2021年4月15—17日，来自疾控、医疗、高校和科研院所的80余位专家聚焦我国传染病防控与生物安全面临的挑战与机遇，聚焦大数据和监测网络、检测与溯源技术、耐药控制和疫苗研发策略的关键问题等内容展开深入讨论，并达成共识：（1）针对我国面临的传染病防控现状和保障生物安全的需要，亟需建立跨部门、全方位的微生物科学数据库和实验室监测网络；（2）病原筛查鉴定和分型溯源技术需向超灵敏、智能化和网络化的方向发展，应规范基于高通量测序的病原鉴定和溯源技术的标准及应用范围；（3）亟需建立跨部门的耐药监测体系，加强耐药菌跨物种传播监测；（4）应用科学理论和新技术指导和改进未来疫苗应急研发及接种策略。根据以上问题提出专家建议。

虫媒传播疾病是危及生命的严重传染性疾病，快速且精准病原学诊断是临床及时有效治疗并降低病死率、减少后遗症的前提。虫媒病实验室诊断以靶向性的血清学检测和聚合酶链反应为主，对少见虫媒病原体检出困难。目前，宏基因组二代测序技术（mNGS）已从科研走向临床应用。mNGS检测感染标本中全部生物的核酸序列并进行生物信息学分析，在少见病原体诊断和溯源方面具有显著优势。但同时mNGS也面临着整个操作流程中可能引入的背景微生物污染、数据库限制造成的错误结果、临床治疗亟需的病原体耐药性和宿主免疫状态等信息的挑战。该文主要就mNGS技术、其在虫媒病原体诊断应用及其所面临的挑战与难题等方面进行系统论述。随着mNGS在检测流程、检测结果分析和解读等方面不断优化，将为临床感染病病原学诊断带来新的发展与革新。

来自疾病控制、高校科研院所、医疗机构的48位专家于2019年10月24—27日围绕我国传染病监测网络面临的挑战与机遇，病原微生物检测与溯源技术的探索和未来发展需求，以及疫苗研发面临的关键问题等内容展开了深入的讨论，并达成共识：（1）我国传染病监测网络亟须跨部门进行业务和数据整合，建设并完善以人为核心的全生命周期疾病监测与健康管理系统；（2）传统病原分离培养技术仍需进一步规范和加强，病原微生物检测技术亟须发展多靶标、超灵敏、高特异、便捷化和数字化的高中通量的新技术，并发展基于致病共栖菌谱新靶标的疾病诊断新技术；（3）亟须建立基因组学、生物信息学、微生物学等多学科交叉的溯源技术体系；（4）疫苗研发亟须相关基础研究支撑，并需加强疫苗接种策略和上市后评价与评估策略的研究。同时根据以上问题提出了专家建议。

为探讨糖尿病患者足趾感染的病因，采用微生物形态学结合分子生物学方法对2021年9月海南省人民医院的1例老年糖尿病患者足趾伤口分泌物培养分离出的白喉棒状杆菌溯源分析，为临床感染诊断提供参考。通过革兰染色、Albert法染色镜检、VITEK 2 Compat鉴定仪和MALDI-TOF MS质谱仪鉴定结合16S rRNA基因序列溯源分析，同时开展 tox毒力基因检测。结果显示分离菌株镜检为革兰阳性杆菌，有异染颗粒，可发酵大多数糖类，符合白喉棒状杆菌生物学特性；16S rRNA序列与白喉棒状杆菌标准菌株 Corynebacterium diphtheriae NCTC 11397 T（GenBank登记号：MW682323.1）同源性为100%； tox毒力基因阴性。本研究结果为临床微生物实验室准确鉴定非产毒白喉棒状杆菌奠定了基础，同时为临床认识非产毒白喉棒状杆菌的感染风险提供依据。

目的 探索利用微生物组追溯人体生物样本部位来源的可行性,为案件侦查提供新思路.方法 连续三个月采集 10 名志愿者的口腔颊黏膜、足弓、腋窝等部位的生物样本,利用 16SrRNA基因序列信息确认样本的微生物群落结构,进行微生物群落多样性分析和随机森林分类预测模型的构建.结果 人体三个部位生物样本的微生物群落结构存在显著差异.本研究成功构建了准确率高达90%以上的随机森林三分类预测模型.结论 本研究构建的利用人源生物样本的微生物组信息判断其来源部位的分类预测模型,拓宽了人体微生物的法医学应用场景.

目的 通过RiboPrinter全自动微生物基因指纹鉴定系统对中药片剂待压片粉污染的耐胆盐阴性菌进行溯源分析,找到污染源.方法 用VITEK2 Compact全自动微生物鉴定系统、RiboPrinter全自动微生物基因指纹鉴定系统、16SrRNA(16S核糖体RNA)序列分析、MALDI-TOF MS(基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱)对待压片粉中和环境中分离的16株耐胆盐革兰氏阴性菌进行鉴定并比较结果差异,再采用RiboPrinter方法对鉴定结果一致的菌株进行基因指纹图谱比对、溯源,并利用BioNumerics软件进行聚类分析.结果 待压片粉中分离的6株菌株与沸腾干燥机布袋上分离的1株菌株鉴定结果一致,为热生泛菌(Pantoea calida),通过比较,MALDI-TOF MS鉴定速度更快,分辨率更高.RiboPrinter溯源分析表明7株热生泛菌同源性极高,相似度为0.94±0.03.结论 通过RiboPrinter溯源结果和BioNumerics构建树状图分析,推断待压片粉污染来自沸腾干燥机布袋,分析污染风险高低,并提出污染解决措施和方案.

目的 对1例输入性类鼻疽患者进行病原学诊断及溯源分析,为山西省类鼻疽防控提供科学依据.方法 患者血培养阳性,分离菌株鉴定为泰国伯克霍尔德菌.采用生化试验及微生物质谱仪进行菌株鉴定,核酸提取后进行全基因组测序,分析MLST型和耐药基因携带情况,同时构建系统进化树.结果 此次分离株经生化试验及微生物质谱仪检测均鉴定为类鼻疽伯克霍尔德菌,MLST型为ST366,全基因测序分析与海南省3个分离株进化亲缘关系较近,同源性较高.结论 此例类鼻疽病例经分子溯源分析及流行病学调查确定为海南省输入,提示医疗机构及疾控部门应加强对类鼻疽的认识,提高诊疗能力.

细菌的标准菌株一直以来都是微生物学研究的基石,标准菌株是由菌种保藏机构保藏、分类学地位明确、具有特定生物学性能、遗传学稳定并且可溯源的特殊功能和用途的标准样品,是日常工作及科学研究中的重要参考标准.标准菌株应用广泛、需求巨大.然而,目前国内外尚缺乏标准株统一定义及其筛选和评价技术标准.《病原微生物菌(毒)种国家标准株评价技术标准》(WS/T 812-2022)发布实施后,将为我国标准菌(毒)株研究和应用提供总体参考规范,并为各相关领域筛选、评价和确定标准菌(毒)株的方法提供技术依据.因此,本研究通过对标准菌株相关背景、研究应用现状及存在的问题进行综述,以期为我国标准菌株标准化工作提供参考借鉴.

目的 对海南省桶装饮用水中铜绿假单胞菌的耐药性及Ⅲ型分泌系统(typeⅢsecretion system,T3SS)毒力基因携带情况进行调查,在菌株核糖体分型基础上探讨其与样品来源及毒力基因之间的关系,为桶装饮用水的安全监管、污染溯源调查及耐药菌临床治疗提供数据基础.方法 使用VITEK 2 Compact全自动微生物药敏系统对分离得到的55株铜绿假单胞菌进行耐药性分析,通过PCR法扩增T3SS毒力基因ExoU、ExoS、ExoT、ExoY,并应用RiboPrinter全自动微生物基因指纹鉴定系统对分离菌株进行鉴定分型及聚类同源性分析.结果 药敏结果显示,桶装饮用水中分离的铜绿假单胞菌菌株处于较低耐药水平,但仍然发现1株多重耐药铜绿假单胞菌,对亚胺培南、环丙沙星、头孢吡肟均耐药.T3SS毒力基因分布表现为4种基因型组合,分别为ExoT+/ExoY+/ExoS+/ExoU-(45.45％,25/55)、ExoT+/ExoY+/ExoS-/ExoU+(34.55％,19/55)、ExoT+/ExoY-/ExoS-/ExoU+(18.18％,10/55)、ExoY+/ExoY+/ExoS+/ExoU+(1.82％,1/55).菌株核糖体分型共分为6个亚型,各亚型包含菌株数分别为24、1、25、1、3、1,占比分别为43.64％、1.82％、45.45％、1.82％、5.45％和1.82％,以亚型Ⅰ和亚型Ⅲ的菌株占主要优势,亚型Ⅰ菌株主要的T3SS基因型为ExoT+/ExoY+/ExoS-/ExoU+,占比66.67％(16/24),亚型Ⅲ菌株主要的T3SS基因型则为ExoT+/ExoY+/ExoS+/ExoU-,占比88％(22/25).结论 T3SS分泌系统呈现多个毒力基因协同表达的特点,各菌株亚型与毒力基因型存在一定的关联性,通过对两者之间的关系探讨对桶装饮用水铜绿假单胞菌污染溯源、生产控制、临床治疗具有一定的指导意义,初步积累了本地桶装饮用水中铜绿假单胞菌株库及药敏数据.

目的 通过对细菌16S rRNA基因全长的测序分析,探究利用人类皮肤及口腔微生物推断个体地理位置来源的可能性.方法 提取上海和内蒙古赤峰两地汉族人群手掌及口腔微生物DNA,通过16S rRNA基因全长测序,分析两地人群微生物群组成和多样性情况,随后筛选差异性物种并构建地理位置预测模型.结果 上海与赤峰两地汉族人群手掌侧皮肤及口腔微生物的组成结构均不相同.对于手掌侧皮肤微生物,赤峰样本的丰富度和均匀度均高于上海样本,而口腔微生物的差异则不显著.置换多元方差分析(permutational multivariate analysis of variance,PERMANOVA)证实两地样本的β多样性差异具有统计学意义,皮肤样本与口腔样本的决定系数(R2)分别为0.129和0.102.通过主坐标分析(principal co-ordinates analysis,PCoA)可以对两地样本进行初步区分.预测模型利用皮肤和口腔样本对地理来源进行预测的准确率分别为0.90和0.83.结论 上海和赤峰两地汉族人群手掌侧皮肤和口腔微生物的结构均存在差异,利用随机森林算法构建的预测模型可以对来自以上两地的未知个体进行溯源.