目的:研究广泛耐药肺炎克雷伯菌（XDRKP）耐药表型特点及相关耐药机制。方法:收集山西白求恩医院2018年1月至2020年12月内分离的3 201株肺炎克雷伯菌并根据已有药敏结果筛选116株广泛耐药肺炎克雷伯菌纳入研究。基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）及梅里埃VITEK-compact 2进行菌株鉴定及药敏试验，药敏结果K-B法或微量肉汤稀释法复核。改良碳青霉烯酶灭活试验（mCIM）联合乙二胺四乙酸协同碳青霉烯酶灭活试验（eCIM）检测XDRKP碳青霉烯酶表型，并与碳青霉烯酶基因扩增结果比对。聚合酶链反应（PCR）扩增耐药基因：碳青霉烯酶基因（blaKPC、blaNDM、blaVIM、blaIMP、blaOXA）；氨基糖苷耐药基因：16S rRNA甲基化酶基因（rmtA、rmtC、rmtD、rmtG、rmtH、armA、npmA、rmtB、rmtE、rmtF），氨基聚糖苷修饰酶基因变体［aac（6′）-Ib-cr］；喹诺酮耐药基因：DNA解旋酶保护蛋白qnr家族基因（qnrA、qnrB、qnrC、qnrD、qnrS），外排泵蛋白基因（oqxAB、qepA），氨基聚糖苷修饰酶基因变体［aac（6′）-Ib-cr］；替加环素耐药Tet蛋白基因［外排泵蛋白基因：tet（A）和tet（L）］，核糖体保护蛋白基因［tet（M）］，替加环素修饰酶基因［tet（X）］。对照分析各XDRKP耐药表型与相应耐药基因携带情况间的关系。结果:共收集到XDRKP 116株。头孢菌素类及喹诺酮类抗菌药物耐药率100%（116/116），碳青霉烯类抗菌药物耐药率99.14%（115/116），氨基糖苷类抗菌药物庆大霉素、妥布霉素、阿米卡星耐药率分别为95.69%（111/116）、94.83%（110/116）、88.79%（103/116），磺胺类抗菌药物耐药（44/116）与替加环素耐药（3/116）检出率较低。mCIM联合eCIM试验结果与碳青霉烯酶基因扩增结果一致率95.65%（110/115）。各耐药基因阳性率：blaKPC 90.52%（105/116），blaNDM 10.34%（12/116），rmtB 81.90%（95/116），armA 2.59%（3/116），oxqAB 65.52%（76/116），qnrB 6.03%（7/116）、qnrS 12.93%（15/116）、aac（6′）-Ib-cr 7.76%（9/116），tet（A）21.55%（25/116）。其余各耐药基因未检出。匹配分析发现，共有65株XDRKP耐药表型与耐药基因型不匹配，即抗菌药物耐药表型不能用携带相应耐药基因来解释。结论:XDRKP中各类耐药基因的广泛分布和某些基因［如aac（6′）-Ib-cr、oqxAB］的多重耐药作用是广泛耐药产生的潜在原因。不同菌株针对同一类抗菌药物可能携带一种或多种耐药基因。此外，部分菌株耐药表型与耐药基因不匹配，提示耐药基因的表达调控及存在其他耐药机制也与XDR的产生有关。

目的:对临床分离的致关节感染的两株皮疽诺卡菌（ Nocardia farcinica）进行全基因组测序并分析其耐药性。 方法:2020年1月收集两株导致老年患者膝关节感染的皮疽诺卡菌菌株，采用全基因组测序对细菌进行鉴定，根据CLSI M24推荐的微量肉汤稀释法和E-test法进行药物敏感性分析，通过ABRicate工具比对获得性耐药和毒力基因，Snippy等生物信息学工具进行同源性等基因特征分析。结果:本研究的临床分离株均为皮疽诺卡菌，对头孢曲松、头孢吡肟、头孢噻肟、甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑（TMP/SMX）耐药，对亚胺培南、利奈唑胺和含有酶抑制剂类抗生素阿莫西林/克拉维酸敏感。携带A类β内酰胺酶基因 far-1、RNA聚合酶结合蛋白基因 RbpA、多耐药外排泵转录激活因子基因 MtrA和调节转录因子基因 vanR-O，分别介导对β内酰胺抗生素、利福平、大环内酯类药物和万古霉素的耐药性。不含有获得性TMP/SMX耐药基因，二氢叶酸还原酶家族基因存在多个错义突变，均携带与结核分枝杆菌同源的 icl、 mbtH、 phoP、 relA毒力基因，SNP同源分析表明两株皮疽诺卡菌具有很近的亲缘关系，两株菌仅存在10个SNP位点、6个复合基因和1段基因缺失变异。 结论:全基因测序技术有助于研究诺卡菌的分子特征和耐药机制；皮疽诺卡菌对TMP/SMX耐药现象需要重视，参与二氢叶酸代谢途径的酶基因突变有可能是TMP/SMX耐药的原因之一。

沙门菌是一种重要的食源性传染病菌，可引起胃肠炎、肠热症、血液感染及肠外局灶性感染等多种沙门菌病，是全球主要公共卫生问题。抗生素对沙门菌病防治发挥了重要作用。随着治疗沙门菌病传统一线药物耐药的发生，阿奇霉素已成为常用抗菌药物之一。但已有研究报道耐阿奇霉素沙门菌菌株，且沙门菌对阿奇霉素耐药日益普遍并逐年呈上升趋势。主动外排泵活性增强、内酯环结构被破坏、核糖体甲基化、携带ICE_erm42基因可能是耐药相关机制。沙门菌对阿奇霉素耐药的发现、监测及深入研究，对临床合理使用抗生素并延缓其耐药趋势有重要作用。该文将沙门菌对阿奇霉素的耐药流行病学及相关机制研究进展进行综述。

目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种( Campylobacter fetus subsp. testudinum， Cft)的分子流行病学特征。 方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序，结合GenBank公布的全球 Cft基因组数据进行流行病学分析；MLST-GrapeTree分析 Cft的群体遗传结构；核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建 Cft的系统发育树，rhierBAPS确定其种群结构；CARD、ResFinder及VFDB注释 Cft的耐药及毒力基因； E-test法进行药敏试验，并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。 结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析，共纳入全球41株 Cft基因组信息，其中人类来源24株，动物来源13株，未知来源4株。流行病学资料显示，24株人类来源菌株中，20株感染对象为黄种人，1例为白种人(配偶是亚裔)，其余未知，差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物，包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示，中国分离株以ST46为主要序列型，美国则以ST15为主要序列型；Grapetree显示，中国分离株的遗传多态性高于美国分离株；通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球 Cft构成6个种群，中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切；美国分离株相对较集中(SC3)，且以ST15克隆传播为主；毒力基因分析显示，与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在 Cft中携带率为100.00%，而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统 virB4、 virB9、 virD4因子及 tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中；15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明， Cft对环丙沙星耐药率为46.67%，对红霉素敏感性为100.00%。 结论:全球 Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病，其感染可能与食入或接触爬行类动物有关；本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别，应引起我们的关注。

肺炎支原体( Mycoplasma pneumoniae, Mp)是导致社区获得性肺炎的重要病原体。大环内酯类药物是治疗肺炎支原体肺炎( Mycoplasma pneumoniae pneumonia, MPP)的首选用药，对大环内酯类药物耐药的肺炎支原体(macrolide-resistant Mycoplasma pneumoniae, MRMP)引起的肺炎将考虑使用二线四环素类或喹诺酮类药物。MRMP的检出率在世界范围内急剧增加。来自国内外的数据表明，MRMP在亚洲地区如日本、中国、韩国等高度流行。 Mp耐药机制主要是23S rRNA Ⅴ区A2063G位点的突变，此外核糖体蛋白L4和L22基因突变、核糖体甲基化修饰以及外排泵的形成也是其耐药机制。本文系统归纳MPP治疗、 Mp对大环内酯类药物耐药的流行病学及其机制的研究进展。

目的:检测四种常见外排泵抑制剂对克拉霉素（CLA）抗脓肿分枝杆菌体外最低抑菌浓度的影响，探讨药物外排泵在脓肿分枝杆菌对CLA耐药中所起的作用。方法:本研究自2008年1月至2012年12月，纳入脓肿分枝杆菌标准菌株和60株脓肿分枝杆菌临床分离株。选择四种常见外排泵抑制剂：氰化羰基-3-氯苯腙（CCCP）、二环己基碳二亚胺（DCC）、维拉帕米（VP）和利血平（RSP），采用Alamar Blue法检测CLA对上述菌株的体外最低抑菌浓度（minimum inhibitory concentration，MIC），比较有无外排泵抑制剂作用时，CLA抗菌的MIC改变情况；对脓肿分枝杆菌的CLA耐药相关基因 erm（ 41）和 rrl基因进行序列分析，分析外排泵抑制剂对MIC的影响与耐药相关基因突变与否及突变类型之间的相关性。 结果:CCCP、DCC、VP和RSP均能降低CLA抗脓肿分枝杆菌的MIC，但RSP作用效果弱于其他三种外排泵抑制剂。60株脓肿分枝杆菌临床分离株中，包含10株CLA耐药菌株，其中7株发生 rrl基因突变。光滑表型分离株的CLA耐药率（21.2%和66.7%）高于粗糙表型分离株的CLA耐药率（11.1%和51.9%）。当CLA药敏孵育时间为3 d时，外排泵抑制剂对CLA耐药菌株的MIC影响较大，均可使约50%菌株的MIC降低2倍以上，且相较于发生 rrl基因突变的菌株，外排泵抑制剂对未发生 rrl基因突变菌株的MIC影响更大；当CLA药敏孵育时间为14 d时，有24株携带 erm（ 41）基因T28序列型的脓肿亚种分枝杆菌发生诱导耐药，随着诱导耐药的发生，外排泵抑制剂对CLAMIC影响减小。外排泵抑制剂对不同表型分离株的CLAMIC水平影响差异无统计学意义。 结论:外排泵参与脓肿分枝杆菌对CLA耐药过程，外排泵抑制剂可不同程度降低脓肿分枝杆菌对CLA的耐药水平。外排泵抑制剂的使用为脓肿分枝杆菌病的临床治疗提供了新的思路和方法。

目的:用全基因组测序技术分析深圳市人民医院2008—2016年碳青霉烯类耐药大肠埃希菌（CR-ECO）的耐药基因构成情况及相关分子流行病学特征。方法:收集深圳市人民医院2008年1月1日至2016年12月31日的CR-ECO菌株，采用改良碳青霉烯类失活法和EDTA碳青霉烯类失活法进行表型确证，并采用llumina HiSeq进行二代测序，分析其耐药基因及相关分子生物学特征。结果:共收集CR-ECO非重复菌株16株，经过全基因组测序发现携带IMP-4基因5株，IMP-26基因1株，NDM-1基因1株，NDM-5基因4株，NDM-13基因2株。16株菌株中检测出AmpC酶和（或）超广谱β内酰胺酶（ESBL）基因及各类外排泵基因，11株CR-ECO出现OmpC膜孔蛋白基因缺失；多位点序列分型、血清学分型呈多样化。结论:深圳市人民医院2008—2016年CR-ECO的耐药机制主要以产IMP型或NDM型碳青霉烯酶同时合并AmpC酶和（或）ESBL为主。利用全基因组测序可快速了解菌株在基因水平上的分子生物学信息。

细菌的抗菌素耐药已成为威胁人类健康的重大问题，亟需新策略阻控细菌耐药。群体感应是微生物细胞间交流的一种机制，当环境中群体密度达到阈值后群体感应即被激活，调控下游基因转录。群体感应已被证实可调控生物膜、外排泵、细菌分泌系统等抗菌素耐药机制，有望成为耐药调控靶点。目前已有多种群体感应抑制剂通过降解信号分子、干扰信号分子与受体蛋白的识别和结合、阻断群体感应信号的合成等方式干扰群体感应。群体感应抑制剂有望成为阻控微生物耐药的新方法。

目的:研究2016与2019年成人致泻性大肠埃希菌（DEC）食源性腹泻临床特征与耐药性，了解北京市强化食品卫生安全措施前后DEC流行病学变迁。方法:分别收集2016和2019年就诊于北京同仁医院肠道门诊食源性成人腹泻患者1 926例和1 482例，共计3 408例。患者信息录入“肠道预警系统”，便标本分离培养，菌落行基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（MALDI-TOF）鉴定。大肠埃希菌采用多重荧光定量PCR对5种致病型进行分型。药物敏感性试验根据2019美国临床与实验室标准化协会标准判读。分类资料采用χ2检验或者Fisher精确检验进行统计分析。结果:3 408份标本共检出DEC 581株，肠产毒性大肠埃希菌（ETEC）占53.36%（310/581），未检出肠出血性大肠埃希菌（EHEC）。2016年DEC检出率为14.54%（280/1 926），肠聚集性大肠埃希菌（EAEC）占DEC检出率的18.21%（51/280），ETEC占71.79%（173/280）。2019年DEC检出率为20.31%（301/1 482），EAEC占DEC检出率的41.23%（116/301），ETEC占48.93%（137/301）。与2016年比较，2019年EAEC检出率增高（χ2=29.26， P<0.001），其次为肠致病性大肠埃希菌（χ2=9.37， P=0.002），而ETEC检出率下降（χ2=15.43， P<0.001）。与其他致病型相比，EAEC易引起恶心（χ2=32.72， P<0.001），感染肠侵袭性大肠埃希菌（EIEC）的患者便标本易观察到红细胞（χ2=16.44， P=0.001）和白细胞（χ2=26.82， P<0.001）。EIEC对氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦及庆大霉素耐药率分别为80.95%（17/21）、66.67%（14/21）和57.14%（12/21）。2019年出现3株耐碳青霉烯类抗菌药物的EAEC，其中2株厄他培南及亚胺培南均耐药，1株仅厄他培南耐药。全基因测序显示存在多种耐药机制，以耐药结节性细胞分化家族外排泵、青霉素结合位点突变及产新德里金属β内酰胺酶5（NDM-5）为主。 结论:成人食源性腹泻患者DEC检出率高，以ETEC为主。与2016年相比，2019年ETEC下降，EAEC检出率显著升高，并于2019年分离到耐碳青霉烯类抗菌药物的致泻性大肠埃希菌菌株，其生物学特征及流行病学变迁应引起临床重视。

目的:从基因组水平上探讨尿路致病性大肠埃希菌UPEC132株的耐药性和致病机制。方法:采用MIC法测定菌株UPEC132对16种抗菌药物的敏感性，多位点序列分型(MLST)方法对其分型，利用三代测序平台对其进行全基因组测序和组装，并用Prodigal软件预测和数据库筛选进行耐药和毒力基因功能注释，然后收集GenBank上23株UPEC菌株的染色体基因组序列，利用RAxML软件对UPEC132进行系统进化分析并构建系统进化树。结果:UPEC132菌株对氨苄青霉素、氨苄青霉素/舒巴坦、四环素、红霉素、氯霉素、头孢唑林耐药，其MLST分型为ST10522型。该株全基因组包括一条完整的基因组(染色体)序列及两条质粒序列，染色体、质粒P1和P2的序列大小分别为5 234 468 bp、117 139 bp和101 356 bp，鸟嘌呤-胞嘧啶(GC)含量分别为50.48%、49.05%和54.04%。该株染色体、质粒P1和P2分别有4 856、140和116个基因。其耐药基因多位于染色体，主要为耐多药外排泵基因簇，P2仅携带β-内酰胺酶基因 blaTEM-1和四环素耐药基因 tetG。UPEC132毒力基因也位于染色体，主要为菌毛黏附素9种、铁摄取系统5种和分泌性毒素3种。Afa菌毛和Ⅳ型菌毛基因簇分别位于质粒P1和P2上。系统进化树分析显示UPEC132与23株UPEC均不在同一分支。 结论:UPEC132株的ST10522型为国内外首次报道的大肠埃希菌新ST型，其全基因组遗传信息被全面揭示，耐药性和致病性与其携带的多种耐药基因和毒力基因相关。