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泌尿系统不同部位来源特络细胞的研究进展
编辑人员丨4天前
特络细胞(Telocytes,TCs)是一种特殊类型的间质细胞,其有小胞体和1~5个(2~3个常见)极长而薄的细胞突起(Telopodes,Tps)。TCs存在于多种器官与组织中,其特殊的形态结构和组织分布特征与器官或组织的生理功能和病理改变有关。迄今为止,在肾、膀胱、输尿管、尿道等组织中也发现TCs,其可通过Tps在间质空间形成错综复杂的3D网络,使TCs与其他细胞相联系,并可通过释放信号分子,向邻近细胞传递化学信号;TCs还可能具有干细胞潜能,或为干细胞的支持细胞。TCs可能在维持泌尿系统生理稳态和促进器官再生方面有巨大潜能。
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编辑人员丨4天前
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JAK抑制剂治疗间质性肺疾病的研究进展
编辑人员丨4天前
间质性肺疾病(ILD)是以肺间质炎症或纤维化为主要特征的一组异质性疾病。多种细胞因子及生长因子构成的复杂网络在ILD的发病机制中发挥重要作用,其中,Janus激酶(JAK)活性改变可激活下游信号转导和转录激活因子(STAT)信号通路,活化巨噬细胞,增加促炎和促纤维化因子释放,并促进成纤维细胞向肌成纤维细胞分化,参与ILD发生发展。JAK抑制剂(JAKi)可通过阻断JAK-STAT信号通路减轻肺部炎症和肺纤维化,有望用于治疗ILD。基础研究发现,托法替布可抑制次氯酸诱导的系统性硬化症相关ILD(SSc-ILD)小鼠的纤维化和炎症反应,而芦可替尼可改善SSc-ILD小鼠模型和博来霉素小鼠模型的肺纤维化程度。JAKi治疗特发性肺纤维化的临床试验正在进行中,但从目前的临床应用报道看,JAKi可能对多种结缔组织疾病相关ILD具有潜在的治疗效果,包括SSc-ILD、类风湿关节炎相关ILD,以及抗黑色素瘤分化相关基因5抗体阳性的皮肌炎相关ILD,但尚需高级别的临床试验来进一步证实。鉴于JAKi还有很强的抗炎作用,有望在纤维化性ILD急性加重、快速进展性ILD和抗肿瘤免疫治疗相关性ILD等同时具有明显的炎症反应的ILD中发挥积极作用。
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编辑人员丨4天前
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Leber先天性黑矇患者致病基因与临床表型分析
编辑人员丨4天前
目的:观察分析Leber先天性黑矇(LCA)致病基因类型及临床表型特征。方法:回顾性临床研究。2019年至2020年于天津医科大学眼科医院就诊并经基因检测确诊的LCA患者2例及其家系成员6名纳入研究。2例患者来自2个无血缘关系家系,均为先证者。详细询问患者病史并行裂隙灯显微镜、超广角眼底照相、自身荧光(AF)、闪光视觉诱发电位(F-VEP)检查。采集所有受检者外周静脉血3~5 ml,提取全基因组DNA。采用新一代目标区域捕获测序技术对包含381个致病基因的遗传眼病捕获芯片进行测序以获得致病基因及突变。对可疑致病突变位点进行Sanger验证,生物信息学分析确定突变位点的致病性。Sanger测序、实时定量聚合酶链反应、家系内共分离验证突变位点。结果:2例患者均为男性,年龄分别为3、27岁。自幼双眼视物不见,伴眼球震颤、指压眼征1例。家系1先证者(F1-Ⅱ-3),视盘边界清楚,视网膜血管走行及黄斑中心凹未见异常。F-VEP检查可见双眼最大正向波隐含期大致正常,振幅大幅下降。家系2先证者(F2-Ⅱ-1),视盘蜡黄,视网膜骨细胞样色素沉着,黄斑区视网膜脉络膜萎缩呈"金箔样"改变。双眼视网膜大片弱AF。家系成员眼部表型未见异常。基因检测结果显示,F1-Ⅱ-3携带 GUCY2D基因c.835G>A(p.D279N)(M1)及等位基因外显子9~19号缺失(M2)复合杂合突变。其父亲、母亲分别携带M2、M1杂合突变。F2-Ⅱ-1携带 CRB1基因c.1576C>T(R526X)(M3)、c.1522T>C(C508R)(M4)复合杂合突变。其父亲、母亲分别携带M3、M4杂合突变。M2、M4为新发现突变位点。 结论:GUCY2D、 CRB1基因的相关致病性突变分别导致家系1和家系2患者罹患LCA1型、LCA8型;不同致病基因其临床表型存在明显差异。
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编辑人员丨4天前
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基于生物信息学和机器学习算法鉴定PDR铁死亡关键基因
编辑人员丨4天前
目的::联合生物信息学分析方法和机器学习算法筛选增殖性糖尿病视网膜病变(PDR)中铁死亡关键基因和治疗靶点。方法::从GEO数据库和FerrDb数据库中下载PDR转录组测序数据集、基因芯片数据集和铁死亡相关基因列表;筛选出铁死亡相关差异基因并行功能富集分析;通过WGCNA分析方法筛选PDR中铁死亡相关疾病特征基因;综合LASSO算法与SVM-RFE算法筛选出铁死亡关键基因并通过受试者工作特征曲线评估诊断能力;对铁死亡关键基因行GSEA分析;通过DGIdb数据库构建铁死亡关键基因的药物调控网络;应用CIBERSORT算法分析PDR中免疫细胞浸润分布特征。组间比较采用独立样本 t检验或Mann-Whitney U检验。Pearson相关分析用于不同基因模块与临床性状之间的相关性分析。 结果::从3 678个差异基因中筛选出83个铁死亡相关差异基因。功能富集分析结果显示,这些基因参与铁死亡、长寿调节、自噬等信号通路。通过WGCNA分析方法从中筛选出17个铁死亡相关疾病特征基因。联合LASSO算法与SVM-RFE算法从17个疾病特征基因中筛选出3个铁死亡关键基因为PPARA、ABCC5、TSC1,并证明这些基因有很高的诊断效能。单基因GSEA分别展示了3个关键基因高低表达组中富集到的信号通路。从DGIdb数据库中筛选出20个相关药物并构建3个关键基因的药物调控网络。CIBERSORT结果显示,M1巨噬细胞、中性粒细胞等在PDR样本中浸润程度较高。结论::本研究分析鉴定出PDR中3个铁死亡关键基因,为进一步研究PDR的病理分子机制和诊断治疗靶点提供了新的思路与参考。
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编辑人员丨4天前
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全外显子组测序研究卵巢早衰特异性变异关联的生物学过程
编辑人员丨4天前
目的:研究卵巢早衰(POF)特异性变异关联的生物学过程。方法:通过对来自2个家系的3个POF患者和7个健康对照的全外显子组测序数据进行生物信息学分析。对筛选获得的POF特异性单核苷酸变异(SNVs)以及对应的基因进行生物学功能富集与蛋白互作分析。结果:262个疾病特异性变异对应基因显著富集在多个GO功能条目下,如在生物学过程集合中的嗜同性细胞黏附( P=1.28E-3)、细胞黏附( P=3.56E-3)、转录的正调节( P=9.41E-3)、消化道发育( P=0.011)、Notch信号通路( P=0.018)、钙离子跨膜转运( P=0.021)、细胞对氧气水平降低的反应( P=0.026)等,在细胞组分集合中的质膜( P=2.58E-4)、细胞前缘( P=0.014)、中心粒( P=0.016)、动力蛋白复合物( P=0.033)、突触后致密区( P=0.035),在分子功能集合中的转录因子活性( P=5.04E-3)、肌动蛋白结合( P=6.03E-3)、钙离子结合( P=0.008)、核小体组蛋白结合( P=0.039)、碳水化合物结合( P=0.048)等。其次262个基因显著富集在多个KEGG生物信号通路中,如背腹轴形成( P=4.09E-4)、甲状腺激素信号通路( P=0.017)、血管加压素调节的水重吸收( P=0.020)、Notch信号通路( P=0.025)、亨廷顿病( P=0.042)。另外对262个基因编码的蛋白进行蛋白互作网络分析,结果显示 MYC、 FOXO1、 CREBBP、 NOTCH2及 HES1等包含在互作网络中的核心基因组成的较强网络簇中。 结论:POF特异性的遗传学变化可能通过导致卵巢发育生物学过程及卵巢发育相关的信号通路的活性改变,从而促进POF的发生。这些证据可以为POF的遗传发病机制进一步研究提供坚实的理论依据。
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编辑人员丨4天前
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microRNA在主动脉瘤中的研究进展
编辑人员丨4天前
主动脉瘤是一种主动脉呈慢性扩张的疾病,通常无症状,一旦破裂病死率极高,目前尚无有效治疗药物。microRNA特指19~25核苷酸的非编码小RNA。microRNA靶向多个基因的特性使其形成了复杂的调控网络而受到研究者的关注。越来越多研究表明microRNA与主动脉瘤的发生发展关系密切。众多microRNA参与了主动脉瘤复杂的病理机制过程,包括内皮细胞功能失调、炎性细胞浸润、平滑肌细胞凋亡、细胞外基质降解等。本文将阐述用于主动脉瘤研究的动物模型以及microRNA与主动脉瘤的最新研究进展。
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编辑人员丨4天前
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子宫内膜异位症患者异位内膜组织中差异表达microRNA的筛选
编辑人员丨4天前
目的:探讨微小 RNA(microRNA,miRNA)在子宫内膜异位症(endometriosis,EMS)患者异位内膜组织中的表达特征。方法:收集2018年4月至2019年10月期间于厦门大学附属第一医院妇产科就诊EMS 患者异位内膜组织和对照组在位内膜组织开展实验。利用Illumina平台的miRNA测序检测内膜组织中 miRNA的表达情况。通过生物信息学分析差异表达的miRNAs及其潜在靶基因在EMS发生、发展中的作用。结合文献挑选6个具有显著差异的miRNAs(miR-98-5p、let-7c-5p、miR-495-3p、miR-200b-3p、miR-200c-3p、miR-148b-3p),应用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)进行验证,并在构建miRNA-基因调控网络后初步验证其潜在靶基因。结果:测序结果显示,相比对照组,EMS患者异位内膜组织中有69个miRNAs出现差异表达(差异倍数>1.5, P<0.05),其中表达上调22个,表达下调47个。基因本体分析显示,差异表达的miRNAs所调控的靶基因在生物学过程中集中在与蛋白质修饰、发育调控、细胞代谢和形态结构等相关。KEGG pathway分析显示,靶基因富集于蛋白质功能、自噬、AGE-RAGE及MAPK信号通路中。qRT-PCR结果显示miR-98-5p、let-7c-5p、miR-200b-3p、miR-200c-3p的表达情况与测序结果一致。miRNA-基因共表达网络显示 miRNAs与所预测的靶基因间的相互关系。miRNAs潜在靶基因的qRT-PCR验证结果显示,miR-200b-3p、miR-200c-3p与 ZEB2呈负相关,miR-98-5p与 PGRMC1呈负相关,miR-98-5p、let-7c-5p与 ADIPOR2呈正相关。 结论:miR-98-5p、let-7c-5p、miR-200b-3p和miR-200c-3p在EMS患者异位内膜组织中存在显著差异表达,可能参与EMS的发生、发展。
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编辑人员丨4天前
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甲胎蛋白高表达和低表达肝细胞肝癌的基因表达谱差异分析
编辑人员丨4天前
目的:探讨甲胎蛋白(AFP)高表达和低表达肝细胞肝癌(HCC)中的差异表达基因表达谱,为HCC的分子机制研究及预后判断提供理论依据。方法:从肿瘤基因图谱计划(TCGA)公共数据库获得368例包含完整临床信息的HCC转录组数据,根据组织AFP mRNA表达四分位数将样本分为AFP高表达组和AFP低表达组,每组各92例。应用R软件中的DEseq2包进行差异表达基因分析,应用ClusterProfiler包对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,应用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络,筛选关键基因。采用单样本基因集富集分析方法,通过R软件GSVA包对特征基因进行富集评分,根据得分定义特征基因集表达情况。利用RNAseq数据和实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)进行独立数据集验证和组织验证。结果:TCGA数据分析显示,AFP高表达与HCC低分化、患者人种有关(均 P<0.05)。生物信息学分析共获得1 382个差异表达基因,其中931个基因在AFP高表达组织中表达上调,451个基因表达下调。GO功能分析显示,AFP高表达组织中高表达的基因主要与附属肢体发育、肢体发育、骨架系统发育等过程有关,而低表达基因则与异源物代谢、类固醇代谢、细胞对异生物刺激反应等代谢相关过程有关。KEGG通路分析显示,AFP高表达组织中高表达的基因主要参与原发性免疫缺陷、神经活性配体-受体相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用通路,而低表达基因主要与视黄醇代谢、化学致癌作用、类固醇激素的生物合成等通路相关。鉴定出1个预后相关特征基因集,该基因集包括AURKB、TTK、CENPA、UBE2C、HJURP、KIF15,其高表达与HCC患者的无复发生存和总生存有关,且特征基因集富集分数与AFP表达呈正相关( r=0.475, P<0.001)。RNAseq数据验证结果与TCGA数据分析结果基本一致。RT-qPCR检测结果显示,特征基因集中AURKB、KIF15和UBE2C在AFP高表达HCC组织中显著高表达,其表达虽然与HCC患者的无病生存、总生存无关,但AFP低表达组患者的无病生存曲线和总生存曲线均在AFP高表达组患者之上。 结论:AFP高表达和AFP低表达HCC在基因表达谱上存在较大差异。筛选出的特征基因集可能协同AFP共同促进HCC的发生发展,其对解释不同水平AFP HCC的作用机制有一定作用,并为HCC的预后判断提供了新的思路和依据。
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编辑人员丨4天前
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单细胞测序技术在骨肉瘤中的研究进展
编辑人员丨4天前
骨肉瘤是起源于骨组织的高度恶性肿瘤,具有病死率高、预后差的特点。肿瘤微环境的异质性是影响骨肉瘤发生发展及预后的关键。单细胞测序技术通过鉴定骨肉瘤组织中的肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞的功能特征和基因表达模式,描绘了细胞间复杂的交互网络,是解析肿瘤微环境异质性的重要手段。应用单细胞测序技术的高分辨率优势,在骨肉瘤组织中鉴定了SPP1(+)巨噬细胞、C1QC(+)巨噬细胞和CLEC11A(+)B细胞等新的细胞亚型,它们在肿瘤微环境中起着促进肿瘤生长和侵袭的作用。通过对骨肉瘤干细胞亚群的鉴定,推测SERPINA1_CSCL1、FUS_CSCL2和SPP1_CSCL3这三群干细胞可能是骨肉瘤细胞的起源。运用单细胞测序发现mregDCs通过特异性表达CCR7、CCL17、CCL19和CCL22因子从而招募Treg细胞,促进免疫逃逸和肿瘤进展。此外,单细胞测序技术通过鉴定骨肉瘤耐药的潜在靶点,基于此建立耐药风险评分模型,为制定个性化的化疗方案提供依据。在疾病的预后方面,单细胞测序技术识别了骨肉瘤中与免疫浸润相关的基因(如 EPHX2、 FDPS、 GBP1、 MMD和 ZYX),并以此构建了骨肉瘤的预后分析模型,对预测患者的预后具有指导意义。
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编辑人员丨4天前
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长链非编码RNA与变应性鼻炎
编辑人员丨4天前
变应性鼻炎是一种多基因调控、由IgE介导的鼻黏膜变态反应性疾病,其主要免疫学特征为变应原特异性IgE抗体水平升高和嗜酸性粒细胞浸润鼻腔黏膜。变应性鼻炎的发病机制极为复杂,目前尚未完全清楚。长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)可调控多种细胞生命活动,广泛参与机体病理生理过程,越来越多的研究表明lncRNA通过调节免疫反应以及免疫细胞的发育,从而影响免疫炎症相关疾病的发生和发展,而有关lncRNA与变应性鼻炎的机制研究尚处于初步阶段。本文就lncRNA在适应性免疫细胞中的调控作用及其在变应性鼻炎中的初步研究进展做一综述。
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编辑人员丨4天前
