目的 建立一种快速、准确、灵敏的多重PCR检测方法,用于同时鉴别6种常见食用肉类(牛、羊、鸡、猪、鹅、鸭),并评估其在肉类食品掺假鉴定中的应用价值.方法 基于GenBank数据库中6个物种的线粒体全基因组序列,筛选具有种内保守性、种间特异性的DNA序列(牛16S rRNA、羊COX-1、鸡Cytb、猪COX-1、鹅NADH2、鸭16S rRNA),并设计物种特异性引物,以此构建一个可同时鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系.对该体系进行种属特异性、灵敏度和重复性研究,并进行模拟混合样品检测.结果 成功构建了一个可同时鉴别6种常见食用肉类的多重PCR检测体系,该体系在非目标物种的DNA中均未有效扩增;在DNA模板量为0.0625～2 ng/μL时,6个物种的扩增产物均能检见.在鸭肉和牛肉混合比例低至0.5%时,仍能检测到鸭肉成分.结论 本研究构建了一个特异性强、灵敏度高、重复性好的多重PCR检测体系,可准确鉴别6种常见食用肉类食品中的动物源性成分,为我国常见食用肉类及肉制品的掺假鉴定提供了一种简单、实用的检测技术.

为探讨粗叶悬钩子(Rubus alceifolius)叶绿体基因组特征及其与同科属植物叶绿体基因组的系统发育关系,本研究采用Illumina HiSeq 4000平台对粗叶悬钩子叶绿体基因组进行了测序、组装和注释,并对其序列特征、密码子偏好性、重复序列、简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)和系统发育进行分析.结果表明,粗叶悬钩子叶绿体基因组总长度为156 266 bp,呈典型的四分体结构,包括大单拷贝区85 874 bp、小单拷贝区18 850 bp和反向互补重复区25 771 bp;共含有基因128个,其中蛋白质编码基因86个,tRNA基因34个,rRNA基因8个.密码子偏好性分析表明,亮氨酸(Leu)的密码子数量最多(5 189个),而半胱氨酸(Cys)的密码子数量最少(590个).从粗叶悬钩子叶绿体基因组中共检测出39个长重复序列及52个SSR位点.系统发育分析表明,粗叶悬钩子与七裂叶悬钩子(Rubus reflexus var.lanceolobus)、越南悬钩子(Rubus co-chinchinensis)、棕红悬钩子(Rubus rufus)聚为一支,亲缘关系最密切.本研究为蔷薇科(Rosaceae)悬钩子属(Rubus)植物的分子标记、物种鉴定、亲属关系解析和遗传多样性分析等研究提供科学依据.

目的:探讨基于B1场校正T1-mapping测量肺癌影像组学特征的一致性及可重复性.方法:回顾性搜集2020年6月—2022年3月在本院经病理确诊的70例肺癌患者的术前胸部T1-map-ping和T1加权容积内插屏气检查(T1-VIBE)图像.其中,有41例进行了T1-mapping重复扫描(间隔30 min).由2位测量者独立采用半自动勾画方法分别在T1-mapping和T1-VIBE图像上逐层沿着病灶边缘勾画ROI,融合生成全病灶的容积ROI(VOI),然后提取原始图像及不同变换预处理图像上病灶VOI的影像组学特征.采用组内相关系数(ICC)评价组学特征在观察者内、观察者间的一致性及重复扫描时的可重复性,以ICC≥0.80为一致性或可重复性好(满足临床要求).结果:自T1-mapping和T1-VIBE图像分别可提取1906个组学特征(包括一阶特征396个、形态特征14个及纹理特征1496个).基于T1-mapping提取的组学特征在观察者内及观察者间的ICC的中位数(Q1,Q3)分别为0.94(0.87,0.98)和0.91(0.83,0.96),基于T1-VIBE提取的组学特征在观察者内及观察者间的ICC的中位数(Q1,Q3)均为0.98(0.95,0.99);2个序列分别有1450(72.72％)和1768(91.76％)个组学特征同时满足观察者内和观察者间的一致性要求.T1-mapping重复扫描提取的组学特征的ICC的中位数(Q1,Q3)为0.83(0.69,0.93),有1002(52.57％)个组学特征同时满足重复扫描时的可重复性;其中,形状特征的可重复性表现最佳(ICC≥0.80者达100％),而一阶特征、灰度共生矩阵(GLCM)及灰度级区域矩阵(GLSZM)特征的可重复性相对较差(ICC≥0.80者仅占49.75％～53.98％).基于不同变换预处理图像提取的组学特征中,Gradient变换明显提高了原始特征的可重复性(ICC≥0.80者达86.05％),而采用Exponential、LBP2D、LBP3D、Logarithm和Square变换方法获得的特征降低了原始特征的可重复性(ICC≥0.80这仅占36.05％～50.00％).结论:T1-mapping的影像组学特征表现出中等可重复性,在临床应用之前需要首先对其进行可重复性评估.

[目的]赖草属植物是麦类作物遗传改良和育种的重要基因资源,但作为异源多倍体植物,其基因组来源仍存在较大争议.通过比较赖草、大赖草及新麦草基因组中重复序列分布,探索赖草属物种基因组来源以及种间基因组多样性的形成特性.[方法]通过构建赖草属物种赖草的Cot-1 DNA文库获得大量重复序列,利用荧光原位杂交技术和重复序列对赖草以及近缘物种大赖草和祖先供体物种新麦草进行染色体荧光原位杂交涂染.[结果](1)根据序列及基因组分布特性,赖草Cot-1 DNA可归为串联重复序列、散布重复序列、散布加串联混合重复序列以及未能鉴定类型,4种类型占比分别为32.4％、45.7％、12.4％和9.5％.(2)串联重复序列TaiI-family、Lt1-6、pTa-535和pSc250在不同物种及同一物种不同材料间信号数量存在较大变异,分别为7～20,1～14,17～26,0～24个.(3)10个反转座子序列在所有物种染色体的分布呈现3种方式:在所有染色体上杂交信号集中分布在着丝粒、近着丝粒及间质区;在所有染色体的所有区域都有分布;在大部分染色体上的分布方式与第1种相同,但是部分染色体端部也有分布.2个LTR/Copia序列仅在赖草染色体上有分布,其他序列在不同物种以及不同材料间均有分布,但在信号强度以及部分染色体上的分布方式存在多态性.[结论]赖草属物种中的一些重复序列具有快速进化的特性,支持赖草属物种多倍化过程,并存在散在重复序列向整个核基因组的快速同质化扩散.

目的 本研究旨在探讨基于延迟进动定制激发(delay alternating with nutation for tailored excitation,DANTE)和可变翻转角快速自旋回波(sampling perfection with application-optimized contrasts by using different flip angle evolutions,SPACE)的多序列磁共振血管壁成像(magnetic resonance vessel wall imaging,MR-VWI)对下肢动脉病变(lower extremity arterial disease,LEAD)的诊断价值.材料与方法 回顾性分析了57例LEAD患者和26例无LEAD患者的病例及影像资料.所有患者均在3.0 T MRI设备上接受了T2快速自旋回波序列(turbo spin echo,TSE)、T1w DANTE-SPACE、对比增强(contrast enhancement,CE)T1w DANTE-SPACE和CE磁共振血管造影(magnetic resonance angiography,MRA)MR-VWI扫描.两名放射科医师在双盲条件下分别测量了T1w DANTE-SPACE和T2w TSE序列图像相应位置的管腔面积(lumen area,LA)、管壁面积(vessel wall area,VWA)、平均管壁厚度(average vessel wall,AVW)和最大管壁厚度(maximum vessel wall,MVW)等形态学指标.每位医师在3周间隔后对相同指标进行了重复测量.采用组内相关系数(intra-class correlation coefficients,ICC)和Bland-Altman方法评估了两种扫描技术以及不同组别之间的T1w DANTE-SPACE形态学测量指标的观察者一致性和可重复性.使用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估了准确性.结果 T1w DANTE-SPACE与T2w TSE成像技术的信噪比(signal-to-noise ratio,SNR)和对比度比(contrast-to-noise ratio,CNR)差异有统计学意义(P<0.05),两名观察者对形态学测量指标的ICC值在0.85～0.99之间.在不同组别中,T1w DANTE-SPACE形态学测量指标的两次测量ICC值为0.90～0.99.Bland-Altman分析显示,观察者间和两次测量间的大部分形态学测量指标均在95％的一致性限度内.T1w DANTE-SPACE技术在LEAD组不同血管节段的形态学指标ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)分别为0.904[95％置信区间(confidence interval,CI):0.825～0.983]和0.905(95％CI:0.835～0.976).当腘小腿动脉段的血管壁厚度为1.00 mm,LA为10.88 mm时,LEAD的敏感度分别为79.2％和85.4％,特异度分别为96.2％和92.3％,阳性预测值分别为97.4％和95.3％,阴性预测值分别为71.4％和77.4％.结论 多序列MR-VWI在评估LEAD斑块形态学指标方面表现出良好的重复性和高准确性,支持其在LEAD的MRI检查中的应用.

亨廷顿病(Huntington disease,HD)也称亨廷顿舞蹈病,是一种常染色体显性遗传性神经系统变性疾病,由4号染色体上的Huntingtin(HTT)基因1号外显子的CAG重复序列异常扩增所致[1].

目的:分析不同靶点重复经颅磁刺激（rTMS）治疗震颤型帕金森病（PD）的疗效。方法:前瞻性收集2020年4月1日至2021年3月31日就诊于上海交通大学医学院附属新华医院神经内科门诊的原发性PD患者，依据主要运动障碍临床特征选择震颤型（TD）82例入组，受试者按1∶1∶1比例根据试验随机编码的序列分为3组，即初级运动皮质区（M1）组26例、小脑组26例和双靶点（M1、小脑）组30例，每组均给予相应靶点1 Hz低频刺激，每天治疗1次，每周治疗5 d，持续治疗2周，共10次；所有组的常规药物治疗期间剂量保持不变。治疗前、治疗后2周在患者未服药状态下进行统一PD评定量表（UPDRS）、PD生活质量问卷-39（PDQ-39）评定，并测量皮质兴奋性即经颅磁刺激运动诱发电位（TMS-MEP）［包括静息运动阈值（rMT）和活动运动阈值（aMT）检查］、“起立-行走”计时测试（TUG）及肌电图震颤分析检查。结果:82例患者，男39例，女43例，年龄（67±8）岁。治疗前，3组患者的评价指标差异均无统计学意义（均 P>0.05）。治疗后双靶点组的UPDRS-Ⅲ评分［（38.9±2.5）分 比（29.2±3.6）分］、UPDRS-震颤子评分［（23.7±2.1）分比（14.6±3.1）分］、TUG时间［（44.8±3.1）s比（33.7±4.1）s］、震颤波幅（480±126）μV比（276±94）μV、PDQ-39评分［（51±13）分比（45±13）分］、rMT［（36±17）%比（43±13）%］、aMT［（26±16）%比（31±12）%］，与治疗前比较差异均有统计学意义（均 P<0.01），而M1组和小脑组上述各指标差异均无统计学意义（均 P>0.05）。震颤峰频率3组治疗前后差异均无统计学意义（均 P>0.05）。 结论:双靶点低频rTMS能改善PD震颤，而M1或小脑低频rTMS对PD震颤改善不明显，其机制可能是通过调节皮质兴奋性从而改善PD震颤症状。

目的:了解青海省玉树藏族自治州（简称玉树州）鼠疫耶尔森菌（简称鼠疫菌）规律成簇的间隔短回文重复（CRISPR）的基因分型，探讨其遗传特征。方法:选取1963 - 2007年分离自玉树州鼠疫自然疫源地的44株代表性鼠疫菌，提取DNA，针对CRISPR的3个位点（YPa、YPb和YPc）设计引物，进行PCR扩增，并对扩增产物进行测序及分析，鉴定CRISPR间区序列（spacer），确定CRISPR基因型和类群。结果:44株鼠疫菌在CRISPR 3个位点上共有23种spacer，YPa位点14种、YPb位点6种、YPc位点3种，其中有2种新spacer，a106和a107。根据spacer阵列形式，44株鼠疫菌被分为15个CRISPR基因型、6个CRISPR类群，6个类群分别为Cb4、Cc3′、Ca7、Ca7′、Ca△5′和Ca35′，其中Ca7为主要流行类群（34株）。结论:玉树州鼠疫菌CRISPR位点具有多种基因型，遗传多态性较高，种群结构复杂。

结核分枝杆菌（MTB）感染导致的结核病仍然是全球公共卫生的巨大挑战。耐多药结核病（MDR-TB）和广泛耐药结核病（XDR-TB）菌株使得结核病治疗更加困难。不断研发新遗传工具，探索MTB生理，有望发现新的药物靶点。其中，最近用于MTB研究的成簇规律间隔短回文重复序列干扰（CRISPRi）与高通量测序相结合，为揭示MTB生理和遗传提供了基础。本文综述了CRISPRi在MTB生物学研究中的应用及技术发展。

目的:分析中国汉族人群短串联重复序列(STR) D13S317基因座等位基因多态性，发现及鉴定中国人群中 D13S317基因座新的STR三带型等位基因，排除非特异性扩增及侧翼序列基因变异产生的三带型等位基因，研究新的三带型等位基因序列特征及遗传方式。 方法:选取2017年10月17日至2018年12月28日于广东深光法医物证司法鉴定所进行鉴定的378例样本为研究对象。常规采用GlobalFiler? Express试剂盒作STR基因分型初检，对疑似三带型等位基因的家系采用PowerPlex ? 21试剂盒作STR基因分型复检，复检后采用分子克隆测序技术排除引物结合区及侧翼序列基因变异产生的三带型等位基因的可能。 结果:初检共计检出6个 D13S317等位基因，基因频率分布特征分别是8(29.1%)、9(13.1%)、10(15.21%)、11(24.21%)、12(13.89%)和13(3.44%)；其中有1个家系中先证者的 D13S317基因座疑似为三带型等位基因(8、9、10)。复检与初检结果一致。先证者及其女儿 D13S317基因座分子克隆测序分析未发现引物结合区及侧翼序列有基因变异，确认先证者 D13S317基因座为三带型等位基因。 结论:在中国人群中确认了1例 D13S317基因座2型三带型等位基因(8、9、10)，该三带型等位基因未遗传给女性子一代，并首次被国际STRBase数据库收录。