目的:基于空间转录组、单细胞转录组和RNA转录组测序数据探讨BICD1基因促进脑胶质瘤恶性进展的分子机制。方法:基于空间转录组公共数据集分析BICD1基因在正常脑组织(样本"248_C")和胶质母细胞瘤组织(样本"275_T")中的空间分布特征。采用R语言软件包分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库中单细胞测序数据(来源于14例患者的6 148个细胞)，明确BICD1基因在胶质瘤不同细胞类型中的表达差异。基于CGGA数据库中693例脑胶质瘤患者的RNA测序数据，采用京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及基因本体论分析BICD1基因相关基因的生物学功能。结果:BICD1基因在正常脑组织中表达广泛，在胶质母细胞瘤组织中特异性地表达于肿瘤干细胞与肿瘤细胞的分界处。根据单细胞测序数据进行的细胞分群分析表明，BICD1基因主要在星形胶质细胞中高表达。在Neftel分型中，BICD1基因高表达细胞主要分布在星形胶质细胞样细胞群和神经前体样细胞群中。BICD1基因表达水平相关差异基因的KEGG通路富集分析显示，BICD1基因高表达与细胞衰老( P＝0.003)、癌症中的蛋白聚糖( P＝0.004)等癌症相关生物学功能的聚集相关，与肌动蛋白细胞骨架的调节( P＝0.010)等胞内运输过程的功能聚集相关；BICD1基因低表达与核糖体相关功能( P<0.001)及氧化磷酸化( P<0.001)等生物学过程的聚集相关。BICD1基因表达水平相关差异基因的生物学功能聚类分析显示，与BICD1基因表达水平相关性较强的生物学功能有细胞质翻译( P<0.001)、核糖体亚单位装配( P＝0.001)、染色体分离调控( P＝0.004)及染色体分离( P＝0.004)等。BICD1基因的表达水平与多泛素修饰依赖性蛋白结合( P＝0.046)、泛素－泛素连接酶活性( P＝0.033)、蛋白质解聚负调控( P＝0.010)、单泛素化蛋白质去泛素化( P＝0.026)、肌动蛋白丝加帽( P＝0.007)、肌动蛋白丝解聚( P＝0.013)等生物学过程相关。 结论:BICD1蛋白可能在脑胶质瘤前体肿瘤细胞中参与蛋白泛素化降解及细胞骨架相关的胞内运输，调控细胞衰老和细胞分裂等生物学过程，在这些细胞的恶性转变过程中起到关键作用。

目的:探讨RA-成纤维样滑膜细胞（FLS）中双特异性磷酸酶8（DUSP8）DUSP8与促分裂原活化蛋白激酶（MAPK）1之间的相互作用，及其对RA-FLSs增殖、凋亡的影响。方法:培养RA-FLS和正常FLS，采用实时荧光定量聚合酶链式反应（RT-qPCR）、蛋白质印迹法检测两组细胞DUSP8 mRNA表达水平。采用细胞转染技术及RNA干扰技术，构建DUSP8过表达细胞系及DUSP8沉默细胞系。CCK-8法检测各组细胞增殖，流式细胞术检测各组细胞凋亡。蛋白质印迹法检测各组细胞DUSP8、MAPK1、p-MAPK1、ki-67、Bax蛋白表达水平。间接免疫荧光实验分析DUSP8与MAPK1的空间共定位，免疫共沉淀实验分析DUSP8与MAPK1蛋白之间是否存在相互作用。计量资料两组间比较采用独立样本 t检验，多组间比较采用单因素方差分析，进一步两两比较采用LSD- t检验。 结果:DUSP8在RA-FLS mRNA[（2.4±0.6）和（11.2±0.8）， t=21.63， P<0.001]和蛋白表达[（0.24±0.04）和（0.74±0.08）， t=9.45， P<0.001]水平均显著低于FLS。与空白对照组和过表达对照组相比，在RA-FLS细胞转染pcDNA3.1-Myc-DUSP8可显著抑制RA-FLS细胞的增殖[（90.5±5.6），（92.5±1.8），（56.4±4.4）， F=138.60， P<0.001]，增加细胞凋亡率[（12.7±1.4）%和（12.6±1.3）%和（27.5±3.0）%， F=16.98， P<0.001]，上调细胞的DUSP8'[（0.49±0.05），（0.45±0.04）和（0.73±0.07）]、Bax[（0.39±0.06），（0.36±0.05）和（0.89±0.10）]蛋白表达水平，下调ki-67[（1.07±0.12）和（1.11±0.16）和（0.70±0.08）]、p-MAPK1/MAPK1[（0.59±0.06）和（0.65±0.07）和（0.39±0.03）]蛋白表达水平（均 P<0.001）；与空白对照组和沉默对照组相比，在RA-FLS细胞转染siRNA-DUSP8可显著促进RA-FLS细胞的增殖[（90.5±5.6）和（91.1±2.9）和（128.3±4.6）， F=137.50， P<0.001]，降低细胞凋亡率[（12.7±1.4）%和（13.2±1.2）%和（5.4±0.7）%， F=16.98， P<0.001]，下调细胞中的DUSP8[（0.492±0.048）和（0.432±0.051）和（0.102±0.024）]、Bax[（0.391±0.062）和（0.411±0.058）和（0.090±0.011）]蛋白表达水平，上调ki-67[（1.07±0.12）和（1.11±0.15）和（1.93±0.22）]、p-MAPK1/MAPK1[（0.59±0.06）和（0.68±0.06）和（0.93±0.11）]蛋白表达水平（均 P<0.05）。间接免疫荧光实验结果表明DUSP8与MAPK1均可在RA-FLS细胞质和细胞核中表达，免疫共沉淀实验验证DUSP8与MAPK1蛋白具有相互作用。 结论:DUSP8通过与MAPK1相互作用调节MAPK1磷酸化，抑制类风湿关节炎成纤维样滑膜细胞增殖，并促进凋亡。

目的:探讨巴西苏木素对膀胱癌细胞的抑制作用及其机制。方法:采用化学合成法制备巴西苏木素。采用四甲基偶氮唑盐（MTT）法检测合成的巴西苏木素对膀胱癌T24细胞和BIU87细胞增殖的抑制作用，采用蛋白质组学技术检测巴西苏木素对两种细胞蛋白表达水平的影响，采用实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）及蛋白质印迹法验证巴西苏木素对两种细胞的细胞质分裂调控蛋白1（PRC1）基因水平和蛋白水平表达的影响。结果:MTT法检测显示，巴西苏木素可明显抑制膀胱癌T24和BIU87细胞的增殖，其对T24细胞和BIU87细胞的半抑制浓度（ IC50）分别为9.9 μg/ml和5.1 μg/ml；蛋白质组学检测结果显示，巴西苏木素可下调两种细胞中PRC1蛋白的表达，并经qRT-PCR及蛋白质印迹法得到了验证。 结论:巴西苏木素可能通过下调PRC1表达抑制膀胱癌细胞的增殖。

目的:通过检测肾细胞癌(RCC)组织和配对癌旁组织中细胞质分裂调控蛋白1(PRC1)的表达，分析其表达水平与患者临床特征之间的关系，从而为PRC1的后续功能研究奠定基础。方法:收集2010年1月至2016年12月深圳市第二人民医院的40例手术切除的RCC组织和癌旁组织标本，同时培养ACHN、786-O和HK-2细胞系，提取组织和细胞中的总RNA并逆转录合成cDNA，通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术检测PRC1的表达，统计分析其表达水平与患者临床病理特征之间的关系。结果:ACHN、786-O细胞中的PRC1表达均高于HK-2细胞(均 P<0.05)。RCC组织中PRC1的表达较癌旁组织明显升高( P<0.05)。PRC1的表达与患者的性别、年龄、肿瘤临床病理(TNM)分期、美国癌症联合会(AJCC)分期及Fuhrman分级均无相关性(均 P>0.05)。 结论:PRC1在RCC组织及细胞中的表达水平升高，提示其与RCC发生机制有一定关系。

[目的]"三系"法是选育杂交大豆的主要途径,但恢复系中仅有少数大豆恢复基因被克隆,为挖掘更多新恢复基因,从而促进多基因聚合的强恢复系选育,提高杂种F1 的育性稳定性.[方法]以大豆细胞质雄性不育系JLCMS5A和其恢复系JLR2 为材料,采用转录组测序技术分析JLCMS5A和JLR2 花蕾不同时期的转录水平变化,挖掘调控育性恢复和花蕾发育进程的相关基因和通路.进一步对具有恢复基因特征编码PPR(pentatricopeptide repeat)蛋白的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行基因注释、序列差异分析、RT-qPCR验证、系统进化分析及蛋白结构预测,挖掘育性恢复相关基因.[结果]转录组测序鉴定到 17 181 个DEGs,其中有 3 856 个DEGs与发育时期相关,2 808 个DEGs与育性相关.GO(gene ontology)功能注释表明,与育性相关的DEGs主要富集在ADP结合、核酸结合转录因子活性和蛋白激酶活性等功能类别,与发育时期相关的DEGs主要富集在蛋白质异源二聚化活性、DNA复制和DNA结合等功能类别.KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析表明,育性相关DEGs主要参与内质网蛋白质加工、葡萄糖苷酸生物合成和植物激素信号转导等与蛋白质、糖类和信号转导密切相关的代谢通路,发育时期相关DEGs主要参与DNA复制、错配修复、淀粉和蔗糖代谢等与细胞分裂和能量物质降解密切相关的代谢通路.育性恢复候选基因分析发现,JLR2 中的Glyma.09G176400可能在调控大豆细胞质雄性不育育性恢复过程中起到一定作用.[结论]共鉴定到 3 856 个与发育时期相关的DEGs,2 808 个与育性相关的DEGs;鉴定出具有恢复基因特征编码PPR蛋白的DEGs 15 个;挖掘了 1 个育性恢复相关基因Glyma.09G176400.

目的:揭示D930020B18Rik(RIKEN cDNA D930020B18)基因在小鼠和人各发育阶段睾丸的表达特征,探讨其在哺乳动物精子发生中的可能作用.方法:基于小鼠基因表达芯片筛选到睾丸高表达基因D930020B18Rik,利用实时定量RT-PCR、免疫组化、免疫印迹、免疫荧光等方法揭示其在小鼠和人睾丸中的表达特征,应用生物信息学分析及双荧光素酶分析、细胞周期同步化等方法进行初步的功能和分子机制验证.结果:D930020B18Rik在小鼠出生后前2周的睾丸组织中表达水平较低,且主要定位在精原细胞细胞质;从第3周开始直到性成熟,D930020B18Rik在睾丸持续高丰度表达,且主要定位在精母细胞、圆形精子和长形精子的细胞核,但是在成熟精子的细胞核表达缺失.进化树分析显示在哺乳动物中D930020B18Rik蛋白序列高度保守.基因富集生信分析提示D930020B18Rik及其同源蛋白,可能通过参与核质浓缩(NES=1.652,P＜0.01,FDR=0.153)、减数分裂(NES=1.960,P＜0.01,FDR＜0.001)、有丝分裂微管细胞骨架组成等(NES=1.903,P＜0.01,FDR=0.009)实现对哺乳动物精子发生的调控.通过双荧光素酶试验发现了转录因子klf5和foxo1可以识别和结合D930020B18Rik启动子,并分别发挥正向和负向转录调控作用.结论:D930020B18Rik在小鼠睾丸呈与精子发生高度相关的时空特异性表达,且主要定位在生精细胞的胞核,可能参与了精母细胞减数分裂和精子变形等过程.

目的 基于空间转录组、单细胞转录组和RNA转录组测序数据探讨BICD1基因促进脑胶质瘤恶性进展的分子机制.方法 基于空间转录组公共数据集分析BICD1基因在正常脑组织(样本"248_C")和胶质母细胞瘤组织(样本"275_T")中的空间分布特征.采用R语言软件包分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库中单细胞测序数据(来源于14例患者的6 148个细胞),明确BICD1基因在胶质瘤不同细胞类型中的表达差异.基于CGGA数据库中693例脑胶质瘤患者的RNA测序数据,采用京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及基因本体论分析BICD1基因相关基因的生物学功能.结果 BICD1基因在正常脑组织中表达广泛,在胶质母细胞瘤组织中特异性地表达于肿瘤干细胞与肿瘤细胞的分界处.根据单细胞测序数据进行的细胞分群分析表明,BICD1基因主要在星形胶质细胞中高表达.在Neftel分型中,BICD1基因高表达细胞主要分布在星形胶质细胞样细胞群和神经前体样细胞群中.BICD1基因表达水平相关差异基因的KEGG通路富集分析显示,BICD1基因高表达与细胞衰老(P=0.003)、癌症中的蛋白聚糖(P=0.004)等癌症相关生物学功能的聚集相关,与肌动蛋白细胞骨架的调节(P=0.010)等胞内运输过程的功能聚集相关;BICD1基因低表达与核糖体相关功能(P＜0.001)及氧化磷酸化(P＜0.001)等生物学过程的聚集相关.BICD1基因表达水平相关差异基因的生物学功能聚类分析显示,与BICD1基因表达水平相关性较强的生物学功能有细胞质翻译(P＜0.001)、核糖体亚单位装配(P=0.001)、染色体分离调控(P=0.004)及染色体分离(P=0.004)等.BICD1基因的表达水平与多泛素修饰依赖性蛋白结合(P=0.046)、泛素-泛素连接酶活性(P=0.033)、蛋白质解聚负调控(P=0.010)、单泛素化蛋白质去泛素化(P=0.026)、肌动蛋白丝加帽(P=0.007)、肌动蛋白丝解聚(P=0.013)等生物学过程相关.结论 BICD1蛋白可能在脑胶质瘤前体肿瘤细胞中参与蛋白泛素化降解及细胞骨架相关的胞内运输,调控细胞衰老和细胞分裂等生物学过程,在这些细胞的恶性转变过程中起到关键作用.

目的 利用生物信息学分析方法,结合 GEO 数据库,探讨获取结直肠肿瘤关键基因的差异表达情况.方法 使用GEO数据库分析结直肠肿瘤患者的肿瘤组织和正常组织基因表达数据,使用GEO2R筛选差异表达基因(differential expression genes,DEGs),利用David数据库对DEG进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析,获得DEG的分子功能、细胞组分和生物过程结果,利用基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and ge-nomes,KEGG)获取差异基因在疾病状态下的信号通路信息,构建差异基因间蛋白质相互作用网络,并使用Cyto-scape软件对网络中的关键节点进行拓扑分析,筛选出结直肠肿瘤患者发生过程中的关键基因.结果 通过对GSE21510 数据集的生物信息学分析,共鉴定到664 个DEGs,其中结直肠肿瘤患者高表达基因234 个,低表达基因430 个.这些DEGs主要参与细胞分裂、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录正和负调控等生物过程,同时参与细胞核、胞质、细胞质、核浆、细胞膜等细胞成分组成,并参与蛋白质绑定、ATP绑定等分子功能的表达和实现等过程,通过蛋白质网络分析确定高表达基因CDK1、CCNB1、TOP2A、AURKA、UBE2C、BUB1、CHEK1、RRM2、MYC、TPX2 和低表达基因SLC26A3、CLCA4、GUCA2A、MS4A12、ZG16、GUCA2B、CLCA1、AQP8、MT1E、MT1G为关键基因.生存分析结果显示,关键基因CCNB1 低表达与CRC患者预后较差显著相关(logrank P<0.01);此外,CCNB1 基因与肿瘤病理分期显著相关(P<0.01).结论 所筛选的关键基因可能成为诊断或治疗结直肠肿瘤的的标志物或潜在靶点,本研究结果为结直肠肿瘤的发病机制、治疗方法等领域的研究提供了理论参考.

目的:检测血清和糖皮质激素诱导蛋白激酶3(SGK3)在小鼠不同细胞周期1-细胞期受精卵中的表达水平及其亚细胞定位,初步阐明SGK3对哺乳动物受精卵早期发育的调控机制.方法:通过超排卵技术和受精卵体外培养收集小鼠1-细胞期受精卵,分别采用实时荧光定量PCR法(RT-qPCR)和Western blotting法检测小鼠不同细胞周期1-细胞期受精卵中SGK3 mRNA和蛋白表达水平,采用免疫荧光法观察SGK3 在小鼠不同细胞周期 1-细胞期受精卵中的亚细胞定位情况.结果:在小鼠不同细胞周期1-细胞期受精卵中均有SGK3 mRNA和蛋白表达;与G1期、S期和M期比较,G2期小鼠1-细胞期受精卵中SGK3 mRNA和蛋白表达水平均明显升高(P<0.01).免疫荧光法检测,在G1期和S期SGK3(红色荧光)定位于小鼠1-细胞期受精卵细胞质,在G2期部分SGK3进入细胞核,在M期SGK3广泛分布于小鼠1-细胞期受精卵中.结论:SGK3在小鼠不同细胞周期1-细胞期受精卵中动态表达,SGK3在受精卵细胞分裂过程中存在核浆穿梭,SGK3的定位改变可能推动小鼠1-细胞期受精卵G2/M转换和有丝分裂进程.

小分子泛素样调节蛋白(small ubiquitin-related modifier,SUMO)化修饰是一种可逆的蛋白质翻译后调节形式.SUMO与泛素结构相似,但功能迥异.SUMO底物可定位于细胞核、细胞膜及细胞质,绝大多数为转录因子和表观调节子.SUMO通过E1激活酶、E2结合酶和E3连接酶与靶蛋白上特定的赖氨酸位点共价结合,调节细胞功能,如控制细胞周期、调控转录、调节亚细胞定位等.近年许多研究证明,SUMO化修饰在早期胚胎发育中发挥重要作用.在胚胎发育过程中,蛋白质SUMO化修饰参与调控胚胎发育的多个环节中的多个分子事件,如维持染色体的完整性、分离控制着丝点聚集、调控生殖细胞发育及减数分裂成熟等.总结最新的研究成果,概括SUMO化修饰在胚胎发育中的作用.但由于该项研究刚刚起步,SUMO化循环通路在胚胎发育中的全部生理学功能仍有待进一步研究.