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利用生物信息学综合分析lncRNA GAS5在三阴性乳腺癌中的功能作用
编辑人员丨1天前
目的:利用生物信息学管理对乳腺癌和癌旁组织进行长链非编码RNA-生长停滞特异基因5(lncRNA GAS5)差异表达分析,以探讨GAS5对三阴性乳腺癌发生发展的影响。方法:用基因图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的乳腺癌数据分析各个乳腺癌亚型及病理分期中GAS5的表达情况。利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中三阴性乳腺癌数据GSE76124和GSE83937对GAS5进行相关性分析,选取相关性基因并取交集。利用所得到的正相关基因做GO功能和KEGG通路富集分析。用TCGA数据库和GEO76124数据进行GAS5的GSEA分析。选取GEO数据集GSE40525和GSE76250进行三阴性乳腺癌的差异miRNA和mRNA的筛选,通过预测,构建GAS5-miRNA-mRNA的ceRNA网络。结果:GAS5在乳腺癌各亚型组织中表达均较癌旁组织低。GAS5主要参与多种代谢进程包括有机物代谢、大分子代谢、氮化合物代谢等,在通路方面主要影响真核生物中的核糖体生物发生,WNT信号通路等。通过构建GAS5在三阴性乳腺癌中ceRNA调控网络,发现GAS5最有可能通过吸附hsa-miR-650和has-miR-532-5p调控包括SLC7A2和LONRF2在内的25个基因的表达,发挥抑癌基因的作用。结论:lncRNA GAS5可能在乳腺癌中起到抑癌基因的作用,可为乳腺癌的基因治疗提供新的治疗靶点。
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编辑人员丨1天前
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lncRNA DLX6-AS1通过靶向miR-16-5p/NUCKS1调控皮肤鳞状细胞癌细胞A431增殖、迁移和侵袭
编辑人员丨1天前
目的:研究长链非编码生长停滞特异性蛋白6反义RNA1(lncRNA DLX6-AS1)对皮肤鳞状细胞癌细胞A431增殖、迁移和侵袭的影响及潜在机制。方法:以双荧光素酶报告系统实验验证lncRNA DLX6-AS1与miR-16-5p、miR-16-5p与核酪蛋白激酶和细胞周期蛋白依赖性激酶底物1(NUCKS1)mRNA的靶向结合。通过单独或联合转染lncRNA DLX6-AS1抑制物(si-DLX6-AS1)、miR-16-5p抑制物(anti-miR-16-5p)、NUCKS1抑制物(si-NUCKS1)和相应对照(DLX6-AS1-NC、anti-miR-NC、NUCKS1-NC)调控A431细胞目的基因的表达,采用qRT-PCR检测A431细胞lncRNA DLX6-AS1、miR-16-5p、NUCKS1 mRNA的表达;Western印迹检测NUCKS1、细胞周期蛋白D1(Cyclin D1)抗体、基质金属蛋白酶(MMP)2和MMP9蛋白水平;CCK8实验检测细胞存活率;Transwell实验检测细胞迁移和侵袭能力。两组间比较采用独立样本 t检验。 结果:双荧光素酶报告系统实验显示,lncRNA DLX6-AS1靶向结合miR-16-5p,miR-16-5p靶向结合NUCKS1。si-DLX6-AS1组A431细胞miR-16-5p表达水平(3.01 ± 0.31)高于DLX6-AS1-NC组(1.02 ± 0.10, t = 18.33, P < 0.001);NUCKS1、Cyclin D1、MMP2和MMP9蛋白相对水平均低于DLX6-AS1-NC组(均 P < 0.05),细胞存活率、迁移和侵袭细胞数亦低于DLX6-AS1-NC组(均 P < 0.05)。si-NUCKS1组A431细胞NUCKS1、Cyclin D1、MMP2和MMP9蛋白相对水平均低于NUCKS1-NC组(均 P < 0.05),细胞存活率、迁移和侵袭细胞数亦低于NUCKS1-NC组(均 P < 0.05)。低表达lncRNA DLX6-AS1后,anti-miR-16-5p组A431细胞miR-16-5p表达(0.34 ± 0.04)低于anti-miR-NC组(1.00 ± 0.12, t = 15.65, P < 0.05),Cyclin D1、MMP2和MMP9相对表达水平均高于anti-miR-NC组(均 P < 0.05),细胞存活率、迁移和侵袭细胞数均高于anti-miR-NC组(均 P < 0.05)。低表达lncRNA DLX6-AS1、敲减miR-16-5p后,si-NUCKS1组A431细胞NUCKS1、Cyclin D1、MMP2和MMP9蛋白相对水平均低于NUCKS1-NC组( P < 0.05),细胞存活率、迁移和侵袭细胞数均低于NUCKS1-NC组( P < 0.05)。 结论:lncRNA DLX6-AS1可通过靶向miR-16-5p/NUCKS1调控A431细胞增殖、迁移和侵袭,lncRNA DLX6-AS1可能是治疗皮肤鳞状细胞癌的潜在分子靶点。
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编辑人员丨1天前
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基于lncGAS5/DNMT3A通路探讨心康冲剂对慢性心力衰竭大鼠心肌纤维化的影响
编辑人员丨2024/4/27
目的 探讨心康冲剂调控长链非编码RNA生长停滞特异性转录本5(long non-coding RNA growth arrest specif-ic transcript 5,lncGAS5)/DNA甲基转移酶3A(DNA methyltransferase 3A,DNMT3A)通路抗慢性心力衰竭大鼠心肌纤维化的机制.方法 62只SD大鼠,其中随机取6只大鼠为正常组,余56只经腹腔注射阿霉素药物建立慢性心力衰竭模型,将造模成功的52只大鼠随机分为模型组12只(注射PBS+生理盐水灌胃),GAS5沉默组(注射AAV9-GAS5-RNAi病毒+生理盐水灌胃)、阴性对照组(注射AAV NC病毒+生理盐水灌胃)、心康冲剂组(注射AAV9-GAS5-RNAi病毒+心康冲剂溶液灌胃)、缬沙坦组(注射AAV9-GAS5-RNAi病毒+缬沙坦溶液灌胃)各10只.分组处理后,心脏超声检测各组大鼠心功能;Masson染色观察心脏组织形态;免疫荧光染色检测各组大鼠左心室纤维化蛋白α-SMA表达;酶联免疫吸附法检测大鼠血清Col Ⅰ表达;实时荧光定量PCR法检测各组大鼠心尖组织lncGAS5、DNMT3A mRNA;Western blot法检测DNMT3A、第10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源基因(phosphatase and tensin homolog deleted on chro-mosome ten,PTEN)、磷酸化蛋白质激酶蛋白B(phosphorylated protein kinase B,AKT)各蛋白表达量.结果 与正常组相比,模型组大鼠左室射血分数(left ventricular ejection fractions,LVEF)、左心室短轴缩短率(left ventricular fractional short-ening,LVFS)均明显降低(P<0.05);染色结果显示心肌纤维化严重;血液中Ⅰ型胶原(type Ⅰ collagen,Col Ⅰ)明显升高(P<0.05);lncGAS5 mRNA表达降低,DNMT3A mRNA及蛋白表达升高,PTEN蛋白表达降低,AKT蛋白表达升高(P<0.05);与模型组相比,GAS5沉默组染色或指标结果进一步降低或升高;与GAS5沉默组相比,染色结果显示心康冲剂、缬沙坦组干预后心肌纤维化减轻,LVEF、LVFS都不同程度地增加(P<0.05);血清中Col Ⅰ水平降低;lncGAS5mRNA表达升高,DNMT3AmRNA表达降低;DNMT3A、AKT蛋白表达降低,PTEN蛋白表达升高(P<0.05).结论 心康冲剂可通过调控lncGAS5/DNMT3A/PTEN/AKT通路及下游纤维化因子,从而改善慢性心力衰竭之心肌纤维化.
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编辑人员丨2024/4/27
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LncRNA GAS5通过miR-137/SIRT6轴抑制糖尿病大鼠心肌细胞凋亡的机制研究
编辑人员丨2024/1/20
目的 探讨长链非编码RNA生长停滞特异性转录因子 5(LncRNA GAS5)对糖尿病心肌病(DCM)大鼠心肌细胞凋亡的影响及其分子机制.方法 通过高糖高脂饮食联合链脲佐菌素腹腔注射构建大鼠DCM模型,分为假手术(Sham)组和DCM组.苏木素-伊红(HE)染色观察心肌组织的病理变化;Masson染色检测大鼠心肌纤维化程度;实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测心肌组织LncRNA GAS5 的表达情况.大鼠心肌细胞(H9c2)随机分为对照组、高糖组、高糖+GAS5 组、高糖+miR-137 mimics组、高糖+miR-137 mimics+GAS5 组、高糖+沉默调节蛋白 6(SIRT6)组、高糖+SIRT6+miR-137 mimics组并进行相应处理.qRT-PCR检测LncRNA GAS5、miR-137 的表达量;Western blot检测B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、B淋巴细胞瘤-2相关X蛋白(Bax)、SIRT6蛋白表达量;流式细胞术检测细胞凋亡情况;细胞计数试剂盒8检测细胞活力;双荧光素酶报告基因实验验证LncRNA GAS5与miR-137、miR-137与SIRT6的靶向作用.结果 HE染色和Masson染色结果显示,与Sham组相比,DCM组心肌细胞肥大,排列紊乱,胶原纤维增多,大量炎性细胞浸润.与Sham组比较,DCM组LncRNA GAS5表达降低(P<0.01).与对照组比较,高糖组LncRNA GAS5表达水平随高糖培养时间延长逐渐降低(P<0.01).与高糖组比较,高糖+ GAS5组LncRNA GAS5表达量、细胞活力、Bcl-2表达增加(P<0.05);miR-137、细胞凋亡比例、Bax表达降低(P<0.05).与高糖组比较,高糖+ miR-137 mimics组miR-137、Bax蛋白表达量、细胞凋亡率增加(P<0.05);细胞活力、SIRT6、Bcl-2 蛋白表达量降低(P<0.05).与高糖+ miR-137 mimics组相比,高糖+ GAS5+ miR-137 mimics组细胞活力、Bcl-2表达增加(P<0.01);细胞凋亡比例、Bax表达降低(P<0.05).与高糖组比较,高糖+ SIRT6组细胞活力、Bcl-2、SIRT6蛋白表达增加(P<0.01);细胞凋亡比例、Bax表达降低(P<0.01).与高糖+SIRT6组比较,高糖+SIRT6+miR-137 mimics组细胞凋亡率、Bax蛋白表达量升高;细胞活力、Bcl-2 蛋白表达量降低(P<0.01).双荧光素酶报告基因实验证实LncRNA GAS5 和miR-137、miR-137和SIRT6存在靶向关系.结论 过表达LncRNA GAS5 可通过内源性竞争机制减少miR-137与SIRT6的结合,促进SIRT6表达抑制DCM大鼠心肌细胞凋亡.
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编辑人员丨2024/1/20
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长链非编码RNA生长停滞特异性转录子5负调控核仁磷酸蛋白1对胃癌细胞顺铂耐药性的影响
编辑人员丨2023/11/18
目的 研究长链非编码RNA(LncRNA)生长停滞特异性转录子5(growth arrest specific transcript 5,GAS5)负调控核仁磷酸蛋白l(nucleophosmin 1,NPM1)对胃癌细胞顺铂(cisplatin,DDP)耐药性的影响.方法 选取正常人胃黏膜细胞系GES-1和人胃癌细胞系BG3-823、MGC-803、AGS作为研究对象,qRT-PCR法检测各细胞中LncRNA GAS5水平.诱导AGS细胞DDP耐药(AGS/DDP)后,将实验分为对照组、空质粒组(BC组)、GAS5无义干扰组(pLJM-GAS5 NC组)、GAS5过表达组(pLJM-GAS5组),MTT法检测DDP对AGS、AGS/DDP细胞增殖能力的影响;Western blot法检测AGS、AGS/DDP细胞中NPM1、多药耐药基因1(multidrug resistance 1,MDR1)、耐药基因切除修复交叉互补基因1(excision repair cross complementation group 1,ERCC1)、多药耐药相关蛋白 1(multidrug resistance-associated protein 1,MRP1)、神经性钙黏附素(N-cadherin)水平.结果 与人正常胃黏膜GES-1细胞相比,人胃癌BG3-823、AGS细胞中LncRNA GAS5水平明显降低,其中AGS细胞中LncRNA GAS5水平最低,因此选择AGS细胞进行后续试验.与对照组相比,BC 和 pLJM-GAS5 NC 组 AGS 细胞中 LncRNA GAS5 水平明显降低,NPM1、MDR1、ERCC1、MRP1、N-cadherin水平显著升高;与BC组和pLJM-GAS5 NC组相比,pLJM-GAS5组AGS/DDP细胞中LncRNA GAS5水平显著升高,NPM1、MDR1、ERCC1、MRP1、N-cadherin水平显著降低;同浓度DDP(除0 μmol/L外)处理后,与对照组相比,BC、pLJM-GAS5 NC组AGS/DDP细胞增殖抑制率明显降低;与BC、pLJM-GAS5 NC组相比,pLJM-GAS5组AGS/DDP细胞增殖抑制率显著升高.DDP对pLJM-GAS5组AGS/DDP细胞48h的半抑制浓度(IC50)为(65.38±5.04)μmol/L,明显低于BC[(120.74±4.17)μmol/L]、pLJM-GAS5 NC组[(120.24±4.29)μmol/L].结论 上调AGS/DDP细胞中LncRNA GAS5水平,可逆转AGS/DDP细胞耐药性,可能与下调NPM1的表达有关.
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编辑人员丨2023/11/18
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血清lncRNA GAS5表达与结直肠癌血管生成的关系及其临床意义
编辑人员丨2023/11/11
[目的]检测结直肠癌(colorectal cancer,CRC)患者血清长链非编码RNA生长停滞特异基因5(lncRNA GAS5)表达量,探讨其与肿瘤血管生成的关系及其临床意义.[方法]以实时荧光定量PCR检测90例CRC患者(CRC组)术前、30位健康者(正常对照组)血清lncRNA GAS5表达量,以ELSIA法检测血清血管内皮生长因子(VEGFA)含量;以免疫组化法检测CRC组及正常对照组组织中CD34表达,计算肿瘤微血管密度(microvessel density,MVD);随访CRC患者术后预后3年;分析术前血清lncRNA GAS5表达量与CRC血管生成、病理特征及预后的关系.[结果]CRC组血清lncRNAGAS5表达量显著低于正常对照组(P<0.0l),血清VEGFA含量及癌组织MVD显著高于正常对照组(P<0.01);lncRNA GAS5低表达者血清VEGFA含量及MVD均显著高于ln-cRNA GAS5高表达者(P<0.01);CRC组血清lncRNA GAS5表达量与血清VEGFA含量及MVD均呈负相关;术前血清lncRNA GAS5表达量与CRC分化程度、TNM分期、淋巴结转移及术后复发转移呈负相关(P<0.01),与术后生存率呈正相关(P<0.01).[结论]血清lncRNA GAS5表达量降低可促进CRC新生血管生成及侵袭转移,与CRC不良预后相关;术前血清lncRNA GAS5表达量可成为CRC预后评价指标.
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编辑人员丨2023/11/11
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与肝纤维化相关的长链非编码RNA的研究进展
编辑人员丨2023/8/6
长链非编码RNA(lncRNA)调控大量的人类蛋白编码基因,广泛参与机体生理病理过程.近年来发现, lncRNA在肝纤维化发生发展中发挥重要作用.目前已经明确的促肝纤维化lncRNA主要包括Alu介导的p21转录调节因子( APTR)、由 TGF-β激活的 lncRNA ( lncRNA-ATB)、 HOX 转录反义 RNA ( Hotair)、肝癌细胞中上调的lncRNA(HULC),抗肝纤维化lncRNA主要包括人母系表达基因3(MEG3)、生长停滞特异性转录本5(GAS5)、基因间长链非编码RNA-p21(lincRNA-p21).随着对lncRNA生理作用及其在肝纤维化发病中的作用机制的深入研究,通过调节肝纤维化患者体内lncRNA活性治疗肝纤维化有可能成为现实.
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编辑人员丨2023/8/6
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MEG3在肿瘤中作用的研究进展
编辑人员丨2023/8/6
长链非编码RNA(lncRNAs)自从被发现可能参与细胞生物进程以来便引起热切关注,某些lncRNA参与肿瘤发生、发展的生物进程,如INK4基因座反义非编码RNA、HOX反义基因间RNA、牛磺酸上调基因1等,而某些则表现出具有抗肿瘤的能力,如生长停滞特异性转录本5、母系表达基因(MEG3)等.MEG3作为具有抗肿瘤特性的lncRNAs中代表性的一员,成为研究的热点,MEG3表达的缺失参与多种肿瘤的发生,并且其低表达水平与基因启动子的甲基化水平显著相关.MEG3抗肿瘤的作用可能存在多种机制,如调节p53通路、作为竞争性内源性RNA调节靶基因表达等.
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编辑人员丨2023/8/6
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长链非编码RNA在肺癌诊断治疗中的研究进展
编辑人员丨2023/8/6
长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度大于200 nt、没有编码蛋白能力的非编码RNA.近年研究表明,lncRNA与肺癌的发生发展密切相关,对肺癌的发生、发展、转移和预后有重要作用.lncRNA分为致癌lncRNA和抑癌lncRNA.与肺癌相关的致癌基因有肺腺癌转移相关因子1(MALAT1)、HOX转录反义RNA(HOTAIR)、结肠癌相关转录本2(CCAT2)、生长停滞特异性蛋白6-反义RNA1(DLX6-AS1)、H19、吸烟和癌症相关的长链非编码RNA1(SCAL1)、Sox2重叠转录本(Sox2ot)等,与肺癌的生长、迁移和侵袭相关.与肺癌相关的抑癌基因有生长停滞特异性转录本5(GAS5)、AK126698、生长停滞特异基因转录的反义RNA(GAS6-AS1)、SPRY4内含子转录本1(SPRY4-IT1)、BRAF基因激活的非编码RNA(BANCR),可以抑制肿瘤的发生发展.
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编辑人员丨2023/8/6
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血清LncRNA GAS5水平与老年冠心病PCI后支架内再狭窄的关系探讨
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨血清长链非编码RNA生长停滞特异基因5(LncRNA GAS5)水平与老年冠状动脉粥样硬化性心脏病(冠心病)在接受经皮冠状动脉介入治疗(PCI)后出现支架内再狭窄的关系,并采用受试者工作曲线(ROC)评估血清LncRNA GAS5水平对老年冠心病PCI后支架内再狭窄的诊断价值.方法 选取2016年4月至2018年10月于解放军联勤保障部队第九六〇医院干部病房进行PCI的164例老年冠心病患者为研究对象,依据术后12个月冠状动脉(冠脉)造影复查结果分为两组,支架内、5 mm范围内血管内径狭窄<50%的无再狭窄组(91例),支架内、5 mm范围内血管内径狭窄≥50%的为再狭窄组(73例),再狭窄组根据再狭窄支数分为单支再狭窄组(28例),双支再狭窄组(32例),三支再狭窄组(13例).研究对象均采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)检测血清LncRNA GAS5水平.结果 与无再狭窄组相比,再狭窄组血清LncRNA GAS5水平较低(P<0.05);单支再狭窄组、双支再狭窄组、三支再狭窄组相比,血清LncRNA GAS5水平依次降低(P<0.05);Spearman相关分析显示,再狭窄组血清LncRNA GAS5水平与老年冠心病PCI后再狭窄支数呈负相关(P<0.05);ROC结果显示,血清LncRNA GAS5诊断老年冠心病患者PCI后支架内再狭窄的曲线下面积为0.866,截断值为1.099,对应的敏感度为86.30%,特异度为73.60%.结论 老年冠心病PCI后支架内再狭窄患者血清LncRNA GAS5水平较未发生再狭窄患者低,且与再狭窄支数呈负相关,对老年冠心病PCI后发生支架内再狭窄有一定诊断价值,可能为老年冠心病患者PCI后支架内再狭窄的治疗靶点提供新思路.
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编辑人员丨2023/8/5
