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基于CRISPR技术构建发光噬菌体及其在大肠埃希菌鉴定中的应用
编辑人员丨1周前
目的:构建针对大肠埃希菌的重组发光噬菌体(HT7),并评估其对大肠埃希菌的鉴定能力。方法:首先通过基因工程构建小向导RNA表达质粒pCRISPR-sg(1~10)和PFN-1000同源重组质粒菌株,并用双层平板筛选切割效率最高的小向导RNA(sgRNA);采用同源重组与规律成簇的间隔短回文重复(CRISPR)系统联合介导的基因编辑技术,将Nanoluc萤光素酶基因整合入T7噬菌体10A基因下游的非编码区,并成功构建发光噬菌体HT7;通过噬菌斑实验和液体扩增实验评估HT7噬菌体与T7噬菌体生物特性差异;此外用2022年1月至2023年6月解放军总医院第一医学中心临床采集分离的51株大肠埃希菌、20株肺炎克雷伯菌、14株金黄色葡萄球菌、6株屎肠球菌、5株粪肠球菌、3株鲍曼不动杆菌和1株铜绿假单胞菌评估HT7噬菌体的检测专一性和检出限。结果:构建的10个CRISPR靶向切割系统中,sgRNA8靶标的切割效率最高,成斑效率为0.18;噬菌体经pCas9/pCRISPR/PFN-1000 3质粒系统3轮重组筛选后,PCR验证均为2 798 bp的重组噬菌体条带,说明成功构建了HT7噬菌体。重组噬菌体在裂解效率( P<0.001)、一步生长曲线( P=0.001)、感染复数( P=0.031)的生物特性分析中,均有显著差异,裂解暴发点和对数生长节点均延长了10 min,最佳感染复数为0.1;临床样本测试,可识别裂解6株大肠埃希菌,其余菌株均不裂解,4.5 h内可检出低于10 CFU/ml的病原菌。 结论:成功开发了一种高效的噬菌体基因编辑系统,并成功构建发光噬菌体HT7,该噬菌体在4.5 h内能特异性检测出低于10 CFU/ml的大肠埃希菌,且对其他菌株无裂解作用,显示出良好的检测专一性和低检出限。
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编辑人员丨1周前
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七例16p12.2微缺失或微重复胎儿的产前诊断和遗传学分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨16p12.2拷贝数变异的产前超声和遗传学诊断。方法:回顾性分析2017年1月至2021年12月在福建医科大学附属福州市第一医院行产前诊断的7例16p12.2微缺失/重复胎儿的产前诊断指征、产前超声表现、染色体核型、遗传学分析、变异溯源、妊娠结局及出生后随访情况等。对数据进行描述性统计分析。结果:3例为产前超声结构异常,包括多发畸形、室间隔缺损及唇腭裂各1例;其余4例为涉及心脏和肾脏的软指标异常。7例胎儿染色体核型分析均未见异常。单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array,SNP array)检测结果显示,4例16p12.2(远端)微缺失病例缺失的片段大小为381.7~542.4 kb,均包含 OTOA、 METTL9和 IGSF6等3个在线人类孟德尔遗传数据库(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)基因;另3例16p12.2(近端)微缺失/重复的片段大小为484.0~701.7 kb,均包含 UQCRC2、 CDR2、 EEF2K和 POLR3E等4个OMIM基因。7例16p12.2微缺失/重复病例中,5例(例1、2、4、5、6)变异遗传自表型正常的母亲/父亲,其中3例(例2、4、5)足月分娩,出生情况正常;2例(例3、7)拒绝行家系验证。例3足月分娩,3个月行室间隔缺损修补术,随访至18个月未见明显异常。 结论:16p12.2区域微缺失/重复胎儿产前缺乏特异性表型。 OTOA基因是16p12.2远端区域异常关键基因。家系比对有助于减少不必要的主动终止妊娠。
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编辑人员丨1周前
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基于重组酶介导的等温扩增和CRISPR-Cas13a检测幽门螺杆菌的方法的建立
编辑人员丨1周前
目的:开发一种基于重组酶介导的等温扩增(RAA)和成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR)及其相关蛋白(Cas13a)系统的幽门螺杆菌核酸检测体系。方法:选取2021—2022年于应急总医院收集的30株幽门螺杆菌以及大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌、粪肠球菌、阴沟肠杆菌和肺炎克雷伯菌各2株。针对幽门螺杆菌UreC基因保守区序列,设计RAA-Cas13a 核酸检测体系所需的特异性引物及CRISPR RNA(crRNA)。再通过琼脂糖凝胶电泳筛选出产生非特异性产物最少的引物对,并应用Cas13a切割荧光探针产生的荧光强度筛选出切割效率最高的crRNA序列,构建了RAA-Cas13a核酸检测体系,通过检测梯度浓度稀释的幽门螺杆菌ATCC 43504基因组DNA以及5种不同的临床常见病原体基因组DNA,评价基于RAA-Cas13a核酸检测体系的最低检测限及特异性。通过RAA-Cas13a核酸检测体系与已建立的荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)方法同时检测临床菌株,得到该方法与qPCR方法的一致性。采用双侧配对 t检验对两组间的荧光值进行比较, P<0.05为差异有统计学意义。 结果:建立的RAA-Cas13a核酸检测系统可以在1 h内检测出低至10拷贝/μl的靶标DNA( t=11.05, P<0.01),且与其他5种临床常见菌株无交叉反应。RAA-Cas13a方法与传统的qPCR方法具有良好的一致性,Kappa系数为1。 结论:建立了一种将RAA与CRISPR-Cas13a结合进行幽门螺杆菌检测的方法,可用于快速且灵敏的识别幽门螺杆菌感染。
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编辑人员丨1周前
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父源性平衡易位致胎儿染色体缺失/重复一例
编辑人员丨1周前
孕妇 26岁,G 1P 0,妊娠24周,因超声提示胎儿心脏增大、心轴左偏、室间隔缺损和胸腺发育不良来我中心咨询。夫妻双方发育及智力均正常,系非近亲结婚,否认毒物、放射线等接触史,孕妇本人为α-地中海贫血基因变异携带者,丈夫自诉患有青光眼。本研究通过了本院伦理委员会的审查(20210126),在夫妻双方签署知情同意书后,进行羊膜腔穿刺术,常规进行羊水细胞培养、染色体制备、G显带核型分析和染色体微阵列分析(chromosome microarray analysis,CMA)。胎儿核型显示3号染色体臂间倒位,11号染色体长臂末端附加不明来源的片段(图1A),CMA结果为arr[GRCh38]1q32.1q44 (204 920 404-248 930 485)×3,11q24.3q25 (129 820 835-135 067 522)×1(图2A、2B),即1q32.1q44区存在44.01 Mb的重复,11q24.3q25区存在5.24 Mb的缺失。考虑胎儿的染色体异常可能由亲代的平衡易位所致,遂对夫妇进行外周血染色体核型分析,孕妇的核型为46,XX,inv(3)(p12q21)(图1B),丈夫核型为46,XY,t(1;11)(q32.1;q24.3)(图1C)。胎儿的核型最终修正为46,XN,inv(3)(p12q21)mat,der(11)t(1;11)(q32;q24)dpat。
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编辑人员丨1周前
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以无症状蛋白尿为突出表现的 LMX1B基因相关疾病
编辑人员丨1周前
目的:总结和分析3例以无症状肾小球性蛋白尿为突出表现的 LMX1B基因相关疾病患儿临床资料,以提高临床医师对基因突变致无症状蛋白尿的认识。 方法:回顾性分析2014年4月至2017年10月在北京大学第一医院儿科住院的3例以无症状蛋白尿为突出表现,经目标区域捕获二代测序和Sanger测序确诊为 LMX1B基因相关疾病的患儿为研究对象,分析其临床资料,包括肾脏和肾外表现、肾活检病理结果和家族史。 结果:3例患儿均为女童,分别于2岁、1岁和4岁起病,明确诊断时的年龄分别为11岁、5岁和6岁。均有肾小球性蛋白尿,其中1例患儿蛋白尿达肾病水平。2例患儿有镜下血尿。肾功能均正常。仅1例患儿行肾活检,且为重复肾活检。第1次肾活检组织电镜下观察到肾小球基底膜节段变薄,间隔4年后的第2次肾活检组织电镜下观察到肾小球基底膜不规则增厚伴"虫蚀样"改变和胶原纤维样物质沉积。体格检查示3例患儿均无指甲、四肢和关节异常。2例患儿有肾脏病家族史。结论:儿童期隐匿起病,临床未找到明确病因的无症状蛋白尿要警惕遗传因素,通过基因检测有助于及早诊断并指导治疗。
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编辑人员丨1周前
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前扣带回调控慢性非特异性腰痛模型大鼠疼痛及焦虑样行为的机制研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨前扣带回(anterior cingulate cortex,ACC)调控神经生长因子(nerve growth factor,NGF)诱导的慢性非特异性腰痛大鼠痛行为与焦虑样行为的潜在机制。方法:成年雄性8周龄SPF级SD大鼠96只,按照随机数字表法分为4组(每组24只):对照组、模型组、对照+D-AP5组(D-AP5为N-甲基-D-天冬氨酸受体拮抗剂)和模型+D-AP5组。采用第5腰椎左侧多裂肌注射NGF建立腰痛大鼠模型(注射2次,间隔5 d)。造模5 d后,对照+D-AP5组和模型+D-AP5组大鼠右侧前扣带回注射D-AP5(2 μg,0.3 μL,1次/d,连续3 d),模型组和对照组则注射等体积0.9%氯化钠溶液。采用机械刺激和冷热板实验评估大鼠疼痛阈值,旷场实验评估大鼠焦虑样行为,免疫荧光法检测脊髓胶质纤维酸性蛋白(glial fibrillary acidic protein,GFAP)阳性细胞和c-Fos(一种即早基因)阳性细胞密度,Western blot实验检测脊髓GFAP、c-Fos蛋白、磷酸化c-Jun氨基末端激酶(phosphorylated c-Jun N-terminal kinases,p-JNK)、单核细胞趋化蛋白-1 (monocyte chemoattractant protein-1,MCP-1)和趋化因子(C-X-C基序)配体1[chemokine (C-X-C motif) ligand 1,CXCL-1]的表达。采用SPSS 23.0软件进行统计分析,正态分布的数据组间比较采用单因素方差分析,进一步两两比较采用Tukey检验;非正态分布的数据组间比较采用Krusal-Wallis H检验,两两比较采用Mann-Whitney U检验并对 P值进行Bonferroni校正。 结果:4组大鼠腰部压力疼痛阈值(pressure pain threshold,PPT)、机械缩足阈值(paw withdrawal threshold,PWT)均差异有统计学意义( F=53.498,41.939,均 P<0.001)。造模后7 d,模型+D-AP5组PPT[(418.5±46.9)g]、足底PWT[(55.6±7.1)g]均高于模型组[(290.0±32.0)g,(30.5±7.5)g](均 P<0.001)。各组旷场实验中央区活动距离百分比( H=11.922, P<0.01)、中央区活动时间百分比( H=21.614, P<0.001)均差异有统计学意义。模型+D-AP5组中央区活动时间百分比高于模型组[5.6(4.3,7.9)%,3.1(2.1,3.8)%]( P<0.01)。各组左侧脊髓背角浅层GFAP、c-Fos阳性细胞密度均差异有统计学意义( H=49.085, F=18.120,均 P<0.001)。模型+D-AP5组左侧背角浅层GFAP [34.3(21.1,47.5)个/mm 2]、c-Fos阳性细胞密度[(52.7±39.4)个/mm 2]低于模型组[76.5(68.6,94.9)个/mm 2,(112.4±63.7)个/mm 2](均 P<0.001)。各组腰2节段GFAP、c-Fos、p-JNK、MCP-1、CXCL-1蛋白表达均差异有统计学意义( F=49.413,38.437,41.867,36.735,130.951,均 P<0.001)。模型+D-AP5组腰2节段GFAP(1.7±0.5)、c-Fos(1.1±0.1)、p-JNK(1.7±0.3)、MCP-1(1.0±0.4)、CXCL-1(0.8±0.1)蛋白表达均低于模型组[(4.3±0.7),(2.6±0.5),(2.8±0.4),(2.9±0.4),(3.5±0.4)](均 P<0.01)。 结论:ACC可调控慢性非特异性腰痛大鼠机械性痛觉过敏及焦虑样行为,这可能与脊髓星形胶质细胞、p-JNK通路、MCP-1和CXCL1的参与有关。
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编辑人员丨1周前
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胆管癌差异性甲基化基因综合分析及预后相关基因氨基葡萄糖(N-乙酰)转移酶1和神经营养受体酪氨酸激酶3的鉴定
编辑人员丨1周前
目的:鉴定并筛选胆管癌差异性甲基化基因以预测胆管癌患者的预后。方法:选择2019年10月至2020年5月福建省立医院8例胆管癌患者胆管癌组织及癌旁组织进行850K甲基化测序分析,获取差异性甲基化基因。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载2018年36例患者胆管癌全基因组甲基化数据及临床信息,从基因表达综合(GEO)数据库下载2012年胆管癌甲基化数据(GSE32879),从GEPIA2数据库下载2018年TCGA数据库胆管癌总生存(OS)及无病生存(DFS)差异生存基因组数据。联合送检样本850K甲基化测序分析的差异甲基化位点(DMP)和差异甲基化区域(DMR)结果、TCGA和GEO数据库中甲基化基因以及胆管癌生存基因,在Sangerbox VENN工具中进行多数据集合分析,交集筛选得出共同差异性甲基化基因。在Sangerbox中运用最小 P值法确定基因表达的临界值,分为差异性甲基化基因高、低表达组,比较两组胆管癌患者OS、DFS、疾病特异性生存(DSS)、无病间隔(DFI)、无进展间隔(PFI)。进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。 结果:8例患者的胆管癌组织与癌旁组织850K甲基化测序共鉴定出121 954个DMP,DMR中共鉴定出差异性甲基化基因1 399个;交集鉴定得出共同预后相关基因氨基葡萄糖(N-乙酰)转移酶1(GCNT1)和神经营养受体酪氨酸激酶3(NTRK3)。GCNT1在胆管癌组织中表达高于癌旁组织,差异有统计学意义( P=0.040);NTRK3在胆管癌组织中表达高于癌旁组织,差异无统计学意义( P=0.790)。采用最小 P值法,以GCNT1及NTRK3联合表达情况预测胆管癌患者预后,按两基因表达量总和排序,以排序的30%为临界值时,胆管癌高表达组及低表达组间DFS差异最为显著( P<0.001);两组间OS差异无统计学意义( P=0.065)。GO功能分析结果显示,GCNT1与蛋白质糖基化、大分子糖基化、糖化、糖蛋白生物合成过程、糖蛋白代谢过程、转移酶活性和转移糖基、蛋白质O-聚糖基化、O-聚糖加工等有关;NTRK3与神经营养素信号通路、Ras信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制、ErbB信号通路、磷脂酶D信号通路、癌症中枢碳代谢、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等有关。KEGG分析结果显示,GCNT1主要与黏蛋白型O-聚糖生物合成、代谢途径等系统功能相关联,NTRK3主要与细胞表面受体通路、细胞内信号转导、刺激反应的正向调节、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、酶联受体蛋白信号通路、MAPK信号通路级联及调节、蛋白质磷酸化信号转导等系统功能相关联。 结论:胆管癌差异性甲基化基因GCTNT1、NTRK3表达对胆管癌患者预后有一定预测作用。
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编辑人员丨1周前
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甘肃省迭部县犬利什曼原虫种型鉴定及种系发育分析
编辑人员丨1周前
目的:了解甘肃省迭部县犬利什曼原虫虫种类型和种系发育关系,为探索犬源型内脏利什曼病防控新方法提供依据。方法:提取8份甘肃省迭部县洛大行政村无症状感染利什曼原虫犬血液样本DNA,采用PCR法扩增分离核糖体内转录间隔区1(ITS-1)基因片段,对扩增的目的片段进行基因测序;采用MEGA 7.0软件进行多序列比对,并经邻接法构建系统发育树,分析甘肃省迭部县犬利什曼原虫种系发育关系。结果:8份无症状感染利什曼原虫犬血液样本均扩增出约320 bp的片段,与目标序列ITS-1大小一致。ITS-1序列比对显示,8份样本与婴儿利什曼原虫MG969403、MN648755虫株序列同源性为99.1% ~ 100.0%;系统发育树显示,8份样本均与婴儿利什曼原虫聚为一支。结论:甘肃省迭部县8份无症状感染利什曼原虫犬血液样本的原虫种型均为婴儿利什曼原虫。
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编辑人员丨1周前
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2008-2018年中国5岁及以下儿童手足口病死亡病例流行病学特征
编辑人员丨1周前
目的:分析2008-2018年我国≤5岁儿童手足口病死亡病例的特征,为制定针对性措施,减少死亡病例发生提供依据。方法:从全国疾病监测信息报告管理系统中收集2008-2018年手足口病监测数据,采用描述性分析方法分析手足口病死亡病例的人群特征、空间分布、诊断和报告情况及病原构成变化,采用logistic回归模型分析导致死亡的危险因素。结果:2008-2018年全国共报告手足口病≤5岁儿童死亡病例3 646例,男性多于女性(1.82∶1),以≤2岁儿童为主(87.71%)。2010年之后全国≤5岁儿童报告手足口病调整后的死亡率由0.87/10万下降至2018年的0.11/10万(APC=-23.20%)。2 523例实验室确诊的死亡病例中,2 323例(92.07%)为肠道病毒71型(EV-A71)感染,但柯萨奇病毒A组16型(CV-A16)和其他肠道病毒构成呈现增加趋势。死亡病例发病至诊断时间间隔 M=2( P25~ P75:2~4)d,发病至死亡时间间隔 M=3( P25~ P75:2~4)d。0~1岁、EV-A71感染、发病诊断时间间隔较长和居住地为农村是手足口病死亡的危险因素。 结论:2010年后,我国手足口病死亡水平呈下降趋势;死亡病例中优势病原仍为EV-A71,应加强死亡病例中非EV-A71和非CV-A16肠道病毒基因分型;西部省份、农村地区和小年龄组病例应当加强EV 71灭活疫苗接种宣传,提高诊断、救治及时性,降低死亡风险。
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编辑人员丨1周前
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新生儿Beckwith-Wiedemann综合征16例临床分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨新生儿Beckwith-Wiedemann综合征(Beckwith-Wiedemann syndrome,BWS)的临床表现和分子诊断经验。方法:回顾性分析复旦大学附属儿科医院新生儿科2016年1月至2020年12月收治的新生儿期诊断BWS患儿的临床资料,包括临床特征、分子诊断和是否合并其他先天疾病等。结果:共纳入16例BWS新生儿,男9例,女7例,胎龄34~39周,出生体重2 412~4 275 g。巨舌(9/16)和脐膨出(8/16)为主要临床特征,出生体重大于均值2个标准差(12/16)为最常见的次要特征。根据欧洲BWS诊断评分标准:评分≥4分的10例患儿为临床诊断BWS;5例评分≥2分但<4分和1例评分1分(其单绒毛膜双羊膜囊双胎评分为4分)的患儿为临床疑似BWS病例。13例进行分子诊断:临床诊断中6例和疑似病例中5例基因检测证实为印迹控制区2甲基化信号减低,临床诊断中2例为印迹控制区1甲基化信号增高。合并房间隔缺损、脑损伤各5例,合并甲状腺功能异常、脐带形态异常或脐血管异常各4例。结论:结合临床表现和分子诊断可在新生儿期及时发现并诊断BWS;BWS合并其他脏器异常比例高,确诊后有必要进行腹部超声、心脏超声、头颅MRI及甲状腺功能等检查。
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编辑人员丨1周前
