为合成代谢途径选择宿主生物,并为合成代谢途径中的外源反应确定外源酶是合成生物学和代谢工程的两大挑战问题.自然界中存在成千上万种微生物和生物合成反应,仅通过生物实验来确定这些目标既昂贵又耗时.本文设计开发了一种名为RPS(recommend metabolic pathway's species)的新型生物推理软件系统,以辅助合成代谢途径的设计.RPS软件可根据竞争性内源反应的比例和途径末端代谢物的数量为合成代谢途径推荐合适的宿主生物,并通过酶的系统发育距离和反应动力学信息为宿主生物中的外源反应识别合适的外源酶.有别于已有的以宿主为中心的合成代谢途径设计工具,RPS软件以代谢途径为中心的特点可帮助研究人员以不同视角评估合成代谢途径设计.实验结果表明,RPS软件工具可准确识别合成代谢途径潜在的宿主生物,并为合成代谢途径中的外源反应发现合适的外源酶.用户可通过https://biolab.gxu.edu.cn/RPS在线使用RPS软件工具.

异基因造血干细胞移植（allo-HSCT）是多种血液系统疾病的有效治疗手段，但移植物抗宿主病（GVHD）仍是移植后并发症和非复发性死亡的主要原因，其中胃肠道急性GVHD预示着患者的不良结局。急性GVHD患者一线治疗推荐使用全身性糖皮质激素，但仍有大部分患者对激素无应答。鉴于生物制剂在炎症性肠病等疾病中的显著疗效，其作为难治性急性GVHD的二线治疗也备受关注。本文就生物制剂在胃肠道急性GVHD的疗效及安全性等方面进行阐述，旨在为合理应用提供参考。

宏基因组高通量测序技术通过对临床样本中微生物和宿主核酸的测序分析，可以无偏倚地检测多种病原微生物，正在逐渐应用于临床感染性疾病病原检测，然而业界对该技术的临床适应证、实验流程、质量管理、性能验证和报告解读等方面仍有困惑。中华医学会检验医学分会临床微生物学组、中华医学会微生物学与免疫学分会临床微生物学组、中国医疗保健国际交流促进会临床微生物与感染分会组织专家对上述问题进行了讨论并撰写了专家共识，对一些关键问题给出了推荐意见和处理方法，希望有益于业界的良性互动，促进该技术规范和发展，为临床抗感染诊治提供帮助。

难治性鼻窦炎（difficult-to-treat rhinosinusitis，DTRS）指1年内经推荐的药物和鼻内镜手术治疗后仍有持续的鼻窦炎症状的患者。慢性鼻窦炎（CRS）的长期病程表明宿主与环境之间的关系复杂，目前CRS关注点已转移到致病因素产生的组织炎症效应上。DTRS有多种易感因素，除了Ⅱ型炎性反应、变态反应外，还有免疫缺陷、遗传因素等。内镜鼻窦手术是治疗DTRS的重要手段，术后联合应用局部糖皮质激素等药物是合理有效的治疗方法。目前生物治疗快速发展，已有多种生物靶向药物的临床研究指出，生物治疗可显著降低DTRS的手术需求并改善症状。

脓毒症是一种因宿主对感染反应失调而导致危及生命的器官功能障碍疾病.在重症监护病房(ICU)中,脓毒症的发病率和病死率极高.脓毒症的病理生理机制主要涉及炎症反应平衡失调、免疫功能紊乱、凝血功能障碍以及线粒体损伤等多个方面,多重机制共同作用使脓毒症的发生发展难以预测,临床上对于脓毒症的早期诊断和规范治疗仍处于探索阶段.目前最新的《脓毒症与感染性休克定义的国际共识(Sepsis-3)》推荐使用序贯器官衰竭评分(SOFA)协助临床诊断脓毒症,若患者SOFA评分＞2 分且合并感染即可诊断为脓毒症.SOFA评分通过结合各项检验数据对全身多个组织器官的功能损伤程度进行综合评估,但其缺乏对脓毒症的特异性识别能力,因此SOFA评分对早期诊断脓毒症及指导治疗仍存在局限性.临床上除了运用SOFA评分,还会结合降钙素原(PCT)、C-反应蛋白(CRP)、白细胞介素家族等感染标志物协助诊断脓毒症,随着组学研究的深入,越来越多的早期诊断标志物被发现,这些标志物对于脓毒症的早期诊断、治疗以及预后监测同样具有重要价值.早期诊断标志物的理想特征应具备较好的敏感性、特异性和病情适用性.现对近年来报告的针对脓毒症早期诊断具有较高效能的生物标志物进行了综述,并对它们进行了分类介绍和特点比较,以期为临床诊疗提供参考.

侵袭性肺曲霉病(IPA)常见于血液系统疾病、中性粒细胞缺乏患者,病死率高.近年来发现非中性粒细胞缺乏宿主并发IPA增多,早期诊断困难.指南推荐半乳甘露聚糖试验对免疫缺陷宿主并发IPA具有较高的敏感度,可作为微生物诊断标准之一,但其对非粒细胞缺乏宿主并发IPA的敏感度较低.聚合酶链反应敏感度高且快速稳定,有望成为诊断IPA的有效方法之一.现就近年来聚合酶链反应诊断IPA的研究进展进行综述.

虽然脓毒症的临床定义和推荐治疗指南在定期更新,但对脓毒症的临床前模型尚无系统综述.为了弥补这一缺陷,韦格斯-伯纳德会议的与会人员对260篇关于脓毒症模型的高被引科研论文(2003至2012年)进行了文献综述,并提出了一套指南.本报告的第二部分为针对脓毒症临床前模型的感染类型和器官损伤类型提出的建议.在感染类型方面,本综述纳入的研究中44%采用盲肠结扎穿孔术(CLP)模型,40%采用内毒素注射模型.推荐8(按指南第一部分顺序编号):内毒素注射不是复制脓毒症模型的合适方法;从临床分离物中提取的活菌或真菌菌株更为合适.推荐9:尽可能使用人体脓毒症中常见的微生物复制脓毒症模型.脓毒症3.0定义指出,脓毒症是由宿主对感染反应失调所致危及生命的器官功能障碍,但本综述对器官功能障碍的描述很有限.推荐10 :在临床前模型中应该使用器官功能障碍的定义.推荐11 :并非某一器官/系统的所有功能活动异常才能诊断为器官功能障碍.推荐12 :应采用客观的可重复评分系统来评估器官功能障碍.推荐13 :并非所有实验都必须检测器官功能障碍的全部指标,但是研究者应尽可能多地收集相关信息.这些推荐意见被认为是脓毒症动物模型的"最佳实践"指南.

目前结核病疫情仍然不容乐观,根据世界卫生组织(WHO)2018发布的数据显示,全球结核病患者约1000万,是高于艾滋病在内的单一传染病中的头号杀手.造成结核病流行的现状有多个方面的原因,其中缺乏理想的早期诊断技术是其中一个重要原因.因此,国内外许多研究团队都在致力于研发更加有效的结核病诊断手段和方法 .寻找适用于结核病诊断的生物标志物是目前研究的热门.基于宿主或病原体的生物标志物的结核病诊断技术越来越多,例如近年来广泛被接受的gene Xpert、IGRAs检测技术已经用于临床并且被WHO推荐.然而目前的技术大多处于研究阶段,并不能满足WHO提出的结核病诊断目标产品特性(target product profiles,TPPs).迄今为止,用于结核病诊断生物标志物非常丰富,但是还有许多缺陷,如标志物的有限选择、队列设计的缺陷和缺乏临床验证数据.本文希望对现有的结核病诊断生物标志物进行归纳总结,为结核病诊断技术的研发提供线索.

艾滋病又称为获得性免疫缺陷综合征( acquired immune deficiency syndrome,AIDS) ,机体免疫功能遭到破坏,免疫力下降后会引起多种机会性感染发生,肺孢子菌肺炎( pneu?mocystis pneumonia,PCP)是常见的感染性疾病之一.AIDS合并PCP病情发展迅速,病死率高,因而早期诊断与合理治疗十分重要.宏基因二代测序( metagenomic next?generation sequencing,mNGS)通过对临床样本中微生物和宿主核酸的测序分析,可以无偏倚地检测多种病原体,弥补了传统病原学检测方法的不足,在感染性疾病的诊断中显示出巨大的临床应用价值,已被多个指南和共识推荐[1].本文回顾性分析长沙市第一医院利用mNGS辅助诊断1例AIDS合并PCP的情况,报道如下.

这是一项Ⅰ/Ⅱ期开放标签的临床试验研究,评估了Axatiliumab用于≥6岁的既往采用过≥2线系统治疗的活动性cGVHD患者的安全性、耐受性和有效性.Ⅰ期的主要终点是确定最佳的生物活性和推荐的Ⅱ期剂量,Ⅱ期的主要终点是评估第7个治疗疗程开始时的总缓解率( ORR).