为合成代谢途径选择宿主生物,并为合成代谢途径中的外源反应确定外源酶是合成生物学和代谢工程的两大挑战问题.自然界中存在成千上万种微生物和生物合成反应,仅通过生物实验来确定这些目标既昂贵又耗时.本文设计开发了一种名为RPS(recommend metabolic pathway's species)的新型生物推理软件系统,以辅助合成代谢途径的设计.RPS软件可根据竞争性内源反应的比例和途径末端代谢物的数量为合成代谢途径推荐合适的宿主生物,并通过酶的系统发育距离和反应动力学信息为宿主生物中的外源反应识别合适的外源酶.有别于已有的以宿主为中心的合成代谢途径设计工具,RPS软件以代谢途径为中心的特点可帮助研究人员以不同视角评估合成代谢途径设计.实验结果表明,RPS软件工具可准确识别合成代谢途径潜在的宿主生物,并为合成代谢途径中的外源反应发现合适的外源酶.用户可通过https://biolab.gxu.edu.cn/RPS在线使用RPS软件工具.

目的:应用贝叶斯网状Meta分析预测头孢菌素类抗菌药物联合甲硝唑经验性治疗腹腔感染的疗效和安全性。方法:以( "intraabdominal infections" [MeSH Terms])AND( "Cephalosporins*" [MeSH Terms])AND( "randomized controlled trial" [MeSH Terms])、腹腔感染、继发性腹膜炎、腹腔脓肿、头孢为检索词，检索PubMed、Embase、the Cochrane Library、中国知网、万方数据库、维普数据库。检索时间为1990年1月至2018年5月。纳入评价头孢菌素类抗菌药物联合甲硝唑对比其他类型抗菌药物治疗腹腔感染疗效和安全性的随机对照试验(RCT)。试验组患者给予头孢菌素类抗菌药物联合甲硝唑治疗腹腔感染，对照组患者给予其他类型抗菌药物治疗腹腔感染。结局指标：临床治愈率、微生物清除率和药物严重不良反应发生率。使用R 3.6.2软件随机贝叶斯模型进行网状Meta分析。采用马尔可夫链蒙特卡罗法直接评估和间接预测。采用轨迹图法、密度图法、杠杆图法对模型收敛性和稳定性进行评价。因各干预措施间没有闭环，不需要评估研究的一致性。结果:(1)文献检索结果：最终纳入符合标准的相关文献18篇。18篇文献均为RCT，文献累积样本量为6 792例，其中试验组3 402例，对照组3 390例。(2)贝叶斯网状Meta分析结果：①第3代头孢菌素＋甲硝唑、碳青霉烯类的临床治愈率显著低于第4代头孢菌素＋甲硝唑，差异均有统计学意义[优势比( OR)＝0.46，0.61，95%可信区间( CI)为0.26～0.81，0.38～0.97， P<0.05]。第5代头孢菌素＋甲硝唑的临床治愈率与碳青霉烯类比较，差异无统计学意义( OR＝1.03，95% CI为0.59～1.80， P>0.05)。②第5代头孢菌素＋甲硝唑、碳青霉烯类的微生物清除率显著低于第4代头孢菌素＋甲硝唑，差异均有统计学意义( OR＝0.84，0.41，95% CI为0.73～0.98，0.23～0.74， P<0.05)。第5代头孢菌素＋甲硝唑的微生物清除率与碳青霉烯类比较，差异无统计学意义( OR＝0.76，95% CI为0.27～1.80， P>0.05)。③第3代头孢菌素＋甲硝唑、第4代头孢菌素＋甲硝唑、第5代头孢菌素＋甲硝唑、碳青霉烯类、喹诺酮＋甲硝唑、替加环素的药物严重不良反应发生率均显著低于喹诺酮类，差异均有统计学意义( OR＝0.13，0.13，0.14，0.13，0.15，0.13，95% CI为0.03～0.50，0.02～0.98，0.02～0.75，0.02～0.59，0.02～0.78，0.02～0.57， P<0.05)。第3代头孢菌素＋甲硝唑、第4代头孢菌素＋甲硝唑、第5代头孢菌素＋甲硝唑的药物严重不良反应发生率与碳青霉烯类比较，差异均无统计学意义( OR＝0.96，1.00，1.10，95% CI为0.52～1.60，0.31～3.50，0.49～2.30， P>0.05)。(3)疗效与安全性等级排名：①临床治愈率排名：各类用药方案的临床治愈率从高到低排名顺序为喹诺酮类＋甲硝唑、第4代头孢菌素＋甲硝唑、合成青霉素类、第2代头孢菌素＋甲硝唑、第5代头孢菌素＋甲硝唑、碳青霉烯类、第3代头孢菌素＋甲硝唑、替加环素、喹诺酮类。各排名相应的概率为51.73%、35.72%、22.57%、31.37%、24.98%、32.82%、34.69%、29.05%、72.36%。②微生物清除率排名：各类用药方案的微生物清除率从高到低排名顺序为喹诺酮类＋甲硝唑、第4代头孢菌素＋甲硝唑、第2代头孢菌素＋甲硝唑、合成青霉素类、第5代头孢菌素＋甲硝唑、碳青霉烯类、第3代头孢菌素＋甲硝唑、替加环素、喹诺酮类。各排名相应的概率为：89.62%、77.01%、38.60%、20.94%、26.26%、26.39%、22.22%、20.19%、62.55%。③药物严重不良反应发生率排名：各类用药方案的药物严重不良反应发生率从高到低排名顺序为喹诺酮类、喹诺酮类＋甲硝唑、第5代头孢菌素＋甲硝唑、碳青霉烯类、第3代头孢菌素＋甲硝唑、替加环素、第4代头孢菌素＋甲硝唑。各排名相应的概率为：96.21%、30.46%、21.09%、25.27%、27.26%、19.45%、31.69%。 结论:中、低危腹腔感染时，推荐经验性使用头孢菌素＋甲硝唑替代经验性使用碳青霉烯类。

cGAS-cGAMP-STING信号通路是固有免疫系统重要组成部分，通过识别胞浆DNA诱导I型干扰素(interferons，IFNs)和其他细胞因子产生，介导抗微生物先天免疫，同时也在肿瘤进展及远处转移中发挥作用。深入了解cGAS-cGAMP-STING信号通路与炎症性疾病、自身免疫性疾病及肿瘤发生发展的关系，以及STING激动剂的研究现状等，将对临床相关疾病的治疗方案给予理论支持，也将对开发cGAS-cGAMP-STING信号通路的抗肿瘤靶向药物提供新的启示。

Toll样受体(Toll-like receptors，TLRs)是人体识别病原微生物的主要分子之一，因此TLRs基因的遗传变异可以一定程度上对疾病的发生发展产生影响。TLR4作为TLRs中最具代表性受体之一，近年来被广泛研究。TLR4激活后诱导促炎细胞因子和趋化因子的合成和释放，调控相关病原微生物引起的炎症反应。然而TLR4基因突变可以导致宿主产生炎性反应过度或不足。文章就TLR4基因多态性对中国人群细菌、病毒及真菌引起的感染性疾病易感性和疾病进程的影响进行综述。

目的:评价慢性心力衰竭（心衰）患者肠道菌群构成、功能及代谢产物的改变。方法:通过检索中国生物医学文献数据库（CBM）、中国期刊全文数据库（CNKI）、万方数据库、美国国立医学图书馆数据库（PubMed）、医学文摘数据库（EMbase）、Cochrane循证医学数据库（Cochrane Library）检索出有关慢性心衰患者肠道菌群改变的研究，检索时段为从各自数据库建库起至2019年12月，系统评价慢性心衰患者肠道菌群构成、功能及代谢产物的改变。结果:共纳入10篇关于慢性心衰患者肠道菌群的研究。系统评价结果显示慢性心衰患者肠道菌群β-多样性改变明显，粪杆菌属、布劳特菌属、拟杆菌属、普雷沃菌属、厌氧棒状菌属丰度降低，链球菌属、大肠杆菌/志贺氏菌属、韦荣球菌属、肠杆菌属丰度升高。慢性心衰患者增加的微生物功能模块是色胺酸代谢、脂质代谢和脂多糖合成等，且与氧化三甲胺生成相关的细菌基因明显增加，与生成有益性代谢物丁酸盐相关的细菌基因减少，有害代谢产物氧化三甲胺水平升高。结论:慢性心衰患者肠道菌群的构成、功能及代谢产物发生了明显的变化。

目的:基于16S rRNA基因测序技术分析成人隐匿性自身免疫糖尿病（LADA）患者肠道菌群的特征。方法:本研究为病例对照研究。选取2019年9月到2020年10月就诊于山西省长治医学院附属和济医院内分泌科的LADA及2型糖尿病（T2DM）患者作为研究对象，并从该院体检中心同期体检的人群中选取健康人群作为正常对照（NCP）者。收集研究对象谷氨酸脱羧酶抗体（GADA）、蛋白酪氨酸磷酸酶2抗体（IA-2A）等，收集研究对象粪便16S rRNA基因序列。使用微生物组分析软件QIIME（version 1.8.0）分析反映肠道菌群丰富性和多样性的alpha多样性指标和反映组间结构相似性的Beta多样性指标，采用 t检验或单因素方差分析、Mann‐Whitney U检验或Kruskal-Wallis H检验、χ 2检验进行组间比较，基于PICRUST分析微生物功能基因和代谢预测途径的变化特征，采用Spearman相关性分析法分析肠道菌群与各生化及免疫指标的相关性。 结果:共纳入42例研究对象，NCP组14名，T2DM组14例，LADA组14例。3组间的alpha多样性指数差异均无统计学意义（ P>0.05），Beta多样性差异有统计学意义（ P<0.05）。与NCP组相比，LADA组的短链脂肪酸产生菌属如毛螺菌属（ Lac_Lachnospira）、罗氏菌属（ Lac_Roseburia）、瘤胃球菌属（毛螺菌科）［ Lac（ Ruminococcus）］均降低（ P<0.05），与T2DM组相比，LADA组的瘤胃球菌属（毛螺菌科）降低（ P<0.05）。与NCP组相比，LADA组的苯丙氨酸合成、初级胆汁酸生物合成、次级胆汁酸生物合成等代谢预测功能途径降低（ P<0.05）。Spearman相关性分析结果显示，GADA抗体滴度与瘤胃球菌属（毛螺菌科）呈负相关（ r=-0.44），与普雷沃菌属（ r=0.38）、小类杆菌属（ r=0.34）、瘤胃球菌属（瘤胃球菌科）（ r=0.53）均呈正相关（均 P<0.05）；IA-2A抗体滴度与巨球菌属呈正相关（ r=0.13， P<0.05）。 结论:LADA患者存在较为特异的肠道微生物群结构，并伴随着短链脂肪酸产生菌属如毛螺菌属、罗氏菌属和瘤胃球菌属（毛螺菌科）的减少，以及苯丙氨酸合成、胆汁酸生物合成等重要的生物功能基因和代谢预测途径的降低。此外，LADA患者胰岛自身抗体与瘤胃球菌属（毛螺菌科）、普雷沃菌属和小类杆菌属等菌属具有相关性。

正五聚蛋白3属于正五聚蛋白家族成员之一，是一种急性时相蛋白，由多种类型细胞合成并储存在细胞内。在微生物入侵及发生炎症反应时，PTX3作为固有免疫的重要一环，快速释放到细胞外，通过调节补体激活，促进髓系细胞识别病原体，发挥多种免疫作用。近年研究表明，感染后外周血或组织中的PTX3浓度迅速升高，其升高水平常和疾病的严重程度密切相关。因此，PTX3作为肺部感染性疾病的诊断及预后的生物标志物，具有重要临床价值。

正常健康儿童的下呼吸道并不是无菌的，而是存在微生物群的。这些微生物群与儿童共生，在营养吸收、维生素合成、外源物质代谢和免疫调节等多方面发挥作用，维持儿童下呼吸道的健康。同时，下呼吸道微生物群紊乱可能会导致某些下呼吸道疾病的发生发展。该文通过综述下呼吸道微生物群来源及检测方法、健康儿童下呼吸道微生物群的特点以及儿童下呼吸道微生物群与下呼吸道疾病之间的关系等方面的研究进展，为临床更精准地诊治儿童下呼吸道疾病提供帮助。

目的:探索轻症和重症流感肺炎患者外周血单个核细胞（PBMC）环状RNA（circRNA）表达谱差异。方法:选取2018年12月至2019年3月北京朝阳医院感染和临床微生物科收治的轻症和重症流感肺炎住院患者各10例，采用Clariom? D基因芯片检测两组患者PBMC中的circRNA表达谱，以差异倍数（FC）绝对值>2且 P<0.05为标准筛选差异表达circRNA，进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组大百科全书数据库（KEGG）信号通路富集分析。 结果:轻症患者年龄［ M（ P25， P75）］为 62.0（34.5，69.8）岁，其中男性4例；重症患者年龄［ M（ P25， P75）］为50.0（37.0，60.0）岁，均为男性。共筛选出轻、重症患者PBMC差异表达circRNA 137个，其在轻症患者中表达上调和下调的个数分别为101和36个，其中上调表达最显著的是hsa_circ_0091073（FC=160.898， P<0.05），下调表达最显著的是hsa_circ_0092219（FC=-17.630， P<0.05）。GO富集分析显示，与差异表达circRNA相关的GO二级条目共111个（ P<0.05）；与上调表达circRNA相关的包括DNA转录模板、DNA转录模板调控、RNA聚合酶Ⅱ转录调节等；与下调表达circRNA相关的包括中细粒细胞脱颗粒、杀死其他生物的细胞和防御真菌等。KEGG信号通路分析显示，与差异表达circRNA相关的代谢通路共37条（ P<0.05）；与上调表达circRNA相关信号通路包括核转录因子-κB（NF-κB）信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路等；与下调表达circRNA相关的信号通路包括癌症的转录失调、叶酸碳库和其他类型O-聚糖生物合成等。 结论:轻症与重症流感肺炎患者PBMC中circRNA表达存在明显差异，可能通过多个信号通路在流感肺炎致病机制中发挥作用。

近年来，高尿酸血症和痛风的发病率不断增加，已经成为一个重大的公共卫生问题。肠道菌群寄生于人体肠道，在宿主的代谢和免疫调节方面起着至关重要的作用。肠道菌群的结构变化或失衡可引起代谢紊乱，影响嘌呤代谢酶的合成和炎症细胞因子的释放，参与尿酸性肾病的发生和发展。在高尿酸血症及尿酸性肾病中以肠道菌群作为探索的切入点已成为新的研究热点。本文综述了肠道菌群对嘌呤和尿酸代谢的影响，高尿酸血症及尿酸性肾病肠道菌群的特点、肠道菌群代谢物的差异及与炎症因子的内在关系。此外，本文综述了益生菌、益生元和粪便微生物对高尿酸血症及尿酸性肾病的干预效果，以期为肠道菌群预防和治疗高尿酸血症及尿酸性肾病提供理论依据。