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矽肺早期炎症中环状RNA氮6-腺苷酸甲基化修饰差异
编辑人员丨1天前
目的:探究矽肺早期炎症中环状RNA(circRNA)的氮6-腺苷酸甲基化修饰(m6A)差异,分析circRNA参与矽肺进程的分子机制。方法:体外培养人单核细胞系(THP-1)诱导的巨噬细胞,蛋白免疫印迹法(Western blot)检测巨噬细胞活化标志物,细胞计数试剂盒8(CCK8)法检测细胞活力,确定二氧化硅(SiO 2)刺激浓度。比色法测定矽肺模型中总RNA的m6A甲基化修饰变化,检测m6A甲基化酶、去甲基酶和阅读蛋白表达情况。Arraystar m6A-circRNA表观转录组芯片检测二氧化硅模型组和对照组小鼠肺组织中m6A修饰差异表达的circRNA,并用荧光实时定量PCR(RT-qPCR)验证遴选出高表达circRNA。 结果:SiO 2浓度为50 μg/cm 2时对THP-1诱导的巨噬细胞活化标志物和细胞活性影响最为明显( P<0.05)。与对照组比较,SiO 2引起小鼠原代巨噬细胞和THP-1诱导的巨噬细胞总RNA的m6A水平升高,甲基化酶METTL3和阅读蛋白YTDHF3表达量明显升高,差异均有统计学意义( P<0.05)。与对照组比较,矽肺模型小鼠肺中132个circRNA的m6A甲基化修饰水平升高,296个circ RNA的m6A甲基化修饰水平下降,基于基础表达量筛选得到靶标-circSLC2A13;SiO 2引起巨噬细胞中circSLC2A13的表达和m6A化修饰明显升高( P<0.05)。 结论:矽肺早期炎症阶段存在RNA的m6A甲基化修饰异常现象,其中circSLC2A13的m6A甲基化修饰参与矽肺早期炎症中巨噬细胞的激活。
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编辑人员丨1天前
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N6-甲基腺苷修饰在肿瘤及病毒感染中的研究进展
编辑人员丨1天前
表观转录组学代表核糖核酸(RNA)修饰的基因转录后水平调控,参与调控真核生物基因的表达。RNA修饰多存在于真核生物中,方式众多,具有重要功能,其中N6-甲基腺苷(m6A)修饰是真核生物RNA序列中信使RNA(mRNA)上最常见的一种修饰,表现为甲基转移酶催化腺嘌呤在6号氮原子位置发生甲基化修饰,它通过"写入器"、"擦除器"、"阅读器"三类分子生物精准调控来维持动态平衡。m6A修饰与组织发育、生物钟、脱氧核糖核苷酸(DNA)损伤反应、性别决定、肿瘤的发生发展密切相关。人类肿瘤细胞中m6A修饰通过调控多种癌基因和抑癌基因,对肿瘤的发生、发展、增殖、侵袭、转移和免疫应答有重要影响。因此,肿瘤细胞的m6A修饰有望成为一个潜在的抗癌治疗靶点,这对于阐明肿瘤机制和临床治疗具有重要意义。本文还讨论了m6A修饰与病毒感染的关系,包括严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)感染,这种新发现的病毒导致了2019年12月以来的2019冠状病毒病(COVID-19)全球大流行。
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编辑人员丨1天前
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WTAP通过调节BMI1 mRNA的m6A修饰促进胶质瘤细胞增殖和有氧糖酵解
编辑人员丨2023/9/2
背景与目的:甲基转移酶Wilms瘤1-相关蛋白(Wilms'tumor 1-associating protein,WTAP)被证实在肿瘤中发挥重要作用,本研究旨在从N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)修饰的角度探讨WTAP在胶质瘤发生、发展过程中的作用及其机制.方法:通过芯片筛选胶质瘤中差异表达的m6A调节因子,采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,RTFQ-PCR)和蛋白质印迹法(Western blot)评估WTAP/B细胞特异性莫洛尼氏鼠白血病病毒整合位点1(B cell-specific Moloney murine leukemia virus integration site 1,BMI1)在胶质瘤组织和细胞系中的表达.借助四甲基偶氮唑盐(methyl thiazoyl terazolium,MTT)探究WTAP/BMI1对胶质瘤细胞增殖的作用.采用细胞外酸化率(extracellular acidification rate,ECAR)试剂盒、葡萄糖消耗及乳酸生成检测试剂盒评估胶质瘤细胞有氧糖酵解情况.结果:相对于正常组织,WTAP、BMI1在胶质瘤组织中表达上调.此外,相对于HEB细胞中的WTAP(1.01±0.13)和BMI1(1.02±0.11)表达,U251细胞中的WTAP(2.38±0.17)、BMI1(2.25±0.14)表达增强(P均<0.05).敲减WTAP在体外能抑制细胞增殖和糖酵解能力,而过表达WTAP则显示相反效果.过表达WTAP对胶质瘤细胞增殖、糖酵解的作用能被敲减BMI1部分挽救(P均<0.05).在机制上,WTAP促进BMI1的m6A甲基化修饰,使BMI1 mRNA的稳定性增强(P均<0.05).结论:WTAP能以m6A甲基化依赖方式促进BMI1表达,从而促进胶质瘤细胞增殖和有氧糖酵解,靶向WTAP的分子治疗手段可能为改善胶质瘤治疗效果提供新方向.
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编辑人员丨2023/9/2
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m6A修饰及其在胚胎发育过程中的生物学功能
编辑人员丨2023/8/5
N6-腺苷酸甲基化(N6-methyladenosine,m6A)是RNA腺嘌呤第6位氮原子上的甲基化修饰,它是真核细胞信使RNA(messenger RNA,mRNA)中最常见的内部修饰之一,也是RNA修饰中研究最为透彻的一种.m6A修饰可以被甲基转移酶和去甲基化酶动态可逆修饰,也可以被阅读蛋白识别进而发挥特定生物学效应.随着研究m6A修饰技术的不断丰富与完善,其在真核生物中的生物学功能将被逐步阐明.已有研究表明m6A修饰在哺乳动物胚胎发育过程中发挥着重要的作用,其修饰异常会导致一系列疾病的发生.本文主要综述了调控m6A修饰的蛋白因子、m6A修饰的分析检测技术及其异常修饰对胚胎发育的影响,为胚胎发育异常的预防和诊疗提供新的研究方向.
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编辑人员丨2023/8/5
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砷致人胚肺成纤维细胞氧化应激过程中m6A修饰的变化
编辑人员丨2023/8/5
[背景]砷可以通过触发氧化应激对机体产生毒作用,这一过程伴随表观遗传修饰的改变.[目的]探讨亚砷酸钠(NaAsO2)引起人胚肺成纤维细胞(HELF)氧化应激过程中的N6-甲基腺苷(m6A)修饰变化.[方法]使用不同浓度的NaAsO2(0、2.5、5、10、20μmol·L–1)处理HELF细胞48 h,采用3-(4,5-二甲基噻唑-2)-2,5-二苯基四氮唑溴盐(MTS)法检测细胞活力;使用相应试剂盒检测氧化应激因子总超氧化物歧化酶(T-SOD)、谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)的活性以及丙二醛(MDA)的含量;酶联免疫吸附法检测细胞总RNA中的m6A甲基化水平;实时荧光定量PCR法检测m6A修饰酶:甲基转移酶样3(METTL3)、甲基转移酶样14(METTL14)、肾母细胞瘤1关联蛋白(WTAP)、脂肪量与肥胖相关蛋白(FTO)、Fe(II)和α-KG依赖的双加氧酶AlkB家族成员5(ALKBH5)、YTH结构域蛋白2(YTHDC2)、YTH结构域家族蛋白2(YTHDF2)、YTH结构域家族蛋白3(YTHDF3)的mRNA表达情况;Western blotting法检测METTL3、FTO、YTHDC2、YTHDF3、核因子E2相关因子2(NRF2)的蛋白表达情况.采用RNA甲基化免疫共沉淀-实时荧光定量PCR法(MeRIP-qPCR)检测NRF2 mRNA中m6A的富集情况.[结果]使用0、2.5、5、10、20μmol·L?1 NaAsO2处理细胞后,MTS实验结果显示,相较于对照组,20μmol·L?1组的细胞活力降低至84%(P<0.05).比色法检测结果显示,相较于对照组,10、20μmol·L?1组T-SOD活性降低(均P<0.05);2.5、10μmol·L?1组GSH-Px活性降低(均P<0.05);10、20μmol·L–1组MDA含量升高(均P<0.05).酶联免疫吸附法结果显示,0、2.5、5、10、20μmol·L–1组总体m6A甲基化水平依次为(0.193±0.023)%、(0.247±0.021)%、(0.253±0.006)%、(0.233±0.006)%、(0.262±0.010)%,相较于对照组,各组m6A甲基化水平均升高(均P<0.05).实时荧光定量PCR结果显示,相较于对照组,METTL3的mRNA相对表达量在NaAsO2浓度为2.5、10、20μmol·L–1时降低(均P<0.05),FTO的mRNA相对表达量在NaAsO2浓度为20μmol·L–1时降低(P<0.05),YTHDC2的mRNA相对表达量在NaAsO2浓度为10、20μmol·L–1时升高(均P<0.05),YTHDF3的mRNA相对表达量在NaAsO2浓度为2.5、10、20μmol·L–1时升高(均P<0.05).Western blotting结果显示,相较于对照组,METTL3的蛋白相对表达量在NaAsO2浓度为10、20μmol·L–1时降低(均P<0.05),FTO的蛋白相对表达量在NaAsO2浓度为5、20μmol·L–1时降低(均P<0.05),YTHDC2的蛋白相对表达量在NaAsO2浓度为20μmol·L–1时降低(P<0.05),NRF2的胞核蛋白相对表达量在NaAsO2浓度为10、20μmol·L–1时降低(均P<0.05).MeRIP-qPCR结果显示,相较于对照组,20μmol·L–1 NaAsO2暴露组的m6A富集比例明显增加(P<0.05).过表达FTO后,FTO组FTO的mRNA及蛋白相对表达量较对照组升高,NRF2的胞核蛋白相对表达量较对照组升高(均P<0.05);NaAsO2+FTO组的FTO的mRNA及蛋白相对表达量较NaAsO2组明显升高(均P<0.05),NRF2的胞核蛋白相对表达量较NaAsO2组升高(P<0.05).[结论]NaAsO2引起HELF细胞发生氧化应激过程中,总体m6A甲基化程度、m6A修饰酶、NRF2 mRNA的m6A修饰以及NRF2的表达发生变化.
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编辑人员丨2023/8/5
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甲基转移酶3调控pri-miR-21甲基化修饰在糖尿病肾病肾脏纤维化中的作用
编辑人员丨2023/8/5
目的·探讨甲基转移酶3(methyltransferase like 3,METTL3)调控pri-miR-21 的N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)甲基化修饰在糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)小鼠肾脏纤维化发病机制中的作用.方法·采用8周龄雄性db/db小鼠作为DN模型小鼠,db/m小鼠作为对照,同时按照是否经尾静脉注射S-腺苷高半胱氨酸水解酶抑制剂3-脱氮腺苷(3-deazaadenosine,DAA),共随机分为 4 组(5 只/组),分别为 db/m组、db/db组、db/m+DAA组和db/db+DAA组;8 周龄开始注射DAA,注射1次/5d,共注射8次.DAA干预结束后继续饲养小鼠至19周龄,收取各组小鼠血、尿、肾脏组织标本.检测血糖、血肌酐、尿白蛋白肌酐比(albumin-to-creatinine ratio,ACR),肾脏行苏木精-伊红(H-E)染色、Masson染色及天狼星红染色观察病理变化;试剂盒检测肾脏总RNA中m6A的甲基化水平;Western blotting检测肾脏METTL3及纤维化相关蛋白表达;实时定量PCR检测肾脏总pri-miR-21和成熟miR-21;使用免疫磁珠富集肾脏组织中m6A甲基化RNA,并通过PCR检测其中m6A甲基化的pri-miR-21.结果·相较于db/m组,db/db组小鼠血糖,血肌酐,ACR,肾脏METTL3、m6A甲基化修饰水平、纤维化相关蛋白、总pri-miR-21、m6A甲基化pri-miR-21和成熟miR-21表达水平均显著增加(均P<0.05),小鼠肾脏系膜基质增多、肾小球基底膜增厚、胶原纤维累积显著增加.相较于db/db组,db/db+DAA组血糖,血肌酐,ACR,肾脏m6A甲基化修饰水平、纤维化相关蛋白、m6A甲基化pri-miR-21和成熟miR-21表达水平均显著下降(均P<0.05),总pri-miR-21表达水平显著升高(P=0.000),METTL3蛋白表达水平未见显著变化,小鼠肾脏损伤及纤维化程度显著减轻.结论·pri-miR-21的m6A甲基化修饰促进miR-21成熟,进而促进DN小鼠肾脏纤维化的发生发展;抑制METTL3可通过调控pri-miR-21的m6A甲基化修饰抑制DN小鼠肾脏纤维化.
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编辑人员丨2023/8/5
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m6A修饰在植物生长发育和抗逆境胁迫中的功能
编辑人员丨2023/8/5
真核生物mRNA存在多种甲基化修饰,其中N6-腺苷酸甲基化(N6-methyladenosine,m6 A)修饰是最为常见的一种动态内部修饰.m6 A是指RNA腺嘌呤的第6位氮原子上发生甲基化修饰,它能够动态的被甲基转移酶添加,被去甲基化酶去除,以及被甲基化阅读蛋白识别.近年来,植物m6 A修饰相关的酶被陆续鉴定,研究发现m6 A修饰调控植物胚胎发育、茎尖分生组织分化、开花等生长发育过程,在植物抗逆境胁迫响应中也具有重要调控作用.本文就m6 A修饰相关酶的组成及其在植物生长发育和植物抗逆境胁迫过程中的功能相关研究进展进行综述,并对甘蓝型油菜中m6 A修饰相关的酶进行了生物信息学分析.
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编辑人员丨2023/8/5
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m6A甲基化对邻苯二甲酸单(2-乙基己基)酯诱导小鼠睾丸间质细胞自噬的作用
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨邻苯二甲酸单(2-乙基己基)酯[mono(2-ethylhexyl)phthalate,MEHP]致小鼠睾丸间质(TM-3)细胞自噬中m6A甲基化的作用.方法 将对数生长期的TM-3细胞暴露于浓度梯度(0、5、10、20、40、80μmol·L-1)的m6A甲基化抑制剂3-脱氮腺苷(3-Deazaadenosine,DAA)24 h,CCK-8法检测细胞活力,确定3-脱氮腺苷的染毒剂量后,梯度稀释为对照组(0μmol·L-1)、MEHP低剂量组(200μmol·L-1)、MEHP中剂量组(400μmol·L-1)、MEHP高剂量组(800μmol·L-1),将TM-3细胞分别暴露于0、200、400、800μmol·L-1 MEHP,40μmol·L-1 DAA+400μmol·L-1 MEHP和40μmol·L-1 DAA染毒组24 h,光镜下观察TM-3细胞形态.CCK-8法检测细胞存活率;m6A RNA甲基化定量检测试剂盒检测m6A修饰水平;丹酰尸胺(MDC)荧光染色检测自噬形成情况;Western blot检测LC3-Ⅱ、LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ和Beclin-1的蛋白表达水平.结果 与对照组相比,DAA浓度为5、10、20、40μmol·L-1时,细胞活力均无明显变化(P均>0.05);DAA浓度为80μmol·L-1时,细胞活力下降(P<0.01);各MEHP染毒组TM-3细胞活力和m6A甲基化水平均降低(P均<0.01),细胞空隙变大,圆形细胞增多,贴壁细胞的数量明显减少;DAA组m6A甲基化水平较对照组降低(P<0.01);与MEHP中剂量组相比,DAA+MEHP组细胞活力和m6A甲基化水平均下降(P均<0.01),细胞发生皱缩,细胞间隔稍有增大.与对照组相比,各MEHP染毒组、DAA+MEHP组和DAA处理组LC3-Ⅱ的蛋白表达水平均升高(P均<0.05),MEHP低剂量组MDC荧光信号强度、LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ和Beclin-1的蛋白表达量均无明显变化(P均>0.05);MEHP中、高剂量组和DAA+MEHP组荧光强度、LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ和Beclin-1的表达量均升高(P均<0.01);DAA组荧光强度和Beclin-1的表达水平均升高(P均<0.01),LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ无明显变化(P均>0.05).DAA+MEHP组荧光强度和LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ较MEHP中剂量组呈上升趋势(P<0.05).结论 MEHP可能通过降低RNA甲基化m6A修饰的水平来诱导TM-3细胞发生自噬.
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编辑人员丨2023/8/5
