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荒漠草原不同功能群优势植物的水分利用特征
编辑人员丨5天前
掌握植物的水分利用特征及植物间的水源关系对实现荒漠草原地区可持续的植被恢复至关重要.本研究以荒漠草原灰钙土生境(胡杨、中间锦鸡儿和短花针茅)和风沙土生境(胡杨、北沙柳和赖草)中的5种优势植物为对象,测定植物木质部水、土壤水、地下水和降雨中稳定同位素(δ2H和δ18O),并结合不同深度的土壤含水量和根系数据,使用MixSIAR模型对植物的水分利用特征进行定量分析.结果表明:生长季内5种植物主要利用土壤水,且在不同生长阶段会利用不同层次的土壤水.灰钙土生境中,胡杨的水源在整个生长季变化最大,生长季初期(5-6月)主要利用60~100 cm 土壤水,生长旺盛期(7-8月)水源下移至100~200 cm 土壤水,而在生长季末期(9月)水源又上移至0~20 cm 土壤水;中间锦鸡儿在生长季初期主要利用60~100 cm 土壤水,但在生长旺盛期和末期上移至0~20 cm 土壤水;短花针茅在生长季初期和末期主要利用20~60 cm 土壤水,而在生长旺盛期上移至0~20cm 土壤水.在风沙土生境中,胡杨在生长季初期主要利用60~100 cm 土壤水,但在生长旺盛期和末期上移至0~20 cm 土壤水;北沙柳在生长季初期和生长旺盛期主要利用60~100 cm 土壤水,但在生长季末期下移至100~200 cm 土壤水;赖草整个生长季都主要利用20~60 cm 土壤水.土壤含水量、降雨的季节变化及植物的根系分布都会影响植物的水分利用特征.在整个生长季中,灰钙土生境中的乔木、灌木和草本3种优势植物间存在水文生态位分离,促进了其对水分的分配和利用;风沙土生境中对应的3种优势植物间存在水文生态位重叠,导致其对水分的激烈竞争(特别是乔木和灌木间).因此,在进行植被恢复时必须同时考虑物种特征和土壤特性,引入具有互补性水分利用特征的物种组合,才能实现荒漠草原地区的物种多样性和植被恢复的可持续性.
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编辑人员丨5天前
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肠道菌群在失眠症发病机制及中医药治疗中的研究进展
编辑人员丨5天前
失眠症是一种睡眠时间或睡眠质量不能满足机体需求,影响日常生活的主观感觉,主要表现为入睡困难,睡眠维持困难、易醒甚或彻夜难眠,日间可伴有疲乏、注意力不集中、焦虑、抑郁等症状.近年来,社会竞争等压力越来越大,失眠症的发病率也越来越高,随着分子生物学的不断发展,肠道菌群及其代谢产物成为研究热点.越来越多的研究表明,肠道菌群与失眠症关系密切,二者通过神经递质、下丘脑-垂体-肾上腺轴、免疫系统、迷走神经等途径相互影响.肠道菌群指肠道中各种微生物菌群的总称,一方面,失眠会导致肠道菌群失衡,有害菌大量繁殖,出现相应的肠道症状,另一方面,肠道菌群紊乱也会影响睡眠质量.中医药治疗失眠症具有独特的优势且疗效显著,大量研究表明,中医药可以通过调节神经递质、下丘脑-垂体-肾上腺轴、免疫系统、迷走神经等多种途径以调节肠道菌群的数量和种类,维持肠道菌群稳态,从而改善失眠症.该文围绕肠道菌群与失眠症的相关发病机制及中医药通过调节肠道菌群治疗失眠症的研究进行综述,为失眠症的防治提供新的思路和方法.
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编辑人员丨5天前
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长链非编码RNA ST8SIA6-AS1通过调节微小RNA-142-3p促进肝细胞癌的增殖和侵袭
编辑人员丨5天前
目的:探讨ST8SIA6-AS1靶向结合微小RNA(microRNA,miR)-142-3p,影响肝细胞癌的增殖和侵袭能力。方法:用基因表达谱数据动态分析(GEPIA)验证ST8SIA6-AS1在肝细胞肝癌(HCC)和邻近正常组织中的差异表达。采用实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测ST8SIA6-AS1和miR-142-3p在组织水平和细胞水平的表达量。采用细胞计数试剂盒(CCK-8)和集落形成实验检测人肝癌细胞Hep3B的增殖情况;采用迁移侵袭实验(Transwell法)检测肝癌Hep3B细胞迁移和侵袭情况。生物信息学、双荧光素酶报告实验验证ST8SIA6-AS1与miR-142-3P的靶向关系。组间采用 t检验,多组间采用单因素方差分析进行比较,相关性分析采用Spearman秩检验。 结果:GEPIA结果显示ST8SIA6-AS1在肝癌组织中的表达明显高于正常组织。RT-qPCR结果显示ST8SIA6-AS1在HCC中的表达明显高于癌旁组织(0.778±0.363比1.951±0.575, t=11.370, P<0.05),差异有统计学意义。miR-142-3p在肝癌组织的表达量显著低于癌旁组织(0.881±0.374比0.371±0.164, t=9.395, P<0.05),差异有统计学意义。ST8SIA6-AS1在4种人HCC细胞株(HepG2、SMMC-7721、HCCLM3和Hep3B)的表达(3.84±0.27、5.81±0.60、4.47±0.55、5.94±0.69)明显高于正常肝细胞株L02(1.00±0.09, t=17.280, t=13.730, t=10.780, t=12.300, P<0.05),差异有统计学意义,ST8SIA6-AS1在敲低ST8SIA6-AS1的Hep3B细胞中的相对表达量低于对照组(0.26±0.04比1.00±0.01, t=9.423, P<0.05),差异有统计学意义。集落形成实验结果显示,敲低ST8SIA6-AS1的Hep3B细胞集落个数显著低于对照组[(32.60±6.70)个比(100.00±10.00)个, t=10.040, P<0.05],差异有统计学意义;CCK-8实验中敲低ST8SIA6-AS1的Hep3B细胞72 h吸光度( A)值低于对照组[(0.71±0.06)%比(1.14±0.09)%, t=6.886, P<0.05],差异有统计学意义。Transwell实验结果显示敲低ST8SIA6-AS1的Hep3B细胞垂直迁移率明显低于对照组[(53.38±6.49)%比(100.00±13.00)%, t=5.641, P<0.05],差异有统计学意义。敲低ST8SIA6-AS1的Hep3B细胞的侵袭率低于对照组[(44.98±8.42)%比(100.00±10.00)%, t=7.485, P<0.05],差异有统计学意义。双荧光素酶报告实验证实miR-142-3p过表达组明显低于对照组ST8SIA6-AS1-野生型(WT)细胞的荧光活性,ST8SIA6-AS1负向调控miR-142-3p的表达(0.42±0.05比1.00±0.09, t=9.757, P<0.05)。干扰ST8SIA6-AS1的表达可对肝癌细胞增殖、迁移、侵袭产生抑制作用,这种作用可通过沉默miR-142-3p发生逆转。 结论:ST8SIA6-AS1可通过竞争性结合miR-142-3p在肝癌中发挥致癌作用。
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编辑人员丨5天前
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基于SEER数据库的原发性中枢神经系统淋巴瘤不同治疗方法的疗效分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨原发性中枢神经系统淋巴瘤(PCNSL)患者的预后因素及不同治疗方法的临床效果。方法:回顾性分析1975年1月至2016年12月美国SEER数据库中4 812例PCNSL患者的临床资料。其中男性2 831例,女性1 981例,男女比例为1.4∶1.0;发病年龄<60岁者2 236例(46.47%),60~<75岁者1 718例(35.70%),≥75岁者858例(17.83%);幕上肿瘤2 417例(50.23%),幕下肿瘤299例(6.21%),脑内多发肿瘤554例(11.51%),其他或未指明部位的脑部肿瘤1 542例(32.04%);弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)3 513例(73.00%),非DLBCL 234例(4.86%),其他或未指明类型的淋巴瘤1 065例(22.13%);治疗方式为单独活检的2 010例(41.77%),单独部分切除61例(1.27%),单独完全切除54例(1.12%),活检+化疗2 384例(49.54%),部分切除+化疗159例(3.30%),完全切除+化疗144例(2.99%)。采用单因素及多因素Cox回归模型分析影响患者总体生存的预后因素;采用Fine-Gray检验与竞争风险模型研究影响患者肿瘤特异性生存的预后因素;生存分析采用Kaplan-Meier法,并通过Log-rank进行比较。结果:单因素及多因素Cox风险回归模型分析结果显示,影响PCNSL患者总体生存的独立预后因素包括年龄、种族、婚姻状态、肿瘤部位、病理学亚型、手术、化疗、合并其他恶性肿瘤、合并HIV感染等。Fine-Gray检验与竞争风险模型分析结果显示,影响患者肿瘤特异生存的独立预后因素包括年龄、种族、婚姻状态、肿瘤部位、病理学亚型、手术方式、化疗、合并其他恶性肿瘤、合并HIV感染,而性别与放疗均与肿瘤特异生存无明显相关性。与活检相比,PCNSL患者可能从手术切除中获益(部分切除: HR =0.805,95% CI:0.656~0.989, P=0.04;完全切除: HR=0.521,95% CI:0.414~0.656, P<0.01)。Kaplan-Meier生存分析结果显示,活检+化疗组中位生存时间为28个月(95% CI:24.497~31.503),单独活检组为2个月(95% CI:1.756~2.244),单独部分切除组为2个月(95% CI:1.410~2.590),单独完全切除组为19个月(95% CI:0~39.311),部分切除+化疗组为67个月(95% CI:46.187~87.813),完全切除+化疗组为84个月(95% CI:57.448~110.552),使用不同治疗方法的患者的中位生存时间的差异有统计学意义( P<0.01)。 结论:手术切除可能改善部分PCNSL患者的预后。化疗可能使肿瘤完全切除或部分切除患者的肿瘤特异生存时间延长。
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编辑人员丨5天前
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机器学习算法在早期肝细胞癌术后复发预测中的应用价值
编辑人员丨5天前
目的:比较多种机器学习算法在早期肝细胞癌(HCC)术后复发预测中的效能。方法:回顾性分析2009年5月至2019年12月南京医科大学第一附属医院收治的882例接受根治性手术切除的早期HCC患者的临床资料,其中男性701例,女性181例,年龄(57.3±10.5)岁(范围:21~86岁)。将患者按2∶1随机分为训练集(588例)和测试集(294例)。构建的机器学习预测模型包括随机生存森林(RSF)、梯度提升机、弹性网络-Cox回归和Cox回归模型。采用一致性指数(C-index)衡量模型预测的准确性、综合Brier分数量化模型的预测误差、校准曲线反映模型的拟合情况。比较机器学习模型、竞争模型和HCC分期系统的预测效能。所有模型均在独立的测试集内进行验证。结果:训练集内患者中位无复发生存时间为61.7个月,测试集内患者中位无复发生存时间为61.9个月,两组患者无复发生存情况的差异无统计学意义( χ2=0.029, P=0.865)。RSF模型由5个常用临床病理学特征构成:白蛋白-胆红素分级、血清甲胎蛋白、肿瘤数目、肝切除方式和微血管侵犯。在训练集和测试集中,RSF模型的C-index值分别为0.758(95% CI:0.725~0.791)和0.749(95% CI:0.700~0.797),综合Brier分数分别为0.171和0.151。RSF模型对早期HCC复发预测的准确性优于其他3种机器学习模型、竞争模型(ERASL模型)及HCC分期系统(巴塞罗那分期、中国肝癌的分期方案、TNM分期),差异均有统计学意义( P值均<0.01)。校准曲线提示,RSF模型的预测概率与实际观察值具有较好的一致性。RSF模型可将早期HCC患者的复发风险分为低危、中危和高危组,在训练集和测试集内三组患者无复发生存情况的差异有统计学意义( P<0.01)。RSF模型对早期HCC术后复发风险的分层明显优于TNM分期。 结论:本研究构建的RSF模型集合了5个常用临床病理学特征,可较为准确地预测复发风险。
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编辑人员丨5天前
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长非编码RNA 00467基于竞争性内源RNA调控丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶3基因参与胶质瘤细胞免疫及耐药的机制
编辑人员丨5天前
目的:探讨胶质瘤细胞中长非编码RNA 00467(LINC00467)通过竞争性内源RNA(ceRNA)机制调控丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶3基因(RIPK3)与肿瘤微环境(TME)及药敏性的关系及其机制。方法:对癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因型-组织表达(GTEx)数据库胶质瘤及正常脑组织基因表达进行分析,筛选差异表达基因(DEGs)( P<0.01且表达变化大于2倍的基因),确定有意义的长链非编码RNA(lncRNA)-mRNA关系对,进行生存分析。在Starbase v3.0数据库中筛选微小RNA(miRNA,miR)-lncRNA关系对,确定ceRNA。在metascape、TISCH、CancerSEA数据库进行分析。取25例新鲜胶质瘤组织及25例正常脑组织,应用荧光实时定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测基因表达。应用R软件包及SPSS统计分析软件对结果进行处理。 结果:对TCGA和GTEx表达谱进行差异表达分析,发现6 095个差异表达的lncRNA(3 083上调,3 012下调)和10 164个差异表达的mRNA(6 803上调,3 361下调)。对胶质瘤中的319 795对候选lncRNA-mRNA对进行筛选,确定LINC00467-RIPK3为研究对象,发现LINC00467、RIPK3在胶质瘤组织高表达,且呈正相关( r=0.66, P<0.01)。数据库分析发现RIPK3可能通过海绵吸附miR-3612与LINC00467形成ceRNA。生存分析显示LINC00467-RIPK3高表达的患者预后较差( P<0.05)。胶质瘤单细胞数据集分析发现RIPK3在巨噬细胞中高表达,bulk数据集分析发现RIPK3与巨噬细胞表面分子表达正相关( P<0.01)。应用使用表达数据估计恶性肿瘤中的间质和免疫细胞算法计算胶质瘤患者的免疫得分,分析发现RIPK3与Estimate、基质计分、免疫计分以及肿瘤纯度显著相关( P<0.01)。药敏数据分析显示,RIPK3的表达与多种药物的半数抑制浓度(IC 50)值有关( P<0.01)。qRT-PCR结果显示,胶质瘤组织中LINC00467、RIPK3的表达水平高于正常组织(0.74±0.28、0.34±0.20, t=8.94、9.38, P<0.01),而胶质瘤组织miR-3612的表达水平(0.57±0.27)低于正常组织(0.79±0.33, t=-2.17, P<0.01)。 结论:LINC00467可能通过ceRNA机制促进RIPK3表达而参与胶质瘤TME和药敏性调控。
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编辑人员丨5天前
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系统性红斑狼疮患者长链非编码RNA表达变化及其与调节性T细胞相关性的研究
编辑人员丨5天前
目的:通过检测SLE患者长链非编码RNA(lncRNA)的表达变化,初步探索差异表达的lncRNA与调节性T细胞(Treg)数量间的联系,分析Treg相关lncRNA与SLE患者临床特征间的相关性,预测lncRNA调节Treg分化发育的机制,为SLE的治疗提供新思路。方法:收取9例活动期SLE患者外周血,提取PBMCs,用全转录组测序分析PBMCs的lncRNA表达谱,以9名健康人作为对照组,筛选差异表达的lncRNA,采用Pearson检验分析lncRNA与Treg数的相关性,以及Treg相关lncRNA与SLE患者SLEDAI评分、ESR、C3、C4之间的相关性,用miRcode和Targetscan数据库及共表达网络预测Treg相关lncRNA的靶向基因。结果:与健康对照组相比,SLE患者有240个差异表达lncRNA,包括134个高表达的lncRNA( P<0.05),106个低表达的lncRNA( P<0.05),其中ANKRD44-AS1( r=0.74, P=0.022)、LINC00200( r=0.70, P=0.037)、AP001363.2( r=0.78, P=0.014)、LINC02824( r=0.79, P=0.011)的表达量与外周血Treg数目呈正相关,AP000640.1( r=-0.72, P=0.028)、AC124248.1( r=-0.77, P=0.016)、LINC00482( r=-0.83, P=0.005)、MIR503HG( r=-0.96, P<0.001)的表达量与外周血Treg数目呈负相关,在这8种Treg相关lncRNA中,LINC00482( r=-0.73, P<0.05)、MIR503HG( r=-0.76, P<0.05)的表达量与C3呈负相关。与Treg相关的LINC00200、ANKRD44-AS1、AP000640.1通过竞争性结合miRNA或反式调控机制调控信号传导及转录激活因子5(STAT5)、磷脂酶D1(PLD1)、单一顺式结构蛋白X(HOPX)、Runt相关转录因子3(RUNX3)的表达,进而调控Treg的分化发育。 结论:SLE患者lncRNA表达谱发生变化,差异表达的lncRNA与SLE患者Treg数量和功能异常有关,并且Treg相关lncRNA与SLE疾病活动相关,其可能通过竞争性结合miRNA或反式调控机制影响STAT5、PLD1、HOPX、RUNX3的表达,调节Treg功能,参与SLE的发病和疾病进展。
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编辑人员丨5天前
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群落空间结构影响多种微生物感染伤口中金黄色葡萄球菌对药物的敏感性
编辑人员丨5天前
群落间的相互作用可塑造群落功能是微生物生态的一个特点。微生物在感染人类,尤其是人类的慢性创面时,微生物群落间相互作用可能导致人类患更严重的疾病。金黄色葡萄球菌是人类慢性创面感染中最常见的微生物,与在同一伤口中出现的铜绿假单胞菌具有合作和竞争关系,但目前这种关系仅在体外研究中被证实。该研究在小鼠慢性溃疡创面中描述了金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌的相互影响,两者在创面中以较高的细菌密度共存,并在高分辨率成像下呈斑块状分布,占伤口体积的5%~25%。进一步地,研究者们在毫米和微米2个尺度上观察了创面中细菌群落形成的空间结构,结果显示该结构很大程度上是由铜绿假单胞菌产生的抗菌剂2?庚基?4?羟基喹啉N?氧化物介导的,而铜绿假单胞菌产生的另一种抗菌剂绿脓素则对该结构的形成没有影响。另外,这种细菌群落的精确空间结构可以增强金黄色葡萄球菌对氨基糖苷类抗生素的耐受性,但不会增强其对万古霉素的耐受性。该研究结果为金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌共感染创面的生物地理学提供了机制上的解释,并暗示细菌群落的精确空间结构可能是创面感染中抗菌药物耐受性的关键决定因素。
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编辑人员丨5天前
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小鼠肾脏衰老过程中长链非编码RNA的差异表达
编辑人员丨5天前
目的:分析小鼠肾脏衰老过程中长链非编码RNA(lncRNA)的差异表达情况,探索肾脏衰老的机制。方法:随机选取3、12和24月龄C57BL/6雄性小鼠各5只(体重均为25 g左右),采用PAS、Masson、半乳糖苷酶(SA-β-gal)染色方法检测小鼠肾脏病理及细胞衰老情况。高通量测序得到3组小鼠组间差异表达的lncRNA及其表达丰度值,绘制热图。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证差异表达的lncRNA。构建竞争性内源性RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)网络(包含lncRNA、miRNA和mRNA),GO、KEGG富集分析预测差异表达lncRNA靶基因的生物学功能。结果:肾脏病理染色结果显示,随着小鼠月龄增加,肾小球系膜基质增多,基底膜增厚,肾小球硬化逐渐加重;肾脏纤维化逐渐加重;SA-β-gal染色阳性区域逐渐增加。测序结果显示,3组小鼠间差异表达的lncRNA共938个已知的lncRNA和542个未知的lncRNA。其中,与3月龄小鼠相比,12月龄小鼠有33个lncRNA表达上调,43个lncRNA表达下调;与3月龄小鼠相比,24月龄小鼠有130个lncRNA表达上调,91个lncRNA表达下调;与12月龄小鼠相比,24月龄小鼠有36个lncRNA表达上调,22个lncRNA表达下调。qRT-PCR验证的差异表达倍数较大、表达量较高的10个lncRNA与测序结果一致。GO富集分析结果显示,3组差异表达的lncRNA靶基因多定位于细胞核和细胞质,也可能通过与蛋白结合来发挥作用,还可能参与各种蛋白磷酸化、细胞周期、转录、转录调节等过程。KEGG富集分析结果显示,3组差异表达lncRNA的靶基因富集明显的通路是与肾脏衰老密切相关的Rap1信号通路、FOXO信号通路和MAPK信号通路。结论:不同月龄小鼠肾脏lncRNA表达存在显著差异,lncRNA的差异表达可能参与肾脏衰老的发生。
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编辑人员丨5天前
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经皮微波消融治疗肝细胞癌的生存疗效:一项15年的真实世界研究
编辑人员丨5天前
目的:评估经皮微波消融(MWA)治疗肝细胞癌的长期疗效。方法:回顾性收集2006年1月至2020年9月中国人民解放军总医院第五医学中心巴塞罗那临床肝癌(BCLC)0~B期患者2?054例,所有患者至少随访2年。分析患者超声引导经皮MWA治疗后的主要终点总生存率和次要终点(肿瘤相关生存率、无瘤生存率和术后并发症)。生存率使用Kaplan-Meier法进行分层分析。总生存使用Fine-and Gray竞争风险模型进行分析。结果:2006年1月至2020年9月共有5 503个肝癌结节[平均肿瘤长径(2.6±1.6)cm]接受3 908次MWA,中位随访时间为45.6 (24.0~79.2)个月,总队列的技术成功率为97.6%(5?376/5?503)。5 、10 、15年总生存率分别为61.6%、38.8%、27.0%;肿瘤特异性生存率分别为67.1%、47.2%和37.7%;无瘤生存率分别为25.8%、15.7%和9.9%;严重并发症发生率2.8%(108/3 908)。进一步分析显示,在2006-2010年、2011-2015年和2016年1月-2020年9月的3个时间段内,随时间推移,技术有效率和生存率明显增高, P值均<0.001 ,特别是对于肿瘤长径为3.1~5.0 cm的肝癌结节( P ?0.001)。 结论:微波消融治疗对于BCLC 0~B期肝癌是一种安全有效的方法,技术有效率和生存率随时间显著提升。
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编辑人员丨5天前
