目的 对2022年浙江省湖州市某幼儿园一起急性胃肠炎疫情进行病原鉴定,并对检出的札如病毒进一步做基因分型.方法 采用多重荧光聚合酶链式反应(PCR)的方法对送检的标本进行轮状病毒、诺如病毒、札如病毒、星状病毒和肠道腺病毒的核酸检测.札如病毒阳性标本进一步采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法对其进行RdRp区和VP1区部分片段的扩增和测序,采用系统进化树分析判定病毒基因型别.结果 送检的14份肛拭子样本和5份物表样本中检出札如病毒核酸阳性4份,其他样本均为阴性.4份阳性样本均测序成功.系统进化分析结果显示,本次疫情检出的札如病毒RdRp区和VP1区均为G Ⅱ.3型,未发生重组.结论 该起幼儿园急性胃肠炎疫情是由G Ⅱ.3型札如病毒感染所致,相关机构应加强对札如病毒的感染监测,为胃肠炎的防控提供实验室技术支持.

目的 分析四川省首例猴痘病例感染病毒全基因组特征,为猴痘防控工作提供基础资料.方法 采集病例咽拭子和疱疹液拭子提取核酸,用实时荧光聚合酶链式反应(PCR)进行初筛,确认阳性后用纳米孔测序进行全基因组测序.测序数据用Minimap2 v2.18-r1015、Medaka v1.8.0、Snpeff v4.3.1软件进行组装、核苷酸突变位点识别和功能注释,通过在线分析平台Nextclade(https://clades.nextstrain.org/)进行型别鉴定,以IQ-TREE v2.1.2软件构建全基因组进化树.结果 3种实时荧光PCR试剂盒检测咽拭子和疱疹液拭子均显示猴痘病毒核酸阳性,且疱疹液拭子每个反应管内荧光信号达到设阈值时所经历的循环数(Ct值)均低于咽拭子.全基因组测序分析显示,该病例感染的猴痘病毒(SC001)属于Ⅱb分支B.1.3基因型,与美国、日本、中国浙江省等地流行的毒株同源(核苷酸相似性99.98％～99.99％),其中与浙江省流行的毒株最为相近(核苷酸相似性99.99％).与参考基因组(NC_063383.1)相比,SC001株含有70个单核苷酸突变位点.结论 四川省首例猴痘病例感染的病毒与我国其他地区流行株的基因型一致,后续应持续关注病毒遗传进化情况,警惕新变异株出现.

目的 分析浙江省金华市2020-2022年新报告经异性性传播≥50岁人类免疫缺陷病毒/获得性免疫缺陷综合征(HIV/AIDS)病例性行为和传播网络特点,为艾滋病精准防控提供依据.方法 对2020-2022年新报告的经异性性传播≥50岁HIV/AIDS病例开展流行病学调查,采集调查对象抗病毒治疗前的血液样本,通过核酸提取、聚合酶链式反应(PCR)扩增pol基因,通过Sequencher 5.0软件拼接整理测序结果,BioEdit v7.2.0软件进行序列比对,MEGA 6.0软件构建系统进化树,使用Cytoscape 3.6.0软件构建HIV分子传播网络进行分析.结果 517例经异性性传播病例中,以1年前感染(369例,71.37％)、本地感染(309例,59.77％)为主;经商业异性性行为传播242例(46.81％),经非婚非商业异性性行为传播213例(41.20％),经配偶固定性伴传播62例(11.99％).采集血样410份,成功获得序列369条,共检出14种HIV-1基因亚型,以CRF07 BC(179例,48.51％)、CRF01_AE(98例,26.56％)、CRF08_BC(58例,15.72％)为主.165条序列进入分子传播网络,形成40个簇.影响因素分析结果显示,60岁及以上年龄组[与50～59岁年龄组比较,比值比(OR)=1.70,95％置信区间(CI):1.04～2.79]、阳性者配偶或性伴检测(与临床就诊比较,OR=3.68,95％CI:1.32～10.22)的HIV-1成簇率更高,高中及以上文化程度(与小学及不识字/少识字比较,OR=0.41,95％CI:0.18～0.90)的HIV-1成簇率更低.8个大簇占成簇病例数的49.09％(81/165),C1、C2传播以包含暗娼病例的商业异性性行为为主;C3、C5、C6和C8以未含暗娼的商业异性性行为为主;C4以某男性病例为核心通过非婚非商业异性性行为感染HIV,继而引起婚内和固定性伴间的传播;C7以另一男性病例为核心通过商业异性性行为感染HIV,继而引起4名非婚非商业异性性伴感染.结论 浙江省金华市经异性性传播≥50岁中老年病例商业异性性行为和非婚非商业异性性行为并存,HIV-1亚型多样,成大簇的本地感染比例较高,区域聚集性明显,并存在跨县(市)传播.应加强对重点人群、重点区域、重点场所干预,加强≥50岁人群检测与溯源调查.

目的:了解河南省漯河市2017—2022年急性呼吸道感染（ARIs）病例中鼻病毒（RV）的感染状况及其分子型别组成。方法:于2017年10月至2022年6月，收集河南省漯河市中心医院2 270例ARIs病例的临床和流行病学资料，并采集病例咽拭子标本，采用实时荧光定量聚合酶链式反应（qPCR）筛选RV阳性标本，随后对阳性标本使用巢式逆转录聚合酶链式反应（nested RT-PCR）扩增VP1区全长，并使用MEGA软件结合国际病毒分类委员会推荐的169条RV参考株序列构建系统进化树以确定RV分型。结果:2 270例ARIs病例中，男性病例1 283例（56.52%）；年龄 M（ Q 1， Q 3）为3（1，6）岁，5岁以下人群占68.59%（1 557/2 270）；137例病例（6.04%）检出RV，其中68例病例（49.64%）与其他病毒合并检出，与肠道病毒的合并检出最常见，占14.60%（20/137）。0~4岁、5~14岁、15~59岁和≥60岁年龄组中RV检出率分别为6.42%（100/1 557）、4.69%（21/448）、3.80%（6/158）和9.35%（10/107），差异无统计学意义（ χ2=5.310， P=0.150）。新型冠状病毒感染疫情前（2017—2019年）和期间（2020—2022年），RV总体检出率差异无统计学意义（ χ2=1.823， P=0.177）。共获得109条VP1序列，包含62个型别，其中RV-A、RV-B和RV-C三个种分别检出42、3和17个型别。 结论:RV为2017—2022年河南省漯河市ARIs病例中主要流行的病原体之一，存在多个RV型别共流行，无明显优势型别。

目的:分析猴痘患者的流行病学、临床症状和实验室检查特征。方法:对义乌市中心医院2023年7月确诊的4例猴痘患者进行流行病学、临床症状和体征、实验室血液及生化分析，并取疱疹液及病变皮肤组织使用非洲绿猴肾细胞(Vero)进行病毒分离培养和全基因测序鉴定。结果:4例患者均为男性，年龄24~35岁，发病前21 d内均有男男性行为。其中，1例患者患有艾滋病，1例患者患有梅毒。4例患者均出现会阴部皮损伴瘙痒，3例入院时查体发现有淋巴结肿大。实验室检测中，病例4血常规显示淋巴细胞异常，为4.57×10 9/L，病例1降钙素原升高，为0.25 ng/mL。3例患者细胞因子异常，其中病例2和3白细胞介素10(IL-10)升高，分别为7.11和9.42 ng/L，病例3 IL-6为66 ng/L，病例2 IL-4为3.24 ng/L。病例2心肌酶谱异常，乳酸脱氢酶为313 U/L，其他指标未见明显异常。在病变皮损组织及疱疹液中成功分离到猴痘病毒，全基因测序鉴定均为Ⅱb进化分支B.1.3亚型，对Vero细胞具有典型的病变效应。 结论:4例猴痘患者的临床症状较轻，男男性行为中密切接触可能在猴痘传播中起关键作用。病毒株均为Ⅱb进化分支B.1.3谱系。

目的:分析并比较2016年浙江省温岭地区EV71型轻、重症手足口病(HFMD)患儿病毒分离株VP1和VP4区基因特征及进化关系。方法:研究对象为2016年浙江省温岭市第一人民医院分离鉴定的EV71型HFMD患儿，随机选取轻、重症HFMD患儿EV71病毒株各6例，进行VP1和VP4区基因扩增和测序，利用DNAStar和Mega 6.0软件对测序结果与美国国立生物信息中心公布的EV71典型基因代表株(A、B1～5、C1～4亚型)进行核苷酸和氨基酸比对分析，并构建系统进化树。结果:轻、重症手足口病患儿性别(χ 2＝14.51， P<0.05)和年龄( t＝2.82， P<0.05)差异无统计学意义。两组EV71分离株的VP1区核苷酸同源性为95.8%～99.6%，氨基酸同源性为99.1%～100%；VP4区核苷酸同源性为95.0%～99.9%，氨基酸同源性为99.0%～100%，轻、重症EV71分离株同源性高。它们与典型C4a基因型代表株最接近，氨基酸同源性为：96.6%～100%(VP1)和94.3%～100%(VP4)。3例EV71型重症HFMD患儿分离株分别出现VP1区V170L突变(缬氨酸→亮氨酸)，VP1区A293S(丙氨酸→丝氨酸)以及VP4区T7A(苏氨酸→丙氨酸)，其他未见明显突变。 结论:2016年浙江温岭地区轻、重症HFMD患儿EV71病毒分离株VP1和VP4区同源性高，且均属于C4a基因亚型。其中几个位点的氨基酸突变可能与浙江温岭地区HFMD患儿疾病危重有关。

本文介绍自2020年以来我国白蛉传播病毒的研究进展，包括白蛉携带病毒的分离鉴定，病毒分子遗传进化，病毒对人和动物感染，以及白蛉种群与病毒时空关系等。并对今后我国关于白蛉携带病毒所需要开展的工作提出意见和建议，以推动我国在该领域的研究。

目的:对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型（coxsackievirus B5，CVB5）病毒株进行全基因组测序，并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法:通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株，应用全基因组测序技术对分离株进行病毒基因序列测定，采用MEGA、RDP4及SimPlot软件，解析病毒基因组学特征。结果:分离株YN-01/CHN/2022与2株广东CVB5流行株核苷酸同源性为96.6%，属GⅠ.C1分支，与国内大多其他CVB5流行株相似度低（≤90.3%），揭示国内CVB5流行株间基因组差异较大。该分离株VP1序列存在2个特有的氨基酸突变（T246A和T275A），但其95位氨基酸未发生改变。基因重组分析显示YN-01/CHN/2022可能为重组株，重组位点发生在P1区VP4（940）和P2区2A（3 540）。结论:本研究分离株YN-01/CHN/2022属于CVB5 GⅠ.C1基因型，存在特异的核苷酸分歧，也证实了CVB5基因组有重组现象发生。该数据提示增强CVB5分子流行病学研究工作，持续追踪病毒进化规律，不断提高相关疾病防控工作的精准性。

目的:了解河南省急性呼吸道感染(ARI)病例中人副流感病毒3型(HPIV3)血凝素-神经氨酸酶(HN)的基因特征。方法:对河南省漯河市采集的严重急性呼吸道感染(SARI)病例标本和郑州市采集的流感样病例(ILI)标本进行人副流感病毒(HPIVs)核酸检测，HPIV3检测阳性标本使用RT-PCR法进行HN基因扩增并测序，使用CExpress以及MEGA7.0软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果:漯河市和郑州市共采集ARI咽拭子标本374份，其中HPIV3核酸检测阳性标本20份(5.3%)，对阳性标本进行靶基因扩增后获得18条序列，经分析全部为C3亚群，其中有16条序列为C3f基因型，有2条序列为C3a基因型。18株HPIV3的HN基因序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~100.0%和99.3%~100.0%，与原株型Wash/47885/57相比差异较大，发生了12处共同的氨基酸突变，其中H295Y、I391V、D556N和I53T是功能相关突变位点。与流行株China/BCH4210A/2014相比同源性较高，未发生共同的氨基酸突变，未发现新的功能相关突变位点。结论:河南省近年流行的HPIV3为C3亚型的C3f和C3a分支，可能建立了本土循环流行。应对HPIV3的C3亚型进行持续深入的监测，为防控HPIV3相关疾病提供科学依据。

目的:了解深圳市2018年登革热疫情的流行病学特征和流行毒株的基因分型。方法:采用描述性流行病学方法分析2018年深圳市登革热疫情，采集患者血液标本，采用胶体金免疫层析法检测血清特异性IgM、IgG抗体，采用实时荧光定量聚合酶链反应进行病原学检测和基因型别鉴定。采用反转录聚合酶链反应扩增登革病毒 E基因序列，与不同国家和地区的登革热流行毒株进行同源性比较和进化树分析。 结果:2018年1月1日至12月31日，深圳市累计报告登革热234例，发病率为1.87/10万，本地病例144例(61.54%)，输入病例90例(38.46%)，以东南亚国家及深圳市周边城市输入为主。发病时间集中在8月至11月，共202例(86.32%)。以20～50岁中青年患者为主(195例，83.33%)。登革病毒1型(dengue virus type 1，DENV-1)占86.01%(166/193)，登革病毒2型(dengue virus type 2，DENV-2)占10.36%(20/193)，登革病毒3型占2.59%(5/193)，登革病毒4型占1.04%(2/193)，且本地病例均为DENV-1感染。24株DENV-1毒株与HAWAII45毒株 E基因核苷酸同源性为93.0%～94.6%，氨基酸同源性为96.6%～97.2%。其中23株为基因Ⅰ亚型；1株为基因Ⅳ亚型，为深圳市首次报道的输入性病例。6株DENV-2毒株与国际标准株NGC株 E基因核苷酸同源性为93.1%～93.9%，氨基酸同源性为97.0%～97.8%。其中2株为Cosmopolitan亚型；4株为Asian Ⅰ亚型，为深圳市首次报道。 结论:2018年深圳市登革热流行具有本地传播与输入传播并存的特点，主要流行为DENV-1，推测主要流行株由东南亚国家及深圳市周边城市输入，应加强关注出现地方性登革热流行的趋势。