目的:了解一株分离自临床血液标本中罕见菌——阿尔塔米拉金色单胞菌( Aureimonas altamirensis)的生物学特点、鉴定方法、基因组结构和临床意义。 方法:对一株血培养分离菌的培养特性、简单生化特征观察了解；用实验室常规的生化鉴定仪、MALDI-TOF质谱仪和16S rRNA基因序列分析鉴定分离菌，并将测得的16S rRNA基因序列与相关菌株构建16S rRNA系统进化树；对分离菌基因组进行测序和组装，利用相关软件对基因组作基因预测和功能注释。将分离菌与GenBank数据库中收录的相近菌株作基于31个House-Keeping基因进化树分析和全基因组同源核苷酸平均一致性(average nucleotide identity，ANI)分析。结果:分离菌为过氧化氢酶、脲酶、氧化酶反应阳性的革兰阴性无芽孢需氧小杆菌，在血平板上生长缓慢，不能被自动化细菌生化鉴定仪和MALDI-TOF质谱鉴定仪可靠鉴定，16S rRNA基因序列分析和进化树显示：该菌16S rRNA基因序列与GenBank收录的NML070722和IARI-ABL-26阿尔塔米拉金色单胞菌16S rRNA基因序列(序列号为EU442518.1和KC581669.1)一致性最高，相似性均为99.93%。全基因测序结果表明该菌基因组(国家微生物科学数据中心基因序列号：NMDC60043566)总长为4 332 458 bp，GC含量65.14%；编码4 088个基因，功能基因注释显示功能基因主要富集于蛋白质、氨基酸、碳水化合物转运和代谢类功能区，致病基因分析预测到两个可靠性高毒力因子基因，未预测到耐药基因。基因组House-Keeping基因进化树分析显示该菌与阿尔塔米拉金色单胞菌DSM21988和C2P003(NCBI基因组序列号为GCF 001463885.1和GCF 000800175.1)高度同源，但全基因组ANI分析显示其基因组与两菌存在较大差异。结论:在国内临床标本中分离出罕见的阿尔塔米拉金色单胞菌，其生物学和基因组特点还没有被充分认识，目前常规方法难以正确鉴定，其对免疫低下患者的致病性和在临床标本中分离的意义可能还需要更多的病例研究。

目的:本研究旨在分析2019—2020年期间我国6个省市(北京、河南、吉林、安徽、甘肃和山东)流行的人副流感病毒3型(human parainfluenza virus 3, HPIV3)的全基因组序列特征，以揭示其基因组的遗传变异特点和分子进化规律。方法:根据基因型别、遗传差异和时空分布等原则，从6个省市筛选出12株HPIV3流行代表株(其中7株为C3a型、2株为C3b型、3株为C3f型)。采用巢式RT-PCR方法进行分段重叠扩增并获取其全基因组序列。随后，构建全球HPIV3代表株的全基因组序列数据库，使用生物信息学软件开展分析。结果:研究发现，这12株HPIV3代表株的全基因组序列长度在15 227 bp~15 370 bp之间，G+C含量为35.1%~35.3%，核苷酸一致性为97.6%~99.6%，与原型株(GenBank登录号：NC_001796.2)的核苷酸一致性为94.2%~94.5%。分析我国和全球可获取的HPIV3全基因组序列显示，基因组变异方式主要为点突变，未发现碱基缺失和基因重组现象。仅在本研究的一株吉林省代表株(CHN/Jilin036/2019/C3b)的F基因3′UTR区域发现ATTAAA碱基插入，其病原学意义有待进一步研究。对基因组编码蛋白的氨基酸比对结果显示，我国和全球广泛流行的C3a分支HPIV3在N蛋白、P蛋白和L蛋白上存在分支特异性变异位点，而我国流行的部分C3a毒株在L蛋白上还存在一个独特的变异位点(N216S)，尚未发现我国C3b和C3f分支毒株存在特异性变异位点。基于全基因组的进化分析显示，全球HPIV3流行株的最近共同祖先株形成时间(the time to the most recent common ancestor，tMRCA)可追溯至1927年(95%HPD：1901—1945)，平均分子进化速率为5.29×10 －4替换/位点/年，而我国HPIV3流行株的平均分子进化速率为5.24×10 －4替换/位点/年。此外，HPIV3编码的各个基因均受到负向选择压力，其中P基因、HN基因和F基因的核苷酸变异最为显著，且其分子进化速率高于其他基因。 结论:本研究期间6个省市流行的HPIV3病毒株全基因组进化相对保守，点突变是驱动HPIV3基因组进化的主要方式。

目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种( Campylobacter fetus subsp. testudinum， Cft)的分子流行病学特征。 方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序，结合GenBank公布的全球 Cft基因组数据进行流行病学分析；MLST-GrapeTree分析 Cft的群体遗传结构；核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建 Cft的系统发育树，rhierBAPS确定其种群结构；CARD、ResFinder及VFDB注释 Cft的耐药及毒力基因； E-test法进行药敏试验，并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。 结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析，共纳入全球41株 Cft基因组信息，其中人类来源24株，动物来源13株，未知来源4株。流行病学资料显示，24株人类来源菌株中，20株感染对象为黄种人，1例为白种人(配偶是亚裔)，其余未知，差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物，包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示，中国分离株以ST46为主要序列型，美国则以ST15为主要序列型；Grapetree显示，中国分离株的遗传多态性高于美国分离株；通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球 Cft构成6个种群，中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切；美国分离株相对较集中(SC3)，且以ST15克隆传播为主；毒力基因分析显示，与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在 Cft中携带率为100.00%，而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统 virB4、 virB9、 virD4因子及 tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中；15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明， Cft对环丙沙星耐药率为46.67%，对红霉素敏感性为100.00%。 结论:全球 Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病，其感染可能与食入或接触爬行类动物有关；本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别，应引起我们的关注。

目的:对从临床伤口标本中分离出的贪铜菌SZY C1进行形态学及分子生物学鉴定和分析，了解其微生物学特性及明确分类学地位。方法:将菌株SZY C1复苏培养后，依次进行形态学、生理生化鉴定、16S rRNA基因测序、全基因组测序，并应用生物信息学软件对其基因组和毒力基因进行分析。结果:菌株SZY C1为不发酵糖革兰阴性菌，菌体无鞭毛、不形成芽孢，可在哥伦比亚血琼脂平板上培养24 h呈现灰白色、圆形、突起、不透明、边缘整齐的菌落。基于16S rRNA基因序列分析结果显示，菌株SZY C1与耐金属贪铜菌( Cupriavidus metallidurans)的相似度为98.52%。菌株SZY C1测得基因组大小为5 515 517 bp，G＋C含量为67.87%，全基因系统发育分析显示，菌株SZY C1与根际贪铜菌亲缘化关系最近，两者之间平均核苷酸一致性值84.76%，数字DNA-DNA杂交值为29.1%，低于原核生物物种的鉴定阈值。基因预测显示菌株SZY C1携带多种毒力基因、耐药基因和抗重金属基因。 结论:根据表型和基因组分析，菌株SZY C1为贪铜菌属中潜在的新种。

目的:对一株自脓毒血症患者血液中分离的罕见螺原体DGKH1进行菌种鉴定和生物学特性分析。方法:对DGKH1进行常规细菌培养、染色与形态学观察、生理生化鉴定、16S rRNA基因测序和系统发育分析，以及基因组测序和基因组相关指数分析，从而确定其分类学地位；参考人型副支原体和解脲脲原体进行药敏试验。结果:分离株DGKH1可以在哥伦比亚血平板、巧克力平板和嗜血巧克力平板上微弱生长，在含有四环素(4 μg/ml)、多西环素(1 μg/ml)、米诺环素(1 μg/ml)、交沙霉素(2 μg/ml)、罗红霉素(1 μg/ml)、克拉霉素(1 μg/ml)和特利霉素(1 μg/ml)的支原体液体培养基中不生长。在商品化的支原体固体培养基上，DGKH1可形成"油煎蛋样菌落"，与人型副支原体相类似。采用常规革兰染色，DGKH1不着色；以磷酸盐缓冲液为基质进行透射电镜观察，其菌体呈螺旋形。16S rRNA基因测序显示，分离株与中华绒螯蟹螺原体CCTCC M 207170 T相似性最高(99.85%)，但尿素分解试验阳性，与已知螺原体属菌种存在差异。全基因组系统发育分析显示，该菌株与中华绒螯蟹螺原体CCTCC M 207170 T聚类为同一个小的分支，但两者之间的全基因组平均核苷酸一致性(ANI)和数字DNA-DNA杂交(dDDH)值分别为94.14%和56.00%，均低于原核生物的种鉴定阈值。 结论:分离株DGKH1隶属于螺原体属，是一种与中华绒螯蟹螺原体亲缘关系密切的潜在新种，其部分微生物学特性与支原体相类似，但自然宿主来源和流行病学资料还有待于更深入研究。

目的:通过对患者血液来源的阿尔卑斯浴者菌( Balneatrix alpica)分离株X117和该患者所在小区天然温泉水的分离株GN-1进行菌种鉴定与微生物学特征分析，为该菌作为罕见病原体引起临床相关感染的病原学诊断提供实验依据。 方法:以阿尔卑斯浴者菌DSM 16621 T作为参考，对分离株X117和GN-1进行生化表型鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定、16S rRNA基因测序和系统发育分析、单核苷酸多态性(SNP)距离以及全基因组相关指数分析，以准确确定其分类学地位和同源性；微量肉汤稀释法进行药敏试验；VFDB毒力因子数据库进行毒力基因注释和分析。 结果:分离株X117和GN-1在哥伦比亚血琼脂平板和巧克力平板上培养4 d可见菌落呈淡黄色或棕黄色，菌落表面呈斑驳状，革兰染色阴性杆菌，氧化酶和吲哚试验阳性，与阿尔卑斯浴者菌DSM 16621 T特征一致。16S rRNA系统发育分析表明分离株X117和GN-1均为阿尔卑斯浴者菌，其与阿尔卑斯浴者菌DSM 16621 T平均核苷酸一致性(ANI)值为98.44%和98.41%，基因组DNA-DNA杂交值(dDDH)均为87.1%。SNP距离差异为13，显示X117和GN-1可能为同一克隆株。药敏试验显示阿尔卑斯浴者菌对临床常用的抗革兰阴性杆菌药物均敏感。3株阿尔卑斯浴者菌毒力相关基因主要涉及黏附、侵袭、鞭毛及生物膜的形成等方面。 结论:本研究确认了一起与天然温泉水密切相关的阿尔卑斯浴者菌引起的血流感染，天然温泉水可能是阿尔卑斯浴者菌临床感染的重要来源。

目的:评估傅里叶红外光谱技术（FTIR）对临床分离的碳青霉烯耐药大肠埃希菌（CREC）同源性分析的能力。方法:26株CREC为2018年从来自全国9个省、市（湖南、吉林、浙江、福建、上海、安徽、重庆、云南、河南）的样本中分离，FTIR检测菌株在900~1 200 cm -1区域的红外吸收光谱，使用欧式距离和平均连接聚类方法进行多变量分析；并对菌株进行全基因组测序（WGS）分析单核苷酸多态性（SNP）。 结果:FTIR将26株CREC分为14个红外光谱（IR）型，且相同IR型的菌株均属于同一序列（ST）型。相比WGS对CREC的聚类分析，FTIR的聚类分析结果一致性为92.3%（24/26）。结论:FTIR对CREC同源性的区分能力具有较高准确性，且操作简便快速，具有良好的临床推广前景。

目的:对从一患者脑脊液中分离的副猪链球菌菌株进行病原学鉴定，并了解其生物学特征。方法:对该菌株使用分离培养、生化鉴定、16S rRNA和管家基因 recN基因分析、平均核苷酸一致性分析(ANI)、药敏实验、耐药基因、毒力基因分析等方法进行分析。 结果:该菌为革兰阳性球菌、在血平板上草绿色溶血，经16S rRNA、 recN基因及全基因组序列分析为副猪链球菌，对多种抗生素敏感，并携带有黏附类等多种毒力基因。 结论:副猪链球菌可导致人类感染，可通过基因测序方法进行诊断。

目的:对1株甲周脓肿患者分离的少见病原体雷金斯堡预研菌进行菌种鉴定和生物学特性分析。方法:菌株CXLZQ123于2023年6月2日分离自单县中心医院皮肤科门诊就诊的甲周脓肿患者，经过初步形态学鉴定、生化鉴定，后经质谱鉴定，16S rRNA测序和全基因组测序；应用MEGA 11.0对其与GenBank中相近种属进行种群间比对，并基于遗传距离构建系统发育树分析其遗传学进化情况。同时比较与类似菌株基因组平均核苷酸一致性。结果:该菌株为革兰阴性杆菌，MicroScan WalkAway生化鉴定该菌为雷金斯堡预研菌(91.47%)或蜂房哈夫尼菌(8.53%)。梅里埃质谱鉴定为雷金斯堡预研菌。经16S rRNA基因序列分析该菌株与CIP 105435(序列号NR_104934.1)相似性最高(相似度99.37%)。将该分离菌株雷金斯堡预研菌16S rRNA基因序列上传至美国国家生物技术信息中心(NCBI，GenBank序列号：OR230248.1)。基因组测序上传序列(NCBI，SRA序列号：SRR26510420)。该菌株与雷金斯堡预研菌W13和UU2206353平均核苷酸一致性分别为98.82%和99.04%。结论:该致病菌通过形态学观察、生化鉴定、质谱鉴定、16S rRNA和全基因组测序鉴定为雷金斯堡预研菌。该菌比较少见，对大多数药物敏感。本研究可为雷金斯堡预研菌相关感染提供诊治经验。

目的:基于扩增子技术结合高通量测序技术和生物信息分析技术，构建青海省猴痘病毒基因组测序、病毒变异分析及病例分子溯源方法，为今后青海省猴痘疫情防控提供技术支撑。方法:以猴痘病毒核酸阳性样本DNA为模板，利用Ampliseq扩增子技术进行全基因组靶向扩增并构建测序文库，利用Ion Torrent GeneStudio S5二代测序仪及其内置软件完成猴痘病毒全基因组测序、数据优化、变异分析及序列拼接，获得一致性序列。使用在线分析工具进一步分析病毒变异和基因组谱系分型，构建进化树进一步分析病例病毒潜在来源。结果:皮疹拭子和口咽拭子样本猴痘病毒基因核酸检测Ct值分别为32.13和36.91，皮疹拭子样本经猴痘病毒全基因组测序后获得一条高质量有效序列，reads数匹配率为99.99%，测序平均深度12 370×，基因组覆盖度为99.4%，序列属于IIb(西非分支)B.1.3型，存在86处核苷酸突变位点，引起41个氨基酸突变。变异分析和系统进化树分析结果显示，与GISAID猴痘病毒数据库中国云南、日本近期提交的共4条猴痘病毒基因组序列在同一分支，与中国云南提交的序列EPI_ISL_18059184(2023-07-03采样)进化关系最近，共享82个核苷酸突变位点，其中云南序列仅存在共享的全部82个突变位点，本研究序列在共享82个核苷酸突变位点的基础上增加2个核苷酸突变位点；与日本提交的序列EPI_ISL_17692269(2023-04-28采样)进化关系较近，共享78个核苷酸突变位点，存在7个核苷酸突变位点差异，日本序列在共享78个突变位点的基础上增加1个核苷酸突变位点(G57786A)，本研究序列则增加6个核苷酸突变位点(G13563A、C21062T、G101241A、C142797T、G152866A、T169721A)。结论:从一例核酸检测Ct值较低的样本中获得一条全长197 084 bp的猴痘病毒全基因组有效序列，成功构建了青海省基于Ampliseq扩增子技术的猴痘病毒全基因组测序、病毒变异和分子溯源方法。