目的:通过网络药理学联合数据挖掘的方法探讨中药调节肠道菌群的物质基础和用药规律.方法:通过人类基因数据库(GeneCards)获取肠道菌群相关作用靶点,以口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18 为筛选条件在中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库中筛选出靶点相关活性成分及中药.利用Cytoscape 3.8.1软件构建靶点-活性成分、靶点-活性成分-中药复合网络,再使用中医传承计算平台 V3.0分析中药的性味归经及用药规律.最后将肠道菌群相关核心靶点与中药核心活性成分进行分子对接.结果:共筛选得到肠道菌群相关作用靶点 115个,其中与活性成分相匹配的靶点 67 个,根据度值筛选得到 31 个肠道菌群相关作用核心靶点、154个关键活性成分以及关联中药 390种.与肠道菌群作用相关的中药药味以苦、辛、甘为主,药性以寒、温、平居多,归经多归于肝、肺、胃、脾经.分子对接结果表明,核心靶点与核心化合物之间具有较好的结合性.结论:通过较为系统地探索中药调节肠道菌群的物质基础及用药规律,可为中药调节肠道菌群的理论探讨、临床及实验研究提供相应参考.

目的 探讨茯苓-桂枝药对在古今方剂中的用药规律.方法 检索《中医方剂大辞典》中含"茯苓-桂枝"的方剂,运用"中医传承辅助平台V2.5"对四气五味、归经、主治疾病进行统计;对归经、四气、五味的分布进行统计、制图;对剂量与主治、中药与靶点进行网络关联;对高频中药进行聚类分析.应用网络药理学方法分析茯苓-桂枝的成分、靶点、作用通路.结果 纳入 161首含茯苓-桂枝的方剂,涉及195 味中药.其主治疾病以痰饮类病和水心病最多.药物性味以温、甘为主,归脾经、肺经和心经最多.前 30 味高频药物多为甘温补益药、辛散行气药.关联规则分析发现在不同主治疾病中以苓桂剂为核心的中药组合.聚类分析得到 4 类新的药物组合.茯苓常用剂量为10～30 g,桂枝常用剂量为10～15 g.通路富集显示茯苓、桂枝靶点基因主要富集在脂质与动脉粥样硬化、GPCR配体结合、钙离子信号通道、Toll样受体、IL-17 信号通路上.结论 含茯苓-桂枝的方剂以治疗水液代谢失常相关疾病(痰饮类病、水心病)为主,可温阳利水、燥湿化痰、通阳降逆,可能通过干预心血管系统与炎症通路发挥治疗作用.

目的 基于网络药理学初探表皮生长因子受体(EGFR)突变非小细胞肺癌(NSCLC)与酪氨酸激酶抑制剂(TKI)相关皮疹间的关联机制并预测潜在中药.方法 利用基因表达汇编数据库收集使用TKI厄洛替尼处理前后EGFR突变NSCLC细胞、正常成纤维细胞的基因芯片数据,用R 4.3.2软件limma包筛选差异表达基因,用venn包筛选交集靶基因,用ClusterProfiler包对差异表达基因及交集靶基因进行功能富集分析.通过CoreMine Medical数据库对交集靶基因进行潜在中药预测,统计性味归经,并利用分子对接方法进行验证.结果 筛选出 126个交集靶基因,基因本体、京都基因与基因组百科全书富集分析提示差异表达基因及交集靶基因均富集在染色体、纺锤体等区域,参与有丝分裂、DNA复制等生物学过程及DNA复制、溶酶体、细胞循环等相关信号通路.基因集富集分析显示厄洛替尼处理后,NSCLC细胞的趋化因子通路、核苷酸结合寡聚域样受体信号通路等被激活,成纤维细胞哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号通路、氨基酸代谢通路出现扰动.通过CoreMine Medical数据库预测了354种主要性属寒、温、平,味属苦、辛、甘,归胃、肺、肝经的中药.以黄芩为例筛选有实验支持的靶基因及对应活性成分并进行分子对接分析,发现靶基因与活性成分结合性能好.结论 EGFR突变NSCLC、TKI相关皮疹在发病机制上具有同源性,均涉及DNA复制、细胞循环等,可为EGFR突变NSCLC伴TKI相关皮疹患者的临证用药提供指导.

目的:基于数据挖掘和网络药理学，研究刘柏龄国医大师治疗颈椎病的用药规律，并探讨核心复方潜在的作用机制。方法:回顾性收集刘柏龄2011－2019年治疗颈椎病的处方，描述性分析药物使用频次及性味归经，运用RStudio进行药物层次聚类、关联规则分析，获取核心复方。运用TCMSP收集核心复方有效成分，运用Cytoscape 3.8.0构建“药物-成分-靶点”网络；检索GEO、DisGeNET、TTD HPO、GeneCards数据库获得颈椎病靶点数据集；使用STRING11.0平台构建蛋白质-蛋白质相互作用网络；通过DAVID平台进行GO富集和KEGG富集分析，运用Auto Dock软件进行分子对接。结果:共纳入844首方剂，涉及199味中药，其中药性以温、平、寒为主，药味以甘、辛、苦居多，主要归肝、脾、肾等经；关联规则分析得到由丹参、天麻、延胡索、泽泻、蜈蚣、黄芪、鸡矢藤、葛根8味药物组成的核心复方。筛选出核心复方有效成分140个，靶点247个，主要成分包括槲皮素、山柰酚、木犀草素、丹参酮IIA、β-谷甾醇等；得到核心复方治疗颈椎病的核心靶点13个，富集到Toll样受体信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路等30条通路。结论:刘柏龄国医大师治疗颈椎病着眼于虚和瘀的病理特点，治疗时以益气祛风、活血通络止痛为主，攻补兼施，其核心组方的作用机制可能集中在抑制炎症反应和缓解氧化应激，为临床治疗颈椎病提供指导和参考。

目的 运用数据挖掘和网络药理学技术探究王雪峰教授运用中药治疗小儿脑瘫的用药规律和潜在作用机制.方法 通过Excel、OriginPro 2021、IBM SPSS Modeler 18.0等软件整合王雪峰教授近年临床医案,对其进行数据挖掘,总结核心处方及用药规律;将核心处方通过BATMAN-TCM、GeneCards、OMIM、TTD等数据库提取核心药物和疾病的潜在基因靶点,通过Venny 2.1.0提取交集基因,其结果依次进行蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI)分析,基因本体分析以及信号通路富集分析,最后通过Cytoscape 3.7.2构建"药物-成分-靶点-通路-疾病"网络.结果 共纳入临床医案97则,涉及辨证论治处方97个,中药126味,其中21味高频中药,性味以温、甘、辛为主,主要归脾、肝、肺经;聚类分析得到5个有效聚类群;关联分析得到113条关联规则,并总结出王雪峰教授治疗脑瘫的核心处方为"白芍-甘草-大枣-黄芪-桂枝-茯苓";核心处方有效活性成分158个,涉及基因靶点621个,疾病靶点974个,药物与疾病交集靶点67个;PPI网络分析共得到67个节点,304条边,平均节点度值9.07;基因本体(gene ontology,GO)分析中涉及生物过程(biological process,BP)229条,细胞组成(cellular component,CC)57条,分子功能(molecular function,MF)59条.京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析出71条信号通路;复杂网络分析共有793个节点,2107条边,度值阈值为5.314,平均度值2.03.茯苓酸B(Poricoic Acid B)、芍药内酯苷(Albiflorin)以及乳酸菌素(Lactiflorin)可能是治疗脑瘫发挥关键作用的活性成分.结论 王雪峰教授治疗脑瘫从肝脾论治,以补虚扶正、和血通痹为治疗大法,选用黄芪桂枝五物汤为底方临证加减疗效确切,有理可依,有据可循.

目的 分析国家专利中药组方治疗骨质疏松症的用药规律并进行网络药理学分析.方法 在国家知识产权局网站中检索治疗慢骨质疏松的中药组方,规范药名后进行中药频数分析、性味归经分析,组方规律分析,药物靶点频数分析,k-means降维PPI分析、GO-BP生物学功能富集分析和KEGGPathway分析.结果 共纳入112项专利中药组方,涉及156味中药,其中淫羊藿的使用频次最高.药性以温性、平性、寒常见;五味多为甘、苦、辛;归经多归属肝经、肾经、脾经.关联规则分析提示常用的药对组合为牡蛎—淫羊藿,三七—当归,黄芪—淫羊藿等.核心靶点主要是AR、ESR1、ESR2、NR1I2、SHBG、VDR、NR3C1,GABRA家族和GABRG家族等.k-mean聚类分析PPI互作网络可降维成4类,与临床分型密切相关.GO和KEGG-Pathway分析表明中药复方主要通过神经活性配体-受体相互作用,氯化物跨膜转运,类固醇激素生物合成,碳水化合物的消化和多种物质成瘾的信号通路,通过消化吸收,神经信号和递质传递,类固醇的代谢,氯离子的转运等功能发挥防治骨质疏松症的作用.结论 结果表明中药治疗原发性骨质疏松症有规律可循,为中药治疗骨质疏松提供了理论依据,为中药的临床研究和基础研究提供了新的思路.

目的:挖掘从痰湿论治非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的处方用药规律,分析核心处方药物发挥作用的潜在机制.方法:搜集从痰湿论治NAFLD的临床研究文献,对处方药物的性味、归经进行系统聚类与关联规则分析.得出从痰湿论治NAFLD的核心处方后,检索数据库获取药物有效成分作用靶点及疾病靶点,二者取交集后在STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用关系网络,并在Cytoscape中对所有交集靶点进行评分以获取核心靶点.对关键靶点进行基因本体功能富集分析、京都基因和基因组百科全书通路富集分析,并将分析结果导入Cytoscape软件构建中药活性成分-靶点-疾病通路网络图.结果:筛选后共得到119 首方药,涉及 153 味药物,多为甘味、温性,以归肝、脾经多见.关联规则分析结果显示,山楂、茯苓、泽泻、白术、丹参、半夏和陈皮是治疗NAFLD的核心药物.聚类分析得到核心处方组合"山楂、决明子、泽泻、丹参、柴胡、郁金",网络药理学分析结果显示,核心处方与NAFLD交集靶点有 248 个,信号转导及转录激活因子 3 和细胞外基质致癌基因是从痰湿论治NAFLD最核心的靶点.叉头框O、肿瘤坏死因子和磷脂酰肌醇 3 激酶-蛋白激酶B信号通路等是从痰湿论治NAFLD的主要信号通路.甲基庚烯酮、槲皮素及山柰酚等是核心处方发挥作用的主要有效成分.结论:从痰湿论治NAFLD以甘味、温性药物为主,离不开对肝、脾的调理,山楂、茯苓、泽泻、白术、丹参、半夏和陈皮是从痰湿论治NAFLD的常用药物;从痰湿论治NAFLD的核心处方主要通过参与调节脂质代谢、炎症反应和氧化应激等生物学过程,发挥对NAFLD的治疗作用.

目的 基于数据挖掘、网络药理学方法,分析探讨治疗抑郁症的中药复方专利用药规律以及核心药物的分子作用机制.方法 通过中国专利公布公告网检索获得治疗抑郁症的中药复方,提取中药名称、药味、药性、归经等信息,借助Microsoft Excel 2016、SPSS Modeler 18.0、Cytoscape 3.9.1、中医传承计算平台V3.5软件,对中药进行用药频次、性味归经、关联规则分析,并筛选出核心药物.在数据挖掘基础上,借助中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)获取核心药物的活性成分并预测其作用靶点;通过DisGeNET、GeneCards数据库收集抑郁症靶点,并利用EVenn在线平台获得核心药物治疗抑郁症的潜在靶点;通过STRING 11.5数据库分析蛋白-蛋白相互作用(PPI)及关键靶点网络;借助Cytoscape 3.9.1软件构建核心药物-成分-潜在靶点-通路网络;利用R软件包org.Hs.eg.db(version 3.1.0)和ClusterProfiler(version 3.14.3)对潜在靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.结果 ①本研究共收集303首中药复方、涉及中药663味,其中使用频次≥30次的中药有26味,共出现1 469次,占总频次的39.93%.②本研究涉及的663味中药的药性以温、寒、平为主,药味以甘、苦、辛为主,归经以肝、心、脾、肺、肾、胃为主.③关联规则显示,中药复方治疗抑郁症常用药物组合有15组,涉及中药有当归、柴胡、甘草、郁金、白芍、茯苓等.④网络药理学分析结果显示,中药复方核心药物当归、柴胡、甘草、郁金、酸枣仁、白芍、茯苓的主要活性成分可能是植物甾醇、茯苓酸D、胡萝卜苷、芍药吉酮和当药黄素,这些成分可能作用于非受体酪氨酸蛋白激酶(SRC)、V-Rel网状内皮增生病毒癌基因同源物A(RELA)、蛋白激酶B(AKT)1等关键靶点,并通过调控白介素-17(IL-17)、C型凝集素受体(CLRs)、肿瘤坏死因子(TNF)、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/AKT等多条信号通路发挥作用.结论 治疗抑郁症的中药复方专利主要涉及疏肝药、理气药、补血药,核心药物有当归、柴胡、甘草、郁金、酸枣仁、白芍、茯苓;其作用机制可能主要与免疫系统信号通路以及神经炎症相关.

目的:利用整合药理学和转录组学方法,构建肝细胞癌与胆管癌共同差异微RNA(miRNA)调控网络,并对关键靶点进行中药预测分析.方法:从 GEO数据库获取肝细胞癌、胆管癌芯片数据集,借助在线分析工具 GEO2R分析出差异表达 miRNA(DEMs)并对其取交集,得到共同DEMs,分别运用FunRich和miRNet软件预测上游转录因子及下游靶基因,并利用DAVID数据库对靶基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.借助STRING数据库和Cytoscape 3.9.1 软件筛选关键基因(hubGenes)并构建 miRNA-hubGenes 网络.运用 UALCAN、Kaplan Meier-plotter 和 Coremin Medical数据库对关键基因进行差异表达、总体生存率及相关中药预测分析.结果:肝细胞癌筛选出 14 个DEMs,胆管癌筛选出104 个DEMs,miR-199a-5p为两者共同DEMs,涉及28 个上调转录因子,166 个下游靶基因;富集分析结果显示,这些靶基因参与肿瘤细胞凋亡、增殖、间质转变和迁移等生物过程,主要通过癌症通路、FoxO信号通路、丝裂原激活的蛋白激酶信号通路以及磷脂酰肌醇 3 激酶-蛋白激酶B信号通路发挥作用;核心靶点关联中药性味偏微寒,主归肝经,关联最为密切的中药为丹参.结论:miR-199a-5p是肝细胞癌与胆管癌之间重要调控miRNA,丹参干预关键基因出现频次较多,与研究报道基本相符,可为后续肝胆癌机制研究和临床应用提供依据与参考.

目的 探讨杨丽新教授治疗抽动障碍的用药规律及作用机制.方法 搜集杨丽新教授 2016 年于广东省中医院儿科门诊治疗抽动障碍的病历资料,运用"中医传承辅助平台(V2.5)"对中药数据进行频数分析和关联度分析,获取核心组方,并根据结果进行网络药理学分析.用TCMSP、ETCM、TCMID、Batman等数据库筛选核心处方中药活性成分,利用Genecard、Drugbank等数据库获取抽动障碍相关疾病靶点并生成韦恩图,得到药物-疾病交集靶点并上传至STRING,使用Cytoscape 3.7.2 构建核心网络.运用Metascape数据库对共同靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析.运用AutoDock vina和Pyrx软件进行分子对接,进一步筛选核心处方治疗抽动障碍的核心靶点.结果 共录入 3 443 个病例,处方涉及 77 味中药,高频药物 10 味,寒性药物运用最多,多归肺经、脾经,性味以辛、甘、苦多见;关联规则得到 32 条数据,聚类分析得到 4 组核心组合.7 种核心药物(陈皮、甘草、法半夏、竹茹、茯苓、牡蛎及钩藤)中的核心活性成分 145 个,靶点基因 220 个,疾病靶点 1 290 个,药物-疾病共同靶点共 58 个.GO功能富集条目 422 条,生物过程 304 条,细胞过程 44 条,分子功能 74 条,生物功能 186 条,KEGG富集通路 68 条.主要活性成分有山柰酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、刺芒柄花素、β-豆甾醇等,作用于SLC6A4、SLC6A3、HTR2A、HTR2C等靶点,通过神经活性配体-受体相互作用、血清素神经突触、cGMP-PKG等关键信号通路进行调节实现.分子对接结果显示主要活性成分与核心靶点有强烈的结合活性.结论 通过数据挖掘、网络药理学分析和分子对接得出杨丽新教授治疗抽动障碍组方用药规律及作用机制,可为治疗抽动障碍的新方组合提供思路.