目的:探讨线粒体DNA（mtDNA）控制区D环（D-loop）的突变与瘢痕疙瘩的相关性。方法:收集2016—2019年昆明医科大学第一附属医院皮肤科门诊瘢痕疙瘩患者216例，提取患者外周血总DNA及25例患者的瘢痕疙瘩组织、瘢痕疙瘩旁正常组织的总DNA。以云南大学附属医院体检中心无瘢痕疙瘩的健康体检者299例外周血样本数据作为对照。对mtDNA D-loop区进行PCR扩增及Sanger测序，并与修正后的剑桥参考序列（rCRS）比对，获得每个样本的突变位点。根据Phylotree-mtDNA tree Build 17，对2组人群进行单倍型类群划分。比较瘢痕疙瘩组织、瘢痕疙瘩旁正常组织及自身外周血mtDNA的D-loop区突变。使用network 5.0软件制作中介网络图，采用二元logistic回归分析单倍型类群频率与瘢痕疙瘩发病的相关性， χ2、 t及 t′检验分析临床数据。 结果:216例瘢痕疙瘩患者mtDNA可划分为10个单倍型类群：A、B、D、R9、G、M*、M7、M8、M9、N9，其中R9分布频率最高（21.3%，46/216），M9分布频率最低（0.9%，2/216）。瘢痕疙瘩患者的单倍型类群M7和N9的分布频率均显著低于对照人群（ P=0.040， OR=0.248，95% CI：0.066~0.937； P=0.048， OR=0.191，95% CI：0.037~0.986）。中介网络图显示，瘢痕疙瘩患者和对照人群的单倍型类群M7具有不同的分布模式。单倍型类群M7患者的发病部位数比非M7患者少（ P=0.000 1），且发病年龄比非M7患者小（ P=0.045）。 结论:单倍型类群M7与瘢痕疙瘩的发生具有相关性，可能是瘢痕疙瘩发生的潜在保护性因素。

目的:探讨精子线粒体DNA D-Loop区基因突变和弱精症的相关性.方法:收集2019年7月至2021年3月温州市中医院诊治的134例弱精症患者(弱精症组)和129例同期健康男性(对照组)的精液,提取精子细胞DNA,采用聚合酶链反应(PCR)对线粒体DNA D-Loop区进行扩增并测序,测序结果与剑桥标准序列(rCRS)进行比对,分析弱精症患者精子细胞线粒体DNA D-Loop区的基因突变情况.结果:两组中发生率＞5%的突变有62种,大部分位于HV-1区和HV-2区(87.78%),突变类型以替换突变为主(87.03%).分析显示,有11种突变在弱精症组和对照组之间的差异有统计学意义(P＜0.05),这些突变可能增加或降低弱精症风险.结论:精子线粒体DNA D-Loop区具有较高突变率,可能在弱精症发生发展中发挥重要作用.

[目的]测定和分析赭翅臀花金龟Campsiura mirabilis线粒体全基因组,并基于线粒体基因组序列探讨金龟科(Scarabaeidae)的系统发育关系.[方法]采用Illumina Hiseq X Ten测序平台,首次测定了赭翅臀花金龟的线粒体全基因组序列,并对其基因结构特点和碱基组成进行分析.结合GenBank中已公布的金龟科54个种的线粒体基因组序列,对该科共55个种线粒体蛋白质编码基因(protein-coding genes,PCGs)的选择压力进行了分析;并基于PCGs和rRNA基因序列,选取锹甲科(Lucanidae)的美国深山锹Lucanus mazama作为外群分别使用最大似然法(maximum likelihood method,ML)和贝叶斯法(Bayesian inference,BI)构建金龟科的系统发育树.[结果]赭翅臀花金龟的线粒体基因组(GenBank登录号:MT548771)全长16 123 bp,包括13个PCGs、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一个D-loop区(控制区),没有发现基因重排现象;22个tRNA基因中除trnS1缺失DHU臂,其余均可形成典型的三叶草式二级结构.赭翅臀花金龟线粒体基因组的碱基组成具有AT偏好性,全基因组的AT-skew大于0,GC-skew小于0.金龟科线粒体基因组的PCGs的Ka/Ks值都低于1,表明这13个PCGs都经历了纯化选择.基于线粒体基因组13个PCGs和2个rRNA基因序列的金龟科的系统发育关系为((蜉金龟亚科(Aphodiinae)+金龟亚科(Scarabaeinae))+(鳃金龟亚科(Melolonthinae)+(花金龟亚科(Cetoniinae)+(丽金龟亚科(Rutelinae)+犀金龟亚科(Dynastinae))))).[结论]本研究测定和分析了赭翅臀花金龟的线粒体基因组,并分析了金龟科的系统发育关系,结果显示金龟亚科、花金龟亚科、丽金龟亚科、犀金龟亚科和鳃金龟亚科均为单系群.

嘉陵裸裂尻鱼为青藏高原特有鱼类,近年来随自然地理气候的变迁和人类活动的影响,种群数量急剧减少.为了解嘉陵裸裂尻鱼的遗传背景以便更好的保护其遗传资源,本研究采用线粒体控制区部分序列变异,分析了嘉陵裸裂尻鱼6个地理种群的遗传结构和分布动态.在147尾个体中共发现17个变异位点,定义了14种单倍型,群体总的单倍型多样性较高为0.810,核苷酸多样性低为0.00698.AMOVA分析显示,44.29％的分子差异源于群体间,55.71％的分子差异源于群体内,群体间遗传分化极显著.Fst值统计检验表明,除宕昌群体和舟曲群体之间差异不显著外,其余两两群体之间Fst值统计检验均显著.基因流估计显示各群体间的基因流水平较高,遗传交流较频繁.Mantel test检验表明,嘉陵裸裂尻鱼种群之间遗传分化程度与地理距离存在显著相关.系统树和单倍型网络进化图显示,6个地理群体的单倍型按照嘉陵江水系和渭河水系形成两个大的类群.错配分布和中性检验表明嘉陵裸裂尻鱼群体在近期历史上群体大小保持稳定,未出现显著的种群扩张.根据本文所揭示的嘉陵裸裂尻鱼种群遗传结构特征,建议将分布在嘉陵江水系的嘉陵裸裂尻鱼作为一个整体进行保护,嘉陵裸裂尻鱼渭河种群属高度分化的单倍型类群,且遗传多样性极低,需对该种群进行优先保护.

为探明长江中下游不同湖泊中短颌鲚(Coilia brachygnathus)遗传多样性水平和遗传分化程度,以洞庭湖、长湖、巢湖3个地理群体作为研究对象,采用线粒体控制区序列为分子标记,分别应用软件DnaSP 5.0、Arlequin3.1.1、MEGA5.0和Network 5.1进行了遗传参数统计和单倍型间分子变异分析(AMOVA),构建邻接系统树及单倍型网络图.对长江中下游短颌鲚野生群体的遗传多样性和遗传结构进行分析.结果显示,用来分析的1 236 bp D-loop区序列中共90个变异位点,54个简约信息位点.长江中下游3个地理群体中共发现58个单倍型,单倍型多样性(h)范围0.949 ～ 0.982,核苷酸多样性范围0.004 99 ～ 0.006 21,说明长江中下游3个湖泊短颌鲚地理群体具有较高的遗传多样性水平.3个短颌鲚地理群体遗传分化指数(Fst)为0.265 95,呈现出中等程度的分化水平,主要表现在巢湖群体与其他群体之间处于中等程度分化水平.依据遗传距离构建系统发育树及单倍型网络图也出现相类似结果.

根据侧条光唇鱼(Acrossocheilus parallens)线粒体基因(mtDNA)序列设计引物,采用引物步移和PCR扩增产物测序,获得了克氏光唇鱼(A.kreyenbergii)的mtDNA全序列.结构分析表明,克氏光唇鱼mtDNA为首尾闭合的环状基因,全长16596bp,编码37个基因,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和两段非编码区(D-loop和轻链复制起点OL),碱基组成具有明显的A+T偏好和反G偏倚现象.13个蛋白编码基因中,除CO Ⅰ的起始密码子是GTG,其余基因的起始密码子均为ATG;终止密码子包括完全的终止密码子TAA (38.46％)和TAG (7.69％),不完全的终止密码子TA (15.38％)和T(38.46％).在D-loop区的811～837bp区间发现了一段“TA”短串联重复序列.从蛋白编码基因所包含的信息量、变异位点和变异率看,ND5、ND4、CO Ⅰ和ND2最适合作为光唇鱼属种间系统发育分析的分子标记.采用贝叶斯法利用13个蛋白编码基因所构建的系统发育树显示,光唇鱼属和白甲鱼属(Onychostoma)的24种鱼类各自没有聚为单系群,相互间不能明确区分.

为评价圈养及野生藏酋猴Macaca thibetana子代遗传多样性的差异,本研究利用藏酋猴线粒体控制区(mtDNA D-loop)全长序列,对四川省金阳地区野生亲本及子一代、马边地区野生亲本及圈养繁殖子一代共102只个体开展了遗传结构变异分析.结果显示,藏酋猴mtDNA D-loop的序列长度为1 091 bp,包括115个变异位点,66个单倍型,其中,马边种群亲本与子一代共享2个单倍型,金阳种群亲本与子一代共享1个单倍型.马边种群2个世代个体的核苷酸多态性分别为0.004 77和0.00409;而金阳种群2个世代个体的核苷酸多态性分别为0.002 30和0.002 78,子一代与亲本的遗传多样性差异无统计学意义,均处于较低水平.马边和金阳地区子一代与亲本之间的遗传距离分别为0.024 09和0.002 55,表明圈养和野生条件下的子一代与亲本间均未出现明显的遗传分化.根据D-loop全长序列所构建的邻接(NJ)树显示,金阳或马边地区的不同世代个体在NJ树上互相交叉,未形成独有的进化支,说明无论自然条件下的随机交配还是圈养繁育的人为选择压力均没有对藏酋猴种群的遗传结构造成大的影响.本研究首次利用mtDNA D-loop全长序列分析藏酋猴野外与圈养繁殖的亲本与子一代间的遗传差异,为藏酋猴实验动物遗传控制标准化提供数据支持.

[目的]探讨线粒体DNA(mtDNA)非编码区D-loop区单核苷酸多态性及归属单倍体群与胃肠胰神经内分泌肿瘤(Gastroenteropancreatic neuroendocrine neoplasm,GEP-NEN)发病风险的关系.[方法]对130例GEP-NEN及148例正常健康对照组外周血mtDNA D-loop区序列进行DNA测序,通过与线粒体文库中的Revised Cambridge Reference Sequence(rCRS)比对分析两组人群中mtDNAD-loop区多态位点出现频率的差异.[结果]在GEP-NEN组和对照组中mtDNA D-loop区共检测到148个单核苷酸多态性(SNP)位点.筛选出23个SNP位点等位基因频率＞5％的单核苷酸多态位点用于肿瘤发病风险分析.GEP-NEN组患者mtD-NA D-loop区的73G、150T、151T、492C、16257A、16261T和16399G出现的频率明显高于对照组,差异均有统计学意义(P＜0.05),其中150T、16257A、16261T均属于N9a单倍群.[结论] mtDNA D-loop区多态性位点线粒体D-loop区的突变分析对GEP-NEN高危人群具有诊断价值,线粒体DNA单倍体群N9a可能与GEP-NEN发病风险相关.

以祁连山东段高寒草甸区栖息的鼢鼠(Eospalax spp.)为研究对象,通过分子系统学、形态学和栖息地特征调查相结合的方法对区域内鼢鼠的分类地位进行了研究.利用分子生物学技术,测定了线粒体D-loop序列,构建了系统发育树并计算了鼢鼠间遗传距离.测量了鼢鼠头骨指标以及体貌形态特征,并调查了不同鼢鼠栖息地草地类型、优势种植物及土壤紧实度等.结果发现4个采样地的鼢鼠属两个不同种,即甘肃鼢鼠(Eospalaxcansus)和高原鼢鼠(Eospalax baileyi).两种鼢鼠的遗传距离为0.147;眶间宽、听泡宽在两性间均差异显著(n雄=14,n雌=16,P＜0.05),颧宽在雄性间差异显著(n雄=14,P＜0.05);甘肃鼢鼠尾部和后足有稀疏短毛,而高原鼢鼠则有密毛.甘肃鼢鼠主要栖息在海拔较低的高寒草甸区,其优势植物主要有矮嵩草(Kobresia humilis)、蕨麻(Potentilla anserina)、早熟禾(Poa annua);高原鼢鼠主要栖息在海拔较高的高寒灌丛草甸区,其优势植物主要有早熟禾(Poa annua)、金露梅(Potentilla fruticosa)、披碱草(Elymus dahuricus),但两者栖息地的土壤紧实度无差异(P＞0.05).本研究结果为同区域分布甘肃鼢鼠和高原鼢鼠的野外鉴别提供技术依据.

目的 探讨白血病线粒体DNA(mtDNA)突变情况.方法 收集秦皇岛市第一医院2017年2月至6月收治的16例白血病患者的mtDNA,采用聚合酶链反应(PCR)扩增并测序,将所得结果与剑桥标准序列(rCRS)和人类线粒体基因组数据库(mtDB)进行比对,分析患者突变情况.结果 共发现106个突变位点,其中D-loop区占47.17％(50/106),ND4区占2.83 ％(3/106),ND5区占17.92％(19/106),Cytb区占22.64％(24/106),ND1区占7.55 ％(8/106),CoⅡ区占1.89％(2/106).结论 白血病患者mtDNA存在较高的突变率.