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基于TCGA数据库初步筛选预测胃癌生存期的基因
编辑人员丨2天前
目的:利用癌症基因组图谱(TCGA)中的大量胃癌基因组数据,在胃癌组织差异表达的基因中挖掘与预后相关的基因。方法:在TCGA数据库中下载胃腺癌相关基因芯片数据,经R语言数据预处理及用edgeR对基因表达数据进行差异表达分析,利用R语言对差异基因进行基因本体论(GO)富集及KEGG生物通路分析。多因素逐步回归Cox分析预测影响生存期的基因,利用Kaplan-Meier Plotter(http://Kaplan-Meier Plotter.com)网站对上述得到的基因进行在线生存分析。结果:TCGA数据库中共筛选胃癌标本305个,癌旁组织30个。得到3 231个胃癌差异基因,其中上调2 005个基因,下调1 226个基因。GO富集主要集中于抗原连接、丝氨酸水解酶活性、受体配体活性、丝氨酸型肽酶活性、丝氨酸型内肽酶活性、糖胺聚糖结合、细胞因子活性、激素活性、肽酶抑制剂活性、金属钛酶活性等分子功能。KEGG生物通路分析主要涉及化学致癌物、神经活性受体-配体相互作用、细胞因子-细胞因子受体相互作用、细胞色素P450对有害物质的代谢、蛋白质的消化与吸收、金黄色葡萄球菌感染、视黄醇代谢、药物代谢P450、类固醇激素生物代谢、胰液分泌等。Cox分析显示,基因GPX3和SERPINE1对胃癌患者生存期有显著影响。受试者工作特征曲线分析显示,GPX3和SERPINE1表达量的高低对胃癌患者生存期有一定的预测价值,二者临界值分别为0.46、0.68时,敏感性为60.35%,特异性为82.06%,曲线下面积为0.763(95% CI为0.828~0.936)。Kaplan-Meier分析发现,GPX3( P<0.001)和SERPINE1基因( P=0.001)高表达与胃腺癌不良预后有明显关系。 结论:SERPINE1、GPX3基因表达越高,胃癌患者生存期越短,二者可能作为胃癌预测预后的靶点。
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编辑人员丨2天前
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老年2型糖尿病患者血清视黄醇结合蛋白与代谢相关脂肪性肝病的关系研究
编辑人员丨2天前
目的:探讨老年2型糖尿病(T2DM)患者血清视黄醇结合蛋白(RBP)与代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)发病的关系及可能代谢机制。方法:回顾性分析2003年1月至2012年12月在上海交通大学附属第六人民医院内分泌代谢科住院且临床资料完整的老年T2DM患者3 384例。根据血清RBP水平四分位数分为4组:RBP<35 mg/L组844例、35 mg/L≤ RBP ≤41 mg/L组773例、42 mg/L≤ RBP ≤51 mg/L组902例和RBP>51 mg/L组865例。收集患者临床资料、实验室检查结果,比较4组患者MAFLD的患病率,采用二元Logistic回归分析RBP与MAFLD的关系。结果:校正年龄、性别后,从RBP<35 mg/L组至RBP>51 mg/L组,老年T2DM患者的肥胖比例( χ2=15.222)、降脂药用药比例( χ2=88.552)、收缩压( F=12.002)、舒张压( F=6.872)、腰围( F=9.563)、腰臀比( F=7.972)、体质指数( F=9.057)、血肌酐( χ2=185.445)、血尿酸( χ2=314.691)、24 h尿白蛋白( χ2=91.012)、谷丙转氨酶( χ2=17.049)、γ-谷氨酰转肽酶( χ2=50.514)、总胆固醇( F=45.669)、三酰甘油( χ2=361.269)、低密度脂蛋白胆固醇( F=8.772)、空腹C肽( χ2=165.756)、餐后2 h C肽( χ2=120.690)、胰岛抵抗指数(HOMA2-IR)( χ2=148.884)均呈上升趋势(均 P<0.01),MAFLD患病率也逐渐升高,分别为26.5%(224/844)、30.1%(233/773)、36.6%(330/902)和41.8%(362/865)( χ2=52.526, P<0.01)。伴MAFLD的老年T2DM患者HOMA2-IR高于不伴MAFLD患者[2.0(1.31~2.8)比1.39(0.86~2.06), F=220.826, P<0.01]。校正其他混杂因素后,二元Logistic回归分析结果显示,血清RBP与MAFLD发生相关( β=0.209, OR=1.232,95% CI:1.079~1.408, χ2=9.441, P<0.01)。 结论:血清RBP水平升高是老年T2DM患者MAFLD发生的独立危险因素,其机制可能与RBP增加胰岛素抵抗有关。
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编辑人员丨2天前
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新生儿营养评价生化指标参考区间的调查
编辑人员丨2023/8/6
目的 对新生儿营养评价指标血清总蛋白、白蛋白、前白蛋白及视黄醇结合蛋白的参考区间进行调查.方法 收集2016年12月至2017年8月间湖南省儿童医院健康体检新生儿的血清标本403例,测定血清中总蛋白、白蛋白、前白蛋白及视黄醇结合蛋白的浓度;对各检测项目结果按性别、周龄进行分组比较后建立各项目的参考区间.结果 健康新生儿各项目测定值男女间差异无统计学意义(P>0.05);总蛋白、白蛋白、视黄醇结合蛋白在出生后各周龄间差异无统计学意义(P>0.05),1周龄的新生儿前白蛋白浓度与其他周龄的新生儿比较差异有统计学意义(P<0.05).健康新生儿血清总蛋白、白蛋白、视黄醇结合蛋白及前白蛋白的参考区间依次为:40.69~65.72 g/L、28.77~ 42.3 g/L、12.13~ 33.19 mg/L、42.26~ 161.52 mg/L(≤7 d)及59.05~ 170.23 mg/L(8 ~ 28d).结论 新生儿血清总蛋白、白蛋白、视黄醇结合蛋白建立参考区间时可不区分性别、周龄,而前白蛋白1周内新生儿的参考区间需要与其他周龄的新生儿区分.
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编辑人员丨2023/8/6
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全胸腔镜肺叶切除对老年肺癌患者蛋白代谢反应指标及应激因子的影响
编辑人员丨2023/8/5
[目的]探讨全胸腔镜肺叶切除对老年肺癌患者蛋白代谢反应指标及应激因子的影响.[方法]回顾性选择2016年4月至2018年4月在本院诊治的120例肺癌患者,根据手术方案不同分为观察组和对照组.观察组采用全胸腔镜肺叶切除术,对照组采用传统开胸肺叶切除术.比较两组手术情况及手术前、术后5 d血清蛋白代谢反应指标视黄醇结合蛋白(RBP)、前清蛋白(PA)、转铁蛋白(TRF)和疼痛应激因子缓激肽(BK)、P物质(SP)、前列腺素E2(PGE2)水平.[结果]观察组切口长度、出血量、手术时间、住院时间均明显少于对照组,其差异有统计学意义(P<0.05).术后,观察组血清RBP、PA、TRF水平降低幅度小于对照组,血清BK、SP、PGE2水平上升幅度小于对照组,其差异均有统计学意义(P<0.05).[结论]采用全胸腔镜肺叶切除术治疗老年肺癌患者,可降低患者的疼痛应激程度,对代谢反应的影响相对较小,是一种安全有效的治疗方法,值得临床推广应用.
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编辑人员丨2023/8/5
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全氟辛酸对SD大鼠肝脂质代谢紊乱及脂肪酸代谢相关蛋白表达的影响
编辑人员丨2023/8/5
目的:全氟辛酸(perfluorooctanoic acid,PFOA)能引起动物体脂代谢紊乱,影响脂肪酸的分解与合成,过氧化物酶体增殖剂激活受体(peroxisome proliferators-activated receptor,Ppar)在此过程中发挥极其重要的作用.本研究旨在探讨PFOA对Sprague Dawley(SD)大鼠肝脂质代谢紊乱及其相关蛋白表达的影响.方法:将40只雄性SD大鼠随机分成对照组(注射双蒸水)、低剂量组[PFOA剂量为1.25 mg/(kg·d)]、中剂量组[PFOA剂量为5.00 mg/(kg·d)],高剂量组[PFOA剂量为20.00 mg/(kg·d)],每组10只.正常饮食,采用PFOA经口灌胃14 d,每日观察、称重、记录.经口灌胃后,采血、处死大鼠、迅速剥离其肝脏.取部分肝组织固定于4%多聚甲醛后进行糖原过碘酸希夫(periodic acid-schiff,PAS)染色;检测血清以及肝组织中HDLC、LDLC、TG、TC的含量及相关酶的活性;蛋白质印迹法检测环磷腺苷效应元件结合蛋白(cyclic adenosine monophosphate-response element binding protein,Cbp)、类氨基酸合成酵母同源物通用调控蛋白2(general control of amino acid synthesis 5-like 2,Gcn5L2)、Pparγ、沉默信息调节因子1(silent information regulator 1,Sirt1)和人类视黄醇X受体α2(retinoid X receptor alpha 2,Rxrα2)的表达水平.结果:PFOA暴露14 d后,与对照组相比,中、高剂量组的SD大鼠肝细胞的胞质及胞核内PAS染色阳性颗粒明显减少.与对照组相比,低、中剂量组血清中LDLC、TC含量显著降低(均P<0.05),高剂量组中LDLC、TC含量升高,但差异无统计学意义(均P>0.05),HDLC、TG差异均无统计学意义(均P>0.05);低、中、高剂量组血清中碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,AKP)、谷丙转氨酶(alanine aminotransferase,ALT)的活性显著升高(均P<0.05);高剂量组中ALT/谷草转氨酶(aspartate aminotransferase,AST)比值显著升高(P<0.05);LDH、TG差异均无统计学意义(均P<0.05).与对照组相比,高剂量组肝组织中的HDLC含量明显降低(P<0.05);低、中、高剂量组肝组织中的TC含量明显升高(均P<0.05),LDLC、TG差异均无统计学意义(均P<0.05);中、高剂量组肝组织中的AKP活性明显升高(均P<0.05),LDH、ALT、ALT/AST比值差异均无统计学意义(均P>0.05).与对照组相比,高剂量组肝组织中Pparγ、Cbp、Rxrα2的蛋白质表达水平均明显下调(均P<0.05);Sirt1的蛋白质表达则明显上调(均P<0.05).结论:PFOA暴露可导致SD大鼠肝脂质代谢紊乱以及糖原减少,这可能与PFOA激活Sirt1的表达、抑制Pparγ的表达,从而影响脂肪酸正常代谢及促进糖酵解有关.
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编辑人员丨2023/8/5
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肝脏X受体激动剂TO901317对APP/PS1双转基因阿尔茨海默病小鼠认知功能的影响及其机制
编辑人员丨2023/8/5
目的:肝脏X受体(liver X receptor,LXR)是核受体超家族中的一员,其中LXR-β是脑细胞内胆固醇含量的重要感受器,而LXR-β/类视黄醇X受体(retinoic X receptor,RXR)-α/ATP结合盒转运子A1(ATP binding cassette transporter A1,ABCA1)胆固醇跨膜转运体系与阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)的发生、发展密切相关.LXR激动剂TO901317能影响APP/PS1双转基因小鼠脑组织中β淀粉样蛋白(β-amyloid protein,Aβ)的生成,但其具体机制尚未阐明.本研究旨在观察LXR激动剂TO901317对高胆固醇饲料饲喂的AD小鼠的认知功能的影响,并从胆固醇代谢的角度探讨其可能的机制.方法:选取24只雄性6月龄APP/PS1双转基因AD小鼠,并随机分为4组,即普通饲料(control)组、高胆固醇饮食(cholesterol rich diet,CRD)组、CRD联合LXR激动剂TO901317饲喂组(TO901317组)以及CRD、TO901317联合LXR拮抗剂GSK2033饲喂组(GSK2033组),每组各6只.以CRD为基础饲料混合猪油、蛋黄粉、鱼肝油等加工制成的颗粒饲料,按每天两次饲喂小鼠;药物组在CRD的同时给予药物,TO901317及GSK2033溶解后均稀释至最终浓度0.03%,并按照小鼠体重通过胃管每日灌胃给药,各组总治疗时间为3个月.饲喂3个月后,采用Morris水迷宫实验观察各组小鼠空间探索和记忆能力的变化;酶标仪比色法检测各组小鼠血清中TC、LDL和HDL的含量;ELISA法检测各组AD小鼠脑组织中Aβ42的表达情况;蛋白质印迹法检测各组小鼠脑组织LXR-β、RXR-α、ABCA1和Caveolin-1蛋白质水平的变化.结果:Morris水迷宫实验结果显示:与control组相比,CRD组小鼠穿越平台的次数、距离和时间均显著降低(均P<0.05);相较于CRD组,TO901317组小鼠穿越平台的次数、距离和时间显著增加(均P<0.05);而相较于TO901317组,GSK2033组上述指标均降低(均P<0.05).酶标比色仪检测结果显示:CRD组小鼠血清中TC和LDL含量较control组显著增加,而HDL却显著减少(均P<0.001);TO901317组中TC和LDL含量较CRD组减少,HDL含量增加(均P<0.001);GSK2033组小鼠血清中TC和LDL含量较TO901317组却显著增加,HDL含量显著减少(均P<0.001).ELISA结果显示:4组中CRD组小鼠脑内的Aβ42生成量最多;与CRD组比较,TO901317组小鼠脑内的Aβ42量显著减少(P<0.001),4组中含量最低;control组与GSK2033组含量接近.蛋白质印迹法结果显示:CRD组中LXR-β、RXR-α、ABCA1蛋白质水平较control组显著降低,Caveolin-1蛋白质水平却明显升高(均P<0.01).而经TO901317处理后,AD小鼠脑组织中LXR-β、RXR-α、ABCA1蛋白质水平明显升高,Caveolin-1蛋白质水平降低(均P<0.001);在GSK2033组中,TO901317对AD小鼠的影响被GSK2033部分逆转,相较于TO901317组,小鼠脑内的LXR-β、RXR-α、ABCA1蛋白质水平降低,Caveolin-1蛋白质水平升高(均P<0.05).结论:CRD导致转基因AD小鼠产生更加严重的空间探索障碍和学习记忆能力障碍,而LXR激动剂TO901317减轻了这一效应.其机制可能为TO901317通过激活LXR-β/RXR-α/ABCA1跨膜转运体系促进胆固醇外排,降低Caveolin-1的表达并改善脂筏的构成,最终降低脑内Aβ42的生成.
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编辑人员丨2023/8/5
