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2016年淮南市外环境H7N9禽流感病毒基因组特征分析
编辑人员丨4天前
目的:分析淮南市2016年度外环境标本中H7N9禽流感病毒基因组特征。方法:采集活禽市场禽类粪便、笼具、台面或砧板、脱毛机、禽类饮水、污水等标本,选取H7N9、H9亚型PCR检测阳性标本( Ct值≤30),鸡胚分离培养后提取RNA,扩增8个基因节段进行基因序列测定、分子特征与进化分析。 结果:2016年150份淮南市外环境标本检出H7N9亚型46份、H9亚型71份、H5亚型38份;2份H7N9亚型分离成功。基因进化分析显示,淮南市2株H7N9禽流感毒株血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因均处于长三角分支内,其余6个内部基因无明显地域分布聚类;HA氨基酸受体位点出现G186V、Q226L位点变异,NA茎区缺失了"QISNT"序列,R294K、E119V耐药位点没有发生突变;聚合酶发生PA基因I550L,PB1基因I368V,PB2基因I504V突变;NS1基因出现增强致病力的位点N205S、P42S改变;耐药相关位点出现M1基因N30D、T215A,M2基因S31N突变。结论:2016年淮南市活禽市场禽流感病毒高度流行,H7N9亚型感染人类的能力有所增强,M2离子通道抑制剂耐药,NA抑制剂仍为敏感有效药物。
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编辑人员丨4天前
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北京市2019年腹泻病例中札如病毒基因特征分析
编辑人员丨4天前
目的:了解北京市肠道门诊散发腹泻病例中札如病毒的基因型别及特征。方法:收集2019年北京市肠道门诊散发腹泻病例的粪便样本,应用实时荧光RT-PCR对样本进行札如病毒核酸检测,对阳性样本应用不同种RT-PCR方法进行札如病毒衣壳蛋白VP1区和聚合酶RdRp区部分基因片段扩增,对扩增阳性产物进行测序,应用BioEdit 7.0.9.0软件对序列进行比对,应用Mega 6.06软件构建进化树进行分析。结果:札如病毒总检出率为2.89%(44/1 522),<5岁病例的检出率为3.34%(18/539),≥5岁病例的检出率为2.64%(26/983)。衣壳蛋白VP1区基因测序成功23株,包括8个基因型(GⅠ.2型6株、GⅠ.1型和GⅡ.3型各5株,GⅠ.3型和GⅡ.5型各2株,GⅠ.5型、GⅡ.1型和GⅣ.1型各1株);≥5岁病例占16株,GⅠ.2型构成比最高(37.50%,6/16),<5岁病例占7株,GⅠ.1型和GⅡ.3型构成比最高(均为42.86%,3/7);每个基因型内部相似性为95.5%~100.0%,与不同年份、不同国家的人源或污水源的51株参考株相似性为92.2%~100.0%。聚合酶RdRp区测序成功25株8个基因型(9株GⅡ.P3型,4株GⅠ.P3型,GⅠ.P1型、GⅠ.P2型和GⅡ.P1型各为3株,GⅠ.P5型、GⅡ.P5型和GⅣ.P1型各为1株);≥5岁病例占15株,GⅡ.P3型构成比最高(40.00%,6/15),<5岁病例占10株,GⅠ.P1型、GⅡ.P1型和GⅡ.P3型构成比最高(均为30.00%,3/10);每个基因型内部相似性为94.0%~100.0%,与不同年份、不同国家的人源或污水源的39株参考株相似性为90.2%~99.1%。结论:札如病毒是北京市散发腹泻病例的病原之一,主要基因组为GⅠ和GⅡ,基因型多样且分散;≥5岁和<5岁人群腹泻病例主要基因型不同。
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编辑人员丨4天前
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2023年重庆市城市污水新冠病毒监测结果
编辑人员丨4天前
目的:为了弥补传统大规模人群监测的不足,在新冠疫情爆发初期提供预警信号,重庆市自2023年起开展城市污水新冠病毒监测工作。方法:新冠病毒"乙类乙管"后,选择了重庆主城4个区5个有自动样本采集设施的污水处理厂作为监测点,每周每个污水处理厂各采集2份污水,用铝盐沉淀法进行富集浓缩,应用多重实时荧光RT-PCR方法对新冠病毒进行检测和分析。结果:2023年1月16日至12月31日累计监测城市污水496份,其中新冠病毒核酸检测阳性285份,总检出率57.46%。第3~5周、18~21周、40~47周新冠病毒检出率均为100.00%。城市污水中新冠病毒核酸浓度在第18周达到高峰,随后开始下降,进入低水平、波动流行期,污水监测新冠病毒核酸日均浓度与传染病监测系统显示的每日新增新冠感染者数、发热门诊新冠阳性检出率的变化趋势基本吻合。结论:重庆市城市污水中新冠病毒的检出率较高,尤其是4~5月份,污水监测可以间接反映新冠病毒感染状况。
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编辑人员丨4天前
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天津市重点职业人群戊型肝炎病毒感染现状及影响因素
编辑人员丨4天前
目的:掌握天津市重点职业人群戊型肝炎病毒(HEV)感染状况并分析其感染危险因素,有助于职业人群开展HEV防控。方法:采用分层随机抽样与便利抽样相结合的方法,于2019年6月抽取天津市家畜(猪)和家禽类相关养殖、屠宰、贩售人员以及医护人员、农民、海鲜贩售人员、污水管道工人作为重点职业人群(1 036人),选择其他非上述职业作为对照人群(200人)进行横断面调查。采用酶联免疫吸附(ELISA)法检测其抗戊型肝炎病毒抗原抗体(抗-HEV)IgG和IgM,应用logistic回归模型分析HEV感染的影响因素。结果:天津市重点职业人群抗-HEV IgG阳性率(26.45%,274/1 036)高于对照人群(14.50%,29/200)(χ 2=13.41, P<0.01)。HEV阳性率较高的职业为家畜(猪)养殖及屠宰人员(33.96%,18/53),不同职业间阳性率差异有统计学意义(χ 2=22.57, P<0.01)。多因素logistic回归分析显示,工作年限越长、在外就餐频次高(3~5、≥6次/周)、喝生水、食用未充分烧熟的猪肉或猪肝、作业后不洗手是HEV感染的危险因素( P<0.05);大专及以上学历是保护因素( P<0.05)。 结论:天津市重点职业人群抗-HEV IgG阳性率高,应加强对重点职业人群的监测及宣传教育,注意个人及饮食卫生。
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编辑人员丨4天前
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云南省蠓虫标本检出星状病毒序列
编辑人员丨4天前
目的:探索云南省师宗县蠓虫携带虫媒病毒情况。方法:采用RT-PCR方法对2013年7月采集自云南省师宗县的74批3 705只蠓虫进行检测,然后对扩增条带进行克隆测序。采用DNAStar软件中MegAlign进行同源性分析,使用MEGAX软件ALIGN进行序列比对和基于Maximum Likelihood (ML)方法进行遗传进化分析。结果:在云南省采集74批蠓虫样品中3批标本(SZC33、SZC42和SZ625C8-2)扩增出600 bp左右大小电泳条带;经过对以上PCR产物直接进行测序,SZC33和SZ625C8-2样本获得西藏环状病毒序列,而SZC42样品测序失败;对SZC42样品PCR产物进行克隆,挑取5个克隆进行测序,5个克隆均获得一段长为589个核苷酸(nucleotide,nt)序列,经BLASTx比对发现这5个克隆的核苷酸序列均与美国蚊虫中发现的星状病毒样病毒(culex bastrovirus-like virus, CAVL)的非结构蛋白基因氨基酸同源性最高,遗传进化分析结果显示云南省蠓虫(SZC42)样本检测到的病毒基因序列与美国蚊虫中检测到的CAVL(NC_040647)、巴西污水中检测到的星状病毒(Astrovirus,AV)(MF042208)以及越南蝙蝠检测到的AV(NC_032426)遗传进化关系较近,但形成独立的进化分支。结论:云南省蠓虫中发现的SZC42病毒序列为星状病毒序列。
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编辑人员丨4天前
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污水中新型冠状病毒富集浓缩和核酸检测方法标准(WS/T 799-2022)
编辑人员丨4天前
新型冠状病毒肺炎疫情暴发以来,全球多个国家已建立基于污水流行病学的污水新冠病毒监测,而我国尚未建立污水中新型冠状病毒的标准检测方法。本标准给出了聚乙二醇沉淀法、铝盐混凝沉淀法和离心超滤法三种污水中新型冠状病毒富集浓缩方法,以用于生活污水、医疗机构污水中新型冠状病毒富集浓缩和核酸检测。本标准的制定对规范污水中新型冠状病毒检测、对保证污水中新型冠状病毒检测的科学性、有效性具有重要意义。
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编辑人员丨4天前
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上海市环境污水监测埃可病毒11型基因特征和循环动态
编辑人员丨4天前
目的:探讨基于上海市环境污水监测中埃可病毒11型(echovirus 11, Echo11)的基因特征和循环动态变化。方法:本研究对上海市2012—2019年环境污水监测获得的Echo11分离株进行了VP1区核酸扩增和序列测定,结合上海市急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis, AFP)监测系统和健康儿童肠道病毒监测中Echo11分离株以及Echo11参考株进行序列同源性分析和系统发生学分析。结果:上海市3个监测系统来源Echo11分离株共有156株,其中2012—2019年环境污水共分离到136株,其流行高峰主要集中在夏秋季。上海市不同来源Echo11分离株进化速度较快,有40.3%存在第54位氨基酸位点突变。上海市不同来源Echo11共有5个基因亚型传播链,即A1、A2、C1、C3和D5基因亚型。2012年,环境污水、AFP病例和健康儿童之间存在A1基因亚型Echo11共循环现象。2012—2015年的优势传播链为A1基因亚型,从2016年开始,优势传播链逐渐变为D5基因亚型。结论:环境污水监测真实反映人类肠道病毒(human enterovirus, HEV)的循环状况,对于HEV相关疾病预测预警具有实际意义。
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编辑人员丨4天前
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脉冲清创在糖尿病足溃疡患者伤口愈合中的应用
编辑人员丨4天前
目的:探讨脉冲清创在糖尿病足溃疡患者伤口愈合中的应用效果。方法:采用随机数字表法将86例糖尿病足溃疡患者分为2组,每组各43例,对照组采用常规方法消毒并清洁伤口,试验组采用封闭式脉冲冲洗集污组件装置冲洗伤口,2组伤口按照统一的方法清创、选择敷料并包扎伤口,观察2组患者换药次数、换药时间、疗效、换药费用、伤口疼痛评分及创面愈合情况。结果:试验组换药次数、换药时间、伤口愈合时间和总有效率分别为(10.42 ± 1.92)次、(12.19 ± 2.37)min、(32.53 ± 6.91) d、86.04%(37/43),对照组分别为(19.47 ± 3.13)次、(21.65 ± 3.99) min、(43.17 ± 13.72) d、51.16%(22/43),差异有统计学意义( t值为4.545~16.127, χ2=13.214,均 P<0.01),但试验组换药费用为(3 278.78 ± 220.92)元,对照组为(3 195.75 ± 206.54)元,2组比较差异无统计学意义( t值为-1.814, P>0.05),试验组干预后第2、4、6和8周的疼痛评分分别为(1.47 ± 1.09)、(0.57 ± 0.72)、(0.06 ± 0.23)、(0.03 ± 0.01)分,对照组分别为(3.83 ± 1.16)、(2.73 ± 1.41)、(1.92 ± 1.06)、(1.43 ± 0.70)分,2组差异均有统计学意义( F时间=390.663、 F组间=76.011、 F交互=4.210,均 P<0.01),试验组干预后第2、4、6和8周的创面愈合率分别为(49.34 ± 9.34)%、(86.26 ± 13.33)%、(95.01 ± 8.56)%、(97.28 ± 3.62)%,对照组分别为(26.64 ± 5.19)%、(50.37 ± 10.53)%、(64.84 ± 12.27)%、(72.04 ± 12.96)%,2组比较差异有统计学意义( F时间=354.487、 F组间= 921.230、 F交互=23.154,均 P<0.01)。 结论:脉冲清创可以有效地清洁糖尿病足溃疡患者的伤口,减少换药次数,缩短每次换药时间和伤口愈合时间,减轻伤口疼痛,提高足溃疡创面的愈合率,且不增加患者的经济负担,值得临床推广应用。
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编辑人员丨4天前
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2019年南昌市生活污水中脊髓灰质炎病毒监测研究
编辑人员丨4天前
目的:持续监测2019年生活污水中的脊髓灰质炎病毒(poliovirus,PV),了解脊灰病毒在外环境中的流行变化趋势,为维持无脊灰状态提供实验室环境监测数据支持。方法:选择南昌市某区污水处理厂作为长期固定监测点,每月在污水处理厂入水口采集1 L污水作为样本。膜浓缩后在L20B、RD、Hep-2三种细胞上进行病毒分离培养,对阳性分离物进行VP1全长基因的测序分析。结果:共分离出脊灰病毒25株,分离率为91.67%(11/12),包括PV Ⅰ型3株,PV Ⅲ型22株,PVⅡ型0株。3株PVⅠ型毒株均为疫苗相似株,在全基因组的2749位点处均由腺嘌呤A突变为鸟嘌呤G,导致异亮氨酸突变成甲硫氨酸;2株PVⅢ(JX2019JHH037L、JX2019JHH042R)在2636位点处发生了由鸟嘌呤G突变为腺嘌呤A变异,导致了亲水氨基酸丙氨酸替代了疏水氨基酸苏氨酸。结论:在生活污水监测中分离到的脊灰病毒株均为疫苗株和疫苗相似株,未发现脊灰野毒株、脊灰疫苗衍生株及PVⅡ毒株。因此为维持无脊灰状态,需要持续对污水等外环境标本加强监测。
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编辑人员丨4天前
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2022—2023年福建省监测点环境污水中诺如病毒的检测和型别分布特征分析
编辑人员丨4天前
目的:了解福建省3个监测点环境污水中诺如病毒(norovirus, NoV)检出情况及型别分布特征,探索其应用于NoV监测的意义。方法:每月在代表性监测地区5个采样点采集污水,富集浓缩后,用逆转录半巢式-聚合酶链反应(reverse transcription-semi nested polymerase chain reaction, RT-snPCR)扩增NoV VP1部分基因片段,TA克隆后测序进行基因型别分析。结果:2022年7月至2023年6月共收集污水标本56份,GⅠ和GⅡ检出率分别为89.29%(50/56)和94.64%(53/56)。检出GⅠ组7种基因型和GⅡ组13种基因型,其中GⅠ.1、GⅠ.4、GⅡ.4和GⅡ.17为优势基因型。不同采样点检出基因型别不完全一致;2022年8~11月NoV检出率较低,且不同季节流行优势基因型不同,GⅠ.1和GⅡ.4在2022年8~11月呈高流行,但2022年12月到2023年6月分别被GⅠ.4和GⅡ.17取代。2023年1~6月相较2022年7~12月检出型别丰度更高。优势基因型GII.17具有多进化分支,发现了不同于2014/2015年流行株的新变异株。结论:环境污水NoV检出率高且基因型别多样,具备发现新变异病毒株的能力,环境污水监测可做为NoV病例监测的重要补充手段。
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编辑人员丨4天前
