鱼类的许多生理过程都受到烟碱型乙酰胆碱受体(nicotinic acetylcholine receptors)的调节,如神经肌肉信号传递.在海洋环境中,三带双锯鱼(Amphiprion ocellaris)被芋螺(Conus)捕食的过程与烟碱型乙酰胆碱受体密切相关.本研究以三带双锯鱼肌肉、脑、肠道组织的cDNA作为模板,克隆三带双锯鱼烟碱型乙酰胆碱受体不同亚基的基因,在此基础上进行生物信息学分析,同时构建系统进化树.研究结果表明,从三带双锯鱼肌肉组织中克隆得到了烟碱型胆碱能受体α1亚基(cho-linergic receptor nicotinic alpha 1 subunit,chrna1)和烟碱型胆碱能受体 e 亚基(cholinergic receptor nicotinic epsilon subunit,chrne)基因序列;从脑组织中克隆获得烟碱型胆碱能受体α10亚基(cholinergic receptor nicotinic alpha 10 subunit,chrna10)基因序列.将得到的基因序列利用Colabfold软件对其编码蛋白的3D结构进行预测,所得结果与已经解析的烟碱型乙酰胆碱受体的结构高度相似.采用荧光定量PCR技术对chrna1、chrne、chrna10基因在三带双锯鱼肌肉、脑、肠组织中的表达水平进行检测,结果显示,chrna1、chrne基因在肌肉组织中的表达量非常高,在脑组织中的表达量非常低,肠道组织中没有检测到表达.chrna10基因在脑组织中的表达量较低,在肌肉、肠道组织中没有检测到表达.系统进化树结果表明不同物种间乙酰胆碱受体的蛋白序列高度保守,三带双锯鱼与模式生物斑马鱼(Danio rerio)几乎同源.

肺表面活性物质有助于维持肺泡结构,促进呼吸作用和对氧的吸收及利用,磷脂酰胆碱为肺表面活性物质磷脂主要成分.为进一步研究高原动物对低氧环境的适应机制,本文以青藏高原特有物种高原鼢鼠(Eospalax baileyi)和高原鼠兔(Ochotona curzoniae)为研究对象,应用生物信息学方法对编码磷脂酰胆碱合成途径中关键酶胆碱激酶基因Chok-α和Chok-β、磷酸胆碱胞苷转移酶基因Pcyt-α和Pcyt-β以及胆碱磷酸转移酶基因Cpt的序列进行进化分析,并以SD大鼠(Rattus norvegicus)为对照,测定了这些基因在肺组织中的mRNA表达水平.生物信息学结果表明,Chok-α、Chok-β、Pcyt-α、Pcyt-β和Cpt基因序列高原鼢鼠与以色列鼹鼠(Nannospalax galili)的同源性最高,高原鼠兔与北美鼠兔(O.princeps)的同源性最高,均高达90％以上;高原鼢鼠Cpt与以色列鼹鼠,高原鼠兔Chok-β、Pcyt-β和Cpt与北美鼠兔有平行进化位点.选择压力分析表明,高原鼢鼠Chok-α亚基第4位的赖氨酸、第5位点的苯丙氨酸和第10位的谷氨酸,高原鼠兔Chok-β亚基第4位蛋氨酸,高原鼢鼠Cpt第163位谷氨酸,这些位点均存在显著差异(P＜0.05);SIFT评估结果发现,高原鼠兔的Chok-β亚基中第212位氨基酸变异位点和Pcyt-β亚基第18位氨基酸变异位点对其功能有显著影响(P＜0.05).mRNA表达水平分析结果表明,高原鼢鼠Chok-α和Chok-βmRNA表达水平均显著高于高原鼠兔与SD大鼠(P＜0.01),高原鼠兔Chok-β mRNA表达水平显著高于SD大鼠(P＜0.05);SD大鼠Pcyt-α、Pcyt-β和Cpt mRNA表达水平显著高于高原鼠兔和高原鼢鼠(P＜0.01),而高原鼠兔与高原鼢鼠间无差异(P＞0.05).以上结果表明,与SD大鼠相比,高原鼢鼠和高原鼠兔磷脂酰胆碱合成途径中关键酶氨基酸变异和基因表达水平的差异以及两种高原动物的生理适应,更利于它们在高寒低氧的独特环境中获取氧并利用氧,从而促进呼吸作用,以加强能量代谢并适应低氧环境.

目的:分析2015—2019年北京市麻疹病毒(measles virus, MV)分子流行病学特征，为消除麻疹提供实验室依据。方法:通过北京市麻疹实验室网络收集2015—2019年麻疹病毒阳性咽拭子标本，提取病毒核酸后采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增麻疹病毒N基因C末端450个核苷酸片段，对扩增产物进行核苷酸序列测定，获得基因序列同WHO麻疹病毒基因型代表株、中国和其他国家D8基因型参考株构建系统进化树，分析核苷酸和氨基酸同源性；对D8和B3基因型麻疹病例进行描述性分析。结果:2015—2019年全市麻疹病毒基因型鉴定株546株，其中H1a基因型531株，疫苗株5株，B3基因型1株，D8基因型9株，其中8株为2019年流行株。本土株H1a基因型MV核苷酸和氨基酸同源性为91.5%～100.0%和73.6%～100.0%。2019年8例D8基因型麻疹病例均为成人，其中2例为一起暴发疫情，其余6例为散发病例。结论:输入性D8基因型成为2019年北京市MV主要流行基因型；2015—2019年随着麻疹发病下降，本土基因型H1a已经不占优势，而其他不同基因型输入，形成混合流行的趋势，建议在消除麻疹工作中，不仅要努力阻断本土麻疹病毒传播，更要防控非本土基因型病毒输入和持续传播，避免其逐渐演化为优势毒株而建立本土传播的风险。

目的:了解河南省急性呼吸道感染(ARI)病例中人副流感病毒3型(HPIV3)血凝素-神经氨酸酶(HN)的基因特征。方法:对河南省漯河市采集的严重急性呼吸道感染(SARI)病例标本和郑州市采集的流感样病例(ILI)标本进行人副流感病毒(HPIVs)核酸检测，HPIV3检测阳性标本使用RT-PCR法进行HN基因扩增并测序，使用CExpress以及MEGA7.0软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果:漯河市和郑州市共采集ARI咽拭子标本374份，其中HPIV3核酸检测阳性标本20份(5.3%)，对阳性标本进行靶基因扩增后获得18条序列，经分析全部为C3亚群，其中有16条序列为C3f基因型，有2条序列为C3a基因型。18株HPIV3的HN基因序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~100.0%和99.3%~100.0%，与原株型Wash/47885/57相比差异较大，发生了12处共同的氨基酸突变，其中H295Y、I391V、D556N和I53T是功能相关突变位点。与流行株China/BCH4210A/2014相比同源性较高，未发生共同的氨基酸突变，未发现新的功能相关突变位点。结论:河南省近年流行的HPIV3为C3亚型的C3f和C3a分支，可能建立了本土循环流行。应对HPIV3的C3亚型进行持续深入的监测，为防控HPIV3相关疾病提供科学依据。

目的:对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型（coxsackievirus B5，CVB5）病毒株进行全基因组测序，并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法:通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株，应用全基因组测序技术对分离株进行病毒基因序列测定，采用MEGA、RDP4及SimPlot软件，解析病毒基因组学特征。结果:分离株YN-01/CHN/2022与2株广东CVB5流行株核苷酸同源性为96.6%，属GⅠ.C1分支，与国内大多其他CVB5流行株相似度低（≤90.3%），揭示国内CVB5流行株间基因组差异较大。该分离株VP1序列存在2个特有的氨基酸突变（T246A和T275A），但其95位氨基酸未发生改变。基因重组分析显示YN-01/CHN/2022可能为重组株，重组位点发生在P1区VP4（940）和P2区2A（3 540）。结论:本研究分离株YN-01/CHN/2022属于CVB5 GⅠ.C1基因型，存在特异的核苷酸分歧，也证实了CVB5基因组有重组现象发生。该数据提示增强CVB5分子流行病学研究工作，持续追踪病毒进化规律，不断提高相关疾病防控工作的精准性。

目的:了解深圳市2018年登革热疫情的流行病学特征和流行毒株的基因分型。方法:采用描述性流行病学方法分析2018年深圳市登革热疫情，采集患者血液标本，采用胶体金免疫层析法检测血清特异性IgM、IgG抗体，采用实时荧光定量聚合酶链反应进行病原学检测和基因型别鉴定。采用反转录聚合酶链反应扩增登革病毒 E基因序列，与不同国家和地区的登革热流行毒株进行同源性比较和进化树分析。 结果:2018年1月1日至12月31日，深圳市累计报告登革热234例，发病率为1.87/10万，本地病例144例(61.54%)，输入病例90例(38.46%)，以东南亚国家及深圳市周边城市输入为主。发病时间集中在8月至11月，共202例(86.32%)。以20～50岁中青年患者为主(195例，83.33%)。登革病毒1型(dengue virus type 1，DENV-1)占86.01%(166/193)，登革病毒2型(dengue virus type 2，DENV-2)占10.36%(20/193)，登革病毒3型占2.59%(5/193)，登革病毒4型占1.04%(2/193)，且本地病例均为DENV-1感染。24株DENV-1毒株与HAWAII45毒株 E基因核苷酸同源性为93.0%～94.6%，氨基酸同源性为96.6%～97.2%。其中23株为基因Ⅰ亚型；1株为基因Ⅳ亚型，为深圳市首次报道的输入性病例。6株DENV-2毒株与国际标准株NGC株 E基因核苷酸同源性为93.1%～93.9%，氨基酸同源性为97.0%～97.8%。其中2株为Cosmopolitan亚型；4株为Asian Ⅰ亚型，为深圳市首次报道。 结论:2018年深圳市登革热流行具有本地传播与输入传播并存的特点，主要流行为DENV-1，推测主要流行株由东南亚国家及深圳市周边城市输入，应加强关注出现地方性登革热流行的趋势。

目的:了解舟山海岛地区蜱类所携带的病原体多样性及其基因同源性。方法:2020年4—11月，采用布旗法收集舟山海岛地区发热伴血小板减少征病例居住地周围环境中的游离蜱，采用畜体检查法采集家畜身上的寄生蜱。蜱样本提取RNA或DNA进行荧光RT-PCR检测，以嗜吞噬细胞无形体、立克次体、查菲埃里克体、新型布尼亚病毒、汉坦病毒、汉城病毒、沃尔巴克体、山羊无形体为引物进行PCR扩增初筛。扩增序列测序后进行同源性分析，以邻接法构建系统进化树。结果:共采集蜱样本99只，其中游离蜱样本39只，寄生蜱样本60只。在蜱样本中检出嗜吞噬细胞无形体、立克次体、沃尔巴克体和山羊无形体核酸阳性。此次检出的沃尔巴克体与日本报道的沃尔巴克体（AB025965）同源性为98.70%；立克次体与中国云南立克次体03（KY433580）、日本立克次体LA16同源性为99.83%；嗜吞噬细胞无形体有2个进化分支：一个进化分支与安徽桐城（MK045683）及韩国济州岛（GU064903）的嗜吞噬细胞无形体同源性为100.00%，另一个进化分支与安徽金寨的嗜吞噬细胞无形体（MK045694）同源性为99.70%。结论:舟山海岛地区是嗜吞噬细胞无形体、山羊无形体和日本立克次体的自然疫源地，暴露居民存在感染风险。

目的:了解云南省大理白族自治州（简称大理州）亚洲带绦虫线粒体细胞色素b（Cytb）基因的遗传多样性。方法:2019年5月至2021年8月，在大理州血吸虫病防治研究所收治的绦虫病患者中，共采集131份带绦虫样本，涉及大理市（58份），巍山彝族回族自治县（简称巍山县，14份），弥渡县（18份），漾濞彝族自治县（简称漾濞县，24份），洱源县（17份）5个地区（即5个群体）。基于线粒体Cytb基因序列设计引物，采用PCR法扩增Cytb基因部分序列，并进行测序及同源性比对；使用MEGA 7.0、DNASP 5.10.01软件对测得序列进行分析，得到碱基组成、遗传距离、遗传多样性参数、遗传分化指数、基因流等数据。结果:131份带绦虫样本的Cytb基因扩增片段大小均为235 bp，经同源性比对均为亚洲带绦虫，A、T、G、C碱基的平均含量分别为23.8%、42.3%、24.0%、9.9%。131份亚洲带绦虫样本，共定义12个单倍型，单倍型多样性和核酸多样性分别为0.295 9和0.006 0；5个群体间的遗传分化指数和基因流范围分别为- 0.053 00~0.050 40和4.710 31~162.087 66。5个群体间的遗传距离范围为0.003 5~0.009 0，其中弥渡县与巍山县的遗传距离最大，大理市与漾濞县的遗传距离最小。结论:大理州亚洲带绦虫线粒体Cytb基因具有丰富的遗传多样性，各群体间存在频繁的基因交流，未形成显著的遗传分化。

目的:通过构建浙江省北部区域(嘉兴市和湖州市)人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1，HIV-1)流行株的分子传播网络，探索HIV-1在该区域的传播特征。方法:以2017年嘉兴市和湖州市新诊断的371例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus，HIV)感染者/艾滋病(acquired immunodeficiency syndrome，AIDS)患者为研究对象，采集其血样并收集其基本人口学及流行病学信息。从血浆中提取RNA，运用反转录聚合酶链反应和巢式聚合酶链反应扩增HIV-1 pol区基因序列，构建进化树判定亚型。计算两两序列间的基因距离，筛选最佳基因遗传距离阈值，构建分子传播网络。统计学方法采用 χ2检验。 结果:成功获得336份样本的 pol区基因序列，共检出11种亚型，以流行重组型(circulating recombinant form，CRF)07_BC亚型[40.8%(137/336)]和CRF01_AE亚型[31.2%(105/336)]为主。以1.0%的基因遗传距离阈值绘制HIV-1分子传播网络，119例患者共形成38个分子簇(簇内患者数为2～28例)，以男性为主[82.4%(98/119)] ，以年龄≥40岁者居多[52.9%(63/119)]，主要感染CRF07_BC亚型[57.1%(68/119)]和CRF01_AE亚型[24.4%(29/119)]，其中CRF07_BC入网率[49.6%(68/137)]高于CRF01_AE入网率[27.6%(29/105)]，差异有统计学意义( χ2＝5.27， P＝0.022)；存在2个较大分子簇C1(含28例患者)和C2(含11例患者)，C1中男男同性传播占60.7%(17/28)，C2中男男同性传播有7例。高传播风险病例普遍通过手机交友软件在本地或邻近城市寻找性伴侣，所感染的HIV-1序列多与其他经济发达地区(广东省、北京市和杭州市等)的HIV-1毒株序列存在较高同源性。 结论:浙江省嘉兴市和湖州市的HIV-1亚型多样，以CRF07_BC和CRF01_AE为主。该地区HIV-1传播网络特征复杂，其中高传播风险病例可能是导致浙江省北部区域HIV-1流行的关键因素，因此亟需深化传播网络监测体系，及时制订精准干预和防治策略。

目的:了解一株分离自临床血液标本中罕见菌——阿尔塔米拉金色单胞菌( Aureimonas altamirensis)的生物学特点、鉴定方法、基因组结构和临床意义。 方法:对一株血培养分离菌的培养特性、简单生化特征观察了解；用实验室常规的生化鉴定仪、MALDI-TOF质谱仪和16S rRNA基因序列分析鉴定分离菌，并将测得的16S rRNA基因序列与相关菌株构建16S rRNA系统进化树；对分离菌基因组进行测序和组装，利用相关软件对基因组作基因预测和功能注释。将分离菌与GenBank数据库中收录的相近菌株作基于31个House-Keeping基因进化树分析和全基因组同源核苷酸平均一致性(average nucleotide identity，ANI)分析。结果:分离菌为过氧化氢酶、脲酶、氧化酶反应阳性的革兰阴性无芽孢需氧小杆菌，在血平板上生长缓慢，不能被自动化细菌生化鉴定仪和MALDI-TOF质谱鉴定仪可靠鉴定，16S rRNA基因序列分析和进化树显示：该菌16S rRNA基因序列与GenBank收录的NML070722和IARI-ABL-26阿尔塔米拉金色单胞菌16S rRNA基因序列(序列号为EU442518.1和KC581669.1)一致性最高，相似性均为99.93%。全基因测序结果表明该菌基因组(国家微生物科学数据中心基因序列号：NMDC60043566)总长为4 332 458 bp，GC含量65.14%；编码4 088个基因，功能基因注释显示功能基因主要富集于蛋白质、氨基酸、碳水化合物转运和代谢类功能区，致病基因分析预测到两个可靠性高毒力因子基因，未预测到耐药基因。基因组House-Keeping基因进化树分析显示该菌与阿尔塔米拉金色单胞菌DSM21988和C2P003(NCBI基因组序列号为GCF 001463885.1和GCF 000800175.1)高度同源，但全基因组ANI分析显示其基因组与两菌存在较大差异。结论:在国内临床标本中分离出罕见的阿尔塔米拉金色单胞菌，其生物学和基因组特点还没有被充分认识，目前常规方法难以正确鉴定，其对免疫低下患者的致病性和在临床标本中分离的意义可能还需要更多的病例研究。