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宏基因组学第二代测序技术在烧伤患者和急慢性创面患者病原体检测中的应用
编辑人员丨5天前
目的:探讨采用宏基因组学第二代测序(mNGS)技术检测烧伤患者和急慢性创面患者病原体的价值。方法:采用回顾性观察性研究方法。选择2019年3月—2020年6月解放军总医院第四医学中心的11例符合入选标准的烧伤患者和急慢性创面患者(男10例、女1例,年龄23~85岁),共采集标本23份,其中全血标本6份、皮肤组织块标本1份、引流的脓液标本1份、创面分泌物拭子标本15份。每份标本均分为2份,分别采用微生物培养法、mNGS法检测病原体。统计2种方法检测出的病原体数量和种类以及mNGS法检测的相对丰度,并比较2种检测方法的一致性。对数据行配对Wilcoxon秩和检验。结果:经微生物培养法检测,在23份标本中,5份标本未检出病原体;其余18份标本共检出35株病原体,属于9种细菌和2种真菌。5份标本均各检出单一病原菌,9份标本均各检出2种病原菌,4份标本均各检出3种病原菌。经mNGS法检测,在23份标本中,1份标本未检出病原体;其余22份标本共检出75株病原体,分属于28种细菌、3种真菌和3种病毒。8份标本均各检出单一病原体,5份标本均各检出2种病原体,2份标本均各检出3种病原体,3份标本均各检出4种病原体,2份标本均各检出6种病原体,各1份标本检出7、20种病原体。微生物培养法在每份标本中检出的病原体为2(1,2)种,明显少于mNGS法的2(1,4)种( Z=3.359, P<0.01)。在微生物培养法未检出病原体的5份标本中,mNGS法在其中2份标本中检出细菌、另2份标本中检出病毒。mNGS法检出的存在2种及2种以上细菌的标本13份,每份标本中相对丰度占第1位的细菌其相对丰度范围为28.8%~95.9%。在23份标本中,有7份(30.4%)标本采用2种方法检测的结果完全一致,5份(21.7%)结果完全不一致,11份(47.8%)结果不完全一致。 结论:与传统的微生物培养法相比,mNGS法检测敏感性更高、对病原体的检出能力更强,并且可判断混合感染的病原体的相对丰度,作为培养法的补充,可对烧伤和急慢性创面感染病原体的诊断产生重要作用。
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编辑人员丨5天前
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宏基因组学第二代测序技术辅助诊断脑膜炎型神经梅毒一例
编辑人员丨5天前
本例患者是以发热、头痛为主要表现的神经梅毒病例。该患者有艾滋病基础,腰椎穿刺前并未将神经梅毒作为主要诊断。脑脊液检查示:有核细胞计数为116×10 6/L,多核细胞占35%;快速血浆反应素试验效价为1∶2,梅毒螺旋体明胶凝集试验阳性;宏基因组学第二代测序发现密螺旋体序列52条,诊断为神经梅毒。提示宏基因组学第二代测序技术或许能辅助诊断脑膜炎型神经梅毒。
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编辑人员丨5天前
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宏基因组二代测序对神外术后颅内细菌感染病原菌的诊断效能
编辑人员丨5天前
目的:探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术应用于神经外科术后颅内感染病原菌诊断的诊断效能。方法:选取2017年5月至2018年10月在首都医科大学附属北京天坛医院经治的怀疑神经外科术后颅内感染的患者,收集脑脊液样本分别进行mNGS检测及细菌培养,计算两者的灵敏度、特异度、阳性预测值及阴性预测值,比较两者差异。结果:共纳入80例怀疑神经外科术后颅内感染患者,其中男53例,女27例,年龄2~80(41±19)岁。经临床复核,即2名神经重症专家对患者的临床资料、实验室检查及影像学检查进行综合判读并给出临床诊断,最终临床确诊神经外科术后颅内感染42例,非感染组38例。mNGS检测诊断神经外科术后颅内感染的灵敏度和特异度分别为83.33%(35/42)、76.32%(29/38),阳性预测值和阴性预测值分别为79.55%(35/44)、80.56%(29/36);细菌培养灵敏度和特异度分别为59.52%(28/42)、68.42%(26/38),阳性预测值和阴性预测值分别为68.00%(28/40)、60.47%(26/40),mNGS检测的灵敏度高于细菌培养技术,差异具有统计学意义(χ 2=5.83, P=0.015);与细菌培养相比,mNGS检测的特异度差异无统计学意义(χ 2=0.59, P=0.441)。 结论:mNGS检测技术可以提高神经外科术后颅内感染病原菌的检出率,该方法可能成为一种有前景的病原体检测辅助诊断工具。
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编辑人员丨5天前
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宏基因组学第二代测序技术辅助诊断肺新生隐球菌和卡氏肺孢菌混合感染一例
编辑人员丨5天前
1例存在艾滋病基础且胸部计算机断层成像检查表现为肺弥漫性磨玻璃样病变的患者,入院时考虑为肺孢子菌肺炎,但治疗效果欠佳。肺泡灌洗液宏基因组学第二代测序技术检测出新生隐球菌与卡氏肺孢菌序列。经过联合抗肺孢子菌和抗隐球菌治疗,患者逐渐恢复。提示艾滋病患者需要警惕混合感染的可能性,宏基因组学第二代测序技术在该类人群病原学诊断中可能具有广阔的应用前景。
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编辑人员丨5天前
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宏基因组学第二代测序技术辅助诊断流行性斑疹伤寒1例
编辑人员丨5天前
流行性斑疹伤寒是由普氏立克次体引起的急性传染病。该病发作突然,临床表现不典型,易漏诊、误诊,病死率高。本研究报道1例以高热、头痛、乏力起病的患者,经验性抗感染治疗无效后,经血清学和宏基因组学第二代测序确诊为普氏立克次体感染,单用多西环素治疗后病情好转。
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编辑人员丨5天前
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《中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识》线上解读活动成功举办
编辑人员丨5天前
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编辑人员丨5天前
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重度特应性皮炎患者急性期和缓解期皮肤微生态研究
编辑人员丨5天前
目的:探索重度特应性皮炎(AD)成人患者急性期及缓解期皮肤微生态结构和功能的变化特点。方法:采集2019年10月至2020年11月于广州市皮肤病防治所门诊就诊的4例成人重度AD患者急性期和缓解期5个部位(面颊、肘窝、手背、腹部、下肢)皮屑标本,利用第二代高通量测序技术进行宏基因组测序,构建皮肤微生物样本基因集,获得各个样本的物种注释信息并进行生物信息学数据分析。结果:4例重度AD患者皮肤中,共检测到18个门,37个纲,73个目,142个科,237个属,331个种。与急性期相比,缓解期AD患者皮肤微生物群落多样性上升,皮肤微生物的相对丰度发生变化( P < 0.05)。在微生物种水平上,金黄色葡萄球菌对AD急性期的影响程度最高,表皮葡萄球菌、奥斯陆莫拉菌、弗朗西丝菌、科氏葡萄球菌、沃氏葡萄球菌、球形马拉色菌以及限制性马拉色菌在AD缓解期富集(|lg线性判别分析值| > 2,Kruksal-Wallis检验,均 P < 0.05)。对微生物丰度差异基因行KEGG功能通路分析,共注释富集于355个功能通路,其中显著富集的通路38个(均 P < 0.05),主要涉及金黄色葡萄球菌感染、色氨酸代谢、组氨酸代谢、氮代谢、精氨酸和脯氨酸代谢、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸生物合成与降解、脂肪酸降解及过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路等。 结论:重度AD患者急性期和缓解期皮肤微生态结构存在显著差异,预测其可能与多个功能通路(如金黄色葡萄球菌感染、色氨酸代谢、组氨酸代谢、氮代谢等)水平相关。
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编辑人员丨5天前
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中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识
编辑人员丨5天前
病原学的精准诊断对感染性疾病的诊断非常重要。宏基因组学第二代测序技术检测具有无偏倚性、广覆盖、快速等优点,能覆盖更广范围的病原体。本专家共识就第二代测序技术的临床应用范围、样本采集、分析解读和诊断效能等方面进行证据总结和意见推荐,建立中国感染病原体宏基因组学检测的标准规范。
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编辑人员丨5天前
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粪类圆线虫及多种病原体混合感染致重症肺炎1例
编辑人员丨5天前
本研究报道1例粪类圆线虫及多种病原体混合感染致重症肺炎患者。该患者为老年女性,既往基础疾病较多,口服皮质类固醇激素半年余,因"乏力、纳差半个月,加重伴意识不清1 d"入院。病原学检查中发现粪类圆线虫、烟曲霉、新型隐球菌等多种病原微生物。考虑该患者的肺部重症感染是由粪类圆线虫及多种病原微生物感染所致。予阿苯达唑、卡泊芬净、奥司他韦等抗感染及对症支持治疗,之后患者病情加重,自动出院。提示长期口服皮质类固醇激素患者免疫功能较弱,需考虑多种病原体合并感染的可能。
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编辑人员丨5天前
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撤稿:严重爆炸致烧伤患者感染病原微生物的特征及宏基因组学第二代测序技术在病原微生物检测中的应用(中华烧伤杂志,2021,37(10):946-952)
编辑人员丨5天前
我们在原《中华烧伤杂志》2021年第37卷第10期刊发的“严重爆炸致烧伤患者感染病原微生物的特征及宏基因组学第二代测序技术在病原微生物检测中的应用” [1]一文在发表过程中未经其中某一作者同意却将其进行署名,造成异议,特申请从贵刊撤稿,并就由此带来的不便向编辑部致歉。
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编辑人员丨5天前
