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三带双锯鱼(Amphiprion ocellaris)烟碱型乙酰胆碱受体基因的克隆及生物信息学分析
编辑人员丨5天前
鱼类的许多生理过程都受到烟碱型乙酰胆碱受体(nicotinic acetylcholine receptors)的调节,如神经肌肉信号传递.在海洋环境中,三带双锯鱼(Amphiprion ocellaris)被芋螺(Conus)捕食的过程与烟碱型乙酰胆碱受体密切相关.本研究以三带双锯鱼肌肉、脑、肠道组织的cDNA作为模板,克隆三带双锯鱼烟碱型乙酰胆碱受体不同亚基的基因,在此基础上进行生物信息学分析,同时构建系统进化树.研究结果表明,从三带双锯鱼肌肉组织中克隆得到了烟碱型胆碱能受体α1亚基(cho-linergic receptor nicotinic alpha 1 subunit,chrna1)和烟碱型胆碱能受体 e 亚基(cholinergic receptor nicotinic epsilon subunit,chrne)基因序列;从脑组织中克隆获得烟碱型胆碱能受体α10亚基(cholinergic receptor nicotinic alpha 10 subunit,chrna10)基因序列.将得到的基因序列利用Colabfold软件对其编码蛋白的3D结构进行预测,所得结果与已经解析的烟碱型乙酰胆碱受体的结构高度相似.采用荧光定量PCR技术对chrna1、chrne、chrna10基因在三带双锯鱼肌肉、脑、肠组织中的表达水平进行检测,结果显示,chrna1、chrne基因在肌肉组织中的表达量非常高,在脑组织中的表达量非常低,肠道组织中没有检测到表达.chrna10基因在脑组织中的表达量较低,在肌肉、肠道组织中没有检测到表达.系统进化树结果表明不同物种间乙酰胆碱受体的蛋白序列高度保守,三带双锯鱼与模式生物斑马鱼(Danio rerio)几乎同源.
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编辑人员丨5天前
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Tis108对天麻GA含量及其失活关键酶GeCYP714A1基因表达的影响
编辑人员丨5天前
为探究独脚金内酯抑制剂Tis108对天麻生长的影响,该研究采用10 μmol·L-1的Tis108溶液处理白麻块茎,对块茎的内源激素赤霉素(GA)含量进行测定,通过RT-PCR技术克隆GA失活关键酶GeCYP714A1基因,借助ExPASy、SWISS-MODEL、MEGA 等软件对该基因进行生物信息学分析,并测定其在天麻不同组织部位的表达水平.结果显示,Tis108处理后天麻块茎的GA含量显著升高,GA失活关键酶GeCYP714A1的转录水平显著降低.GeCYP714A 1基因的编码区全长1 173 bp,编码390个氨基酸,蛋白的相对分子质量为44.85 kDa,理论等电点为9.83,不稳定系数为49.20,脂肪系数为89.03,总平均亲水指数平均值为-0.235,属于碱性亲水性不稳定蛋白;且GeCYP714A1蛋白定位于线粒体,无信号肽,不具有跨膜结构.系统进化树分析显示,GeCYP714A1与铁皮石斛DcCYP714C2(PKU78454.1)蛋白亲缘关系最近,序列一致性达67.25%.利用qRT-PCR技术分析天麻GeCYP714A1基因的表达模式,结果显示在天麻块茎中GeCYP714A1转录水平最高,其次是茎和花序.该研究表明Tis108可抑制天麻块茎中GA失活酶GeCYP714A1的转录水平,提高GA的积累量,影响天麻块茎生长,为进一步揭示独脚金内酯调控天麻GA信号和块茎发育奠定基础.
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编辑人员丨5天前
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2019新型冠状病毒奥密克戎变异株的研究进展
编辑人员丨5天前
2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)奥密克戎BA.4/BA.5变异株具有相对特异的变异位点,使其与血管紧张素转换酶2受体的结合能力增强,并减少了对跨膜丝氨酸蛋白酶2的依赖;奥密克戎变异株对自然感染和疫苗接种后的免疫作用会产生不同程度的免疫逃逸,其中BA.4/BA.5变异株的免疫逃逸作用更为明显。BA.4/BA.5变异株所致疾病的严重程度与BA.2变异株相比并未发生明显变化,目前的抗原和核酸检测技术仍适用。治疗策略仍是基于病情评估的分层分类治疗策略,其对小分子抗病毒药物仍敏感,而大多数单克隆抗体对BA.4/BA.5变异株的疗效降低甚至无效。随着病毒的持续传播,2019-nCoV仍将不断进化和变异,加强病毒变异的监测、继续做好疫苗研发和接种,以及加强抗病毒药物的研发是应对疫情和病毒变异的关键。
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编辑人员丨5天前
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大鼠骨髓间充质干细胞特异性核酸适配子的特性研究
编辑人员丨5天前
目的:利用指数富集的配体系统进化技术(SELEX)筛选与大鼠骨髓间充质干细胞(BMSCs)特异性结合的核酸适配子(apt),探讨apt与BMSCs的结合方式及能力。方法:利用SELEX技术,以大鼠BMSCs为靶点,从构建的核酸文库中反复筛选、克隆、测序及分析,获得候选apt。流式细胞术测定和软件分析获得不同浓度(0、4、8、16、32、64、128、256 nmol/L)候选apt与BMSCs的结合曲线及平衡解离常数。胰酶消化实验探究apt与BMSCs结合的靶点,并观察apt体外捕获BMSCs的能力。结果:流式细胞术与荧光共聚焦实验表明SELEX筛选第9轮文库与BMSCs结合能力最高。经序列分析适配子apt7与BMSCs的亲和力最高,平衡解离常数为(11.79±0.72) nmol/L。胰酶消化实验表明当胰酶消化细胞时间超过10 min后,apt7与BMSCs的亲和力下降甚至消失。体外捕获实验表明固定于培养皿上面的apt7能体外捕获骨髓细胞液中的大鼠BMSCs。结论:本研究通过SELEX技术成功分离出能高亲和力、高特异性结合大鼠BMSCs的特异性适配子apt7,为进一步将适配子应用于组织工程支架表面招募循环干细胞研究提供了实验依据。
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编辑人员丨5天前
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我国食品来源金黄色葡萄球菌种群结构分析
编辑人员丨5天前
目的:了解我国食源性金黄色葡萄球菌(金葡菌)的种群结构。方法:通过全基因组测序方法对2006-2020年我国16个省份收集的763株食源性金葡菌进行多位点序列分型、葡萄球菌蛋白A编码基因( spa)和葡萄球菌染色体 mec基因盒(SCC mec)分型,使用BioNumerics 7.5软件创建基于ST类型的最小生成树。国外进口食品分离到的金葡菌31株被纳入基因组系统发育树的构建。 结果:763株金葡菌共鉴定出90个ST型和160个 spa型别,其中20种为新ST型别。72个(72/90,80.0%)ST型属于22个克隆群,其中主要型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25,占82.44%(629/763)。其中优势克隆群中ST型和 spa型别随着时间的变化呈多态性变化。耐甲氧西林金葡菌(MRSA)的阳性率为7.60%,共鉴定出7种SCC mec型别,以ST59-t437-Ⅳa(17.24%,10/58)、ST239-t030-Ⅲ(12.07%,7/58)、ST59-t437-Ⅴb(8.62%,5/58)、ST338-t437-Ⅴb(6.90%,4/58)和ST338-t441-Ⅴb(6.90%,4/58)为主。本研究分离株在系统发育树上被分为2个种群分支,命名为Clade1和Clade2,相同克隆群、ST型和 spa型别的菌株呈聚集分布。Clade1全部为CC7甲氧西林敏感菌株,Clade2中包括21种克隆群和所有MRSA菌株,MRSA菌株按照SCC mec和ST型呈聚集分布。CC398、CC7、CC30、CC12和CC188中的国外分离株与我国分离株进化关系较远。 结论:本研究中食源性菌株主要优势克隆群型别为CC7、CC1、CC5、CC398、CC188、CC59、CC6、CC88、CC15和CC25,与既往报道的我国医院、社区感染和食物中毒的克隆群存在重叠现象,这提示食品作为病原体社区传播和食物中毒的载体,需高度关注。
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编辑人员丨5天前
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浙江衢州地区儿童病毒性脑炎埃可病毒优势血清型与VP1基因分析
编辑人员丨5天前
目的:了解浙江省衢州地区儿童病毒性脑炎埃可病毒(Echovirus, ECHOV)优势血清型与变迁并分析ECHOV VP1基因分子特征。方法:采集53例病毒性脑炎患儿脑脊液标本进行病毒分离培养。采用荧光RT-PCR和PCR分别检测脑脊液标本中人肠道病毒(human enterovirus,HEV)包括ECHOV、柯萨奇病毒(coxsackie virus,CV)和新型肠道病毒(enterovirus,EV),以及流行性乙型脑炎病毒(japanese encephalitis virus, JEV)、腮腺炎病毒(mumps virus, MuV)、西尼罗病毒(west nile virus,WNV)、基孔肯雅病毒(chikungunya virus,CHIKV)、单纯疱疹病毒(herpes simplex virus,HSV)和巨细胞病毒(cytomegalovirus,CMV)。HEV阳性脑脊液标本采用RT-PCR法扩增HEV-B组全长VP1基因序列,测序后用多种生物信息学软件分析ECHOV VP1基因型、基因重组和遗传进化特征。结果:RD细胞分离培养出6株毒株,但Hep-2细胞分离培养结果均阴性。11份标本HEV通用荧光RT-PCR结果阳性,但其他病毒检测结果均阴性。11份HEV阳性标本中6份检出ECHOV,与分离培养结果一致,分别为4株ECHO6、1株为ECHO7和1株ECHO30血清型,柯萨奇病毒和EV检测结果均阴性。4株ECHO6病毒属于ECHO6-C2基因亚型,但分为ECHO6-41/46和ECHO6-45/48两个流行克隆,ECHO7和ECHO30分别属于ECHO7-C和ECHO30-C基因型。ECHO6与ECHO30病毒在进化过程中存在VP1基因重组。结论:ECHOV是该地区儿童病毒性脑炎主要病原体,且可能存在局部暴发流行。ECHO6与ECHO30病毒VP1基因存在重组可能性,ECHO6有成为ECHOV优势血清型的可能。
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编辑人员丨5天前
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云南省蠓虫标本检出星状病毒序列
编辑人员丨5天前
目的:探索云南省师宗县蠓虫携带虫媒病毒情况。方法:采用RT-PCR方法对2013年7月采集自云南省师宗县的74批3 705只蠓虫进行检测,然后对扩增条带进行克隆测序。采用DNAStar软件中MegAlign进行同源性分析,使用MEGAX软件ALIGN进行序列比对和基于Maximum Likelihood (ML)方法进行遗传进化分析。结果:在云南省采集74批蠓虫样品中3批标本(SZC33、SZC42和SZ625C8-2)扩增出600 bp左右大小电泳条带;经过对以上PCR产物直接进行测序,SZC33和SZ625C8-2样本获得西藏环状病毒序列,而SZC42样品测序失败;对SZC42样品PCR产物进行克隆,挑取5个克隆进行测序,5个克隆均获得一段长为589个核苷酸(nucleotide,nt)序列,经BLASTx比对发现这5个克隆的核苷酸序列均与美国蚊虫中发现的星状病毒样病毒(culex bastrovirus-like virus, CAVL)的非结构蛋白基因氨基酸同源性最高,遗传进化分析结果显示云南省蠓虫(SZC42)样本检测到的病毒基因序列与美国蚊虫中检测到的CAVL(NC_040647)、巴西污水中检测到的星状病毒(Astrovirus,AV)(MF042208)以及越南蝙蝠检测到的AV(NC_032426)遗传进化关系较近,但形成独立的进化分支。结论:云南省蠓虫中发现的SZC42病毒序列为星状病毒序列。
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编辑人员丨5天前
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肿瘤的适应性治疗:靶向肿瘤进化
编辑人员丨5天前
肿瘤是进化的产物,靶向肿瘤进化是有希望的肿瘤治疗方法。肿瘤适应性治疗指通过选择适应和共同进化从而阻滞肿瘤进化,其方法是重构人体和肿瘤的血管、免疫、代谢、微生物群和生物钟功能,促进人体与肿瘤作为整体共同进化,从而实现"适应"和"共生"的肿瘤治疗策略。
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编辑人员丨5天前
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2014 - 2020年四川省人间布鲁氏菌病分离菌株多位点序列分型研究
编辑人员丨5天前
目的:了解四川省人间布鲁氏菌病(简称布病)分离菌株的分型情况。方法:66株菌株分离自2014 - 2020年四川省人间布病确诊病例,分别应用BCSP31-PCR、AMOS-PCR方法对分离菌株进行属、生物型鉴定;选用多位点序列分型(MLST)-9方法对分离菌株进行分型实验,通过在线全球MLST数据库对比序列型(ST);并通过BioNumerics 7.6软件,使用最小生成树(MST)对新发现和已知ST序列进行聚类分析。结果:2014 - 2020年四川省自人间布病确诊病例分离的66株菌株均为布鲁氏菌属,其中羊种布鲁氏菌65株,牛种布鲁氏菌1株。存在3个已知ST(ST-8、ST-39、ST-2)和1个新发现型别(ST-101)。其中,ST-8为四川省主要ST(90.91%,60/66),另有4株羊种布鲁氏菌为ST-39,1株牛种布鲁氏菌为ST-2。新发现型别ST-101于2019年分离自乐山市,属羊种布鲁氏菌克隆群,与ST-8进化关系紧密。结论:四川省布鲁氏菌主要流行株为羊种布鲁氏菌,主要基因型为ST-8,同时存在少量ST-39、ST-101、ST-2。
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编辑人员丨5天前
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骨髓增生异常肿瘤的骨髓微环境促进疾病发生发展的机制
编辑人员丨5天前
骨髓增生异常肿瘤(myelodysplastic neoplasms,MDS)是一种以造血干细胞克隆增殖、骨髓增生异常、无效造血、外周血细胞减少,高风险发展为急性髓系白血病(AML)为特征的恶性疾病 [1]。基因和表观遗传学变化及异常的骨髓微环境以多步骤和克隆进化的方式促成MDS或AML的转化 [2]。但是,携带MDS常见基因突变的造血干祖细胞(hematopoietic stem and progenitor cells,HSPC)无独立的细胞自主增殖能力,并不能单独为恶性克隆提供增殖优势 [3]。因此骨髓微环境的变化及其与HSPC的双向交流被认为在启动MDS的发生和支持肿瘤克隆的发展中起到关键作用。
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编辑人员丨5天前
