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LAMA3 DNA甲基化对卵巢上皮性癌铂耐药及预后影响的生物信息学和临床分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨层粘连蛋白α3(LAMA3)DNA甲基化对卵巢上皮性癌(卵巢癌)铂耐药及预后的影响及可能的机制。方法:(1)通过数据库中生物信息学数据分析LAMA3 DNA甲基化水平与卵巢癌铂耐药的关系。(2)选取2000年1月至2012年12月在广西医科大学附属肿瘤医院诊治的卵巢癌患者共67例(包括铂耐药组35例和铂敏感组32例),采用焦磷酸测序技术检测两组卵巢癌组织中LAMA3 DNA甲基化水平,探讨其对卵巢癌患者铂耐药及预后的诊断效能,并进一步分析其对卵巢癌铂耐药患者化疗效果及预后的影响。结果:(1)从基因互作检索平台(STRING)数据库中筛选出与LAMA3高度互作的10个蛋白,包括层粘连蛋白β(LAMB)3、层粘连蛋白γ(LAMC)3、整合素α(ITGA)6、整联蛋白β4(ITGB4)、ITGA3、LAMC1、LAMB2、肌营养不良蛋白关联糖蛋白1(DAG1)、LAMB1、17型胶原蛋白α1链(COL17A1)蛋白;京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析显示,LAMA3及其相关互作蛋白通过细胞凋亡、细胞周期、DNA损伤反应、上皮间质转化(EMT)、雄激素受体(AR)、雌激素受体(ER)、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)、大鼠肉瘤癌基因(RAS)/有丝分裂原活化蛋白激酶(MAPK)、受体酪氨酸激酶(RTK)、结节性硬化症蛋白复合体(TSC)/雷帕霉素靶蛋白(mTOR)等信号通路,参与恶性肿瘤发生、发展过程的调控,其表达水平与卵巢癌顺铂等化疗药物的敏感性相关。(2)本院临床数据分析发现,铂耐药组、铂敏感组卵巢癌组织中LAMA3 DNA甲基化水平分别为71%(25/35)、69%(22/32),两组比较,差异无统计学意义( χ2=0.057, P=0.811);LAMA3 DNA甲基化水平判断卵巢癌铂耐药的曲线下面积(AUC)为0.601,预测患者预后的AUC值为0.686。LAMA3 DNA高甲基化铂耐药卵巢癌患者(24例)的化疗效果较低甲基化铂敏感患者(15例)更差[有效率分别为50%(12/24)和15/15; χ2=10.833, P=0.001],且LAMA3 DNA甲基化水平对卵巢癌患者的无进展生存时间和总生存时间均有显著影响( P均<0.05)。 结论:LAMA3 DNA甲基化水平对卵巢癌患者的铂耐药及预后具有一定的诊断和预测价值,可能与卵巢癌的调控机制、铂耐药及预后存在密切联系。
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编辑人员丨6天前
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极低频电磁场辐射干扰后小鼠成纤维细胞转录组测序的生物信息学分析
编辑人员丨6天前
目的:通过高通量测序技术分析极低频电磁场(ELF-EMFs)辐射干扰小鼠成纤维细胞后转录组的变化情况,并筛选出可能参与ELF-EMFs调控成纤维细胞生长的相关通路及基因。方法:将小鼠NIH/3T3细胞分为电磁辐射组和正常对照组,电磁辐射组细胞置于0.2 mT、50 Hz的电磁辐射系统中,正常对照组置于同等条件未通电的相同线圈系统中,于细胞培养箱中培养24 h后收集细胞,提取RNA。采用第2代高通量测序技术对2个组进行转录组测序,对筛选的差异基因进行基因功能注释及信号通路数据库分析。筛选出部分高表达基因进行实时荧光定量PCR验证。结果:本次转录组测序共鉴定出17 980个基因,筛选出140个有显著差异的基因,其中上调120个,下调20个。差异基因富集在酶的催化活性、细胞代谢过程、生物调控、生物合成等方面。京都基因与基因组百科全书分析结果显示,差异基因主要涉及55条通路,富集显著的10条通路集中于氨酰基-tRNA的生物合成、血小板活化、神经营养蛋白信号通路、肾素-血管紧张素系统等,与细胞的生物合成密切相关,进一步从中筛选出可能参与细胞辐射后应激的差异基因,包括有丝分裂原激活的蛋白激酶12( MAPK12)、神经营养性酪氨酸激酶受体3型( NTRK3)、2型血管紧张素Ⅱ受体( AGTR2)、血管内皮生长因子( VEGF)等。实时荧光定量PCR结果显示,电磁辐射组MAPK12、NTRK3、AGTR2、VEGF mRNA相对表达量分别为2.389±0.003、2.481±0.350、2.354±0.081和1.559±0.110,明显高于正常对照组的1.011±0.190、1.011±0.180、1.007±0.150、1.008±0.153,差异均有统计学意义( t=12.540、6.309、13.710、3.078,均 P<0.05)。 结论:ELF-EMFs干扰小鼠成纤维细胞后, MAPK12、 NTRK3、 AGTR2、 VEGF等基因表达明显上调,主要涉及神经营养蛋白信号通路、肾素-血管紧张素系统等通路,这部分基因及通路可能是ELF-EMFs影响成纤维细胞的主要途径。
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编辑人员丨6天前
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脂联素调控丝裂原活化蛋白激酶/细胞外信号调节激酶对大鼠滑膜细胞代谢能力的分子机制
编辑人员丨6天前
目的:探讨脂联素(AD)调控滑膜细胞产生炎性因子进而诱发骨关节炎(OA)。方法:采用细胞计数试剂盒(CCK-8)检测刺激细胞的最适加药浓度;通过荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)/细胞外信号调节激酶(ERK)通路标志基因如促分裂原活化的蛋白激酶(MEK)、丝裂原活化蛋白激酶(ERK1/2)的表达变化。蛋白质印迹法(Western blot)分析AD的刺激对ERK1/2、p38的磷酸化作用;酶联免疫吸附测定(ELISA)法测定AD作用后滑膜细胞炎性因子的产量。多个样本比较采用单因素方差分析。结果:AD(1 μg/ml)可显著对滑膜细胞产生增殖抑制作用( F=136.900、11.930, P<0.05);荧光定量PCR结果显示,与对照组比较,AD可上调MEK及ERK基因表达(1.026±0.072、2.926±0.158, t=21.910, P<0.05;0.960±0.194、5.433±0.532, t=15.810, P<0.05);Western blot结果表明,与对照组比较,AD可刺激滑膜细胞增加ERK1/2、p38的磷酸化(0.488±0.083、1.152±0.050, t=11.860, P<0.05;0.407±0.014、1.312±0.063, t=24.370, P<0.05);ELISA法结果显示,AD可显著促进由趋化蛋白引起的下游炎性因子如白细胞介素(IL)-1β、IL-6、基质金属蛋白酶(MMP)-3和MMP-13、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)的产生[(15.077±0.884)、(69.947±2.950) pg/ml、(9.225±0.323)、(134.925±15.02) ng/ml、(93.055±6.073) pg/ml],与对照组比较,差异有统计学意义( t=3.239、4.838、5.312、4.366、3.292, P<0.05),与抑制剂组比较,差异有统计学意义( t=2.275、6.251、4.331、1.221、3.456, P<0.05)。 结论:AD可通过影响MAPK/ERK信号通路来增强滑膜细胞炎性因子的产生。
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编辑人员丨6天前
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基于促分裂素原活化蛋白激酶通路影响骨代谢相关中药的研究进展
编辑人员丨6天前
骨质疏松症(OP)是由于骨吸收大于骨形成,导致骨量减少、骨质结构变差的一种全身骨代谢性疾病,其并发症导致的致残率、致死率已成为全球公共难题。促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)是调节和维持细胞能量平衡的重要分子,与骨稳态的保持有着密切的联系。从临床实践来看,中医药防治OP具有明显的优势,然而关于祖国传统医学基于该信号通路治疗OP的调节机制仍然缺乏相对全面且系统的归纳总结。因此,基于MAPK信号通路在骨代谢的调节机制,从单味中药及中药复方的角度综述防治OP的作用机制,以期为今后OP相关基础及临床研究提供理论依据。
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编辑人员丨6天前
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LAMC3低表达与卵巢上皮性癌不良预后的相关性研究
编辑人员丨6天前
目的:探讨层粘连蛋白γ3亚基(LAMC3)表达与卵巢上皮性癌(卵巢癌)患者不良预后的相关性。方法:应用免疫组化SP法检测卵巢癌组织(包括商品化标本和本研究标本)中LAMC3蛋白的表达,其中商品化标本为购买的卵巢组织微阵列芯片(包括208份卵巢癌组织和8份癌旁正常卵巢组织)、本研究标本为2005年4月至2012年12月在广西医科大学附属肿瘤医院手术治疗的51份Ⅰc~Ⅳ期卵巢癌组织标本(包括24份化疗耐药组织和27份化疗敏感组织);使用癌症基因组图谱(TCGA)队列数据(489份卵巢癌组织)及临床蛋白质组学肿瘤分析协作组(CPTAC)蛋白质组学数据库(包括100份卵巢癌组织和25份癌旁正常卵巢组织)等开放数据对LAMC3表达与卵巢癌患者预后的相关性进行分析;Pearson χ2检验(双侧)分析本研究标本(51份卵巢癌组织)及TCGA队列数据(489份卵巢癌组织)中LAMC3表达与临床病理指标的相关性;Kaplan-Meier法绘制生存曲线,分析LAMC3表达与无疾病生存时间(DFS)和总生存时间(OS)的关系;采用共表达基因的通路富集和功能聚类分析,探讨LAMC3调控卵巢癌患者预后的可能分子机制。 结果:商品化标本和本研究标本的免疫组化SP法检测结果及CPTAC蛋白质组学数据库中的数据显示,与癌旁正常卵巢组织、早期(Ⅰ~Ⅱ期)卵巢癌组织及卵巢癌化疗敏感组织相比,LAMC3表达在卵巢癌组织、晚期(Ⅲ~Ⅳ期)卵巢癌组织及卵巢癌化疗耐药组织中均显著下调( P<0.05);且在本研究标本(51份卵巢癌组织)中,LAMC3蛋白低表达与卵巢癌患者的不良DFS及OS显著相关( P<0.01),而这一结果在TCGA队列数据(489份卵巢癌组织)中进一步得到验证,发现LAMC3 mRNA低表达也与不良DFS及OS显著相关( P<0.05)。基于TCGA队列数据(489份卵巢癌组织)中LAMC3共表达基因的通路富集和功能聚类分析表明,卵巢癌中LAMC3基因潜在调控Ras相关蛋白1(Rap1)、有丝分裂原活化蛋白激酶(MAPK)、Ras等癌基因信号通路及细胞外基质(ECM)-受体相互作用和黏着斑等细胞黏附相关通路,进而影响卵巢癌的进展和患者的不良预后。 结论:LAMC3低表达与卵巢癌患者的不良预后和肿瘤进展相关,有望作为新的卵巢癌治疗靶点和预后标志物应用于临床。
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编辑人员丨6天前
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基于有丝分裂原活化蛋白激酶信号通路探讨谷胱甘肽对肝损伤小鼠的保护作用
编辑人员丨6天前
目的:探讨谷胱甘肽对肝损伤小鼠的保护作用及机制。方法:45只小鼠随机分为正常组、模型组和谷胱甘肽组,分别经生理盐水、生理盐水和还原型谷胱甘肽灌胃,灌胃后模型组和谷胱甘肽组腹腔注射四氯化碳橄榄油溶液建模,正常组腹腔注射等剂量生理盐水。24 h后麻醉取血,采用HE染色和VG染色观察肝左叶结构,比较血清ALT、AST、HA、Hyp水平及肝组织p38、p-p38、ERK1/2、p-ERK1/2、JNK1/2、p-JNK1/2蛋白表达水平。结果:正常组肝细胞形态、结构、肝小叶均正常,模型组可见炎细胞浸润,肝小叶破坏,谷胱甘肽组可见少量炎细胞浸润、胶原纤维增生;模型组肝指数(4.37±0.73)%高于正常组(3.24±0.72)%和谷胱甘肽组(3.32±0.22)%( P<0.05);血清ALT、AST、HA、Hyp比较模型组>谷胱甘肽组>正常组( P<0.05);模型组p-p38/p38(0.0596±0.0092)、p-ERK1/2/ERK1/2(0.1123±0.0109)、p-JNK1/2/JNK1/2(0.5257±0.0082)均>谷胱甘肽组(0.0503±0.0152)、(0.0930±0.0109)、(0.3876±0.0482)>正常组(0.0327±0.0038)、(0.0614±0.0127)、(0.2760±0.0192)( P<0.05)。 结论:还原型谷胱甘肽可减轻急性肝损伤所致的肝细胞损伤,抑制纤维化,其机制可能与抑制有丝分裂原活化蛋白激酶通路,调控p-p38、p-ERK1/2、p-JNK1/2蛋白表达水平有关。
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编辑人员丨6天前
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银屑病相关信号通路的中药调控研究进展
编辑人员丨2024/7/27
银屑病作为慢性炎症性皮肤病,其病因病机复杂,难以根治.银屑病发病过程是受多条信号转导通路调控的复杂进程,而中药具有多生物活性成分、多靶点、多通路协同的作用优势,能够通过多途径影响银屑病人类永生化角质形成细胞(HaCaT)的增殖,细胞凋亡及分化过程,发挥抗炎、抗氧化作用,达到防治银屑病的目的.文章通过对中药单体和复方干预银屑病相关国内外文献进行查阅,重点整理中药单体及复方调控有丝分裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、核因子kappa B(nuclear factor kappa B,NF-κB)、Janus激酶/信号转导和转录激活因子(janus kinase/signal transduction and transcriptional activator protein,JAK-STAT)、磷脂酰肌醇3-激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)和哺乳动物雷帕霉素靶标(mammalian target of rapamycin,mTOR)、Wnt/β连环蛋白(β-catenin)、Notch等信号通路防治银屑病的相关研究进行综述,以期为进一步深入研究和临床应用中药防治银屑病提供新的思路.
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编辑人员丨2024/7/27
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抑制长链非编码RNA MALAT1对糖脂毒性诱导的内皮细胞功能障碍的影响及可能机制
编辑人员丨2024/3/23
目的:探讨糖脂毒性环境中抑制长链非编码RNA(lnc RNA)人类肺腺癌转移相关转录本 1(MALAT1)的表达水平对人脐静脉内皮细胞功能影响的分子机制.方法:用葡萄糖和棕榈酸处理人脐静脉内皮细胞,建立体外糖脂毒性内皮细胞模型,并分为对照组、高糖高脂组、高糖高脂对照组以及小干扰RNA(si-RNA)干预的高糖高脂+si-MALAT1 组、高糖高脂+si-丝裂原活化蛋白激酶 1(si-MAPK1)组.应用实时荧光定量PCR检测MALAT1、MAPK1 的mRNA表达水平;蛋白免疫印迹法检测自噬、线粒体融合分裂、凋亡、通路相关蛋白的表达水平;免疫荧光共聚焦定位检测自噬及溶酶体相关蛋白的荧光共定位情况;透射电镜观察内皮细胞中自噬溶酶体的数目;线粒体探针染色检测线粒体形态;免疫荧光检测细胞内活性氧(ROS)的产生;流式细胞仪检测各组细胞的凋亡;细胞增殖及划痕实验检测不同时间点各组细胞的增殖及迁移能力;血管形成试验检测各组细胞中新生血管数量.结果:与对照组相比,高糖高脂组、高糖高脂对照组的MALAT1 mRNA、磷酸化的丝裂原活化蛋白激酶 1(p-MAPK1)的表达水平增加,磷酸化的哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(p-mTOR)的表达水平下降,P均<0.05.与高糖高脂对照组相比,高糖高脂+si-MALAT1 组微管相关蛋白 1A/1B-轻链 3(LC3)、螯合体 1(p62)、ROS、剪切后活化的半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶-3(cleaved caspase-3)、BCL-2 相关X蛋白(BAX)、p-MAPK1 的表达水平均下降,线粒体融合蛋白视神经萎缩蛋白 1(OPA1)、BCL-2、p-mTOR的表达水平均增加,P均<0.05;LC3 和溶酶体相关膜蛋白 2(LAMP2)蛋白的荧光共定位阳性颗粒增加(P均<0.01),溶酶体数目减少;细胞增殖、迁移、成管能力均增加(P均<0.01).与高糖高脂对照组相比,高糖高脂+si-MAPK1组内皮细胞中p-MAPK1的表达下降,p-mTOR的表达上升(P均<0.01).结论:抑制MALAT1 表达,可降低糖脂毒性环境中线粒体的自噬水平,减少内皮细胞的凋亡及改善内皮细胞的功能,可能与调节MAPK1/mTOR信号通路有关.
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编辑人员丨2024/3/23
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基于网络药理学和分子对接技术分析大血藤-败酱草抗结直肠癌的作用机制
编辑人员丨2024/3/16
目的 采用网络药理学和分子对接技术分析大血藤-败酱草抗结直肠癌的分子机制.方法 首先采用公共数据库挖掘大血藤-败酱草的相关活性成分和靶点以及结直肠癌的相关靶点,筛选出结直肠癌治疗的潜在靶点.然后进行中药-成分-靶点网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,采用基因本位(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析治疗结直肠癌涉及的分子功能、细胞成分、生物过程及相关通路,并构建靶点-通路网络,筛选结直肠癌治疗的关键靶点.最后采用分子对接技术评价关键成分与靶点的亲和力.结果 大血藤-败酱草治疗结直肠癌的成分主要是芹菜素、槲皮素、大黄素等,涉及促分裂原活化的蛋白激酶(MAPK)1、MAPK3、蛋白激酶B丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、磷脂酰肌醇-4,5二磷酸3-激酶催化亚单位α(PIK3CA)等多个靶点.GO分析主要富集于蛋白质磷酸化、蛋白激酶活性、转录调控复合物等方面;KEGG通路富集分析显示,癌症通路、表皮生长因子受体(EGFR)-酪氨酸激酶抑制剂(TKI)耐药性、磷脂酰肌醇-3-羟激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)信号通路等均是结直肠癌治疗的重要通路.芹菜素、槲皮素、大黄素与MAPK1、MAPK3和PIK3CA均有强烈亲和力,与AKT1亲和力较好,芹菜素-PIK3CA、槲皮素-MAPK1、大黄素-PIK3CA能够形成相对稳定的复合物.结论 大血藤-败酱草可能通过抑制MAPK1、MAPK3、和PIK3CA靶蛋白的表达,通过调控PI3K/AKT、MAPK信号通路介导的细胞增殖、迁移和凋亡等过程发挥抗结直肠癌作用.
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编辑人员丨2024/3/16
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M1巨噬细胞培养液经ERK/Notch1通路对MCF-7细胞EMT的影响
编辑人员丨2024/2/3
目的 探讨M1巨噬细胞条件培养液对乳腺癌细胞上皮-间质转换(EMT)的影响、及EMK/Notch1通路在其中的介导作用.方法 将MCF-7细胞分为RPMI-1640组(RPMI-1640纯培养基)、M1-CM组(M1巨噬细胞条件培养液)、M1-CM+DAPT 组(M1-CM 联合 50 μmol/L DAPT)及 M1-CM+U0126 组(M1-CM 联合 10 μmol/L U0126),采用划痕实验和侵袭实验(Transwell)检测MCF-7细胞迁移和侵袭能力,采用蛋白印迹(Western blot)实验检测MCF-7细胞蛋白水平表达.结果 与RPMI-1640组相比,M1-CM组MCF-7细胞迁移率及侵袭率均增加(P<0.05)、上皮标志物E-cad蛋白表达水平下调(P<0.05)、间质标志物FN及Vim蛋白表达水平上调(P<0.05);与M1-CM组相比,M1-CM+U0126组及M1-CM+DAPT组MCF-7细胞迁移率及侵袭率均降低、E-cad蛋白表达水平上调(P<0.05)、FN及Vim蛋白表达水平下调(P<0.05);与M1-CM组比较,M1-CM+U0126组Notch信号通路Notch1蛋白、其靶基因Hes1蛋白表达均被显著抑制(P<0.05),M1-CM+DAPT组ERK磷酸化未被抑制(P>0.05).结论 M1巨噬细胞条件培养液促进MCF-7细胞EMT,该效应可能与ERK/Notch1信号通路活动有关.
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编辑人员丨2024/2/3
