~0.924)和0.849(95% CI:0.795~0.918),灵敏度分别为90.28%和88.46%,特异度分别为87.42%和85.93%,对患者预后情况区分度较好。预测患者PFS和OS率的列线图模型的校准曲线评价结果显示,训练集、测试集的预测值和实际观测值拟合度良好( χ2=1.21、 P=0.093, χ2=1.31、 P=0.085),一致性、准确性均较好。预测患者PFS和OS率的列线图模型的临床决策曲线评价结果显示,训练集和测试集在高风险阈值为0~0.9时,净获益值均为正值,即具有明显的正向净收益,具有良好的临床实用性。⑤根据对难治性CLBCL患者危险评分总分,将40例测试集患者分为3个危险组:低风险组( n=12,总分<65分),中风险组( n=16,5分≤总分<105分),高风险组( n=12,总分≥105分),其中低、中、高风险组难治性DLBCL患者比例分别为30%(12/40),40%(16/40)和30%(12/40)。3组患者的OS率比较,差异有统计学意义( Z=6.15, P=0.010),提示该危险分层系统能较好区分患者生存情况。 结论:MyD88突变与难治性DLBCL患者的临床特征及伊布替尼疗效有关,采用伊布替尼联合其他药物治疗可改善伴 MyD88突变患者的预后。预测患者DFS和OS率的列线图模型对预测难治性DLBCL患者预后的区分度较高,准确性和有效性较好。
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编辑人员丨4天前
