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基于全基因组测序的碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌耐药机制及分子特征研究
编辑人员丨3天前
目的:明确本地区碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药特点和分子流行病学特征,为临床抗感染治疗提供依据。方法:收集宁波大学附属第一医院和宁波市第二医院碳青霉烯类不敏感肺炎克雷伯菌92株。用VITEK2 Compact全自动微生物分析仪进行药敏试验;全基因组测序技术确定其荚膜血清型、多位点序列分型(MLST)与耐药基因等分子特征;使用PlasmidFinder确定菌株的质粒复制子类型;Parsnp进行细菌核心基因组系统发育分析。结果:CRKP主要分离自病情较为危重的老年患者,标本以痰液居多(51.09%,47/92),其次是尿液(13.04%,12/92)和血液(8.70%,8/92),感染高发科室为重症监护病房(33.70%,31/92)。所有菌株对常用抗菌药物耐药率高,但对多黏菌素B耐药率较低(6.52%,6/92)。耐药基因以 blaKPC-2为主(78.26%,72/92),荚膜血清型以KL64为主(48.91%,45/92),MLST分型以ST11为主(54.35%,50/92)。ST11-KL64是优势克隆型,检出率高达46.74%(43/92),且携带多个质粒,以IncR和IncFⅡ型为主。 结论:本地区CRKP对临床常用抗菌药物高度耐药,主要携带 blaKPC-2耐药基因,克隆型ST11-KL64在本地区广泛克隆传播,两家医院流行的菌株存在相似性,应加强监控。
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编辑人员丨3天前
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多黏菌素B联合替加环素对泛耐药肺炎克雷伯菌所致肺炎的临床疗效
编辑人员丨3天前
目的:探讨多黏菌素B联合替加环素治疗泛耐药肺炎克雷伯菌(PDR-KP)所致肺炎的临床疗效及安全性。方法:回顾性分析2018年9月至2021年8月北京朝阳中西医结合急诊抢救中心神经重症医学科收治的因PDR-KP所致肺炎而使用多黏菌素B联合替加环素治疗的71例患者临床资料,根据治疗前、治疗第7天、治疗结束时患者临床症状及实验室等指标变化,评估多黏菌素B联合替加环素治疗的临床总有效率、细菌清除率和安全性。结果:71例患者的治疗时间为8~14 d,均数为11 d。多黏菌素B联合替加环素治疗后,大部分患者的症状、体征、实验室检查及胸部CT检查结果显著改善。治疗第7天,有37例患者临床治疗有效,总有效率为52.1%(37/71);有41例获得细菌学清除,细菌清除率为57.7%(41/71)。治疗结束时,有51例患者临床治疗有效,总有效率为71.8%(51/71);56例获得细菌学清除,细菌清除率为78.9%(56/71)。与治疗第7天相比,治疗结束时患者的总有效率和细菌清除率均明显升高,差异均具有统计学意义( χ2=5.86、7.32, P=0.016、0.007)。治疗期间有39.4%(28/71)的患者出现皮肤色素沉着。 结论:多黏菌素B联合替加环素可尝试作为PDR-KP所致肺炎的治疗选择,但尚需要更可靠的临床证据。
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编辑人员丨3天前
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医院未处理污水中碳青霉烯类抗生素耐药细菌的流行情况和临床相关性分析
编辑人员丨3天前
探讨医院未处理污水中碳青霉烯类耐药菌的流行情况、基因组特征及临床相关性,为院内评估公共卫生情况、预防交叉感染提供参考依据。收集2023年3月苏州大学附属第二医院污水处理站内未处理污水和26个病区洗手池U型排污管内污水,离心稀释后涂布于含有美罗培南(2 μg/ml)的LB固体平板分离耐药细菌,进行菌种鉴定、药敏分析、碳青霉烯酶基因PCR检测和全基因组测序;对基因组序列进行耐药基因识别,并采用回顾性研究方法,结合多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析,比较其与同季度临床分离株的同源性。结果显示,从医院污水中分离出56株耐碳青霉烯类革兰阴性菌,来源于13个属,其中17株分离自医院总污水,气单胞菌属为最优势属(35.3%,6/17);39株分离自17个病区的污水,假单胞菌属为最优势属(30.8%,12/39)。本院常见污水分离株均为多重耐药细菌,对部分二、三代头孢菌素类药物耐药率可达100%。来源于污水分离株的碳青霉烯酶基因共8种,包括 blaKPC、 blaNDM、 blaIMP、 blaVIM、 blaIND、 blaOXA-58-like、 blaOXA-48-like和 blaOXA-427-like。共39株污水分离株携带碳青霉烯酶基因,医院总污水中携带 blaKPC-2细菌的分离率(35.3%,6/17)最高,病区污水中携带 blaIMP-8细菌的分离率(31.8%,7/22)最高。14株污水分离株同时携带两种碳青霉烯酶基因,共6种组合型。本院还发现了 blaIMP-101新亚型。筛选4株污水分离株和11株临床分离株纳入SNP分析,其中临床和污水来源的2株ST11型肺炎克雷伯菌仅有15个SNP差异,具有高度同源性。综上,医院未处理污水中存在多种多重耐药的条件致病菌,具有在环境中散播耐药基因的潜在风险;医院污水和临床分离的高度同源肺炎克雷伯菌表明医院污水与临床感染的紧密联系。医院需加强对污水环境中耐药细菌和耐药基因的监测,防止医院污水中耐药细菌和耐药基因的广泛传播,预防污水中耐药细菌引起的院内感染。
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编辑人员丨3天前
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广泛耐药肺炎克雷伯菌耐药表型分析及耐药机制研究
编辑人员丨3天前
目的:研究广泛耐药肺炎克雷伯菌(XDRKP)耐药表型特点及相关耐药机制。方法:收集山西白求恩医院2018年1月至2020年12月内分离的3 201株肺炎克雷伯菌并根据已有药敏结果筛选116株广泛耐药肺炎克雷伯菌纳入研究。基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)及梅里埃VITEK-compact 2进行菌株鉴定及药敏试验,药敏结果K-B法或微量肉汤稀释法复核。改良碳青霉烯酶灭活试验(mCIM)联合乙二胺四乙酸协同碳青霉烯酶灭活试验(eCIM)检测XDRKP碳青霉烯酶表型,并与碳青霉烯酶基因扩增结果比对。聚合酶链反应(PCR)扩增耐药基因:碳青霉烯酶基因(blaKPC、blaNDM、blaVIM、blaIMP、blaOXA);氨基糖苷耐药基因:16S rRNA甲基化酶基因(rmtA、rmtC、rmtD、rmtG、rmtH、armA、npmA、rmtB、rmtE、rmtF),氨基聚糖苷修饰酶基因变体[aac(6′)-Ib-cr];喹诺酮耐药基因:DNA解旋酶保护蛋白qnr家族基因(qnrA、qnrB、qnrC、qnrD、qnrS),外排泵蛋白基因(oqxAB、qepA),氨基聚糖苷修饰酶基因变体[aac(6′)-Ib-cr];替加环素耐药Tet蛋白基因[外排泵蛋白基因:tet(A)和tet(L)],核糖体保护蛋白基因[tet(M)],替加环素修饰酶基因[tet(X)]。对照分析各XDRKP耐药表型与相应耐药基因携带情况间的关系。结果:共收集到XDRKP 116株。头孢菌素类及喹诺酮类抗菌药物耐药率100%(116/116),碳青霉烯类抗菌药物耐药率99.14%(115/116),氨基糖苷类抗菌药物庆大霉素、妥布霉素、阿米卡星耐药率分别为95.69%(111/116)、94.83%(110/116)、88.79%(103/116),磺胺类抗菌药物耐药(44/116)与替加环素耐药(3/116)检出率较低。mCIM联合eCIM试验结果与碳青霉烯酶基因扩增结果一致率95.65%(110/115)。各耐药基因阳性率:blaKPC 90.52%(105/116),blaNDM 10.34%(12/116),rmtB 81.90%(95/116),armA 2.59%(3/116),oxqAB 65.52%(76/116),qnrB 6.03%(7/116)、qnrS 12.93%(15/116)、aac(6′)-Ib-cr 7.76%(9/116),tet(A)21.55%(25/116)。其余各耐药基因未检出。匹配分析发现,共有65株XDRKP耐药表型与耐药基因型不匹配,即抗菌药物耐药表型不能用携带相应耐药基因来解释。结论:XDRKP中各类耐药基因的广泛分布和某些基因[如aac(6′)-Ib-cr、oqxAB]的多重耐药作用是广泛耐药产生的潜在原因。不同菌株针对同一类抗菌药物可能携带一种或多种耐药基因。此外,部分菌株耐药表型与耐药基因不匹配,提示耐药基因的表达调控及存在其他耐药机制也与XDR的产生有关。
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编辑人员丨3天前
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利用太空资源助力解决肺炎克雷伯菌碳青霉烯类药物耐药难题
编辑人员丨3天前
碳青霉烯类药物是目前治疗肺炎克雷伯菌的最后屏障药物,但是近年来肺炎克雷伯菌碳青霉烯类药物耐药现象愈演愈烈,若无有效的应对措施,肺炎克雷伯菌感染的治疗将会迈向后抗生素时代。尽管目前对肺炎克雷伯菌碳青霉烯类抗菌药物耐药机制的研究较为广泛和深入,但解决其耐药难题的成效仍不容乐观。因而有必要将研究拓展至一些非常规环境,如太空环境。太空环境具有微重力、强辐射、超低温、高真空和弱磁场等特点,可使微生物的变异速率加大,变异类型也会更加多样化。一些在地面难以发生的现象,在空间特殊环境因素的诱导下可以出现放大效应。多项研究表明太空环境可影响细菌的耐药性,甚至可引起细菌耐药性逆转。当前我国的航天事业方兴未艾,为微生物研究提供了难得的实验平台,也为肺炎克雷伯菌碳青霉烯类药物耐药难题的解决提供了一条独特的道路。
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编辑人员丨3天前
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耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌对头孢他啶/阿维巴坦耐药的机制及临床治疗进展
编辑人员丨3天前
肺炎克雷伯菌是医院获得性感染常见病原菌之一,近年来随着碳青霉烯类的广泛应用,全球各地均出现了耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae, CRKP)。产碳青霉烯酶是肺炎克雷伯菌对碳青霉烯类抗生素耐药的主要原因,超过70%的肺炎克雷伯菌产生碳青霉烯酶。头孢他啶/阿维巴坦(ceftazidime/avibactam, CAZ/AVI)可以有效地治疗CRKP,特别是那些产生肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶( Klebsiella pneumoniae carbapenemase, KPC)或苯唑西林酶(oxaclillinase, OXA)-48的CRKP。然而,已有报道CRKP菌株对CAZ/AVI耐药。本文通过对耐CAZ/AVI的CRKP感染流行病学、危险因素、耐药机制等进行总结,为临床CRKP感染用药提供指导。
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编辑人员丨3天前
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肾移植术后耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌反复感染一例
编辑人员丨3天前
临床上耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae, CRKP)的感染发生率逐年上升,由于CRKP广泛耐药,使可选择的抗感染治疗药物受限。肾移植患者术后服用免疫抑制剂可使机体免疫力下降,易并发感染。本例患者为青年男性,因"肾移植术后10年,血肌酐升高2年"入院行同种异体肾移植术,术后围手术期初次并发CRKP感染,感染控制出院后再次发生CRKP感染,通过拔除输尿管支架管和抗感染治疗后病情好转。
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编辑人员丨3天前
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弗氏枸橼酸杆菌中发现介导 blaKPC-2传播的新型质粒及比较基因组学分析
编辑人员丨3天前
目的:探讨来自弗氏枸橼酸杆菌的产碳青霉烯酶的新型不相容群组质粒pNY2385-KPC的耐药机制及基因结构特征。方法:从宁波市医疗中心李惠利医院急诊病房的发热患者尿液样本中获得1株多药耐药菌。采用16S rRNA基因扩增和平均核苷酸一致性(ANI)进行菌种鉴定;采用全自动细菌鉴定及药敏分析系统检测细菌MIC值;通过“三代”测序方法获得基因组序列,然后通过BLASTP/BLASTN、RefSeq、ConservedDomains、ResFinder、Isfinder等对基因功能进行详细注释及比较基因组学分析。结果:弗氏枸橼酸杆菌NY2385携带的质粒pNY2385-KPC为一种新型不相容群组质粒,包含 blaKPC-2,具有接合转移(Ⅳ型分泌系统)基因,可发生接合转移。NCBI中共检索到同型质粒15个,来源于弗氏枸橼酸杆菌、黏质沙雷菌、大肠埃希菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌和植生拉乌尔菌等细菌,为泛宿主质粒。通过对来自弗氏枸橼酸杆菌中6个该新型质粒进行序列比较分析,发现该新型质粒结构具有一定的保守性,具有携带 blaKPC-2的Tn 6296变体结构,而且质粒pCF1807-3同时具有 repApNY2385-KPC和 repAIncX8。 结论:弗氏枸橼酸杆菌中的pNY2385-KPC型质粒均携带 blaKPC-2耐药基因,分为 repApNY2385-KPC单复制子和 repApNY2385-KPC/ repAIncX8双复制子两种亚型,属于泛宿主质粒,作为可移动遗传元件促进了 blaKPC-2的传播。
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编辑人员丨3天前
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心脏外科术后多重耐药细菌感染的病原学特征与耐药性分析
编辑人员丨3天前
目的:了解心脏外科术后患者多重耐药菌(multidrug-resistant organism, MDRO)感染的病原学特征以及耐药模式,指导临床医生合理应用指南推荐的抗菌药物,提高经验性抗菌治疗的成功率、改善住院患者预后。方法:收集2018年1月—2021年10月心脏外科术后409例确诊为医院感染患者的完整病历资料,根据合格的临床标本阳性培养结果分为多重耐药细菌感染组(MDR=176例)和非多重耐药细菌感染组(non-MDR=233例),分析MDRO感染的病原学特征以及对临床常用抗菌药物的耐药模式,同时对不同的外科手术类型和临床感染类型相对应的病原学分布、耐药情况以及临床结局进行统计分析。结果:合格的临床标本检出多重耐药细菌306株,97例(97/176, 55.1%)患者同时存在两种及两种以上多重耐药细菌感染,主要表现为肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌和(或)铜绿假单胞菌混合感染,其中包括碳青霉烯类耐药细菌213株(213/306, 69.6%)。无论外科手术类型和临床感染类型如何,病原学分布均以鲍曼不动杆菌(114/306,37.3%)最常见,其次是肺炎克雷伯菌(72/306, 23.5%)和铜绿假单胞菌(55/306,18.0%),而且大部分的临床标本来源于痰液(528/601, 87.9%),通常表现为碳青霉烯类耐药、多重耐药和泛耐药,尤以冠状动脉旁路移植手术和主动脉大血管手术最严重,多重耐药细菌分离率分别高达53.7%和53.1%,全耐药细菌的分离率相对较低。体外药敏结果显示多重耐药细菌对左氧氟沙星(64.4%)、头孢吡肟(61.4%)耐药率最高,其次是环丙沙星(54.6%)、头孢他啶(53.9%)、复方新诺明(52.4%);而多黏菌素(5.5%)和阿米卡星(7.2%)耐药性较低。与非多重耐药细菌感染相比较,感染多重耐药细菌对头孢他啶(χ 2=156.663, P<0.001)、头孢曲松(χ 2=27.844, P<0.001)、头孢吡肟(χ 2=210.181, P<0.001)、亚胺培南(χ 2=173.242, P<0.001)、左氧氟沙星(χ 2=201.521, P<0.001)、环丙沙星(χ 2=180.187, P<0.001)、阿米卡星(χ 2=16.661, P<0.001)、庆大霉素(χ 2=46.047, P<0.001)、妥布霉素(χ 2=106.546, P<0.001)、哌拉西林(χ 2=7.325, P=0.007)、氨苄西林/舒巴坦(χ 2=5.415, P=0.020)、哌拉西林/他唑巴坦(χ 2=139.506, P<0.001)、头孢哌酮/舒巴坦(χ 2=102.832, P<0.001)、复方新诺明(χ 2=121.217, P<0.001)、氨曲南(χ 2=6.977, P=0.008)和米诺环素(χ 2=53.107, P<0.001)等具有更高的耐药性,差异均具有统计学意义。虽然不同的外科手术类型和临床感染类型在致病菌检出率比较上无明显差异,但心脏手术后并发感染尤其是多重耐药细菌感染导致高达30.0%的死亡率,而且死亡与临床感染类型密切相关,普通肺部感染和血流感染的全因死亡率在10.0%~20.0%,一旦患者病情难以控制进展为重症感染甚至感染性休克将导致全因死亡率成倍增加。 结论:心脏外科手术后患者多重耐药细菌感染面临巨大挑战,以肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌和铜绿假单胞菌等革兰阴性杆菌最常见,而且超过一半的患者表现为上述细菌的混合感染,常常表现为碳青霉烯类耐药、泛耐药甚至全耐药,导致抗感染治疗药物选择有限,严重影响住院患者的预后。
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编辑人员丨3天前
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儿童感染耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的现状与对策
编辑人员丨3天前
碳青霉烯类耐药的肺炎克雷伯菌(CRKP)是全球公共卫生问题,近年来在儿童人群中检出率不断上升,所引起的感染临床治疗失败率极高,具有较高的病死率。分离自儿童的CRKP所携带碳青霉烯酶基因呈现多样化,且多位于可传递质粒上,极易引起广泛传播和流行,临床工作人员应引起重视。加强对CRKP所致感染的控制亟需多学科合作,临床医生应根据微生物室提供的药敏试验结果选择有效抗菌药物,避免广谱抗菌药物的使用,同时采取相应的感控措施,可在一定程度上降低CRKP感染率。
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编辑人员丨3天前
