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应用单细胞测序识别银屑病致病相关的潜在生物标志物以及细胞互作关系
编辑人员丨6天前
目的:在单细胞水平上探究与银屑病致病相关的潜在生物标志物和细胞间的异质性水平。方法:对银屑病皮肤活检组织的单细胞测序数据进行质控、降维聚类及细胞亚群注释,以及对细胞类群进行差异基因(differentially expressed genes,DEGs)、细胞通讯及拟时序分析,并构建TFs-miRNA-hub基因调控网络。结果:基于多算法共鉴定出6个共同交集的hub基因,分别为 SPRR2A、 SPRR2D、 IL7R、 IL1RN、 IER3、 LCN2。KEGG显示其主要涉及NF-κB信号通路、TNF信号通路、MAPK信号通路等。在内皮细胞、成纤维细胞以及免疫细胞如朗格汉斯细胞、CD8 + T细胞、M1巨噬细胞、静息T细胞里 SPRRs基因表达量均显著上调,IL7R则主要在多种免疫细胞中过表达。成纤维细胞、树突状细胞、Treg细胞和CD8 + T细胞在银屑病皮损的含量显著增多( P=0.023、 P=0.007、 P=0.046、 P=0.028)。皮损组内细胞间的相互作用数量、强度和通路富集程度的活跃性均高于对照组,Treg细胞、CD8 + T细胞以及静息T细胞仅在银屑病组内与其他细胞有交互作用。拟时序分析显示免疫细胞主要分布在轨迹早期,单核细胞全程参与并在轨迹后期表达增加。除 IL7R的表达量随着拟时序变化而减少外,其余hub基因的表达量均一直增加。预测转录因子 NFKB1同时参与hub基因 SPRR2A、 IL1RN、 IL7R和 IER3的调控。 结论:SPRRs基因和 IL7R的过度表达以及多种免疫细胞如Treg细胞、CD8 + T细胞、静息T细胞以及单核细胞的交互作用可能通过MAPK和NF-κB途径参与银屑病的关键致病过程。本研究结果可为进一步研究银屑病的致病机制奠定理论依据。
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编辑人员丨6天前
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富含脯氨酸蛋白11在膀胱癌组织的表达及其临床意义
编辑人员丨6天前
目的:探讨膀胱癌中富含脯氨酸蛋白11(PRR11)的表达水平及其与临床病理特征之间的关系。方法:收集2018年1月至2019年12月在郑州大学第一附属医院行根治性膀胱切除术的52例患者的临床资料、膀胱癌组织及癌旁正常组织。采用免疫组织化学技术检测膀胱癌组织及癌旁正常组织中的PRR11表达水平,并应用 χ2检验或Fisher精确检验分析PRR11表达水平与临床病理特征之间的相关性。 结果:免疫组织化学结果显示PRR11主要定位在细胞质,在膀胱癌组织中高表达率为61.54%(32/52),低表达率为38.46%(20/52),癌旁正常组织中高表达率为32.69%(17/52),低表达率为67.31%(35/52),PRR11在膀胱癌组织和癌旁正常组织中的表达差异有统计学意义( χ2=8.683, P<0.01)。PRR11表达与膀胱癌患者临床病理特征之间的关系,PRR11的高表达与膀胱癌患者的临床分期( χ2=6.206, P<0.05)、病理分级( χ2=5.398, P<0.05)明显相关,与年龄( χ2=0.433, P>0.05)、性别( χ2=0.612, P>0.05)、肿瘤大小( χ2=0.599, P>0.05)、淋巴结转移( χ2=2.359, P>0.05)无明显相关。 结论:PRR11在膀胱癌组织中表达上调,且与肿瘤分期和病理分级相关。
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编辑人员丨6天前
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生物信息学及实验验证分析SPRR2A基因在肺鳞癌中的表达和临床意义
编辑人员丨6天前
目的:探讨富含脯氨酸小蛋白2A(SPRR2A)在肺鳞癌中的表达及其可能的作用机制。方法:实验性研究。采用生物信息学方法,在GTEx数据库和TCGA数据库中检索分析SPRR2A在多种肿瘤组织和肺鳞癌中的表达,用ROC曲线分析SPRR2A诊断肺鳞癌的价值。收集2018年1月至2020年12月间于成都医学院第一附属医院外科手术的肺鳞癌标本及癌旁正常组织标本,通过RT-qPCR和Western blot技术进行实验验证,并进一步在4种肺鳞癌细胞株中再次验证。收集TCGA数据库中486例肺鳞癌患者基因表达谱数据及临床资料,根据SPRR2A表达水平的中位值,分为高、低表达组,采用GSEA4.1.0软件对差异基因富集的信号通路进行分析。采用Kaplan-Meier法分析SPRR2A高表达组和SPRR2A低表达组肺鳞癌患者的无疾病进展生存期和总生存期的差异。选用肺鳞癌SK-MES-1,构建SPRR2A表达载体shRNA SPRR2A质粒,应用Transwell方法验证干扰SPRR2A基因表达后,SK-MES-1细胞迁移和侵袭能力是否受到影响。结果:与癌旁正常组织比较,SPRR2A基因mRNA在肺鳞癌组织中的表达水平明显升高,且有较高的诊断价值(AUC=0.899%);临床标本及肺鳞癌细胞株验证结果与生物信息分析结果一致。肺鳞癌组织SPRR2A mRNA和SPRR2A蛋白均高于癌旁正常组织,分别为(128.45±12.44)和(36.88±2.77)比(10.11±1.32)和(1.46±0.04),差异有统计学意义( P<0.05)。TCGA数据库中,SPRR2A高表达组和SPRR2A低表达组患者差异基因共有528个,包括348个下调的基因和180个上调的基因,这些基因主要富集于细胞黏附分子和囊泡运输的相互作用两个信号通路。预后分析显示,肺鳞癌患者SPRR2A mRNA高表达组的总生存时间和无疾病进展生存时间明显短于低表达组。Transwell实验结果显示,敲减了SPRR2A基因的肺鳞癌SK-MES-1的细胞迁移和侵袭能力均受到显著抑制( P<0.05)。 结论:肺鳞癌组织中SPRR2A基因的表达水平明显上调,高表达SPRR2A与肺鳞癌患者的预后不良有关,靶向敲减SK-MES-1细胞中的SPRR2A后能抑制其迁移和侵袭。
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编辑人员丨6天前
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糖尿病足溃疡差异表达基因的筛选与功能分析及临床验证
编辑人员丨6天前
目的:筛选糖尿病足溃疡(DFU)的差异表达基因(DEG)并对其进行功能分析与临床验证,以期为慢性难愈性创面的表观遗传学治疗奠定理论基础。方法:采用观察性研究方法。选取基因表达综合数据库(GEO)中的DFU患者基因表达谱数据集GSE80178,采用GEO2R工具分析筛选数据集中3个正常皮肤组织样本与6个DFU组织样本之间的DEG。对筛选出的DEG,采用R语言程序包中ClusterProfiler、org.Hs.eg.db、GOplot和ggplot2分别进行生物学过程、分子功能、细胞组分的基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,筛选DEG中的关键基因,用Cytoscape 3.9.1软件中Cytohubba插件进行关键基因的GO富集分析。取厦门大学附属翔安医院2018年9月—2021年3月收治的15例DFU患者(男7例、女8例,年龄55~87岁)的DFU组织和15例急性创面患者(男6例、女9例,年龄8~52岁)术后弃用的正常皮肤组织,分别采用实时荧光定量反转录PCR法与免疫组织化学法检测富含脯氨酸的小重复蛋白1A(SPRR1A)和晚期角质化包膜蛋白3C(LCE3C)的mRNA与蛋白表达。对数据行独立样本 t检验。 结果:与正常皮肤组织比较,从DFU患者DFU组织中筛选出492个差异表达显著的DEG(校正 P<0.05或校正 P<0.01),包括363个上调DEG和129个下调DEG。GO术语分析显示,DEG在皮肤发育、角质形成细胞(KC)分化、角质化、表皮发育、表皮细胞分化等方面显著富集(校正 P值均<0.01);KEGG通路分析显示,DEG在肿瘤相关微小RNA、Ras相关蛋白1信号通路和多能干细胞调控信号通路等方面显著富集(校正 P值均<0.01)。PPI分析显示,内披蛋白、 SPRR1A、 SPRR1B、 SPRR2B、 SPRR2E、 SPRR2F、 LCE3C、 LCE3E、角蛋白16(均为下调DEG)和丝聚蛋白(为上调DEG)为从DFU患者DFU组织中筛选出的DEG中的关键基因,其显著富集于角质化、KC分化、表皮细胞分化、皮肤发育、表皮发育、多肽交联等GO术语(校正 P值均<0.01)。DFU患者DFU组织中SPRR1A和LCE3C的mRNA表达量分别为0.588±0.082与0.659±0.098、蛋白表达量分别为0.22±0.05与0.24±0.04,分别明显低于急性创面患者正常皮肤组织的1.069±0.025与1.053±0.044( t值分别为20.91、13.66, P值均<0.01)、0.38±0.04与0.45±0.05( t值分别为9.69、12.46, P值均<0.01)。 结论:相较于正常皮肤组织,DFU患者DFU组织中存在DEG谱,且DEG显著富集于KC分化及角蛋白功能方面;关键DEG与KC生物学功能相关,在DFU患者DFU组织中的低表达可能阻碍溃疡愈合。
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编辑人员丨6天前
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hsa-miR-6832-5p抑制膀胱肿瘤细胞生长和转移的作用及机制
编辑人员丨6天前
目的:分析人微小RNA-6832-5p(hsa-miR-6832-5p)在膀胱肿瘤组织、膀胱肿瘤细胞中的表达,探讨其对富含脯氨酸11(PRR11)基因表达的干扰作用及对细胞增殖和迁移的影响。方法:实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)检测膀胱肿瘤组织、癌旁组织、膀胱肿瘤细胞株和正常膀胱上皮细胞中hsa-miR-6832-5p的表达水平。生物信息学预测并采用双荧光素酶报告基因验证hsa-miR-6832-5p的下游靶基因。分别转染hsa-miR-6832-5p模拟物和miR-NC至hsa-miR-6832-5p表达水平最低的膀胱肿瘤细胞株,命名为miR-6832-5p组和miR-NC组。qPCR检测转染后细胞中hsa-miR-6832-5p和靶基因mRNA的表达水平。Western blot检测靶基因蛋白的表达水平。四甲基偶氮唑蓝(MTT)实验和Transwell实验分别检测细胞增殖和迁移能力。结果:膀胱肿瘤组织中hsa-miR-6832-5p的表达低于癌旁组织( P<0.01),膀胱肿瘤细胞株中hsa-miR-6832-5p的表达均低于正常膀胱上皮( P<0.05),其中T24细胞表达水平最低( P<0.01)。生物信息学和双荧光素酶报告基因显示hsa-miR-6832-5p可直接作用于富含脯氨酸11基因(PRR11)的3′-非翻译区( P<0.01)。miR-6832-5p组细胞中hsa-miR-6832-5p的表达量明显高于miR-NC组( P<0.01)。miR-6832-5p组细胞中PRR11的表达量明显低于miR-NC组( P<0.01)。Western blot结果与qPCR结果一致。与miR-NC组比较,转染hsa-miR-6832-5p后膀胱肿瘤细胞增殖能力明显下降( P<0.05),细胞的迁移能力明显下降( P<0.01)。 结论:Hsa-miR-6832-5p在膀胱肿瘤组织和细胞株中表达明显降低,hsa-miR-6832-5p可通过下调PRR11基因的表达抑制膀胱肿瘤细胞的增殖和迁移。
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编辑人员丨6天前
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低氧促进人脐带间充质干细胞外囊泡生成
编辑人员丨6天前
目的:探讨低氧对人脐带间充质干细胞(hUCMSCs)及其细胞外囊泡(EVs)生成的影响,初步阐述其调控机制。方法:分离培养原代hUCMSCs,将其分为常氧组和低氧组,分别在常氧(21%O 2)和低氧(5%O 2)培养箱中培养,用细胞计数试剂盒(CCK-8)检测细胞增殖,提取hUCMSCs生成的EVs,利用透射电子显微镜(TEM)和纳米颗粒示踪分析(NTA)进行鉴定,蛋白质印迹法(Western blot)检测EVs膜标志蛋白CD9和CD63表达,转录组高通量测序分析低氧对hUCMSCs表达谱的影响,Western blot分析细胞内缺氧诱导因子-1α(HIF-1α)、丝氨酸/苏氨酸激酶(Akt)和磷酸化丝氨酸/苏氨酸激酶(p-Akt)、以及磷酸化40×10 3大小的富含脯氨酸的Akt底物(p-PRAS40)的表达水平。两组间采用 t检验进行统计分析。 结果:低氧处理hUCMSCs 24 h后,CCK-8结果显示低氧组吸光度值(2.151±0.116)高于常氧组(1.929±0.145),差异有统计学意义( t=2.659, P<0.05);NTA检测结果显示低氧组EVs颗粒浓度[(13.714±1.704)×10 9/ml]高于常氧组[(1.271±0.573)×10 9/ml],差异有统计学意义( t=18.310, P<0.05);低氧组EVs蛋白浓度(2.743±1.013)高于常氧组(0.403±0.303),差异有统计学意义( t=3.831, P<0.05);Western blot结果显示低氧组EVs的CD9、CD63表达水平(4.092±1.711、1 162.225±573.901)高于常氧组(1±0, t=3.005、3.505, P<0.05)。转录组高通量测序分析显示有1 429个基因存在显著表达差异,且主要富集于细胞因子相关通路。Western blot结果显示低氧组HIF-1α、Akt、p-Akt、p-Akt/Akt,以及p-PRAS40的表达水平(2.593±0.556、1.395±0.044、2.586±0.130、1.953±0.104、2.131±0.572)均高于常氧组(1±0),差异有统计学意义( t=3.098、4.246、4.059、3.149、2.799, P<0.05)。 结论:低氧可通过激活HIF-1α和磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/Akt信号通路促进hUCMSCs增殖和EVs生成。
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编辑人员丨6天前
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M2型丙酮酸激酶和富含脯氨酸蛋白11在乳腺癌组织的表达及其临床意义
编辑人员丨6天前
目的:探讨M2型丙酮酸激酶(PKM2)和富含脯氨酸蛋白11(PRR11)在乳腺癌组织中的表达及其与乳腺癌患者预后的关系。方法:收集金华市中心医院磐安分院(磐安县人民医院)和金华市中心医院2012年5月至2019年10月病理科归档的病历资料完整的88例乳腺癌组织标本,采用免疫组织化学法检测88例乳腺癌患者癌组织和对应癌旁组织中PKM2和PRR11的表达水平。各组间比较采用 χ2检验。 结果:PKM2在乳腺癌组织中阳性表达率为81.82%(72/88),在对应癌旁组织中阳性表达率为57.95%(51/88),两者差异有统计学意义( t=11.906, P<0.05),PRR11在乳腺癌组织中阳性表达率为76.14%(67/88),在对应癌旁组织中阳性表达率为37.50%(33/88),两者差异有统计学意义( t=26.771, P<0.01);PKM2表达水平与乳腺癌肿瘤大小、TNM分期、淋巴结转移明显相关( t=5.353、7.015、4.698, P<0.05);PRR11表达水平与乳腺癌TNM分期、淋巴结转移明显相关( t=7.912、6.299, P<0.05)。 结论:PKM2和PRR11在乳腺癌中呈高表达,PKM2和PRR11可能参与乳腺癌的发生、发展过程。
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编辑人员丨6天前
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富含脯氨酸蛋白11和沉默信息调节因子2在非小细胞肺癌组织的表达及其临床意义
编辑人员丨6天前
目的:探讨非小细胞肺癌(NSCLC)组织中的富含脯氨酸蛋白11(PRR11)和沉默信息调节因子2(SIRT2)的表达水平及临床意义。方法:收集山西医科大学第二医院2015年4月至2020年6月病理学检查确诊的100例NSCLC患者癌组织和癌旁组织标本用于免疫组织化学法检测PRR11和SIRT2水平,结合临床资料采用 χ2检验。 结果:在NSCLC癌组织中PRR11阳性表达率明显高于癌旁组织PRR11阳性表达率(70.00%比8.00%, χ2=80.790, P<0.01),差异有统计学意义,PRR11表达水平与NSCLC淋巴结转移、组织学分化程度、TNM分期明显相关( χ2=9.804、4.972、5.563, P<0.05)。NSCLC癌组织中SIRT2阳性表达率明显低于癌旁组织SIRT2阳性表达率(37.00%比62.00%, χ2=12.501, P<0.01),差异有统计学意义,SIRT2表达水平与NSCLC淋巴结转移、TNM分期明显相关( χ2=7.032、5.702, P<0.05)。 结论:NSCLC癌组织中PRR11呈高表达、NSCLC癌组织中SIRT2呈低表达,检测PRR11和SIRT2的表达有助于预测NSCLC诊治和预后。
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编辑人员丨6天前
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富含脯氨酸的酪氨酸激酶2信号通路在血管紧张素Ⅱ诱导的血管平滑肌细胞表型转化及主动脉夹层形成中的作用
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨富含脯氨酸的酪氨酸激酶2(Pyk2)信号通路在血管紧张素Ⅱ(AngⅡ)诱导的血管平滑肌细胞表型转化及主动脉夹层发生中的作用.方法 应用免疫荧光染色和免疫印迹法分析人体正常主动脉及夹层主动脉组织中Pyk2及磷酸化Pyk2(p-Pyk2)的定位和表达情况.将小鼠主动脉血管平滑肌细胞(MOVAS)分为对照组1(仅加入血管平滑肌细胞完全培养基)、0.01μmol AngⅡ组、0.1μmol AngⅡ组、1μmol AngⅡ组,加入相应的药物后处理24 h,免疫印迹法检测p-Pyk2、α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)和骨桥蛋白(OPN)的表达水平.将MOVAS分为对照组2(仅加入血管平滑肌细胞完全培养基)、1.2μmol酪氨酸激酶抑制剂TAE226组、1μmol AngⅡ组、1.2μmol TAE226+1μmol AngⅡ组,加入相应的药物后均处理24 h,免疫印迹法检测p-Pyk2、α-SMA和OPN的表达量.结果 Pyk2和p-Pyk2在正常主动脉及夹层主动脉中均有表达,但在夹层主动脉中表达更高(均P<0.05).对照组1、0.01μmol AngⅡ组、0.1μmol AngⅡ组、1μmol AngⅡ组的p-Pyk2及OPN的表达量依次增加,而 α-SMA的表达量依次减少(均P<0.05).与对照组2比较,1.2μmol TAE226组p-Pyk2及 α-SMA蛋白的表达量降低,OPN蛋白的表达升高(均P<0.05);与1μmol AngⅡ组比较,1.2μmol TAE226+1μmol AngⅡ组p-Pyk2及OPN蛋白的表达量均降低,α-SMA蛋白的表达量升高(均P<0.05).结论 Pyk2信号通路可能通过介导AngⅡ诱导的血管平滑肌细胞表型转化参与主动脉夹层的形成.
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编辑人员丨2023/8/6
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PRAS40蛋白的研究进展
编辑人员丨2023/8/6
40 kD大小的富含脯氨酸蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)底物蛋白(prolin-rich Akt substrate of 40 kD,PRAS40)是2003年Roth等从胞质锚定蛋白14-3-3的伴侣蛋白及Akt激酶的底物中首先鉴定的.PRAS40的活化主要方式为磷酸化修饰,并具有多个磷酸化位点.PRAS40参与调控哺乳动物雷帕霉素靶蛋白复合物1(mammalian target of rapamycin complex 1,mTO RC1),Akt,NF-κB和核糖体蛋白L11(ribosomal protein L11,RPL11)等多条信号通路,影响细胞的增殖、衰老、自噬、凋亡、外泌体分泌等.
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编辑人员丨2023/8/6
