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利用生物信息学综合分析lncRNA GAS5在三阴性乳腺癌中的功能作用
编辑人员丨5天前
目的:利用生物信息学管理对乳腺癌和癌旁组织进行长链非编码RNA-生长停滞特异基因5(lncRNA GAS5)差异表达分析,以探讨GAS5对三阴性乳腺癌发生发展的影响。方法:用基因图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的乳腺癌数据分析各个乳腺癌亚型及病理分期中GAS5的表达情况。利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中三阴性乳腺癌数据GSE76124和GSE83937对GAS5进行相关性分析,选取相关性基因并取交集。利用所得到的正相关基因做GO功能和KEGG通路富集分析。用TCGA数据库和GEO76124数据进行GAS5的GSEA分析。选取GEO数据集GSE40525和GSE76250进行三阴性乳腺癌的差异miRNA和mRNA的筛选,通过预测,构建GAS5-miRNA-mRNA的ceRNA网络。结果:GAS5在乳腺癌各亚型组织中表达均较癌旁组织低。GAS5主要参与多种代谢进程包括有机物代谢、大分子代谢、氮化合物代谢等,在通路方面主要影响真核生物中的核糖体生物发生,WNT信号通路等。通过构建GAS5在三阴性乳腺癌中ceRNA调控网络,发现GAS5最有可能通过吸附hsa-miR-650和has-miR-532-5p调控包括SLC7A2和LONRF2在内的25个基因的表达,发挥抑癌基因的作用。结论:lncRNA GAS5可能在乳腺癌中起到抑癌基因的作用,可为乳腺癌的基因治疗提供新的治疗靶点。
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编辑人员丨5天前
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基于lncGAS5/DNMT3A通路探讨心康冲剂对慢性心力衰竭大鼠心肌纤维化的影响
编辑人员丨2024/4/27
目的 探讨心康冲剂调控长链非编码RNA生长停滞特异性转录本5(long non-coding RNA growth arrest specif-ic transcript 5,lncGAS5)/DNA甲基转移酶3A(DNA methyltransferase 3A,DNMT3A)通路抗慢性心力衰竭大鼠心肌纤维化的机制.方法 62只SD大鼠,其中随机取6只大鼠为正常组,余56只经腹腔注射阿霉素药物建立慢性心力衰竭模型,将造模成功的52只大鼠随机分为模型组12只(注射PBS+生理盐水灌胃),GAS5沉默组(注射AAV9-GAS5-RNAi病毒+生理盐水灌胃)、阴性对照组(注射AAV NC病毒+生理盐水灌胃)、心康冲剂组(注射AAV9-GAS5-RNAi病毒+心康冲剂溶液灌胃)、缬沙坦组(注射AAV9-GAS5-RNAi病毒+缬沙坦溶液灌胃)各10只.分组处理后,心脏超声检测各组大鼠心功能;Masson染色观察心脏组织形态;免疫荧光染色检测各组大鼠左心室纤维化蛋白α-SMA表达;酶联免疫吸附法检测大鼠血清Col Ⅰ表达;实时荧光定量PCR法检测各组大鼠心尖组织lncGAS5、DNMT3A mRNA;Western blot法检测DNMT3A、第10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源基因(phosphatase and tensin homolog deleted on chro-mosome ten,PTEN)、磷酸化蛋白质激酶蛋白B(phosphorylated protein kinase B,AKT)各蛋白表达量.结果 与正常组相比,模型组大鼠左室射血分数(left ventricular ejection fractions,LVEF)、左心室短轴缩短率(left ventricular fractional short-ening,LVFS)均明显降低(P<0.05);染色结果显示心肌纤维化严重;血液中Ⅰ型胶原(type Ⅰ collagen,Col Ⅰ)明显升高(P<0.05);lncGAS5 mRNA表达降低,DNMT3A mRNA及蛋白表达升高,PTEN蛋白表达降低,AKT蛋白表达升高(P<0.05);与模型组相比,GAS5沉默组染色或指标结果进一步降低或升高;与GAS5沉默组相比,染色结果显示心康冲剂、缬沙坦组干预后心肌纤维化减轻,LVEF、LVFS都不同程度地增加(P<0.05);血清中Col Ⅰ水平降低;lncGAS5mRNA表达升高,DNMT3AmRNA表达降低;DNMT3A、AKT蛋白表达降低,PTEN蛋白表达升高(P<0.05).结论 心康冲剂可通过调控lncGAS5/DNMT3A/PTEN/AKT通路及下游纤维化因子,从而改善慢性心力衰竭之心肌纤维化.
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编辑人员丨2024/4/27
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原发性膜性肾病患者外周血lncRNA GAS5-AS1、白细胞介素-27表达及与Treg/Th17平衡的关系
编辑人员丨2024/2/3
目的 检测原发性膜性肾病(primary membranous nephropathy,PMN)患者外周血长链非编码RNA-生长停滞特异性转录本 5反义RNA1(long non-coding RNA growth arrest-specific transcript 5 antisense RNA1,lncRNA GAS5-AS1)、白细胞介素(interleukin,IL)-27表达,并分析其与患者调节性T细胞/辅助性T细胞 17(regulatory T cell/T help 17cells,Treg/Th17)平衡的关系.方法 选择 2019年 9月至 2020年 9月间河北以岭医院收治的PMN患者 94例作为PMN组.另选取同期体检健康者 96例作为对照组.收集所有研究对象外周血标本,实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)法测定血清lncRNA GAS5-AS1水平、酶联免疫吸附法(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)法测定IL-27、IL-17、肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、IL-10、转化生长因子β1(transforming growth factor betal,TGF-β1)水平,流式细胞仪测定外周血Treg细胞、Th17细胞比例,并计算Treg/Th17比值.Pearson法分析PMN患者lncRNA GAS5-AS1、IL-27水平与IL-17、TNF-α、IL-10、TGF-β1、Treg/Th17的相关性.结果 对照组血尿素氮(blood urea nitrogen,BUN)为(4.03±0.66)mmol/L,PMN组患者BUN为(6.52±1.05)mmol/L;对照组血尿酸(uric acid,UA)为(266.13±44.35)μmol/L,PMN组患者UA为(338.92±56.45)μmol/L;对照组胱抑素C(cystatin C,Cys C)为(0.72±0.12)mg/L,PMN组患者Cys C为(1.38±0.23)mg/L;对照组抗磷脂酶 A2受体抗体(phospholipase A2 receptor antibody,PLA2R-Ab)为(9.37±1.92)RU/mL,PMN组患者PLA2R-Ab为(32.92±6.19)RU/mL;对照组 24h尿蛋白定量(0.11±0.02)g,PMN组患者24h尿蛋白定量(7.96±0.94)g;对照组lncRNA GAS5-AS1为(1.02±0.17),PMN组患者lncRNA GAS5-AS1 为(3.46±0.56);对照组 IL-27为(62.71±10.44)ng/L,PMN组患者 IL-27为(124.76±20.77)ng/L;对照组Th17为(0.75±0.12)%,PMN组患者Th17为(4.86±0.81)%;对照组Th17/Treg为(0.11±0.02),PMN组患者Th17/Treg为(1.43±0.23).对照组肾小球滤过率(glomerular filtration rate,GFR)为(109.22±14.85)mL·min-1·(1.73 m2)-1,PMN组患者 GFR为(57.47±10.24)mL·min-1·(1.73 m2)-1;对照组Treg水平为(6.42±1.07)%,PMN组患者Treg水平为(3.21±0.53)%.不同危险程度PMN患者Th17/Treg、IL-17、TNF-α、IL-10、TGF-β1、lncRNA GAS5-AS1、IL-27水平差异均有统计学意义(P<0.05);PMN患者外周血lncRNA GAS5-AS1与Th17/Treg、IL-17、TNF-α正相关(r = 0.632、0.554、0.572,P<0.05),与IL-10负相关(r =-0.468,P<0.05);IL-27与Th17/Treg、IL-17正相关(r=0.581、0.602,P<0.05),与IL-10、TGF-β1负相关(r=-0.533、-0.436,P<0.05).结论 PMN患者血清lncRNA GAS5-AS1、IL-27均高表达,二者均调节Th17/Treg免疫平衡,在PMN中发挥重要作用,有望成为PMN的研究靶点.
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编辑人员丨2024/2/3
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长链非编码RNA-GAS5竞争性结合miR-10调控SiHa细胞的增殖、迁移及侵袭能力的影响
编辑人员丨2023/12/30
目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)-生长停滞特异性转录5(GAS5)竞争性结合微小RNA-10(miR-10)调控人子宫颈鳞癌(SiHa)细胞的增殖、迁移及侵袭能力的影响.方法 选取2021年1月至2022年1月在河北省唐山中心医院接受手术治疗的48例宫颈癌手术患者作为研究对象,提取所有研究对象的肿瘤样本和癌旁正常组织样本中的SiHa细胞,按照转染方式的不同将培养的SiHa细胞分为对照组、GAS5组、miR-10组、血小板反应蛋白(THBS)2组、GAS5+miR-10组和GAS5+miR-10+THBS2组.检测lncRNA-GAS5、miR-10和THBS2在其肿瘤样本和癌旁正常组织样本中的表达水平;采用Starbase、TargetScan数据库预测lncRNA-GAS5和miR-10及miR-10和THBS2的结合位点;检测转染lncRNA-GAS5和THBS2后SiHa细胞的吸光度(A)及侵袭细胞数.结果 宫颈癌组织的miR-10 表达水平高于癌旁正常组织,而宫颈癌组织的ln-cRNA-GAS5、THBS2表达水平低于癌旁正常组织,差异均有统计学意义(P<0.05).将lncRNA-GAS5过表达质粒转染进SiHa细胞后,lncRNA-GAS5 组miR-10表达水平较对照组明显升高(P<0.05).转染miR-10后,miR-10组SiHa细胞中的miR-10表达水平比转染前高(P<0.05).lncRNA-GAS5的3'-UTR有miR-10的结合位点,miR-10在THBS2的3'-UTR上具有潜在的结合位点.相比对照组,miR-10组PMIR-GAS5-WT及PMIR-THBS2-WT野生型质粒荧光素酶活性明显降低(P<0.05).相比对照组,GAS5组和THBS2组Si-Ha细胞的A及侵袭细胞数降低,而miR-10组SiHa细胞的A及侵袭细胞数升高,差异均有统计学意义(P<0.05);相比miR-10组,GAS5+miR-10组SiHa细胞的A和细胞迁移细胞数降低,差异均有统计学意义(P<0.05);相比GAS5+miR-10组,GAS5+miR-10+THBS2组SiHa细胞的A和细胞迁移细胞数降低,差异均有统计学意义(P<0.05).结论 lncRNA-GAS5能通过抑制miR-10上调THBS2的表达水平从而抑制宫颈癌细胞的生物学行为.
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编辑人员丨2023/12/30
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血清lncRNA GAS5水平对肺炎支原体肺炎患儿严重程度的预测价值
编辑人员丨2023/11/11
目的 研究血清长链非编码RNA(lncRNA)生长停滞特异性转录本5(GAS5)水平对肺炎支原体肺炎(MPP)患儿严重程度的预测价值.方法 回顾性选取2019年10月至2021年10月海口市妇幼保健院收治的重症MPP(SMPP)患儿42例(SMPP组)和MPP患儿68例(MPP组).选择同期在海口市妇幼保健院体检的健康儿童70名为对照组.实时荧光定量PCR检测血清中lncRNA GAS5表达.Pearson法分析lncRNA GAS5表达水平与白细胞计数、中性粒细胞绝对值、淋巴细胞绝对值、CPIS评分相关性.采用受试者工作特征(ROC)曲线评价血清lncRNA GAS5对SMPP的预测价值.结果 与对照组相比,MPP组、SMPP组白细胞计数、中性粒细胞绝对值、IgG、IgA、IgM水平较高,血清ln-cRNA GAS5相对表达水平、淋巴细胞绝对值较低,差异均有统计学意义(P<0.05);与MPP组相比,SMPP组CPIS评分、白细胞计数、中性粒细胞绝对值、IgG、IgA、IgM水平较高,血清lncRNA GAS5相对表达水平、淋巴细胞绝对值较低,差异均有统计学意义(P<0.05).Pearson法分析显示,lncRNA GAS5与CPIS评分、白细胞计数、中性粒细胞绝对值呈负相关(r=-0.441、-0.462、-0.507,P<0.05),淋巴细胞绝对值呈正相关(r=0.487,P<0.05).ROC 曲线显示,ln-cRNA GAS5诊断SMPP的AUC为0.867,其敏感度、特异度分别为82.40%、73.80%.结论 MPP患儿血清中lncRNA GAS5表达下调,lncRNA GAS5对MPP患儿严重程度具有预测价值.
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编辑人员丨2023/11/11
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长链非编码RNA生长停滞特异性转录本5在糖尿病肾病进展中作用机制研究
编辑人员丨2023/8/19
目的 探讨长链非编码RNA生长停滞特异性转录本 5(LncRNA GAS5)在糖尿病肾病(DN)进展中的作用机制.方法 选取 10 只健康 5 周龄大鼠为研究对象.将大鼠分为模型组与对照组,每组各 5 只.构建 DN 细胞模型,并分为LncRNA GAS5 干扰组、LncRNA GAS5 过表达组与阴性对照组.通过实时荧光定量聚合酶链式反应及蛋白质印迹法检测LncRNA GAS5、miR-135a-5p及沉默信息调节因子2 相关酶1(SIRT1)的表达水平.采用双荧光素酶报告实验验证miR-135a-5p与LncRNA GAS5、SIRT1 之间的相互作用.结果 模型组肾组织、血清外泌体、人肾小球系膜细胞(HMC)及上清外泌体中LncRNA GAS5 表达水平均低于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05).敲减或过表达LncRNA GAS5 后,LncRNA GAS5 过表达组HMC细胞中miR-135a-5p表达水平相应高于或低于阴性对照组,而SIRT1 表达水平相应低于或高于阴性对照组,差异均有统计学意义(P<0.05).感染miR-135a-5p或转染siSIRT1 后,LncRNA GAS5 过表达组对HMC细胞增殖的抑制作用及对α-平滑肌肌动蛋白、纤连蛋白、α(I)胶原表达的抑制作用均弱于阴性对照组,但差异无统计学意义(P>0.05).结论 LncRNA GAS5 可通过miR-135a-5p/SIRT1 通路调控DN的进展.
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编辑人员丨2023/8/19
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与肝纤维化相关的长链非编码RNA的研究进展
编辑人员丨2023/8/6
长链非编码RNA(lncRNA)调控大量的人类蛋白编码基因,广泛参与机体生理病理过程.近年来发现, lncRNA在肝纤维化发生发展中发挥重要作用.目前已经明确的促肝纤维化lncRNA主要包括Alu介导的p21转录调节因子( APTR)、由 TGF-β激活的 lncRNA ( lncRNA-ATB)、 HOX 转录反义 RNA ( Hotair)、肝癌细胞中上调的lncRNA(HULC),抗肝纤维化lncRNA主要包括人母系表达基因3(MEG3)、生长停滞特异性转录本5(GAS5)、基因间长链非编码RNA-p21(lincRNA-p21).随着对lncRNA生理作用及其在肝纤维化发病中的作用机制的深入研究,通过调节肝纤维化患者体内lncRNA活性治疗肝纤维化有可能成为现实.
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编辑人员丨2023/8/6
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MEG3在肿瘤中作用的研究进展
编辑人员丨2023/8/6
长链非编码RNA(lncRNAs)自从被发现可能参与细胞生物进程以来便引起热切关注,某些lncRNA参与肿瘤发生、发展的生物进程,如INK4基因座反义非编码RNA、HOX反义基因间RNA、牛磺酸上调基因1等,而某些则表现出具有抗肿瘤的能力,如生长停滞特异性转录本5、母系表达基因(MEG3)等.MEG3作为具有抗肿瘤特性的lncRNAs中代表性的一员,成为研究的热点,MEG3表达的缺失参与多种肿瘤的发生,并且其低表达水平与基因启动子的甲基化水平显著相关.MEG3抗肿瘤的作用可能存在多种机制,如调节p53通路、作为竞争性内源性RNA调节靶基因表达等.
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编辑人员丨2023/8/6
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血浆lncRNA-GAS5和lncRNA-CCAT1表达对非小细胞肺癌的诊断价值
编辑人员丨2023/8/6
目的:探讨血浆lncRNA生长停滞特异性转录本5(lncRNA-GAS5)和lncRNA-CCAT1表达水平对非小细胞肺癌(NSCLC)的临床诊断价值.方法:分别收集60例NSCLC及60例良性肺病患者的血浆样本,采用实时荧光定量PCR法检测血浆中lncRNA-GAS5和lncRNA-CCAT1的表达水平,比较两者在NSCLC组和良性肺病组的表达差异.构建受试者工作特征(ROC)曲线,根据ROC曲线图确定lncRNA-GAS5和lncRNA-CCAT1诊断NSCLC的折点(cut off),计算两种lncRNA分别诊断及联合诊断NSCLC的敏感性、特异性、准确性、阳性预测值和阴性预测值,同时与经典肿瘤标志物癌胚抗原、细胞角蛋白19(Cyfra21-1)进行比较,评估这两种lncRNA诊断肺癌的效能.结果:与良性肺病患者相比,NSCLC患者血浆中lncRNA-GAS5表达显著下调,而lncRNA-CCAT1表达明显上调(P均<0.05).除血浆lncRNA-GAS5表达与吸烟相关外,血浆lncRNA-GAS5和lncRNA-CCAT1表达与NSCLC患者的性别、年龄、组织分型、临床分期均无相关性(P均>0.05).lncRNA-GAS5和lncRNA-CCAT1的ROC曲线下面积(AUC)略高于癌胚抗原和Cyfra21-1.血浆lncRNA-GAS5和lncRNA-CCAT1诊断NSCLC的敏感性分别为86.7%和88.3%,高于癌胚抗原和Cyfra21-1(66.7%和45.0%).相比于单独诊断,两种lncRNA联合诊断时敏感性提升到91.7%,但特异性略有降低.当lncRNA-GAS5及lncRNA-CCAT1联合传统肿瘤标志物时诊断效能增加,且敏感性得到明显提升,特异性保持良好.结论:lncRNA-GAS5和lncRNA-CCAT1在NSCLC患者血浆中的表达水平与良性肺病患者比较有显著差异,对NSCLC的诊断有一定价值.
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编辑人员丨2023/8/6
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敲减lncRNA Gas5减轻小鼠脑外伤继发性脑水肿及神经元损伤
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨长链非编码RNA生长停滞特异性转录本5(long non-coding RNA growth arrest specific transcript 5,lncRNA Gas5)在创伤性脑损伤(traumatic brain injury,TBI)小鼠模型中继发的脑水肿及神经元损伤中的作用.方法 应用自由落体打击法制作小鼠TBI模型,脑内注射shRNA靶向lncRNA Gas5的腺病毒(AAV-sh-GAS5)用来敲减lncRNA Gas5,RT-qPCR检测脑组织中lncRNA Gas5的表达水平,功能性MRI成像评估脑区域的表观弥散系数(apparent dispersion coefficient,ADC)和脑血流量(cerebral blood flow,CBF),TUNEL法测定脑组织TUNEL阳性细胞数,免疫组织化学法检测脑组织中Cleaved caspase-3阳性细胞数,Western blot法检测脑组织中Bax和Cyt c水平.结果 TBI后,小鼠脑组织中lncRNA Gas5表达水平随着时间递增.在TBI后24h,敲减脑lncRNA Gas5能抑制TBI诱导的脑组织中TUNEL阳性细胞数和Cleaved caspase-3阳性细胞数增加,缓解ADC值和CBF值增高,抑制TBI导致的Bax转位和Cyt c释放.结论 敲减脑lncRNA Gas5对TBI小鼠有明显的神经保护作用,lncRNA Gas5可以作为治疗TBI后脑水肿及神经元损伤的一个潜在治疗靶点.
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编辑人员丨2023/8/6
