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一株分离自云南重症手足口病患者的柯萨奇病毒A组4型毒株的全基因组分析
编辑人员丨1天前
目的:对从云南重症手足口病患者的粪便样品中分离出的1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株的全基因组特征和部分区段重组情况进行分析,为深入认识CV-A4的流行和分子进化提供基础数据。方法:分别使用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞、人胚肺二倍体(human embryonic lung diploid,KMB17)细胞和人非小细胞肺癌(human lung cancer,A549)细胞进行病毒分离。提取病毒RNA,通过逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)分段扩增CV-A4全长基因,利用MEGA7.0和SimPlot 3.5.1等软件对全基因组及各区段进行分析。结果:从RD细胞上分离到一株CV-A4分离株R11-20/YN/CHN/2011,系统进化分析显示该分离株属于C2基因亚型。在VP1和全基因组核苷酸序列上与其同源性最高的分别是CV-A4毒株09214/SD/CHN/2009和CVA4/SZ/CHN/09。重组分析显示该分离株与肠道病毒A71(enterovirus A71,EV-A71)云南分离株R993/YN/CHN/2010在3D区发生过重组。结论:CV-A4分离株R11-20/YN/CHN/2011为C2基因亚型且与EV-A71在3D区发生重组。
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编辑人员丨1天前
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宏基因组测序诊断新生儿埃可病毒脑膜炎并18月龄随访1例
编辑人员丨1天前
埃可病毒属于人肠道病毒B组,常引起严重感染,可表现为无菌性脑膜炎。国内有关新生儿埃可病毒脑膜炎的病例报道较少,特别是关于预后的报道更少见。本文报道 1例埃可病毒6型导致的新生儿脑膜炎,随访至18月龄,发育与同龄儿相仿。
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编辑人员丨1天前
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昆明市手足口病病原构成及柯萨奇病毒A组6型基因特征分析(2016—2018年)
编辑人员丨1天前
目的:了解2016—2018年昆明市手足口病病原构成情况,阐明昆明市流行的柯萨奇病毒A组6型(CV-A6)基因特征。方法:对2016—2018年云南省手足口病实验室监测系统收集的昆明市手足口病患儿样本使用CV-A16和肠道病毒71型(EV-A71)+ EV通用型核酸检测试剂盒进行实时荧光RT-PCR检测,并对非EV-A71和非CV-A16阳性样本进行普通RT-PCR扩增得到VP1全长序列。用MEGA 5.2软件对本次研究分离到的昆明市CV-A6毒株序列与参考序列构建系统进化树,分析其分子流行病学特征。结果:2016—2018年昆明市手足口病病原监测结果显示,昆明市实验室诊断手足口病共2 318例,其中,检出EV-A71阳性417例,CV-A16阳性883例,其他EV阳性1 018例。2016年的优势病原为CV-A16(50.26%),2017和2018年优势病原均为其他EV,分别占56.06%和54.03%。从其他EV共分离出CV-A6毒株57株,均属于国内流行的D3a亚型。结论:2016—2018年引起昆明市儿童手足口病的主要病原体是CV-A16和其他EV,应加强常规监测中其他EV的监测,并关注CV-A6毒株的持续流行。
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编辑人员丨1天前
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安徽省2020年柯萨奇病毒A组4型分离株全基因组序列分析
编辑人员丨1天前
目的:了解安徽省柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株全基因组序列变异及分子进化情况,为今后手足口病的病原学监测和科学防治提供理论依据。方法:采用一代测序法对2020年5株CV-A4分离株进行全基因组测序。运用MEGA11.0对5株CV-A4分离株,32株CV-A4代表株和肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EV-A71)原型株BrCr基于VP1区构建系统进化树,对分离株以及肠道病毒A组(enterovirus A,EV-A)原型代表株基于P1、P2、P3区分别构建系统进化树;选用DNAStar进行毒株VP1区氨基酸序列比对,使用BioEdit7.2进行氨基酸置换熵分析并作氨基酸位点熵值图,使用SimPlot3.5和RDP4对CV-A4分离株和EV-A原型代表株进行重组分析,使用DnaSP6软件进行分离株和参考代表株的选择压力分析。结果:系统进化树显示:分离株属于C2亚型,与中国大陆地区流行的CV-A4毒株属于同一分支,C2亚型分支的毒株氨基酸序列同源性为97.30%~100%,分离株同原型相比,均有6个氨基酸变异位点。选择压力分析表明C2亚型的CV-A4毒株受负选择压力的影响,置换熵分析编码区氨基酸序列有25个易突变位点,占比1.14%,毒株进化主要依赖重组。重组分析表明分离株在P2、P3区域与多种EV-A原型株发生不同区段的重组,与CV-A5原型株重组区段较长,尤其在3A-3C区段,P1是相对保守的区段。结论:安徽省CV-A4在P2、P3区与其他EV-A原型株发生频繁重组事件,应对安徽省CV-A4的分子进化研究继续保持密切关注。
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编辑人员丨1天前
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2016年浙江省温岭地区EV71型轻、重症手足口病患儿病毒分离株VP1和VP4区基因特征分析
编辑人员丨1天前
目的:分析并比较2016年浙江省温岭地区EV71型轻、重症手足口病(HFMD)患儿病毒分离株VP1和VP4区基因特征及进化关系。方法:研究对象为2016年浙江省温岭市第一人民医院分离鉴定的EV71型HFMD患儿,随机选取轻、重症HFMD患儿EV71病毒株各6例,进行VP1和VP4区基因扩增和测序,利用DNAStar和Mega 6.0软件对测序结果与美国国立生物信息中心公布的EV71典型基因代表株(A、B1~5、C1~4亚型)进行核苷酸和氨基酸比对分析,并构建系统进化树。结果:轻、重症手足口病患儿性别(χ 2=14.51, P<0.05)和年龄( t=2.82, P<0.05)差异无统计学意义。两组EV71分离株的VP1区核苷酸同源性为95.8%~99.6%,氨基酸同源性为99.1%~100%;VP4区核苷酸同源性为95.0%~99.9%,氨基酸同源性为99.0%~100%,轻、重症EV71分离株同源性高。它们与典型C4a基因型代表株最接近,氨基酸同源性为:96.6%~100%(VP1)和94.3%~100%(VP4)。3例EV71型重症HFMD患儿分离株分别出现VP1区V170L突变(缬氨酸→亮氨酸),VP1区A293S(丙氨酸→丝氨酸)以及VP4区T7A(苏氨酸→丙氨酸),其他未见明显突变。 结论:2016年浙江温岭地区轻、重症HFMD患儿EV71病毒分离株VP1和VP4区同源性高,且均属于C4a基因亚型。其中几个位点的氨基酸突变可能与浙江温岭地区HFMD患儿疾病危重有关。
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编辑人员丨1天前
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浙江衢州地区儿童病毒性脑炎埃可病毒优势血清型与VP1基因分析
编辑人员丨1天前
目的:了解浙江省衢州地区儿童病毒性脑炎埃可病毒(Echovirus, ECHOV)优势血清型与变迁并分析ECHOV VP1基因分子特征。方法:采集53例病毒性脑炎患儿脑脊液标本进行病毒分离培养。采用荧光RT-PCR和PCR分别检测脑脊液标本中人肠道病毒(human enterovirus,HEV)包括ECHOV、柯萨奇病毒(coxsackie virus,CV)和新型肠道病毒(enterovirus,EV),以及流行性乙型脑炎病毒(japanese encephalitis virus, JEV)、腮腺炎病毒(mumps virus, MuV)、西尼罗病毒(west nile virus,WNV)、基孔肯雅病毒(chikungunya virus,CHIKV)、单纯疱疹病毒(herpes simplex virus,HSV)和巨细胞病毒(cytomegalovirus,CMV)。HEV阳性脑脊液标本采用RT-PCR法扩增HEV-B组全长VP1基因序列,测序后用多种生物信息学软件分析ECHOV VP1基因型、基因重组和遗传进化特征。结果:RD细胞分离培养出6株毒株,但Hep-2细胞分离培养结果均阴性。11份标本HEV通用荧光RT-PCR结果阳性,但其他病毒检测结果均阴性。11份HEV阳性标本中6份检出ECHOV,与分离培养结果一致,分别为4株ECHO6、1株为ECHO7和1株ECHO30血清型,柯萨奇病毒和EV检测结果均阴性。4株ECHO6病毒属于ECHO6-C2基因亚型,但分为ECHO6-41/46和ECHO6-45/48两个流行克隆,ECHO7和ECHO30分别属于ECHO7-C和ECHO30-C基因型。ECHO6与ECHO30病毒在进化过程中存在VP1基因重组。结论:ECHOV是该地区儿童病毒性脑炎主要病原体,且可能存在局部暴发流行。ECHO6与ECHO30病毒VP1基因存在重组可能性,ECHO6有成为ECHOV优势血清型的可能。
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编辑人员丨1天前
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肠道病毒D68型和A71型感染及相关中枢神经系统性疾病
编辑人员丨1天前
肠道病毒(enterovirus, EV)属于小RNA病毒科肠道病毒属病毒,有超过100种血清型,通过粪口途径和呼吸道途径进行传播。EV感染引起的疾病谱呈现多样性,其中病毒性脑炎(viral encephalitis, VE)、无菌性脑膜炎(aseptic meningitis, AM)、急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis, AFP)等对人类健康影响最为显著,严重时还会导致不可逆转的后遗症,甚至死亡。EV的主要受累人群为5岁以下儿童,每年的夏秋两季是该病的发病高峰期。本文对EV的结构特征、蛋白功能、流行病学特征、引发的中枢神经系统并发症、实验室检测方法、重要EV的病理机制研究进展以及疾病的预防与控制进行了综述,以期为临床治疗、预防EV相关疾病提供理论依据。
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编辑人员丨1天前
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2015—2018年青海省手足口病病原谱变化和流行趋势
编辑人员丨1天前
目的:了解青海省手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)患者中肠道病毒流行情况和基因型特征。方法:采集青海省HFMD患者的咽拭子标本,进行病毒分离和特异性引物聚合酶链反应(RT-PCR),对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并参考NCBI部分毒株序列构建基因进化树。结果:采集临床诊断HFMD阳性病例标本1 738份,其中人肠道病毒A组71型(EV-A71)型326例,占18.76%、人肠道病毒柯萨奇A16型(CV-A16)型237例,占13.64%、人肠道病毒柯萨奇A6型(CV-A6)型628例,占36.13%,4年间不同基因型别间存在差异,具有统计学意义(EV-A71, χ2=245.315, P<0.001; CV-A16, χ2=27.680, P<0.001; CV-A6, χ2=702.713, P<0.001),用RD细胞分离后共得到到317株细胞培养物,测序后选取2017年和2018年典型基因型的VP1区核酸序列进行序列分析,全部基因型VP1区核酸序列间同源性在59%~100%之间,19株EV-A71VP1序列间核苷酸同源性分别在93%~100%之间,20株CV-A16型核酸VP1序列的同源性在92%~100%之间,6株CV-A6型VP1核酸序列的同源性在97%~99%之间。从进化树图上看,青海省流行的EV-A71毒株序列全都在进化树图的C4a分支上;CV-A16型分离到20个毒株序列出现在进化树图上的分为两个基因型别,18株为B1b,2株为1D基因型;CV-A6型分离到5个毒株为D3基因型,1株属于B1型。 结论:青海省2015—2018年HFMD的流行基因型别由EV-A71向CV-A16和CV-A6转变,青海省流行的EV-A71型一直是C4a基因型,CV-A16和CV-A6存在不同的基因型别,不同基因型间核酸序列差异性较大,同一基因间序列变异较小。
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编辑人员丨1天前
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河北省2013-2017年其他肠道病毒手足口病重症和死亡病例流行病学和病原特征分析
编辑人员丨1天前
目的:掌握2013-2017年河北省其他肠道病毒感染所致手足口病重症和死亡病例的流行病学特征;分析柯萨奇病毒A组6型(CoxA6)的基因特征,进一步阐明其遗传进化特点及规律。方法:利用描述性流行病学方法对2013-2017年河北省其他肠道病毒感染所致手足口病重症和死亡病例的三间分布特征进行分析。运用Mega 5.2软件对CoxA6的VP1区序列进行系统进化树分析。结果:2013-2017年河北省累计报告其他肠道病毒手足口病重症和死亡病例86例(重症84例,死亡2例),占其他肠道病毒手足口病报告病例的1.12%(86/7 698)。每年4月份发病人数逐渐上升,5-7月达到最高峰。人群分布上,1~岁年龄组儿童的5年累计占比65.12%(56/86)。男女性别比为1.39∶1(50/36)。职业分布上,散居儿童占总发病人数的93.02%(80/86)。标本经病毒分离获得阳性毒株39份,阳性分离率为45.35%(39/86)。亲缘进化树显示,CoxA6分离株与D3a和D3b这2种亚型代表株处于同一分支。结论:2013-2017年河北省其他肠道病毒手足口病重症和死亡病例在发病时间上呈现季节性,与手足口病流行的整体趋势一致。CoxA6属于D3基因型,且未出现新的进化分支。
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编辑人员丨1天前
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一起急性出血性结膜炎暴发疫情病原学分子特征分析
编辑人员丨1天前
目的:分析5月份广东省某市一起急性出血性结膜炎(acute hemorrhagic conjunctivitis,AHC)疫情中病原体的进化特征及变异情况,为制定新一轮AHC流行防控措施提供科学依据。方法:采集20份AHC患者眼结膜拭子,采用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qPCR)方法,对其进行肠道病毒(enterovirus,EV)、EV70(human enterovirus 70, HEV70)和CVA24v(coxsackievirus A24 variant,CVA24v)核酸检测,并对CVA24v阳性样本的VP1区和3Cpro区进行序列测定,分析其与国内外流行的CVA24v基因进化关系。结果:20份眼拭子标本中,肠道病毒全部显示EV阳性,CVA24v全部阳性,阳性率100%,EV70全部阴性。其中5份样本的CVA24v的VP1和7份样本的CVA24v的3Cpro区基因组成功测序,基于VP1和3Cpro区的分子特征分析发现,本次疫情流行的CVA24v与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v具有最大的核苷酸相似性。3Cpro区和VP1区的系统发育进化树显示本次疫情CVA24v与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v聚为一簇,具有较高亲缘关系。与2010年广东、2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v相比,本次疫情流行的CVA24v在3Cpro区4个氨基酸位点发生替换,在VP1区有1个氨基酸位点发生替换。结论:引起本次疫情病原体为肠道病毒CVA24v,且与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v具有最高相似性,3Cpro区和VP1区序列均出现新的的氨基酸突变。
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编辑人员丨1天前
