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两样本孟德尔随机化分析炎性因子与前列腺癌因果关系
编辑人员丨1天前
目的:采用两样本孟德尔随机化方法来评估 91 种炎性因子与前列腺癌的潜在因果关系.方法:选取91 种炎性因子的全基因组关联分析(GWAS)汇总统计数据(n=14 824)结合FinnGen最新第9 版数据库中选取前列腺癌作为结局进行孟德尔随机化分析.通过逆方差加权法(IVW)、MR-Egger回归、简单中位数法(SM)、加权中位数法(WM)、加权中值法(WME)等回归模型的OR值和95%CI评估炎性因子与前列腺癌的因果关系,其中IVW法得出的因果关系相对稳定,作为本研究的主要统计方法.进一步采用贝叶斯分析法对孟德尔分析结果进行验证.使用Cochran's Q检验评估遗传工具变量的异质性,使用MR-Egger截距检验评估多效性,使用留一法评估作为工具变量的单核苷酸多态性(SNPs)对暴露和结局因果关系影响的敏感性.结果:IVW法结果显示,91 种炎性因子中白介素-22 受体 A1(IL-22RA1)、磺基转移酶 1A1(ST1A1)与前列腺癌发病风险呈正向因果关联:IL-22RA1:IVW[OR(95%CI):1.12(1.00~1.25),P=0.04];ST1A1:IVW[OR(95%CI):1.08(1.00~1.16),P=0.03].趋化因子配体 11(CXCL11)、白介素 17A(IL-17A)与前列腺癌发病风险呈反向因果关联;CXCL11:IVW[OR(95%CI):0.88(0.81~0.95),P=0.00];IL-17A:IVW[OR(95%CI):0.91(0.84~0.98),P=0.02].MR-Egger截距分析未检测到潜在的水平多效性(P 均>0.05,IL-22RA1=0.885,ST1A1=0.949,CXCL11=0.391,IL-17A=0.884).MR-PRESSO 未检测到偏倚 SNPs(P 均>0.05,IL-22RA1=0.479,ST1A1=0.629,CXCL11=0.326,IL-17A=0.444),未发现异质性(P均>0.05,IL-22RA1=0.543,ST1A1=0.677,CXCL11=0.336,IL-17A=0.494),留一法敏感性分析结果图提示无个别单核苷酸多态性位点对整体因果关系预测产生明显影响,故分析结果可靠.结论:91 种炎性因子中IL-22RA1、ST1A1 与前列腺癌有正向因果关系,随着这些因子的水平增加,前列腺癌发病的风险升高;CXCL11、IL-17A与前列腺癌有反向因果关系,即随着这些因子的水平增加,前列腺癌发病风险降低.
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编辑人员丨1天前
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巨细胞动脉炎与类风湿关节炎的因果关系:一项孟德尔随机化研究
编辑人员丨1天前
目的 探索巨细胞动脉炎(GCA)与类风湿关节炎(RA)之间的双向因果关系.方法 GCA和RA的全基因组关联研究(GWAS)数据集来自FinnGen数据库,采用双向孟德尔随机化(MR)分析来探讨GCA与RA之间的因果关系,研究结果通过验证数据集和荟萃分析进行进一步验证.采用随机效应逆方差加权法(IVW)、加权中位数法、MR Egger回归、简单和加权模型进行双向MR分析,并进行敏感性检验.结果 训练阶段结果表明RA会增加GCA的患病风险(IVW:OR=1.44;95%CI 1.25~1.65,P=2.20×10-7),且这种因果关系在4个验证集(所有IVW:P<0.001)及荟萃分析(IVW:OR=1.37,95%CI 1.29~1.45,P<0.0001)中得到了验证.此外,反向MR分析3个验证集(所有IVW:P<0.001)及荟萃分析(IVW:OR=1.05,95%CI 1.03~1.08,P<0.0001)的结果表明GCA会增加RA的患病风险.结论 GCA与RA之间存在双向的因果关联,这对疾病的临床管理具有重要意义.
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编辑人员丨1天前
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心脏结构和功能与髋部骨折疾病风险遗传预测的两样本双向孟德尔随机化研究
编辑人员丨1天前
目的 通过孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)方法来研究心脏结构和功能是否与髋部骨折有因果关系.方法 基于大规模全基因组关联研究(GWAS)汇总数据,主要分析方法是逆方差加权法(IVW),使用加权中位数(WM)和MR-Egger作为补充分析方法对心脏结构和功能与髋部骨折的双向因果关系进行探讨.并进行敏感性分析保证结果的稳定性.结果 未发现遗传预测的12种心脏磁共振成像(MRI)表型与髋部骨折间的因果关联.在反向MR分析中,髋部骨折与左室每搏输出量(β=-0.04,95%CI=-0.08~-0.00,P=0.032)、右室舒张末容积(β=-0.03,95%CI=-0.07~0.00,P=0.047)、右室收缩末容积(β=-0.04,95%CI=-0.07~-0.00,P=0.047)存在因果关联,而与其他心脏MRI表型无显著关系.结论 缺乏强有力的证据支持心脏结构和功能与髋部骨折的因果关系.反之,从基因层面证明了髋部骨折可增加心脏结构和功能异常的风险.
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编辑人员丨1天前
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基于肾主骨理论探讨肾病与骨质疏松症因果关系的孟德尔随机化分析
编辑人员丨1天前
目的 探索中医肾主骨理论下,肾病与骨质疏松症(osteoporosis,OP)的因果关系.方法 使用孟德尔随机化方法,从全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)数据库筛选肾病相关单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)作为工具变量,应用固定效应逆方差加权及多种敏感性分析以评估肾病与OP之间的因果关系.结果 5种孟德尔随机化分析结果显示,膜性肾病(OR=1.000 6,95%CI:1.000 2~1.000 9,P=0.001 0)、慢性肾小球肾炎(OR=1.000 8,95%CI:1.000 1~1.001 5,P=0.038 0)、糖尿病肾病(OR=1.001 0,95%CI:1.000 1~1.002 0,P=0.031 6)、血清肌酐升高(OR=1.013 0,95%CI:1.000 0~1.026 0,P=0.050 8)可显著增加OP风险,估计的肾小球滤过率升高则与OP风险降低相关(OR=0.997 0,95%CI:0.995 3~0.998 6,P=0.000 3).多重敏感性分析证实了结果的稳健性,未发现明显的多效性(MR-Egger截距P>0.05)和异质性(Cohran's Q检验P>0.05).结论 肾病与OP间存在正向因果关系,佐证肾主骨理论,为肾病相关OP预防和治疗提供新证据.
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编辑人员丨1天前
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多基因遗传风险评分与胃癌发病年龄的关联分析
编辑人员丨1天前
目的:探讨多基因遗传风险评分(PRS)与胃癌发病年龄及早发风险之间的关系。方法:基于胃癌全基因组关联研究,以胃癌病例为研究对象,利用112个与胃癌发生风险有关的单核苷酸多态性位点构建PRS,采用方差分析和Pearson相关性检验分析PRS水平与胃癌发病年龄的关系。将发病年龄<50岁的病例定义为早发胃癌病例,以低遗传风险(PRS≤20%)为参照组,采用Cox比例风险模型以早发诊断年龄为时间变量分析中遗传风险(PRS:20%~80%)和高遗传风险(PRS>80%)与胃癌早发风险的关联。结果:共纳入8 629例胃癌病例,其中,男性6 284例(72.82%),女性2 345例(27.18%),发病年龄为(60.61±10.80)岁。PRS水平与胃癌发病年龄呈显著负相关( r=-0.05, P<0.001),PRS越高胃癌发病年龄越小,低、中、高遗传风险组胃癌发病年龄分别为(61.68±10.33)岁、(60.53±10.79)岁、(59.80±11.20)岁。PRS与胃癌早发风险呈剂量反应关系(中遗传风险: HR=1.19,95% CI:1.03~1.39, P=0.022;高遗传风险: HR=1.44,95% CI:1.20~1.71, P<0.001)。 结论:高PRS不仅增加胃癌发病风险,同时也是胃癌早发的危险因素,PRS可作为遗传检测指标评估胃癌发病和早发风险。
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编辑人员丨1天前
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口腔菌群影响因素及其与上消化道肿瘤关联研究进展
编辑人员丨1天前
人体口腔微生物种类复杂且数目庞大,其构成及分布可受到多种因素的影响。随着宏基因组学技术的发展,口腔菌群在肿瘤发生发展中的重要作用逐渐受到广泛关注。本文通过检索PubMed、Embase、中国知网、万方数据知识服务平台等数据库,对口腔菌群的影响因素及其与口腔癌、食管癌、胃癌关联的研究现况进行了总结,发现口腔菌群可受到性别、年龄、种族和生活习惯等多种因素影响,特定口腔菌群与上消化道肿瘤的发病风险相关,具有作为上消化道肿瘤初筛标志物的潜能。本文通过综述口腔菌群的影响因素及其与上消化道肿瘤关联性研究进展,旨在为探索上消化道肿瘤病因提供微生物组学的新方向,为优化、完善上消化道肿瘤高危人群的早期筛查及早诊早治方案提供科学依据。
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编辑人员丨1天前
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白念珠菌的杂合性丢失事件与抗真菌药物耐药表型相关性研究进展
编辑人员丨1天前
作为具有重要临床意义的病原体,白念珠菌可以在人体多个生态位上广泛定植,尤其会对免疫功能低下的人群产生严重的后果。目前能够使用的抗真菌药物非常有限,然而白念珠菌的基因组又具有较高的变异性,可以帮助其快速适应抗真菌药物带来的压力。因此,该物种的耐药问题仍是威胁临床的巨大隐患。本研究重点关注白念珠菌频繁发生的杂合性丢失(loss of heterozygosity, LOH)事件,总结了LOH与白念珠菌其他基因组变异形式之间的关联,并从新发突变频率、耐药基因的纯合性以及生殖方式等方面进一步探讨其与抗真菌药物耐药之间的相关性。
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编辑人员丨1天前
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干扰素诱导跨膜蛋白3基因rs12252多态性与新型冠状病毒肺炎关联性研究
编辑人员丨1天前
目的:了解干扰素诱导跨膜蛋白3(IFITM3)基因rs12252多态性与新型冠状病毒感染之间的关联。方法:选择2020年1月至2021年1月北京市监测发现的新型冠状病毒肺炎病例及无症状感染者446例和健康对照人群65例。提取呼吸道样本基因组DNA,使用Sanger测序法检测IFITM3基因rs12252多态性。结果:无症状感染者、轻型病例、普通型病例中rs12252基因型分布频率与对照组无显著性差异( P值均>0.05),但重型病例中基因型分布具有显著差异( P<0.05)。60%的重型病例为CC基因型,明显高于其他类型病例、无症状感染者或健康人群。隐性遗传模型显示CC基因型个体比TT基因型和CT基因型个体有更高的风险发展为新冠肺炎重型或危重型( OR=3.546,95% CI:1.084~11.595)。 结论:IFITM3 rs12252CC基因型会导致较高的新冠肺炎重症感染风险。
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编辑人员丨1天前
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TGFβ2基因单核苷酸多态性与陕西省克山病的关联研究
编辑人员丨1天前
目的:探讨转化生长因子β2(TGFβ2)基因的单核苷酸多态性(SNP)与陕西省汉族人群克山病(KD)的相关性。方法:2000年选择陕西省延安市黄陵县KD病区作为此次研究的调查点。采用整群随机抽样方法,抽取黄陵县6个行政村(腰坪乡段家湾村、桃曲村、腰坪村、建庄村、案角村和店头镇厚子坪村)的52户KD家庭,对全部家庭成员进行流行病学调查。按照我国《克山病诊断》(WS/T 210-2011)标准确定KD患者(病例组)79例、健康对照人群(对照组)206例,共计285例研究对象。采集所有研究对象外周静脉血样品,提取基因组DNA,采用飞行时间质谱分型技术对TGFβ2基因rs6658835位点进行基因分型。应用χ 2检验、 t检验对基线资料进行分析,应用二元logistic回归模型分析KD的影响因素,应用拟合优度χ 2检验分析基因频率分布是否符合哈迪-温伯格定律(Hardy-Weinberg定律),应用χ 2检验对病例组和对照组的基因型和等位基因频率分布进行关联分析,应用logistic回归分析对混杂因素进行校正后再次对病例组和对照组的基因型频率分布进行关联分析。 结果:流行病学调查显示,年龄、心脏是否有杂音情况在病例组和对照组间比较,差异均有统计学意义( t = 7.03、χ 2 = 9.66, P均< 0.05);二元logistic回归模型分析显示,年龄对KD的影响差异有统计学意义(χ 2 = 20.72, P < 0.001)。病例组和对照组TGFβ2基因rs6658835位点基因频率分布均符合Hardy-Weinberg定律(χ 2 = 0.02, P = 0.900)。关联分析结果表明,TGFβ2基因rs6658835位点基因型频率分布病例组(GG、GA、AA分别为6.3%、38.0%、55.7%)与对照组(GG、GA、AA分别为10.7%、43.7%、45.6%)比较,差异无统计学意义(χ 2 = 2.78, P = 0.249);经年龄校正后,病例组与对照组TGFβ2基因rs6658835位点基因型、显性模型频率分布差异均有统计学意义(χ 2adj = 5.43、4.86, P均< 0.05),隐性模型频率分布差异无统计学意义(χ 2adj = 2.12, P = 0.145)。 结论:TGFβ2基因rs6658835位点与陕西省汉族人群KD有相关性。
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编辑人员丨1天前
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SLC1A2基因与特发性震颤的研究进展
编辑人员丨1天前
特发性震颤(ET)是以震颤为主要表现的常见运动障碍性疾病。ET在临床上存在异质性,除以震颤为主要表现的运动症状以外,还包括非运动症状如神经精神症状(焦虑、抑郁)、人格改变、睡眠障碍等,其中焦虑、抑郁最常见,并随着疾病进展逐渐加重,对患者生活质量造成不良影响。因此寻找ET精神症状的临床早期生物标志物对ET患者的诊疗起到重要的作用。全基因组关联研究(GWAS)描述了与ET相关的SLC1A2基因,在ET患者的非运动症状中此基因编码的兴奋性神经递质谷氨酸的主要转运蛋白(EAAT2)或胶质高亲和力谷氨酸转运体(GLT1)与ET患者的焦虑、抑郁表型存在联系。目前有关ET患者的发病机制尚未清楚,但许多报道证实遗传因素在ET的发病机制中起着重要作用。其中SLC1A2有望成为该病神经精神症状表型的生物标志物,为临床工作者及时采取相应的干预措施提供依据。本文就SLC1A2基因与特发性震颤进行综述。
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编辑人员丨1天前
