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基于转录组测序探讨加味桃红四物汤缓解大鼠心肌缺血再灌注损伤的作用机制
编辑人员丨1周前
目的 基于转录组测序研究加味桃红四物汤对大鼠心肌缺血再灌注损伤的影响及作用机制.方法 将15只SPF级大鼠随机分为假手术组、模型组和加味桃红四物汤组,每组5只,加味桃红四物汤组予加味桃红四物汤预灌胃5 d,假手术组和模型组灌胃等体积蒸馏水,建立心肌缺血再灌注损伤大鼠模型.心脏超声检测大鼠心功能,试剂盒检测血清氧化应激和炎症因子含量,TUNEL染色检测心肌细胞凋亡,取心肌组织进行转录组测序,对差异基因进行韦恩图及热图分析,对共同差异基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析.RT-qPCR验证差异基因PTX3和EGR2表达.结果 与假手术组比较,模型组大鼠射血分数(EF)和短轴缩短率(FS)明显降低(P<0.01),心肌组织细胞凋亡率及血清乳酸脱氢酶(LDH)、肿瘤坏死因子(TNF)-α、白细胞介素(IL)-1β、IL-6含量明显升高(P<0.01),SOD活性和IL-10含量明显降低(P<0.01);与模型组比较,加味桃红四物汤组大鼠EF和FS明显升高(P<0.05),心肌组织细胞凋亡率及血清肌酸激酶同工酶、LDH、TNF-α、IL-1β、IL-6含量明显降低(P<0.01),SOD活性和IL-10含量明显升高(P<0.01).转录组测序得到假手术组与模型组差异基因4 227个(2 259个上调、1 968个下调),假手术组与加味桃红四物汤组差异基因1 933个(1301个上调、632个下调),模型组与加味桃红四物汤组差异基因94个(46个上调、48个下调),3组共同差异基因35个,差异基因主要富集到流体剪切力和动脉粥样硬化、泛素介导的蛋白质降解、C型凝集素受体信号通路、鞘脂类信号通路、细胞周期、趋化因子信号通路、脂质和动脉粥样硬化等信号通路.RT-qPCR验证结果显示,模型组心肌组织PTX3和EGR2基因表达较假手术组明显升高(P<0.01),加味桃红四物汤组PTX3和EGR2基因表达较模型组明显降低(P<0.01).结论 加味桃红四物汤对心肌缺血再灌注损伤具有缓解作用,表现为改善模型大鼠心功能、减少细胞凋亡和炎症因子释放及减轻氧化应激水平,其机制可能与调控PTX3和EGR2基因表达有关.
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编辑人员丨1周前
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基于GEO数据库呼吸机相关性肺损伤小鼠基因芯片数据的生物信息学分析及关键基因验证
编辑人员丨1周前
目的:利用生物信息学方法挖掘呼吸机相关性肺损伤(VILI)小鼠的差异表达基因(DEG),并通过构建VILI小鼠模型对关键基因进行验证。方法:①实验1(生物信息学分析):从基因表达数据库(GEO)下载VILI与自主呼吸对照组小鼠的肺组织基因芯片数据GSE9368和GSE11662,通过统计分析获得DEG,运用韦恩图获得两个数据的共同DEG,然后使用DAVID在线数据库对共同DEG进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科(KEGG)通路富集分析,最后利用基因与蛋白质相互作用检索在线数据库(STRING)对共同DEG进行基因编码蛋白相互作用(PPI)分析,并运用CytoScape软件、分子复合物检测分析插件(MCODE),以及CytoHubba插件中最大团中心性(MCC)、最大邻居连通度(MNC)与度(degree)算法进行拓扑分析,筛选出关键基因。②实验2(相关基因编码蛋白验证):构建C57BL/6小鼠大潮气量(20 mL/kg)VILI模型,并设自主呼吸对照组。取小鼠肺组织进行苏木素-伊红(HE)染色,观察肺组织病理学改变;并对实验1中筛选出的关键基因编码蛋白进行免疫组化验证。结果:①实验1结果:GSE9368数据中筛选出114个DEG,其中上调99个,下调15个;GSE11662数据中筛选出258个DEG,其中上调188个,下调70个;获得共同DEG 66个,其中上调61个,下调5个。GO功能注释结果表明,共同DEG参与炎症反应、免疫应答、白细胞及中性粒细胞趋化浸润等过程;KEGG通路富集分析提示共同DEG主要富集于细胞黏附、细胞因子-细胞因子受体相互作用及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。通过STRING及CytoScape构建差异基因PPI网络图和重要子模块,并获得拓扑分析MCC、MNC及degree算法得出的交集基因,分别为细胞因子信号转导抑制因子3(SOCS3)、白细胞介素-1β(IL-1β)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、整合素Itgam、CXC型趋化因子配体2(CXCL2)、CXC型趋化因子受体2(CXCR2)、L-选择素Sell及CC型趋化因子受体1(CCR1)。②实验2结果:构建大潮气量VILI小鼠模型结果显示,与自主呼吸对照组相比,机械通气结束后0 h小鼠肺组织有所损伤;通气结束后6 h肺组织结构受损明显,肺泡腔可见不同程度出血和塌陷,肺泡壁明显增厚,肺泡腔及间质还可见炎症细胞浸润。对拓扑分析交集前3位基因IL-1β、SOCS3、MMP-9的编码蛋白进行免疫组化染色,结果显示,随通气时间延长,小鼠肺组织中IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白表达逐渐上调,6 h时与自主呼吸对照组比较差异均有统计学意义〔IL-1β(积分 A值):8.40±2.67比5.10±0.94,SOCS3(积分 A值):9.74±1.80比5.95±1.31,MMP-9(积分 A值):11.45±6.20比5.36±1.28,均 P<0.05〕。 结论:基于GSE9368和GSE11662数据的生物信息学分析发现,VILI与炎症损伤、细胞因子及免疫细胞浸润相关;IL-1β、SOCS3、MMP-9蛋白可能为VILI生物标志物。
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编辑人员丨1周前
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CC趋化因子ligand-5促进在肝脏缺血再灌注损伤早期巨噬细胞浸润的机制
编辑人员丨1周前
目的:探讨CC趋化因子ligand-5(CCL5)促进在肝脏缺血再灌注损伤早期巨噬细胞浸润的机制。方法:使用成年雄性C57BL/6野生型和CCL5缺陷小鼠进行实验,随机分为4组:假手术组(假手术组小鼠经历缺血灌注模型方案,但没有进行血管闭塞, n=10);缺血再灌注模型组(用异氟烷麻醉小鼠,进行中线剖腹手术,并将一个无创伤夹子放置在静脉门、肝动脉和胆管上,以中断左侧外侧叶和中叶的血液供应,在部分肝脏缺血60 min后,移除夹子以开始再灌注, n=10);CCL5拮抗剂+模型组[在即将开始再灌注之前,CCL5拮抗剂+模型组接受单次推注静脉注射趋化因子受体5(CCR5)受体拮抗剂马拉维诺, n=10];CCL5缺陷组(CCL5缺陷小鼠, n=10);通过收集小鼠血液用VTROS DT60 Ⅱ化学系统检测谷丙转氨酶(ALT)含量及髓过氧化物酶(MPO)活性;通过实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测ALT mRNA及MPO mRNA的表达;通过流式细胞术检测巨噬细胞的数量;通过组织学和免疫组织化学检测巨噬细胞对肺部的浸润情况;通过蛋白质免疫印迹检相关炎性因子的蛋白表达。通过单因素方差分析组间的统计学差异。 结果:与假手术组比较缺血再灌注模型组中ALT含量[(521.36±20.65)比( 4126.55±326.68), F=16.237, P<0.05]及MPO[(1.78±0.54)比(7.66±2.34), F=14.211, P<0.05]活性升高,CCL5拮抗剂+模型组较缺血再灌注模型组降低( P<0.05),差异有统计学意义。在前1~3 h缺血再灌注模型组与CCL5缺陷组中CD45 +数量比较差异无统计学意义( P>0.05),在第24小时缺血再灌注模型组较CCL5缺陷组CD45 +的数量升高[(2.91±0.23)比(1.65±0.17), F=16.311, P<0.05]。再灌注后1、2、8和24h中,发现缺血再灌注模型组CD68 +细胞数量较假手术组高[(94.62±8.55)比(23.68±3.11), F=16.352, P<0.05],差异有统计学意义,而在缺血再灌注早期CCL5缺陷组中较缺血再灌注模型组降低[(76.38±6.77)比(94.62±8.55), F=16.352, P<0.05],差异有统计学意义。与与假手术组比较,缺血再灌注模型肿瘤坏死因子(TNF)-α[(1.12±0.23)比(3.24±0.42), F=11.352, P<0.05] 、白细胞介素(IL)-1β[(1.03±0.08)比(2.87±0.35), F=12.452, P<0.05] 、IL-6[(0.95±0.02)比(2.58±0.21), F=15.652, P<0.05]的蛋白表达升高,差异有统计学意义。而CCL5拮抗剂+模型组较缺血再灌注模型组TNF-α[(3.24±0.42)比(1.35±0.14), F=14.252, P<0.05]、IL-1β[(2.87±0.35)比(1.22±0.15), F=13.723, P<0.05]、IL-6[(2.58±0.21)比(1.35±0.26), F=14.312, P<0.05]的蛋白表达降低,差异有统计学意义。 结论:CCL5促进早期肝脏缺血再灌注期间循环巨噬细胞对肝脏的浸润,并介导随后的促炎症损伤。
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编辑人员丨1周前
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基于生物信息学方法分析氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制
编辑人员丨1周前
目的:探讨氟化物对成釉细胞毒性作用的分子机制。方法:取小鼠成釉细胞株(LS8细胞),根据氟化钠(NaF)终浓度分为对照组(0.0 mmol/L NaF)和染氟组(1.6 mmol/L NaF)。对两组细胞进行转录组测序,筛选差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体(GO)分析及基因集富集分析(GSEA)。采用STRING数据库构建DEGs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.8.0软件对PPI网络进行可视化,筛选关键模块和关键基因。同时,使用实时荧光定量PCR检测关键基因mRNA表达水平,并通过基因表达数据库(GEO数据库)对关键基因进行验证。结果:染氟组与对照组比较,共有709个DEGs,其中上调基因223个,下调基因486个。DEGs的GO分析主要涉及受体配体活性、细胞黏附分子结合、细胞外基质结构成分等分子功能,细胞外基质胶原蛋白、受体复合物、膜筏等细胞组分,外部封装结构组织、细胞外结构组织、细胞外基质组织等生物学过程。全基因集的GSEA发现,白细胞介素-17(IL-17)信号通路、真核生物中的核糖体生物发生、核因子κB(NF-κB)信号通路处于激活状态,脂肪酸降解、丙酮酸代谢、脂肪酸代谢处于抑制状态。构建PPI网络后,得到3个关键模块和4个关键基因[Ⅰ型胶原α1(Col1a1)、Ⅰ型胶原α2(Col1a2)、Ⅴ型胶原α1(Col5a1)和纤维蛋白原-1(Fbn1)]。与对照组比较,染氟组LS8细胞Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1 mRNA表达水平均较低( P均< 0.05),与GEO数据库中基因表达变化趋势一致。 结论:利用生物信息学方法筛选得到的关键基因Col1a1、Col1a2、Col5a1、Fbn1及IL-17、NF-κB信号通路可能与氟化物对成釉细胞的毒性作用密切相关。
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编辑人员丨1周前
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转化生长因子-β受体Ⅱ环状RNA通过调节核糖核酸结合蛋白2/胚胎致死性异常视觉样蛋白1促进前列腺癌发生发展
编辑人员丨1周前
目的:探讨前列腺癌细胞中转化生长因子-β受体Ⅱ环状RNA(circTGFBR2)调节核糖核酸结合蛋白2(PTBP2)/胚胎致死性异常视觉样蛋白1(ELAVL1)激活SMAD2信号途径促进前列腺癌发生发展。方法:利用生物信息学方法,寻找与circTGFBR2结合microRNA以及其他相关蛋白结合位点,以及与PTBP2存在相互作用的RNA结合蛋白。PC3转染pcDNA3.1-circTGFBR2后,实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)检测circTGFBR2的表达。PC3细胞过表达circTGFBR2同时敲低微小RNA(microRNA,miR)-29b,蛋白质印迹法(Western blot)检测ALK5、SMAD2及p-SMAD2表达。PC3分别转染pcDNA3.1-circTGFBR2及对照质粒后,利用circTGFBR2特异性探针进行pulldown,检测PTBP2与circTGFBR2的相互作用。过表达circTGFBR2与ELAVL1,检测细胞上皮-间充质转化(EMT)的标志基因E-钙黏蛋白(E-cadherin)、波形蛋白(Vimentin)及ZMYM1表达,以及Transwell检测细胞迁移。组间比较应用单因素方差分析。结果:分析结果显示circTGFBR2存在多个miR-29b结合的位点,ALK5(又名TGFBR1)mRNA 3’端非编码区(3’UTR)同样存在miR-29b的结合位点,并证实PTBP2与另一个RNA结合蛋白ELAVL1存在相互作用。用转化生长因子-β1(TGF-β1)刺激PC3细胞发现,circTGFBR2的表达高于对照组(1.83±0.02比1.03±0.02, F=2 832.200, P<0.01)。PC3分别转染pcDNA3.1-circTGFBR2及对照质粒后,RT-qPCR检测circTGFBR2的表达,可见circTGFBR2组高于对照组(176.41±1.21比1.04±0.02, F=63 426.15, P<0.01)。应用miR-29b抑制剂或circTGFBR2处理细胞后ALK5的蛋白水平明显高于对照组,应用miR-29b抑制剂同时过表达circTGFBR2后进一步增加ALK5的表达(分别为0.15±0.01、0.48±0.02、0.55±0.01、0.74±0.01, F=1268.314, P<0.01),并且SMAD2(分别为1.14±0.02、1.28±0.02、1.42±0.01、1.5±0.25, F=4.852, P<0.01)和p-SMAD2(分别为0.18±0.02、0.36±0.01、0.65±0.01、0.94±0.02, F=1663.667, P<0.01)的磷酸化水平也呈相同趋势。Pulldown-MS实验,多个蛋白质能与circTGFBR2结合,并证实PTBP2与circTGFBR2相互作用。与对照组比较,敲低前列腺癌细胞PTBP2或过表达circTGFBR2时,间质标志基因Vimentin表达高于对照组,而上皮样标志基因E-cadherin表达低于对照组,当同时过表达circTGFBR2并敲低PTBP2会逆转上述结果(Vimentin分别为0.22±0.02、0.87±0.02、0.85±0.02、0.6±0.01, F=1319.52, P<0.01;E-cadherin分别为0.80±0.01、0.45±0.03、0.36±0.02、0.9±0.02, F=614.919, P<0.01)。当过表达circTGFBR2或高表达ELAVL1时,PTBP2与ELAVL1的相互作用减弱,细胞EMT的标志基因E-cadherin表达低于对照组,Vimentin及ZMYM1表达高于对照组,Transwell检测细胞迁移高于对照组,而当同时高表达ELAVL1及circTGFBR2时,上述趋势会进一步增强(Vimentin分别为0.22±0.02、0.87±0.02、0.85±0.02、0.6±0.01, F=1 319.52, P<0.01;E-cadherin分别为0.93±0.02、0.76±0.02、0.43±0.02、0.27±0.01, F=1 108.46, P<0.01;ZMYM1分别为0.24±0.01、0.53±0.02、0.32±0.01、1.04±0.02, F=2 023.794, P<0.01)。 结论:circTGFBR2通过调节PTBP2/ELAVL1激活SMAD2信号途径促进前列腺癌发生发展。
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编辑人员丨1周前
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胰岛淀粉样多肽对阿尔茨海默病小鼠脑组织中LncRNA和mRNA表达谱的影响
编辑人员丨1周前
目的:探讨胰岛淀粉样多肽(IAPP)对阿尔茨海默病(AD)小鼠脑组织中长链非编码RNA(LncRNA)和信使RNA(mRNA)表达谱的影响。方法:选取7月龄雄性APP/PS1转基因AD模型小鼠10只,体质量20~30 g。将AD模型小鼠按数字表法随机分为IAPP干预组和对照组,每组5只。IAPP干预组小鼠腹腔内注射0.5 μmol/L的IAPP(200 μg/kg),每日1次。对照组小鼠腹腔注射相同剂量的磷酸盐缓冲液。两组小鼠干预时间均为10周。干预完成后,颈椎脱位处死小鼠,开颅剥离完整脑组织提取总RNA。应用基因芯片技术获得2组小鼠脑组织LncRNA和mRNA表达谱,筛选出差异表达的LncRNA和mRNA。在差异表达的LncRNA和mRNA中随机选取6个LncRNA,采用实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)验证基因芯片结果的可靠性。将筛选出的差异表达的mRNA与基因本体论(GO)数据库的各条目比对,从分子功能、生物过程和细胞成分3个领域行GO富集分析;使用京都基因和基因组百科全书(KEGG)数据库行信号通路富集分析。结果:实验过程中小鼠死亡4只,每组2只。IAPP干预组与对照组比较,显著差异表达的LncRNA共有902个,其中显著上调238个、显著下调664个;显著差异表达的mRNA共555个,其中显著上调236个、显著下调319个。qRT-PCR检测验证LncRNA的表达情况,与对照组比较,IAPP干预组AD小鼠脑组织中AK034056、Spock3表达上调,Map3k8、rgs20、Rint、Ppp2r1b表达下调,差异均有统计学意义( P值均<0.05)。qRT-PCR检测结果与芯片结果相符。GO富集分析:555个差异表达的mRNA,富集得到2 224个GO条目,其中显著上调的差异表达mRNA具有蛋白质结合、细胞周期等分子功能,与催化复合物、蛋白质复合物等细胞组分相关,参与了细胞代谢、高分子代谢等生物过程;显著下调的差异表达mRNA具有G蛋白偶联受体活性、跨膜信号受体活性等相关分子功能,与细胞黏附复合物、整合素复合物等细胞组分相关,参与G蛋白偶联受体信号通路、生物过程的调节等生物学过程。KEGG通路富集分析:555个差异表达的mRNA,富集得到62个通路,其中显著上调的差异表达mRNA富集评分较高的通路为神经退行性变的途径、阿尔茨海默病通路、氧化磷酸化通路、GABA能突触通路等,显著下调的差异表达mRNA富集评分较高的通路为钙信号通路、趋化因子信号通路、磷酸肌醇代谢通路、神经活性配体-受体相互作用通路、白细胞介素-17信号通路等。 结论:IAPP干预使AD小鼠脑组织 LncRNA、mRNA表达谱发生显著变化。差异表达的mRNA分别参与多种不同的生物学过程,差异表达的LncRNA可能通过调控相关mRNA的表达,发挥其生物学功能。
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编辑人员丨1周前
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壮骨活血汤对骨性关节炎大鼠的保护作用及其机制
编辑人员丨1周前
目的:探讨壮骨活血汤对骨性关节炎大鼠的保护作用及其机制。方法:将SD大鼠建立骨性关节炎模型,分成模型组、壮骨活血汤低剂量组[75 mg/(kg·d)]、壮骨活血汤中剂量组[150 mg/(kg·d)]、壮骨活血汤高剂量组[300 mg/(kg·d)]和塞来昔布组[40 mg/(kg·d)],选择正常SD大鼠为对照组,每组大鼠均为12只。检测血清中白细胞介素(IL)-6、IL-1β和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)含量。免疫组织化学检测大鼠关节软骨组织并计算Mankins评分;蛋白印迹法检测大鼠关节软骨组织中C-X-C基序趋化因子配体12(CXCL12)和C-X-C趋化因子受体4型(CXCR4)蛋白表达。多组间比较采用单因素方差分析,组间两两比较采用LSD- t检验。 结果:壮骨活血汤低剂量组、壮骨活血汤中剂量组、壮骨活血汤高剂量组和塞来昔布组SD大鼠给药完成后膝关节直径减少量高于模型组SD大鼠[(0.11±0.08)、(0.30±0.05)、(0.49±0.13)、(0.58±0.10) mm比(0.06±0.07) mm],差异有统计学意义( F=59.168, P<0.05)。壮骨活血汤低剂量组、壮骨活血汤中剂量组、壮骨活血汤高剂量组和塞来昔布组SD大鼠IL-6[(46.83±4.13)、(34.79±3.68)、(22.64±2.05)、(19.25±1.84) pg/ml比(79.57±6.59) pg/ml]、IL-1β[(53.41±3.28)、(40.94±4.61)、(26.03±2.46)、(21.26±1.61) pg/ml比(84.95±6.53) pg/ml]、TNF-α[(83.82±5.37)、(66.28±6.38)、(52.59±5.15)、(43.71±3.49) pg/ml比(102.54±9.18) pg/ml]、Mankins评分[(4.75±0.51)、(3.97±0.48)、(2.14±0.16)、(1.25±0.24)分比(6.32±0.43)分]、CXCL12(0.87±0.10、0.48±0.11、0.26±0.08、0.23±0.06比1.12±0.14)和CXCR4蛋白表达(0.75±0.08、0.54±0.09、0.28±0.06、0.24±0.05比1.05±0.13)均低于模型组SD大鼠,差异有统计学意义( F=72.135、92.376、102.254、39.872、71.233、52.281, P<0.05)。 结论:壮骨活血汤可抑制骨性关节炎大鼠CXCL12/CXCR4生物轴表达,减轻炎性反应并保护软骨组织结构。
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编辑人员丨1周前
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敲除CCR2基因对肺气肿模型小鼠单核细胞型髓源性抑制细胞向肺脏迁移的实验研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨CC类趋化因子受体2 ( C-C motif chemokine receptor 2,CCR2)对肺气肿小鼠模型中单核细胞型髓源性抑制性细胞(monocytic myeloid-derived suppressor cells,M-MDSC)向肺脏迁移的影响。方法:将10只雄性野生型(wild type,WT)C57BL/6小鼠随机分为正常对照组和肺气肿模型组,每组5只。分别应用H&E染色和马松(Masson)染色方法观察两组小鼠肺组织病理特征;流式细胞技术检测两组小鼠肺组织中M-MDSC比例以及M-MDSC表达CCR2水平。采集WT小鼠骨髓细胞,体外刺激诱导生成髓源性抑制细胞(myeloid-derived suppressor cells,MDSCs),标记羟基荧光素二醋酸盐琥珀酰亚胺脂(5,6-carboxyfluorescein diacetate succinimidyl ester,CFSE)后分别过继转移给WT小鼠(WT组)和基因敲除肺气肿小鼠(CCR2 -/-组),每组各3只,流式细胞术观察CFSE + M-MDSC在两组受体鼠肺脏等组织的分布情况。 结果:H&E染色结果显示肺气肿模型小鼠较对照组小鼠肺泡腔直径明显扩大,肺泡壁破坏增加,肺泡间隔断裂融合;Masson染色结果显示肺气肿模型小鼠肺组织中出现胶原纤维沉积。与对照组相比,肺气肿模型组小鼠M-MDSC占CD11b +细胞百分比显著增加,M-MDSC表达CCR2水平显著增加,差异具有统计学意义[(6.40±1.58)%比(12.96±3.79)% ,(6424.56±2280.61)比(15660.02±945.95), t=3.575、7.481, P值均<0.05]。过继转移实验发现,与WT组相比,CCR2 -/-组小鼠脾脏、肠系膜淋巴结、肺脏、派式结、血液中CFSE + M-MDSC的百分率显著降低,差异具有统计学意义[% :(68.30±3.68)比(39.80±7.14),(47.17±7.98)比(21.53±4.82),(31.73±13.77)比(6.08±2.33),(42.87±4.38)比(0.01±0.00),(88.73±3.18)比(62.87±13.15), t=6.155、4.761、3.187、16.970、3.313, P值均<0.05]。WT组与CCR2 -/-组小鼠骨髓中CFSE + M-MDSC的百分比差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:敲除CCR2基因能够有效抑制M-MDSC向肺气肿小鼠肺脏及肺外组织的聚集,提示CCR2通路可能参与肺气肿的发生发展进程。
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编辑人员丨1周前
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成人真皮成纤维细胞中转化生长因子β 1转录调控Meox1的机制及对细胞迁移的影响
编辑人员丨1周前
目的:探讨成人真皮成纤维细胞(HDF-a)中转化生长因子β 1(TGF-β 1)对Meox1的转录调控机制及细胞迁移功能的影响。 方法:(1)取HDF-a系细胞,用RPMI 1640完全培养基培养(下称常规培养),将细胞分为TGF-β 1刺激组和空白对照组。TGF-β 1刺激组细胞加入10 μL质量浓度为1 mg/μL的TGF-β 1刺激,空白对照组加入等量磷酸盐缓冲液。培养72 h,取2组部分细胞进行转录组测序,筛选出2组差异表达比值≥2且 P<0.01的基因,对差异基因进行功能富集分析与京都基因和基因组百科全书代谢途径分析,记录Meox1每百万转录本(TPM)表达值,样本数为3;取2组部分细胞,采用实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)法检测Meox1 mRNA表达,样本数为3。(2)取对数生长期HDF-a系细胞(细胞生长期下同)常规培养,分为空质粒组和Smad2过表达组、Smad3过表达组、Smad4过表达组,分别转染2 μg pcDNA3.1空质粒和各自搭载Smad2、Smad3、Smad4的pcDNA3.1质粒,转染6 h后常规培养48 h,实时荧光定量RT-PCR法检测各组细胞中Meox1 mRNA的表达,样本数为3。(3)取HDF-a系细胞常规培养,同实验(1)分组处理,常规培养72 h,采用染色质免疫共沉淀-定量PCR(ChIP-qPCR)法检测2组细胞中Smad2、Smad3和Smad4蛋白在Meox1启动子上的富集度,样本数为3。(4)取HDF-a系细胞常规培养,分为阴性干扰组、小干扰RNA(siRNA)-Smad2组、siRNA-Smad3组、siRNA-Smad4组和空质粒组、Smad2过表达组、Smad3过表达组、Smad4过表达组,分别转染50 μmol/L随机siRNA、siRNA-Smad2、siRNA-Smad3、siRNA-Smad4和2 μg pcDNA3.1空质粒及各自搭载Smad2、Smad3、Smad4的pcDNA3.1质粒,转染6 h后常规培养48 h,ChIP-qPCR法检测相应组别细胞中Smad2、Smad3和Smad4蛋白在Meox1启动子上的富集度,样本数为3。(5)取2个批次HDF-a系细胞常规培养,均分为阴性干扰组、siRNA-Meox1组、空质粒组、Meox1过表达组,分别转染50 μmol/L随机siRNA、siRNA-Meox1和2 μg pcDNA3.1空质粒、搭载Meox1的pcDNA3.1质粒,转染6 h后常规培养24 h,1个批次细胞进行划痕实验,划痕后24 h观察划痕宽度,与划痕后即刻对比划痕愈合宽度;1个批次细胞进行Transwell实验,常规培养24 h,计数迁移细胞,样本数为3。(6)2018年1月—2019年6月,陆军军医大学(第三军医大学)第一附属医院收治3例烧伤后8~12个月增生性瘢痕患者(男2例、女1例,年龄35~56岁),取其术中切除的瘢痕组织和瘢痕边缘附带正常皮肤组织,行免疫组织化学染色,观察Meox1蛋白表达分布。对数据行单因素方差分析、独立样本 t检验。 结果:(1)培养72 h,2组细胞差异表达明显的基因共843个,涉及组织修复、细胞迁移、炎性细胞趋化诱导过程等功能以及肿瘤坏死因子、白细胞介素17、细胞外基质受体等潜在的信号通路;空白对照组细胞测序结果的Meox1 TPM表达值为45.9±1.9,显著低于TGF-β 1刺激组的163.1±29.5( t=6.88, P<0.01)。培养72 h,空白对照组细胞Meox1 mRNA表达量为1.00±0.21,显著低于TGF-β 1刺激组的11.00±3.61( t=4.79, P<0.01)。(2)培养48 h,Smad2过表达组、Smad3过表达组和Smad4过表达组细胞中Meox1 mRNA表达量分别为198.70±11.02、35.47±4.30、20.27±2.50,均显著高于空质粒组的1.03±0.19( t=31.07、13.80、13.12, P<0.01)。(3)培养72 h,TGF-β 1刺激组细胞中Smad2、Smad3和Smad4蛋白在Meox1启动子上的富集度均显著高于空白对照组( t=12.99、41.47、29.10, P<0.01)。(4)培养48 h,阴性干扰组细胞中Smad2蛋白在Meox1启动子上的富集度为(0.200 000±0.030 000)%,显著高于siRNA-Smad2组的(0.000 770±0.000 013)%( t=11.67, P<0.01);空质粒组细胞中Smad2蛋白在Meox1启动子上的富集度为(0.200 000±0.040 000)%,显著低于Smad2过表达组的(0.700 000±0.090 000)%( t=8.85, P<0.01)。阴性干扰组细胞中Smad3蛋白在Meox1启动子上的富集度为(0.500 0±0.041 3)%,显著高于siRNA-Smad3组的(0.006 0±0.001 3)%( t=17.79, P<0.01);空质粒组细胞中Smad3蛋白在Meox1启动子上的富集度为(0.470 0±0.080 0)%,显著低于Smad3过表达组的(1.100 0±0.070 0)%( t=9.93, P<0.01)。阴性干扰组细胞中Smad4蛋白在Meox1启动子上的富集度与siRNA-Smad4组相近( t=2.11, P>0.05),空质粒组细胞中Smad4蛋白在Meox1启动子上的富集度与Smad4过表达组相近( t=0.60, P>0.05)。(5)划痕后24 h,siRNA-Meox1组细胞划痕愈合宽度较阴性干扰组窄,Meox1过表达组细胞划痕愈合宽度较空质粒组宽。培养24 h,阴性干扰组迁移细胞数显著多于siRNA-Meox1组( t=9.12, P<0.01),空质粒组迁移细胞数显著少于Meox1过表达组( t=8.99, P<0.01)。(6)烧伤后增生性瘢痕患者瘢痕组织中Meox1蛋白表达明显高于正常皮肤组织。 结论:在HDF-a系细胞中,TGF-β 1通过Smad2/3转录调控Meox1表达,进而促进细胞迁移。
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编辑人员丨1周前
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T-2毒素、DON诱导人软骨细胞差异表达基因与大骨节病的关系分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨T-2毒素、脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)诱导人软骨细胞差异表达基因与大骨节病(KBD)之间的关系,寻找KBD的潜在分子标志物。方法:采用基因表达谱芯片对T-2毒素(0.01 μg/ml)、DON(1.0 μg/ml)诱导正常人软骨细胞的差异表达基因进行分析,比较其与KBD软骨细胞差异表达基因的异同;并对各组差异表达基因进行KEGG通路富集分析;进一步比较分析T-2毒素、DON诱导人软骨细胞后KBD易感基因的表达情况。结果:基因表达谱芯片分析结果显示,T-2毒素、DON诱导人软骨细胞与正常对照细胞比较分别有882(上调基因349个、下调基因533个)和2 118个差异表达基因(上调基因1 124个、下调基因994个);与KBD软骨细胞差异表达基因比较,表达趋势一致的基因包括B细胞易位基因1(BTG1)、G蛋白信号调节蛋白5(RGS5)、脂肪酸结合蛋白4(FABP4)和衰老关键蛋白1(FBLN1),相同的KEGG通路包括p53、细胞外基质受体相互作用和磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路。T-2毒素、DON诱导人软骨细胞均可引起KBD易感基因生长分化因子5(GDF5)表达上调、Ⅸ型胶原A1(COL9A1)表达下调。结论:BTG1、RGS5、FABP4、FBLN1、GDF5及COL9A1基因在KBD发病中有重要作用,可作为KBD病因机制的潜在分子标志物。
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编辑人员丨1周前
