虽然目前诊断新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染的金标准，即实时荧光定量PCR技术已被广泛应用于人群筛查并且检测限可低至1拷贝/μl，但最新的病毒动力学模型表明，相较于灵敏度而言，高频率检测和快速诊断才是减少病毒传播的关键。因此，研究人员正努力探索基于CRISPR-Cas技术的病毒RNA检测新策略。其中，Cas13a蛋白可与CRISPR RNA(crRNA)形成复合物并在crRNA的引导下靶向结合目的RNA序列，激活核酸酶活性，非特异地切割附近的任意单链RNA。利用这一特性，将带有荧光淬灭基团的RNA探针加入体系，可检测靶RNA序列。在此原理上，本研究开发了一种突破性方法，无需前期预扩增即可直接从鼻拭子RNA中检测SARS-CoV-2。通过设计针对病毒N基因和E基因的不同区域的多个crRNA，等浓度组合加入反应体系，使单次反应可以激活更多的Cas13a蛋白，检测灵敏度提高的同时也减少了基因突变导致检测脱靶的可能性，整个检测过程均在样品中直接进行，无需额外操作。此外，该新型检测平台还可以将反应速率和产生的荧光信号转化为病毒载量，样本定性的同时进行RNA定量。为了提高检测的简单性和便携性，本研究还设计了一个小型设备包括低成本的激光照明和光收集元件，可以通过手机摄像头读取CRISPR-Cas13a检测产生的荧光信号，灵敏度达到100拷贝/μl的同时能够在5 min内准确诊断出一组从新型冠状病毒肺炎患者样本中预提取的RNA。本研究开发的方法有可能为现场SARS-CoV-2筛查提供一种快速、准确、便携和低成本的选择。

目的:评估6种结核分枝杆菌检测方法对不典型肾结核的早期诊断价值，为临床诊断提供参考。方法:收集河北省胸科医院泌尿外科2015年10月至2020年12月诊治的不典型肾结核患者46例(结核组)、非结核肾病患者53例(对照组)，分别采用结核感染T细胞斑点试验(T-SPOT.TB)、结核菌素试验(PPD试验)、涂片抗酸杆菌染色镜检(AFB镜检法)、BACTEC MGIT960液体培养(简称液体培养法)、结核分枝杆菌脱氧核糖核酸实时荧光定量PCR(TB-DNA FQ-PCR)、利福平耐药实时荧光定量核酸扩增技术（GeneXpert MTB/RIF），以结核菌培养及病理结果为金标准，比较不同检测方法在不典型肾结核临床诊断中的价值。结果:T-SPOT.TB灵敏度(95.65%)高于PPD试验(73.91%)，差异有统计学意义(McNemar检验： P=0.002)；GeneXpert MTB/RIF的灵敏度为84.78%，高于AFB镜检法(4.35%)、液体培养法(28.26%)和TB-DNA FQ-PCR(58.70%)，差异有统计学意义(McNemar检验： P均<0.001)，GeneXpert MTB/RIF与三者的特异性无统计学差异(McNemar检验： P=1.000、0.500和0.250)。 结论:T-SPOT.TB与GeneXpert MTB/RIF在不典型肾结核的筛查和病原学诊断中有较高的灵敏度和应用价值，推荐应用。

目的:探讨结核分枝杆菌( Mycobacterium tuberculosis，MTB)/利福平耐药实时荧光定量核酸扩增检测(Xpert MTB/RIF)技术诊断艾滋病患者肺结核的应用价值。 方法:回顾性分析2017年7月至2019年11月上海市(复旦大学附属)公共卫生临床中心收治的226例疑似肺结核的艾滋病患者的临床资料。分别进行痰涂片荧光染色显微镜下检查、BACTEC MGIT 960液体培养(或罗氏固体培养)和Xpert MTB/RIF检测，并分析在艾滋病患者中Xpert MTB/RIF技术诊断MTB感染和利福平耐药的灵敏度和特异度。结果:226例疑似肺结核患者中，痰培养阳性94例(41.6%)，其中MTB阳性51例(54.3%)，非结核分枝杆菌(nontuberculosis mycobacteria，NTM)阳性43例(45.7%)。以痰分枝杆菌培养阳性且结核分枝杆菌分泌蛋白64抗原阳性为金标准，Xpert MTB/RIF技术诊断MTB的灵敏度为72.6%[95%可信区间(confidence interval， CI)66.7%～78.4%]，特异度为97.1%(95% CI 95.0%～99.3%)。Xpert MTB/RIF技术诊断痰涂片阳性患者MTB的灵敏度为76.7%(95% CI 67.7%～85.8%)，特异度为90.0%(95% CI 83.6%～96.5%)。Xpert MTB/RIF技术诊断痰涂片阴性患者MTB的灵敏度为50.0%(95% CI 41.8%～58.2%)，特异度为99.3%(95% CI 97.9%～100.0%)。18例患者同时检测利福平表型和基因型耐药，以表型耐药为金标准，Xpert MTB/RIF技术检测利福平基因型耐药的灵敏度为75.0%，特异度为100.0%。 结论:艾滋病患者中Xpert MTB/RIF技术诊断肺结核的灵敏度和特异度均较高，且能快速区分MTB和NTM，具有较好的应用价值。

目的:探讨呼吸内镜下黏膜活检术中应用快速现场评价(ROSE)技术在儿童活动性肺结核的诊断价值。方法:回顾性分析2017年6月至2020年1月山东大学齐鲁儿童医院呼吸介入科收治的活动性肺结核40例患儿临床资料。结果:1．在40例患儿中，33例气管支气管结核，7例结核性胸膜炎，其中9例为诊断困难病例。2.气管支气管结核33例，包括24例(72.7%)干酪样坏死物破溃入管腔，9例(27.3%)黏膜肿胀、外压；支气管黏膜活检快速现场细胞学评价(C-ROSE)为肉芽肿、淋间类上皮细胞、淋巴细胞浸润改变；不同部位快速现场微生物学评价(M-ROSE)阳性不一：干酪坏死处阳性6例次(13.6%，6/44例次)，肉芽增生处阳性4例次(12.5%，4/32例次)，充血水肿处阳性2例次(22.2%，2/18例次)，黄白色坏死物处阳性0例次，病变与正常黏膜交界处阳性54例次(81.8%，54/66例次)；黏膜病理均为肉芽肿、渗出、坏死改变，其中22例结核性肉芽肿，5例特征性结核结节，11例抗酸染色阳性。3.结核性胸膜炎7例患儿，胸腔镜下为胸膜黏连严重，胸膜充血、水肿，4例临床诊断困难的病例清理黏连带后见胸膜散在分布干酪样粟粒结节；胸腔镜下活检C-ROSE以坏死、组织细胞为主要表现，见多核巨细胞，但肉芽肿少见；不同部位M-ROSE结果：粟粒样结节处阳性8例次(占80.0%)，黏连带处阳性0例次，充血水肿处阳性2例次(14.3%)；活检病理提示肉芽肿、坏死改变，其中3例特征性结核结节，2例抗酸染色阳性。4.应用下一代测序技术(NGS)和结核分枝杆菌/利福平耐药实时荧光定量核酸扩增检测技术(Xpert MTB/RIF)检测19例患儿标本的病原微生物，其中NGS阳性7例(36.8%)，Xpert MTB/RIF阳性8例(42.1%)，NGS和Xpert MTB/RIF均阳性5例(26.3%)。结论:呼吸内镜联合ROSE技术在儿童活动性肺结核病早期诊断方面具有重要的临床指导意义。

目的:对我国已批准上市的5种新型冠状病毒（2019-nCoV）核酸快速检测试剂进行多中心临床评价。方法:2020年11月在浙江大学医学院附属第一医院、华中科技大学同济医学院附属同济医院和中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所3家机构选取共计57份确诊2019-nCoV感染者及15份非感染者的咽拭子样本，对获批上市的5种2019-nCoV核酸快速检测试剂进行检测，分析阳性符合率、阴性符合率、总符合率，并分析阳性强度与阳性符合率的关系，检测时间和复检率情况。结果:5种试剂盒阳性符合率为92.59%（50/54）、83.64%（46/55）、98.25%（56/57）、94.44%（51/54）和98.18%（54/55）；阴性符合率为93.33%（14/15）、93.33%（14/15）、86.67%（13/15）、100%（14/14）和93.33%（14/15）；总符合率为92.75%（64/69）、85.71%（60/70）、95.83%（69/72）、94.20%（65/69）和97.14%（68/70）。5种试剂盒对强阳性和中阳性标本的检出率均为100%（90/90、84/84），对循环阈值33以上的弱阳性样本检出率为82.18%（83/101），2种试剂盒的复检率高于10%，分别为15.28%（11/72）和12.50%（9/72）。5种试剂盒从提取到扩增检测所需平均总时长在32.33~65.33 min。结论:5种2019-nCoV核酸快速检测试剂盒性能均较好，可以作为常规核酸检测的补充。

目的:探究疑似病毒性脑炎患儿肠道病毒（EV）、疱疹病毒（HHV）检测阳性率。方法:收集湖南省儿童医院2017年8月至2019年12月365份疑似病毒性脑炎患儿脑脊液、血清、痰、大便、尿标本于-80 ℃冻存，采用一步法巢式逆转录多聚酶链反应（RT-PCR）检测EV，采用实时荧光定量PCR法（qPCR）检测HHV，分析这两类病毒在临床疑似病毒性脑炎患儿中的感染率。其中132例患儿确诊为EV脑炎或HHV脑炎，比较分析病毒在各种标本中的检出时间。结果:365例疑似病毒性脑炎患儿中20.5%（75/365）的患儿诊断为EV脑炎，15.6%（57/365）患儿诊断为HHV脑炎。75例EV脑炎患儿以埃可病毒6型（echo 6）感染为主，占52.0%（39/75）；其次为EV71感染（30.7%，23/75），echo11（6.7%，5/75），柯萨奇病毒A组6型（CA6，4%，3/75）及echo30、echo9、echo4、柯萨奇病毒B组1型（CB1）、脊髓灰质炎病毒各1例（1.3%，1/75）。57例HHV脑炎主要以人疱疹病毒6型（HHV6）感染最多见，占35.1% （20/57）。其次为巨细胞病毒（CMV，31.6%，18/57），EB病毒（12.3%，7/57），单纯疱疹病毒1型（HSV1，10.5%，6/57），单纯疱疹病毒2型（HSV2，8.8%，5/57），水痘带状疱疹病毒（1.8%，1/57）。患儿入院后病毒在脑脊液中的检出时间明显早于血清，脑脊液在发病后2~7 d可检出病毒，血清为7~26 d。结论:采用一步法巢式RT-PCR技术及实时荧光qPCR技术检测脑脊液病毒核酸极大程度提高了不明原因脑炎患儿病原体的检出率。肠道病毒Echo 6、EV71、疱疹病毒HHV6、CMV是导致本院病毒性脑炎的最主要的病原体，临床可根据发病时间合理选择标本类型进行测定。

目的:提高临床对RA合并痛风、感染性关节炎（SA）的鉴别诊断能力。方法:报道1例RA合并高尿酸血症、反复右肩肿痛患者的临床特点及诊治经过,并进行分析讨论。结果:RA病程10年,血尿酸升高8年，反复右肩发作性肿痛1年的患者，院外诊断RA、痛风、SA，对症治疗后疗效欠佳。近1个月病情加重伴右肩窦道形成，实验室检查：结核T细胞干扰素释放试验（IGRA）、结核菌素（PPD）试验阴性，CD4 +细胞计数下降；右肩数字化X线摄影、超声、双能CT、磁共振检查综合分析提示右肩尿酸盐（MSU）沉积伴骨侵蚀、骨破坏、骨髓水肿、关节积液及滑囊、腱鞘、肌腱、肌肉等多部位受累；右肩穿刺液实时荧光定量核酸扩增检测技术（GeneXpert）、宏基因组测序（mNGS）及关节液培养提示结核分枝杆菌复合群，确诊RA、痛风、关节结核（OAT）。予甲氨蝶呤、艾拉莫德、降尿酸、抗结核、关节清创对症治疗后症状缓解。 结论:RA伴高尿酸血症患者出现反复单关节炎，除考虑合并痛风外，应警惕有无OAT,患者免疫状态、药物因素可能干扰免疫结果判读，需综合患者临床特征、多种影像学、病原学检查以明确诊断,避免漏诊。

目的:研究宏基因组二代测序技术（mNGS）对不同类型结核病的诊断价值。方法:回顾性分析2019年1月1日至12月31日上海市肺科医院收治的行mNGS检测并行结核分枝杆菌（MTB）抗酸染色涂片法、MTB培养法及利福平耐药实时荧光定量核酸扩增检测技术（Xpert MTB/RIF）检测的疑似结核病患者，研究共纳入疑似结核病205例，男120例，女85例，中位年龄为34 （16， 70）岁。其中结核病165例，男92例，女73例，中位年龄30（12， 67）岁；非结核病40例，其中感染性疾病28例，恶性肿瘤12例，男28例，女12例，中位数年龄45（24， 78）岁。以最终诊断为参考标准，计算mNGS对不同类型的结核病（肺结核与肺外结核）及与不同诊断方法诊断效率的差异， P<0.05为差异有统计学意义。 结果:以临床诊断结果作为参考标准，mNGS诊断结核病的敏感度为60%（99/165，95% CI为0.53~0.67），特异度为100%（40/40，95% CI 为0.90~1.00）， 阳性预测值为100%（99/99， 95% CI为0.95~1.00），阴性预测值为38%（40/106，95% CI为0.29~0.48）。mNGS诊断肺结核的敏感度为59% （59/100），显著高于涂片法（15%，15/100）和培养法（26%，26/100）， 差异均有统计学意义（均 P<0.001），但与Xpert法（52%，52/100）比较差异无统计学意义（ P=0.090）；mNGS诊断肺外结核的敏感度为62%（40/65），显著高于涂片法（5%，3/65）、Xpert法（31%，20/65）及培养法（18%，12/65）， 三者比较差异均有统计学意义（均 P<0.001）。 结论:mNGS法检测MTB快速、高效，对于结核病特别是肺外结核病的诊断优于其他常用的诊断方法。

目的:探讨非高发区人群血浆EB病毒（EBV）DNA检测对鼻咽癌筛查的价值及临床应用。方法:回顾性分析2015年11月至2020年7月就诊于四川省肿瘤医院的1 153例初治鼻咽癌和244例性别年龄相匹配的健康正常人血浆EBV DNA检测结果。用实时荧光定量PCR法检测EBV DNA。分别以400拷贝/ml为临界值判断（≥400拷贝/ml判定为阳性）和优化临界值方法（将有S型扩增者均判定为阳性）统计EBV DNA阳性率。比较不同临床分期、TNM分期的患者血浆中EBV DNA拷贝数分布特征，采用受试者工作特征（ROC）曲线分析2种临界值判定方法对鼻咽癌的诊断价值。结果:初治鼻咽癌组血浆EBV DNA明显高于正常对照组（ P<0.001）；鼻咽癌不同TNM分期患者血浆EBV DNA水平比较，差异有统计学意义（ P<0.001）。2种临界值判定方法均显示，TNM及临床分期越晚，EBV DNA阳性率有升高趋势（ P均<0.001）。以400拷贝/ml作为临界值，血浆EBV DNA对鼻咽癌诊断的敏感度为40.9%，特异度为100%，曲线下面积为0.704（95% CI 0.676~0.733， P<0.001）。使用优化临界值方法，敏感度增加至82.0%，特异度为99.2%，曲线下面积为0.910（95% CI 0.894~0.924， P<0.001）。 结论:在鼻咽癌非高发区，血浆EBV DNA以400拷贝/ml为检出下限，鼻咽癌诊断的敏感度仅为40.9%，可考虑优化核酸提取方法，从检测技术上落实临界值的优化，在保证诊断特异度的基础上提高诊断的敏感度。

目的:基于规律成簇间隔短回文重复序列及其相关蛋白（CRISPR/Cas13a）的特异性识别切割与非特异性的“反式切割”活性，建立易操作、检测限低、特异性好的核酸免扩增可视化快速检测方法—基于CRISPR/Cas13a的新型冠状病毒核酸免扩增快速检测技术。方法:参照新型冠状病毒的基因序列，利用生信技术筛选并设计合成多个新型冠状病毒特异的crRNA（CRISPR RNA），以体外转录的通用ssRNA（单链RNA）靶标建立检测技术并优化检测体系，以新型冠状病毒假病毒核酸标准物来评价方法检测限。收集临床样本，其中阳性样本应包含不同的新型冠状病毒变异株，阴性样本包括其他的常见呼吸道病原体（甲型流感病毒/乙型流感病毒、人类副流感病毒、肺炎克雷伯菌等）临床样本。分别用实时荧光定量PCR（qPCR）、数字PCR及本研究建立的免扩增可视化快速检测技术，对各种样本进行检测，分析评价新建立技术的灵敏度和特异度。采用四格表确切概率法针对荧光定量PCR、数字PCR与本技术检测结果进行统计学分析，采用双侧检验， P<0.01为差异有统计学意义。 结果:本研究设计合成了10条crRNA，用于基于CRISPR/Cas13a的新型冠状病毒核酸免扩增可视化快速检测技术的建立与优化，本技术可在最短6 min内检出新型冠状病毒的核酸。利用新型冠状病毒假病毒核酸标准物评价该技术的检测限，结果显示仪器辅助下本技术检测限为14拷贝/μl，肉眼下检测限为28拷贝/μl。以qPCR和数字PCR确认的113份临床样本对所建立的检测技术进行敏感度和特异度分析，利用相关公式及SPSS22软件计算分析，该检测技术的敏感度98.5%（66/67），特异度100%（46/46），本研究建立的基于CRISPR/Cas13a的新型冠状病毒免扩增可视化快速检测技术检测结果与金标准qPCR检测结果差异无统计学意义（ P=1）。 结论:本研究成功建立了一种基于CRISPR/Cas13a的新型冠状病毒核酸免扩增可视化快速检测技术，该技术流程简单、操作便捷，对操作环境要求低，检测限接近qPCR，有较强的现场检测应用潜力。