目的 掌握内蒙古包头市典型牧区环境中隐孢子虫污染情况.方法 于2016年12月,采集包头市牧区土壤、牧草、饲料和饮用水、地表水、地下水、污水处理厂出厂水水样进行镜检,阳性样本利用巢式PCR扩增后进行基因测序,分析隐孢子虫种属特性.结果 牛粪中隐孢子虫感染率为34.6％(72/208),水样隐孢子虫污染率为28.6％(2/7),土壤和植物样本均未检出隐孢子虫.4.2％(9/208)牛粪样本和28.6％(2/7)水样样本扩增出目标片段.测序比对结果显示11个PCR扩增阳性样本中隐孢子虫均为安氏隐孢子虫.结论 包头地区牛粪及水样等环境中检出的隐孢子虫在种属上为安氏隐孢子虫,当地卫生部门应关注畜牧业对环境的影响.

目的:探讨上消化道癌高危人群年龄与唾液菌群和粪便菌群相对丰度的相关性。方法:基于“农村上消化道癌筛查和早诊早治项目”，于2019年8月在河南林州市选择38名居民纳入研究。通过问卷调查收集研究对象的基本信息，同时收集唾液和粪便标本，并进行16S rRNA测序和生物信息学分析，并采用Spearman秩相关分析年龄与唾液菌群、粪便菌群的α多样性（Observed ASVs和Shannon指数）以及各菌群（菌门、菌属和菌种）相对丰度的相关性。结果:38名研究对象的年龄 M（范围）为54（43~69）岁；男性16名（42.1%）。唾液菌群的Observed ASVs与年龄呈负相关， r s值为-0.35（ P<0.05）；粪便菌群的α多样性与年龄没有相关性。唾液中密螺旋体属（ r s=?0.44， P<0.05）、异普雷沃菌属（ r s=?0.42， P<0.05）和卟啉单胞菌属（ r s=?0.41， P<0.05）与年龄相关；菌种牙髓卟啉单胞菌（ Porphyromonas endodontalis）、坦纳异普雷沃菌（ Alloprevotella tannerae）、流感嗜血杆菌（ Haemophilus influenzae）、牛眼莫拉菌（ Moraxella bovoculi）、 Prevotella sp.oral clone ID019和 Prevotella sp.oral clone ASCG10的相对丰度与年龄呈负相关，相关系数 r s分别为-0.50、-0.40、-0.38、-0.35、-0.33和-0.33（均 P<0.05）。粪便中肠杆菌属（ r s=-0.35， P<0.05）、埃希杆菌属（ r s=-0.33， P<0.05）和双歧杆菌属（ r s=0.33， P<0.05）的相对丰度与年龄相关；菌种沉积物龙包茨菌（ Romboutsia sedimentorum）、穆氏柠檬酸杆菌（ Citrobacter murliniae）和单形拟杆菌（ Bacteroides uniformis）的相对丰度与年龄相关，相关系数 r s值分别为-0.42、-0.37和0.36（均 P<0.05）。 结论:上消化道癌高危人群年龄与唾液和粪便菌群相对丰度相关。

目的:探讨牛奶蛋白过敏性肠炎患儿粪便中嗜酸性粒细胞(EOS)的数量变化，为牛奶蛋白过敏性肠炎的诊断和治疗提供依据。方法:选取2018年7月至2019年6月南京医科大学附属儿童医院收治的70例牛奶蛋白过敏性肠炎患儿(过敏组)、同期就诊的50例非过敏普通腹泻患儿(非过敏组)及50例健康体检儿童(健康对照组)，采用全自动血细胞分析仪计数3组儿童外周血白细胞(WBC)、血红蛋白(Hb)、血小板(PLT)、EOS及EOS%；Gomori染色法计数3组儿童及过敏组治疗后粪便中的EOS，分析粪便中EOS与牛奶蛋白过敏性肠炎的相关性。结果:过敏组外周血EOS计数(0.71±0.74)×10 9/L、EOS%(7.56±5.96)%、PLT(382.96±85.98)×10 9/L；非过敏组外周血EOS计数(0.31±0.18)×10 9/L、EOS%(3.53±2.26)%、PLT(315.12±69.81)×10 9/L；健康对照组外周血EOS计数(0.31±0.15)×10 9/L、EOS%(3.66±1.65)%、PLT(307.56±85.20)×10 9/L。过敏组外周血EOS、EOS%、PLT均高于非过敏组和健康对照组( F＝13.606、19.055、16.074，均 P<0.05)。过敏组粪便EOS计数[(10.75±17.17)个/50个1 000倍视野]明显高于非过敏组[(1.16±3.09)个/50个1 000倍视野]，差异有统计学意义( F＝17.25， P<0.05)，而健康对照组患儿粪便未见EOS。过敏组患儿回避牛奶4周后，粪便中EOS计数明显下降[(2.26±5.32)个/50个1 000倍视野]，与治疗前比较差异有统计学意义( t＝5.822， P<0.05)；而血EOS计数[(0.56±0.47)×10 9 /L]下降不明显，差异无统计学意义( t＝1.981， P>0.05)。 结论:牛奶蛋白过敏性肠炎患儿粪便中EOS数量明显升高，经治疗后下降，有助于指导过敏性肠炎临床诊断及治疗效果的评估。

目的:研究IgA肾病（IgA nephropathy, IgAN）患者肠道菌群结构及多样性的特点，探讨IgAN患者肠道微生物与临床指标及肾脏病理的相关性。方法:回顾性选择包头医学院第一附属医院2020年5月至2020年9月IgAN患者15例作为IgAN组，健康家属8例和健康体检者7例作为健康对照组。采用Illumina高通量测序技术对粪便样本中所有细菌的16S rDNA-V4区进行DNA测序，使用QIIME2分析流程对原始序列进行处理、分析，与Greengenes（v138）数据库进行对比，调用DADA2软件包对数据进行去噪，相当于以100%的相似度聚类（OTU是以97%的相似度聚类）。采用PCoA主坐标分析法分析肠道菌群结构及多样性，以Spearman相关分析法或Pearson相关分析法分析差异性菌群与肾脏病理和临床指标的相关性。结果:（1）健康对照组和IgAN组肠道微生物Beta多样性差异具有统计学意义（ P=0.010）。（2）与健康对照组比较，IgAN组患者肠道菌群物种数目在1个门、3个科和22个属水平显著增加。与健康对照组比较，在门到科水平内，IgAN患者厚壁菌门（Firmicutes）及瘤胃球菌科（Ruminococcaceae）物种数目减少，绿屈挠菌门（Chloroflexi）及盖勒菌科（Gaiellaceae）、葡萄球菌科（Staphylococcaceae）和Family-XⅢ科物种数目增加（均 P<0.05）；在属水平，IgAN患者舌下肌菌属（ Subdoligranulum）物种数目显著减少（ P=0.020），而活泼瘤胃球菌属（ Ruminococcus- gnavus- group）物种数目显著增加（ P=0.004）。（3）在门水平，IgAN患者厚壁菌门物种数目与血白蛋白（ r=0.637， P=0.003）、IgG（ r=0.452， P=0.046）呈正相关，芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）物种数目与血肌酐呈负相关（ r=-0.453， P=0.045），疣微菌门（Verrucomicrobia）物种数目与IgM呈负相关（ r=-0.450， P=0.046），杆菌门（Patescibacteria）物种数目与IgA呈正相关（ r=0.469， P=0.037）。在属水平，IgAN患者活泼瘤胃球菌属（ r=-0.614， P=0.004）和巨单胞菌属（ Megamonas）（ r=-0.451， P=0.042）物种数目与血白蛋白呈负相关；舌下肌菌属物种数目与血白蛋白呈正相关（ r=0.563， P=0.009）；戴阿利斯特杆菌属（ Dialister）物种数目与补体C3呈负相关（ r=-0.427， P=0.041），与IgA呈正相关（ r=0.434， P=0.035）；韦荣菌属（ Veillonella）物种数目与估算肾小球滤过率呈正相关（ r=0.452， P=0.043）。艾森伯格菌属（ r=-0.850， P=0.007）、霍尔德曼菌属（ r=-0.845， P=0.008）、 Flavonifractor（ r=-0.845， P=0.008）、葡萄梭状芽孢杆菌属9（ r=-0.845， P=0.008）物种数目与牛津病理分型中肾小球节段性硬化或粘连（S）呈负相关， Fusicatenibacter物种数目与系膜细胞增多呈负相关（ r=-0.845， P=0.008），而粪球菌属2物种数目与S（ r=0.738， P=0.037）和肾小管萎缩或间质纤维化（ r=0.756， P=0.030）呈正相关。（4）以活泼瘤胃球菌属和舌下肌菌属建立随机森林模型，拟合后受试者工作特征曲线下面积为0.927。 结论:IgAN患者和健康对照的肠道菌群具有差异性，IgAN患者肠道菌群的变化与其临床指标和肾脏病理相关，尤其活泼瘤胃球菌属和舌下肌菌属可能在IgAN中发挥了重要作用。

目的:通过对易患乳糜泻人群血清中抗组织转谷氨酰胺酶IgA抗体（TTGA）、抗脱酰氨基麦胶蛋白IgA、IgG抗体（DGPA、DGPG）的测定，进一步分析人口学特征、生活饮食习惯与血清学阳性者之间的关系，从而指导我国南方乳糜泻的防治工作。方法:选取2015年广东省成人慢性病与营养监测疾病项目中的易患乳糜泻人群（肠易激综合征、结肠炎、腹泻、贫血、低体重指数、身材矮小、1型糖尿病、类风湿关节炎、强直性脊柱炎、牛皮癣， 布利斯托粪便为第6或第7型）1 273例为本横断面研究的研究对象，采用化学发光法检测血清中乳糜泻特异性抗体TTGA、DGPA、DGPG水平，比较不同高危人群乳糜泻血清抗体阳性率情况，另外收集研究对象的人口学特征、生活饮食习惯等一般临床资料，评价以上因素与血清学抗体阳性的相关性。结果:中国南方高危人群乳糜泻血清阳性率为0.94%（95% CI 0.54%~1.64%），其中TTGA阳性率为0.08%（1/1 273），DGPA阳性率为0.47%（6/1 273），DGPG阳性率为0.39%（5/1 273）。各组高危人群血清学阳性率分别为牛皮癣组3.6%（1/28），低体重指数组2.1%（2/95），1型糖尿病组1.9%（1/53），腹泻症状组1.8%（3/169），类风湿关节炎组1.1%（5/463）。研究发现血清抗体阳性组和抗体阴性组在年龄、性别、有无吸烟及饮酒不良嗜好、饮食方面差异均无统计学意义（ P值均>0.05）。 结论:在中国南方，乳糜泻血清学阳性率在高危人群为0.94%。因此，推荐在高危人群中进行乳糜泻血清学筛查，可以为乳糜泻的早期诊断提供重要参考依据。

目的:通过比较牛奶蛋白过敏婴儿饮食回避治疗前后肠道菌群的变化，探讨饮食回避治疗对牛奶过敏婴儿肠道菌群的影响。方法:收集我院消化科门诊就诊的人工喂养、临床诊断牛奶蛋白过敏的婴儿，暂停普通配方更换为氨基酸配方粉喂养4周。选择其中成功治疗病例23例，收集治疗前及治疗后的粪便标本，分别提取粪便基因组，对16S rDNA特定区段PCR产物进行高通量测序，结果进行生物信息学分析，比较干预前后菌群组成的差异，寻找组间差异物种。结果:牛奶蛋白过敏患儿饮食回避疗法后，肠道菌群多样性差异无统计学意义( P>0.05)，但肠道菌群的结构发生了变化。在门的水平上，治疗后变形菌门减少，其下级水平纲的水平上，α-变形菌纲与γ-变形菌纲均显著减少，肠杆菌科及肠杆菌属、颗粒链菌属均显著减少。在科的水平上，肉杆菌科、消化链球菌科及梭菌科下的Peptoclostridium菌属均较治疗前显著减少，乳杆菌科及下属乳杆菌属、优杆菌科及下属优杆菌属、瘤胃球菌属、Limosum菌种，以及巴氏杆菌目-巴氏杆菌科-嗜血杆菌属-副流感嗜血杆菌T3T1菌种、长双歧杆菌婴儿亚种ATCC15697/JCM1222/DSM20088和Pseudocatenulatum-DSM20438/JCM1200/LMG10505均较治疗前显著升高，差异均有统计学意义( P均<0.05)。 结论:牛奶蛋白过敏患儿经饮食回避治疗后，肠道菌群中有害菌减少，有益菌增加。

目的:通过检测pSS患者粪便中菌群种类及分布情况，探究肠道菌群变化及其代谢特征与患者淋巴细胞亚群的关系及其在pSS发生、发展中的潜在作用。方法:收集2019年1月至2020年1月在山西医科大学第二医院风湿免疫科住院治疗的101例pSS患者以及以及在山西省人民医院同期健康体检中心体检的101名年龄、性别匹配的健康对照（HC）的粪便样本，进行16s rDNA扩增子分析。采用R软件4.0.3进行统计学分析。Wilcoxon检验及相似性分析（ANOSIM）比较2组间Alpha多样性及Beta多样性。采用 t检验进行差异菌群分析。同时通过流式微球分析技术检测pSS患者外周血淋巴细胞亚群水平，并利用Pearson相关分析淋巴细胞亚群、ESR、CRP、唾液基础流率和刺激后流率等临床指标与特征菌群的关系。 结果:与HC相比，pSS患者的肠道菌群丰富度（Chao1指数、ACE指数）和多样性（Shannon指数、Simpson指数）受损，整体肠道微生物群组成差异有统计学意义（ANOSIM， r=0.09， P=0.001）。在门水平上，pSS患者厚壁菌门水平相对丰度减少，变形菌门的相对丰度增加。在属水平上，pSS中大肠杆菌-志贺菌属（ P<0.001）、乳酸杆菌（ P<0.001）、双歧杆菌（ P<0.001）、罕见小球菌（ P<0.001）、另枝菌属（ P<0.001）、产粪甾醇真杆菌（ P=0.002）比例增高；粪杆菌属（ P<0.001）、普氏菌属（ P<0.001）、罗氏菌属（ P<0.001）、巨单胞菌属（ P<0.001）、无杆菌属（ P<0.001）、毛螺菌属（ P<0.001）、毛螺菌属NK4A136（ P=0.006）、挑剔真杆菌（ P<0.001）比例明显降低。PICRUST分析显示pSS患者中氨基酸代谢如牛磺酸和亚牛磺酸代谢（ P<0.001）、脂肪酸代谢如丙酸代谢（ P<0.001）、谷胱甘肽代谢（ P=0.002）、硫辛酸代谢（ P=0.002）、脂多糖合成（ P=0.003）、非核糖体肽合成酶介导的铁载体生物合成（ P=0.005）、氨基苯甲酸酯降解（ P=0.002）等途径被富集。Pearson相关结果显示，HC和pSS 2组间具有不同丰度的关键菌群，这些关键菌与基础唾液流率、Th17细胞及Treg细胞的绝对数量密切相关。 结论:肠道微生物菌群的失调和代谢的改变会导致宿主免疫细胞的稳态发生变化，这可能与pSS的发生发展密切相关。

目的:对2016年新疆发生的一起食源性疾病的暴发进行流行病学调查及分子溯源分析。方法:2016年4月3日，新疆某地发生一起食源性疾病暴发事件。依据《食品安全事故流行病学调查指南（2012版）》，共发现142例病例，其中疑似病例138例、确诊病例4例。通过入户调查、面对面访谈的方式进行问卷调查，收集人口学信息、发病和诊疗情况、发病前3 d的饮食史和饮水史、食品的污染源等信息，并采集病例呕吐物及粪便、剩余冰激凌、加工冰激凌剩余牛奶及其他原料、牛奶供应站的牛奶等27份样本，采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）和全基因组测序（WGS）进行分子分型、毒力基因以及单核苷酸多态性分析。结果:142例病例年龄 M为9岁，范围为1~66岁；以散居儿童和学生为主，占比为76%（107/142）。男性罹患率［5.5‰（65/11 717）］与女性罹患率［5.8‰（77/13 262）］的差异无统计学意义（ P>0.05）。主要临床表现包括恶心（94%，133/142）、呕吐（92%，131/142）和腹痛（67%，95/142）等。27份样本共计分离获得22株金黄色葡萄球菌，未分离到其他病原菌。PFGE结果显示，产A+C+E混合型毒素的16株菌（包含病例呕吐物及粪便分离株和冰激凌加工点食品分离株）带型相似度为100%。根据WGS分子分型结果显示，9株菌（包括4株患者分离株、4株冰激凌加工点食品分离株、1株牛奶供应站分离株）为ST1（Sequence Type）、1株菌为ST5405。ST1型菌株聚集在一个大簇中，其中7株菌聚集成一个小簇（74 SNPs），其余2株菌聚集成1个小簇（127 SNPs）。 结论:该起食源性疾病暴发可判定是一起由金黄色葡萄球菌引起的食物中毒暴发事件。

目的:评价肠道菌群异质性与脓毒症小鼠获得性肌无力的关系。方法:SPF级健康雄性C57BL/6小鼠80只，体质量18~20 g，6~8周龄。取小鼠40只，采用腹腔注射LPS 10 mg/kg的方法制备脓毒症模型，筛选脓毒症敏感型小鼠(建模后24 h内出现濒死状态甚至死亡)和脓毒症抵抗型小鼠(生存7 d并恢复活跃状态)，建模前收集小鼠粪便制备粪菌液。取小鼠40只，采用随机数字表法分为4组( n＝10)：对照组(C组)不予以任何处理；抗生素组(ABX组)灌胃复合抗生素1次/d，连续5 d；抵抗组(Res组)灌胃复合抗生素5 d后，灌胃脓毒症抵抗型小鼠粪菌液150 μl，1次/d，连续3 d，随后腹腔注射LPS 15 mg/kg；敏感组(Sen组)灌胃复合抗生素5 d后，灌胃脓毒症敏感型小鼠粪菌液3 d(方法同Res组)，随后腹腔注射LPS 15 mg/kg。脓毒症建模后24 h时进行脓毒症严重程度评分。于粪菌移植后以及脓毒症建模后24 h时测定四肢抓力。脓毒症建模后24 h时测定腓肠肌复合肌动作电位(CMAP)，随后取血液标本，采用ELISA法测定血清IL-1、IL-6和TNF-α浓度，取胫骨前肌和腓肠肌组织，采用蛋白免疫印迹法测定胫骨前肌肌肉特异性环指蛋白1(MuRF-1)和肌肉萎缩盒F蛋白(MAFbx)表达，腓肠肌HE染色后评估测量肌纤维直径和横截面积。Res组和Sen组于粪菌移植3 d后收集小鼠粪便，提取DNA进行16S rDNA测序和非靶向代谢组学分析。 结果:与C组比较，Res组脓毒症严重程度评分升高，脓毒症建模后四肢抓力降低，血清IL-6浓度升高，腓肠肌肌纤维直径和横截面积减少( P<0.05)，其余指标差异无统计学意义，ABX组上述指标差异无统计学意义( P>0.05)。与C组和Res组比较，Sen组脓毒症严重程度评分升高，脓毒症建模后四肢抓力降低，CMAP潜伏期延长、振幅降低，血清IL-1、IL-6、TNF-α浓度升高，腓肠肌肌纤维直径和横截面积减少，胫骨前肌MuRF-1和MAFbx表达上调( P<0.05)。肠道菌群16S rDNA测序：与Sen组比较，Res组Chao1指数、Good-coverage指数、Simpson指数差异无统计学意义( P>0.05)，Shannon指数升高( P<0.05)，β多样性差异无统计学意义( P>0.05)；阿克曼氏菌科、疣微菌目、嗜黏蛋白阿克曼氏菌属、疣微菌纲、疣微菌门在Sen组显著富集，肠球菌属、肠球菌科在Res组显著富集( P<0.05)。非靶向代谢组学分析：Res组和Sen组代谢物图谱提示模型建立良好(R2Y>Q2Y)；与Sen组比较，Res组显著上调的代谢物质90个，下调的代谢物质88个，显著上调的代谢物质包括维生素K1、γ生育酚、牛磺酸等( P<0.05)；差异代谢物KEGG富集通路包括2-氧羧酸代谢和泛素酮等萜类醌的生物合成( P<0.05)。 结论:肠道菌群异质性可能参与脓毒症小鼠获得性肌无力的发生机制。

目的:不同地区人群肠道菌群分布具有较大差异，本研究旨在探究福建厦门地区牛奶蛋白过敏（CMPA）患儿和健康儿童间肠道菌群的结构与分布，揭示肠道菌群与CMPA发生发展的关联性。方法:收集2022年6月至2023年3月在厦门市儿童医院确诊的30例CMPA患儿的粪便样本，同时收集30例同龄健康儿童粪便样本，通过16S rDNA基因测序和生物信息学方法分析两组人群肠道菌群结构和分布差异。结果:CMPA患儿和健康儿童的肠道菌群结构和分布具有较大差异。组间α多样性指数差异无统计学意义（ P>0.05）。而ANOSIM检验结果显示，两组样本间肠道菌群分布差异有统计学意义（ R=0.037， P<0.05）。β多样性指数PCA分析表明，两组间的菌群结构差异有统计学意义（ P<0.05）。与健康儿童相比，CMPA患儿中嗜黏蛋白阿克曼菌属丰度显著降低，棒状杆菌属丰度显著升高。LEfSe分析显示，变形菌门主要在CMPA患儿中富集，而毛螺菌科主要富集于健康儿童组。此外，KEGG分析表明，CMPA患儿中20条通路的富集度显著降低（ P<0.05），如果糖和甘露糖代谢。COG分析显示CMPA患儿中半乳糖变位旋转酶及其相关酶等通路富集度显著降低（ P<0.05），而预测的金属硫簇生物合成酶等2条通路富集度显著升高（ P<0.05）。 结论:CMPA患儿和健康儿童的肠道菌群结构和分布存在显著差异，提示CMPA的发生发展与肠道菌群有一定相关性。