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北京市市售结球生菜诺如病毒和轮状病毒污染状况调查
编辑人员丨1天前
目的:调查北京市市售结球生菜诺如病毒(norovirus,NoV)和轮状病毒(rotavirus,RV)污染情况。方法:2015年11月至2016年10月,在北京市某菜市场摊位采集结球生菜54件。用离心法和直接法,分别对应3种洗脱液洗脱菜叶中病毒并浓缩,用荧光PCR法检测NoV和RV核酸。用半巢式RT-PCR方法扩增NoV阳性样本的衣壳蛋白区基因,PCR产物直接测序,用BioEdit7.0. 9.0软件进行序列比对,用MEGA6.06软件构建进化树。结果:54件结球生菜,未检出RV。NoV总检出率为11.1%(6/54),其中GI组1件、GⅡ组3件、GI/GⅡ组混合2件。春夏秋冬季检出率依次为8.3%(1/12)、0.0%(0/8)、28.6%(4/14)和5.0%(1/20)。1件GⅡ阳性样本测序成功,为GⅡ.3基因型,该毒株与2014年广东省人源毒株KY348698相似性最高100.0%。结论:北京市市售部分结球生菜存在人源NoV污染,生食未洗净结球生菜有引起病毒性急性胃肠炎的风险。
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编辑人员丨1天前
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儿童EB病毒感染的流行病学调查及血清学特征分析
编辑人员丨1天前
目的:了解沈阳地区儿童EB病毒(EBV)感染的流行情况,分析其血清学特征。方法:采用LIAISON化学发光分析仪检测2017年8月至2018年7月于中国医科大学附属盛京医院就诊的26 714例患儿血清中抗EBV衣壳抗原IgM(VCA-IgM)抗体、抗衣壳抗原IgG (VCA-IgG)抗体、抗核抗原IgG(EBNA-IgG)抗体及抗早期抗原IgG(EA-IgG)抗体。根据VCA-IgM、VCA-IgG及EBNA-IgG 3项主要抗体的检测结果判断EBV感染状态;对其中VCA-IgM单独阳性的患儿,4~6周后复查EBV抗体。结果:26 714例患儿中VCA-IgM抗体阳性2 963例(11.09%),VCA-IgG抗体阳性15 349例(57.46%),EBNA-IgG抗体阳性14 263例(53.39%)及EA-IgG抗体阳性731例(2.74%)。15 149例男童VCA-IgM、VCA-IgG、EBNA-IgG及EA-IgG抗体阳性率分别为10.98%(1 663/15 149例)、57.73%(8 745/15 149例)、53.49%(8 103/15 149例)及2.57%(389/15 149例),11 565例女童上述抗体阳性率分别为11.24%(1 300/11 565例)、57.10%(6 604/11 565例)、53.26%(6 160/11 565例)及2.96%(342/11 565例),不同性别患儿在4项抗体检测阳性率间的差异均无统计学意义(均 P>0.05);VCA-IgG及EGNA-IgG抗体阳性率随患儿年龄的增长逐步增高( χ2=4 057.744、4 776.285,均 P<0.05),至14岁时,患儿VCA-IgG及EBNA-IgG的阳性率分别达到87.98%(1 317/1 497例)及88.78%(1 329/1 497例);三抗体联合检测显示,在VCA-IgM阳性的急性感染患儿中,以典型原发感染状态[36.38%(1 078/2 963例)]及原发感染恢复期或再激活状态[43.81%(1 298/2 963例)]为主;而VCA-IgG及EBNA-IgG双阳性的抗体组合模式占既往感染患儿的95.09%(12 777/13 437例)。在198例VCA-IgM单独阳性患儿中,有133例(67.17%)在复查时未发生血清IgG阳转。在所有就诊患儿中,无单独EA-IgG阳性患儿,而既往感染的患儿中3.19%(428/13 437例) EA-IgG阳性。 结论:EBV 4项抗体阳性率在男女患儿中无差异,其既往感染率随年龄增长而升高;抗体联合检测可为临床诊断提供更详细和可靠的信息;双份血清抗体检测可提高诊断的准确率;而EA-IgG是诊断EBV既往感染再激活的一个重要血清学指标。
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编辑人员丨1天前
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云南省艾滋病主要流行地区人类免疫缺陷病毒1型毒株 gag基因的变异特征
编辑人员丨1天前
目的:调查云南省4个艾滋病主要流行地区人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)毒株 gag基因序列的变异特征。 方法:利用完全随机抽样法抽取2019年1月至2020年12月云南省昆明市、德宏傣族景颇族自治州、红河哈尼族彝族自治州和临沧市抗病毒治疗定点机构进行随访治疗的480例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染/艾滋病患者,收集其流行病学信息,采集血浆标本后送至云南省传染病医院进行分析,采用巢式聚合酶链反应扩增HIV-1 gag基因,并进行基因分型,采用MEGA 6.06软件构建系统进化树,采用VESPA在线分析工具分析特征性氨基酸,采用Distance程序计算 gag,以及gag蛋白不同区段的基质蛋白p17、衣壳蛋白p24、核衣壳蛋白p7及p6蛋白的基因距离。采用SNAP程序分析同义突变频率与非同义突变频率比值(Ks/Ka值)。多组间统计学比较采用方差分析。 结果:404例患者成功获得 gag基因序列,其中以男性居多(250例,61.9%),年龄为40~59岁者占59.7%(241/404),传播途径主要为异性性传播(61.4%, 248/404)。主要流行的HIV-1亚型依次为流行重组型(circulating recombinant form, CRF)08_BC 155例(38.4%),CRF01_AE 74例(18.3%),独特重组型(unique rebombinant form,URF)52例(12.9%)、CRF07_BC 39例(9.7%),C亚型34例(8.4%),其他亚型28例(6.9%),B亚型22例(5.4%)。构建系统进化树发现,CRF08_BC亚型形成了2个主要传播簇,2个传播簇间共有8个位点的特征性氨基酸分布存在显著差异,分别为第79、93、121、122、151、363、395和396位点。CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC的 gag基因距离分别为0.090±0.004、0.088±0.004和0.078±0.002,差异有统计学意义( F=118.33, P<0.001)。3种主要亚型中, gag区段的Ks/Ka值分别为4.003±1.309、4.141±0.860和4.514±1.215,差异有统计学意义( F=1.35, P<0.001);p17区段的Ks/Ka值分别为2.590±0.186、2.831±0.496和2.936±0.475,差异有统计学意义( F=1.59, P<0.001);p24区段的Ks/Ka值分别为12.579±1.116、10.185±0.494和8.522±0.595,差异有统计学意义( F=1.61, P<0.001);p7区段的Ks/Ka值分别为10.850±0.711、9.717±0.932和8.522±0.026,差异有统计学意义( F=4.24, P<0.001);p6区段的Ks/Ka值分别为3.122±0.134、3.040±1.498和4.841±0.353,差异有统计学意义( F=10.68, P<0.001)。 结论:云南省4个地区中主要流行的亚型为CRF08_BC亚型,CRF08_BC的不同传播簇形成了不同的氨基酸组成模式,不同亚型 gag基因不同区段的变异程度不同,应加强对HIV变异毒株的监测,控制其流行蔓延。
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编辑人员丨1天前
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2022年我国GII.17[P17]诺如病毒急性胃肠炎暴发流行病学特征
编辑人员丨1天前
目的:了解我国2022年GII.17[P17]诺如病毒(Norovirus,NoV)急性胃肠炎(acute gastroenteritis,AGE)暴发的流行病学特征。方法:收集2022年1~12月AGE暴发信息及标本,应用real-time RT-PCR对样本进行NoV核酸检测,阳性样本通过RT-PCR扩增、测序和序列分析。结果:2022年1~12月,共报告NoV引起的AGE暴发360起,其中266起成功获得基因分型结果,GII.17[P17]为主要基因型之一,为34起(12.78%,34/266),春季检出最多(3月6起和5月7起),主要发生在托幼机构和小学(61.76%,21/34)。对不同年龄组感染GII.17[P17]基因型的差异进行比较发现,5岁以下、6~18岁、19~65岁、65岁以上这四个年龄组的GII.17[P17]基因型NoV感染病例占GII基因型NoV感染病例的比例分别为11.78%(53/450)、23.52%(32/136)、52.52%(52/99)、36.36%(4/11)。本研究14株GII.17[P17]基因组在衣壳区和聚合酶区分别属于Cluster III b和Cluster III(Kawasaki308)的SC III分支,均与引起我国2014/15季节AGE暴发流行GII.17[P17]新变异株(GZ41621株)同属一簇。与Cluster I、Cluster II和Cluster IIIa相比,Cluster IIIb存在22个氨基酸位点变化,本研究NoV毒株所在Cluster III b主要的氨基酸变化为:抗原表位A的T294I、Q299R,在抗原表位D发生了一个插入突变,人组织血型抗原受体结合位点site I的H353Q。选择压力分析检测到了大量负向选择位点,表明负向选择对VP1基因进化起着重要作用。结论:GII.17[P17]是2022年引起我国NoV AGE暴发的主要基因型之一,本研究的GII.17[P17]毒株与引起我国2014/15季节AGE暴发流行的GII.17[P17]新变异株(GZ41621株)仍同属一簇,在潜在表位发生少量氨基酸变异。
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编辑人员丨1天前
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EB病毒系列抗体及EB核酸联合检测在儿科中的应用
编辑人员丨1天前
目的:探讨EB病毒(EBV)系列抗体及EB核酸(EBV DNA)检测在儿童EBV感染疾病诊断中的作用。方法:回顾性分析2016年6月至2017年12月广州市妇女儿童医疗中心收治的儿童EBV感染患儿的临床资料,分析血清EBV系列特异性抗体及EBV DNA检测结果的诊断价值。结果:纳入EBV感染患儿481例,年龄1个月~12岁,包括1岁以下组83例、1~3岁组177例、3~6岁组139例、6岁以上组82例。EBV衣壳抗原IgM抗体(EBVCA-IgM)、EBVCA-IgG低亲和力及EBV DNA三项检测指标阳性率及单独阳性率分别为75.47%和34.93%、31.39%和5.20%、54.47%和14.76%。各年龄组EBVCA-IgG低亲和力阳性率比较,差异无统计学意义(均 P>0.05)。与其他年龄组比较,1岁以下组EBVCA-IgM阳性率增高、EBV DNA阳性率降低(均 P<0.05)。481例患儿中EBV原发感染228例,EBV DNA载量为5.030×10 2~1.140×10 8 cps/ml,中位数为6.995×10 3 cps/ml。 结论:EBV系列抗体检测结果为儿童传染性单核细胞增多症提供可靠诊断依据,结合EBV DNA载量有助于早期诊断儿童EBV感染相关的重症疾病。
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编辑人员丨1天前
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2019年陕西省三带喙库蚊中淡色库蚊浓核病毒的分离与鉴定
编辑人员丨1天前
目的:本研究对2019年陕西省三带喙库蚊标本中分离的病毒(SX1943)进行病毒学和分子生物学鉴定。方法:蚊虫研磨液接种组织培养细胞,对分离物进行病毒学和病毒分子遗传学分析。结果:在2019年于陕西省采集的三带喙库蚊标本中获得1株病毒分离物(SX1943),将该病毒接种至C6/36细胞后第3天发生明显细胞病变,表现为细胞圆缩、聚集和脱落等,分离物可稳定传代。然而,该批标本在BHK-21细胞连续传代3次均未发现显著细胞病变。SX1943病毒接种至C6/36细胞后经电子显微镜(负染)观察,可见大量圆形病毒颗粒,直径约25 nm。SX1943病毒基因组扩增与测序结果显示,该病毒基因组序列全长为3 594 nt,共编码3种蛋白,分别为非结构蛋白(NS1和NS2)和衣壳蛋白(VP),3种蛋白的基因长度分别为2 376 nt、1 098 nt和1 136 nt。经病毒分子遗传进化分析发现,SX1943病毒与浓核病毒亚科 Brevidensovirus病毒属中的淡色库蚊浓核病毒(Culex pipiens pallens Densovirus, CppDNV)处于同一进化分支,上述结果提示SX1943病毒为CppDNV。 结论:陕西省三带喙库蚊中分离到CppDNV。
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北京市2019年腹泻病例中札如病毒基因特征分析
编辑人员丨1天前
目的:了解北京市肠道门诊散发腹泻病例中札如病毒的基因型别及特征。方法:收集2019年北京市肠道门诊散发腹泻病例的粪便样本,应用实时荧光RT-PCR对样本进行札如病毒核酸检测,对阳性样本应用不同种RT-PCR方法进行札如病毒衣壳蛋白VP1区和聚合酶RdRp区部分基因片段扩增,对扩增阳性产物进行测序,应用BioEdit 7.0.9.0软件对序列进行比对,应用Mega 6.06软件构建进化树进行分析。结果:札如病毒总检出率为2.89%(44/1 522),<5岁病例的检出率为3.34%(18/539),≥5岁病例的检出率为2.64%(26/983)。衣壳蛋白VP1区基因测序成功23株,包括8个基因型(GⅠ.2型6株、GⅠ.1型和GⅡ.3型各5株,GⅠ.3型和GⅡ.5型各2株,GⅠ.5型、GⅡ.1型和GⅣ.1型各1株);≥5岁病例占16株,GⅠ.2型构成比最高(37.50%,6/16),<5岁病例占7株,GⅠ.1型和GⅡ.3型构成比最高(均为42.86%,3/7);每个基因型内部相似性为95.5%~100.0%,与不同年份、不同国家的人源或污水源的51株参考株相似性为92.2%~100.0%。聚合酶RdRp区测序成功25株8个基因型(9株GⅡ.P3型,4株GⅠ.P3型,GⅠ.P1型、GⅠ.P2型和GⅡ.P1型各为3株,GⅠ.P5型、GⅡ.P5型和GⅣ.P1型各为1株);≥5岁病例占15株,GⅡ.P3型构成比最高(40.00%,6/15),<5岁病例占10株,GⅠ.P1型、GⅡ.P1型和GⅡ.P3型构成比最高(均为30.00%,3/10);每个基因型内部相似性为94.0%~100.0%,与不同年份、不同国家的人源或污水源的39株参考株相似性为90.2%~99.1%。结论:札如病毒是北京市散发腹泻病例的病原之一,主要基因组为GⅠ和GⅡ,基因型多样且分散;≥5岁和<5岁人群腹泻病例主要基因型不同。
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江苏省3个城市疱疹性咽峡炎流行病学与病原学特征分析
编辑人员丨1天前
目的:分析江苏省3个城市疱疹性咽峡炎(HA)流行病学与病原学特征,为江苏省HA的精准防控提供参考依据。方法:选择无锡市、苏州市和盐城市的3家监测哨点医院,2018年5月至2022年12月定期从医院住院管理系统分年龄段收集HA的就诊和住院病例的相关信息。采用RT-PCR方法进行肠道病毒核酸检测,并对主要流行株的衣壳蛋白VP1编码基因序列进行测序分析、基因亚型的鉴别和系统进化分析。结果:无锡市、苏州市和盐城市的HA就诊病例数为57 709例,是同期报告的手足口病例数的1.76倍(57 709/32 831);HA住院占比为1.35%(781/57 709),住院占比逐年呈上升趋势( χ2=62.79, P<0.001)。HA流行高峰为5-7月。发病年龄主要为12~59月龄组儿童(67.07%,38 708/57 709),以36~59月龄组居多(34.40%,19 852/57 709)。HA阳性率为33.82%(644/1 904);以肠道病毒A组为主(54.04%,348/644);其中柯萨奇病毒(CV)A6占比最高(52.59%,183/348),CVA16和CVA4分别占24.71%(86/348)和15.23%(53/348)。10株CVA4 HA流行株均属于C2基因亚型,6株CVA6 HA流行株均属于D3a基因亚型;并与我国部分地区(福建省、广州市、江西省、云南省、天津市等)毒株的遗传距离和亲缘关系较为接近。 结论:HA疾病负担较重,12~59月龄组是HA发病的重点人群,流行高峰为5-7月。HA病原多样化,以肠道病毒A组为主。HA流行株具有较低的型内分化,未发现新的进化分支。建议将HA纳入手足口病监测工作或法定传染病。
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天津市新型冠状病毒肺炎确诊病例病原学检测结果及影响因素分析
编辑人员丨1天前
目的:研究天津市新型冠状病毒肺炎确诊病例实验室检测结果特征及影响因素。方法:按照标准操作流程完成患者样本采集,使用天隆自动磁珠核酸提取试剂完成核酸提取,使用4种已获得审批的新型冠状病毒核酸检测试剂盒进行实时荧光RT-PCR核酸检测,收集患者相关流行病学资料,使用SPSS25.0软件完成单因素方差分析和非参数检验进行组间差异性分析。结果:共完成123例新型冠状病毒肺炎确诊病例的核酸检测,PCR检测次数共162次,11次单靶标阳性结果中有10次为核衣壳蛋白基因(nucleocapsid protein gene,N gene)单靶标阳性;同时使用2种试剂盒对19例确诊病例进行检测,结果显示不同试剂盒检测效果存在差异;采集多种样本类型对13例患者进行检测,痰样本Ct值普遍低于咽拭子样本。不同临床症状分型患者咽拭子Ct值之间差异无统计学意义( PCt-N=0.797; PCt-ORF1a/b=0.551)。根据发病日期与首次检测病毒核酸阳性日期之间的间隔时间分组,不同分组咽拭子Ct值之间差异无统计学意义( PCt-N=0.373; PCt-ORF1a/b=0.058)。 结论:痰液样本相比上呼吸道样本病毒核酸检测更易检出。N基因检测灵敏度更高,N基因单靶标阳性结果应重新采样检测。应根据实际需求选择合适的检测试剂盒,多时间点、多样本类型、多部位采集样本开展检测。
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传染性单核细胞增多症患儿血清抗EB病毒抗体检测结果分析
编辑人员丨1天前
目的:了解传染性单核细胞增多症(IM)患儿血清抗EB病毒(EBV)抗体谱类型,分析抗EBV衣壳抗原(VCA)免疫球蛋白(IgG)抗体亲合力检测在诊断IM中的价值。方法:回顾性分析2016年5月至2019年5月在首都医科大学附属北京儿童医院诊断为IM的150例住院患儿的血清抗EBV抗体谱结果及血浆EBV核酸检测结果,抗EBV抗体谱包括抗VCA IgG和IgM,抗早期抗原(EA)IgA,抗EBV核抗原(EBNA)IgG和VCA IgG抗体亲合力。抗EBV抗体谱的检测方法为酶联免疫吸附法,血浆EBV核酸检测使用实时荧光定量PCR方法。结果:150例IM患儿中抗EBV抗体谱大致可分为2种类型:1.抗VCA-IgM/IgG阳性、抗EBNA-IgG阴性和抗VCA-IgG低亲合力抗体阳性130例(86.7%),其中抗EA-IgA阳性50例;2.抗VCA-IgM阴性,抗VCA-IgG阳性、抗EBNA-IgG阴性和抗VCA-IgG低亲合力抗体阳性18例(12.0%),其中EA-IgA阳性5例。132例患儿进行了血浆EBV DNA检测,阳性率37.9%(50/132例)。结论:儿童IM患者血清抗EBV抗体谱呈现多种类型,12.0%的IM患儿住院时抗VCA-IgM阴性,依靠抗VCA-IgG抗体亲合力检测可明确诊断。
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编辑人员丨1天前