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艰难梭菌感染主要ST型菌株生物学特征的比较
编辑人员丨1周前
目的:探究致医院感染性腹泻艰难梭菌主要序列型别(ST81、ST8和ST42)之间的毒力特征、芽孢形成能力及耐药机制等方面的差异。方法:收集2017年9月至2019年9月首都医科大学附属北京友谊医院临床住院腹泻患者送检艰难梭菌培养的稀便标本816份进行艰难梭菌分离和培养。以该院主要序列型别的艰难梭菌ST81(26株)、ST8(15株)和ST42(14株)为实验菌株。应用聚合酶链反应(PCR)和酶联免疫荧光法分别检测艰难梭菌的毒素基因和毒素A/B蛋白的表达;采用平板涂布法检测艰难梭菌的芽孢形成能力;采用琼脂稀释法检测艰难梭菌对11种抗菌药物的耐药性;采用PCR方法扩增耐药基因、测序及氨基酸突变分析艰难梭菌携带的耐药基因和氨基酸的突变位点。计量资料的组间比较采用Kruskal Wallis秩和检验,率的比较采用Fisher精确检验。结果:ST81型菌株为 tcdA-tcdB+/cdtA-cdtB-毒素型别,ST8和ST42型菌株均为 tcdA+tcdB+/cdtA-cdtB-毒素型别,ST42、ST8和ST81型别菌株产生毒素A/B蛋白的产量分别为41.9、2.4和0.83,ST42和ST8组毒素A/B蛋白的产量高于ST81组,差异有统计学意义(均 P<0.001),ST42菌株毒素A/B蛋白的产量高于ST8组( P=0.045)。ST81、ST8和ST42型菌株的芽孢形成数量分别为494×10 5 CFU/ml、160×10 5 CFU/ml和166×10 5 CFU/ml,ST81型菌株的芽孢形成数量明显高于ST8和ST42型菌株,差异有统计学意义(均 P<0.001)。ST81型菌株为多重耐药菌,对头孢曲松、莫西沙星、红霉素和克林霉素等抗菌药物均耐药,耐药率均为100%(26/26),ST8型菌株对莫西沙星的耐药率为9/15,对红霉素和克林霉素的耐药率均为11/15。ST81型别菌株对莫西沙星的耐药率高于ST8型,差异有统计学意义( P=0.001),ST81型别对红霉素和克林霉素的耐药率高于ST8型,差异均有统计学意义(均 P=0.005)。ST42型对头孢曲松和莫西沙星的耐药率分别为0和3/14。ST81型菌株对头孢曲松和莫西沙星的耐药率均高于ST42型,差异有统计学意义(均 P<0.001)。ST81型菌株携带红霉素和克林霉素的耐药相关基因 ermB阳性率[100%(26/26)]高于ST8组(11/15),差异有统计学意义( P=0.005)。喹诺酮类的耐药基因 gyrA和 gyrB编码的氨基酸突变分析显示,ST81和ST8型别菌株 gyrA和 gyrB基因编码的氨基酸同时发生突变,但 gyrB基因编码的氨基酸突变位点不同。ST81型菌株为82位点苏氨酸突变为异亮氨酸和426位天冬氨酸突变为缬氨酸,ST8型菌株为82位点苏氨酸突变为异亮氨酸和426位天冬氨酸突变为天冬酰胺,ST42型别菌株 gyrA基因编码的氨基酸为单突变,82位点苏氨酸突变为异亮氨酸。 结论:ST81型和ST42均为多重耐药菌,ST81型芽孢形成能力较强,ST42型别毒力较强。ST81和大部分ST8型对喹诺酮类药物的耐药性较强,需警惕多重耐药性ST81、较强毒力高耐药性ST42和ST8型菌株在医院的播散流行。
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编辑人员丨1周前
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致关节感染皮疽诺卡菌的耐药表型及全基因组测序分析
编辑人员丨1周前
目的:对临床分离的致关节感染的两株皮疽诺卡菌( Nocardia farcinica)进行全基因组测序并分析其耐药性。 方法:2020年1月收集两株导致老年患者膝关节感染的皮疽诺卡菌菌株,采用全基因组测序对细菌进行鉴定,根据CLSI M24推荐的微量肉汤稀释法和E-test法进行药物敏感性分析,通过ABRicate工具比对获得性耐药和毒力基因,Snippy等生物信息学工具进行同源性等基因特征分析。结果:本研究的临床分离株均为皮疽诺卡菌,对头孢曲松、头孢吡肟、头孢噻肟、甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑(TMP/SMX)耐药,对亚胺培南、利奈唑胺和含有酶抑制剂类抗生素阿莫西林/克拉维酸敏感。携带A类β内酰胺酶基因 far-1、RNA聚合酶结合蛋白基因 RbpA、多耐药外排泵转录激活因子基因 MtrA和调节转录因子基因 vanR-O,分别介导对β内酰胺抗生素、利福平、大环内酯类药物和万古霉素的耐药性。不含有获得性TMP/SMX耐药基因,二氢叶酸还原酶家族基因存在多个错义突变,均携带与结核分枝杆菌同源的 icl、 mbtH、 phoP、 relA毒力基因,SNP同源分析表明两株皮疽诺卡菌具有很近的亲缘关系,两株菌仅存在10个SNP位点、6个复合基因和1段基因缺失变异。 结论:全基因测序技术有助于研究诺卡菌的分子特征和耐药机制;皮疽诺卡菌对TMP/SMX耐药现象需要重视,参与二氢叶酸代谢途径的酶基因突变有可能是TMP/SMX耐药的原因之一。
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编辑人员丨1周前
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2014—2015年北京市批发市场肉类食品中沙门菌表型和基因组特征分析
编辑人员丨1周前
目的:分析北京批发市场肉类食品中沙门菌的表型和基因组特征。方法:对分离自北京市批发市场的336株肉类食品来源沙门菌,采用微量肉汤稀释法对25种抗菌药物进行耐药性测试,开展全基因组测序并使用SeqSero2、SISTR软件分析血清型和ST型,使用Abricate软件的CARD、VFDB模块预测菌株的耐药基因和毒力因子,使用沙门菌分子血清分型试剂盒和血清凝集法验证部分疑难菌株血清型。结果:336株沙门菌菌株对萘啶酸、氨苄西林的耐药率分别为62.5%(210/336)和55.1%(185/336),对替加环素、头孢西丁和碳青霉烯类抗菌药物均敏感;207株(61.6%,207/336)为多重耐药株,最高可同时耐受10类药物,最常见耐药谱为NAL-AMP-SAM。共检出24种血清型,主要型别为肠炎(34.5%,116/336)、德尔卑(17.3%,58/336)和印第安纳(10.4%,35/336);共检出27种ST型,主要型别为ST11,ST型与血清型较为相符。氨基糖苷类、氟喹诺酮类、β-内酰胺类、磺胺类、四环素类耐药基因的携带率均超过48%,耐药基因预测与耐药表型结果一致性较高;共预测出122种毒力基因,其中74种携带率达100%。结论:北京市批发市场肉类食品中沙门菌中多重耐药比例较高、耐药谱复杂,血清型和ST型种类多样,耐药基因和毒力基因携带率较高,耐药表型和基因型较为一致。
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编辑人员丨1周前
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湖南省食源性环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌分子特征研究
编辑人员丨1周前
目的:分析湖南省人源和水产动物源环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌的分子流行特征。方法:对湖南省食源性疾病散发病例粪便样本和水产品样本中分离的汤卜逊沙门菌进行环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药菌株的筛选与鉴定,使用肉汤稀释法对11种抗菌药进行体外药敏试验,并利用全基因组测序技术分析菌株的耐药机制以及进化关系。结果:从粪便样本和水产品样本中共分离到19株汤卜逊沙门菌,其中9株菌对环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药。进一步分析发现8株菌检出IncC质粒,携带质粒介导的喹诺酮类药物耐药基因 qepA- qnrS1、β-内酰胺酶耐药基因 blaCMY-2和大环内酯类耐药基因 mph(A);1株检出IncR质粒,携带 qnrB4- aac(6 ′) -Ib-cr、 blaOXA-10和 mph(A)耐药基因。遗传环境分析发现 qnrS1、 qepA、 mph(A)和 blaCMY-2基因可能分别通过插入序列IS Kra4、IS91、IS6100和IS Ecp1整合到耐药菌的基因组上。基于核心基因组生成的系统发生树表明,人源和水产动物源环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌属于同一进化分支,具有较近的遗传进化关系。 结论:湖南省人源和水产动物源样本中检出对环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌,提示此类多重耐药菌已在人和水产动物之间传播。
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编辑人员丨1周前
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在β-内酰胺类抗菌药物治疗基础上口服克拉霉素可改善社区获得性肺炎合并全身炎症反应综合征患者的临床反应
编辑人员丨1周前
在β-内酰胺类抗菌药物基础上加用大环内酯类抗菌药物治疗社区获得性肺炎(CAP)住院患者是基于观察性研究和荟萃分析的结果,而不是随机临床试验的结果。近期希腊学者进行了一项前瞻性随机对照试验,旨在明确在此类人群中使用β-内酰胺类抗菌药物治疗的同时加用大环内酯类药物克拉霉素能否改善早期临床反应(CAP的新监管终点),并探讨了调节宿主炎症反应对这一结果的可能贡献。ACCESS试验是一项3期前瞻性双盲随机对照试验,希腊公立医院的18个内科部门招募了存在全身炎症反应综合征(SIRS)、序贯器官衰竭评分(SOFA)≥2分、降钙素原(PCT)≥0.25 μg/L的CAP成人住院患者。患者通过计算机生成的区组被随机分配(1∶1)至标准治疗药物(包括静脉注射第三代头孢菌素或静脉注射β-内酰胺加β-内酰胺酶抑制剂复方制剂)加口服安慰剂组或口服克拉霉素组(每次500 mg,每日2次),连续7 d。主要复合终点为患者在72 h后(即治疗第4天)同时满足以下条件:①早期临床反应指标呼吸道症状严重程度评分下降50%或以上;②早期炎症反应指标SOFA评分下降至少30%,或PCT动力学良好(定义为比基线下降≥80%,或PCT<0.25 μg/L),或两者兼有。随机分配并接受分配治疗的参与者被纳入主要分析人群。结果显示:278例患者于2021年1月25日至2023年4月11日入组,被随机分配接受标准疗法+克拉霉素组(139例)或标准疗法+安慰剂组(139例)。在主要终点分析中,克拉霉素组有134例患者(5例撤回同意),安慰剂组有133例患者(6例撤回同意)。克拉霉素组有91例患者(68%)达到了主要终点,安慰剂组有51例患者(38%)达到了主要终点〔两组差异为29.6%,95%可信区间(95% CI)为17.7~40.3;优势比( OR)=3.40,95% CI为2.06~5.63, P<0.000?1〕。克拉霉素组58例(43%)患者和安慰剂组70例(53%)患者在治疗中突发严重不良事件〔TEAE;差异为9.4%(95% CI为-2.6~20.9); OR=1.46,95% CI为0.89~2.35, P=0.14〕;经判定,所有严重TEAE均与治疗分配无关。研究人员据此得出结论:在标准治疗的基础上加用克拉霉素可改善CAP患者早期临床反应,减轻炎症负担,其获益机制与免疫反应变化有关,表明治疗CAP住院患者时,在β-内酰胺类药物基础上加用克拉霉素对于实现早期临床应答和尽早减轻炎症负担具有重要意义。
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编辑人员丨1周前
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医院未处理污水中碳青霉烯类抗生素耐药细菌的流行情况和临床相关性分析
编辑人员丨1周前
探讨医院未处理污水中碳青霉烯类耐药菌的流行情况、基因组特征及临床相关性,为院内评估公共卫生情况、预防交叉感染提供参考依据。收集2023年3月苏州大学附属第二医院污水处理站内未处理污水和26个病区洗手池U型排污管内污水,离心稀释后涂布于含有美罗培南(2 μg/ml)的LB固体平板分离耐药细菌,进行菌种鉴定、药敏分析、碳青霉烯酶基因PCR检测和全基因组测序;对基因组序列进行耐药基因识别,并采用回顾性研究方法,结合多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析,比较其与同季度临床分离株的同源性。结果显示,从医院污水中分离出56株耐碳青霉烯类革兰阴性菌,来源于13个属,其中17株分离自医院总污水,气单胞菌属为最优势属(35.3%,6/17);39株分离自17个病区的污水,假单胞菌属为最优势属(30.8%,12/39)。本院常见污水分离株均为多重耐药细菌,对部分二、三代头孢菌素类药物耐药率可达100%。来源于污水分离株的碳青霉烯酶基因共8种,包括 blaKPC、 blaNDM、 blaIMP、 blaVIM、 blaIND、 blaOXA-58-like、 blaOXA-48-like和 blaOXA-427-like。共39株污水分离株携带碳青霉烯酶基因,医院总污水中携带 blaKPC-2细菌的分离率(35.3%,6/17)最高,病区污水中携带 blaIMP-8细菌的分离率(31.8%,7/22)最高。14株污水分离株同时携带两种碳青霉烯酶基因,共6种组合型。本院还发现了 blaIMP-101新亚型。筛选4株污水分离株和11株临床分离株纳入SNP分析,其中临床和污水来源的2株ST11型肺炎克雷伯菌仅有15个SNP差异,具有高度同源性。综上,医院未处理污水中存在多种多重耐药的条件致病菌,具有在环境中散播耐药基因的潜在风险;医院污水和临床分离的高度同源肺炎克雷伯菌表明医院污水与临床感染的紧密联系。医院需加强对污水环境中耐药细菌和耐药基因的监测,防止医院污水中耐药细菌和耐药基因的广泛传播,预防污水中耐药细菌引起的院内感染。
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编辑人员丨1周前
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奈诺沙星对脓肿分枝杆菌体外抗菌活性的评价
编辑人员丨1周前
目的:评价奈诺沙星对脓肿分枝杆菌临床分离株的体外抗菌活性。方法:收集2014—2017年上海市肺科医院分离的脓肿分枝杆菌临床菌株194株,以微量肉汤稀释法测定奈诺沙星和目前临床常用的喹诺酮类药物(莫西沙星,环丙沙星和左氧氟沙星)对脓肿分枝杆菌临床分离株的最低抑菌浓度(MIC),同时还对奈诺沙星与抗脓肿分枝杆菌常用药物(克拉霉素、阿米卡星、亚胺培南、头孢西丁、替加环素和利奈唑胺)之间的协同作用在体外进行了评估。结果:奈诺沙星对脓肿分枝杆菌的MIC范围在0.25~64.0 mg/L,MIC 50 和MIC 90分别为4和16 mg/L。奈诺沙星对大部分(68.0%,132/194)脓肿分枝杆菌的MIC≤4 mg/L,显著高于莫西沙星(51.0%,99/194; χ2=11.651, P<0.01)、环丙沙星(46.4%,90/194; χ2=18.572, P<0.01)和左氧氟沙星(25.8%,50/194; χ2=69.586, P<0.01)的MIC≤4 mg/L的菌株所占比例。除亚胺培南外,没有观察到奈诺沙星与抗脓肿分枝杆菌常用药物之间存在拮抗作用。 结论:奈诺沙星对脓肿分枝杆菌在体外存在一定的抗菌活性,且抗菌活性优于目前常用的氟喹诺酮类药物,有可能作为联合治疗脓肿分枝杆菌感染的选择之一。
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编辑人员丨1周前
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重症监护室耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌医院感染的危险因素及耐药性分析
编辑人员丨1周前
目的:分析重症监护室(ICU)患者发生耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(CRKP)医院感染的独立危险因素及其耐药性,为临床科学防控提供实验室依据。方法:选取某医院ICU病房发生CRKP医院感染的67例患者为研究对象(CRKP组),另选67例同期、同病区碳青霉烯敏感肺炎克雷伯菌(CSKP)医院感染患者为CSKP组,对比两组临床资料。Vitek-2全自动微生物鉴定仪进行菌种鉴定和药敏试验,改良Hodge试验和PCR检测碳青霉烯酶表型和基因型。结果:感染前住ICU病房≥7 d、使用碳青霉烯类药物≥7 d、与CRKP患者住同病区时间≥7 d及机械通气≥7 d是发生CRKP医院感染的危险因素( OR=3.130、8.431、6.514和5.883)。CRKP菌株对β-内酰胺类、碳青霉烯类、头孢菌素类等药物高度耐药,对复方磺胺甲噁唑和阿米卡星较敏感,对四环素和米诺环素敏感。94.0%CRKP菌株碳青霉烯酶表型阳性,89.6%携带有碳青霉烯酶基因,主要为 blaKPC-2。 结论:感染前入驻ICU≥7 d使用碳青霉烯类药物≥7 d是ICU发生CRKP感染的危险因素。该院ICU医院感染CRKP菌株耐药严重、碳青霉烯酶基因以 blaKPC-2为主。
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编辑人员丨1周前
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莫西沙星前房注射预防白内障术后细菌性眼内炎的研究进展
编辑人员丨1周前
白内障术后眼内炎(POE)是一种罕见的威胁视力的并发症,在我国的发病率为0.033%~0.11%。近几年有大量的病例对照研究和回顾性系列病例分析研究指出,白内障术毕前房注射抗生素可有效降低细菌性眼内炎的发生率,其中常用的药物包括头孢呋辛、万古霉素和莫西沙星。由于全球各地POE致病菌种类、抗生素的可获得性、成本效益等因素存在差异,药物的选择也存在很大差异。前房内注射抗生素引起的不良事件屡见发生,包括过量注射头孢呋辛导致的黄斑水肿、视网膜血管渗漏和葡萄膜炎,万古霉素引起出血性闭塞性视网膜血管炎等并发症。莫西沙星作为第4代氟喹诺酮类药物对细菌性眼内炎有明显的预防作用。本文着重归纳了近5年前房注射抗生素预防POE研究结果,就莫西沙星在细菌性眼内炎预防、药物安全性、前房药物持续时间以及成本效益方面进行综述。
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编辑人员丨1周前
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婴儿重症百日咳合并血流感染一例并文献复习
编辑人员丨1周前
目的:总结合并血流感染的重症百日咳患儿的临床特点,为重症百日咳合并血流感染的诊治提供参考。方法:回顾性分析浙江大学医学院附属儿童医院PICU收治的1例合并血流感染的重症百日咳婴儿的临床资料和诊治过程;分别以“百日咳”“菌血症”“血流感染”及“Bordetella pertussis”“whopping cough”“bacteremia”“blood infection”“blood culture”为检索词,检索建库至2022年12月中国知网、万方数据库、PubMed数据库的相关文献进行复习。结果:患儿为早产儿,日龄30 d,为伴有高白细胞血症、频发呼吸暂停、呼吸衰竭、严重肺炎、肺动脉高压的重症百日咳,其鼻咽分泌物聚合酶链反应、培养、血液及深部痰液宏基因组测序均检测到百日咳鲍特菌,且存在大环内酯类耐药。治疗上经有创呼吸机辅助通气2周,序贯无创呼吸机过渡及氧疗支持,头孢哌酮舒巴坦、哌拉西林他唑巴坦抗感染等对症治疗后住院46 d好转出院。共检索到英文文献5篇,共报道5例合并血流感染的重症百日咳,连同我院1例患儿,共计6例。4例为有潜在免疫低下的成年人,血培养均阳性;2例为早产儿,其外周血宏基因检测到百日咳鲍特菌序列。所有患者均有阵发性咳嗽,临床表现为肺炎。治疗上4例需机械通气支持呼吸,2例应用大环内酯类抗生素,14 d后好转,1例超说明书使用氟喹诺酮类药物后好转,1例经β内酰胺类抗生素治疗后好转。2例患者死亡,分别为呼吸衰竭进行性恶化及低血压和脓毒症表现撤除呼吸支持后死亡。结论:小婴儿或新生儿罹患百日咳易呈危重症表现,对于免疫缺陷人群及小婴儿尤其是早产儿需关注其引起的侵袭性血流感染。
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编辑人员丨1周前
