南洋鼠(Chiromyscus langbianis)是亚洲特有的一种树栖鼠类,其属级分类一直存在争议,不同的分类系统将其归入白腹鼠属(Niviventer)或费氏树鼠属(Chiromyscus),影响了对其生物学特性的认识.本研究旨在通过测定和分析南洋鼠的线粒体基因组,探讨其线粒体基因组结构特征,并利用近邻相接法(neighbor-joining method,NJ)和最大似然法(maximum likeli-hood method,ML)构建22个近缘物种线粒体基因组的系统发育树,厘清南洋鼠的属级分类关系.结果表明,南洋鼠线粒体基因组总长度为16 288 bp,包含22个tRNA基因、13个蛋白编码基因、2个rRNA基因和一段非编码区(non-coding region,NCR),线粒体基因组碱基组成为 A 36.6％、T 28.9％、G 15.0％和 C 19.5％,AT 偏斜(AT-skew)为 0.092,GC 偏斜(GC-skew)为-0.337.在22个tRNA基因中,除tRNASer(AGY)缺少D环外,其余的21个tRNA基因均能够折叠成典型的三叶草结构.同时,部分tRNA基因,如tRNAPhe出现了A-A,tRNAVa1、tRNALeu、tRNAI1e出现了C-U等非经典配对,以维持tRNA二级结构的稳定性.基于近邻相接法和最大似然法构建的系统发育树表明,南洋鼠与费氏树鼠属的亲缘关系更近.进一步基于线粒体Cytb和Cox1构建的系统发育树及遗传距离分析结果,均支持南洋鼠划入费氏树鼠属.本研究为南洋鼠的分类地位和系统发育关系提供了分子证据,也为其种群遗传学的研究提供了数据参考.

应激反应是指动物在受到不利刺激时,为维持正常状态所采取的适应性机制,主要表现为下丘脑-垂体-肾上腺轴(HPA轴)被激活并分泌应激激素,鸟类的主要应激激素是皮质酮.人工繁育在朱鹮(Nipponia nippon)的保护过程中发挥了重要的作用,雏鸟期是朱鹮生长发育的关键时期,研究笼养朱鹮雏鸟应激激素随日龄的变化有助于提升饲养管理水平,并为野外应激生理研究与朱鹮保护提供指导和借鉴.本研究通过采集23～34日龄朱鹮雏鸟的血液样本,来探究朱鹮雏鸟的应激反应随日龄增长的变化模式.为进一步了解朱鹮雏鸟应激反应的发育特点,本研究将雏鸟期分为雏鸟期前期(日龄23～28 d)和雏鸟期后期(日龄29～34 d),并采集了朱鹮成鸟的血液样本.研究结果显示,朱鹮雏鸟的血浆基础水平皮质酮和日龄无显著相关性(R=0.340,P＞0.05),血浆应激皮质酮水平和日龄呈显著正相关(R=0.492,P＜0.05).朱鹮雏鸟的血浆基础皮质酮水平在雏鸟期前期和后期没有显著差异(P＞0.05),但两个时期均显著低于成鸟水平(P＜0.01).朱鹮雏鸟前期的血浆应激皮质酮水平显著低于雏鸟后期(P＜0.05),与成鸟相比,雏鸟前期与成鸟差异极显著(P＜0.01),雏鸟后期与成鸟差异显著(P＜0.05).本研究还发现朱鹮雏鸟的血浆基础皮质酮水平及应激皮质酮水平随日龄增长的变化模式在性别间无显著差异.建议在朱鹮雏鸟的饲养管理和野生种群保护工作中,在雏鸟23日龄后尽量减少人为干扰;在朱鹮雏鸟的野外应激生理研究中,应选择23～34日龄个体.

脆蛇蜥(Dopasia harti)是主要分布在中国的受胁爬行动物,为国家二级重点保护野生动物.到目前为止,脆蛇蜥野生种群资源和生境偏好尚缺乏系统研究.作者在2020年对峨眉山及周边区域的居民进行了问卷调查,2023年根据问卷调查结果在脆蛇蜥出现地点进行了实地调查,设置样方以探究脆蛇蜥的生境选择.对调查问卷结果及实地调查的各生境因子占比进行统计分析,并对生境因子进行主成分分析后发现:在峨眉山及其周边地区,脆蛇蜥野生种群数量因人为捕捉和栖息地变化等原因普遍下降,其分布已退缩至峨眉山市高桥镇、绥山镇、龙池镇、黄湾镇,夹江县华头镇和眉山市洪雅县柳江镇.峨眉山地区脆蛇蜥偏向选择位于中低海拔地区(主要为800～1 200 m)、半阴半阳坡、距离水源大于50m、草本高度大于6cm且植被覆盖率为10％～75％土壤疏松的阔叶林中.根据此次调查,脆蛇蜥受到的干扰因子主要为道路建设和种植业.在脆蛇蜥保护方面,建议优化道路建设,避免破坏脆蛇蜥栖息地;推广生态友好产品种植,推广自然生态旅游,减少对脆蛇蜥栖息地的破坏;以及加强对周边民众的科普教育,提高人们的保护意识.

雪豹(panthera uncia)是高山流石滩等山地生境生物多样性的旗舰物种,对维持高山生态系统结构和功能稳定性起着重要作用.近年来雪豹种群数量有所恢复,但多种因素导致的栖息地破碎化仍对雪豹的种群生存造成威胁.建立廊道可将分散的栖息地斑块连接起来,提高雪豹抵抗干扰的能力,并为雪豹的长期生存提供重要保障.本研究以祁连山国家公园甘肃张掖分局保护片区及其15 km缓冲区为研究区域,基于祁连山国家公园甘肃张掖分局保护片区雪豹分布点数据,选取气候、地形和土地利用等环境变量,运用MaxEnt模型对雪豹栖息地适宜度进行分析并划定生态源地,而后基于最小代价路径原理识别雪豹廊道.结果显示,研究区域内雪豹适宜栖息地面积为13 432.066 km2,分布在片区内的适宜栖息地面积为7 086.195 km2,占适宜栖息地总面积的52.756％.崎岖度、最干季度平均温度和季节降雨变异系数是影响雪豹栖息地选择的关键因子.通过分析,最终划定9个生态源地用于后续廊道识别规划.在研究区域内共识别10条潜在生态廊道,廊道最长为18.725 km,最短为0.368 km,平均廊道长度为5.676 km.其中3条廊道连接片区内雪豹适宜栖息地斑块,5条廊道连接该片区与青海片区雪豹栖息地.基于上述结果,我们建议在提升片区内雪豹适宜栖息地之间整体连接度的同时,与青海省共同开展跨界保护工作,以制定更加科学合理的保护与管理计划.

为科学评估黄河鮈(Gobio huanghensis)种质资源状况,进一步加强其种质资源保护工作,本研究在连续3年开展黄河宁夏段资源调查的基础上,同期定点采集青铜峡坝上南长滩村、余丁乡和坝下梅家湾村、月牙湖乡、红崖子乡等5个不同地理群体样本,基于线粒体cox1基因序列及生物信息学分析探讨其遗传多样性和系统发育关系.研究结果表明,在长度为1 428 bp的cox1基因序列区域共检测到162个多态位点,界定了26个单倍型;5个群体中除南长滩群体具有"低Hd低Pi"(Hd:0.468;Pi:0.000 62)特点外,其余群体均呈现出"高Hd 高Pi"(Hd:0.721～0.840;Pi:0.009 18～0.035 88)的分布特点,且青铜峡坝上与坝下群体间具有显著的遗传分化(P＜0.05),尤其南长滩、余丁乡2个群体与月牙湖群体达到了种群分化水平;系统发育分析显示黄河鮈与蛇鮈(Saurogobio dabryi)亲缘关系最近.综上所述,结合历年资源调查结果推测,黄河鮈因青铜峡大坝形成了明显的种群地理阻隔,因此建议将黄河鮈划分为青铜峡坝上与坝下2个地理种群,在加强原地保护的基础上,通过人工繁育、增殖放流等人工干预措施,促进坝上、坝下种质资源基因交流,以有效恢复和保护黄河鮈这一珍贵种质资源.

目的:了解青海省玉树藏族自治州（简称玉树州）鼠疫耶尔森菌（简称鼠疫菌）规律成簇的间隔短回文重复（CRISPR）的基因分型，探讨其遗传特征。方法:选取1963 - 2007年分离自玉树州鼠疫自然疫源地的44株代表性鼠疫菌，提取DNA，针对CRISPR的3个位点（YPa、YPb和YPc）设计引物，进行PCR扩增，并对扩增产物进行测序及分析，鉴定CRISPR间区序列（spacer），确定CRISPR基因型和类群。结果:44株鼠疫菌在CRISPR 3个位点上共有23种spacer，YPa位点14种、YPb位点6种、YPc位点3种，其中有2种新spacer，a106和a107。根据spacer阵列形式，44株鼠疫菌被分为15个CRISPR基因型、6个CRISPR类群，6个类群分别为Cb4、Cc3′、Ca7、Ca7′、Ca△5′和Ca35′，其中Ca7为主要流行类群（34株）。结论:玉树州鼠疫菌CRISPR位点具有多种基因型，遗传多态性较高，种群结构复杂。

目的:了解我国食源性金黄色葡萄球菌（金葡菌）的种群结构。方法:通过全基因组测序方法对2006-2020年我国16个省份收集的763株食源性金葡菌进行多位点序列分型、葡萄球菌蛋白A编码基因（ spa）和葡萄球菌染色体 mec基因盒（SCC mec）分型，使用BioNumerics 7.5软件创建基于ST类型的最小生成树。国外进口食品分离到的金葡菌31株被纳入基因组系统发育树的构建。 结果:763株金葡菌共鉴定出90个ST型和160个 spa型别，其中20种为新ST型别。72个（72/90，80.0%）ST型属于22个克隆群，其中主要型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，占82.44%（629/763）。其中优势克隆群中ST型和 spa型别随着时间的变化呈多态性变化。耐甲氧西林金葡菌（MRSA）的阳性率为7.60%，共鉴定出7种SCC mec型别，以ST59-t437-Ⅳa（17.24%，10/58）、ST239-t030-Ⅲ（12.07%，7/58）、ST59-t437-Ⅴb（8.62%，5/58）、ST338-t437-Ⅴb（6.90%，4/58）和ST338-t441-Ⅴb（6.90%，4/58）为主。本研究分离株在系统发育树上被分为2个种群分支，命名为Clade1和Clade2，相同克隆群、ST型和 spa型别的菌株呈聚集分布。Clade1全部为CC7甲氧西林敏感菌株，Clade2中包括21种克隆群和所有MRSA菌株，MRSA菌株按照SCC mec和ST型呈聚集分布。CC398、CC7、CC30、CC12和CC188中的国外分离株与我国分离株进化关系较远。 结论:本研究中食源性菌株主要优势克隆群型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25，与既往报道的我国医院、社区感染和食物中毒的克隆群存在重叠现象，这提示食品作为病原体社区传播和食物中毒的载体，需高度关注。

本文介绍自2020年以来我国白蛉传播病毒的研究进展，包括白蛉携带病毒的分离鉴定，病毒分子遗传进化，病毒对人和动物感染，以及白蛉种群与病毒时空关系等。并对今后我国关于白蛉携带病毒所需要开展的工作提出意见和建议，以推动我国在该领域的研究。

目的:分离培养WU多瘤病毒(WU polyomavirus，WUPyV)并分析全基因组系统进化、同源性及种群动态特征。方法:采用实时荧光定量PCR检测2020—2022年间北京友谊医院呼吸道感染住院患儿鼻咽抽吸物样本，利用气液两相的原代人呼吸道上皮细胞模型对WUPyV阳性样本进行病毒分离培养，Sanger测序获得全基因组，结合GenBank数据库中已公布的全基因组信息进行系统发育和进化动力学研究。结果:WUPyV在2020—2022年的检出率为4.7%(31/659)，并成功分离1株Ⅲc型WUPyV临床病毒株BJ0593。WUPyV全基因组及各基因片段同源性较高，VP2基因的平均进化速率约为每年1.256×10 －4个氨基酸替换/位点，种群动态在近十年内趋于平缓。 结论:本研究首次成功分离Ⅲ型WUPyV临床病毒株，为WUPyV的分子进化及致病性研究提供基础。

目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种( Campylobacter fetus subsp. testudinum， Cft)的分子流行病学特征。 方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序，结合GenBank公布的全球 Cft基因组数据进行流行病学分析；MLST-GrapeTree分析 Cft的群体遗传结构；核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建 Cft的系统发育树，rhierBAPS确定其种群结构；CARD、ResFinder及VFDB注释 Cft的耐药及毒力基因； E-test法进行药敏试验，并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。 结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析，共纳入全球41株 Cft基因组信息，其中人类来源24株，动物来源13株，未知来源4株。流行病学资料显示，24株人类来源菌株中，20株感染对象为黄种人，1例为白种人(配偶是亚裔)，其余未知，差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物，包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示，中国分离株以ST46为主要序列型，美国则以ST15为主要序列型；Grapetree显示，中国分离株的遗传多态性高于美国分离株；通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球 Cft构成6个种群，中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切；美国分离株相对较集中(SC3)，且以ST15克隆传播为主；毒力基因分析显示，与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在 Cft中携带率为100.00%，而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统 virB4、 virB9、 virD4因子及 tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中；15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明， Cft对环丙沙星耐药率为46.67%，对红霉素敏感性为100.00%。 结论:全球 Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病，其感染可能与食入或接触爬行类动物有关；本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别，应引起我们的关注。