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NORAD诱导的自噬促进食管胃结合部腺癌细胞对奥沙利铂耐药的研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨DNA损伤激活的非编码RNA (NORAD)诱导细胞自噬对食管胃结合部腺癌(AEG)奥沙利铂耐药的影响及分子机制。方法:收集2023年1月至6月安阳市肿瘤医院诊治的进展期AEG患者AEG及其癌旁正常组织手术标本4对,应用长链非编码RNA微阵列芯片分析AEG及其癌旁组织中NORAD的表达情况。使用新鲜AEG组织标本制备肿瘤组织来源的AEG细胞系(PDC) ,构建PDC和AEG细胞系OE19的奥沙利铂耐药细胞系(PDC-R、OE19-R),并通过转染shNORAD制备敲减NORAD的PDC-R和OE19细胞系(shNORAD PDC-R、shNORAD OE19-R)。应用生物信息学工具Starbase v3.0和DIANA-lncBase v3.0预测NORAD潜在靶点及其与微RNA-433-3p(miR-433-3p)的相互作用。PDC、PDC-R,OE19、OE19-R细胞分别共转染miR-144-3p和野生型NORAD(NORAD-WT)或突变型NORAD(NORAD-Mut)质粒,应用双萤光素酶报告实验验证NORAD与miR-433-3p的相关性。通过定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测胃正常黏膜细胞系GES-1及AEG细胞系PDC、PDC-R、shNORAD PDC-R、OE19、OE19-R、shNORAD OE19-R中NORAD和miR-433-3p表达水平,蛋白质印迹法检测上述细胞p62和微管相关蛋白1轻链3 B-Ⅱ(LC3B-Ⅱ)的表达。采用细胞计数试剂盒-8(CCK-8)测定奥沙利铂对PDC、PDC-R、shNORAD PDC-R、OE19、OE19-R和shNORAD OE19-R细胞的细胞半数抑制浓度(IC 50)。统计学方法采用独立样本 t检验。 结果:微阵列芯片分析发现与癌旁正常组织相比,AEG中NORAD表达显著上调(差异表达倍数≥2.0, P<0.05)。生物信息学研究发现miR-433-3p是NORAD的潜在靶点。双萤光素酶报告实验结果显示,在PDC和PDC-R细胞中,NORAD-WT组的相对萤光素酶活性低于NORAD-Mut组(0.441±0.104比0.928±0.204、0.449±0.112比0.947±0.201),差异均有统计学意义( t=-14.74、-14.94,均 P<0.001);OE19和OE19-R细胞中双萤光素酶报告实验结果与PDC细胞系相同。qRT-PCR检测结果显示,NORAD在GES-1细胞中的相对表达量(1.016±0.213)低于PDC细胞(2.194±0.322)和PDC-R细胞(4.040±0.336),且在PDC细胞中相对表过量低于PDC-R细胞,差异均有统计学意义( t=-14.94、-37.21、-19.43,均 P<0.001);在shNORAD PDC-R细胞中的相对表达量(0.290±0.165)则低于PDC-R细胞,差异有统计学意义( t=-49.05, P<0.001)。miR-433-3p在GES-1细胞中的相对表达量(1.017±0.248)高于PDC细胞(0.470±0.156)和PDC-R细胞(0.203±0.045),且PDC细胞中的相对表达量高于PDC-R细胞,差异均有统计学意义( t=9.15、15.85、8.11,均 P<0.001),在shNORAD PDC-R细胞中的相对表达量(0.699±0.256)也高于PDC-R细胞,差异有统计学意义( t=9.37, P<0.001)。蛋白质印迹法检测结果显示,PDC-R中LC3B-Ⅱ相对表达量高于PDC细胞(0.426±0.060比0.212±0.041),shNORAD PDC-R细胞中LC3B-Ⅱ的相对表达量(0.155±0.029)低于PDC细胞,差异均有统计学意义( t=8.70、-79.45,均 P<0.001);而p62在各细胞系中表现呈相反趋势,在PDC-R中相对表达量低于PDC(0.205±0.031比0.311±0.040),在shNORAD PDC-R中的相对表达量(0.504±0.084)高于PDC,差异均有统计学意义( t=-31.19、62.80,均 P<0.001)。在OE19细胞系的原始细胞、耐药细胞和NORAD敲减细胞中NORAD和miR-433-3p,以及LC3B-Ⅱ和p62表达变化规律与PDC细胞系相似。CCK-8评估靶细胞活力发现,奥沙利铂对PDC、PDC-R和shNORAD PDC-R细胞的IC 50值分别为14.28、22.27和2.51 μg/mL,对OE19、OE19-R和shNORAD OE19-R细胞的IC 50值分别为3.95、8.12和1.89 μg/mL。 结论:NORAD在AEG组织及细胞中呈高表达;在奥沙利铂耐药的细胞呈过表达,而且增加了细胞的自噬活性。敲减NORAD后AEG细胞自噬活性受到抑制,而且AEG细胞对奥沙利铂的敏感性增加。
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编辑人员丨5天前
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P311对人微血管内皮细胞1体外血管形成能力的影响及其分子机制
编辑人员丨5天前
目的:探讨P311对人微血管内皮细胞1(HMEC-1)血管形成能力的影响及其可能的分子机制。方法:采用实验研究方法。取HMEC-1,按随机数字表法(分组方法下同)分为P311腺病毒组和空载腺病毒组,分别进行48 h相应转染后,采用细胞计数试剂盒8法检测培养1、3、5 d细胞增殖活性;划痕试验检测细胞划痕后6、11 h剩余划痕面积,并计算剩余划痕面积百分比;体外血管形成实验观察细胞培养8 h血管形成情况,并测量管状结构节点数和总长度;蛋白质印迹法检测细胞中血管内皮生长因子受体2(VEGFR2)、磷酸化VEGFR2、胞外信号调节激酶1/2(ERK1/2)及磷酸化ERK1/2蛋白表达量。取HMEC-1,分为P311腺病毒+阴性对照小干扰RNA(siRNA)组、空载腺病毒+阴性对照siRNA组、P311腺病毒+siRNA-VEGFR2组和空载腺病毒+siRNA-VEGFR2组,分别进行相应的处理,蛋白质印迹法检测转染24 h细胞中VEGFR2、磷酸化VEGFR2、ERK1/2、磷酸化ERK1/2蛋白表达量;体外血管形成实验观察转染24 h细胞血管形成情况,并测量管状结构节点数和总长度。取HMEC-1,分为P311腺病毒+二甲基亚砜(DMSO)组、空载腺病毒+DMSO组、P311腺病毒+ERK1/2抑制剂组和空载腺病毒+ERK1/2抑制剂组,分别进行相应的处理。蛋白质印迹法检测处理2 h细胞中ERK1/2及磷酸化ERK1/2蛋白表达量;体外血管形成实验观察处理2 h细胞血管形成情况,并测量管状结构节点数和总长度。各组各时间点样本数均为6。对数据行独立样本 t检验、重复测量方差分析、单因素方差分析、LSD检验。 结果:与空载腺病毒组比较,P311腺病毒组细胞培养1、3、5 d增殖活性均没有明显改变( t值分别为-0.23、-1.30、-1.52, P>0.05)。P311腺病毒组细胞划痕后6、11 h剩余划痕面积百分比均较空载腺病毒组明显降低( t值分别为-2.47、-2.62, P<0.05)。培养8 h,与空载腺病毒组比较,P311腺病毒组细胞管状结构节点数和总长度均明显增加( t值分别为4.49、4.78, P<0.01)。转染48 h,与空载腺病毒组比较,P311腺病毒组细胞VEGFR2、ERK1/2蛋白表达量均无明显变化( P>0.05),磷酸化VEGFR2、磷酸化ERK1/2蛋白表达量均明显升高( t值分别为17.27、16.08, P<0.01)。转染24 h,P311腺病毒+阴性对照siRNA组细胞磷酸化VEGFR2和磷酸化ERK1/2蛋白表达量均明显高于空载腺病毒+阴性对照siRNA组( P<0.01),P311腺病毒+阴性对照siRNA组细胞VEGFR2、磷酸化VEGFR2、磷酸化ERK1/2蛋白表达量均明显高于P311腺病毒+siRNA-VEGFR2组( P<0.01),空载腺病毒+阴性对照siRNA组细胞VEGFR2、磷酸化ERK1/2蛋白表达量均明显高于空载腺病毒+siRNA-VEGFR2组( P<0.05或 P<0.01)。转染24 h,P311腺病毒+阴性对照siRNA组细胞管状结构节点数为(720±62)个,明显多于空载腺病毒+阴性对照siRNA组的(428±38)个、P311腺病毒+siRNA-VEGFR2组的(364±57)个( P值均<0.01);P311腺病毒+阴性对照siRNA组细胞管状结构总长度为(21 241±1 139)μm,明显长于空载腺病毒+阴性对照siRNA组的(17 005±1 156)μm、P311腺病毒+siRNA-VEGFR2组的(13 494±2 465)μm( P值均<0.01)。空载腺病毒+阴性对照siRNA组细胞管状结构节点数明显多于空载腺病毒+siRNA-VEGFR2组的(310±75)个( P<0.01),管状结构总长度明显长于空载腺病毒+siRNA-VEGFR2组的(11 600±2 776)μm( P<0.01)。处理2 h,P311腺病毒+DMSO组细胞磷酸化ERK1/2蛋白表达量明显高于空载腺病毒+DMSO组、P311腺病毒+ERK1/2抑制剂组( P值均<0.01),空载腺病毒+DMSO组细胞磷酸化ERK1/2蛋白表达量明显高于空载腺病毒+ERK1/2抑制剂组( P<0.05)。处理2 h,P311腺病毒+DMSO组细胞管状结构节点数为(726±72)个,明显多于空载腺病毒+DMSO组的(421±39)个、P311腺病毒+ERK1/2抑制剂组的(365±41)个( P值均<0.01);P311腺病毒+DMSO组细胞管状结构总长度为(20 318±1 433)μm,明显长于空载腺病毒+DMSO组的(16 846±1 464)μm、P311腺病毒+ERK1/2抑制剂组的(15 114±1 950)μm( P值均<0.01)。空载腺病毒+DMSO组管状结构节点数明显多于空载腺病毒+ERK1/2抑制剂组的(317±67)个( P<0.01),管状结构总长度明显长于空载腺病毒+ERK1/2抑制剂组的(13 188±2 306)μm( P<0.01)。 结论:P311能够通过激活VEGFR2/ERK1/2信号通路发挥促进HMEC-1血管形成的作用。
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编辑人员丨5天前
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秋水仙碱对胶质瘤细胞系化疗敏感性的影响
编辑人员丨2024/6/15
目的 探讨秋水仙碱对胶质瘤细胞系化疗敏感性的影响及其机制.方法 采用不同浓度的替莫唑胺(TMZ)处理人脑胶质瘤细胞系U87和A172细胞,构建TMZ耐药细胞系U87/TR和A172/TR,再使用秋水仙碱(10、30 ng/ml)干预1、2、3 d,采用细胞计数法、BrdU法和流式细胞术检测细胞活力、细胞增殖和细胞周期.生物信息学方法分析胶质瘤组织差异表达的微小RNA(miRNAs),并预测其靶基因;然后,采用qRT-PCR检测U-87/TR和A172/TR细胞中这些miRNAs的表达情况,调控miRNAs的表达以观察秋水仙碱效应的变化.结果 秋水仙碱显著抑制U87/TR和A172/TR细胞的增殖活力(P<0.05),呈时间依赖性和剂量依赖性(P<0.05),而且显著阻滞U87/TR和A172/TR的有丝分裂,使细胞阻滞在G0/G1期.30 ng/ml秋水仙碱显著增加TMZ对U87/TR和A172/TR细胞增殖的抑制效果(P<0.05),明显降低TMZ的IC50值(P<0.05).生信分析显示,胶质瘤组织miR-330-3p、miR-491-5p、miR-6782-5p、miR-31-5p、miR-330-5p、miR-137和miR-433-3p呈差异表达,秋水仙碱明显上调U87/TR和A172/TR细胞miR-330-3p的表达(P<0.05)、明显抑制miR-330-3p靶基因ErbB的表达(P<0.05).抑制miR-330-3p表达明显逆转秋水仙碱的生物学效应(P<0.05).结论 秋水仙碱可以抑制TMZ耐药的胶质瘤细胞的增殖,其机制可能涉及到miR-330-3p/ErbB信号通路的调节.
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编辑人员丨2024/6/15
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基于GEO数据库联合分析高原病患者外周血差异表达miRNA及其上游转录因子和下游mRNA
编辑人员丨2024/6/8
目的 基于GEO数据库联合分析高原病患者外周血差异表达miRNA及其上游转录因子和下游mRNA,从而基于分子层面探讨高原病潜在的发病机制.方法 (1)在GEO数据库获取与高原病相关的miRNA表达谱芯片(GSE90500数据集)和mRNA表达谱芯片(GSE29977数据集),再采用R语言3.6软件limma程序包筛选差异表达miRNA和差异表达mRNA.(2)利用FunRich软件预测差异表达miRNA的下游靶基因(mRNA)和上游转录因子,并对上游转录因子进行功能富集分析.使用R语言3.6软件、DAVID数据库对下游靶基因分别进行功能和通路富集分析.(3)对GSE29977数据集的差异表达mRNA与差异表达miRNA下游靶基因取交集,并根据miRNA及其靶基因的表达关系,筛选miRNA-mRNA调控轴.结果 (1)共筛选出14个差异表达miRNA及其385个下游靶基因、123个上游转录因子.差异表达miRNA主要富集的转录因子包括EGR1、RREB1、MYF5和MEF2A.(2)上游转录因子涉及的生物学过程主要包括信号转导、核酸代谢的调节、脂肪酸代谢、糖代谢、细胞因子和趋化因子介导的信号通路、细胞周期等.下游靶基因富集的生物学过程主要包括转录调控、心肌细胞增殖、血管生成和染色质重塑等,富集的信号通路主要包括PD-L1表达和PD-1免疫检查点通路、细胞衰老、MTOR信号通路、MAPK信号通路及PI3K/AKT信号通路等.(3)共筛选得到443个差异表达mRNA,与差异表达miRNA的下游靶基因取交集后获得与高原病相关的5个核心mRNA,并构建出hsa-miR-155-5p-MYO1D调控轴.结论 高原病中存在多个差异表达的miRNA,其上游转录因子EGR1、RREB1、MYF5、MEF2A可能是参与调控下游靶基因转录的核心因子;差异表达miRNA的上游转录因子和下游靶基因可能通过调控基因转录、细胞增殖与凋亡、炎症过程等生物学过程,共同参与高原病的发生、发展.hsa-miR-155-5p与下游靶基因MYO1D之间的调控关系可能在高原病的发生、发展中发挥重要的作用.
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编辑人员丨2024/6/8
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微小RNA-433调控组蛋白去乙酰化酶6抑制胶质瘤增殖与侵袭
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨脑胶质瘤组织中微小RNA(miR)-433、组蛋白去乙酰化酶6(HDAC6)的表达水平及miRNA-433对脑胶质瘤细胞增殖、侵袭的影响和作用机制.方法 (1)收集新乡医学院第一附属医院神经外科自2010年1月至2014年12月手术切除并经病理检查证实的脑胶质瘤标本42例(低级别14例,高低级别28例),另外选取同期因颅脑外伤手术切除的正常脑组织标本13例.采用RT-PCR检测脑胶质瘤组织和正常脑组织miRNA-433、HDAC6 mRNA的表达.(2)体外常规培养脑胶质瘤U251细胞,分为空白对照组、无义序列对照组和miRNA-433模拟物组,后2组分别转染无义序列和miRNA-433模拟物,空白对照组不做处理.RT-PCR检测细胞miRNA-433和HDA C6、P21 mRNA的表达.CCK-8法检测培养1~5 d时的细胞存活率.流式细胞仪检测细胞周期及凋亡率.Transwell实验检测细胞的侵袭能力.Western blotting检测细胞HDAC6蛋白的表达.(3)构建野生型(WT)HDAC63'-UTR、突变型(MUT)HDAC63'-UTR荧光报告载体.将miR-433模拟物+WT HDAC63'-UTR、无义序列+WT HDAC63'-UTR分别转染U251细胞,双荧光素酶实验检测2组细胞的荧光强度.将miR-433模拟物+MUT HDAC63'-UTR、无义序列+MUT HDAC63'-UTR分别转染U251细胞,双荧光素酶实验检测2组细胞的荧光强度.(4)将U251细胞分为无义序列对照组、HDAC6表达质粒组、HDAC6 siRNA组,分别转染无义序列、HDAC6表达质粒和HDAC6 siRNA后RT-PCR检测细胞P21、HDA C6 mRNA及miRNA-433的表达.将U251细胞分为miR-433模拟物组、miR-433模拟物+HDAC6表达质粒组,分别转染miR-433模拟物、miR-433模拟物+HDAC6表达质粒后1~5 d时采用CCK-8法检测细胞存活率.结果 (1)高级别脑胶质瘤、低级别脑胶质瘤、 正常脑组织中miRNA-433的表达水平逐渐增高,HDA C6 mRNA的表达水平逐渐降低,差异均有统计学意义(P<0.05).脑胶质瘤组织中二者的表达呈负相关关系(r=0.829,P=0.000).(2)与空白对照组和无义序列对照组比较,miRNA-433模拟物组U251细胞miRNA-433、P21 mRNA表达水平升高,HDA C6 mRNA表达水平降低,培养2~5 d时细胞存活率降低,G0/G1期细胞所占比例增高,细胞凋亡率升高,穿膜细胞数减少,HDAC6蛋白表达水平降低,差异均有统计学意义(P<0.05).(3)miR-433模拟物+WT HDAC63'-UTR组细胞的荧光素酶活性明显低于无义序列+WT HDAC63'-UTR组,差异有统计学意义(P<0.05);miR-433模拟物+MUT HDAC63'-UTR组和无义序列+MUT HDAC63'-UTR组细胞的荧光素酶活性比较差异无统计学意义(P>0.05).(4)HDAC6 siRNA组、 无义序列对照组、HDAC6表达质粒组细胞HDAC6 mRNA的表达水平逐渐增高,P21 mRNA的表达水平逐渐降低,差异有统计学意义(P<0.05).培养2~5 d时,miR-433模拟物+HDAC6表达质粒组细胞存活率高于miR-433模拟物组,差异有统计学意义(P<0.05).结论 miRNA-433在脑胶质瘤组织中呈低表达水平,过表达miRNA-433可能通过调控HDAC6抑制脑胶质瘤细胞的侵袭、增殖,并促进细胞凋亡.
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编辑人员丨2023/8/6
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长链非编码RNA Dancr在糖异生相关模型中的表达规律以及与糖异生的可能调控关系
编辑人员丨2023/8/6
目的 研究长链非编码RNA(lncRNA)Dancr在肝脏中的时空表达规律,探索其与糖异生的可能调控关系与分子机制.方法 建立小鼠饥饿-再喂养模型、高脂饮食诱导的肥胖(high-fat diet,HFD)模型,并以磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶、葡萄糖-6-磷酸酶为阳性对照,检测Dancr在两组模型小鼠肝脏中的表达;分离小鼠主要脏器组织,检测不同组织中Dancr的表达量;运用NCBI、UCSC、RegRNA、TargetScan等数据库,分析Dancr的序列特征,预测与其相互作用的miRNA,并对miRNA下游靶基因进行基因本体和京都基因与基因组百科全书分析.采用Student-t检验分析各组之间差异的显著性,采用单因素方差分析比较多组间差异.结果 Dancr的表达量随饥饿进程持续升高,并在16 h达到最高,再进食后迅速恢复正常水平(4.20±0.27比1.00±0.23,t=22.10,P<0.01).在HFD小鼠肝脏中Dancr表达量同样显著升高(1.69±0.30比1.00±0.25,t=4.33,P<0.01).Dancr在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、骨骼肌、小肠、胃、白色脂肪组织、棕色脂肪组织和脑组织中表达差异有统计学意义(F=180.32,均P<0.01),Dancr在肝脏中的表达量显著高于除脾、肺外的其余组织(t=6.03~36.19,均P<0.01).在线分析Dancr位于chr5:74,093,083-74,090,355,全长1060 bp,由2个外显子构成,可能存在9个与之相互作用的miRNAs(mmu-let-7i-5p、mmu-miR-134-5p、mmu-miR-326-5p、mmu-miR-433-5p、mmu-miR-497-5p、mmu-miR-504-3p、mmu-miR-1906、mmu-miR-432、mmu-miR-5620-5p),调节下游2124个靶基因,其中多条基因与糖异生调控相关.结论 Dancr的表达受生理及病理性糖异生信号影响,可能介导肝脏糖异生的调控,且生物信息学分析为后续实验提供了一定的数据支持,有助于我们进一步了解Dancr在糖异生调控中的分子机制.
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编辑人员丨2023/8/6
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miR-301a-3p对大鼠星形胶质细胞Cx43转录后的靶向调控作用
编辑人员丨2023/8/6
目的:研究大鼠星形胶质细胞中微小RNA-301a-3p(miR-301a-3p)对缝隙连接蛋白43(Cx43)表达的靶向调控作用及其作用位点.方法:合成miR-301a-3p agomir和miR-301a-3p antagomir,转染至星形胶质细胞,Western blot检测各组细胞中Cx43蛋白的表达情况;构建重组载体wt-pEZX-MT05-Cx43和mut-pEZX-MT05-Cx43,采用双萤光素酶报告基因实验验证miR-301a-3p的靶基因;构建表达载体pcDNA3.1-Cx43,通过回复实验分析miR-301a-3p对细胞凋亡的影响.结果:将miR-301a-3p agomir转染到星形胶质细胞后,Western blot检测显示,与对照组相比,Cx43蛋白表达显著降低(P<0.05).双萤光素酶报告基因实验结果表明,miR-301a-3p能够与Cx43的3'-UTR结合,对其表达产生负调控;将不含Cx433'-UTR的重组载体pcDNA3.1-Cx43转染星形胶质细胞后,能够回复miR-301a-3p对Cx43蛋白表达的负调控作用,引起细胞凋亡.结论:Cx43是miR-301a-3p的一个靶基因,miR-301a-3p通过作用于Cx43 mRNA的3'-UTR而抑制其在大鼠星形胶质细胞中的表达.
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编辑人员丨2023/8/6
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miR-433在NIH-3T3细胞纤维化和矽尘诱导的小鼠肺纤维化中的作用
编辑人员丨2023/8/5
目的:本研究旨在探究微小RNA-433(miR-433)在纤维化中的作用及机制.方法:采用Tar-getScan预测miR-433的潜在靶基因.检测转化生长因子β1(TGF-β1)处理小鼠胚胎成纤维细胞(NIH-3T3细胞)24 h后miR-433表达的变化.检测miR-433 mimic对TGF-β1处理的NIH-3T3细胞中p-SMAD2、纤维连接蛋白(FN)、α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)和结缔组织生长因子(CTGF)表达水平的影响.采用CCK-8法和流式细胞术检测转染miR-433 mimic对TGF-β1诱导的NIH-3T3细胞生长和S期阻滞的影响.构建矽尘诱导的小鼠肺纤维化模型并使用agomiR-433进行干预,HE染色和Masson染色观察miR-433对小鼠肺纤维化的影响,采用免疫组化检测小鼠肺组织中α-SMA的表达.结果:miR-433能特异性结合SMAD2的3'-UTR,并抑制其蛋白和mRNA的表达.TGF-β1能下调NIH-3T3细胞中miR-433的表达水平,上调p-SMAD2蛋白的水平,同时也增强FN、α-SMA和CTGF蛋白和mRNA的表达,并增强细胞活力,诱导S期细胞数量增加;而miR-433 mimic能逆转TGF-β1对NIH-3T3细胞活力和S期阻滞的影响.在矽尘诱导的小鼠肺纤维化模型中,agomiR-433能抑制肺纤维化进程,减少小鼠肺组织中α-SMA的表达.结论:miR-433可能通过靶向调控SMAD2干预TGF-β1/SMAD2信号通路,从而参与调节纤维化的病理过程.
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编辑人员丨2023/8/5
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微小RNA在高血压相关性脑出血患者中表达的初步分析
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨微小RNA对高血压相关性脑出血(HRICH)患者脑血管组织的影响.方法 回顾性连续纳入2018年9月至2019年12月四川绵阳四〇四医院神经外科自发性高血压脑出血住院患者9例为观察组,回顾性连续纳入同期四川绵阳四〇四医院神经外科因颅脑外伤需行颅内减压术且伴高血压病史的住院患者9例为对照组.术中取两组患者术区皮质造瘘口的少量脑血管标本,通过Trizol法提取标本总RNA,筛选差异表达的微小RNA.从微小RNA差异表达谱中随机选择3种微小RNA,用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(PCR)技术验证结果的可靠性.采用TargetScan、miRDB、miRanda三种在线分析工具预测差异表达微小RNA的靶基因,并对靶基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,富集程度越高,相应的P值越小.结果 (1)与对照组标本比较,观察组患者脑血管组织细胞中有35种差异表达的微小RNA,其中15种微小RNA表达下调,即hsa-let-7g-3p、hsa-miR-103a-2-5p、hsa-miR-126-5p、hsa-miR-130a-3p、hsa-miR-210-3p、hsa-miR-214-3p、hsa-miR-28-5p、hsa-miR-34a-5p、hsa-miR-378a-3p、hsa-miR-145-5p、hsa-miR-4785、hsa-miR-549a-5p、hsa-miR-574-3p、hsa-miR-590-3p、hsa-miR-660-3pg表达降低(均P<0.05);20种微小RNA表达上调,即hsa-miR-1180-3p、hsa-miR-1224-3p、hsa-miR-128-2-5p、hsa-miR-1298-3p、hsa-miR-137-5p、hsa-miR-139-3p、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-2682-5p、hsa-miR-370-3p、hsa-miR-433-3p、hsa-miR-485-5p、hsa-miR-541-3p、hsa-miR-543、hsa-miR-598-5p、hsa-miR-6505-5p、hsa-miR-668-3p、hsa-miR-7-5p、hsa-miR-744-5p、hsa-miR-873-3p、hsa-miR-942-3p表达升高(均P<0.05).(2)对已知的差异表达微小RNA采用TargetScan、miRDB、miRanda三种在线分析工具进行基因预测,结果显示,共同交集预测得到的靶基因有87个交集.(3)随机抽取3种差异表达的微小RNA进行荧光定量逆转录PCR验证,结果显示,与对照组(颅脑外伤伴高血压病史者)比较,观察组(自发性高血压脑出血者)hsa-miR-145-5p、hsa-miR-28-5p表达降低(0.22±0.17比1.00±0.29,t=0.153;0.13±0.03比1.00±0.62,t=0.421),hsa-miR-139-3p表达升高(1.95±0.29比1.00±0.52,t=0.492),组间差异均有统计学意义(均P<0.05).(4)交集靶基因的KEGG富集分析结果显示,主要涉及Ras相关蛋白1信号通路、黏附斑激酶、肿瘤微小RNA、环磷酸鸟苷-环磷酸鸟苷依赖性蛋白激酶信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、人乳头状瘤病毒、肿瘤蛋白聚糖、肿瘤通道蛋白,其中MAPK信号通路的富集程度较高(P<0.01).结论 微小RNA可能在调控HRICH的相关生物学功能中具有重要作用.
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编辑人员丨2023/8/5
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小鼠4倍体胚胎诱导蜕膜化反应
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨小鼠囊胚内细胞团(ICM)在蜕膜化过程中是否具有调控作用.方法 采用电融合技术制备4倍体胚胎,作为内细胞团缺陷胚胎,通过输卵管胚胎移植制备4倍体胚胎诱导蜕膜组织,以正常2-细胞胚胎诱导的蜕膜组织作为对照,从着床位点和蜕膜形态对两组蜕膜进行比较分析后,采用高通量测序筛选两组中差异表达的微小RNA(miRNA),生物信息学分析两组蜕膜中差异miRNA的靶基因,进行基因功能注释和通路富集分析.结果 4倍体胚胎诱导的蜕膜组织与2-细胞胚胎诱导蜕膜组织在着床位点极为相似,但是蜕膜形态差异存在显著性.两组蜕膜中差异表达miRNA共有16个,与2-细胞胚胎诱导蜕膜相比,11个miRNA(miR-466f-3p、miR-302 d-3p、miR-466i-5p、miR-465c-5p、miR-302a-5p、miR-7068-3p、miR-741-3p、miR-302a-3p、miR-433-5p、miR-144-5p、miR-878-5p)在4倍体胚胎诱导蜕膜中表达上调,5个miRNA(miR-690、miR-193b-5p、miR-147-3p、novel_327、miR-363-3p)在4倍体胚胎诱导蜕膜中表达下调.生物信息学分析显示,差异miRNA功能主要集中在蛋白结合、离子束缚等功能,靶基因主要参与环磷酸鸟苷-蛋白激酶G(cGMP-PKG)信号通路、雌激素信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路等.结论 内细胞团在蜕膜化反应过程中具有重要调控作用.
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编辑人员丨2023/8/5
