目的:开发一种基于重组酶介导的等温扩增（RAA）和成簇的规律间隔短回文重复序列（CRISPR）及其相关蛋白（Cas13a）系统的幽门螺杆菌核酸检测体系。方法:选取2021—2022年于应急总医院收集的30株幽门螺杆菌以及大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、粪肠球菌、阴沟肠杆菌和肺炎克雷伯菌各2株。针对幽门螺杆菌UreC基因保守区序列，设计RAA-Cas13a 核酸检测体系所需的特异性引物及CRISPR RNA（crRNA）。再通过琼脂糖凝胶电泳筛选出产生非特异性产物最少的引物对，并应用Cas13a切割荧光探针产生的荧光强度筛选出切割效率最高的crRNA序列，构建了RAA-Cas13a核酸检测体系，通过检测梯度浓度稀释的幽门螺杆菌ATCC 43504基因组DNA以及5种不同的临床常见病原体基因组DNA，评价基于RAA-Cas13a核酸检测体系的最低检测限及特异性。通过RAA-Cas13a核酸检测体系与已建立的荧光定量聚合酶链式反应（qPCR）方法同时检测临床菌株，得到该方法与qPCR方法的一致性。采用双侧配对 t检验对两组间的荧光值进行比较， P<0.05为差异有统计学意义。 结果:建立的RAA-Cas13a核酸检测系统可以在1 h内检测出低至10拷贝/μl的靶标DNA（ t=11.05， P<0.01），且与其他5种临床常见菌株无交叉反应。RAA-Cas13a方法与传统的qPCR方法具有良好的一致性，Kappa系数为1。 结论:建立了一种将RAA与CRISPR-Cas13a结合进行幽门螺杆菌检测的方法，可用于快速且灵敏的识别幽门螺杆菌感染。

目的:建立水痘-带状疱疹病毒(varicella-zoster virus，VZV)的重组酶等温扩增(recombinase-aid amplification，RAA)快速检测方法。方法:通过全球共享数据库下载VZV全基因组序列进行比对分析，针对四个保守基因分别设计特异性引物与探针并筛选出最佳组合，通过引物与探针浓度梯度筛选出最佳反应体系，建立荧光型RAA检测方法。用VZV阳性质粒标准品与梯度稀释的临床样本评价方法的灵敏度，以最低检出极限浓度的阳性质粒标准品进行重复实验评价方法的重复性，以其他病毒核酸评价方法的特异性，同时用本方法和荧光定量聚合酶链式反应(quantitative real-time PCR，qPCR)对临床样本进行检测并对检测结果进行比较。结果:本方法筛选出针对开放阅读框架(open reading frame，ORF)28基因的引物对F2/R2与探针P2为最佳组合；考虑到成本因素，最佳引物浓度为500 nmol/L，最佳探针浓度为280 nmol/L；最低检出极限为10 1拷贝/μL，最低可检测到Ct值为36.027的临床阳性样本；重复实验的检测结果一致；该方法与其他病毒核酸无交叉反应；临床阳性样本的检出率为93.33%，与qPCR检测结果几乎完全一致。 结论:本方法操作简便、灵敏度高、特异性强、对实验条件要求低、检测结果直观可视，在20 min内就能够检测出样本中的VZV核酸，是一种可以被临床检测考虑的VZV快速检测方法。

目的:建立一种快速、灵敏、可视化的H7亚型禽流感病毒等温核酸扩增检测方法。方法:针对H7N9禽流感病毒的HA片段保守区序列设计引物、探针，优化反应温度，建立H7亚型禽流感病毒的重组酶聚合酶扩增结合侧流层析试纸条检测技术，评价其特异性和敏感性，并与Real time PCR方法进行比较。结果:该方法检测H7亚型禽流感病毒的最低检出限为20拷贝/μL，与其他流感/禽流感病毒无交叉反应，反应可在20~50℃温度范围内进行，临床样本检测结果与Real time PCR法一致性为100.0％。结论:该检测方法具有快速、特异及灵敏的特点，为在基层和现场快速检测H7亚型禽流感病毒提供了新的方法。

伴随医学进步，操作简单、反应快速且无设备和专业技术人员依赖的即时检测（POCT）有望实现对患者进行连续监测、诊断、管理和筛查，是体外诊断行业的重要发展方向。结合新技术原理，在提高灵敏度、特异性的前提下进一步实现定性至精确定量的转变是POCT发展的必然。在POCT平台开发过程中，具有高效扩增特性及简单、快速且低成本特点的环介导等温扩增（LAMP）技术扮演着越来越重要的角色。本文概述了LAMP技术作用机制及基于LAMP技术开发POCT平台的研究进展和临床应用，总结了目前基于LAMP技术的POCT平台存在的不足及未来发展方向。

目的:建立一种实时荧光逆转录重组酶介导的等温扩增（reverse transcription recombinase-aided amplification，RT-RAA）技术检测寨卡病毒（Zika virus，ZIKV）的方法，以实现ZIKV的现场快速筛查及诊断。方法:通过基因组序列比对，选择ZIKV保守序列设计RT-RAA特异性引物和探针，并用系列稀释的ZIKV重组质粒与毒株核酸验证方法的灵敏性与重复性，通过检测登革病毒、基孔肯雅病毒、西尼罗病毒等其他虫媒病毒验证方法的特异性。结果:建立的RT-RAA方法可在39 ℃恒温条件下30 min内对ZIKV进行高效扩增，检测系列稀释的ZIKV重组质粒，其95%检测限可达到15拷贝/反应，特异性强，与登革病毒、基孔肯雅病毒、西尼罗病毒虫媒病毒无交叉反应，且重复性好。结论:本研究建立的ZIKV的RT-RAA等温扩增方法，具有反应迅速，无需精密仪器，操作简单等优点，适合于应急快速检测。

伴随着精准医学理念的发展，在新型冠状病毒肺炎疫情流行的背景下，感染性疾病的临床诊疗愈发得到重视，而以分子生物学为核心的实验诊断技术作为感染性疾病临床实验诊断的重要手段尤其受关注。近年来，随着纳米材料、应用化学、光物理学和生物传感等技术的进步，分子诊断技术也迎来了革命性和创造性的发展。新一代定量PCR技术和基因测序技术、等温扩增技术、生物芯片和生物传感器技术在感染性疾病的临床诊断中具有应用前景和发展前途。

目的:探讨环介导等温扩增(LAMP)技术在免疫功能低下患儿耶氏肺孢子菌(PC)快速病原检测中的应用价值。方法:收集2020年5月至2021年5月在上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心治疗的免疫功能低下、根据临床表现高度怀疑耶氏肺孢子菌肺炎(PCP)患儿的肺泡灌洗液或深部痰液，应用聚合酶链反应(PCR)及LAMP方法检测PC。根据PC基因保守区域合成LAMP引物，并对LAMP反应体系及反应条件进行优化，评价其敏感性与特异性，将其与PCR检测病原体结果进行比较。结果:本研究所建立的PC LAMP检测技术特异性和敏感性均较高，1h即可出检测结果。LAMP技术与PCR检测临床高度怀疑PCP患儿12份临床标本，阳性10例，阴性2例，二者符合率100%。结论:LAMP技术可快速高效检测PC，较普通PCR检测效率高，可为临床快速诊断PCP提供良好的技术手段。

目的:确定肺炎链球菌β-内酰胺抗生素耐药相关胞内应答调节蛋白CiaR能与跨膜丝氨酸/苏氨酸激酶StkP结合组成StkP/CiaR二元信号传导系统(TCSS)。方法:采用PCR扩增 stkP基因胞内区片段(IC- stkP)，T-A克隆测序确认序列正确后构建其原核表达系统。SDS-PAGE检查IC- stkP片段和我们以往构建的 ciaR基因原核表达系统目的重组蛋白rIC-StkP和rCiaR表达情况，Ni-NTA亲和层析法提纯rIC-StkP和rCiaR。采用Co-IP和LC-MS/MS鉴定rIC-StkP捕获的肺炎链球菌靶蛋白。采用等离子共振法(SPR)和等温滴定量热法(ITC)检测rCiaR与rIC-StkP结合能力。 结果:所构建的IC- stkP片段原核表达系统能有效表达rIC-StkP。SDS-PAGE结果显示提纯的rIC-StkP和rCiaR在胶上均为单一蛋白质条带。CiaR可与rIC-StkP特异性共沉淀，其3个裂解肽位于CiaR分子内且序列完全相符。SPR和ITC结果显示，rCiaR与rIC-StkP呈高亲和力强结合，其 KD值分别为1.526×10 －9 mol/L和1.980×10 －6 mol/L。 结论:肺炎链球菌CiaR可作为StkP激酶下游应答调节蛋白组成StkP/CiaR-TCSS。

目的:建立基于SYBR Green I颜色判定的检测新型冠状病毒（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2）ORF1ab基因的逆转录环介导等温扩增方法（reverse transcription loop-mediated isothermal amplification，RT-LAMP），为诊断SARS-CoV-2提供简便、快速和准确可靠的工具。方法:基于GenBank中SARS-CoV-2 ORF1ab基因序列保守区设计引物，经引物筛选和RT-LAMP反应体系优化后进行灵敏度和特异性评价，并与实时荧光定量RT-PCR（quantitative real-time PCR，qRT-PCR）方法进行比较。结果:基于颜色判定的RT-LAMP方法可在65℃45 min内完成SARS-CoV-2的快速检测，检测限为3 copies/reaction，与qRT-PCR的敏感度一致。RT-LAMP检测人冠状病毒OC43、人冠状病毒NL63和乙型流感病毒核酸样本结果为阴性，具有较好的特异性。经SARS-CoV-2临床样本验证，RT-LAMP与qRT-PCR的检测符合率达100%。结论:基于颜色判定的RT-LAMP方法灵敏度高、特异性强，适用于SARS-CoV-2的快速可视化检测，具有应用于SARS-CoV-2样本的初筛及基层卫生医疗机构和现场推广的潜力。

目的:建立基于圆盘式（CD）微流控芯片的CALR基因突变的快速检测方法，初步评价其用于脑梗死患者CALR-1和CALR-2基因突变检测的应用价值。方法:基于微流控技术和环介导等温扩增（LAMP）技术建立一个用于CALR-1和CALR-2基因突变同步检测的CD微流控芯片检测平台，并验证该平台检测的灵敏度、特异性、重复性和准确性。前瞻性选取2019年11月至2021年3月复旦大学附属华山医院收治的124例脑梗死患者为脑梗死组，80名健康体检者为对照组。用CD微流控芯片法检测抗凝外周全血样本中的CALR-1和CALR-2基因突变情况，每块芯片同时检测4个样本，同步检测每个样本的3个指标，等温扩增40 min后读取结果。同时采用测序法对检测结果进行验证，比较2种检测结果的一致性。结果:采用CD微流控芯片平台，无需热循环，40 min即可完成样本中3个指标的同步扩增，样本的整个检测过程在60 min内完成。对核酸靶标浓度较高的样本，扩增10 min即可出现阳性信号，收到样本后30 min内报告检测结果。CD微流控芯片法针对CALR-1和CALR-2的检测灵敏度分别为1.0%和0.5%突变负荷浓度，对于其非靶标的核酸样本均未发生任何非特异性扩增，特异性良好，批内重复性和批间重复性的符合率均为100%（20/20）。在脑梗死组中发现2例CALR基因突变，且均为CALR-1突变（L367fs*46），对照组中未发现CALR-1和CALR-2基因突变。CD微流控芯片法与测序法结果一致率为100%（204/204）。结论:CD微流控芯片法用于检测脑梗死患者样本中CALR-1和CALR-2突变具有灵敏度高、特异性好、检测速度快和检测通量高等优势，有助于明确脑梗死患者的病因。