目的:对活禽市场环境中检出的3份H5N6亚型禽流感病毒（avian influenza virus，AIV）标本进行测序鉴定和基因特征分析，为预防人感染H5N6亚型AIV提供依据。方法:通过实时荧光定量PCR确定病毒型别，采用二代测序方法对病毒血凝素（hemagglutinin，HA）和神经氨酸酶（neuraminidase，NA）基因序列进行测序。使用NCBI中BLAST模块进行比对，用Mega7.0软件构建进化树并进行基因特征分析。结果:3份H5亚型阳性标本经测序鉴定为H5N6亚型AIV，属于Clade2.3.4.4支系。病毒的HA蛋白存在6个连续碱性氨基酸（LRERRRKRGL，其中R，K为碱性氨基酸）；病毒HA蛋白的受体结合位点238~240位氨基酸是QRG（氨基酸排序以H3-HA为准），受体特征为禽源；NA蛋白第69~73位点氨基酸未出现茎缺失。结论:环境中3份H5亚型AIV核酸阳性病毒鉴定为新型H5N6亚型AIV，属于高致病AIV，但具有不容易感染人的受体结合特征。活禽市场中持续存在H5N6病毒，对人类健康和公共卫生存在威胁，需要继续加强监测。

目的:通过16S rDNA基因测序检测复杂性肛瘘患者的肠道菌群分布，探讨其与健康人的菌群分布是否存在差异。方法:采用病例对照研究方法，回顾性收集2020年6月至12月期间杭州市第三人民医院接受手术治疗的30例复杂性肛瘘患者临床资料（复杂性肛瘘组），并按1∶1配比选择本院健康体检人群30例作为对照组（健康对照组）。病例纳入标准：（1）符合腺源性肛瘘诊断的标准，且症状持续3个月以上；（2）术前已行电子结肠镜检查排除肠道炎性反应、炎性肠病等；（3）复杂性肛瘘的定义为符合下面情况之一者：瘘管跨越2/3及以上的肛门括约肌；包含两个以上的外口或瘘管；既往已行肛瘘手术后确认复发者。排除标准：（1）合并有炎性肠病、慢性腹泻或便秘、糖尿病、消化道恶性肿瘤、肝肾功能障碍等；（2）克罗恩病、外伤、特殊感染（如放线菌病和结核病）等引起的肛瘘；（3）近1个月内使用过抗生素、益生元、益生菌等可能影响肠道微生态制剂者；（4）认知缺陷不能配合者。提取研究对象的粪便样本总DNA，扩增细菌16S rDNA基因序列的V4高变区，利用Illumina Miseq平台进行高通量测序，最后进行操作分类单元（OTU）聚类、进行Alpha多样性和LEfSE数据分析，其中Chao指数或ACE指数越大，表明微生物区系的预期物种丰度越高，Simpson指数越小或Shannon指数越大，表明微生物区系多样性越高。两组间性别、年龄、体质指数（BMI）、饮酒吸烟史基线资料比较差异均无统计学意义（均 P>0.05），说明两组具有可比性。本研究观察指标包括两组的测序和质量控制、Alpha多样性分析和物种及其丰度分析以及LEfSE分析。 结果:复杂性肛瘘组与健康对照组的主要优势菌都是厚壁菌门和拟杆菌门，分别占93.4%±32.0%和87.4%±41.2%；在属水平上，复杂性肛瘘组的普雷沃菌属（4.9%±7.4%比0.1%±1.1%， P<0.001）、巨细胞菌属（3.9%±8.2%比0.5%±4.2%， P<0.05）和毛螺菌属（2.6%±5.7%比0.1%±3.4%， P<0.05）的丰度明显更高，而变形菌属（0.02%±4.2%比9.3%±14.4%， P<0.01）、肠球菌属（0.02%±2.3%比9.3%±19.6%， P<0.05）、拟杆菌属（24.7%±9.9%比29.8%±9.1%， P<0.05）和克雷伯菌属（0.4%±4.2%比3.9%±7.3%， P<0.05）相对更低。与健康对照组相比，复杂性肛瘘组肠道菌群多样性更丰富，表现为ACE指数更高［（293.30±44.00）比（218.75±33.83）， t=102.069， P<0.001］，Chao指数也更高［（318.40±41.99）比（250.00±46.38）， t=77.818， P=0.028］，Shannon指数更高［（3.36±0.29）比（2.43±0.34）， t=9.657， P=0.001］；而Simpson指数更低［（0.103±0.013）比（0.131±0.013）， t=5.551， P=0.046］，差异均有统计学意义（均 P<0.05）。韦荣菌科、Selenemondales 及厌氧菌纲（均属于厚壁菌门）的菌株总体上对两组样本肠道菌群差异的影响最大（LDA 值均>4）。 结论:与健康对照组相比，复杂性肛瘘患者肠道菌群多样性更丰富，提示某些肠道菌群及其代谢产物可能在肛瘘发病中发挥了一定的作用。

目的:了解福建省莆田市2015年G基因型腮腺炎病毒(mumps virus，MuV)全基因组序列特征。方法:选择福建省莆田市2015年分离得到的2株腮腺炎流行株进行研究，命名为MuV15-01和MuV15-23。采用逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction，Rt-PCR)对分离株全基因组进行扩增，并对产物进行测序拼接，结合GenBank下载的不同基因型腮腺炎参考株及现有疫苗株序列比对分析分离株基因序列遗传差异及抗原位点变异情况。结果:福建省莆田市MuV分离株基因全长15 384个核苷酸，与其它基因型毒株相比，全基因组核苷酸差异在3.7%～6.0%之间，其中与A基因型(疫苗株)的遗传差异最大，与N和B基因型的遗传差异最小；在基因组编码7种病毒蛋白核苷酸序列上，SH基因变异最大，M和L基因最为保守；在N基因和HN基因已知抗原相关位点上分别存在7和11个氨基酸位点变异；相比于疫苗株福建分离株在HN基因的464位点上多增加了一个N-糖基化位点。结论:现流行于福建省莆田市的G基因型MuV与腮腺炎其他基因型及疫苗株之间在全基因上存在较大的差异，提示需要进一步加强腮腺炎流行株与疫苗株之间的遗传差异性监测，为更好的腮腺炎防控提供科学依据。

目的:探究与自身抗体抗线粒体抗体Ⅱ型（AMA-M2）发生反应的侧链二氧酸脱氢酶复合体E2蛋白（BCOADC-E2）关键性氨基酸在原发性胆汁性胆管炎（PBC）诊断中的价值。方法:克隆能够表达BCOADC-E2蛋白抗原表位同源目的基因序列BCKD，与工程质粒pGEX-4T1进行DNA重组，通过PCR获得15个点突变质粒，转入原核表达菌株中进行蛋白表达与纯化；ELISA法、蛋白质印迹法鉴定其与PBC患者血清AMA-M2特异性反应程度并进行分析比较，定位出对BCOADC-E2蛋白和AMA-M2特异性反应有关键影响的氨基酸，探讨其在PBC诊断中的价值。统计学处理采用单因素方差分析、两两比较采用LSD- t检验。 结果:共获得14个突变型蛋白、1个野生型蛋白。突变型蛋白pGEX-BCKD-S1A和pGEX-BCKD-C3A与PBC患者血清AMA-M2特异性反应程度均高于野生型蛋白pGEX-BCKD与AMA-M2特异性反应程度；突变型蛋白pGEX-BCKD-S1A（1.634±0.328）和pGEX-BCKD-C3A（1.744±0.345）与PBC患者血清AMA-M2特异性反应程度均高于野生型蛋白pGEX-BCKD（1.000±0.000）与AMA-M2特异性反应程度；突变型蛋白pGEX-BCKD-E4A（0.157±0.067）、pGEX-BCKD-V5A（0.057±0.029）、pGEX-BCKD-Q6A（0.580±0.166）、pGEX-BCKD-S7A（0.744±0.125）、pGEX-BCKD-D8A（0.351±0.135）、pGEX-BCKD-S10A（0.496±0.158）、pGEX-BCKD-V11A（0.149±0.089）、pGEX-BCKD-T12A（0.061±0.043）、pGEX-BCKD-I13A（0.007±0.017）、pGEX-BCKD-T14A（0.198±0.101）、pGEX-BCKD-S15A（0.156±0.087）、pGEX-BCKD-R16A（0.884±0.099）与AMA-M2特异性反应程度均低于野生型蛋白pGEX-BCKD（1.000±0.000）与AMA-M2特异性反应蛋白。结论:BCOADC-E2蛋白的1号和3号位半胱氨酸是提高蛋白BCOADC-E2与PBC患者血清AMA-M2特异性反应关键性氨基酸；4、5、6、7、8、10、11、12、13、14、15、16号位氨基酸被丙氨酸代替后形成突变型蛋白会降低其与AMA-M2特异性反应程度；5号位和13号位氨基酸是影响蛋白BCOADC-E2与AMA-M2特异性反应关键性氨基酸，对BCOADC-E2蛋白功能有着重要影响，对BCOADC-E2关键性氨基酸进行深入研究对PBC诊治有重要意义。

目的:了解鼻病毒在天津地区急性呼吸道感染患儿中的检测情况、基因的遗传进化特征、流行趋势和临床特征，为临床诊疗提供理论依据。方法:收集2017年7月至2019年12月在天津市儿童医院住院的急性呼吸道感染患儿的鼻咽抽吸物标本2 945份，采用聚合酶链反应的方法筛选出鼻病毒阳性样本，VP4/VP2序列分析分型。将所获得的序列与已知的鼻病毒基因序列进行比对分析，并收集整理相关临床病例资料。采用SPSS 19.0比较不同季节和分型鼻病毒的检出结果。结果:住院患儿鼻病毒阳性检出率为8.15%（240/2 945），其中74.78%（86/115）被诊断为肺炎，40.83%（98/240）存在与其他常见病原菌混合感染；鼻病毒感染率冬季较低（4.14%，29/700），春秋季较高，分别为11.00%（66/660）和9.29%（81/872）；分型以A型（50.00%，78/156）、C型（41.67%，65/156）居多，且10、11月检出率占C型阳性病例的46.15%（30/65）；鼻病毒A型检出的主要分型依次为A12（11.54%，9/78），A49（6.41%，5/78），A22、A101、A66（均为5.13%，4/78）等；C型检出分型依次为C2（20.00%，13/65），C22（9.23%，6/65），C26、C43、C54、C53（均为4.62%，3/65）等；鼻病毒A型感染发热症状较C型常见（χ2=5.411， P<0.05）。 结论:婴幼儿鼻病毒感染率高，有明显的季节流行趋势，常与其他病原菌混合感染，具有遗传多样性。

目的:研究p38丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）基因沉默对大气细颗粒物（PM 2.5）染毒肝细胞（L02细胞）相关基因表达的影响。 方法:于2019年6至9月，根据GenBank提供的p38MAPK基因序列，设计合成3条干扰序列，退火后连接到PLVX-shRNA2-puro中，将重组慢病毒载体转染L02细胞。用实时荧光定量聚合酶链反应（PCR）和蛋白免疫印迹（Western blotting）法对p38MAPK基因沉默效果进行鉴定。用浓度为50 μg/ml的PM 2.5水溶物和10 μmol/L阳性对照Cr 6+分别染毒L02细胞、p38MAPK基因沉默细胞24 h，同时设立空白对照组。用荧光定量PCR检测癌基因（c-fos、c-myc、k-ras）、抑癌基因（p53）和凋亡基因（Caspase-3、Caspase-8、Caspase-9）的相对表达水平。 结果:p38MAPK基因沉默细胞中p38MAPK基因和蛋白表达水平较正常L02细胞明显下降（ P<0.05），p38MAPK基因沉默细胞株构建成功。与空白对照组比较，PM 2.5染毒L02细胞组癌基因c-fos、c-myc、k-ras和凋亡基因Caspase-3、Caspase-8、Caspase-9表达水平升高，抑癌基因p53表达水平下降，差异均有统计学意义（ P<0.05）；与PM 2.5染毒L02细胞组比较，PM 2.5染毒p38MAPK基因沉默细胞组癌基因c-fos、c-myc、k-ras和凋亡基因Caspase-3、Caspase-8、Caspase-9表达水平下降，抑癌基因p53表达水平升高，差异均有统计学意义（ P<0.05）。 结论:PM 2.5对L02细胞癌基因、抑癌基因和凋亡基因表达有明显影响，而p38MAPK基因沉默可抑制PM 2.5对L02细胞的影响。

目的:探讨人类白细胞抗原G 3′非翻译区（human leucocyte antigen-g 3′ untranslated region，HLA-G 3′ UTR）基因单核苷酸多态性以及单倍型在不明原因复发性流产患者中的分布情况及可能的预测作用。方法:采用病例对照研究。选择2017年6月至2018年7月温州市中医院70例不明原因复发性流产（unexplained recurrent spontaneous abortion，URSA）妊娠患者（病例组）以及54例产前检查健康妇女（对照组），采集外周全血和血清。离心柱法提取外周全血基因DNA，PCR扩增HLA-G 3′UTR DNA。Sanger测序法测得基因序列并进行基因分型。SHEsis在线软件分析单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）位点等位基因和基因型的频率，比较分析对照组和病例组的分布差异。Phase软件构建单倍型。ELISA检测血清可溶性HLA-G（soluble human leucocyte antigen-G，sHLA-G）浓度。两组间SNP位点基因型及单倍型比较采用χ 2检验，两组sHLA-G浓度比较采用 t检验。 结果:URSA组和对照组均检测出8个多态性位点，包括14bp ins/del、+3003C/T、+3010G/C、+3027A/C、+3035C/T、+3142C/G、+3187A/G及+3196C/G，均符合哈迪-温伯格平衡（Hardy-Weinberg，H-W）检验平衡检验，比较分析显示+3010G/C、+3142C/G、+3187A/G三个位点在两组间的分布差异有统计学意义（χ 2=8.514， P=0.004；χ 2=0.552， P=0.021；χ 2=8.183， P=0.005）。携带+3010C等位基因、+3142G等位基因患病风险相对较高（ OR=2.131，95 %CI=1.278~3.552，χ 2=8.514， P=0.004； OR=1.813，95 %CI=1.091~3.013，χ 2=0.552， P=0.021）；携带+3187G等位基因患病风险相对较低（ OR=0.476，95 %CI=0.285~0.794，χ 2=8.183， P=0.005）。8个位点紧密连锁，单倍型分析显示UTR-1（DTGCCCGC）可能是URSA的保护因素（ OR=0.497，95 %CI=0.295~0.837，χ 2=6.987， P=0.008），UTR-3（DTCCCGAC）可能是URSA的危险因素（ OR=1.732，95 %CI=1.009~2.974，χ 2=3.998， P=0.045）。UTR-1/UTR-1纯合子频率在URSA患者中显著低于健康妊娠人群（ OR=0.381，95 %CI=0.165~0.879，χ 2=5.292， P=0.024），可能是URSA的一个保护因素。未发现血清sHLA-G与HLA-G 3′UTR基因单倍型的关联性（ t=1.578， P=0.119）。 结论:HLA-G 3′UTR基因多态性及单倍型与URSA具有一定相关性，可能为临床诊疗和预测提供依据。

目的:了解云南省大理白族自治州（简称大理州）亚洲带绦虫线粒体细胞色素b（Cytb）基因的遗传多样性。方法:2019年5月至2021年8月，在大理州血吸虫病防治研究所收治的绦虫病患者中，共采集131份带绦虫样本，涉及大理市（58份），巍山彝族回族自治县（简称巍山县，14份），弥渡县（18份），漾濞彝族自治县（简称漾濞县，24份），洱源县（17份）5个地区（即5个群体）。基于线粒体Cytb基因序列设计引物，采用PCR法扩增Cytb基因部分序列，并进行测序及同源性比对；使用MEGA 7.0、DNASP 5.10.01软件对测得序列进行分析，得到碱基组成、遗传距离、遗传多样性参数、遗传分化指数、基因流等数据。结果:131份带绦虫样本的Cytb基因扩增片段大小均为235 bp，经同源性比对均为亚洲带绦虫，A、T、G、C碱基的平均含量分别为23.8%、42.3%、24.0%、9.9%。131份亚洲带绦虫样本，共定义12个单倍型，单倍型多样性和核酸多样性分别为0.295 9和0.006 0；5个群体间的遗传分化指数和基因流范围分别为- 0.053 00~0.050 40和4.710 31~162.087 66。5个群体间的遗传距离范围为0.003 5~0.009 0，其中弥渡县与巍山县的遗传距离最大，大理市与漾濞县的遗传距离最小。结论:大理州亚洲带绦虫线粒体Cytb基因具有丰富的遗传多样性，各群体间存在频繁的基因交流，未形成显著的遗传分化。

目的:调查云南省4个艾滋病主要流行地区人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1，HIV-1)毒株 gag基因序列的变异特征。 方法:利用完全随机抽样法抽取2019年1月至2020年12月云南省昆明市、德宏傣族景颇族自治州、红河哈尼族彝族自治州和临沧市抗病毒治疗定点机构进行随访治疗的480例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus，HIV)感染/艾滋病患者，收集其流行病学信息，采集血浆标本后送至云南省传染病医院进行分析，采用巢式聚合酶链反应扩增HIV-1 gag基因，并进行基因分型，采用MEGA 6.06软件构建系统进化树，采用VESPA在线分析工具分析特征性氨基酸，采用Distance程序计算 gag，以及gag蛋白不同区段的基质蛋白p17、衣壳蛋白p24、核衣壳蛋白p7及p6蛋白的基因距离。采用SNAP程序分析同义突变频率与非同义突变频率比值(Ks/Ka值)。多组间统计学比较采用方差分析。 结果:404例患者成功获得 gag基因序列，其中以男性居多(250例，61.9%)，年龄为40~59岁者占59.7%(241/404)，传播途径主要为异性性传播(61.4%, 248/404)。主要流行的HIV-1亚型依次为流行重组型(circulating recombinant form, CRF)08_BC 155例(38.4%)，CRF01_AE 74例(18.3%)，独特重组型(unique rebombinant form，URF)52例(12.9%)、CRF07_BC 39例(9.7%)，C亚型34例(8.4%)，其他亚型28例(6.9%)，B亚型22例(5.4%)。构建系统进化树发现，CRF08_BC亚型形成了2个主要传播簇，2个传播簇间共有8个位点的特征性氨基酸分布存在显著差异，分别为第79、93、121、122、151、363、395和396位点。CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC的 gag基因距离分别为0.090±0.004、0.088±0.004和0.078±0.002，差异有统计学意义( F＝118.33， P<0.001)。3种主要亚型中， gag区段的Ks/Ka值分别为4.003±1.309、4.141±0.860和4.514±1.215，差异有统计学意义( F＝1.35， P<0.001)；p17区段的Ks/Ka值分别为2.590±0.186、2.831±0.496和2.936±0.475，差异有统计学意义( F＝1.59， P<0.001)；p24区段的Ks/Ka值分别为12.579±1.116、10.185±0.494和8.522±0.595，差异有统计学意义( F＝1.61， P<0.001)；p7区段的Ks/Ka值分别为10.850±0.711、9.717±0.932和8.522±0.026，差异有统计学意义( F＝4.24， P<0.001)；p6区段的Ks/Ka值分别为3.122±0.134、3.040±1.498和4.841±0.353，差异有统计学意义( F＝10.68， P<0.001)。 结论:云南省4个地区中主要流行的亚型为CRF08_BC亚型，CRF08_BC的不同传播簇形成了不同的氨基酸组成模式，不同亚型 gag基因不同区段的变异程度不同，应加强对HIV变异毒株的监测，控制其流行蔓延。

目的:通过对2012—2021年四川省输入性登革病毒(dengue virus, DENV)E基因序列的分析，掌握四川省输入性DENV的血清型、基因型等分子特征，为溯源提供依据。方法:对2012—2021年四川省经Real time RT-qPCR检测DENV阳性的28份血清标本采用RT-PCR方法进行DENV E基因扩增及测序。利用Mega Align5.0软件对核苷酸序列和推导氨基酸序列进行比对分析，利用Mega 7.0软件绘制系统发育树。结果:经RT-PCR和序列测定获得了28株DENV的E基因序列，系统进化和同源性分析表明，20株属于DENV血清型1型(DENV-1)，其中16株为基因I型(Genotype-I, G-I)，4株为基因V型(Genotype-V, G-V)；7株属于DENV血清型2型(DENV-2)，其中4株为G-I，3株为基因II型(Genotype-II, G-II)；1株属于DENV血清型3型(DENV-3)，为G-I。四川株与东南亚国家以及我国广东等地的DENV病毒株同源性最高，与病例的流行病学调查资料完全吻合。结论:从分子水平证明了2012—2021年四川省输入性DENV存在3种血清型及其多种基因型，输入病例主要来源于东南亚国家。