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胰岛淀粉样多肽对阿尔茨海默病小鼠脑组织中LncRNA和mRNA表达谱的影响
编辑人员丨5天前
目的:探讨胰岛淀粉样多肽(IAPP)对阿尔茨海默病(AD)小鼠脑组织中长链非编码RNA(LncRNA)和信使RNA(mRNA)表达谱的影响。方法:选取7月龄雄性APP/PS1转基因AD模型小鼠10只,体质量20~30 g。将AD模型小鼠按数字表法随机分为IAPP干预组和对照组,每组5只。IAPP干预组小鼠腹腔内注射0.5 μmol/L的IAPP(200 μg/kg),每日1次。对照组小鼠腹腔注射相同剂量的磷酸盐缓冲液。两组小鼠干预时间均为10周。干预完成后,颈椎脱位处死小鼠,开颅剥离完整脑组织提取总RNA。应用基因芯片技术获得2组小鼠脑组织LncRNA和mRNA表达谱,筛选出差异表达的LncRNA和mRNA。在差异表达的LncRNA和mRNA中随机选取6个LncRNA,采用实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)验证基因芯片结果的可靠性。将筛选出的差异表达的mRNA与基因本体论(GO)数据库的各条目比对,从分子功能、生物过程和细胞成分3个领域行GO富集分析;使用京都基因和基因组百科全书(KEGG)数据库行信号通路富集分析。结果:实验过程中小鼠死亡4只,每组2只。IAPP干预组与对照组比较,显著差异表达的LncRNA共有902个,其中显著上调238个、显著下调664个;显著差异表达的mRNA共555个,其中显著上调236个、显著下调319个。qRT-PCR检测验证LncRNA的表达情况,与对照组比较,IAPP干预组AD小鼠脑组织中AK034056、Spock3表达上调,Map3k8、rgs20、Rint、Ppp2r1b表达下调,差异均有统计学意义( P值均<0.05)。qRT-PCR检测结果与芯片结果相符。GO富集分析:555个差异表达的mRNA,富集得到2 224个GO条目,其中显著上调的差异表达mRNA具有蛋白质结合、细胞周期等分子功能,与催化复合物、蛋白质复合物等细胞组分相关,参与了细胞代谢、高分子代谢等生物过程;显著下调的差异表达mRNA具有G蛋白偶联受体活性、跨膜信号受体活性等相关分子功能,与细胞黏附复合物、整合素复合物等细胞组分相关,参与G蛋白偶联受体信号通路、生物过程的调节等生物学过程。KEGG通路富集分析:555个差异表达的mRNA,富集得到62个通路,其中显著上调的差异表达mRNA富集评分较高的通路为神经退行性变的途径、阿尔茨海默病通路、氧化磷酸化通路、GABA能突触通路等,显著下调的差异表达mRNA富集评分较高的通路为钙信号通路、趋化因子信号通路、磷酸肌醇代谢通路、神经活性配体-受体相互作用通路、白细胞介素-17信号通路等。 结论:IAPP干预使AD小鼠脑组织 LncRNA、mRNA表达谱发生显著变化。差异表达的mRNA分别参与多种不同的生物学过程,差异表达的LncRNA可能通过调控相关mRNA的表达,发挥其生物学功能。
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编辑人员丨5天前
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共生菌对小鼠肺泡巨噬细胞长链非编码RNA表达的调控作用
编辑人员丨5天前
目的:探讨共生菌群对小鼠肺泡巨噬细胞长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)表达的调控作用。方法:分离纯化共生菌缺失小鼠及正常小鼠肺泡巨噬细胞(alveolar macrophages,AMs),利用LncRNA芯片技术筛选差异表达的LncRNA并进行生物信息学分析,利用荧光原位杂交(FISH)、RNA干扰等技术检测LncRNA-30162的亚细胞定位及其对RAW264.7细胞基因表达的调控。结果:分选后的AMs纯度大于95%,共生菌缺失小鼠与正常小鼠相比较,其差异表达LncRNA共有634个(变化倍数≥2),上调363个(57.26%)、下调271个(42.74%);差异LncRNA的靶基因与免疫系统调控、细胞分化、趋化作用等密切相关;干扰LncRNA-30162的表达可以降低RAW264.7细胞中CCL24及Arg1的表达水平,干扰前CCL24及Arg1的表达水平分别为(420.23±56.25)μg/L、(2.63±0.31)×10 3U/L,与干扰后表达水平(218.70±31.45)μg/L、(1.24±0.21)×10 3U/L比较差异有统计学意义( t=5.416、6.409, P=0.006、0.003)。 结论:共生菌可以调控小鼠AMs LncRNA的表达,差异表达的LncRNA与多个基因功能分析分类和基因信号通路密切相关,LncRNA-30162可以调控RAW264.7细胞CCL24、Arg1的表达。
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编辑人员丨5天前
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LncRNA AC000061.1调控 CFTR在非梗阻性无精子症发病机制中的作用
编辑人员丨5天前
目的:探讨长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)AC000061.1调节 CFTR基因表达在非梗阻性无精子症(nonobstructive azoospermia,NOA)发病机制中的作用。 方法:基因芯片检测梗阻性无精子症(obstructive azoospermia,OA)组(50例)、NOA组(50例)及对照组(50例)患者的睾丸组织中差异表达的LncRNA 并对其对应的靶向mRNA进行生物信息学分析,用qRT-PCR和Western blotting法检测三组患者的睾丸组织凋亡基因 Bcl-2表达差异。qRT-PCR验证三组患者睾丸组织、血清、精浆中LncRNA AC000061.1和 CFTR mRNA表达水平。酶联免疫吸附法(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)检测血清和精浆中CFTR蛋白浓度。构建LncRNA AC000061.1过表达(H-LncRNA组)、沉默(Si-LncRNA组)及空载对照组载体转染至睾丸癌细胞系(NTERA-2),qRT-PCR验证LncRNA AC000061.1及 CFTR mRNA的表达,Western blotting检测CFTR蛋白水平,CCK-8检测细胞增殖能力,流式细胞术及TUNEL凋亡试剂盒检测细胞凋亡率。 结果:芯片检测和qRT-PCR显示,与对照组相比,NOA组睾丸组织LncRNA AC000061.1和 CFTR表达降低( P=0.033, P=0.042),OA组LncRNA AC000061.1表达无差异, CFTR低表达( P=0.039);OA组和NOA组凋亡基因 Bcl-2表达水平依次增高( P=0.031, P=0.008)。三组血清中LncRNA AC000061.1 mRNA和 CFTR mRNA及蛋白表达水平差异均无统计学意义( P均>0.05)。在精浆中,与对照组相比,NOA组和OA组LncRNA AC000061.1和 CFTR mRNA及蛋白含量依次降低( P=0.002, P=0.038和 P=0.006, P=0.026),且LncRNA AC000061.1与 CFTR mRNA呈正相关( r=0.169, P=0.039)。质粒转染NTERA-2细胞后,沉默Si-LncRNA组LncRNA AC000061.1 mRNA及 CFTR mRNA和蛋白表达均降低( P=0.005, P=0.003),过表达H-LncRNA组LncRNA AC000061.1 mRNA及 CFTR mRNA和蛋白表达均显著增高( P=0.002, P=0.009)。沉默Si-LncRNA组细胞增殖能力显著下降( P=0.003),细胞凋亡率明显增高( P=0.001);过表达H-LncRNA组细胞增殖能力增加( P=0.017),细胞凋亡率降低( P=0.017)。 结论:NOA睾丸组织中LncRNA AC00006.1通过调控 CFTR基因表达引发细胞增殖与凋亡的异常,可能参与NOA的发病机制。
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编辑人员丨5天前
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胃癌相关的竞争内源性RNA调控网络的构建和分析
编辑人员丨5天前
目的:构建胃癌相关竞争内源性RNA(ceRNA)网络,探索胃癌发生、发展的分子机制。方法:应用生物芯片技术测定胃癌及对应癌旁组织的信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)表达谱,应用R软件中的edgeR包筛选差异表达基因并绘制火山图,基于miRNA-lncRNA在线预测工具lncBase数据库和miRNA靶基因预测数据库预测mRNA、miRNA和lncRNA的相互作用关系,采用Cytoscape软件构建胃癌lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络,根据cytohubba计算各节点degree得分筛选关键基因(hub基因)。运用注释、可视化和集成发现数据库(DAVID),对差异表达的mRNA进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。在OncoLnc数据库中,选择肿瘤基因组计划(TCGA)数据集的胃癌项目,输入hub基因,以标准化后基因表达量中位数为界值,将样本分为高表达组和低表达组,并进行生存分析。结果:共筛出差异表达的mRNA 766个,miRNA 10个,lncRNA 110个,其中90个mRNA、6个miRNA和4个lncRNA构成ceRNA网络,20个hub基因中有2个与患者预后有关。经TCGA胃癌数据库验证,LncRNA MAP3K20的反义RNA 1(MLK7-AS1)、分泌性磷酸化糖蛋白(SPP1)、硫酸酯酶1(SULF1)hsa-miR-1307-3p等基因在胃癌组织生物芯片中高表达,金属硫蛋白2A(MT2A)、金属硫蛋白1X(MT1X)等基因低表达,与TCGA胃癌数据库一致。生物学功能和通路分析显示,差异表达的mRNA主要在生物学过程(BP)和矿物吸收的通路中显著富集。在TCGA胃癌数据中,碳水化合物磺基转移酶1(CHST1)和miR-183-5p均与患者生存时间有关,CHST1表达量越高患者生存时间越短,而miR-183-5p表达量越高患者生存时间越长。结论:胃癌ceRNA网络的构建有助于深入了解胃癌的分子生物学机制,CHST1和mi-183-5p可作为胃癌预后的预测指标。
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编辑人员丨5天前
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甲状旁腺肿瘤诊断中两种lncRNA评分模型的构建
编辑人员丨5天前
目的:本课题组前期芯片研究发现,ENST00000538790、NR_125790等长链非编码RNA(lncRNA)在甲状旁腺癌及甲状旁腺腺瘤组织标本中的表达存在明显差异,本研究进一步探讨ENST00000538790及NR_125790等lncRNA及其构建的lncRNA评分模型在甲状旁腺癌中的诊断价值。方法:收集57例甲状旁腺功能亢进患者的新鲜组织标本,11例为甲状旁腺癌,46例为甲状旁腺腺瘤,采用实时定量PCR(RT-qPCR)技术检测lncRNA ENST00000511928、ENST00000538790、ENST00000618339、NR_125790及ENST00000485384的表达差异,构建lncRNA评分模型,评估模型在甲状旁腺癌诊断中的价值。结果:相比甲状旁腺腺瘤,ENST00000511928及ENST00000538790在甲状旁腺癌组中表达显著升高( P<0.05),ENST00000618339、NR_125790及ENST00000485384表达明显下降( P<0.05),其中ENST00000538790及NR_125790为甲状旁腺癌的独立危险因素( P<0.05)。联合ENST00000538790及NR_125790构建的lncRNA模型"log评分"及" logistic评分",在甲状旁腺癌中受试者工作特征曲线下面积分别为0.935及0.943,且曲线下面积大于ENST00000538790与NR_125790及血钙等传统临床诊断指标单独诊断面积( P<0.05)。 结论:以lncRNA ENST00000538790及NR_125790构建的lncRNA评分模型有可能成为甲状旁腺癌诊断的潜在辅助手段。
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编辑人员丨5天前
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NORAD诱导的自噬促进食管胃结合部腺癌细胞对奥沙利铂耐药的研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨DNA损伤激活的非编码RNA (NORAD)诱导细胞自噬对食管胃结合部腺癌(AEG)奥沙利铂耐药的影响及分子机制。方法:收集2023年1月至6月安阳市肿瘤医院诊治的进展期AEG患者AEG及其癌旁正常组织手术标本4对,应用长链非编码RNA微阵列芯片分析AEG及其癌旁组织中NORAD的表达情况。使用新鲜AEG组织标本制备肿瘤组织来源的AEG细胞系(PDC) ,构建PDC和AEG细胞系OE19的奥沙利铂耐药细胞系(PDC-R、OE19-R),并通过转染shNORAD制备敲减NORAD的PDC-R和OE19细胞系(shNORAD PDC-R、shNORAD OE19-R)。应用生物信息学工具Starbase v3.0和DIANA-lncBase v3.0预测NORAD潜在靶点及其与微RNA-433-3p(miR-433-3p)的相互作用。PDC、PDC-R,OE19、OE19-R细胞分别共转染miR-144-3p和野生型NORAD(NORAD-WT)或突变型NORAD(NORAD-Mut)质粒,应用双萤光素酶报告实验验证NORAD与miR-433-3p的相关性。通过定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测胃正常黏膜细胞系GES-1及AEG细胞系PDC、PDC-R、shNORAD PDC-R、OE19、OE19-R、shNORAD OE19-R中NORAD和miR-433-3p表达水平,蛋白质印迹法检测上述细胞p62和微管相关蛋白1轻链3 B-Ⅱ(LC3B-Ⅱ)的表达。采用细胞计数试剂盒-8(CCK-8)测定奥沙利铂对PDC、PDC-R、shNORAD PDC-R、OE19、OE19-R和shNORAD OE19-R细胞的细胞半数抑制浓度(IC 50)。统计学方法采用独立样本 t检验。 结果:微阵列芯片分析发现与癌旁正常组织相比,AEG中NORAD表达显著上调(差异表达倍数≥2.0, P<0.05)。生物信息学研究发现miR-433-3p是NORAD的潜在靶点。双萤光素酶报告实验结果显示,在PDC和PDC-R细胞中,NORAD-WT组的相对萤光素酶活性低于NORAD-Mut组(0.441±0.104比0.928±0.204、0.449±0.112比0.947±0.201),差异均有统计学意义( t=-14.74、-14.94,均 P<0.001);OE19和OE19-R细胞中双萤光素酶报告实验结果与PDC细胞系相同。qRT-PCR检测结果显示,NORAD在GES-1细胞中的相对表达量(1.016±0.213)低于PDC细胞(2.194±0.322)和PDC-R细胞(4.040±0.336),且在PDC细胞中相对表过量低于PDC-R细胞,差异均有统计学意义( t=-14.94、-37.21、-19.43,均 P<0.001);在shNORAD PDC-R细胞中的相对表达量(0.290±0.165)则低于PDC-R细胞,差异有统计学意义( t=-49.05, P<0.001)。miR-433-3p在GES-1细胞中的相对表达量(1.017±0.248)高于PDC细胞(0.470±0.156)和PDC-R细胞(0.203±0.045),且PDC细胞中的相对表达量高于PDC-R细胞,差异均有统计学意义( t=9.15、15.85、8.11,均 P<0.001),在shNORAD PDC-R细胞中的相对表达量(0.699±0.256)也高于PDC-R细胞,差异有统计学意义( t=9.37, P<0.001)。蛋白质印迹法检测结果显示,PDC-R中LC3B-Ⅱ相对表达量高于PDC细胞(0.426±0.060比0.212±0.041),shNORAD PDC-R细胞中LC3B-Ⅱ的相对表达量(0.155±0.029)低于PDC细胞,差异均有统计学意义( t=8.70、-79.45,均 P<0.001);而p62在各细胞系中表现呈相反趋势,在PDC-R中相对表达量低于PDC(0.205±0.031比0.311±0.040),在shNORAD PDC-R中的相对表达量(0.504±0.084)高于PDC,差异均有统计学意义( t=-31.19、62.80,均 P<0.001)。在OE19细胞系的原始细胞、耐药细胞和NORAD敲减细胞中NORAD和miR-433-3p,以及LC3B-Ⅱ和p62表达变化规律与PDC细胞系相似。CCK-8评估靶细胞活力发现,奥沙利铂对PDC、PDC-R和shNORAD PDC-R细胞的IC 50值分别为14.28、22.27和2.51 μg/mL,对OE19、OE19-R和shNORAD OE19-R细胞的IC 50值分别为3.95、8.12和1.89 μg/mL。 结论:NORAD在AEG组织及细胞中呈高表达;在奥沙利铂耐药的细胞呈过表达,而且增加了细胞的自噬活性。敲减NORAD后AEG细胞自噬活性受到抑制,而且AEG细胞对奥沙利铂的敏感性增加。
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编辑人员丨5天前
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Micro-RNA与椎间盘退行性变的研究进展
编辑人员丨5天前
下腰疼痛正在成为目前影响人们生活质量的重要因素,其发病的年龄越来越趋于年轻化,每年因下腰痛带来的社会经济损失巨大。椎间盘退变(intervertebral disc degeneration,IDD)是引起下腰疼的重要原因,在多重因素作用下,椎间盘组织出现生物力学和结构的变化,发生纤维环破裂、髓核组织突出,使脊髓和神经根受压,从而引起患者出现下腰疼。微小RNA(Micro-RNA,miRNA)是一类长度为18~24个核苷酸序列的单链非编码小分子RNA,其在真核生物中广泛存在,作为基因表达的重要调控分子之一,已被证明在许多种疾病起始及进展阶段发挥着关键作用,故认为其可能在椎间盘退变中也发挥着重要的作用。目前,临床上针对IDD的治疗手段主要以手术治疗缓解临床症状为主,即使当前手术治疗可以取得良好的疗效,但是手术治疗会给患者带来更大的身体创伤和经济负担。miRNA在椎间盘退变过程中的作用是当前学术界研究的热点之一,研究表明miRNA在退变的椎间盘组织中呈现异常的表达模式,参与IDD的多种病理过程。目前,一些miRNA已被证明与椎间盘退变过程中的多种病理过程有关,包括髓核细胞凋亡和增殖、细胞外基质的降解、细胞自噬、炎症反应及软骨终板的退变等。基因芯片对比研究显示一些miRNA在退变髓核细胞中的表达与正常髓核细胞存在明显差异,这些差异表达的miRNA通过调控其各自的上、下游通路可能参与髓核细胞退变的进程,调控通路多有交叉并行,构建出一个庞大的miRNA调控网。了解miRNA在发病过程中的靶基因和机制,能够在疾病的起源、发展和预后等方面提供重要参考。因此,综述了miRNA在椎间盘退变过程中的重要作用和潜在的临床治疗意义。随着对miRNA研究的深入,通过了解椎间盘退变的分子生物学机制,可以为IDD的诊断和治疗提供新思路,非常有可能成为IDD生物学治疗的新策略。
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编辑人员丨5天前
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长链非编码RNA和mRNA在吉非替尼耐药肺癌患者中的差异表达及意义
编辑人员丨5天前
目的:探讨表皮生长因子受体(EGFR)基因敏感突变的非小细胞肺癌(NSCLC)患者吉非替尼耐药前后血浆中长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA表达谱的变化,筛选耐药相关RNA分子。方法:选择2015年3月至2019年4月陕西省咸阳市中心医院及重庆医科大学附属永川医院收治的经吉非替尼治疗的EGFR基因敏感突变NSCLC患者12例,收集出现耐药前后的血浆,选取敏感阶段和耐药阶段各6份样本。运用基因芯片检测筛查出差异表达的lncRNA和mRNA,采用基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组数据库(KEGG)通路富集分析,得到差异表达mRNA参与的生物学途径。结果:芯片检测结果显示,NSCLC患者血浆lncRNA和mRNA表达谱在吉非替尼耐药前后存在差异。以差异倍数≥2、 P<0.05作为差异基因筛选标准,存在38个差异表达的lncRNA和53个差异表达的mRNA。相对于药物敏感阶段,耐药阶段患者血浆中表达上调的lncRNA 18个,上调倍数最大的lncRNA为RP1-102K2.6(差异倍数为47.31);表达下调的lncRNA 20个,下调倍数最大者为RP11-149I2.4(差异倍数为24.34)。在mRNA表达谱芯片中,相对于药物敏感阶段,耐药阶段患者血浆中表达上调的mRNA 29个,上调倍数最大的mRNA为CUL2(差异倍数为58.49);表达下调的mRNA有24个,下调倍数最大者为CHEK2(差异倍数为23.29)。GO功能分析显示吉非替尼发生耐药后血浆中差异表达的mRNA的作用富集在凋亡和蛋白结合过程调控等,KEGG分析显示差异表达的mRNA的作用靶点多集中于癌症通路、NSCLC通路等。 结论:EGFR基因敏感突变的NSCLC患者吉非替尼耐药前后血浆中存在多个差异表达的lncRNA和mRNA,其差异表达可能在吉非替尼耐药机制中发挥重要作用。
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编辑人员丨5天前
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长链非编码RNA C3orf77-2在下咽鳞癌中的表达及其对增殖和侵袭的影响
编辑人员丨5天前
目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA)C3orf77-2对头颈鳞癌细胞增殖和迁移的影响。方法:收集2021年9月至2023年9月郑州大学第一附属医院收治并接受手术治疗的30例下咽鳞癌患者的临床样本作为研究对象。选取下咽鳞癌组织和癌旁组织标本,运用lncRNA芯片技术检测下咽鳞癌组织和配对的癌旁组织标本中lncRNA的表达,分析差异表达的非编码RNA;实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)验证基因芯片差异基因;收集临床数据,分析lncRNA C3orf77-2表达与各种临床病理的相关性;下咽鳞癌FaDu细胞随机分为对照组、siNC组、lncRNA C3orf77-2 si-lnc1组、lncRNA C3orf77-2 silnc2组;沉默lncRNA C3orf77-2后,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)和克隆形成实验检测细胞增殖能力,细胞划痕实验检测细胞迁移能力;组间比较采用最小显著差异法LSD- t检验进行统计分析。 结果:下咽鳞癌组织中lncRNA C3orf77-2表达量(0.78±0.14)显著高于癌旁组织(0.13±0.10),差异有统计学意义( t=14.96, P<0.01)。下咽鳞癌组织中lncRNA C3orf77-2的表达与患者肿瘤分化程度( F=4.3, P<0.05)、TNM分期( F=13.4, P<0.05)、淋巴结转移( t=4.07, P<0.05)明显相关;CCK-8结果显示,各组细胞在24、48、72 h的吸光度值分别为空白对照组(0.360±0.018、0.546±0.047、0.882±0.028),siNC组(0.401±0.018、0.561±0.037、0.825±0.056),lncRNA C3orf77-2 si-lnc1(0.230±0.031、0.416±0.009、0.555±0.048)和lncRNA C3orf77-2 si-lnc2(0.244±0.008、0.367±0.041、0.531±0.022),差异有统计学意义( F24 h=15.6、 F48 h=360.7、 F72 h=105.7, P<0.01)。克隆形成实验结果显示,siNC组(89.00±0.58),lncRNA C3orf77-2 si-lnc1(31.67±1.76),lncRNA C3orf77-2 si-lnc2(22.67±1.76),空白对照组(94.00±2.52),差异有统计学意义( F=433.6, P<0.01)。细胞划痕实验显示:si-NC组(36.67±4.33),lncRNA C3orf77-2 si-lnc1(10.83±1.17),lncRNA C3orf77-2 si-lnc2(12.00±1.67),差异有统计学意义( F=78.8, P<0.01)。 结论:lncRNA C3orf77-2在下咽鳞癌组织中表达显著上调,且与患者的临床病理特征相关。沉默lncRNA C3orf77-2可显著抑制FaDu细胞的增殖、迁移。
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编辑人员丨5天前
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细胞外囊泡在心血管疾病中的研究新进展
编辑人员丨5天前
细胞外囊泡(EVs)在心血管疾病的发生发展中起重要的作用。EVs存在于各种体液中,其多种内容物(核酸、蛋白质等)参与心血管疾病的各个过程,因此对疾病标志物的筛选具有重要的诊断价值。除微小RNA以外,非编码RNA如长链非编码RNA,环状RNA也作为心血管疾病新的标志物而被发现。此外,随着研究技术的不断进步,微流控芯片、数字聚合酶链反应也全面应用到心血管疾病相关EVs的研究中。本文综述了EVs的生物学特性及其在心血管疾病的发病机制及诊断所发挥的作用,以期为心血管疾病诊治提供新思路。
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编辑人员丨5天前
