目的:通过16S rDNA基因测序检测复杂性肛瘘患者的肠道菌群分布，探讨其与健康人的菌群分布是否存在差异。方法:采用病例对照研究方法，回顾性收集2020年6月至12月期间杭州市第三人民医院接受手术治疗的30例复杂性肛瘘患者临床资料（复杂性肛瘘组），并按1∶1配比选择本院健康体检人群30例作为对照组（健康对照组）。病例纳入标准：（1）符合腺源性肛瘘诊断的标准，且症状持续3个月以上；（2）术前已行电子结肠镜检查排除肠道炎性反应、炎性肠病等；（3）复杂性肛瘘的定义为符合下面情况之一者：瘘管跨越2/3及以上的肛门括约肌；包含两个以上的外口或瘘管；既往已行肛瘘手术后确认复发者。排除标准：（1）合并有炎性肠病、慢性腹泻或便秘、糖尿病、消化道恶性肿瘤、肝肾功能障碍等；（2）克罗恩病、外伤、特殊感染（如放线菌病和结核病）等引起的肛瘘；（3）近1个月内使用过抗生素、益生元、益生菌等可能影响肠道微生态制剂者；（4）认知缺陷不能配合者。提取研究对象的粪便样本总DNA，扩增细菌16S rDNA基因序列的V4高变区，利用Illumina Miseq平台进行高通量测序，最后进行操作分类单元（OTU）聚类、进行Alpha多样性和LEfSE数据分析，其中Chao指数或ACE指数越大，表明微生物区系的预期物种丰度越高，Simpson指数越小或Shannon指数越大，表明微生物区系多样性越高。两组间性别、年龄、体质指数（BMI）、饮酒吸烟史基线资料比较差异均无统计学意义（均 P>0.05），说明两组具有可比性。本研究观察指标包括两组的测序和质量控制、Alpha多样性分析和物种及其丰度分析以及LEfSE分析。 结果:复杂性肛瘘组与健康对照组的主要优势菌都是厚壁菌门和拟杆菌门，分别占93.4%±32.0%和87.4%±41.2%；在属水平上，复杂性肛瘘组的普雷沃菌属（4.9%±7.4%比0.1%±1.1%， P<0.001）、巨细胞菌属（3.9%±8.2%比0.5%±4.2%， P<0.05）和毛螺菌属（2.6%±5.7%比0.1%±3.4%， P<0.05）的丰度明显更高，而变形菌属（0.02%±4.2%比9.3%±14.4%， P<0.01）、肠球菌属（0.02%±2.3%比9.3%±19.6%， P<0.05）、拟杆菌属（24.7%±9.9%比29.8%±9.1%， P<0.05）和克雷伯菌属（0.4%±4.2%比3.9%±7.3%， P<0.05）相对更低。与健康对照组相比，复杂性肛瘘组肠道菌群多样性更丰富，表现为ACE指数更高［（293.30±44.00）比（218.75±33.83）， t=102.069， P<0.001］，Chao指数也更高［（318.40±41.99）比（250.00±46.38）， t=77.818， P=0.028］，Shannon指数更高［（3.36±0.29）比（2.43±0.34）， t=9.657， P=0.001］；而Simpson指数更低［（0.103±0.013）比（0.131±0.013）， t=5.551， P=0.046］，差异均有统计学意义（均 P<0.05）。韦荣菌科、Selenemondales 及厌氧菌纲（均属于厚壁菌门）的菌株总体上对两组样本肠道菌群差异的影响最大（LDA 值均>4）。 结论:与健康对照组相比，复杂性肛瘘患者肠道菌群多样性更丰富，提示某些肠道菌群及其代谢产物可能在肛瘘发病中发挥了一定的作用。

目的:探讨肠道嗜黏蛋白阿克曼菌(AKK)人群分布特征及其和肥胖关系的剂量效应，为该菌用于肥胖干预提供参考。方法:纳入2008年广东肠道微生物组计划中6 986名包含体重指数、腰围及常见混杂因素包括年龄、性别、舒张压、收缩压、空腹血糖、三酰甘油、总胆固醇、高密度脂蛋白胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇、尿酸的志愿者。根据细菌16S核糖体RNA(16S rRNA)基因测序信息，计算AKK属及其操作分类单元(OTUs)丰度；根据2002年中国肥胖工作组标准，诊断中心性或全身性肥胖。通过多变量 logistic回归，计算AKK菌每升高一个单位，患肥胖风险的 OR(95% CI)值；通过比较AKK菌第1~20分位数 OR值的变化估计AKK对肥胖的剂量效应。 结果:共注释到3种AKK菌(AKK OTU1、AKK OTU2、AKK OTU3)：AKK OTU1及AKK OTU2分布于90%以上人群；AKK OTU3分布于21.7%的人群中；3种OTUs均呈"双峰"分布，但和常见混杂因素的相关性具有差异。AKK OTU1、AKK OTU2及AKK属为肥胖的保护因素，对中心性肥胖的 OR(95% CI)分别为0.95(0.93~0.98)、0.97(0.94~0.99)、0.93(0.91~0.96)，对全身性肥胖的 OR(95% CI)分别为0.88(0.80~0.97)、0.98(0.93~1.02)、0.81(0.74~0.89)；该保护效应在调整常见混杂因素后仍然显著。通过剂量分析可知，AKK菌对中心性肥胖和全身性肥胖的保护效应随其浓度升高而增加，达到显著保护作用的最小剂量分别为1.83%和4.98%。 结论:AKK菌是肥胖的保护因素，但肥胖干预需要考虑AKK菌剂量效应及不同菌种/株水平的差异。

目的:基于"肺与大肠相表里"探讨哮喘患儿的肠道菌群特征，为"肺-肠轴"研究提供试验依据。方法:基于16S rDNA高通量测序技术对2018年1月-2018年4月上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心、同济大学附属东方医院的30例哮喘患儿及28例健康儿童的粪便样本进行测序，运用主成分分析(PCA)、LEfSe分析、线性判别(LDA）分析、非度量多维尺度（NMDS)分析等统计学方法分析哮喘患儿差异肠道菌群特征。结果:哮喘组肠道菌群操作分类单元(OTU）数目[(141.96±27.42)比(164.54±50.58)， P＝0.048]、Shannon指数[(2.49±0.51）比（2.80±0.56)， P＝0.044]低于健康儿童组，Simpson指数[(0.18±0.06)比（0.13±0.07)， P＝0.010]高于健康儿童组。哮喘组肠道菌群丰度较健康儿童组降低，但差异无统计学意义( P>0.05)。哮喘组与健康儿童组细菌丰度存在差异，可能与哮喘存在一定的相关性。 结论:哮喘儿童存在肠道菌群失调，使从肠道菌群方向治疗哮喘成为可能，也为从肠道菌群层面研究肺-肠关系提供参考。

目的:基于16S核糖体RNA(rRNA)高通量测序分析特重度烧伤患者肠道菌群的动态变化规律。方法:本前瞻性观察性研究纳入2017年2—6月中国科学院大学宁波华美医院收治的符合入选标准的5例男性特重度烧伤患者(年龄32～48岁)，采集其休克期(伤后3 d内)、急性感染早期(伤后4～14 d)、急性感染中期(伤后15～28 d)、急性感染后期(伤后29 d至出院前1周)及出院前1周内的粪便样本，各时期样本数均为5。使用pH计测定粪便样本的pH值，高通量测序技术对粪便样本的16S rRNA V3、V4区进行测序。QIIME分析软件分析肠道菌群操作分类单元(OTU)数目、α多样性(Chao1指数、Shannon指数)和门、科的相对丰度，非加权组平均法聚类分析肠道菌群β多样性，Tax4Fun预测肠道菌群功能变化。对数据行单因素重复测量方差分析、Bonferroni法、配对样本Wilcoxon秩和检验及Bonferroni校正。结果:(1)本组特重度烧伤患者急性感染早、中期粪便pH值分别为7.40±0.45、7.56±0.45，明显高于休克期的6.68±0.36( P<0.05或 P<0.01)。(2)共获得2 333 584条有效高质量序列，序列长度为415 bp左右，共获得1 209个OTU，所有标本测序覆盖度均达99.0%以上。本组特重度烧伤患者急性感染早、中、后期OTU数目、Chao1指数明显低于休克期( Z值均为2.023， P<0.05)；出院前1周内OTU数目、Chao1指数明显高于急性感染早、中、后期，Shannon指数明显高于急性感染早、中期( Z值均为2.023， P<0.05)。(3)本组特重度烧伤患者休克期样本菌群结构与出院前1周内相似度高，与急性感染早、中、后期相似度低。各个单独样本的分析显示，大部分样本聚类规律与分期样本一致。休克期肠道菌群加权Unifrac距离明显短于急性感染早、中、后期( Z＝3.326、2.570、2.690， P<0.05或 P<0.01)，其他时期肠道菌群加权Unifrac距离相近。(4)门水平上，与休克期比较，急性感染早、中、后期厚壁菌门细菌相对丰度降低，变形菌门和拟杆菌门细菌相对丰度升高；上述3个菌门细菌相对丰度在出院前1周内与休克期相近。伤后不同时期科水平上相对丰度前5的优势菌有较大差异，休克期的前5优势科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期降低。休克期的非优势科如肠杆菌科、链球菌科、拟杆菌科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期大幅升高，成为这些时期新的优势科；出院前1周内部分产酸菌科细菌相对丰度恢复至接近休克期水平。(5)急性感染早、中期肠道菌群的某些氨基酸代谢、糖酵解和糖异生、丙酮酸代谢等功能较休克期减弱，急性感染后期肠道菌群某些氨基酸和糖类代谢较休克期增强，休克期与出院前1周内肠道菌群功能基因分布相似。 结论:特重度烧伤患者肠道内环境及菌群结构在急性感染早、中期发生了明显变化，pH值升高，菌群种类及多样性减少，尤其是产酸菌科细菌的相对丰度明显降低，但随着患者治疗结束而恢复。可考虑将粪便pH值和肠道变形菌门及产酸菌科细菌变化作为反映特重度烧伤患者肠道菌群紊乱水平的指标。

目的:采用16S rDNA测序技术研究寻常型天疱疮（PV）患者皮肤菌群多样性。方法:收集杭州市第三人民医院皮肤科10例PV患者及10例健康对照，取皮损旁（PV组）及对侧无皮损处皮肤菌群样本（PVn组），正常对照组取相应部位菌群样本。采用16S rDNA扩增子测序技术，对所有样本的菌群基因进行测序与分类，通过Usearch软件对数据聚类分析，得到可操作分类单元（OTU），获得门、纲、目、科、属水平的物种丰度。以Observed species指数、Shannon指数和Simpson指数等反映α多样性，使用主坐标分析法（PCoA）分析β多样性。采用线性判别分析效应量（LEfSe）分析比较各组的差异物种。利用PICRUSt软件进行基因功能预测。2组非参数检验采用Wilcoxon秩和检验，3组间非参数检验采用Kruskal Waills检验。结果:注释到门、纲、目、科、属的OTU分别有2 002、1 869、1 751、1 611、1 120个，3组均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为主，在属水平上，PV组及PVn组葡萄球菌属丰度最高，正常对照组为棒状杆菌属。α多样性分析显示，3组间Observed species指数、Shannon指数、Simpson指数差异均有统计学意义（均 P< 0.05），PV组Shannon指数（3.24±1.30）和Simpson指数（0.70±0.19）均低于正常对照组（ P< 0.05）。PCoA分析显示，3组间β多样性差异无统计学意义（ P=0.054）。秩和检验显示，3组间丰度差异有统计学意义的物种共32个，其中相对丰度较高的有富集于PV组的芽孢杆菌纲及富集于正常对照组的微球菌属、短波单胞菌属等。按病程< 3个月、≥ 3个月分组，PV长病程组中富集的物种有梭状芽孢杆菌目、颤杆菌属及鞘氨醇单胞菌属等；短病程组γ变形菌纲富集。功能预测显示，与感染性疾病相关的基因功能富集于天疱疮组。 结论:16S rDNA测序技术应用于天疱疮微生物组学研究，证实PV皮肤菌群多样性及组成结构与正常人存在一定差异。

目的:分析加味补中益气汤对慢性阻塞性肺疾病（COPD）模型大鼠肠道菌群的影响。方法:2021年4-6月，选取SPF级Wistar大鼠60只，采用随机数字表法分为空白对照（BC）组、模型（Model）组、中药（CM）组、西药（WM）组，每组15只。除BC组外均以烟熏法建立肺脾两虚型COPD模型，造模后CM组、WM组分别以加味补中益气汤、合生元灌胃干预，Model组、BC组则以0.9%氯化钠注射液灌胃干预。7 d后收集各组大鼠粪便进行肠道菌群16S rRNA测序，对有效序列进行聚类，获得操作分类单元（OTU），用于主坐标分析（PCoA）、物种组成分析、Alpha多样性分析，分析加味补中益气汤对肠道菌群结构、多样性和丰度变化的影响。结果:CM组和WM组以厚壁菌门为主，BC组和Model组以拟杆菌属为主。各组中优势菌群主要为乳杆菌、拟杆菌属。Alpha多样性分析显示，CM组、WM组、BC组群落丰富度指数中Shannon指数分别为（3.65±0.35）、（3.65±0.36）、（3.59±0.20），均高于Mode组的（3.37±0.26）（ t=2.49、2.44、2.60，均 P < 0.05），CM组、WM组、BC组Shannon指数差异无统计学意义（ P > 0.05）；CM组、WM组、BC组Sobs指数分别为（458.67±73.11）、（454.80±95.13）、（525.93±101.88），均高于Mode组的（337.40±37.49）（ t=5.72、4.45、6.73，均 P < 0.05），且BC组Sobs指数高于WM组，BC组与CM组、WM组与CM组Sobs指数比较，差异均无统计学意义（均 P > 0.05）。PCoA分析显示，与BC组比较，门水平上Model组放线菌门下降、变形菌门和脱硫菌门上升，属水平上Model组拟杆菌属、罗姆布茨菌属、毛螺杆菌属及副拟杆菌属上升，普雷沃菌属、梭菌属、布氏菌属和瘤胃球菌下降；与WM组相比，CM组杆菌属、普雷沃菌属、布氏菌属和拟普雷沃菌属上升，梭菌属、嗜果胶拟杆菌属、克里斯滕森菌属和毛螺杆菌属下降，各组菌群组成差异均有统计学意义（均 P < 0.05）。 结论:COPD模型大鼠存在肠道微生态失衡，加味补中益气汤可调节肠道微生态环境，改善肠道菌群结构，提高肠道菌群多样性和丰富度。

目的:分析学龄肥胖儿童和正常体重儿童肠道菌群多样性差异，识别肥胖儿童肠道特征菌属，为后续相关机制研究和学龄儿童肥胖的防治提供依据。方法:基于2016年在上海市嘉定区某小学建立的研究队列人群，将2016-2018年3年均处肥胖状态的儿童共63名纳入肥胖组，其中男生43名，女生20名。在3年均为正常体重的儿童中，根据年龄、性别和所在班级，将其与肥胖组儿童进行1∶1匹配，共选择63名纳入对照组。采用问卷收集儿童基本信息、饮食状况、母乳喂养等情况，收集两组儿童的粪便样本并进行16S rDNA测序。对质量优化后的测序序列按照97%相似性进行可操作分类单元聚类及物种注释。分析肥胖组和对照组儿童肠道菌群多样性及菌属丰度差异。计算肠道菌群的Ace、Chao1、Shannon、Simpson 4种α多样性指数，并利用主坐标分析，在非加权Unifrac距离和加权Unifrac距离的基础上表示β多样性。使用相似性分析（ANOSIM）比较两组β多样性的差异。利用STAMP软件挑选出两组儿童共有菌属中的差异细菌，并利用广义线性模型（GLM）分析肥胖与α多样性以及显著差异菌属的关联。结果:肥胖组的Ace和Chao1指数低于对照组，差异有统计学意义（ P值分别为0.026和0.039），Shannon和Simpson指数差异无统计学意义（ P值分别为0.879和0.922）。ANOSIM分析结果显示，两组儿童肠道菌群差异有统计学意义（ R>0），但是组别贡献不显著（非加权Unifrac距离： R=0.006， P=0.223；加权Unifrac距离： R=0.010， P=0.134）。在肥胖组的特有菌属中，普雷沃菌属（ Prevotella）和八叠球菌属（ Sarcina）的相对丰度较高。STAMP分析结果显示，共有菌属中，15个菌属的相对丰度在两组儿童中差异有统计学意义（ P<0.05）。GLM分析结果显示，在调整年龄、性别、SBP、饮食频次、近一周内抗生素使用情况、分娩方式、母乳喂养时间后，与对照组儿童相比，肥胖组的Ace指数和阿克曼菌属（ Akkermansia muciniphila）的相对丰度显著较低，粪球菌属（ Coprococcus_3）、瘤胃球菌属（ Ruminococcus）、不动杆菌属（ Agathobacter）、柯林斯菌属（ Collinsella）的相对丰度较高。根据性别分层之后，在肥胖男生中，发现Chao1指数低于正常体重男生。但是，在肥胖女生中，仅发现粪球菌属高于正常体重女生。 结论:与正常体重儿童相比，肥胖儿童肠道菌群α多样性较低、优势益生菌属相对丰度较低，但是与代谢紊乱、炎症促进、胆固醇降低有关的菌属相对丰度较高。

目的:观察小鼠肠道菌群的变化，探讨粪菌结合益生菌移植干预急性严重肝损伤的结局。方法:选雄性BALB/c小鼠40只，随机分为空白对照组10只，模型组10只，普通粪菌移植组10只，粪菌+益生菌移植组10只，除空白对照组外，其余各组给予D-氨基半乳糖（3.0 g/kg）腹腔注射制备急性严重肝损伤模型，普通粪菌移植组和粪菌+益生菌移植组在造模同时分别给予普通粪菌液和益生菌+粪菌液灌肠（1次/d），48 h后取血清用于检测丙氨酸转氨酶、天冬氨酸转氨酶、总胆红素，取肝组织用于病理学检测。取结肠内容物用于提取DNA进行16S V3-V4区高通量测序，用生物信息学分析技术对测序结果进行可操作分类单元聚类分析，α多样性分析，β多样性分析，线性判别分析找到不同分组小鼠的结肠内容物特征性差异细菌。临床生物化学指标组间差异比较采用 t检验，16S V3-V4区测序结果组间差异采用Wilcoxon检验。 结果:模型组小鼠血清肝脏生物化学指标高于其他3组，差异有统计学意义（ P < 0.05），模型组肝脏HE染色结果显示肝组织镜下呈严重炎性改变；普通粪菌移植组和粪菌+益生菌移植组较模型组明显减轻，炎症减轻。16S rRNA高通量测序分析结果显示，空白对照组小鼠群菌结构与其他3组的Shannon差异无统计学意义，Observed Species差异有统计学意义，菌群构成差异大，粪菌移植增加小鼠肠道内物种数量。β-多样性分析结果显示，空白对照组与其他3组的组间差异大于疾病组之间的组间差异，粪菌+益生菌移植组改变疾病小鼠肠道菌群结构的差异细菌多为产丁酸盐细菌。 结论:粪菌+益生菌增强粪菌移植治疗效果，改善肝脏炎症，增加肠道内产丁酸盐细菌数量。

目的:分析结肠癌与直肠癌患者肠道菌群的构成差异。方法:收集2018年7月至2019年1月于哈尔滨医科大学附属第二医院就诊的72例大肠癌患者粪便样本，将其分为结肠癌组和直肠癌组，均为36例。提取粪便样本DNA，并对其进行高通量测序。采用生物信息学方法分析两组患者肠道菌群多样性及菌群构成的差异，探讨差异菌群可能的促癌机制。结果:72例样本经过高通量测序，共获得原始序列2 356 560条，优质序列32 730条，样本序列平均长度主要集中在401~460 bp，对所有序列进行操作分类单元（OTU）物种分类学注释后，获得1 409个OTU。Alpha多样性分析结果提示，直肠癌组和结肠癌组Shannon指数分别为2.61±0.56和2.43±0.67，差异无统计学意义（ t=1.229， P=0.223）；Simpson指数分别为0.17±0.09和0.21±0.16，差异无统计学意义（ t=1.449， P=0.151）。组间差异分析和线性判别分析（LDA）显示：在门水平，厚壁菌门（Firmicutes）在直肠癌患者肠道中丰度更高（LDA值为4.67， P=0.014），变形菌门（Proteobacteria）在结肠癌患者肠道中更加富集（LDA值为4.49, P=0.042）；在纲水平，丙型杆菌（Gammaproteobacteria）丰度在结肠癌患者肠道中较高（LDA值为4.50， P=0.033），而Erysipelotrichia在直肠癌患者肠道中丰度更高（LDA值为3.50, P=0.035）；在目水平，Erysipelotrichales在直肠癌患者肠道中丰度更高（LDA值为3.50， P=0.035）；在科水平，紫单胞菌（Porphyromonadaceae）丰度在直肠癌患者肠道中更高（LDA值为3.97， P=0.033）。 结论:结肠癌与直肠癌患者肠道菌群构成存在明显差异，提示不同的菌群可能影响结肠癌和直肠癌的发展进程。

目的:动态监测分析抗程序性死亡受体1（PD-1）相关性结肠炎患者，治疗过程中临床特征和肠道菌群变化情况。方法:分析2019年1月至2020年1月2例非小细胞肺癌患者发生抗PD-1相关性结肠炎的病例系列研究，比较治疗前、治疗后和病情复发时临床症状、内镜和病理表现，以及肠道菌群构成变化。结果:患者年龄分别为63岁和69岁，均为男性，临床主要表现为腹泻、炎性指标升高，内镜下结肠弥漫性充血水肿伴糜烂，病理示隐窝结构改变，糖皮质激素治疗有效，可达到临床缓解和黏膜愈合。肠道菌群在激素治疗前、治疗后和病情复发可操作性分类单元组成存在差异。激素治疗后α多样性observed species和Shannon、Simpson、Chao1、ACE指数均下降，菌门水平拟杆菌门增加，厚壁菌门减少，菌属水平拟杆菌属增加，瘤胃菌属减少，乳酸杆菌属为潜在有益菌属。结论:抗PD-1相关性结肠炎患者治疗过程中存在临床表现、炎性指标、内镜和病理表现相应变化，同时存在肠道菌群多样性、主要菌门和菌属相对丰度变化。