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海南金鲳人工养殖群体遗传多样性与遗传结构的微卫星分析
编辑人员丨6天前
为评估海南省金鲳(Trachinotus blochii)人工养殖群体的种质资源背景及群体遗传结构,研究利用16对微卫星标记对采集自海南东方基地(晨海群体,CH)、陵水基地(青利群体,QL)、三亚基地(蓝粮群体,LL)共3家繁育公司的210尾金鲳进行了群体遗传学分析.结果显示,16个微卫星标记在3个群体中共检测到251个等位基因(Na),平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)及平均多态信息含量(PIC)分别为0.630、0.714及0.679,各位点的基因流(Nm)平均为5.217.其中QL群体具有较高的遗传多态性.群体间的Nei's遗传分化系数(Fst)介于0.017-0.038,AMOVA结果显示个体间的遗传变异占总变异的87%.STRUCTURE遗传聚类分析将3个群体分为两个亚群(K=2),QL与LL构成遗传亚群I,而CH构成遗传亚群II.UPGMA聚类分析结果与STRUC-TURE基本一致,并进一步揭示了CH群体与QL、LL群体之间在遗传结构上的差异.综上,3个不同来源的海南省金鲳养殖群体尚保持较高的遗传多样性,且存在一定的遗传结构差异.研究结果可为金鲳种质资源的评价与利用提供一定的数据支撑.
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编辑人员丨6天前
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粗叶悬钩子叶绿体基因组特征及系统发育分析
编辑人员丨1周前
为探讨粗叶悬钩子(Rubus alceifolius)叶绿体基因组特征及其与同科属植物叶绿体基因组的系统发育关系,本研究采用Illumina HiSeq 4000平台对粗叶悬钩子叶绿体基因组进行了测序、组装和注释,并对其序列特征、密码子偏好性、重复序列、简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)和系统发育进行分析.结果表明,粗叶悬钩子叶绿体基因组总长度为156 266 bp,呈典型的四分体结构,包括大单拷贝区85 874 bp、小单拷贝区18 850 bp和反向互补重复区25 771 bp;共含有基因128个,其中蛋白质编码基因86个,tRNA基因34个,rRNA基因8个.密码子偏好性分析表明,亮氨酸(Leu)的密码子数量最多(5 189个),而半胱氨酸(Cys)的密码子数量最少(590个).从粗叶悬钩子叶绿体基因组中共检测出39个长重复序列及52个SSR位点.系统发育分析表明,粗叶悬钩子与七裂叶悬钩子(Rubus reflexus var.lanceolobus)、越南悬钩子(Rubus co-chinchinensis)、棕红悬钩子(Rubus rufus)聚为一支,亲缘关系最密切.本研究为蔷薇科(Rosaceae)悬钩子属(Rubus)植物的分子标记、物种鉴定、亲属关系解析和遗传多样性分析等研究提供科学依据.
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编辑人员丨1周前
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黄河宁夏段黄河鮈群体的遗传多样性与系统发育分析
编辑人员丨1周前
为科学评估黄河鮈(Gobio huanghensis)种质资源状况,进一步加强其种质资源保护工作,本研究在连续3年开展黄河宁夏段资源调查的基础上,同期定点采集青铜峡坝上南长滩村、余丁乡和坝下梅家湾村、月牙湖乡、红崖子乡等5个不同地理群体样本,基于线粒体cox1基因序列及生物信息学分析探讨其遗传多样性和系统发育关系.研究结果表明,在长度为1 428 bp的cox1基因序列区域共检测到162个多态位点,界定了26个单倍型;5个群体中除南长滩群体具有"低Hd低Pi"(Hd:0.468;Pi:0.000 62)特点外,其余群体均呈现出"高Hd 高Pi"(Hd:0.721~0.840;Pi:0.009 18~0.035 88)的分布特点,且青铜峡坝上与坝下群体间具有显著的遗传分化(P<0.05),尤其南长滩、余丁乡2个群体与月牙湖群体达到了种群分化水平;系统发育分析显示黄河鮈与蛇鮈(Saurogobio dabryi)亲缘关系最近.综上所述,结合历年资源调查结果推测,黄河鮈因青铜峡大坝形成了明显的种群地理阻隔,因此建议将黄河鮈划分为青铜峡坝上与坝下2个地理种群,在加强原地保护的基础上,通过人工繁育、增殖放流等人工干预措施,促进坝上、坝下种质资源基因交流,以有效恢复和保护黄河鮈这一珍贵种质资源.
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编辑人员丨1周前
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IGSF1基因变异所致中枢性甲状腺功能低下4例患儿的临床特点及遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨 IGSF1基因变异所致先天性中枢性甲状腺功能减退症患儿的临床表现及基因变异特点。 方法:回顾性分析4例2017年至2021年苏州大学附属儿童医院收治的4例患儿的临床资料、基因检测结果及随访数据。结果:4例患儿均为男性。患儿1因新生儿期黄疸入院,患儿2、3因儿童期生长迟缓查甲状腺功能提示血清游离甲状腺素(FT4)稍低,患儿4在新生儿期发现FT4降低,基因检测发现4例患儿均携带 IGSF1基因致病变异,且均遗传自母亲。给予患儿左旋甲状腺素口服并定期随访,复查甲状腺功能控制良好。 结论:IGSF1基因变异可导致先天性中枢性甲状腺功能减退,临床表现具有多样性,基因测序有助于早期确诊。
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编辑人员丨1周前
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青海省2005-2019年人间布鲁氏菌病流行特征及分子特征分析
编辑人员丨1周前
目的:分析青海省人间布鲁氏菌病(布病)流行规律与趋势,对2005-2019年布鲁氏菌分离株进行分子分型,为制定青海省布病预防控制策略提供依据。方法:收集中国疾病预防控制信息系统青海省2005-2019年布病报告数据,描述和分析其时间、地区和人群三间分布。采用BCSP31聚合酶链式反应(BCSP31-PCR)、AMOS聚合酶链式反应(AMOS-PCR)和多位点串联重复序列分析(MLVA-16)方法鉴定布鲁氏菌分离株,进行聚类分析。结果:2005-2019年青海省累计报告病例577例,平均发病率为0.07/10万,不同年份差异有统计学意义。一年四季均可发病,集中在每年的3-10月。577例病例分布在6个自治州(市)的31个县(市、区)中,病例数位居前5位的是门源回族自治县(22.88 %,132/577)、天峻县(10.57 %,61/577)、西宁市(10.57 %,61/577)、河南蒙古族自治县(10.51 %,58/577)和海晏县(9.53 %,55/577)。年龄范围8~82岁,男女性别比为1.8∶1(374/203),职业分布以牧民为主(47.83 %,276/577)。从人全血中分离的10株菌株均为羊种Ⅲ型布鲁氏菌,分为5种基因型(2种基因型为单基因型,3种基因型为相同基因型),MLVA-16分型和聚类分析结果显示,同青海省已发表文献的26株羊种Ⅲ型布鲁氏菌的遗传关系较近。 结论:青海省布病疫情呈回升趋势,应加强人群监测和疫情通报,MLVA-16分型呈基因多态性,提示MLVA-16可用于遗传多样性分析和分子流行病学溯源调查,以提高布病监测能力。
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编辑人员丨1周前
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云南省大理白族自治州亚洲带绦虫线粒体Cytb基因遗传多样性分析
编辑人员丨1周前
目的:了解云南省大理白族自治州(简称大理州)亚洲带绦虫线粒体细胞色素b(Cytb)基因的遗传多样性。方法:2019年5月至2021年8月,在大理州血吸虫病防治研究所收治的绦虫病患者中,共采集131份带绦虫样本,涉及大理市(58份),巍山彝族回族自治县(简称巍山县,14份),弥渡县(18份),漾濞彝族自治县(简称漾濞县,24份),洱源县(17份)5个地区(即5个群体)。基于线粒体Cytb基因序列设计引物,采用PCR法扩增Cytb基因部分序列,并进行测序及同源性比对;使用MEGA 7.0、DNASP 5.10.01软件对测得序列进行分析,得到碱基组成、遗传距离、遗传多样性参数、遗传分化指数、基因流等数据。结果:131份带绦虫样本的Cytb基因扩增片段大小均为235 bp,经同源性比对均为亚洲带绦虫,A、T、G、C碱基的平均含量分别为23.8%、42.3%、24.0%、9.9%。131份亚洲带绦虫样本,共定义12个单倍型,单倍型多样性和核酸多样性分别为0.295 9和0.006 0;5个群体间的遗传分化指数和基因流范围分别为- 0.053 00~0.050 40和4.710 31~162.087 66。5个群体间的遗传距离范围为0.003 5~0.009 0,其中弥渡县与巍山县的遗传距离最大,大理市与漾濞县的遗传距离最小。结论:大理州亚洲带绦虫线粒体Cytb基因具有丰富的遗传多样性,各群体间存在频繁的基因交流,未形成显著的遗传分化。
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编辑人员丨1周前
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编辑导读
编辑人员丨1周前
本期无重点号。论著《双侧突发性聋169例临床特征及疗效分析》通过回顾总结单中心169例(338耳)双侧突发性聋患者临床资料,得出双侧突发性聋患者听力损失严重,更多患者伴耳鸣、眩晕,疗效欠佳,发病30 d内就诊疗效优于30 d后就诊;对低频范围内听力损失,住院治疗听力提高更显著;且双侧突发性聋的发生可能存在免疫机制。论著《乙状窦异常搏动性耳鸣50例临床病例分析》通过回顾性分析50例经乙状窦手术治疗的单侧静脉源性搏动性耳鸣患者的病例资料,认为静脉源性搏动性耳鸣多见于女性,常见原因可能为乙状窦憩室、乙状窦周骨质缺损等乙状窦壁异常,影像学检查有助于诊断,可以采用手术治疗。论著《光纤激光镫骨底板开窗治疗耳硬化症及听骨畸形58例疗效分析》采用980 nm光纤激光镫骨底板开窗术治疗耳硬化症(49例)及听骨畸形(9例)所致传导性聋患者,认为该方法治疗耳硬化症及听骨畸形所致的传导性聋有效。论著《内耳畸形相关性镫骨底板瘘的影像学表现》分析了48例(53耳)内耳畸形相关性镫骨底板瘘患者的CT和MRI资料,因其类型不同影像学表现具有多样性,了解其影像学表现特征,有助于其诊断。论著《前庭性偏头痛患者顶叶岛盖2功能连接异常的静息态fMRI研究》通过比较前庭性偏头痛与无先兆偏头痛患者的相关资料,认为前庭性偏头痛的发病机制可能与前庭、疼痛、视动网络功能连接异常有关,这些神经通路的异常很可能是前庭性偏头痛发病重要的影像学生物标志物。论著《孟德尔随机化分析哮喘、变应性鼻炎与慢性鼻窦炎的因果关系》从IEU公开数据库中获取疾病的遗传数据,分析发现哮喘是慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)和慢性鼻窦炎不伴鼻息肉(CRSsNP)的患病危险因素,而变应性鼻炎是CRSsNP的危险因素。论著《鼻腔微生物多样性对慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者手术预后的影响》分析77例CRSwNP患者的鼻腔分泌物和鼻息肉组织,得出CRSwNP患者中性粒细胞介导的炎性反应与鼻息肉复发密切相关,鼻内镜术后鼻息肉的复发可能与保护性微生物丰度的减少和致病微生物数量的增加有关。论著《OSA患者药物诱导睡眠内镜下舌根平面塌陷的临床预测模型构建与验证》通过回顾分析117例阻塞性睡眠呼吸暂停(OSA)患者资料,认为OSA患者睡眠内镜下舌根平面的阻塞与扁桃体分度和N3期存在相关性,其构建的药物诱导睡眠内镜下舌根平面阻塞诺模图预测模型效能良好。论著《折叠皮瓣在梨状窝癌喉功能重建及梨状窝成形术中的应用及探讨》一文介绍10例采用折叠岛状皮瓣修复梨状窝癌的病例资料,认为折叠岛状皮瓣可恢复喉及下咽的生理性解剖结构,可用于喉功能重建及梨状窝成形。论著《头颈鳞癌颈部转移淋巴结包绕颈动脉的外科处理策略》一文介绍9例采用覆膜支架动脉内置入手术治疗原发灶未见复发或原发灶不明的颈部淋巴结转移性鳞癌患者,认为覆膜支架动脉内置入+颈部淋巴结转移癌根治性切除术是一种治疗颈部淋巴结转移癌的有效方式。
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编辑人员丨1周前
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2022年全球性不明原因儿童严重急性肝炎的病因及机制研究进展
编辑人员丨1周前
自2022年3月起,国外出现了跨洲的不明原因儿童严重急性肝炎流行,已有35个国家或地区报道了超过1 000例病例。其致病因素至今仍未完全确定,但提示腺相关病毒2型(AAV2)、人腺病毒和新型冠状病毒感染,以及相关管控措施所致婴幼儿和儿童的早期病原体暴露减少和免疫训练不足可能与其发生相关,且宿主遗传易感性在发病中的作用也不容忽视。回顾2022年全球性不明原因儿童严重急性肝炎的世界流行情况和临床症状,探讨最受关注的人腺病毒、AAV2、新型冠状病毒可能的致病机制,并从病毒流行情况和不同人群的遗传差异等角度进行分析,探讨我国出现不明原因儿童严重急性肝炎发生的可能性,未来应尽快厘清其发病机制并制订相应的诊疗措施和方案。
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编辑人员丨1周前
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基于纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒的测序鉴定及其基因特征分析
编辑人员丨1周前
目的:利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法:对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养,联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件,分析病毒基因特点。结果:系统发育进化树显示,该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支,宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近,与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂,具有明显的遗传多样性。分子特征显示,该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征,倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上,该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论:本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒,分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低,但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。
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编辑人员丨1周前
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一例以热性惊厥为主要症状的16p13.11微缺失综合征的遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:明确1例以热性惊厥为主要症状的女性患儿的遗传学病因。方法:应用全外显子测序技术和全基因组拷贝数变异测序技术(copy number variation sequencing, CNV-Seq)对患儿进行分子学检测,并对微缺失区域进行家系荧光定量PCR验证。结果:患儿的全外显子测序未发现与热性惊厥相关的致病性变异;CNV-seq检测结果显示患儿16号染色体短臂1.5 Mb的杂合性缺失(chr16: 14 982 579-16 524 069×1),该区域包含16个蛋白编码基因;荧光定量PCR检测结果提示患儿及父亲在 ABCC6、MYH11及 NDE1基因上存在杂合缺失,提示该缺失来源于父亲。 结论:16p13.11微缺失综合征临床多样性较强,除已报道与癫痫、智力障碍、多发畸形、自闭症等症状有关外,部分患者可仅表现为热性惊厥。本例患儿检测到16p13.11微缺失,提示该区域或区域内的部分基因可能与热性惊厥有关,该区域拷贝数变异可能为该患儿的遗传学病因。
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编辑人员丨1周前
