目的 分析四川省首例猴痘病例感染病毒全基因组特征,为猴痘防控工作提供基础资料.方法 采集病例咽拭子和疱疹液拭子提取核酸,用实时荧光聚合酶链式反应(PCR)进行初筛,确认阳性后用纳米孔测序进行全基因组测序.测序数据用Minimap2 v2.18-r1015、Medaka v1.8.0、Snpeff v4.3.1软件进行组装、核苷酸突变位点识别和功能注释,通过在线分析平台Nextclade(https://clades.nextstrain.org/)进行型别鉴定,以IQ-TREE v2.1.2软件构建全基因组进化树.结果 3种实时荧光PCR试剂盒检测咽拭子和疱疹液拭子均显示猴痘病毒核酸阳性,且疱疹液拭子每个反应管内荧光信号达到设阈值时所经历的循环数(Ct值)均低于咽拭子.全基因组测序分析显示,该病例感染的猴痘病毒(SC001)属于Ⅱb分支B.1.3基因型,与美国、日本、中国浙江省等地流行的毒株同源(核苷酸相似性99.98％～99.99％),其中与浙江省流行的毒株最为相近(核苷酸相似性99.99％).与参考基因组(NC_063383.1)相比,SC001株含有70个单核苷酸突变位点.结论 四川省首例猴痘病例感染的病毒与我国其他地区流行株的基因型一致,后续应持续关注病毒遗传进化情况,警惕新变异株出现.

目的:提出一种基于Canny边缘检测算法求取CT胸腔图像噪声的方法。方法:选取2021年采集的男性志愿者的CT胸腔图像250张，通过Canny自适应阈值法提取CT胸腔图像轮廓，并比较Sobel算法、Canny双阈值法和Canny自适应阈值法的相似度；使用霍夫变换来确定感兴趣区域，考察感兴趣区域的选取大小、重建卷积核和管电流对CT胸腔图像噪声的影响。结果:Canny自适应阈值法保留了更多细节，边缘的连续性和完整性有所提高，对边缘检测与图像分割更加灵活以及更加具有鲁棒性。Canny自适应阈值法结构相似性指数最高（0.644），均方根误差最小（0.371），其在边缘轮廓检测方面相似度最高，效果更显著。随着方形感兴趣区域大小的增加，平均噪声呈现下降趋势，噪声标准差在某些区间有所增加，特别是在较大的方形区域。在同一重建卷积核的情况下，CT胸腔图像升主动脉的平均噪声比胸主动脉的高，升主动脉的噪声标准差比胸主动脉的低。对于升主动脉，重建卷积核E的升主动脉平均噪声（41.97 dB）最低，噪声标准差（20.64 dB）最大；对于胸主动脉，重建卷积核E的平均噪声（30.78 dB）最低。胸主动脉的平均噪声和噪声标准差随管电流的增加而下降。结论:提出了一种基于Canny边缘检测算法求取CT胸腔图像噪声的方法，适用于检测CT胸腔图像。

目的:对一株自脓毒血症患者血液中分离的罕见螺原体DGKH1进行菌种鉴定和生物学特性分析。方法:对DGKH1进行常规细菌培养、染色与形态学观察、生理生化鉴定、16S rRNA基因测序和系统发育分析，以及基因组测序和基因组相关指数分析，从而确定其分类学地位；参考人型副支原体和解脲脲原体进行药敏试验。结果:分离株DGKH1可以在哥伦比亚血平板、巧克力平板和嗜血巧克力平板上微弱生长，在含有四环素(4 μg/ml)、多西环素(1 μg/ml)、米诺环素(1 μg/ml)、交沙霉素(2 μg/ml)、罗红霉素(1 μg/ml)、克拉霉素(1 μg/ml)和特利霉素(1 μg/ml)的支原体液体培养基中不生长。在商品化的支原体固体培养基上，DGKH1可形成"油煎蛋样菌落"，与人型副支原体相类似。采用常规革兰染色，DGKH1不着色；以磷酸盐缓冲液为基质进行透射电镜观察，其菌体呈螺旋形。16S rRNA基因测序显示，分离株与中华绒螯蟹螺原体CCTCC M 207170 T相似性最高(99.85%)，但尿素分解试验阳性，与已知螺原体属菌种存在差异。全基因组系统发育分析显示，该菌株与中华绒螯蟹螺原体CCTCC M 207170 T聚类为同一个小的分支，但两者之间的全基因组平均核苷酸一致性(ANI)和数字DNA-DNA杂交(dDDH)值分别为94.14%和56.00%，均低于原核生物的种鉴定阈值。 结论:分离株DGKH1隶属于螺原体属，是一种与中华绒螯蟹螺原体亲缘关系密切的潜在新种，其部分微生物学特性与支原体相类似，但自然宿主来源和流行病学资料还有待于更深入研究。

目的:探讨在 18F-脱氧葡萄糖(FDG) PET/CT图像中采用不同方法勾画胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤区域对使用影像组学特征预测病理分化程度的影响。 方法:回顾性分析2010年9月至2016年1月间于北京协和医院经病理证实的72例PDAC患者(男46例、女26例，年龄：25～87岁)的术前 18F-FDG PET/CT图像及病理资料。根据PDAC病理分化程度将患者分为高分化和非高分化组。入组患者按3∶1的比例随机划分至训练集和验证集。所有病例由2位医师手动勾画感兴趣区(ROI；记为ROI_M1和ROI_M2)，再分别基于标准摄取值(SUV)梯度(记为ROI_G)和40%最大SUV(SUV max)阈值(记为ROI_S)半自动勾画ROI。计算并比较4种勾画结果的体积、戴斯相似性系数(DSC)。从PET/CT原始和预处理图像中提取形状、一阶、纹理等特征，并以组间相关系数(ICC)评估每个特征在不同勾画结果间的一致性。使用Kruskal-Wallis秩和检验、两独立样本 t检验或 z检验分析数据。采用受试者工作特征曲线下面积评估模型准确性，并通过交叉验证评估模型泛化能力。 结果:训练集共55例患者(高分化14例，非高分化41例)；验证集共17例患者(高分化4例，非高分化13例)。20个特征组中共筛选出44个对PDAC分化程度有预测价值的特征。ROI_M1、ROI_M2、ROI_G和ROI_S勾画的轮廓体积分别为10.29(4.01，19.43)、9.34(4.26，17.27)、11.86(5.52，19.74)和15.08(9.62，27.44) cm 3，差异有统计学意义( H＝18.641, P<0.05)。手动勾画(ROI_M1和ROI_M2)的肿瘤轮廓重合度和特征一致性均较好[DSC＝0.86(0.76，0.90); ICC＝0.86(0.74，0.94)]。与手动勾画结果比较，ROI_G的轮廓重合度和特征一致性较好[DSC：0.86(0.75，0.91)、0.91(0.85，0.96)；ICC: 0.87(0.72，0.94)、0.94(0.88，0.98)]；ROI_M1与ROI_G的预测模型准确性和泛化能力差异无统计学意义( z＝1.052, t＝0.712,均 P>0.05)；ROI_M2的预测模型准确性优于ROI_G( z＝3.031, P＝0.002)，但泛化能力不足( t＝3.086, P＝0.012)。 结论:基于手动勾画构建的预测模型准确性较高，但模型性能不稳定；基于梯度的半自动勾画可以达到与手动勾画相似的准确性，且模型泛化能力更强。

目的:建立一种实时荧光定量PCR方法检测与鉴定人苍白杆菌（ Ochrobactrum anthropi， O.anthropi）及布鲁氏菌，并应用于临床样本的检测。 方法:从美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）网站GenBank数据库下载苍白杆菌属和与苍白杆菌属相邻近属种菌株的16S核糖体RNA（16S ribosomal RNA，16S rRNA）基因核苷酸序列。使用MEGA 5.1软件构建系统发育树；应用DNAstar（V7.1）软件设计引物及探针，建立检测与鉴定 O.anthropi的实时荧光定量PCR方法，验证方法的灵敏性和特异性，并应用该方法检测牧区临床患者血液样本中 O.anthropi感染情况。 结果:共从NCBI网站下载苍白杆菌属17个种37株、与苍白杆菌属相邻近的布鲁氏菌属8个种15株菌株的16S rRNA基因核苷酸序列。16S rRNA基因系统发育树分析发现， O.anthropi与苍白杆菌属 O.cytisi、 O.lupini、 O.tritici种菌株具有高度同源性（相似性均为100.0%），与布鲁氏菌属8个种菌株的相似性为99.1%，与其他13个种苍白杆菌属菌株的相似性为84.5% ~ 98.6%。成功建立了实时荧光定量PCR检测方法（巢氏PCR），检测 O.anthropi标准菌株DNA，单一实时荧光定量PCR最低检测限为3.67 fg核酸DNA，循环阈值（cycle threshold，CT）= 36.40，巢式PCR检测CT = 14.67；且未检出布鲁氏菌属等非苍白杆菌属菌株。对126份临床患者血液样本进行检测， O.anthropi的检出率为17.46%（22/126）。 结论:建立了实时荧光定量PCR方法检测 O.anthropi，该方法具有较高的灵敏性和较强的特异性，可用于 O.anthropi与布鲁氏菌的鉴定及临床样本检测。

目的:对临床痰液和中段尿标本分离的SQ219和SQ220进行生物学特性、系统进化和临床意义分析。方法:观察菌株的培养特性及生理生化特征；用VITEK2全自动微生物鉴定和药敏分析仪及MALDI-TOF质谱仪鉴定细菌；利用相关软件对细菌16S rRNA和核心基因组作系统发育分析及基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析。结果:SQ219和SQ220为革兰阴性杆菌，专性需氧，触酶和氧化酶阳性，无动力；在30℃、pH7和不含NaCl的培养基中生长最佳；SQ220可在血平板上产生黄色素但SQ219不产生；SQ219和SQ220对氨曲南、阿米卡星、妥布霉素、黏菌素耐药，与金黄杆菌属药敏表型一致。SQ219和SQ220总长分别为5.08 Mb和4.80 Mb，G+C含量分别为36.72%和36.36%，均预测到β-内酰胺类耐药基因( blaCGA)。16S rRNA系统发育分析表明SQ219、SQ220与啤酒神金黄杆菌DSM18014 T相似性最高，分别为98.93%和98.36%；核心基因组进化分析显示SQ219、SQ220与啤酒神金黄杆菌DSM18014 T的进化关系最近。然而，两株菌与啤酒神金黄杆菌DSM18014 T ANI值分别为92.49%和93.27%，低于95%原核生物种的阈值。 结论:根据16S rRNA和全基因组的同源性和系统发育分析，判断SQ219和SQ220为金黄杆菌新种，丰富了金黄杆菌的进化信息，为金黄杆菌属细菌新种的鉴定奠定了基础。

目的 构建一种高效的易混淆药品目录自动生成算法,并在此基础上开发一种易混淆药品目录管理系统,以此提升对易混淆药品目录的管理效率.方法 本研究以莱文斯坦距离算法为理论基础,深入研究易混淆药品组的自动识别机制以及相似性阈值筛选方法,进而构建易混淆药品目录自动生成算法.在系统开发层面,本研究采用Visual Basic.NET作为编程语言,结合SQL Server 2008 R2 Express数据库管理平台,设计开发易混淆药品目录管理系统.结果 相似性阈值δ是易混淆药品目录自动生成算法的关键参数,随着δ的逐渐增大,易混淆药品的总数逐渐减少,而易混淆药品组数则呈现先上升后下降的变化规律.在实际应用中,可根据药品的通用名或品种名构建易混淆药品目录,对应的相似性阈值可取0.75和0.83.此外,本课题组开发的易混淆药品目录管理系统将原本耗时约1周的目录建立时间缩短至不到1 h,极大地提升了工作效率.结论 本研究构建的易混淆药品目录自动生成算法高效快速,为易混淆药品管理提供了强有力的技术支撑.开发的易混淆药品目录管理系统极大地减轻了目录建立和维护的时间成本,提高了对易混淆药品目录的管理效率.

颅内出血由颅内血管破裂引起,出血体积对治疗决策和预后分析具有重要的临床意义,而基于CT影像的血肿分割是体积测量的基础.全监督方法依赖于人工勾画的标签,十分耗时和繁琐,现有弱监督分割方法的鲁棒性差,容易受伪影干扰.为此,本研究提出了基于多实例学习的弱监督颅内出血分割网络MIL-ICH,由双分支结构组成.首先,由多实例学习解码器生成热图定位出血区域;然后,在热图基础上使用CT值阈值和像素自适应优化模块提取并优化伪标签,训练分割解码器;最后,两个分支同时训练,提高训练效率并且利用多分支协同作用进一步提升分割性能.在来自RSNA颅内出血数据集的200例CT扫描上的测试结果表明,MIL-ICH网络的Dice相似性系数和体积相似度分别达到了 0.822和0.896,本网络测量的出血量与实际出血量的相关性优于临床常用的多田公式估测法.所提出的方法能够提高颅内出血弱监督分割性能,有助于为临床提供出血体积测量和预后评价的依据.

目的 应用18F脱氧葡萄糖(18F-FDG)正电子发射计算机断层扫描(PET/CT)图像勾画食管癌原发肿瘤区(GTV),探讨不同方法勾画的准确性.方法 选取10例未手术的胸段食管癌患者的PET/CT,分别采用标准摄取值(SUV)2.5、最大SUV(SUVmax)的40％、PET-edge以及医生通过视觉观察法手动勾画四种方法勾画食管癌GTV,分别命名为GTV2.5、GTV40％、GTVedge以及GTVman.以GTVman作为标准,采用GTV的体积、Hausdorff距离(HD)以及形状相似性指数(DSC)3个指标评价自动识别与手动勾画的几何学一致性.结果 与GTVman体积相比,所有患者的GTV2.5均偏大(24.90±7.61)％,所有患者的GTV40％均偏小(26.81±9.63)％,GTVedge有的偏大有的偏小,差异为(12.51±14.28)％(均值使用偏差比率的绝对值).三种勾画方式的DSC分别为0.82、0.78、0.85,GTV40％与GTVedge勾画的DSC有统计学差异(P=0.015),其余对比无统计学差异.HD分别为6.87mm、6.92mm、6.25mm,差异均无统计学意义.结论 使用2.5的阈值以及PET-edge自动识别可用于PET/CT勾画食管癌GTV,推荐二者结合使用指导GTV的勾画,满足临床应用的同时,提高勾画的准确度和效率.

目的 提出一种新颖的核素肾动态显像肾脏感兴趣区自动勾画算法.方法 选取30位行核素肾动态显像患者作为研究对象,首先对原始肾图做形态学运算、强度对增强和高斯滤波等预处理,去除非感兴趣区和提升图像对比度;接着采用最大类间差法(Otsu)自适应确定最佳阈值,完成肾脏的初步分割;然后形态学操作和边界追踪被用来提取肾脏边界.结果 基于本文算法的分割结果与专家手工分割结果具有很高的相关性,平均真符合率达91%,平均假误符合率为13.4%,平均假符合率为9.3%,边界误差距离为1.6个像素.且基于本文算法的Dice相似性系数(0.9061±0.0196)和平均耗时(2.1477±0.2835)s均优于其他算法.结论 基于本文的分割算法能快速准确的提取肾脏感兴趣区域,可应用于核素肾动态显像肾小球滤过率的测定.