目的:了解2019年云南省曲靖地区手足口病（HFMD）病原学特征。方法:采集曲靖地区2019年HFMD患儿的粪便样本，从粪便悬液中直接提取病毒RNA，先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒（EV）VP4区基因并测序，序列在GenBank确定病毒型别，用各型病毒的相关引物扩增病毒VP1区全序并测序，通过肠道病毒在线定型工具（Enterovirus Genotyping Tool Version 0.1）进行病毒型别初步鉴定，之后计算与原型株的核苷酸相似性并进行基因进化树分析定型。结果:470份样本中共检测到62株EV毒株，总阳性检出率为13.19%，其中EV-A组病毒42株（8.94%），EV-B组病毒9株（1.91%），EV-C组病毒11株（2.34%），全为脊灰病毒1型疫苗株（Sabin株），未检测到肠道病毒71型（EV-A71）和EV-D组病毒。检出率较高的病毒依次为柯萨奇病毒A10型（CV-A10，4.47%，21株）、柯萨奇病毒A16型（CV-A16，2.55%，12株）、脊髓灰质炎病毒1型疫苗株（2.34%，11株）和CV-A6（1.70%，8株）。结论:2019年云南省曲靖地区儿童HFMD病例的主要病原是CV-A10、CV-A16和CV-A6，未检出EV-A71。与往年国内其他省份相比，曲靖地区2019年HFMD病原体已经发生改变，今后要加强对CV-A10、CV-A16和CV-A6等病原的实验室监测工作。

目的:分析2019—2022年河南省肾综合征出血热（HFRS）宿主动物分布及携带汉坦病毒（HV）情况。方法:在河南省HFRS监测点开展宿主动物监测，采用实时荧光定量PCR法检测鼠肺HV，分析河南省鼠类动物携带HV型别，对阳性样本进行测序，分析核苷酸序列的同源性及变异情况。结果:2019—2022年共捕鼠1 308只，16份鼠肺HV核酸阳性，鼠HV阳性率为1.22%（16/1 308）。按种类，黑线姬鼠HV阳性率最高（68.75%，11/16）。按分布地，野外鼠HV阳性率最高（2.50%，12/480），居民区鼠HV阳性率为0.53%（4/759）。16份阳性样本分型结果显示，所携带的病毒均属于Ⅰ型汉滩病毒。阳性样本测序后获得8条S基因片段（OQ681444~OQ681451）和6条M基因片段（OQ681438~OQ681443）；S和M基因片段与陕西84FLi株、四川SN7 株相似性较高。S和M基因片段系统进化分析显示，均为汉滩病毒H5基因亚型。氨基酸序列分析显示，与汉滩病毒疫苗株84FLi相比，8条S片段编码氨基酸第74位由天冬酰胺替换为丝氨酸；XC2022047株在Gn区第14位由色氨酸替换为甘氨酸，XC2022022和XC2022024第359位由异亮氨酸替换为丙氨酸。结论:2019—2022年河南省宿主动物携带HV属于Ⅰ型汉滩病毒，黑线姬鼠仍然是汉滩病毒的优势宿主。同疫苗株比较，S和M基因片段的免疫表位区均有氨基酸位点替换。

目的:了解江苏省淮安市H3N2亚型流感病毒的生物学特性和变异情况，为流感疫情防控与疫苗研发提供参考依据。方法:选取4株2022年淮安市流感监测网络实验室分离的流感毒株，通过全基因组核酸提取、文库构建，应用Nanopore三代测序平台对H3N2亚型毒株进行全基因组序列测定，利用生物信息学软件比对基因组序列相似性、构建系统发育树，解析氨基酸变异特征。结果:8个基因节段之间的核苷酸相似性为97.1%～100.0%，相似性差异最大的是HA基因(97.1%～99.9%)，差异最小的是MP基因(98.6%～99.9%)。核苷酸位点变异频率最高和最低的节段分别是HA基因(3.06%)和MP基因(1.43%)，不同基因节段核苷酸变异率有统计学意义( χ2＝14.293， P＝0.046)。HA和NA基因发育树拓扑结构基本一致，3株隶属3C.2a1b.2a.1a进化簇，1株独立属于3C.2a1b.1b进化分支且糖基化位点相较于另外3株在HA1蛋白142NWT、149NGT和NA蛋白436NLS位点发生丢失。4株淮安株均对NA抑制剂和金刚烷胺类药物敏感。 结论:1株淮安株抗原性发生了改变，与当年疫苗株匹配性较低，建议持续加强H3N2流感病毒的基因监测，为流感防控及流感疫苗筛选提供科学依据。

目的:对四川省一例由野生动物(猪獾)咬伤发病的疑似狂犬病病例的唾液标本进行狂犬病病毒的全基因组序列测定，从分子水平对病毒进行遗传变异特征分析，了解四川省野生动物狂犬病病毒的流行和变异情况。方法:从疑似狂犬病病例的唾液标本中提取总病毒RNA，采用PCR的方法以特异性引物进行狂犬病病毒序列扩增，将获得的基因片段进行测序，并运用生物学软件将所得序列进行拼接从而得到狂犬病病毒株的全基因组序列。对全基因组进行遗传变异特征分析。结果:经测序获得1株猪獾源狂犬病病毒(以下简称SCR23-052)全基因组核苷酸序列，经NCBI在线BLAST及与多个参考序列比对表明，SCR23-052全基因组序列的组成和结构符合弹状病毒科狂犬病毒属特征；分别与宁夏毒株(J)、重庆毒株(CQ92、02050CHI)之间各个基因区域核苷酸与氨基酸序列相似性最高，SCR23-052基因组序列差异性在氨基酸水平明显低于核苷酸水平，说明蛋白质编码基因的核苷酸变异大多属于同义突变。种系发生分析显示SCR23-052属于基因V型，其糖蛋白主要抗原位点未见明显突变，在线网址预测糖蛋白在第56和338位发生了氨基酸糖基化，SCR23-052与参考疫苗株CTN181的信号肽序列相比氨基酸差异最少。本研究病毒在核蛋白主要抗原位点与所有参考疫苗株均发生了相同的突变(332位A→T)，在B细胞表位仅与参考疫苗株CTN181相比发生了379位L→V的突变，SCR23-052与基因Ⅴ型的参考毒株在核蛋白研究位点均一致。结论:获得了1株野生动物猪獾源基因V型狂犬病病毒株全基因组序列，不同于四川以往报道流行的犬源狂犬病病毒基因I型毒株。SCR23-052与各参考株基因组序列相比有不同程度差异，但主要毒力特征未改变。

目的:了解乌鲁木齐儿童医院分离的肺炎链球菌分离株的血清型分布和耐药状况，评估使用13价肺炎链球菌结合疫苗(PCV13)预防感染和控制耐药流行的潜在价值。方法:复苏2018年1－12月乌鲁木齐儿童医院检验科分离的肺炎链球菌。采用荚膜肿胀试验检测血清型，评估PCV13覆盖率。采用E-test法检测分离株对青霉素、阿莫西林、头孢噻肟、头孢曲松的最低抑菌浓度(MIC)，并采用梅里埃VITEK 2 Compact全自动细菌鉴定及药敏分析系统检测美罗培南等其他9种抗菌药物的敏感性。结果:共成功复苏225株肺炎链球菌。常见血清型为19F(32.9%)、23F(12.0%)、19A(10.7%)、6B(10.2%)和6A型(8.0%)。PCV13覆盖率为80.4%。<2岁和≥2岁患儿分离株之间，以及汉族和少数民族患儿分离株，血清型分布未见明显不同，PCV13覆盖率也相似。分离株对口服青霉素的中介率和耐药率分别为57.8%和31.7%。以脑膜炎界值判断，胃肠外青霉素耐药率高达89.4%，对头孢曲松和头孢噻肟不敏感率达47.5%和64.6%，以中介为主。菌株对红霉素、复方磺胺甲 唑、四环素耐药率高，分别达98.1%、67.6%和89.6%，对阿莫西林、美罗培南、左氧氟沙星和莫西沙星敏感率均超过90%。PCV13型菌株对青霉素的耐药性较非PCV13型菌株更强。 结论:乌鲁木齐地区儿科肺炎链球菌分离株以19F、23F、19A、6B和6A型常见，PCV13型覆盖率约80%，汉族和少数民族儿童分离株血清型分布未见明显差异。菌株对红霉素普遍耐药，临床考虑肺炎链球菌脑膜炎时，应注意菌株对青霉素等耐药率高。推广使用PCV13可有效预防儿童肺炎链球菌感染和耐药菌株的播散。

目的:了解苏州市2021年7月至2022年1月流感流行期间乙型流感病毒(influenza B virus, FluB)的基因组和遗传进化特征。方法:采用实时荧光－逆转录聚合酶链反应(Real-time fluorescence reverse transcription polymerase chain reaction, Real-time RT-PCR)法对标本进行流感病毒(influenza virus, Flu)分型检测。对检出的FluB毒株，经全基因组捕获和文库构建，利用Miseq高通量测序平台对样本进行测序。采用MEGA X软件以邻接法(Neighbor-Joining method, NJ)构建FluB血凝素(hemagglutinin, HA)、神经氨酸酶(neuraminidase, NA)和基质蛋白(matrix protein，MP)基因系统发育树；采用NetNGlyc 1.0 server软件预测HA和NA蛋白潜在N-糖基化位点。结果:在送检的1 500份咽拭子样本中，280份检出FluB，对其中53株样本完成了FluB全基因组序列测定。序列分析显示，FluB毒株8个基因节段(PB1、PB2、PA、HA、NP、NA、MP、NS)核苷酸序列相似性分别为99.3%~100%、98.1%~100%、98.8%~100%、98.0%~100%、99.2%~100%、98.4%~100%、98.2%~100%、99.0%~100%。除2021年7月4份样本的FluB为V1A.3进化分支外，其余样本均为V1A.3a.2进化分支。与疫苗株B/Washington/02/2019相比，2021年10月份以后样本的FluB HA蛋白氨基酸序列存在9~11个差异位点，共享9个突变位点(H122Q、A127T、R133G、P144L、N150K、G184E、N197D、K203R、R279K)；未发现奥司他韦等NA抑制剂相关耐药突变。FluB HA和NA蛋白分别具有11个和4个潜在糖基化位点。结论:2021年7月至2022年1月期间，苏州市流行的FluB以V1A.3a.2毒株为优势流行株，HA和NA蛋白氨基酸序列发生多位点突变。

新冠病毒等高致病性病原体必须在生物安全三级(BSL-3)实验室进行研究，并且毒株获取困难，给科研和防治工作的开展带来了限制。假病毒是一种嵌合型病毒颗粒，结构与野生病毒相似，具有类似活病毒的生物特性，但没有活病毒的致病性，可以在BSL-2实验室进行研究，并且可通过插入报告基因，实现假病毒的定量和定性检测。假病毒技术已经被广泛应用于中和抗体检测和疫苗免疫效果评价、病毒受体研究、动物模型建立、抗病毒药物筛选和核酸诊断试剂的质控等研究。为了更好的开展新型冠状病毒等新发、突发、烈性传染病病原体中和抗体检测、疫苗的研发与评价和药物筛选等研究，本文就假病毒技术研究进展和应用进行综述。

目的:持续监测2019年生活污水中的脊髓灰质炎病毒（poliovirus，PV），了解脊灰病毒在外环境中的流行变化趋势，为维持无脊灰状态提供实验室环境监测数据支持。方法:选择南昌市某区污水处理厂作为长期固定监测点，每月在污水处理厂入水口采集1 L污水作为样本。膜浓缩后在L20B、RD、Hep-2三种细胞上进行病毒分离培养，对阳性分离物进行VP1全长基因的测序分析。结果:共分离出脊灰病毒25株，分离率为91.67%（11/12），包括PV Ⅰ型3株，PV Ⅲ型22株，PVⅡ型0株。3株PVⅠ型毒株均为疫苗相似株，在全基因组的2749位点处均由腺嘌呤A突变为鸟嘌呤G，导致异亮氨酸突变成甲硫氨酸；2株PVⅢ（JX2019JHH037L、JX2019JHH042R）在2636位点处发生了由鸟嘌呤G突变为腺嘌呤A变异，导致了亲水氨基酸丙氨酸替代了疏水氨基酸苏氨酸。结论:在生活污水监测中分离到的脊灰病毒株均为疫苗株和疫苗相似株，未发现脊灰野毒株、脊灰疫苗衍生株及PVⅡ毒株。因此为维持无脊灰状态，需要持续对污水等外环境标本加强监测。

目的:分析北京市境外输入性新型冠状病毒（新冠病毒）感染者的流行病学特征及疫苗接种对感染者病毒载量和疾病严重程度的影响。方法:数据来源于中国疾病预防控制信息系统传染病报告信息管理系统和现场流行病学调查，应用Excel 2010和SPSS 22.0软件进行数据整理和统计学分析。结果:2021年6月1日至9月30日，北京市累计报告171例境外输入性新冠病毒感染者，无症状感染者占66.67%（114/171）。输入国以菲律宾、阿联酋、英国和俄罗斯为主，占67.84%（116/171）。感染者男女性别比为2∶1（114∶57）；年龄 M（ Q1， Q3）为28（23，36）岁；中国籍占80.12%（137/171）。对其中47例进行病毒全基因组测序，76.60%（36/47）属于Delta变异株。疫苗接种率为60.82%（104/171），其中疫苗全程接种率为53.80%（92/171）。13.53%（23/170）的感染者入境当天筛查出核酸阳性，所有感染者均在28 d内检测出核酸阳性。未接种组疾病严重程度高于未全程接种组和全程接种组（ P<0.001），出现了1例重型和1例危重型病例。未接种组N基因 Ct值 M（ Q1， Q3）为32.51（23.23，36.06），开放读码框lab（ORFlab）基因 Ct值为32.78（24.00，36.38），未全程接种组和全程接种组双基因 Ct值中位数较未接种组差异无统计学意义（ P>0.05）。 结论:研究期间，北京市境外输入性新冠病毒感染者以无症状感染者为主。新冠病毒感染者无论是否接种新冠病毒疫苗，其体内均有相似的病毒载量，但疫苗接种可降低疾病严重程度。

对2021年山东省两起婴儿B群流脑疫情开展调查，采集病例及其密切接触者相关标本进行脑膜炎奈瑟菌（ Nm）分离培养鉴定，并对分离株进行多位点序列分型、外膜蛋白基因 porA和 fetA分型及药物敏感性试验。实验室确诊的两起B群流脑疫情来自烟台市和临沂市报告，指示病例分别为5月龄和2月龄婴儿，均未到流脑疫苗接种月龄，其流行病学特征和临床表现相似，预后良好。家庭密切接触人员标本均检出与指示病例相同序列型（ST）B群 Nm，但未再发现后续病例。其中，烟台菌株为ST-8920型，属CC4821克隆群， porA基因型为P1.21-2，23， fetA基因型为F3-1；临沂菌株为新ST型，属CC4821克隆群， porA基因型为P1.20，23， fetA基因型为F1-91。上述菌株对青霉素、环丙沙星、左氧氟沙星、复方新诺明耐药，对头孢类药物敏感性降低。两起婴儿B群流脑疫情在国内较为少见，与既往其他菌群的流行特征和病原特点有所不同。