2020年,依据现代生命科学研究成果及发展趋势,笔者课题组首次提出中药道地性可表现为道地药材具有"优形、优质、优效"(excellent shape,high quality,and superior effect,简称"三优")特征,拓宽了传统药材辨状的范畴.近年来,随着对中药道地性自然属性、物质属性、药物属性研究的逐步深入,丰富和完善了道地药材"三优"的科学内涵."优质"(high quality)特征主要体现为道地药材具有"独特化学型",其可作为"优效"(superior effect)的物质基础,也可参与调控"优形"(excellent shape)的形成.与"形神合一"相似,在长期进化过程中,道地药材逐渐形成独特的环境适应性特征,表现为"形质合一".道地药材"三优"特征受到品种基因型和产区生态因子交互作用的影响,可体现为气候主导型、生产措施主导型、种质主导型.根据道地药材自然属性、物质属性、药物属性,可构建丹参等模式生物,并建立"三优"研究方法体系,包括基于"优质"特征的质量评价体系、"性效关系"表征方法体系、基于"优形、优质"特征的稳态综合控制体系等.未来道地药材研究应更加注重深入和广泛的基础性工作,需要建立综合性的药用模式植物研究平台,并构建药用模式植物突变体库,以便为其他药用植物的功能基因研究提供有力的模式生物.同时,针对道地药材"三优"特征的研究,提出了 3个热点研究方向,旨在揭示其遗传基础、生物学特性、生态适应性等方面的机制.这些研究将为优化药用植物的定向育种、规范化栽培以及提升药材质量提供科学依据,进一步推动道地药材的可持续利用和发展.

目的:分析陕西省首例人感染G4基因型欧亚类禽H1N1猪流感病毒（EA H1N1 SIV）的基因特征。方法:采集患者咽拭子标本，接种MDCK细胞进行病毒分离获得毒株，采用全基因组深度测序方法获得分离株的8个基因节段序列，通过GenBank数据库中Blast程序进行核苷酸同源性分析，构建系统进化树，分析病毒基因特征。结果:病例咽拭子标本经实验室确诊为EA H1N1 SIV，后分离毒株命名为A/Shaanxi-Weicheng/1351/2022（H1N1v）。同源性分析显示，该分离株的PB2、NP、HA、NA和M基因均与A/swine/Beijing/0301/2018（H1N1）核苷酸同源性最高，分别为98.29%、98.73%、97.41%、97.52%和99.08%。进化树显示，该分离株属于G4基因型EA H1N1 SIV，其中PB2、PB1、PA、NP和M基因来自pdm/09 H1N1，HA和NA基因来自EA H1N1，NS基因来自三源重配H1N1。其HA蛋白裂解位点为IPSIQSR↓G，为低致病性流感病毒的分子特征。NA蛋白未出现与神经氨酸酶抑制剂相关的氨基酸突变。PB2蛋白701N、PA蛋白P224S突变、NP蛋白Q357K突变、M蛋白P41A突变和NS蛋白92D均说明其对哺乳动物的适应性增强。结论:该患者为陕西省首例人感染G4基因型EA H1N1 SIV病例，该病毒为低致病性，但其对哺乳动物的适应性增强，需要加强对此类SIVs的监测。

自20世纪70年代以来，全球新发传染病超过40种，而其中动物源头的病毒感染超过70%。跨物种传播是病毒从动物宿主转移至人间流行的重要方式，也是病毒学家研究的热点。此文以近年新发传染病的研究为例，综述了病毒跨物种传播的特征和致病机制的研究进展，并提出了针对防控跨物种传播而导致新发传染病的建议。

目的:揭示H9N2亚型禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)血凝素(hemagglutinin, HA)基因氨基酸位点的变异情况并探讨其分子进化趋势。方法:收集并比对EpiFlu数据库中2020年4月以前H9N2 AIV毒株HA基因序列信息，采用生物信息学的方法分析HA蛋白关键受体结合位点、裂解位点、糖基化位点的氨基酸差异。结果:84.92%(4 067/4 809)序列HA226位点的谷氨酰胺(glutamine, Q)被亮氨酸(leucine, L)替代；来自禽类的序列发生HA-Q226 L突变的占84.75%(4 013/4 735)，来自哺乳动物的序列发生HA-Q226 L突变的占72.97%(54/74)；96.26%(4 629/4 809)序列HA蛋白裂解位点基序模式仍保持低致病性AIV的特点，但有180条来自禽类的序列HA蛋白裂解位点插入了2个碱性氨基酸；58.68%(2 822/4 809)序列新增1个或者2个潜在糖基化位点，而66.44%序列(3 195/4 809)丢失糖基化位点HA210-212。结论:H9N2亚型AIV HA蛋白受体结合位点趋于结合人类受体，对哺乳动物的适应性增加，HA蛋白裂解位点和糖基化位点有向高致病性AIV的序列特征突变的倾向。

目的:用单基因组测序技术分析HIV-1感染者体内基因型耐药动态变化，了解耐药相关突变发生特征。方法:对4例抗逆转录病毒治疗失败病例及其基线冻存血浆样本进行标准基因型耐药检测和共享测序。采用倍比稀释法进行 pol基因片段单基因组扩增和测序(SGS)，分析准种变异和耐药动态变化特征。获得的基因序列用斯坦福大学HIV耐药数据库判断基因型耐药及耐药程度解析。 结果:NA2302-00病例存在传播性耐药突变(TDR，M184//G190A突变型)，在治疗5个月后突变位点增多并导致治疗失败。3例未检测到TDR，但是CD4细胞计数均低于200个/μl，在治疗4～6个月后出现获得性耐药和治疗失败。所有病例均对所服用的拉米夫定和依非韦伦药物存在高度耐受，2例对替诺福韦高度耐受。从4个病例的治疗基线和失败两个采样时间点血浆样本中共获得291条 pol基因SGS序列。2个无TDR的病例基线样本SGS序列存在劣势耐药相关突变(2.4%～2.9%)，但这些突变在随访样本中未检测到。NA2302-00的27条SGS序列均检测到该TDR突变型。治疗失败样本SGS序列表现出复杂的准种变异，进化为不同耐药突变型。2个病例的治疗失败样本SGS序列突变型为1～2个，另2个病例分别有4和13个突变型，>20%优势毒株突变型各2个。4个病例在更换蛋白酶抑制剂为主的二线药物后，维持较好的病毒抑制效果。 结论:单基因组测序可以揭示感染者体内毒株准种变异和耐药发生特征。在药物选择压力下，感染者体内病毒发生适应性进化，产生复杂的耐药相关突变模式，尤其需要加强艾滋病期感染者治疗第一年的随访和监测。

目的:研究体内微进化对阿萨希毛孢子菌生物膜相关表型及耐药性的影响。方法:阿萨希毛孢子菌标准株源自荷兰真菌多态性保藏中心，阿萨希毛孢子菌原代株TO（氟康唑敏感）为解放军总医院第七医学中心皮肤科1例毛孢子菌病的临床分离株，进化株TEVO（氟康唑耐药）在该患者2014年复诊时分离。体外构建上述菌株的生物膜，使用四甲基氮盐（XTT）还原法及激光共聚焦扫描显微镜评估生物膜生长动力学并测定生物膜厚度；体外测定氟康唑、伊曲康唑、伏立康唑对不同生长阶段生物膜的最低抑菌浓度（SMIC），评估生物膜的耐药性。多组间比较采用单因素方差分析，Hartley检验对数据进行方差同质性检验，若方差齐，选用LSD检验进行组间多重比较，若方差不齐，选用Tamhane′ T2检验进行组间多重比较。 结果:在阿萨希毛孢子菌生物膜黏附（0 h）及形成阶段（4 ~ 24 h），进化株TEVO代谢活性最弱（ F黏附 = 35.705， P < 0.001； F形成 = 15.042， P < 0.001）。而黏附后第48小时生物膜成熟，此时生物膜代谢活性最弱的菌株为TO株（ F = 10.985， P < 0.001）。生物膜厚度测量结果显示，成熟阶段TEVO株生物膜厚度[（26.1 ± 1.18）μm]大于TO株[（22.8 ± 1.73）μm， P = 0.001]，但小于标准株[（29.5 ± 1.28）μm， P = 0.001]。药物敏感性实验结果显示，在阿萨希毛孢子菌生物膜黏附及形成阶段，唑类抗真菌药物对TEVO株的SMIC值大于TO株；生物膜成熟阶段，3株菌生物膜的SMIC值均大于1 024 mg/L。 结论:在宿主内环境和抗真菌药物的双重压力下，阿萨希毛孢子菌生物膜相关表型发生了适应性改变，并增强了对唑类抗真菌药物的耐药性。

肿瘤是进化的产物，靶向肿瘤进化是有希望的肿瘤治疗方法。肿瘤适应性治疗指通过选择适应和共同进化从而阻滞肿瘤进化，其方法是重构人体和肿瘤的血管、免疫、代谢、微生物群和生物钟功能，促进人体与肿瘤作为整体共同进化，从而实现"适应"和"共生"的肿瘤治疗策略。

目的:分析全球首例人感染高致病性H5N8禽流感病毒基因进化及变异位点，为高致病性H5N8禽流感病毒的风险评估提供科学依据。方法:在GISAID数据库下载H5N8禽流感病毒全基因组序列，利用MEGA软件最大似然法构建基因进化树，分析基因组的关键性变异位点。结果:通过基因进化分析，全球首例人感染H5N8禽流感病毒属于H5 2.3.4.4 b分支；该病毒基因组和A/chicken/Astrakhan/2171-1/2020、A/chicken/Astrakhan/321-10/2020和A/chicken/Astrakhan/321-06/2020等病毒基因组相似度最高（99%~100%）；HA基因的受体结合位点222-224位氨基酸为QRG（H5编码），病毒更加倾向结合禽α-2,3唾液酸受体；在PB2基因上未出现E627K、D701N等哺乳动物适应性氨基酸突变位点；NA和M2基因上没有出现对神经氨酸酶抑制剂和金刚烷胺类药物的耐药性突变，对抗病毒药物仍具有敏感性。结论:目前的高致病性H5N8禽流感病毒尚未适应人，不具备人传人的能力，但仍要密切监测H5N8禽流感病毒的基因组变异。

目的:分析活禽市场相关环境中检出的H7N9禽流感病毒(avian influenza virus，AIV)的遗传进化和分子特征。方法:采集禽类粪便、污水，以及脱毛机和案板擦拭拭子等标本，实时荧光定量PCR鉴定甲型流感病毒和H7N9亚型。对于H7N9阳性标本以甲型流感病毒通用引物扩增病毒全基因组并测序，利用BLAST和MEGA X软件进行序列比对、系统进化和分子特征分析。结果:2023年2月采集于许昌市活禽市场的7份外环境标本中检出4份H7N9 AIV阳性，3份H7N9 AIV阳性标本测序成功，其各基因核苷酸一致性较高(98.37%～100.00%)。BLAST分析显示主要与我国2020—2021年国内禽中分离的H7N9毒株一致性最高。遗传进化分析显示3株病毒株聚在同一分支，与最近环境分离株相聚较近，而与最近人/禽感染病毒株关系较远。通过与各时期的代表性病毒株序列比对发现，本研究检出的病毒株呈禽高致病性，裂解位点处插入了4个氨基酸KRAA，病毒株血凝素受体结合位点为QSG，属于禽结合受体，血凝素出现G186I位点突变。聚合酶碱性蛋白2未出现哺乳动物适应性E627K突变。未检测到与神经氨酸酶抑制剂(奥司他韦)和聚合酶酸性蛋白抑制剂(巴洛沙韦)耐药相关的R292K和I38T位点突变，提示病毒对上述药物敏感性未降低。M2蛋白出现S31N突变，提示对烷胺类药物耐药。结论:从活禽市场检出的3株H7N9病毒株呈禽高致病性，与既往感染人/禽代表株相比，未明显增加人受体结合力、哺乳动物致病性、病毒传播力和耐药相关分子位点。

铜绿假单胞菌是最常见的烧伤感染创面病原菌，它能够编码多种毒力因子，具有很强的致病性，可导致预后差、病死率高。为了研究对抗铜绿假单胞菌感染的新方法，研究者们观察了其噬菌体与宿主之间广泛的相互作用。噬菌体通过多种机制影响甚至主导宿主细菌的结构、运动、代谢，促进宿主进化，也是影响宿主环境适应性和致病性的重要因素。该文分别从单细胞水平和群体水平对铜绿假单胞菌噬菌体与宿主的相互作用进行了综述。了解这些相互作用可为铜绿假单胞菌临床感染的治疗研究提供新的思路，为未来研发抗菌制剂以及指导烧伤感染治疗提供基础。