-
脓毒症患者外周血中lncRNA和miRNA表达谱及功能分析
编辑人员丨1周前
目的:本研究利用二代测序(next-generation sequencing, NGS)技术,对脓毒症患者外周血液进行测序分析,探讨非编码小RNA(microRNA, miRNA)和长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)的差异表达及其功能网络。方法:本研究采集2021年6月至9月在盐城市第一人民医院招募的重症医学科7例泌尿系统感染的脓毒症患者和3例健康职工志愿者的全血进行NGS分析,筛选差异表达的mRNA、lncRNA和miRNA,并对差异表达进行生物信息学分析(差异倍数FC>2, P<0.01)。本研究筛选并下载GEO数据库中4个脓毒症患者基因组数据集,筛选共同差异表达基因,对筛选基因进行京都基因组百科全书分析。使用Cytoscape 3.7.0进行构建miRNA-mRNA和IncRNA-miRNA-mRNA网络。 结果:差异表达mRNAs主要富集于炎症反应相关通路。131个差异基因显著富集在PD-1/PD-L1信号通路,发现调控PD-1/PD-L1信号通路的TLR2、LAT和CD247等靶基因,以及参与调控的miRNA(hsa-miR-370-3p、hsa-miR-3619-3p、hsa-miR-4488)。初步发现lncRNA(TCONS-0026560、TCONS-00234402、TCONS-00260914、TCONS-00265581、TCONS-00360886)通过竞争性抑制miRNA(hsa-miR-370-3p、hsa-miR-3619-3p、hsa-miR-4488)参与调控TLR2、LAT和CD247表达。结论:PD-1/PD-L1通路在启动和促进免疫抑制中发挥的重要作用,为脓毒症的治疗确定新的目标和治疗靶点。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1周前
-
伴有自杀意念的抑郁症患者犬尿氨酸代谢及与临床症状的动态关联分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨伴有自杀意念的抑郁症患者犬尿氨酸代谢通路是否存在异常,及与临床症状的动态关系。方法:根据DSM-5诊断标准前瞻性纳入2019年7月至2022年7月于上海市精神卫生中心心境障碍就诊的68例抑郁症患者,其中男28例,女40例,年龄[ M( Q1, Q3)]为22.0(17.3,47.8)岁。根据贝克自杀意念量表(Beck Scale for Suicide Ideation,BSI)第4、5题认为是否有“弱”或“中等到强烈”的自杀意念将抑郁症患者分为伴自杀意念的抑郁症组( n=41)和不伴自杀意念的抑郁症组( n=27)。同时网络招募性别匹配的健康对照者72名,其中男29名,女43名,年龄为25.5(24.0,36.8)岁。使用24项汉密尔顿抑郁量表(Hamilton Depression Rating Scale-24,HAMD 24)、汉密尔顿焦虑量表(Hamilton Anxiety Rating Scale,HAMA)、BSI分别评估抑郁症患者的抑郁症状、焦虑症状及自杀意念;并采集空腹静脉血检测所有受试者的血浆犬尿氨酸代谢物水平。对伴自杀意念的抑郁症患者进行随访,在第2、4周末重复抑郁症状、焦虑症状及自杀意念的评估和外周犬尿氨酸代谢物的检测。使用超高效液相色谱-三重四极杆质谱联用仪测定血浆中犬尿氨酸代谢物的水平。对血液学指标对数转化后进行 Z-score标准化,不同代谢物的多重比较使用误报率校正。分析基线犬尿氨酸代谢物与量表分之间的关系;采用线性混合效应模型分析随访过程中犬尿氨酸代谢物与量表分的关系。 结果:抑郁症患者的外周吡啶甲酸(0.39±0.87比-0.23±1.09, t=3.89)、3-羟基犬尿氨酸与犬尿氨酸比值(3-hydroxykynurenine/kynurenine,3-HK/KYN)(0.38±0.85比-0.09±1.01, t=2.98)和3-HK(0.31±0.81比0.14±1.04, t=2.78)低于健康对照(均 P<0.05)。在伴或不伴自杀意念的抑郁症患者之间,犬尿氨酸代谢物之间的差异无统计学意义(均 P>0.05)。在伴有自杀意念的抑郁症患者中,基线HAMD 24、HAMA评分均与血浆3-HK(HAMD 24: r=0.38;HAMA: r=0.39)和3-HK/KYN(HAMD 24: r=0.34;HAMA: r=0.37)水平呈正相关(均 P<0.05)。纳入年龄、性别因素后,对该组患者的随访量表评分与犬尿氨酸代谢物水平建立线性混合效应模型,结果显示HAMA评分在随访过程中对3-HK/KYN的正向影响具有统计学意义( B=0.04, t=2.46, P<0.05)。 结论:抑郁症患者存在犬尿氨酸代谢通路异常,3-HK及3-HK/KYN与伴有自杀意念的抑郁症患者的抑郁、焦虑水平存在相关关系,其中3-HK/KYN代表的犬尿氨酸-3-单加氧酶的活性与焦虑水平存在动态关联。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1周前
-
基于外周血液分析物网络特征对临床高危人群向精神病性症状转化的预测作用
编辑人员丨1周前
目的:基于外周血液分析物网络特征,构建临床高危(CHR)人群向精神病性症状转化的预测模型。方法:选取2021年5月至2022年5月温州医科大学附属康宁医院收治的50例首发精神分裂症(FES)患者作为观察组,同期50例临床高危(CHR)人群作为对照组。两组均留存外周血液标本并采用Luminex平台液相芯片多因子检测、Bioplex技术测定及机器学习技术将多类别血液标志物建立样本数据库。观察组症状严重程度采用阳性-阴性症状量表(PANSS)进行评估,对照组症状严重程度采用总体功能评定量表(GAF)和思维、言语和交流综合评定量表(TLC),两组患者认知功能均采用MATRICS认知成套测验(MCCB)评估。应用XGBoost算法进行建模,以"转化型0-不转化型1"作为目标变量,带入一般资料、临床评估量表数据、血样数据,应用5折交叉验证法获取重要变量(重要性得分>0分),综合其权重和阈值,对数据进行构建关联分析及决策树,构建基于外周血液标志物网络矩阵的高危个体转化预测模型。结果:与对照组比较,观察组MCCB各项得分(处理速度、注意警觉、工作记忆、语言记忆、视觉记忆和推理能力)均更低(均 P<0.05)。构建FES外周血液样本信息样本库,经筛选后共纳入16种血液标志物;构建CHR人群外周血液样本信息样本库,经筛选后共纳入21种血液标志物。基于XGBoost算法用于外周血液标志物网络矩阵对于高危个体转化的预测模型最终纳入变量为:GAF量表评分、TLC量表评分、MCCB量表评分、多巴胺β羟化酶(DβH)、肿瘤坏死因子(TNF-α)、促甲状腺释放激素(TRH)、C-反应蛋白(CRP)、血管内皮生长因子(VEGF)、低密度脂蛋白(LDL)。最终模型测试集的平均准确率为0.991,平均F1分数为0.978,曲线下面积(AUC)为0.996。 结论:构建FES和CHR人群外周血液样本信息样本库,应用机器学习法建立CHR人群向精神病性症状转化的预测模型,可大幅度提高对CHR人群向SZ转化的预测能力,为临床早期干预提供客观证据。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1周前
-
原发性胆汁性胆管炎关键基因及分子机制的生物信息学分析
编辑人员丨1周前
目的:采用生物信息学方法挖掘原发性胆汁性胆管炎(PBC)的差异表达的关键基因,以期为进一步研究机制提供信息。方法:从GEO数据库中下载GSE119600数据集,获取差异表达基因;对差异基因进行基因本体论(GO)富集与京都基因和基因组百科全书(KEGG)路径分析;再构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,用Cytoscape软件进行可视化并筛选核心基因。受试者操作特征(ROC)曲线下面积(AUC)用于评估基因诊断的有效性,并由"pROC"软件包绘制。用x-Cell工具计算每个样本中34种免疫细胞的富集评分。最后,选取PSMA4、PSMA1、PSMB1和PSMA3 4个关键基因,用qPCR法对血液样本进行鉴定。结果:共鉴定出373个免疫相关差异表达基因。从178个节点596条边的PPI网络中筛选出8个基因(PSMC6、PSMB2、PSMB1、PSMA3、PSMA4、PSMA1、PSMD7和PSMB5)作为hub基因,与细胞氨基酸代谢相关过程、造血干细胞分化相关过程、细胞周期相关过程和免疫相关过程显著相关。然后按ROC曲线的AUC值>0.7,将PSMA4、PSMA1、PSMB1和PSMA3定义为PBC的免疫生物标志物。通过免疫浸润细胞分析,我们发现PBC患者的嗜酸性粒细胞比例明显高于对照组,CD4 +记忆T细胞、浆细胞、Th2细胞和cDC细胞比例明显低于对照组。所有4种免疫生物标志物都与浆细胞相关。纳入7例PBC患者及7名健康人外周血qPCR验证,PSMB1、PSMA3、PSMA1、PSMA4水平显著低于健康人,差异有统计学意义。 结论:通过生物信息学筛选出8个关键基因,其中4个为关键免疫标志物,可能为临床诊断提供和机制探讨依据。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1周前
-
超高龄老年弥漫大B细胞淋巴瘤患者的临床特征和疗效分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨超高龄老年弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者的临床特征并分析其疗效。方法:回顾性分析2002至2018年北京大学第三医院收治的46例超高龄(年龄≥80岁)的DLBCL患者的临床资料,对患者临床特征及实验室指标进行分析,同时进行生存和预后因素分析。结果:超高龄老年DLBCL患者占本中心老年DLBCL患者的15.7%(46/293),患者中位年龄83岁,Ⅲ/Ⅳ期患者占78.3%(36/46),63%(29/46)的患者存在≥2个淋巴结外器官受累;53.7%(22/41)患者增殖指数Ki-67≥80%,27例患者经免疫组化及荧光染色体原位杂交(FISH)除外双打击/三打击后显示双表达患者占37.0%。初始治疗总有效率(ORR)为63.0%,完全缓解(CR)率为36.4%,2和3年无进展生存(PFS)率分别为49.9%和41.7%,2和3年总体生存(OS)率分别为54.6%和43.6%。含蒽环类药物化疗组ORR为81.8%,不含蒽环类药物化疗ORR为55.0%,3年OS率分别为50.0%和39.0%,但两者差异无统计学意义( P>0.05)。45.5%的患者出现了Ⅲ级及以上的血液学毒性,56.8%的患者出现了感染;死亡的患者中,查尔森合并症指数(CCI)高评分组的治疗相关死亡率高(43.8%比16.7%, P=0.03)。单因素预后分析显示国家综合癌症网络国际预后指数(NCCN-IPI)评分,受累淋巴结区域≥3个,化疗周期是否满足6个周期,CCI评分,近期疗效及是否为难治复发状态与预后相关,多因素分析显示CCI评分( HR=6.463, P=0.008)和近期疗效( HR=0.086, P=0.001)为预后独立相关因素。 结论:超高龄老年DLBCL患者的临床生物学及病理均呈现高度侵袭性,化疗耐受性差,不良反应率高,未观察到蒽环类药物的应用可以改善患者预后。CCI高的患者治疗相关死亡率高,低CCI评分可能有助于识别适合较强化疗剂量的超高龄患者。
...不再出现此类内容
编辑人员丨1周前
-
精神分裂症患者外周血中mRNA/miRNA网络综合分析
编辑人员丨3周前
目的 探索精神分裂症患者外周血中mRNA/微小核糖核酸(miRNA)网络综合分析.方法 纳入2022年12月至2023年2月就诊于该院的精神分裂患者6例作为实验组,志愿者4例作为对照组.收集两组人群血液样本,采用RNA-seq技术检测mRNA及miRNA的表达水平.最后利用基因表达综合数据库中GSE145554基因集进行生物信息学验证分析.结果 与对照组相比,实验组中共分析出差异mRNA 2 133个,其中包括上调mRNA 1 410个,下调mRNA 723个;差异miRNA 150个,其中包括上调miRNA 72个,下调miRNA 78个.京都基因与基因组百科全书和基因本体论富集的生物学过程和信号途径主要包括哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT)信号通路、坏死性凋亡及内质网中的蛋白质加工信号通路等.结论 PI3K-AKT、mTOR、坏死性凋亡及内质网中的蛋白质加工信号通路参与精神分裂的发生发展过程,为阐明精神分裂症的预防、诊断及治疗提供新的研究方向.
...不再出现此类内容
编辑人员丨3周前
-
血清ADA联合GLB、CREA、β2-MG、HGB 在初诊多发性骨髓瘤中的临床意义
编辑人员丨2024/6/15
目的:研究血清腺苷脱氨酶(ADA)联合球蛋白(GLB)、肌酐(CREA)、β2-微球蛋白(β2-MG)、血红蛋白(HGB)对多发性骨髓瘤(MM)的初筛作用,减少MM的漏诊及误诊.方法:回顾性分析2018年4月至2021年12月成都医学院第一附属医院血液科收治的62例初诊多发性骨髓瘤(NDMM)患者的资料,并以33例良性血液病患者和30例健康体检者作为对照组.用TCGA和GTEx数据库分析ADA在泛癌中的表达.收集受试者的一般资料及实验室检测指标,比较各组ADA活性及其他实验室指标水平的差异.分析血清ADA活性与NDMM患者临床资料的关系.比较NDMM患者化疗前后ADA活性的变化以及不同DS、ISS分期NDMM患者中ADA活性的差异.多因素Logistic回归分析NDMM发生的危险因素.采用ROC曲线评价ADA及其联合其他实验室指标对MM的诊断效能.生物信息学分析ADA的共表达网络和富集途径.结果:TCGA数据库中有14种癌组织中ADA水平显著上调,TCGA联合GTEx数据库中ADA在11种癌症中高表达.NDMM组外周血清ADA、GLB、UA、CysC、β2-MG水平明显高于良性血液病组及健康对照组(P<0.05),ALB、A:G明显低于良性血液病组及健康对照组(P<0.001).不同 ADA 活性水平的 NDMM 患者的 DS 分期(P=0.036)、ISS 分期(P=0.019)、CREA(P=0.036)、UA(P=0.034)、β2-MG(P=0.019)水平具有统计学差异.NDMM患者初次化疗后ADA活性及β2-MG浓度有所下降(P<0.01).不同DS分期和ISS分期患者比较结果显示,DS I+Ⅱ期患者ADA活性明显低于Ⅲ期患者(P<0.05),ISS I+Ⅱ期患者ADA活性也明显低于Ⅲ期患者(P<0.01).多因素Logistic回归分析结果显示,GLB增高、ADA活性增加、CREA增高、β2-MG增高、HGB降低是NDMM的独立危险因素.ADA诊断MM的曲线下面积为0.847,其联合GLB、CREA、β2-MG、HGB诊断MM的曲线下面积为0.940.共表达网络和富集途径分析结果显示,ADA与20种蛋白质结合,并与嘌呤代谢、嘧啶代谢、烟酸和烟酰胺代谢通路显著相关.结论:检测血清中的ADA活性,对MM患者的辅助诊断、疗效评估以及监测疾病的发展有着积极的意义.ADA联合GLB、CREA、β2-MG、HGB可提高MM的初筛检出率,可在一定程度上减少漏诊及误诊.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2024/6/15
-
基于网络药理学的痹祺胶囊治疗类风湿性关节炎的配伍规律研究
编辑人员丨2024/2/3
目的 基于网络药理学方法探讨痹祺胶囊的配伍规律,阐释其治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的机制内涵.方法 按照痹祺胶囊及其单味药材的功效将其分为益气养血组、活血通络组、抗炎镇痛组,并分别选取药材中的特征成分,依据反向药效团匹配方法和TCMSP、Uniprot等数据库预测化合物作用靶点,与通过OMIM、DisGeNet、GeneCards等数据库收集RA相关靶点相互交互,将交互靶点借助Omicsbean、STRING等数据库平台对获得靶点进行基因本体功能和京都基因与基因组百科全书通路富集分析,利用Cytoscape软件构建"药材-化合物-靶点-通路-功效"网络.结果 通过网络药理学预测,得到益气养血组11个成分的67个潜在靶点,蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析发现白蛋白、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、造血前列腺素合成酶 D、丝裂原活化蛋白激酶 1(mitogen-activated protein kinase1,MAPK1)、雄激素受体、β2肾上腺素能受体等可能为关键核心靶点,主要通过神经营养信号通路、造血细胞谱系、破骨细胞分化、MAPK信号通路等40条相关通路,通过调控骨髓造血微环境、骨形成与代谢平衡、免疫调节等生物过程发挥益气养血作用;得到活血通络组20个成分的117个潜在靶点,进一步PPI网络分析发现蛋白激酶B1(protein kinase B1,AKT1)、基质金属蛋白酶 9(matrix metalloproteinase 9,MMP9)、肿瘤蛋白 p53(tumor protein p53,TP53)、纤连蛋白、信号转导子和转录激活子3、C-C基序趋化因子(C-Cmotifchemokine2,CCL2)、表皮生长因子受体、细胞间黏附分子1、IL17A等可能为核心靶点,并通过血小板激活、VEGF信号通路、IL-17信号通路等77条相关通路调控凝血和纤溶系统、血管增生、抗炎镇痛等生物过程发挥活血通络、止痛的作用;得到抗炎镇痛组8个成分的180个潜在靶点,进一步PPI网络分析发现TNF、AKT1、IL-6、TP53、IL1B、VEGFA、前列腺素G/H合成酶2、CCL4、CCL3等可能为潜在核心靶点,通过IL-17信号通路、T和B细胞受体信号通路、血清素能突触、趋化因子信号通路、核因子-κB信号通路、花生四烯酸代谢等77条通路干预中枢和外周敏化、抗原呈递、免疫细胞激活、炎症反应等生物过程发挥抗炎镇痛的作用.结论 痹祺胶囊中党参、茯苓、白术组成的益气养血组主要在造血系统、免疫系统和骨形成和代谢等方面发挥"固本"的作用,丹参、三七、川芎、牛膝、地龙组成的活血通络组主要在血液系统、炎症反应等方面发挥"活血化瘀"的作用,马钱子、甘草组成的抗炎镇痛组主要在免疫调控、炎症反应、中枢和外周镇痛等方面发挥"除湿止痛"的作用,各组之间的靶点和通路互有交叉,又各有侧重,充分体现了痹祺胶囊在治疗RA中多成分、多靶点、多通路的特点,为其配伍理论的深入研究奠定了基础.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2024/2/3
-
骨微环境对组织工程骨再生过程的影响
编辑人员丨2024/1/6
背景:骨组织缺损是目前骨科最为常见的疾病之一,并且该疾病现行的治疗手段均存在一定的不足.组织工程的发展为骨缺损修复带来了新的希望,通过调控缺损部位生物活性物质的释放和血管化、神经化的进程可以有效改善骨组织微环境并促进骨整合,是大尺寸骨缺损修复最具发展潜力的研究思路.目的:从生物活性物质、血管再生和神经化对骨微环境变化3个方面的影响,探讨近年来调控骨微环境变化在骨缺损修复中的研究进展,为治疗大尺寸骨缺损提供新的思路和策略.方法:在中国知网和万方数据库分别以"骨组织工程,血管生成,神经化,细胞因子,骨形态发生蛋白,血管内皮生长因子,神经肽,骨微环境"为检索词;在Web of Science,Science Direct,PubMed数据库分别以"bone tissue engineering,angiogenesis,neurotization,cytokines,bone morphogenetic protein,vascular endothelial growth factor,neuropeptide,bone microenvironment"为检索词,检索2001-01-01/2022-12-31收录的有关骨微环境变化的影响因素及在骨组织工程中的应用研究,最终纳入109篇文献进行综述分析.结果与结论:①骨微环境是诱导骨组织干细胞生长分化的重要保障,其主要包括骨组织种子的细胞外基质及细胞间的相互作用所需要的生物化学因子、局部血液循环网络和周围的神经组织.②骨缺损修复是一个分为多个阶段的连续过程,这些阶段相互重叠,由多种细胞因子介导,同一种细胞因子在一个或多个愈合阶段可以产生相互协同或拮抗的作用.③新生血管再生是启动骨修复的关键,新生血管不仅为骨修复提供了必需的营养物质、成骨细胞和生长因子,同时更是修复细胞进入损伤区的通道.④除了调控血管诱导因子的释放种类、剂量及时效性等因素以实现血运重建外,多因子差异性释放递送系统的研究和基因转移技术的应用将是未来解决大面积骨缺损的研究方向.⑤神经肽类物质能与相关受体结合并作用于特定的信号通路,通过多种途径引导血管的生长及影响骨愈合、骨再生及成骨与破骨之间的平衡.⑥在建立神经化的组织工程骨时,骨组织微环境变化与神经调控的作用是双向的.骨基质中的细胞因子可以通过血神经屏障参与神经元的信号传导通路.而由神经胶质细胞分泌的神经肽类物质能作用于骨微环境,影响骨愈合、骨再生及成骨与破骨之间的平衡.⑦关于生物活性物质和血管化、神经化的进程对骨微环境的调控还存在诸多尚待解决的问题,如细胞因子在人体内弥散和降解速度过快而易丧失活性、血管生成相关生长因子的时效性及空间分布、通过机体回馈调节机制建立神经化等诸多问题,还需后续研究不断完善.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2024/1/6
-
自体造血干细胞移植治疗急性髓系白血病的疗效及安全性单中心回顾性研究
编辑人员丨2023/12/30
目的 探讨自体造血干细胞移植治疗急性髓系白血病(AML)的临床疗效及安全性.方法 回顾性分析2017 年3 月至2022 年10 月于济宁医学院附属医院血液内科行自体造血干细胞移植治疗的 18 例AML患者的临床资料.根据法、英、美分型系统(FAB)分型,M2 型3 例,M4 型9 例,M5 型6 例.根据美国国立综合癌症网络(NCCN)指南,低危6 例,中危8 例,高危4 例.其中11 例患者为移植前第1 次完全缓解(CR1),7 例患者为移植前第2 次完全缓解(CR2).所有患者的造血干细胞来自于外周血,其中18 例采用化疗药物+粒细胞集落刺激因子(G-CSF)动员;2 例因第1 次采集CD34+数量不足,第 2 次采用普乐沙福动员.18 例患者输注CD34+计数中位数为4.05×106/kg(1.87×106~27.40×106/kg),单个核细胞计数中位数为 14.48×108/kg(4.07×108~24.74×108/kg).结果 18 例患者中性粒细胞植入的中位时间为 10(9~13)d,血小板植入的中位时间为15(10~19)d.3 年的总生存率及无白血病生存率分别为73.00%及72.00%.BuCy预处理患者复发率为33.33%,含BuMel预处理方案复发率为 12.50%.18 例患者均有不同的消化道反应.6 例以BuCy为预处理方案的患者,血液外的不良反应表现为Ⅰ~Ⅱ度腹泻,心慌、胸闷,转氨酶升高,低钾血症.1 例移植后出现植入综合征.8 例含BuMel预处理方案的患者,血液外的不良反应表现为Ⅰ~Ⅱ度口腔溃疡,低钾血症.18 例患者未发生移植相关死亡.结论 自体造血干细胞移植是AML患者缓解后安全、有效的巩固治疗选择.BuMel预处理方案有更轻的不良反应及更低的复发率,可作为AML患者自体造血干细胞移植预处理的首要选择.
...不再出现此类内容
编辑人员丨2023/12/30
